植物GRAS家族转录因子的研究现状
大豆根瘤共生固氮分子机制研究进展

34 2017, V ol.37, No.21※农业科学农业与技术共生固氮是一个极其复杂的生物过程,它是由根瘤菌与寄主植物互作产生的,主要过程为寄主根部产生类黄酮,吸引根瘤菌附着于根毛,产生并释放NF,被寄主的NF受体识别,产生钙峰信号—结瘤信号,根毛变形弯曲包裹根瘤菌,根瘤菌侵入后通过宿主植物中所形成的一些管状结构达到宿主根的皮层,形成侵入线。
随后,皮层细胞进行有丝分裂,继而形成根瘤原基。
经过发育,成熟的根瘤即可固氮,当根瘤达到一定数量时寄主会产生信号“Q”,传导到茎,茎部受体接收信号,产生细胞分裂素,传导回根部,终止结瘤[1]。
在这个过程中,涉及到寄主植物的多个基因,主要包括调控根瘤原基形成的基因、参与根瘤发育的基因、根瘤自我调控途径基因以及固氮相关的基因。
1 调控根瘤元基形成的基因经过攻关已初步解析了豆科植物根瘤形成的遗传机制。
现已在百脉根、苜蓿、大豆中克隆了NF受体1(NFR1)和受体5(NFR5)基因,为编码跨膜的Lys-M-型丝氨酸/苏氨酸受体激酶。
在百脉根中发现一个与NFR5互作的小GTP酶ROP6,其对侵入线形成及结瘤过程均具有正调控作用[2,3]。
NFR1和NFR5形成异源二聚体接收NF,启动一系列的下游信号转导级联反应,包括质膜上受体激酶(DMI2、SYM19、NORK)的表达,以及离子通道蛋白(DMI1)等的表达,从而诱导钙峰的产生以及根毛的弯曲变形[4,5]。
依赖钙离子蛋白的激酶(DMI3)和GRAS-家族转录因子NSP1和NSP2基因也被克隆,处于NFR和DM2、DM1等基因的下游对胞质 Ca2+浓度变化产生响应[6]。
转录因子NIN也在侵染线和根瘤原基中起着重要的作用,它可能与NSP1和NSP2联合在一起,共同调节表皮中结瘤基因的表达和结瘤过程[7]。
除了钙离子通道蛋白参与信号转导外,在百脉根中发现共生信号钾离子通道蛋白基因:2个同源基因Castor和Pollux,它们可以弥补钾离子渗透所产生的电荷不平衡,是细胞核周围钙离子激增所必需的,其中Castor 定位于核膜上[8]。
DELLA蛋白的研究进展

DELLA蛋白的研究进展摘要在已发现的植物赤霉素(ga)信号传递分子中,有一类n端具有高度保守的della结构域,称为della家族蛋白。
介绍了della蛋白的保守域结构、上游基因及降解。
关键词 della蛋白;ga;研究进展中图分类号 q945.11 文献标识码a文章编号1007-5739(2008)19-0132-01赤霉素是植物体内一类具有广泛生理功能的植物激素,简称ga,最初是从引起水稻恶苗病的赤霉菌的分泌物中分离出来的。
一般植物体内至少有2种或2种以上的赤霉素,不同赤霉素之间可以相互转变。
赤霉素能够调节包括种子萌发、叶片伸展、根茎伸长、开花时间以及花和果实发育等一系列植物发育过程。
遗传学以及分子生物学的研究鉴定了赤霉素的受体以及赤霉素信号转导通路上的几个正调控因子和负调控因子。
在它们之中3个最主要的调节因子就是赤霉素受体、della蛋白以及控制della蛋白稳定性的f-box蛋白。
1della蛋白的保守结构域della蛋白位于细胞核中,在ga信号转导中起阻遏作用。
在della 蛋白的氨基酸序列中,n端的同源性总体上不高,但存在della和tvhynp两个非常保守的酸性结构域,中部有一个核定位信号结构域(n l s)rkvatyfglarr,其后有一个保守氨其酸结构域vhiid和亮氨酸重复序列lz,在c端有类似sh2结构域rlsgtfldreslyy3fdslegg、rver和saw结构域的结构。
itoh等用水稻slr1基因的不同核苷酸缺失突变体分析了della蛋白不同保守结构域的功能。
他们认为della与tvhynp结构是ga信号感知结构域,polys/t/v(丝氨酸、苏氨酸、缬氨酸富集区)是调节结构域,lz是二聚化结构域,c端的vhiid、sh2和saw等结构是阻遏结构域。
2della蛋白的上游基因早期的研究结果显示pil5-光响应的螺旋环螺旋结构蛋白能够抑制种子的萌发。
在黑暗条件下,pil5能够促进赤霉素信号转导通路上的抑制因子gai和 rga的表达。
作物理想株型研究进展

赵睿涵,钱建财,张 莉,等.作物理想株型研究进展[J].江苏农业科学,2024,52(4):31-40.doi:10.15889/j.issn.1002-1302.2024.04.005作物理想株型研究进展赵睿涵1,钱建财2,张 莉2,常剑波3,古庆辉4,黄五星1(1.河南农业大学烟草学院,河南郑州450046;2.江苏中烟工业有限责任公司,江苏南京210000;3.河南省烟草公司三门峡市公司,河南三门峡472000;4.三门峡市烟草公司渑池县分公司,河南渑池472400) 摘要:随着现代农业科学的发展,株型的内涵由原先的作物形态结构性状转变为株型的改善,这是生理综合作用的结果。
理想株型的培育能够合理控制群体结构,优化个体长势,从而促进作物对光的利用,提高干物质积累能力,改善作物对土壤养分的吸收特性,提高作物抗逆性等。
因此,本文首先从叶部、茎部、穗部和根部4个方面综述了作物理想株型的形态特征,随后从叶部、茎部、穗部和根部4个方面总结了培育作物理想株型的遗传基础,最后从种植密度、肥料、灌水以及化学调控等方面总结了理想株型调控栽培技术,以期为理想株型的培育提供理论依据。
关键词:作物;理想株型;形态特征;遗传;栽培技术 中图分类号:S359 文献标志码:A 文章编号:1002-1302(2024)04-0031-10收稿日期:2023-05-31基金项目:江苏中烟工业有限责任公司科技项目(编号:20220729);河南省科技攻关项目(编号:202102310026)。
作者简介:赵睿涵(1999—),男,辽宁大连人,硕士研究生,主要从事烟草品质生态与质量评价研究。
E-mail:190315674@qq.com。
通信作者:黄五星,博士,副教授,主要从事烟草品质生态与质量评价研究。
E-mail:wxhuang@henau.edu.cn。
株型是作物品质的外在表型,在一定程度上决定作物的光合速率、产生的干物质量以及抗逆性等。
本科生物医学工程选题

1.水稻HD3外源基因花粉逃逸能力2.接种AM真菌对黄芪生长及有效成分的影响3.丛枝真菌对食叶草生长发育影响4.红心火龙果全息蛋白质组提取方法优化5.拟南芥ANNAT4基因植物表达载体的构建6.四环素浓度对大豆植株生长的影响7.拟南芥GSNOR1基因的克隆及其序列分析8.应用植物凋落物分解评估溪流生态系统健康研究进展9.AMF复合菌剂对水稻育苗影响10.香蕉果皮发酵富钾液肥方法优化11.一株马铃薯晚疫病拮抗菌C1-17发酵条件优化12.甜菜M14品系愈伤组织的诱导研究13.氯氟吡啶酯对稻田土壤真菌多样性的影响14.城市厨余垃圾生产高品质园艺用土研究进展15.拟南芥IPUT1基因植物表达载体的构建16.一株类芽孢杆菌菌株对烟草生长表型的影响17.一株马铃薯晚疫病拮抗菌发酵条件优化18.大城市厨余垃圾资源化处理研究进展19.转基因抗虫水稻对土壤细菌的影响20.烯禾啶对肇东苜蓿生长的影响21.外源苯甲酸对紫苏种子发芽和幼苗生长的影响22.拟南芥GSNOR1基因植物表达载体的构建23.干旱胁迫下甜菜M14品系表型分析24.不同海拔梯度小叶章种群土壤真菌群落结构和多样性25.拟南芥IPUT1基因的克隆及其序列分析26.Cd胁迫下丛枝菌根真菌与印度梨形孢对土壤酶活的影响27.印度梨形孢产功能酶的初步研究28.不同果肉颜色火龙果全息蛋白质组提取技术优化29.水稻HD2外源基因对土壤微生物的水平转移30.拟南芥ANNAT4基因原核表达载体的构建31.鸡胚原代细胞培养生长曲线模型研究32.拟南芥SMXL1基因的克隆及其序列分析33.水稻食味品质遗传研究进展34.氮沉降对红松人工林土壤碳降解相关酶活性的影响35.北方水稻耐盐碱QTL定位分析36.植物激素对汉麻愈伤组织诱导的影响研究37.BvM14-RIN4基因真核表达载体的构建以及互作蛋白预测38.印度梨形孢提高植物抗逆能力的研究进展39.稻花香2号与龙粳31香味基因的差异性分析40.不同pH条件下耐酸真菌产功能酶初步研究41.龙粳31香味基因OsBadh2的定点敲除42.拟南芥BIN2基因的克隆及其序列分析43.拟南芥IPUT1基因原核表达载体的构建44.甜菜M14品系转录因子WOX8转录激活活性分析45.好氧反硝化细菌的筛选分离鉴定及其脱氮性能研究46.丛枝菌根真菌对大豆植株Cd转运和累积的影响47.汉麻愈伤组织的诱导和分化研究48.一个玉米蛋白酶抑制剂基因克隆与生物信息学分析49.利用花药培养技术创建稻花香2号与空育131杂交衍生的双单倍体群体50.产L-肉碱的菌种筛选及发酵条件的优化51.利用测序定位分析亚麻抗白粉病基因52.不同激素对甜菜愈伤组织诱导的影响53.益生菌发酵果蔬汁营养成分及功能特性的研究进展54.不同温度、时间、IPTG和菌种浓度对丁肝抗原蛋白表达量的影响55.重组鸡EED基因在大肠杆菌中高效表达的基因优化设计56.甜菜BvEXP-A10-like基因的克隆及分析57.拟南芥SMXL1基因原核表达载体的构建58.水稻产量相关性状遗传研究进展59.一株贝莱斯芽孢杆菌X3-2抑菌功能研究60.模拟氮沉降对土壤氨基糖影响的研究进展61.AMF提高植物抗铅胁迫的研究进展62.精喹禾灵对肇东苜蓿生长的影响63.重组人铁蛋白在大肠杆菌中高效表达的基因优化设计64.利用定点改变技术修饰空育131中的NPT1基因65.高产蛋白紫苏品种选育66.拟南芥BIN2基因植物表达载体的构建67.一株马铃薯晚疫病拮抗菌X3-2发酵条件优化68.不同海拔小叶章种群土壤酶活性69.红松人工林土壤碳氮转化酶对氮沉降的响应70.镉胁迫下异形根孢囊霉对汉麻抗逆性酶活性的影响71.甜菜原生质体制备工艺的优化72.甜菜根腐病源菌分离鉴定73.不同海拔梯度小叶章种群土壤理化性质74.一株马铃薯晚疫病拮抗枯草芽孢杆菌分离鉴定75.高寒地区厨余垃圾生产EM肥菌群变化分析76.沙棘真菌分离鉴定77.耐酸微生物抗重金属毒性的研究进展78.吡氟酰草胺对不同土壤微生物群落结构影响79.不同浓度TiO2对甜菜M14品系幼苗生长的影响80.甜菜愈伤组织诱导的激素筛选研究81.玉米芯腐熟剂--开创复合菌剂新未来(创新创业成果)82.氮沉降背景下森林土壤微生物多样性的研究进展83.玉米自交系Mo17蛋白酶抑制剂基因原核表达载体构建84.玉米丝氨酸蛋白酶抑制剂原核表达载体构建85.定向改良水稻第8染色体香味基因的TALEN载体的构建86.枯草芽孢杆菌分离鉴定87.半纤维素酶高产菌株的筛选88.利用测序分析亚麻自然群体的遗传结构89.长白山不同海拔梯度土壤理化性质的变化90.甜菜M14品系叶片愈伤组织的诱导91.一株耐锰真菌的分子鉴定及对重金属耐受能力的初步研究92.水稻HD1外源基因花粉逃逸能力93.AMF复合菌剂对水稻育苗影响94.香蕉果皮发酵富钾液肥方法优化95.一株马铃薯晚疫病拮抗菌C1-17发酵条件优化96.甜菜M14品系愈伤组织的诱导研究97.氯氟吡啶酯对稻田土壤真菌多样性的影响98.城市厨余垃圾生产高品质园艺用土研究进展99.拟南芥IPUT1基因植物表达载体的构建100.一株类芽孢杆菌菌株对烟草生长表型的影响101.一株马铃薯晚疫病拮抗菌发酵条件优化102.大城市厨余垃圾资源化处理研究进展103.转基因抗虫水稻对土壤细菌的影响104.烯禾啶对肇东苜蓿生长的影响105.外源苯甲酸对紫苏种子发芽和幼苗生长的影响106.拟南芥GSNOR1基因植物表达载体的构建107.干旱胁迫下甜菜M14品系表型分析108.不同海拔梯度小叶章种群土壤真菌群落结构和多样性109.拟南芥IPUT1基因的克隆及其序列分析110.Cd胁迫下丛枝菌根真菌与印度梨形孢对土壤酶活的影响111.印度梨形孢产功能酶的初步研究112.不同果肉颜色火龙果全息蛋白质组提取技术优化113.水稻HD2外源基因对土壤微生物的水平转移114.拟南芥ANNAT4基因原核表达载体的构建115.鸡胚原代细胞培养生长曲线模型研究116.拟南芥SMXL1基因的克隆及其序列分析117.水稻食味品质遗传研究进展118.氮沉降对红松人工林土壤碳降解相关酶活性的影响119.北方水稻耐盐碱QTL定位分析120.植物激素对汉麻愈伤组织诱导的影响研究121.利用花药培养技术创建稻花香2号与空育131杂交衍生的双单倍体群体122.产L-肉碱的菌种筛选及发酵条件的优化123.利用测序定位分析亚麻抗白粉病基因124.不同激素对甜菜愈伤组织诱导的影响125.益生菌发酵果蔬汁营养成分及功能特性的研究进展126.不同温度、时间、IPTG和菌种浓度对丁肝抗原蛋白表达量的影响127.重组鸡EED基因在大肠杆菌中高效表达的基因优化设计128.甜菜BvEXP-A10-like基因的克隆及分析129.拟南芥SMXL1基因原核表达载体的构建130.水稻产量相关性状遗传研究进展131.一株贝莱斯芽孢杆菌X3-2抑菌功能研究132.模拟氮沉降对土壤氨基糖影响的研究进展133.AMF提高植物抗铅胁迫的研究进展134.精喹禾灵对肇东苜蓿生长的影响135.重组人铁蛋白在大肠杆菌中高效表达的基因优化设计136.利用定点改变技术修饰空育131中的NPT1基因137.一株马铃薯晚疫病拮抗枯草芽孢杆菌分离鉴定138.高寒地区厨余垃圾生产EM肥菌群变化分析139.沙棘真菌分离鉴定140.耐酸微生物抗重金属毒性的研究进展141.吡氟酰草胺对不同土壤微生物群落结构影响142.不同浓度TiO2对甜菜M14品系幼苗生长的影响143.甜菜愈伤组织诱导的激素筛选研究144.玉米芯腐熟剂--开创复合菌剂新未来(创新创业成果)145.氮沉降背景下森林土壤微生物多样性的研究进展146.玉米自交系Mo17蛋白酶抑制剂基因原核表达载体构建147.玉米丝氨酸蛋白酶抑制剂原核表达载体构建148.定向改良水稻第8染色体香味基因的TALEN载体的构建149.枯草芽孢杆菌分离鉴定150.半纤维素酶高产菌株的筛选151.利用测序分析亚麻自然群体的遗传结构152.长白山不同海拔梯度土壤理化性质的变化153.甜菜M14品系叶片愈伤组织的诱导154.一株耐锰真菌的分子鉴定及对重金属耐受能力的初步研究155.水稻HD1外源基因花粉逃逸能力156.水稻HD3外源基因花粉逃逸能力157.拟南芥ANNAT4基因的克隆及其序列分析158.分子标记在水稻遗传育种中的应用159.云南樟叶精油微波法提取及抑制活性研究160.黑龙江中央站黑嘴松鸡国家级自然保护区不同森林类型土壤微生物功能多样性分析161.水稻HD4外源基因对土壤微生物的水平转移162.甜菜GRAS转录因子全基因组家族鉴定及生物信息学分析163.利用分离群体定位分析亚麻抗白粉病基因164.异丙甲草胺对肇东苜蓿生长的影响165.农业对源头溪流底栖动物群落结构与功能的影响166.烯草酮对肇东苜蓿生长的影响167.世界三大黑土区利用和保护措施的论述168.模拟氮沉降对三江平原小叶章湿地土壤微生物碳代谢的影响169.接种AM真菌对黄芪生长及有效成分的影响170.丛枝真菌对食叶草生长发育影响171.红心火龙果全息蛋白质组提取方法优化172.拟南芥ANNAT4基因植物表达载体的构建173.四环素浓度对大豆植株生长的影响174.拟南芥GSNOR1基因的克隆及其序列分析175.应用植物凋落物分解评估溪流生态系统健康研究进展176.高产蛋白紫苏品种选育177.拟南芥BIN2基因植物表达载体的构建178.一株马铃薯晚疫病拮抗菌X3-2发酵条件优化179.水稻基因gfr分子检测体系及其应用180.不同海拔小叶章种群土壤酶活性181.红松人工林土壤碳氮转化酶对氮沉降的响应182.镉胁迫下异形根孢囊霉对汉麻抗逆性酶活性的影响183.甜菜原生质体制备工艺的优化184.甜菜根腐病源菌分离鉴定185.不同海拔梯度小叶章种群土壤理化性质186.拟南芥ANNAT4基因的克隆及其序列分析187.分子标记在水稻遗传育种中的应用188.云南樟叶精油微波法提取及抑制活性研究189.黑龙江中央站黑嘴松鸡国家级自然保护区不同森林类型土壤微生物功能多样性分析190.水稻HD4外源基因对土壤微生物的水平转移191.甜菜GRAS转录因子全基因组家族鉴定及生物信息学分析192.利用分离群体定位分析亚麻抗白粉病基因193.异丙甲草胺对肇东苜蓿生长的影响194.农业对源头溪流底栖动物群落结构与功能的影响195.烯草酮对肇东苜蓿生长的影响196.世界三大黑土区利用和保护措施的论述197.模拟氮沉降对三江平原小叶章湿地土壤微生物碳代谢的影响198.BvM14-RIN4基因真核表达载体的构建以及互作蛋白预测199.印度梨形孢提高植物抗逆能力的研究进展200.稻花香2号与龙粳31香味基因的差异性分析201.不同pH条件下耐酸真菌产功能酶初步研究202.龙粳31香味基因OsBadh2的定点敲除203.拟南芥BIN2基因的克隆及其序列分析204.拟南芥IPUT1基因原核表达载体的构建205.甜菜M14品系转录因子WOX8转录激活活性分析206.好氧反硝化细菌的筛选分离鉴定及其脱氮性能研究207.丛枝菌根真菌对大豆植株Cd转运和累积的影响208.汉麻愈伤组织的诱导和分化研究209.一个玉米蛋白酶抑制剂基因克隆与生物信息学分析。
谷子SHR_基因的全基因组鉴定与表达分析

山西农业科学2022,50(6):809-815Journal of Shanxi Agricultural Sciences谷子SHR 基因的全基因组鉴定与表达分析李露露,李艳芬,尹美强,赵娟,原向阳,温银元(山西农业大学农学院,山西太谷030801)摘要:植物SHR 蛋白参与调控植物生长发育中的多种代谢过程,尤其对根辐射形态的形成有很大影响。
为了了解谷子中SHR 基因在生长发育中的功能,参照拟南芥AtSHR 基因序列,筛选并鉴定谷子中的SHR 基因,并对其进行生物信息学分析,在此基础上对其在谷子中的表达模式进行分析。
结果显示,谷子中有2个SHR 基因,其中,SiSHR1位于9号染色体,CDS 全长1908bp ,编码635个氨基酸,SiSHR2位于2号染色体,CDS 全长1785bp ,编码594个氨基酸;2个SiSHR 蛋白均为不稳定的酸性亲水蛋白;SiSHR 蛋白的二级结构组成大部分为无规则卷曲与α-螺旋,有少部分β-折叠和延长链。
SiSHR 基因只含有1个外显子,与水稻的OsSHR 亲缘关系更近,且均含有10个保守motif 基序,SiSHR 基因的启动子区含有光、激素(GA 、ABA 、生长素、水杨酸)等响应元件,SiSHR 蛋白与CYCLIN 、C2H2、SCL 、SHBY 、WOX 蛋白互作,其中与SCL 蛋白的互作方式为共表达;SiSHR 基因在谷子中的表达模式呈时空特异性,SiSHR1/SiSHR2基因在谷子的根中有最高的表达,且在苗期的表达量高于灌浆期;SiSHR 基因在谷子叶片中也有较高的相对表达量,且苗期表达量高于灌浆期。
SiSHR 基因可能通过应答GA 、生长素和ABA 信号途径,及蛋白互作的方式参与调控谷子叶片的发育及根的形态建成。
关键词:谷子;SHR 蛋白;理化性质;蛋白结构;表达模式中图分类号:S515文献标识码:A文章编号:1002‒2481(2022)06‒0809‒07Genome-wide Identification and Expression Analysis of SHR Gene in Setaria italicaLI Lulu ,LI Yanfen ,YIN Meiqiang ,ZHAO Juan ,YUAN Xiangyang ,WEN Yinyuan(College of Agriculture ,Shanxi Agricultural University ,Taigu 030801,China )Abstract :Plant SHR proteins regulate various metabolic processes in plant growth and development,which has great influence on the formation of root radiation morphology.To understand the function of SHR genes in growth and development of Setaria italica ,SHR genes in Setaria italic were screened and identified via reference of the sequence of AtSHR in Arabidopsisthaliana and was analyzed through bio -informatics software,based on work above,the expression pattern of the genes in Setaria italica was analyzed.The results showed that two SHR genes were identified in S.italica .Among them,SiSHR1was located on Chr.9with a CDS length of 1908bp,encoding 635amino acids.SiSHR2was located on Chr.2with a CDS length of 1785bp,encoding 594amino acids.The two SiSHR proteins were unstable and hydrophilic.The secondary structure of SiSHR proteins consisted mostly of random curl and α-helix,and a few β-folds and extended chain.SiSHR genes contained only one exon and 10conserved motifs,which was more closely related to OsSHR in Oryza sativa .The promoter region of SiSHR genes contained light,hormones(GA,ABA,auxin,salicylic acid)and other response elements.SiSHR proteins were predicted to interact with CYCLIN,C2H2,SCL,SHBY and WOX proteins and were co -expressed with SCL.The expression pattern of SiSHR genes were time -space specific.SiSHR1/2genes had the highest expression in roots and the expression level in seedling stage was higher than that in grain filling stage.SiSHR genes also had higher relative expression in leaves and the expression level in seedling stage was higher than that in grain filling stage.In conclusion,SiSHR genes were probably involved in regulating the development of leaves and the morphogenesis of roots in S.italica by responding to GA,auxin and ABA signals and protein interactions.Key words :Setaria italica ;SHR protein;physical and chemical properties;protein structure;expression patter谷子(Setaria italic )因其根系发达、次生根生长数量多、密集、庞大,且具有耐瘠薄、耐干旱,适应doidoi:10.3969/j.issn.1002-2481.2022.06.06收稿日期:2021-12-21基金项目:财政部和农业农村部:国家现代农业产业技术体系(CARS -06-13.5-A28);山西农业大学省部共建有机旱作农业国家重点实验室自主研发项目(202003-5);山西自然科学研究面上项目(20210302123373);黄土高原特色作物优质高效生产省部共建协同创新中心基金项目(SBGJXTZX -31)作者简介:李露露(1997-),女,山西石楼人,在读硕士,研究方向:植物生理与分子生物学。
GA信号转导途径

赤霉素信号转导途径赤霉素( gibberellin, GA) 是日本人黑泽英一1926 年从水稻恶苗病的研究中发现的, 是一种由4 个异戊二烯单位组成的四环双萜类植物激素. GA 的种类很多, 具有生理活性的GA 在植物的一生中都对其生长发育起到调控作用, 包括种子萌发、下胚轴伸长、根茎叶和果实的生长、花的诱导、花和种子发育及开花、发育阶段转换等[ 20, 21] . 植物接受GA 信号, 影响基因的表达从而控制植物的发育. 目前, 人们对拟南芥和水稻中GA信号转导途径的研究取得了重大进步.DELLA 蛋白DELLA 蛋白是GA 信号传递的关键元件, 定位在细胞核. 作为GA 信号转导途径中保守的负调控因子,DELLA 蛋白位于GA 受体的直接下游调节植物中GA 介导的生长发育的各个方面. DELLA 蛋白属于一个更大的蛋白家族∀∀∀ GRAS( GAI, RGA, SCR) 蛋白家族成员[ 22] , GRAS 蛋白是转录调节因子, C末端有保守的GRAS 结构域. 拟南芥中共有30 个GRAS 家族成员, 它们的C 端非常保守, 但N 端却是多样性的, DELLA 蛋白的N 端含有保守的DELLA 结构域, 所以被称为DELLA 蛋白. DELLA 蛋白的C 端还有磷酸化或糖基化位点的polySer/ T hr 基序, 调节蛋白与蛋白相互作用的亮氨酸重复区( LHR) 、核定位信号( NLS) 和磷酸酪氨酸结合位点( SH2) ; N 端含有2 个高度保守区, 为DELLA 和VHYNP 结构域. DELLA 蛋白没有明确的DNA 结合域, 它们可能是通过与其他转录因子互作来进行转录调节[ 23] .目前, 已知的DELLA 蛋白有拟南芥中的GAI, RGA, RGL1,RGL2 和RGL3 及大麦中的SLN1、玉米中的D8、水稻中的SLR1、小麦中的RHT1、白菜中的BrRGA 和葡萄中的VvGAI 等. 拟南芥中的5 个DELLA蛋白既有各自独特的作用也有功能上的冗余: RGA 和GAI 抑制GA 诱导的营养性生长和花器官的形成; GA促进种子萌发主要由RGL2 调节; RGA, RGL1 和RGL2 参与花和果实的发育[ 24~ 28] .光信号系统光是最重要的环境因子之一, 不仅给植物提供能量, 也作为信号调控植物生长发育. 从种子萌发, 到幼苗脱黄化、向重力性、向光性、叶绿体移动、趋光性、生物钟和花期[ 44] , 植物具有完善的光受体系统, 来感受光的有无、波长、强度、方向和持续时间, 以便更好地适应环境. 光敏色素( phytochrome, phy) 是光的一类受体. 光敏色素蛋白基因是多基因家族, 在拟南芥中至少包括5 个基因, 分别是PHYA, PHYB, PHYC, PHYD,PHYE. 光敏色素的生理作用非常广泛, 它影响植物一生的形态建成, 从种子萌发到开花、结果及衰老.Phys 编码大约125 ku 的可溶性蛋白质, 在家族成员间能有选择性地形成同源或异源二聚体. 光敏色素的N 末端结构域与负责感受和转换光信号的发色团相连; C 末端结构域负责形成二聚物并具有核定位功能. 光敏色素有2 种类型: 红光吸收型( red light-absorbing form, Pr) 和远红光吸收型( far-redlight-absorbing form, Pf r) . Pr 的吸收高峰在660 nm, 而Pfr 的吸收高峰在730 nm; 当Pr 吸收660 nm 的红光后就转变为Pf r,当Pfr 吸收730 nm 的远红光后, 就转变为Pr; Pfr 是生理激活型, Pr 是生理失活型.近年来的研究提示, 对DELLA 蛋白丰度的调控可能是调节植物生长发育和环境响应的通用机制[145]. 光可以通过调节GA 合成基因和降解基因的转录, 调控拟南芥体内活性GA 的含量. 暗中生长的植物, 表达相对高水平的AtGA20ox1相对低水平的AtGA2ox1, 使得体内活性GA 的含量较高, 促进 DELLA 蛋白的降解. 这一调节机制在下胚轴生长和阴影躲避反应中起重要作用. 最近的工作阐明了光和GA 对下胚轴生长协同调节的分子机制[23,24]. 在光下生长的下胚轴中, GA 含量较低,DELLA 蛋白能和b-HLH 家族的PIF3/4 蛋白结合形成复合体使得PIF3/4 不能与DNA 结合, 并且在光下PIF 蛋白通过光受体PhyB 介导的途径被降解. 而在黄化苗中, 内源活性GA 含量较高, DELLAs 通过SCFSLY1/GID2 途径被降解, 因此, PIFs 从相互作用复合体中释放出来, 可以与DNA 结合介导下游基因的表达并调控下胚轴的伸长[23,24]. 光信号和GA 之间的作用比较复杂, PIL5 (PIF3 like-5)能够直接与DELLA 基因启动子上的G-Box 结合, 促进GA 和RGA 基因的转录. 植物受光刺激后, 激活光敏色素诱导PIL5 蛋白降解, 使得GAI 和RGA 蛋白水平降低[146].。
植物miR396及其靶基因进化、功能与应用研究进展
核农学报2024,38(3):0472~0480Journal of Nuclear Agricultural Sciences植物miR396及其靶基因进化、功能与应用研究进展童嘉琳1楼姝坪1徐云敏1, 2朱祝军1, 2何勇1, 2, *(1浙江农林大学园艺科学学院,浙江杭州311300;2农业农村部亚热带果品蔬菜质量安全控制重点实验室,浙江杭州311300)摘要:miR396是植物中一类保守的miRNA,通过切割/翻译抑制负调控靶基因,在植物生长发育、信号响应等过程起重要作用。
本研究对miR396和靶基因的功能进行总结,重点阐述了miR396的进化及其在农业生产上的应用,以期为深入探究miR396调控植物发育、提高作物产量和养分利用效率等提供参考。
关键词:miR396;靶基因;进化;功能;GRFDOI:10.11869/j.issn.1000‑8551.2024.03.0472miR396是一类内源性的非编码小分子RNA(大部分为21~22 nt)。
与其他miRNA相同,miR396由细胞核中的MIR(miRNA基因)在RNA聚合酶Ⅱ(RNA polymerase Ⅱ,RNA Pol Ⅱ)的作用下转录成具有茎环结构的pri-miRNA;接着由类RNase Ⅲ酶(Dicer-like 1,DCL1)切割形成miRNA/miRNA*双链;最后在甲基转移酶(HUA ENHANCER1,HEN1)和染色体区域维护因子1(Chromosomal Maintenance 1,CRM1)蛋白的作用下形成miRNA成熟体,对靶基因进行切割或翻译抑制[1-4]。
近年来研究表明,miR396可以参与植物生长发育、生物及非生物胁迫响应等过程[5-8]。
miR396的靶基因包括生长调节因子(growth-regulating factor,GRF)、基本螺旋-环-螺旋转录因子(basic Helix-Loop-Helix 74,bHLH74)、短营养期相关基因(short vegetative phase,SVP)、GRAS(含有GRAS结构域)家族基因成员(scarecrow-like 14,SCL14)、四肽重复样超家族蛋白基因(tetratricopeptide repeat-like superfamily protein,TPR)和氨基环丙烷羧酸氧化酶基因(1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid oxidase,ACO)等[9-13]。
WRKY转录因子的研究进展
WRKY转录因子的研究进展张凡;尹俊龙;郭瑛琪;岳艳玲【摘要】WRKYs是高等植物中最大的转录因子家族(TFs)之一.它具有特殊结构-WRKY结构域,这些结构可使WRKY转录因子拥有不同的转录调控功能.WRKY TFs 不仅可以通过调节植物激素信号转导途径来调节它们的应激反应,还可以结合其靶基因启动子中的W-box[TGACC(A/T)],通过激活或抑制下游基因的表达来调节它们的应激反应.此外,WRKY蛋白不仅可以与其他TFs相互作用来调控植物防御反应,而且还可以通过识别和结合本身目标基因中的W-box进行自我调节以调控其对各种压力的防御反应.因此,WRKY TFs不管是在植物响应生物胁迫中,还是非生物胁迫中都具有重要的作用.但是,近年来,关于WRKY TFs在高等植物中的调控作用的研究综述稀少且深度较浅.重点阐述了WRKY TFs的结构特征和分类,在植物生物胁迫和非生物胁迫中发挥的作用,以及通过调节植物激素信号转导途径、MAPK信号级联和自调控来调控各种胁迫,以期为将来WRKY TFs的研究提供理论参考和思路.%WRKYs is one of the largest transcription factor families(TFs)in higher plants. It has a special structure of WRKY domain, which allows WRKY transcription factors to have different transcriptional regulatory functions. WRKY TFs can regulate their stress responses not only by regulating the plant hormone signal transduction pathways,also by activating or inhibiting the expressions of downstream genes while binding to the W-box(TGACC(A/T))in the target gene promoter. In addition,WRKY protein can regulate plant defense responses to various stresses not only by interacting with other TFs,also by self-regulation while identifying and combining the W-box in its own target gene. Therefore,WRKY TFs playimportant roles in the responses of plants to biological and abiotic stresses. However,the current research on the regulatory roles of WRKY TFs in higher plants is rare and simple in recent years. In order to provide theoretical reference and ideas for future research on WRKY TFs,here we mainly summarized the structural features and classification of WRKY TFs,the roles in plant biological and abiotic stresses,and the regulations to various stresses via hormone signal transduction pathway,MAPK signal cascade and self-regulation.【期刊名称】《生物技术通报》【年(卷),期】2018(034)001【总页数】9页(P40-48)【关键词】WRKY转录因子;网络调控;胁迫【作者】张凡;尹俊龙;郭瑛琪;岳艳玲【作者单位】云南农业大学园林园艺学院,昆明 650201;云南农业大学园林园艺学院,昆明 650201;中国科学院昆明动物研究所,昆明 650000;云南农业大学园林园艺学院,昆明 650201【正文语种】中文植物在整个发育时期都会受到生物和非生物胁迫。
DELLA蛋白在植物生长发育中的作用
DELLA蛋白在植物生长发育中的作用蒋梦婷;渠慎春【摘要】DELLA蛋白作为GA信号转导通路中起抑制作用的转录因子,是一类定位在核内的生长抑制蛋白,可以直接与植物体内关键转录因子的蛋白互作,进而在许多植物信号活动中发挥核心作用.该文对近年来国内外有关模式植物及果树、蔬菜、花卉、粮食作物等植物DELLA蛋白基因家族的鉴定、时空表达模式、蛋白结构、参与的GA信号转导机理、与光敏色素互作因子PIF及F-box蛋白的互作及DELLA蛋白在植物种子萌发、形态建成、豆科植物根瘤菌共生、气孔关闭、植物抗逆反应等过程中的重要作用等方面的研究进展进行综述,并比较了DELLA蛋白基因家族在不同物种中的差异,对其今后的研究热点和方向进行了展望,为进一步探讨DELLA蛋白的功能提供信息.【期刊名称】《西北植物学报》【年(卷),期】2018(038)010【总页数】9页(P1952-1960)【关键词】DELLA蛋白;赤霉素(GA);植物激素;信号转导;植物生长发育【作者】蒋梦婷;渠慎春【作者单位】南京农业大学园艺学院,南京210095;南京农业大学园艺学院,南京210095【正文语种】中文【中图分类】Q789赤霉素(gibberellin, GA)作为一种重要的植物激素,几乎参与了高等植物生长和发育的各个过程,如种子萌发、茎和叶片伸长、下胚轴伸长、花的形成、果实的发育等[1]。
DELLA蛋白作为GA信号转导通路中起抑制作用的转录因子,是一类定位在核内的生长抑制蛋白,可以直接与植物体内关键转录因子的蛋白互作,进而在许多植物信号活动中发挥核心作用。
研究表明,DELLA蛋白能被拟南芥O-型岩藻糖转移酶SPINDLY(SPY)岩藻糖化,进而促进了DELLA蛋白与油菜素内酯关键调控子BRASSINAZOLE-RESISTANT1 (BZR1)以及光信号通路关键调控子包括PHYTOCHROME-INTERACTING-FACTOR3 (PIF3) 和PIF4的互作[2]。
基于GEO数据库分析水稻低温胁迫关键基因
阮先乐.基于GEO数据库分析水稻低温胁迫关键基因[J].江苏农业科学,2024,52(3):61-66.doi:10.15889/j.issn.1002-1302.2024.03.009基于GEO数据库分析水稻低温胁迫关键基因阮先乐(周口师范学院生命科学与农学学院,河南周口466001) 摘要:为了筛选水稻在低温胁迫下的关键基因,从GEO数据库下载水稻4个数据集中的70个样本。
利用在线分析程序GEO2R进行共同差异表达基因分析,并对这些差异表达基因进行GO、KEGG分析,构建蛋白质互作网络,对关键基因构建热图。
结果表明,获得共同差异表达基因51个,其中上调表达基因1个,下调表达基因50个。
上述基因的GO分析结果表明,其细胞组成主要集中在细胞、细胞要素和细胞器上;在分子功能上,上述基因的功能主要集中在结合、催化活性上;在生物过程中,上述基因的功能主要集中在细胞过程、代谢过程和生物调控上。
KEGG信号通路分析结果表明,上述基因主要参与植物激素信号转导等通路。
在构建的共同差异表达基因的蛋白质网络中,有29个节点。
另外,得到10个关键基因、2个关键子网络。
研究结果为进一步研究水稻低温胁迫关键基因奠定了基础,也有利于水稻低温育种。
关键词:水稻;GEO数据库;低温胁迫;共同差异表达基因;GO功能分析;KEGG信号通路分析 中图分类号:S511.01;S126 文献标志码:A 文章编号:1002-1302(2024)03-0061-06收稿日期:2023-04-10作者简介:阮先乐(1977—),男,河南淮阳人,硕士,讲师,主要从事植物育种和生物信息学研究。
E-mail:ruanxianle@126.com。
水稻(OryzasativaL.)起源于热带与亚热带,是低温敏感型作物。
低温严重影响了水稻的产量和品质,也限制了水稻向高海拔、高纬度地区扩展[1]。
从全球范围来看,目前有24个国家约1500万hm2的水稻受到低温影响,在亚洲南部、东南部,约700万hm2的土地由于受到低温影响而无法种植水稻[2]。
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植物GRAS家族转录因子的研究现状作者:李桂英田玉富杨成君来源:《安徽农业科学》2014年第14期摘要GRAS转录因子是植物特有的转录因子,参与植物的生长发育、信号转导、解毒作用、生物胁迫和非生物胁迫相关的应答过程。
该文从GRAS转录因子的结构特征、在植物中的分布和功能作用方面对GRAS家族转录因子的研究现状进行综述,为GRAS家族转录因子的进一步开发利用提供依据。
关键词GRAS转录因子;生长发育;信号转导;生物胁迫;非生物胁迫中图分类号S188文献标识码A文章编号0517-6611(2014)14-04207-04Research Situation of GRAS Family Transcription Factor in PlantsLI Guiying, YANG Chengjun et al (College of Forestry, Northeast Forestry University,Harbin, Heilongjiang 150040)AbstractGRAS transcription factor is plant specific transcription factor, which participate in the growth and development of plants, detoxification, biotic and abiotic stressrelated response process. The article summarizes the research status of GRAS family transcription factors from the three aspects of structural features, distribution of plants and function of GRAS transcription factor, which will provide reference for further development and utilization of GRAS transcription factor.Key words GRAS transcription factor; Growth and development; Signal transduction;Biotic stress; Abiotic stress植物转录因子的研究是功能基因组学研究的一个重要内容。
转录因子即反式作用因子,是一种DNA结合蛋白,典型的转录因子由DNA结合区、转录调控区(包括激活区或抑制区)、寡聚化位点和核定位信号区组成[1];转录因子通过这些功能区域与真核基因启动子区域中的顺式元件作用或与其他转录因子的功能区域相互作用来激活或抑制基因的表达[2]。
近年来,从植物中分离出一系列调控基因表达的转录因子,如bZIP[3-6]、AP2/ERF[7-9]、WRKY[10-12]、MYB[13-16]、NAC[17-19]和GRAS[20-22]等转录因子。
GRAS转录因子是一类植物特有的转录因子,GRAS的研究已被学者们关注。
GRAS家族分为8个亚家族[23]:DELLA、HAM、LISCL、PAT1、LS、SCR、SHR和SCL3,广泛分布于植物中,在植物根茎的发育、分生组织的形成、赤霉素信号传导、光信号传导、生物及非生物胁迫过程中发挥着重要的作用。
笔者就GRAS转录因子的结构特征、分布和功能等方面进行综述,以期更好地了解GRAS转录因子。
1GRAS家族转录因子的结构特征GRAS家族的名称是由最先发现的GAI、RGA、SCR 3个成员的特征字母命名,由400~770个氨基酸组成,含有高度变异的N末端结构域和高度保守的C末端结构域,并且C末端具有同源序列,典型的C末端结构还应包括LHR I、VHIID、LHR II、PFYRE、SAW[20]。
GRAS家族的标志性结构域是在VHIID基序的2边含有2个100个氨基酸残基组成的亮氨酸丰富的区域。
VHIID基序存在于GRAS家族的所有成员中,虽然有证据表明该基序中的组氨酸和天冬氨酸可以被缬氨酸和异亮氨酸代替,但在自然界中它们是完全保守的。
VHIID基序代表几个重要的氨基酸,V代表缬氨酸,I代表异亮氨酸,H代表组氨酸,D代表天冬氨酸。
在第1个富含亮氨酸区域的前端含有LXXLL序列,PFYRE和RVER基序位于第2个富含亮氨酸的区域[24]。
GRAS家族结构图解如下所示:图1 GRAS家族结构图解[25]2GRAS在一些植物中的分布情况2.1模式植物目前,至少从拟南芥中分离出33个GRAS转录因子,主要有SCL[20]、SCR[26]、SHR[27]、GAI[28]、RGA[29]、RGL[30]和PAT1[31]等。
水稻中发现了60个GRAS 家族成员,如MOC1[22]、SLR1[32]和CIGR1/2[33]等。
此外,在烟草中分离发现了一个核定位的GRAS基因家族新成员NtGRAS1,并指出NtGRAS1基因可能作为一个重要的转录调节因子参与植物胁迫反应[21]。
2.2非模式植物有报道指出,葡萄含有GRAS基因,并且和拟南芥GRAS家族基因间具有较高的保守性[34]。
运用同源基因克隆技术从赖草中克隆了LRC1基因,该基因与控制水稻分蘖的MOC1基因具有很高的同源性(达91%)[35]。
此外,在番茄[36]、玉米[37]、矮牵牛[38]、大麦[39]、百脉根[40]、松树[41]、佛肚竹[42]、黄瓜[43]、海马齿[44]、苜蓿[45]、胡杨[46]和白桦[47]等多种植物中也发现有GRAS家族转录因子的存在。
3GRAS的功能研究3.1 生长发育3.1.1 分生组织的发育。
分生组织是产生和分化其他各种组织的基础,其活动可以使植物体终生增长。
LS基因是GRAS家族基因,Schumacher K利用番茄LS功能缺失突变体对番茄的分生组织发育情况进行研究,结果表明番茄中的LS基因能够参与叶腋分生组织的发育,形成侧芽[36]。
水稻OsMOC1基因与番茄LS基因是同源基因,参与侧生分生组织的启动、分蘖芽的形成和长出,是控制水稻分蘖的关键因子[22]。
植物茎的发育依靠茎尖分生组织SAM在生长轴顶点的保持,矮牵牛HAM编码GRAS蛋白,调节侧生器官原基和茎维管组织的发育,对茎尖分生组织的维持是必需的和特定的[38]。
此外,拟南芥AtLAS/SCL18基因敲除家系的侧芽失去萌发能力,说明AtLAS/SCL18参与调控腋下分生组织的发育[48]。
3.1.2 根、茎的生长发育。
SCR[26]和SHR[27]对植物根和茎的辐射状生长起重要作用。
在同一种途径中,SHR在SCR上游起作用,SHR可以在特定组织中直接诱导SCR启动子活性,它们都是辐射形态形成的正调控因子[49]。
Llave C发现拟南芥中某些GRAS家族基因(如SCL6Ⅱ、SCL6Ⅲ和SCL6Ⅳ)的表达受microRNA171的调控,以此来来控制根系的发育[50]。
BnSCL1是转录激活因子,能与HDA19相互作用,且在根发育过程中与生长素相联合起作用[51]。
PrSCL1和CsSCL1在不定根形成的早期阶段起作用,并且能对外源生长素做出反应[52]。
NSP1[53]和NSP2[54]在豆科植物结瘤发育和功能中是必需的,分别属于SHR和HAM亚家族,并且这2个蛋白在结瘤形态发生中展现了类似的但非冗余的功能。
最新研究表明,豆科模式植物蒺藜苜蓿中含有GRAS基因MtSymSCL1,该基因在豆科植物与根瘤菌共生过程中起着调节根瘤数量的作用[45]。
3.2信号转导3.2.1 光敏色素信号转导。
光敏色素是植物体自身合成的一种调节生长发育的色蛋白。
参与光敏色素信号传导的GRAS转录因子有PAT1、SCL13和SCL21。
PAT1和SCL21是光敏色素A信号传导的正调节子,它们参与同一信号途径。
PAT1在光敏色素A信号串联的早期阶段起作用[31],光通过phyA和PAT1调节SCL21的表达[55]。
而在持续的红光信号下,AtSCL13作为一个正调节子在光敏色素B的下游起作用,主要作用是在脱黄化过程中使下胚轴伸长[56]。
3.2.2 赤霉素(GA)信号转导。
赤霉素一般促进茎的伸长、花的发育以及种子的萌发,而研究表明GRAS家族中的GAI、RGA、RGL基因在赤霉素信号传导中起负调控作用,其中GAI和RGA在茎伸长和展叶过程中起负调控作用,降低赤霉素对植物茎的伸长作用,其突变导致植物对赤霉素不敏感而呈现矮化等;RGL1或RGL2 基因在种子萌发过程中起负调控作用[29,57-60]。
CIGR1和CIGR2在水稻悬浮培养细胞中通过一种剂量依赖的方法对外源生物活性的GA有响应,并且是GA信号传导的优良标记[33]。
拟南芥[28]、水稻[32]、大麦[39]、玉米[61]和小麦[62]的DELLA基因功能获得或缺失突变体分别表现为对GA不敏感的矮化表型或基本的响应表型,这些突变体的表型暗示出DELLA 蛋白是GA信号转导的负调节子。
若在正常的水稻中过量表达缺少DELLA结构域的SLRL1基因,将会诱导植株矮化、阻碍芽的伸长[63]。
3.2.3 油菜素类固醇信号转导。
油菜素类固醇(BR)是植物体内一类重要的类固醇激素,调控着植物的生长和发育,细胞内BR生物合成或信号转导缺陷往往导致细胞增殖异常,从而引起典型的矮化表型。
水稻dlt突变体的嫩枝和初生根短于野生型幼苗,表现为BR不敏感的矮化表型,叶子变为深绿色,且分蘖降低,由此证明GRAS家族新成员DLT在水稻的BR信号反应中起着积极的作用[64]。
3.3解毒作用拟南芥中SCL14是一种TGA(II类转录因子)互作蛋白,对压力诱导型启动子的激活是必要的,在含有TGA的启动子受到SA (水杨酸)和2,4D(生长素类似物)诱导后,SCL14可以调控其靶基因参与生物异源化学物质和内源的有害代谢产物的解毒,增强了植物对有毒物质的耐受性,由此得知,SCL14具有广谱解毒的作用[65]。
3.4生物胁迫水稻的CIGR1和CIGR2基因可被悬浮培养的水稻中的N乙酰基壳寡糖激发子和共培养的稻瘟病菌快速诱导,CIGR1和CIGR2基因作为转录调节的防御信号在感应真菌和发病机制的早期阶段发挥关键作用[66]。
番茄和丁香假单胞菌相互作用时,番茄的6个SIGRAS基因(SIGRAS1、SIGRAS2、SIGRAS3、SIGRAS4、SIGRAS6和SIGRAS13)转录子出现积累;用绿色木霉菌的EIX诱导子处理番茄时,SIGRAS4和SIGRAS6基因表达量增加,这些结果表明SIGRAS基因或许参与由细菌和诱导子触发的防御反应,参与调控生物胁迫[67]。