《生物信息学》课程大作业

河南科技大学

2015至2016学年第2学期

课程大作业

课程《生物信息学》年级、专业生物科学2013级

选择感兴趣的一个蛋白质（每人1题，相互之间不能重复），从GenBank数据库中搜索编码该蛋白的核酸序列及其相应的蛋白序列（5分），从PubMed数据库下载2015年度以来发表的最新论文一篇（2分）并注明该蛋白的功能（3分）。综合应用所学的生物信息学实践操作技能进行以下分析：

1)应用Primer premier 5.0软件，设计1对半定量RT-PCR扩增引物（10分）、

1对扩增CDS编码区的PCR扩增引物（10分）、1对用于构建原核表达

载体（pET32a）的PCR扩增引物（10分）。

2)应用BLAST在线分析工具，同时在核苷酸和氨基酸水平生进行序列同源

性比对搜索分析（10分）。

3)应用在线分析工具，对该蛋白序列的分子量、等电点、跨膜结构域、亚细

胞定位、信号肽、疏水性分析等理化性质进行预测（20分）。

4)以蛋白质的氨基酸序列为对象，应用MEGA 5.0软件对其同源序列进行多

序列比对（10分）并构建分子系统发育树（10分）。

5)基于SUPERFAMILY Sequence Search分析，明确该蛋白属于何种超级家

族（2分）；基于CDD数据库，明确该蛋白的保守结构域（3分）；基于

Protein Modeling，预测该蛋白的3D结构（5分）。

具体要求:

1、以报告的形式提交，打印成册，格式如下：

1)封面标题：《生物信息学》大作业及相应的题目，注明姓名、班级和学号

等信息。

2)报告正文：写作要严谨、详实，结构清晰，图表要清楚。要写明使用的程

序、工具，要对结果进行简要的分析、评论和讨论。