文章多张图，药物-靶点互作预测数据库汇总
药物基因组学相关大数据库
药物基因组学数据库1、Drugbank.drugbank.ca/2、dgidb/3、pharmGKBhttps:///4、cancercommoncancercommon./5、ChEMBLhttps:///chembldb/6、mycancergenome/7、TTD.sg/group/cjttd/8、guidetopharmcology/9、clearityfoundation/10、CIViChttps:///#/home11、DoCM/1 Drugbank药物和药物靶标资源库。
DrugBank是一个独特的生物信息学/化学信息学资源，它结合了详细的药物（例如化学制品）数据和综合的药物靶点（即：蛋白质）信息。
该数据库包含了超过4100个药物条目，包括超过800个FDA认可的小分子和生物技术药物，以及超过3200个试验性药物。
此外，超过1.4万条蛋白质或药物靶序列被到这些药物条目。
每个DrugCard条目包含超过80个数据域，其中一半信息致力于药物/化学制品数据，另一半致力于药物靶点和蛋白质数据。
许多数据域超到其他数据库（KEGG、PubChem、ChEBI、Swiss-Prot和GenBank）和各种结构查看小应用程序。
该数据库是完全可搜索的，支持大量的文本、序列、化学结构和关系查询搜索。
DrugBank的潜在应用包括模拟药物靶点发现、药物设计、药物对接或筛选、药物代谢预测、药物相互作用预测和普通药学教育。
DrugBank可以在www.drugbank.ca使用。
广泛应用于计算机辅助的药物靶标的发现、药物设计、药物分子对接或筛选、药物活性和作用预测等。
在查询中，每一种药物对应1个DrugCard，即我们所得到的检索结果。
每一个DrugCard都包含的数据信息分为药物、靶标和酶三部分。
药物信息包括了该药物的CAS号、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D和3D结构、logP、logS、pKa、熔点、吸收性、Caco-2细胞穿透性、药物类别和临床使用、性质描述、剂型与给药途径、半衰期、体的生物转化、毒性、作用于哪些生物体、食物对服用的影响、与其它药物的相互作用、作用机理、代谢途径、药理学特征、与蛋白质的结合情况、溶解度、物质形态、同义词、关于合成的相关文献等，还与ChEBI、GenBank、PubChem等外部数据库有。
网络药理学SCI-网络药理学常用数据库介绍
KEGG数据库是手工绘制的KEGG途径图的集合，每 个途径图包含分子相互作用和反应的网络，将基因组中 的基因与通路中的基因产物（主要是蛋白质）连接。
KEGG pathway analysis即为将目的基因定位到 KEGG途径图中的过程。
打开KEGG map网站 https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
GO功能分类注释 /
KEGG注释通路分析
http://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html
最常用的通路分析是京都基因与基因组百科全书 （Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes， KEGG）。1995年，KEGG数据库项目由京都大学化学 研究所教授Minoru Kanehisa领头启动。
搜索框输入汉字：人参
http://119.3.41.228:8000/tcmid/
点击 herb，搜索框输入ren shen
点击ren shen，结果如下：
TCM-ID .sg/group/TCMsite/Default.aspx
使用韦恩图创建数据集
靶点两个
药物名称 ID号 药物类型
药物结构
所有药理学研究数据
相互作用和参考文献
临床试验数据和药物经济学
药物性质
药物质谱图
新药研发必看数据库
新药研发必看数据库随着科技的不断发展，新药研发已成为医药领域的焦点之一。
但是，要想成功研发新药，需要投入大量的时间和金钱，因此寻找有效的研发平台和资源已经成为各大药企和研发机构所需要面对的一个重要问题。
要想更好地把握新药研发的机遇，最好的方法就是利用最新的，最全面的数据库资源。
下面，我们来介绍一些新药研发必看的数据库。
1. PubMedPubMed 是美国国家医学图书馆开发的免费数据库，收集了来自全球各地的150多个国家的超过3000万篇杂志文章和书籍资料。
该数据库覆盖了临床医学、药学、生物医学等领域的文献资料，不仅包括了人类临床试验数据，也包括了动物模型和福利调查等各种前期动物研究的数据。
另外，PubMed 已与许多数据库和搜索工具整合，提供了更方便的搜索和浏览功能。
2. 是由美国国立卫生研究院开发的临床试验数据库，它是全球最大的公共临床试验数据库之一，并且每天都在不断更新。
该数据库覆盖了美国和全球范围内的各种药物和医学研究，包括新药研发、药物作用机制研究等。
研究者可以在该数据库中搜索到他们感兴趣的临床试验资料，该数据库还提供了研究数据的可视化和下载功能，帮助研究者更好地了解相关临床试验信息。
3. ChemIDplusChemIDplus 是美国国立医学图书馆开发的化学物质数据库，收录了近400万种化学物质的信息。
该数据库提供了各种物质的化学性质、毒性等信息，并支持用户进行不同化学物质之间的比较和查询。
这个数据库对于药物研发来说非常重要，因为研发人员常常需要从大量的化学物质当中筛选出具有潜在生物活性的新化合物，这就需要对化学物质进行准确的分析和比较。
4. ChEMBLChEMBL 是欧洲生物信息研究所开发的药物化学数据库，收集了来自各种文献和专利资料的药物化学信息。
该数据库不仅涵盖了合成化合物的描述，还包括药物作用的分子生物学、临床试验、结构、活性测定和药物代谢动力学等各种信息。
用户可以搜索有关已知药物作用和已知目标蛋白之间的关系等各种实验信息。
基于深度学习的药物分子与靶点互作关系研究
基于深度学习的药物分子与靶点互作关系研究随着人们对药物作用机制的深入理解，越来越多的药物研究以靶向治疗为发病理论，使得药物开发的效率和成功率得到提高。
然而，研究一种药物与靶点之间的作用关系需要耗费大量的时间和人力，而且传统的实验方法往往需要对生物体进行较大损伤，带来不小的风险和成本。
因此，发展一种全新的药物研究技术，能够快速、准确地发现药物分子与靶点之间的作用关系，是一项非常重要的任务。
近年来，深度学习技术在这一领域发挥出了巨大的作用。
它是一种计算机学习的方法，通过多层神经网络的结构对数据进行自动学习和匹配，从而实现对大量数据的高速处理和分析。
与传统的实验方法相比，基于深度学习的药物分子与靶点互作关系研究具有准确性高、速度快、成本低等优点，可以更好地满足药物研发的需求。
一、深度学习在药物分子与靶点互作关系研究中的应用深度学习在药物分子与靶点互作关系研究中的应用主要分为两个方面：药物分子筛选和靶点描述符提取。
1.药物分子筛选药物分子筛选是药物研发中非常重要的一个环节，它的目标是从大量的化合物中筛选出有望成为有效药物的分子，进一步进行实验验证。
深度学习可以通过构建合适的神经网络模型，从已知的药物-靶点互作数据库中自动学习出药物的描述符，发现有可能与给定靶点发生相互作用的化合物。
其主要思路是将药物分子和靶点描述符转换为向量形式，并通过使用神经网络模型从中发现潜在的药物靶点互作关系。
2.靶点描述符提取靶点描述符提取是深度学习在药物研发领域中的另一个重要应用。
它是将靶点分子的特征信息转换为数值型数据的过程，以便通过机器学习的方法对药物和靶点之间的作用关系进行预测。
深度学习可以通过对靶点分子的结构信息进行学习，自动提取出与该分子的功能和特性相关的描述符信息，进而为药物研究提供参考依据。
二、深度学习在药物分子与靶点互作关系研究中的优点深度学习在药物分子与靶点互作关系研究中具有以下几个优点：1.提高研究效率药物研究通常需要大量的实验验证，需要在实验室中进行大量的实验操作、数据处理和分析，并需要对大量数据进行整理和归纳。
如何利用生物大数据进行药物靶点预测
如何利用生物大数据进行药物靶点预测在当今科技高速发展的时代，生物大数据成为了药物研发和医学领域的重要工具之一。
通过分析大规模的生物信息数据，可以揭示出药物与靶点之间的关系，从而快速预测药物的作用机制和靶点。
本文将介绍如何利用生物大数据进行药物靶点预测的方法和技术。
药物靶点预测是指预测一个化合物与生物体内的蛋白质靶点之间的相互作用。
在药物开发过程中，找到合适的靶点是至关重要的，因为药物与靶点之间的相互作用决定了药物的疗效和副作用。
利用生物大数据进行药物靶点预测的方法可以加速药物研发过程，节约时间和资源。
首先，利用生物大数据进行药物靶点预测的第一步是建立一个合适的数据库。
这个数据库应该包含大量已知的药物和对应的靶点信息，以及其他生物信息数据，如基因表达谱和蛋白质结构。
常用的数据库包括PubChem、ChEMBL和DrugBank 等。
这些数据库中的数据可以为后续的药物靶点预测提供参考和支持。
其次，利用生物大数据进行药物靶点预测的关键步骤是特征提取和分析。
特征提取是将药物和靶点的生物信息数据转换为可量化的特征向量，以便进行后续的数据分析和模型构建。
通常，药物的特征向量可以由分子描述符表示，如化学结构描述符和药物分子指纹。
靶点的特征向量可以由蛋白质序列和结构特征表示，如氨基酸组成、二级结构和溶剂可及性等。
通过对药物和靶点的特征向量进行特征分析，可以找到与药物活性相关的特征，为后续的药物靶点预测提供依据。
接着，利用生物大数据进行药物靶点预测的下一步是模型构建和评估。
根据已知的药物与靶点的相互作用数据，可以利用机器学习和统计学方法构建预测模型。
常用的模型包括支持向量机（SVM）、随机森林（Random Forest）和深度学习神经网络等。
通过对模型的训练和评估，可以得到一个高质量的预测模型，用于预测未知药物与靶点的相互作用。
同时，交叉验证和验证集的使用可以评估模型的性能和稳定性。
最后，利用生物大数据进行药物靶点预测的最后一步是预测与验证。
生物大数据技术的药物靶点预测方法与工具
生物大数据技术的药物靶点预测方法与工具概述生物大数据的快速发展为药物研发带来了新的机遇和挑战。
药物靶点预测是药物研发中的一项重要任务，它能够帮助科研人员快速发现药物的作用靶点，加速药物开发和验证过程。
本文将介绍生物大数据技术在药物靶点预测方面的方法和工具。
方法1. 基于机器学习的预测方法：机器学习是一种通过训练模型来预测和分类的方法。
在药物靶点预测中，科研人员可以利用机器学习算法来构建模型，通过输入药物的结构信息和生物标志物数据来预测药物的靶点。
常用的机器学习算法包括支持向量机（SVM）、随机森林（Random Forest）和神经网络（Neural Network）等。
这些算法能够从大规模的生物数据中学习模式，并利用学到的模式来预测药物的靶点。
2. 基于网络分析的预测方法：网络分析是一种通过构建和分析生物网络来推断靶点的方法。
在药物靶点预测中，科研人员可以构建生物网络，将药物、蛋白质和基因等元素以节点的形式表示，并通过节点之间的连接关系来推断药物的靶点。
常用的网络分析方法包括蛋白质互作网络分析、基因调控网络分析和药物-蛋白质相互作用网络分析等。
这些方法能够挖掘出药物和目标之间的潜在联系，帮助科研人员预测药物的靶点。
3. 基于数据挖掘的预测方法：数据挖掘是一种通过从大规模数据中发现隐藏模式和知识的方法。
在药物靶点预测中，科研人员可以利用数据挖掘技术来挖掘药物和靶点之间的关联规则，进而预测药物的靶点。
常用的数据挖掘算法包括关联规则挖掘、序列模式挖掘和聚类分析等。
这些算法能够从海量的数据中发现药物和目标之间的关联性，为药物靶点预测提供参考。
工具1. SwissTargetPrediction：这是一个常用的药物靶点预测工具，它基于化学结构相似性原理，可以预测化合物和蛋白质之间的相互作用。
用户只需输入化合物的结构信息，该工具就可以快速预测出潜在的靶点，帮助科研人员进行进一步的研究和验证。
2. STITCH：这是一个综合的药物-蛋白质相互作用数据库和分析工具，它集成了大量的生物信息学数据，包括药物、蛋白质和基因等。
面向药物-靶标相互作用预测的多特征学习方法共3篇
面向药物-靶标相互作用预测的多特征学习方法共3篇面向药物-靶标相互作用预测的多特征学习方法1药物-靶标相互作用预测是一项重要的任务，可以为药物研究提供有价值的信息，加速新药物的开发和推广。
目前，机器学习和深度学习方法已被广泛应用于药物-靶标相互作用预测领域，其中多特征学习方法是一种有效的策略。
多特征学习方法是指利用多种不同类型的特征来预测药物-靶标相互作用的方法。
这些特征包括药物分子的结构信息、靶标的序列信息、药物和靶标的互动方式等多种因素。
下面将分别介绍这些特征及其相关的多特征学习方法。
一、药物分子的结构信息药物分子的结构信息包括药物的化学结构、分子间的键结构、原子类型和化学键等信息。
由于药物的分子结构与其生物活性和靶标互动紧密相关，因此药物分子的结构信息已经成为药物-靶标相互作用预测中使用最为广泛的特征之一。
针对药物分子的结构信息，多特征学习方法包括基于特征融合的学习方法、利用图卷积神经网络的学习方法等。
其中，基于特征融合的学习方法将不同类型的结构信息融合在一起，例如基于化学结构的物理属性、分子拓扑信息、化学键的类型和数量等，结合多样的分类器进行预测。
而利用图卷积神经网络的学习方法，则将分子分解为节点和边，建立分子图谱，提取分子的拓扑信息和特征，运用卷积神经网络进行学习。
二、靶标的序列信息靶标的序列信息包括靶标的氨基酸序列、结构信息和二级结构等。
靶标的序列信息可以从多个方面反映其结构和功能，提供重要的信息以进行药物-靶标相互作用预测。
针对靶标的序列信息，多特征学习方法包括基于氨基酸序列的学习方法、基于结构信息的学习方法等。
其中，基于氨基酸序列的学习方法使用构建蛋白质亚型的策略，将靶标的序列分成若干种类型，通过融合特征提取和多分类器学习，全面预测药物-靶标相互作用的概率。
基于结构信息的学习方法则可以通过结构信息和序列信息的融合，提取靶标序列的二级结构，运用深度学习模型进行训练和预测。
三、药物和靶标的互动方式药物和靶标的互动方式包括靶标的三维结构、表面特征、电荷分布等信息，同时考虑药物分子与靶标分子之间的物理和化学相互作用。
使用生物大数据技术进行药物靶点预测方法解析
使用生物大数据技术进行药物靶点预测方法解析随着基因组学和蛋白质组学技术的快速发展，越来越多的生物大数据积累并用于医药研究。
药物靶点预测是药物研发过程中的重要环节之一，它可以帮助药物研究人员快速、准确地确定潜在的靶点，并进一步加速新药的发现和开发。
本文将介绍使用生物大数据技术进行药物靶点预测的方法和技术。
一、生物大数据技术的应用生物大数据技术主要利用基因组学、蛋白质组学和代谢组学等方法，通过收集和分析大规模的生物数据，为药物研究和发现提供有力的支持。
在药物靶点预测方面，生物大数据技术能够帮助识别靶点的生物信息，进而预测药物与靶点之间的相互作用。
二、药物靶点预测的方法和技术1. 蛋白质序列相似性分析：该方法通过比较药物和已知蛋白质的序列相似性来预测潜在的药物靶点。
生物大数据技术中的数据库如UniProt、NCBI和Ensembl等，提供了庞大的蛋白质序列信息，可以用于进行比对和分析。
通过比对药物与已知蛋白质之间的序列相似性，研究人员可以快速发现潜在的靶点。
2. 蛋白质结构预测：药物靶点的结构信息对于药物研发具有重要意义。
生物大数据技术中的蛋白质结构数据库，如Protein Data Bank（PDB），提供了大量的蛋白质三维结构信息。
研究人员可以利用这些数据进行药物靶点的结构预测，以及药物与靶点之间的相互作用模拟。
3. 基于数据挖掘的方法：生物大数据中蕴含着丰富的药物和靶点关联信息，通过数据挖掘技术，可以挖掘出隐藏在大数据中的模式和规律，进而预测药物的靶点。
这种方法主要通过构建药物-靶点网络，利用网络分析和图像算法，识别出核心的节点和模块，从而预测与目标相关的药物靶点。
4. 基于机器学习的方法：生物大数据中的样本数据可以用于构建预测模型。
机器学习方法通过训练和优化模型，可以预测药物与靶点之间的相互作用。
其中常用的机器学习算法包括支持向量机（SVM）、随机森林（RF）和人工神经网络（ANN）等。
这些方法可以利用大数据中的信息，对新的药物-靶点对进行预测。
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文章多张图，药物-靶点互作预测数据库汇总
小伙伴们多多少少都会和小分子打交道，这不，我们遇到了一个小伙伴求助：一个药物单体，想知道有哪些作用靶点？我们在开展实验之前就有必要数据挖掘一番，来研究一下我们的单体或小分子化合物。
这里我们对常见的数据库进行了总结。
STITCH数据库
STITCH数据库(/)是一个用于检索已知的以及被预测的化合物和蛋白质之间互作关系的平台。
STITCH数据库中包含超过30,000的小分子化合物以及来自1133个物种的260万个蛋白质之间的互作关系，相互关系合并自BindingDB, PharmGKB 和the Comparative Toxicogenomics数据库该数据库。
TCMSP数据库
中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP, /tcmsp.php)是一种独特的中草药系统药理学平台，它能捕捉药物、靶标和疾病之间的关系。
该数据库包括化学物质、靶点和药物靶点网络，以及相关的药物靶点网络，以及涉及口服生物利用度、药物相似度、肠上皮通透性、血脑屏障、水溶性等天然化合物的药代动力学特性。
这一突破激发了在各种中草药中寻找候选药物的新兴趣。
TTD数据库
TTD数据库（Therapeutic Target Database， /group/cjttd/）提供了已知或正在探索的可用作治疗的蛋白质靶点和核苷酸靶点的信息，以及与这些靶点对应的靶疾病，靶通路和相应的药物/配体信息。
也包含这些靶点在其他数据库中的相关链接，包括靶点的功能，序列，3D结构，配体结合性质，酶的命名以及相关文献等信息的链接。
目前，此数据库中包含1174个靶点以及1251个药物/配体.
DrugBank数据库
DrugBank数据库（/）是一个整合了生物信息学和化学信息学资源，并提供详细的药物数据与药物靶标信息及其机制的全面分子信息，包括药物化学、药理学、药代动力学、ADME及其相互作用信息。
目前DrugBank 5.0包含了10971种药物和4900种蛋白靶标的信息。
这些药物包括2,391种FDA批准的小分子药物，934种批准的生物技术药物，109种营养药物和5090多种实验药物。
ChEMBL数据库
ChEMBL数据库（/chembl/）是欧洲生物信息研究所开发的一个在线的免费数据库，它通过从大量文献中收集各种靶点及化合物的生物活性数据，为药物化学家们提供了一个非常便利的查询靶点或化合物的生物活性数据的平台。
截至2019年10月29日，该数据库共收集了12482个靶点，187.9万个化合物，共有15500万条生物活性信息。
通过该数据库，用户可以快速查询到某个靶点目前以报道的化合物及其活性信息，也可以查询某个化合物在哪些靶点做个生物活性测试及其数据。
这些数据都来源于各种已报道的文献，数据较为可靠，且能够溯源，查询到数据的出处。
BindingDB数据库
Binding database数据库(/bind/index.jsp)是一个可公开访问的主要收集药物靶点蛋白质和类药小分子之间相互作用亲和力的数据库，目的是使研究者更容易通过网络获取相关分子的非共价结合数据，从而促进药物研发和结合预测模型的构建。
BindingDB 的数据来自PDB 相关文献报道数据、专利信息、PubChem BioAssays 数据和ChEMBL 记录数据。
数据库当前包含6929 个蛋白靶点和505 999个小分子之间1161912个结合数据。
在拥有亲和力值的蛋白质- 配体晶体复合物中有2291 个蛋白质拥有100% 的序列一致性，5816 个蛋白质拥有85% 的序列一致性。