生物数据库名词解释
生物信息学数据库的构建与应用
生物信息学数据库的构建与应用生物信息学数据库是存储、管理和分析生物信息学数据的重要工具，广泛应用于基因组学、蛋白质组学、转录组学等领域。
本文将从生物信息学数据库的构建和应用两个方面来阐述其重要性和作用。
首先，生物信息学数据库的构建是生物信息学研究的基础。
随着高通量测序技术的快速发展，大量的生物数据被生成，如基因组序列、蛋白质序列、基因表达数据等。
这些数据需要进行有效的存储和管理，以便后续的分析和挖掘。
生物信息学数据库的构建能够实现数据的集中存储、标准化管理和高效检索，提供给研究人员便捷的使用接口和数据分析工具。
例如，NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个重要的生物信息学数据库构建机构，它提供丰富的生物学数据库和分析工具，支持科学家和研究人员进行基因功能注释、序列比对、结构预测、基因表达分析等。
其次，生物信息学数据库的应用对于生物学研究和医学领域具有重要意义。
通过对生物信息学数据库的挖掘和分析，可以揭示基因组的结构和功能，探索基因之间的相互作用和调控机制。
例如，人类基因组计划（Human Genome Project）的完成就依赖于大规模的生物信息学数据库和基因组测序技术，为人类疾病的研究提供了重要的基础。
生物信息学数据库也在药物研发领域发挥着重要作用，帮助研究人员挖掘和筛选候选药物靶点，并加速新药的开发过程。
此外，生物信息学数据库还为个性化医疗提供支持，通过对患者基因组数据的分析和比对，可以实现精准医疗和个性化治疗。
生物信息学数据库的构建和应用还存在一些挑战和问题。
首先，生物信息学数据库的数据量巨大且不断增长，管理和存储这些数据需要应对海量数据的技术和方法。
其次，数据的质量和准确性是生物信息学数据库的关键问题，需要建立完善的数据标准和质量控制流程。
此外，生物信息学数据库之间的数据集成和共享也是一个挑战，需要统一的数据格式和标准，以便不同数据库之间的数据交流和整合。
生物信息学 第三章 生物信息数据库及其信息检索 ppt课件
核酸序列数据库 GenBank（ ） EMBL（ ） DDBJ （ ） 三个数据库每天互相交换数据 GenBank可通过NCBI的检索系统Entrez获取， Entrez集成来自主要DNA和蛋白
序列数据库的数据，包括物种、基因组、定位、蛋白结构和结构域等信息 其他各种专业核酸数据库 A.非冗余参考序列数据库RefSeq B.密码子使用数据库Codon Usage Database CUTG C.基因可变剪接数据库ASDB D.转录因子数据库TRANSFAC
生物信息学数 据库类型
序列数据库 结构数据库 功能数据库 其ws、Linux或 Mac等操作系统
肤浅的百姓工具
一、序列数据库
主要收录核酸和蛋白质序列的数据库，包括由基因组计划产生的基因组及其表达 序列，由基因组序列所推测的编码和非编码核酸和蛋白质序列，以及个别生物 学实验中测序获得的核酸和蛋白质序列。
生物信息学 第三章 生物信息数据库 及其信息检索
第三章 生物信息数据库及其信息检索
本章主要内容
▪ 生物信息学数据库类型 ▪ 序列数据库 ▪ 结构数据库 ▪ 功能数据库 ▪ 其它专业数据库
▪ 生物信息学数据库的检索 ▪ 检索方法概述 ▪ 检索实践和案例
生物信息学数据库的地位和作用
经典生物医学实验
elegans
Borrelia burgorferi
Plasmodium falciparum
Borrelia burgorferi
Aquifex aeolicus
Neisseria meningitidis Z2491
Mycobacteriu m tuberculosis
Genome sizes in nucleotide pairs (base-pairs)
uniprot数据库名词解释
uniprot数据库名词解释
uniprot数据库名词解释形式可以采用以下方式进行：
1. 通俗易懂的形式，用简单易懂的语言解释名词的意义。
例如：UniProt数据库是一个全球公认的蛋白质信息库，包括大量蛋白质的序列、结构、功能等信息。
2. 专业术语表达形式，使用专业术语解释名词的含义。
例如：Uniprot数据库是一种生物信息学数据库，为研究人员提供了蛋白质序列、组成、功能及相互作用等信息。
3. 举例说明形式，通过实际案例展示名词所代表的含义。
例如：Uniprot数据库中包括了各种生物物种的蛋白质信息，例如P53蛋白等。
总的来说，uniprot数据库名词解释形式需要简明扼要，准确清晰，便于读者理解。
中国生物医学文献数据库
7. 点击检索按钮， 得到检索结果。
（题录格式）
（找出下列概念对应的主题词/副主题词） 1. 氯沙坦 (又名科素亚) 2. 阿糖胞苷治疗疾病 3. 磷酸二脂酶抑制剂的药理学 4. 心脏疾病的治疗 5. 阿斯匹林用于治疗疾病 6. 中医治疗慢性肾衰 7. 手术治疗肺源性心脏病 8. 膀胱癌护理
主题词检索：可通过中英文主题词或款目词检索。 可进行主题词的扩展检索、预扩展检索、加权检索、 主题词与副主题词的组配检索等。
基本检索
关键词检索：应用关键词对缺省字段（中文题目、文摘、 作者、主题词、特征词、关键词、期刊名等字段）检索。
逻辑组配检索：应用逻辑组配符AND、OR、NOT进行检索。
其他途径
主题词检索能准确、全面地检索文献，因此主题词检索 是首选。检索式形式是：主题词/副主题词。操作步骤： 1. 点击工具按钮栏的“主题检索”标签。 2. 选择用中文主题词方式或英文主题词方式。
3. 在主题词输入框内输入“主题词” 或“主题词” 中的片 段，点“查找”按钮。
4.点击选择合适主题词，系统显示副主题词及主题词相关信 息。
中国生物医学文献数据库根据美国国立医学图书馆的《医 学主题词表》(即MeSH词表)，以及中国中医研究院图书情 报研究所新版《中医药学主题词表》进行主题标引，根据 《中国图书馆图书资料分类法》R类（医学专业）分类表 进行分类标引。
ห้องสมุดไป่ตู้
CBM包括30多个可检索字段，常用字段有：
AB 文摘 AU 著者 AD 地址 (第一著者地址) CL 分类号 CT 特征词 IS ISSN (国际期刊代码)
生物信息学名词解释(0001)
生物信息学名词解释1.生物信息学：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。
利用数学知识建立各种数学模型; 利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。
2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。
3.FASTA序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。
4.genbank序列格式：是GenBank 数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。
该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释；第三部分是引文区，提供了这个记录的科学依据；第四部分是核苷酸序列本身，以“//”结尾。
5.Entrez检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI 的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。
6.BLAST：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。
P947.查询序列（query sequence）：也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。
P988.打分矩阵（scoring matrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。
包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。
P299.空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。
P2910.空位罚分：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。
NCBI的名词解释
NCBI的名词解释NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写。
作为一个重要的生物信息学资源，NCBI提供了丰富的数据库和工具，以支持生物学、生物医学和生物信息学的研究工作。
在本文中，将对NCBI常见的名词进行解释，帮助读者更好地理解这个重要的生物信息学平台。
1. PubMed：PubMed是NCBI的一个免费搜索引擎，它主要提供了生物医学领域的文献检索服务。
研究人员可以在PubMed中搜索全球各种医学、生物学和生物信息学期刊的摘要和引用信息。
通过关键词搜索、作者搜索和期刊搜索等功能，研究者可以方便地获取与自己研究领域相关的最新科研成果和文献资料。
2. GenBank：GenBank是NCBI管理的一个全球性的基因序列数据库，其中包含了来自各种生物体的数十亿条DNA和RNA序列。
研究人员可以通过GenBank来获取和下载特定基因的序列信息，以进行基因功能、进化和表达等研究。
GenBank的数据资源非常丰富，有助于推动生物学和生物信息学领域的科学研究。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是NCBI的一个重要的序列比对工具。
它可以帮助研究人员在GenBank等数据库中找到与已知序列相似的序列，进而推测其可能的功能和起源。
BLAST提供了多种比对算法和参数设置，允许用户根据自己的研究需要进行灵活的序列比对分析。
4. Entrez：Entrez是NCBI的一个综合性搜索平台，涵盖了多个数据库和工具。
研究人员可以通过Entrez来进行文献检索、基因序列搜索、蛋白质搜索、三维结构搜索、基因组浏览等多种操作。
通过Entrez，研究者可以根据自己的研究目的，全面地了解和利用NCBI提供的多样化的生物信息资源。
5. RefSeq：RefSeq是NCBI的一个参考序列数据库，主要收集并注释了多种生物物种的基因组、转录本和蛋白质序列。
常用生物数据库及数据格式
10
FASTQ sequence format
与fasta格式类似 一条序列一般占用四行 序列和质量值各占一行
11
GenBank028 bp DNA linear PLN 21-JUN-1999 DEFINITION Saccharomyces cerevisiae TCP1-beta gene, partial cds; and Axl2p (AXL2) and Rev7p (REV7) genes, complete cds. ACCESSION U49845 VERSION U49845.1 GI:1293613 KEYWORDS . SOURCE Saccharomyces cerevisiae (baker's yeast) ORGANISM Saccharomyces cerevisiae Eukaryota; Fungi; Ascomycota; Saccharomycotina; Saccharomycetes; Saccharomycetales; Saccharomycetaceae; Saccharomyces. REFERENCE 1 (bases 1 to 5028) AUTHORS Torpey,L.E., Gibbs,P.E., Nelson,J. and Lawrence,C.W. TITLE Cloning and sequence of REV7, a gene whose function is required for DNA damage-induced mutagenesis in Saccharomyces cerevisiae JOURNAL Yeast 10 (11), 1503-1509 (1994) PUBMED 7871890 ...... FEATURES Location/Qualifiers CDS <1..206 /codon_start=3 /product="TCP1-beta" /protein_id="AAA98665.1" /db_xref="GI:1293614" /translation="SSIYNGISTSGLDLNNGTIADMRQLGIVESYKLKRAVVSSASEA AEVLLRVDNIIRARPRTANRQHM" gene 687..3158 /gene="AXL2" ...... ORIGIN 1 gatcctccat atacaacggt atctccacct caggtttaga tctcaacaac ggaaccattg 61 ccgacatgag acagttaggt atcgtcgaga gttacaagct aaaacgagca gtagtcagct ...... 4981 tgccatgact cagattctaa ttttaagcta ttcaatttct ctttgatc //
生物医学数据库利用
生物医学数据库利用现代医学发展离不开计算机科学的支持，而生物医学数据库则是计算机科学在医学领域中的应用之一。
生物医学数据库可以存储、共享和管理各类医学数据，以此来支持医学研究和临床医疗工作。
本文将以生物医学数据库的应用实例来说明其在医学领域中的重要性和必要性。
首先，了解生物医学数据库分为哪些类型，有助于我们更好的理解其应用价值。
生物医学数据库通常分为基因组学、蛋白质组学、代谢组学、药物数据库等多个专业领域。
其中基因组学数据库包括各种基因信息、表达数据、基因功能和互作关系等；蛋白质组学数据库通常包括蛋白质序列、结构、功能、相互作用以及一系列蛋白质数据资源；代谢组学数据库则包括代谢物测量数据、代谢通路、生理状况等。
药物数据库则主要涉及药物吸收、代谢、毒性、药效等方面，是研究和开发新药物的重要依据。
生物医学数据库在疾病研究方面功不可没，其中最典型的例子就是癌症研究。
目前，癌症研究中应用最多的数据库就是基因组数据库和蛋白质组数据库。
例如，基因组数据库可以帮助科学家发现通常与癌症相关的基因突变，从而找到潜在的癌症标记物，进而研究该疾病的发病机理和治疗方法；而蛋白质组数据库可以帮助科学家分析蛋白质相互作用关系，从而找到针对该疾病的潜在治疗靶点。
此外，代谢组学数据库也可以帮助研究人员了解代谢物在癌症发生发展中的重要作用。
生物医学数据库在临床医疗工作中也发挥着重要的作用。
现如今，临床医生们可以从生物医学数据库中查找疾病特征、治疗方法等相关信息，以便更好地为病人做出正确的诊断和治疗方案。
对于诊断难题，生物医学数据库也提供了非常有价值的帮助。
例如，基因组数据库可以帮助医生预测遗传疾病的可能性，并在早期干预；药物数据库可以帮助医生了解特定药物对不同人群的药效反应，并据此推荐更加个性化的治疗方案。
生物医学数据库的利用可大大提高医生的工作效率，同时也有望改善患者的预后情况。
此外，生物医学数据库也在医学教育和培训方面发挥不小的作用。
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生物数据库名词解释
随着生物学的发展和技术的进步，大量的生物数据被积累和产生，促使了生物
数据库的建立。
这些数据库承载着生物学研究所需的各种信息，为科学家提供了宝贵的资源和工具。
在本文中，我们将解释一些常见的生物数据库名词，以帮助读者更好地了解和使用这些数据库。
1. 基因组数据库(Genome Databases):
基因组数据库存储了各种物种的基因组序列和相关信息。
它们对于基因识别、
蛋白质注释、基因调控分析等研究领域非常重要。
常见的基因组数据库包括GenBank、Ensembl和UCSC Genome Browser。
2. 蛋白质数据库(Protein Databases):
蛋白质数据库收集了已知蛋白质序列和结构以及与其相关的信息。
这些数据库
是研究蛋白质功能、结构和相互作用的关键工具。
著名的蛋白质数据库有Uniprot、Protein Data Bank（PDB）和SWISS-MODEL。
3. 基因表达数据库(Gene Expression Databases):
基因表达数据库存储了不同组织、发育阶段和病理状态下的基因表达数据。
它
们通常包含基因的表达水平和组织特异性等信息，在疾病研究和生物医学研究中具有重要意义。
常用的基因表达数据库有Gene Expression Omnibus(GEO)和生物信息
学资源中心(Bioinformatics Resource Centers, BRCs)。
4. 蛋白质互作网络数据库(Protein-Protein Interaction Databases):
蛋白质互作网络数据库记录了蛋白质之间的相互作用关系。
这些互作关系对于
理解蛋白质功能、信号传导通路以及复杂疾病的发生机制至关重要。
常见的蛋白质互作网络数据库包括STRING、BioGRID和IntAct。
5. 药物数据库(Drug Databases):
药物数据库提供了药物的化学结构、作用机制、药代动力学等信息。
这对于新药开发、药物副作用预测和个体化医疗等方面具有重要作用。
知名的药物数据库有DrugBank、ChemSpider和PubChem。
6. 基因变异数据库(Genetic Variation Databases):
基因变异数据库存储了人类和其他物种的基因突变和遗传变异的信息。
这些变异与疾病的发展和遗传特征密切相关。
常见的基因变异数据库包括ClinVar、dbSNP和Human Gene Mutation Database (HGMD)。
7. 代谢通路数据库(Metabolic Pathway Databases):
代谢通路数据库记录了生物体内化学反应和代谢通路的信息。
它们对于理解新陈代谢、药物代谢和相关疾病的发病机制至关重要。
常用的代谢通路数据库有KEGG、Reactome和MetaCyc。
总之，生物数据库是生物学领域中不可或缺的重要工具，为科学家提供了宝贵的资源和数据。
通过运用这些数据库，研究人员能够更深入地探索生命的奥秘，揭示生物体内各种生物过程的机理，这将为医学进步和生命科学领域做出重要贡献。