简述定量蛋白质组学技术
定量蛋白质组学
定量蛋白质组学五种常用蛋白质组学定量分析方法对比。
百泰派克生物科技汇总介绍了五种常见定量蛋白质组学分析方法的优势和特点。
SWATH-MS数据可重复性研究。
SWATH在不同实验室间可重复性的研究。
这个研究统计了全世界11个不同的实验室中使用SWATH鉴定的数据重复度情况。
iTRAQ/TMT标签结构以及相对定量原理详解。
通过标记多组不同样品，iTRAQ和TMT能够同时比对正常组织样品和肿瘤组织样品的蛋白水平差异，以及精准检测肿瘤在发展的不同阶段的蛋白水平变化。
蛋白质定量技术及其在临床研究中的应用。
百泰派克采用高通量质谱平台提供蛋白质定量服务，包括定量蛋白质组学，蛋白质定量技术及其他蛋白质组学相关的服务。
百泰派克生物科技独立仪器分析平台，拥有多年蛋白质定量经验，竭诚为您服务。
蛋白组分析中dda和prm。
DDA和PRM是质谱不同的数据采集模式。
DDA主要用于非靶向蛋白质组学的研究，PRM则用于靶向蛋白质组学的研究。
百泰派克生物科技提供基于质谱的DDA、MRM/PRM和DIA蛋白质组学分析服务。
iTRAQ定量蛋白质组学。
iTRAQ蛋白质组学即iTRAQ定量蛋白质组学，是一种标记定量蛋白质组学，指利用iTRAQ标记技术和质谱技术对蛋白质组进行定量。
百泰派克生物科技提供基于质谱的iTRAQ定量蛋白质组学分析服务。
蛋白互作定量检测。
蛋白互作定量检测指对相互作用的蛋白质进行定量。
百泰派克生物科技提供基于质谱的SILAC与免疫共沉淀质谱联用的蛋白互作定量分析服务，可同时实现互作蛋白质组的定性和定量。
DIA蛋白质组学样品处理步骤。
DIA蛋白质组学指利用DIA技术（如SWATH）对样品中的蛋白质组进行检测分析。
百泰派克生物科技提供基于质谱的DIA蛋白质组学分析服务和蛋白质样品制备服务。
功能蛋白质组学。
功能蛋白质组学是蛋白质组学的一部分，其主要目的是研究蛋白质的功能和生命活动的分子机制。
百泰派克生物科技提供基于质谱的功能蛋白质组学分析服务。
乙酰化修饰定量蛋白质组学-含案例
乙酰化修饰非标定量技术原理
技术原理
乙ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ化修饰非标定量技术优势
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乙酰化修饰实验流程。 1：收集不同组别的样本并分别提取蛋白质； 2：蛋白质经过还原，封闭后用胰蛋白酶酶切； 3：各组样本肽段进行纯化； 4：各组样本的肽段分别用乙酰化抗体试剂进行富集，并RP分离馏分； 5： Q-Exactive 质谱检测，定性及定量分析； 6：流程化生物信息分析及个性化设计生物信息服务
乙酰化非标定量详细实验步骤
蛋白质定量 可以采用Bradford方法及其他方法定量初步 定量取各组样本的蛋白质进行SDS-PAGE电泳，考染定量，根据每个涌道染色情况微调蛋白浓度，保证后续实验中每组样本的蛋白量相同。
乙酰化非标定量详细实验步骤
酶切，富集
每组样本（各5mg）分别加入-20℃预冷的丙酮（丙酮：样品体积比=6：1），颠倒混匀，-20℃沉淀30min~4h 12000rpm 离心15分钟，弃上清，用lysis buffer充分混悬溶解样品； 加入还原试剂2μL，混匀，60 ℃反应1h； 加入半胱氨酸封闭试剂1μL,室温处理10分钟； 按照酶：蛋白质=1：100的比例加入trypsin酶,37℃酶解过夜（16h）； 收集肽段，纯化，真空冷冻干燥。 乙酰化抗体富集 RP分离 质谱检测
蛋白质样品制备
样品及实验预判
酶解
乙酰化抗体富集
RP分解
质谱分析
软件分析
定性定量蛋白质组学结果
统计学、生物信息分析
乙酰化修饰实验流程
小鼠的肌肉样本：乙酰化修饰实验（4例样本：A、B、C、D） 1: 提取各组蛋白质，定量并用胰酶酶切； 2. 各组肽段纯化，并用乙酰化修饰抗体进行富集； 3. RP分离和质谱分析. 4: 不同样本中乙酰化修饰的差异表达可通过二级质谱中峰面积确定 5. 根据该肽段的二级质谱峰图，结合数据库检索，得到蛋白的定性及定量信息。
蛋白质组学三大基本技术
蛋白质组学三大基本技术
1、质谱技术：质谱技术是蛋白质组学中最常用的和最基本的技术，它可以检测和识
别各种生物样品中的蛋白质和其他大分子有机物，从而可以提高研究的准确性，特别是在
研究动态蛋白信号转导及表观遗传因子的时候，质谱技术的应用更加广泛。
质谱技术包括
两种：基于气相法的高级数据库技术，和基于液相法的maldi技术。
质谱技术主要是利用
质谱仪来获取受体上蛋白质结构的数据，然后利用数据库搜索，来识别出蛋白质结构特征
及在受体上的结合状态。
2、SDS-PAGE技术：SDS-PAGE技术是一种蛋白电泳分析技术，它可以分离组成复合蛋
白的每个蛋白质组分，并对蛋白质的组成成分及其特有的分子量进行测定，是一种蛋白质
分类及检测的基础性技术。
SDS-PAGE技术利用聚丙烯酰胺亚胺(SDS)作为为分子内部量均
分剂，可将蛋白链折叠、聚集形成单个分子，然后进行电泳分离操作，在膜隔开一定距离，然后再对所获取到的蛋白分子特征进行识别，以得出它的结构和分子量的信息，进而得出
受体上分子的特征及其功能。
3、免疫淋巴细胞技术：免疫淋巴细胞技术是实验可能性较好、分离效果更好。
它以
电泳分离技术作为分离介质，从新鲜样品中分离出完整的肽盐化药物，可有效地检测及克
隆受体上的蛋白片段及肩膀，进而得出蛋白质组学上受体特征及其功能。
简述蛋白质组学技术路线
简述蛋白质组学技术路线蛋白质组学，这个听起来高大上的名词，其实就是研究细胞里面那些“忙碌的小工人”的一门学问。
说到蛋白质，咱们的身体几乎都离不开它，想想看，肌肉、皮肤、头发，甚至酶，都是蛋白质的“杰作”。
那这蛋白质组学到底怎么玩呢？就像一场寻宝游戏，咱们要找到各种各样的蛋白质，看看它们在细胞里是怎么相互作用的，搞清楚这些小家伙的工作状态，这可比看侦探片刺激多了。
研究者们得从样本开始，可能是人的血液、细胞或是组织，不能把这些样本随便找来哦，得经过严格的挑选。
样本准备可是关键步骤，像做菜一样，要先把材料切好。
之后就进入到蛋白质提取的环节，听起来简单，其实可是个技术活。
就像榨果汁，想要得到好汁，不但得选对水果，还得用对工具，一样的道理。
咱们得用一些化学方法，把蛋白质从细胞里“提炼”出来，才能继续后面的步骤。
是最炫酷的部分，蛋白质分离。
这里用到的技术可谓琳琅满目，像凝胶电泳、液相色谱等等。
这些技术就像魔法师的法术，把一堆蛋白质按着不同的大小和性质分开。
哇，想象一下，像是把各种颜色的糖果分开，每种都有自己的“个性”，这可真让人眼花缭乱！一旦分离出来，咱们就能开始分析了。
分析阶段，咱们要用质谱仪这个高科技的“侦探工具”。
这个家伙可以告诉我们每个蛋白质的分子量、结构，甚至是它们的“家族关系”。
甚至能搞清楚它们的变化，比如生病的时候，蛋白质们有没有变脸。
研究者们就像在拼图，拼出整个细胞的蛋白质图谱，真是一个伟大的工程啊！而在这些数据中，可能会有一些有趣的发现，就像在万千星辰中找到那颗最亮的星。
有些蛋白质可能是关键的“指挥官”，控制着细胞的生死存亡；有些可能跟某些疾病有着千丝万缕的联系。
这就是蛋白质组学的魅力所在，咱们不仅能了解生命的基本组成部分，还能揭开疾病的奥秘。
说到底，这个过程就是在为科学探寻真相，直面未知的挑战。
说到应用，蛋白质组学可不止是学术圈的“专利”。
在药物研发、疾病诊断等领域，它们也大展身手。
想象一下，某种疾病的早期诊断，可能通过检测特定的蛋白质就能提早发现，这可让多少人多活几年啊！不仅如此，它还可以帮助咱们发现新的药物靶点，让医药行业像坐上了火箭，飞速前进。
泛素化定量蛋白组学
泛素化定量蛋白组学泛素化定量蛋白组学是一种先进的蛋白质组学技术，它通过研究蛋白质与泛素连接的数量和位置，可以揭示蛋白质在细胞内的功能和调控机制。
在本文中，我们将深入探讨泛素化定量蛋白组学的原理、应用和未来发展趋势。
一、原理和方法1. 泛素化的基本概念泛素是一种小分子蛋白质调控标记，可以与其他蛋白质形成共价键。
泛素化是指将泛素与特定的蛋白质共价连接的过程，这个过程在细胞中由泛素连接酶（E3酶）调控。
泛素化在细胞信号传导、蛋白质降解和修复等生物学过程中起着重要作用。
2. 定量蛋白组学技术定量蛋白组学技术是研究蛋白质组中蛋白质存在量的一种方法。
常用的定量蛋白组学技术包括二维凝胶电泳、液相色谱质谱联用（LC-MS/MS）和同位素标记等方法。
其中，液相色谱质谱联用是当前最常用的定量蛋白组学技术之一。
3. 泛素化定量蛋白组学的原理泛素化定量蛋白组学结合了泛素化和定量蛋白组学技术的优势。
它通过将泛素化与液相色谱质谱联用相结合的方式，可以定量分析细胞中被泛素化的蛋白质。
4. 泛素化定量蛋白组学的方法泛素化定量蛋白组学的方法主要包括以下几个步骤：提取蛋白质样品、泛素化蛋白的富集和识别、质谱分析和数据处理。
在泛素化蛋白的富集和识别中，常用的方法包括免疫富集、亲和纯化和泛素结合蛋白质鉴定等。
二、应用领域1. 揭示蛋白质功能和调控泛素化定量蛋白组学可以帮助研究人员揭示蛋白质在细胞生物学过程中的功能和调控机制。
通过定量分析被泛素化的蛋白质，可以了解它们在细胞信号传导、蛋白质降解和修复等过程中的作用。
2. 疾病研究泛素化在多种疾病的发生和发展中起着重要作用。
泛素化定量蛋白组学可以帮助研究人员鉴定和定量分析疾病相关的泛素化蛋白，从而揭示蛋白质泛素化异常与疾病的关联。
3. 药物开发泛素连接酶（E3酶）作为泛素化的调控因子，被认为是潜在的药物靶标。
泛素化定量蛋白组学可以帮助研究人员评估药物对泛素化酶的影响，为新药物的开发提供理论依据和研究方法。
定量蛋白质组学的方法有哪些
定量蛋白质组学的方法有哪些？1 背景和意义从生命活动的直接执行者——蛋白质的角度研究生命现象和规律（特别是疾病防治和病理研究）已成为研究生命科学的主要手段。
而这些研究往往离不开对细胞、组织或器官中含有蛋白质种类和表达量的研究。
对处不同时期、不同条件下蛋白质表达水平变化的研究，识别功能模块和路径，监控疾病的生物标志物，这些研究都需要对蛋白质进行鉴定和定量。
生物质谱技术的出现和不断成熟为蛋白质差异表达分析提供了更可靠、动态范围更广的研究手段。
基于质谱技术，科学家们不断开发出新的定量蛋白质组学方法，来了解细胞、组织或生物体的整体蛋白质动力学。
2 方法学介绍目前较主流的定量蛋白质组学方法有5种，分别是Label-free、iTRAQ、SILAC、MRM(MRM HR)、和SW ATH。
简述如下：2.1 Label-freeLabel-free定量，即非标记的定量蛋白质组学，不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。
Label-free操作简单，可以做任意样本的总蛋白质差异定量，但对实验操作的稳定性、重复性要求较高，准确性也较标记定量差。
因此，Label-free技术适合于大样本量的定量比较，以及对无法用标记定量实现的实验设计。
2.2 iTRAQiTRAQ定量是目前定量蛋白质组学应用很广泛的技术，该技术的核心原理是多肽标记和定量，将多肽的含量转化为114、115、116和117同位素的含量(或113、114、115、116、117、118、119和121的8标记)，从而简化了定量的复杂性，最终通过多肽定量值回归到蛋白的定量值，从而最终测定出不同样本之间蛋白质的差异。
iTRAQ定量不依赖样本，可检测出较低丰度蛋白，胞浆蛋白、膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白等，且定量准确，可同时对8个样本进行分析，并可同时得出鉴定和定量的结果，特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析。
蛋白质组学技术
蛋白质组学技术
蛋白质组学技术指在蛋白质组学研究中所用到的各种技术。
质谱技术是蛋白质组学技术中可实现高通量分析的技术之一，可用于蛋白质组的定性和定量分析。
百泰派克生物科技提供基于质谱的蛋白质组学分析服务。
蛋白质组学技术
蛋白质组学技术指在蛋白质组学研究中所用到的各种技术，包括蛋白质分离纯化技术、鉴定和测序技术、定量技术以及生物信息学分析技术等等。
纯化蛋白质的常规技术一般基于色谱，如离子交换色谱（IEC）、尺寸排阻色谱（SEC）和亲和色谱。
分析选择性蛋白质则可以使用ELISA和western blot技术，但是这些技术一般仅限于分析少数单个蛋白质，且无法确定蛋白质的表达水平。
质谱技术可用于确定蛋白质的氨基酸序列。
利用ICAT、iTRAQ等标记技术可对蛋白质组进行定量分析。
X 光散射技术和核磁共振（NMR）则可提供蛋白质的三维结构信息，这可能有助于理解蛋白质的生物学功能。
蛋白质组学技术。
蛋白质组学技术应用
蛋白质组学研究通过利用不同的技术来鉴定和量化细胞、组织或生物体中存在的总蛋白质，通过使用一种或多种蛋白质组学技术可完整描述细胞的结构和功能信息，以及细胞对各种类型的压力和药物的响应机制。
蛋白质组学技术可被用于多种不同
的研究环境，如用于检测各种诊断标志物、疫苗生产候选物，开发新药物，了解致病机制、应对不同信号改变的表达模式，以及解释不同疾病中的功能蛋白途径等。
itraq定量蛋白质组学原理
itraq定量蛋白质组学原理iTRAQ（isobaric Tags for Relative and Absolute Quantification）定量蛋白质组学是一种广泛应用于蛋白质定量的方法。
它通过标记蛋白质样品中的氨基酸残基，利用质谱技术进行定量分析。
iTRAQ 定量蛋白质组学原理基于同位素标记和质谱分析的原理，具有高灵敏度、高通量和高精确度的特点，被广泛应用于生物医学研究、药物发现和临床诊断等领域。
iTRAQ定量蛋白质组学的核心原理是通过同位素标记来比较不同样品中蛋白质的相对和绝对丰度。
在实验开始前，将不同样品中的蛋白质样本分别进行消化，得到氨基酸片段。
然后，使用iTRAQ试剂对氨基酸片段进行标记。
iTRAQ试剂由一个报告离子和一个结构相似但质量不同的标记离子组成。
这些标记离子具有相同的化学性质，但在质谱分析中会产生不同的质荷比。
通过不同样品中蛋白质样本的标记，可以将它们在质谱分析中区分开来。
在质谱分析中，标记的蛋白质样本会经过离子化和碎裂，产生一系列的碎片离子。
这些碎片离子会根据它们的质荷比被质谱仪进行检测和记录。
通过比较不同样品中的标记离子的相对丰度，可以确定蛋白质在不同样品中的相对丰度。
而通过比较标记离子的绝对丰度，可以确定蛋白质在不同样品中的绝对丰度。
iTRAQ定量蛋白质组学的优势在于它能够同时分析多个样品，提供更全面的信息。
通过一次实验，可以同时比较多个样品中的蛋白质丰度差异。
同时，iTRAQ定量蛋白质组学具有较高的灵敏度和准确性，能够检测到低丰度的蛋白质，并且可以提供相对和绝对丰度的定量信息。
然而，iTRAQ定量蛋白质组学也存在一些限制和挑战。
首先，iTRAQ试剂的成本较高，限制了其在大规模研究中的应用。
其次，iTRAQ定量蛋白质组学在样品预处理、质谱分析和数据解析等方面需要较为复杂的技术和专业知识。
同时，由于iTRAQ试剂的标记机制，会导致定量结果的一定偏差。
因此，在应用iTRAQ定量蛋白质组学时，需要进行严格的实验设计和数据分析，以确保结果的准确性和可靠性。
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定量蛋白质组（quantitative proteomics）是把一个基因组所表达的全部蛋白或者是一个复杂体系所有的全部蛋白进行鉴定和定量的方法。
蛋白质组丰度的动态变化对各种生命过程都有重
要影响。
例如在许多疾病的发生和发展进程中，常常伴随着某些蛋白质的表达异常。
发展至今，传统的基于双向电泳的2D和2D-DIGE技术正在逐渐被基于NanoLC-MS/MS的液质联用技术取代；后者需要的样品量更少（25ug蛋白），灵敏度更高（ng级），通量也更高（一次分析可以鉴定和定量超过5000种蛋白）。
定量蛋白质组学常见技术如iTRAQ/TMT、Label Free、三类定量方法，百泰派克均可为您提供服务。
在这里我们给大家简要介绍一下这
三种定量蛋白质组学方法：
iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术分别由
美国AB Sciex公司和Thermo Fisher公司研发的多肽体外标记定量技术。
该技术采用多个
（2-10）稳定同位素标签，特异性标记多肽的氨基基团进行串联质谱分析，能够同时比较多
达10种不同样本中蛋白质的相对含量，可用于研究不同病理条件下或者不同发育阶段的组织样品中蛋白质表达水平的差异。
分析原理
iTRAQ/TMT标签包括三部分，如下图：
1. 报告基团（reporter group）：指示蛋白样品丰度水平。
2. 平衡基团（balance group）：平衡报告基团的质量差，使等重标签重量一致，保证标记的
同一肽段m/z相同。
3. 肽反应基团（amine-specific reactive group)：能与肽段N端及赖氨酸侧链氨基发生共价连接，从而标记上肽段。
来自不同样品的同一肽段经试剂标记后具有相同的质量数，并在一级质谱检测（MS1）中表现为同一个质谱峰。
当此质谱峰被选定进行碎裂后，在二级质谱检测（MS2）中，不同的报告基团被释放，它们各自的质谱峰的信号强弱，代表着来源于不同样品的该肽段及其所对应的蛋白的表达量的高低。
结合数据库对比分析，可获得不同样品间相同肽段的定量信息。
实验流程
技术优势
Ÿ高通量定量蛋白分析：可以同时分析10个样品；特别适用于采用多种处理方式或来自多个处理时间的样本的差异蛋白分析。
Ÿ体外标记，适用于分析组织，细胞，血液等多种样品。
Ÿ质谱分析灵敏度高，可检测较低丰度蛋白，大范围比较蛋白相对丰度。
Ÿ可与富集磷酸化等修饰肽段的方法联用，更准确研究翻译后修饰变化。
Labelfree非标记定量蛋白质组
蛋白质非标记定量技术（Label Free）是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。
实验流程
技术特点
Ÿ不需要标记处理，操作简单，成本低、实验周期短。
Ÿ可以做任意样本的总蛋白质差异定量，样品类型不受限制。
Ÿ适合于大样本量的定量比较。
DIA/SWATH定量蛋白质组
传统的蛋白组定量方法，通常用于处理样品数量较少的项目，因为这三种方法采用的是DDA （ data-dependent acquisition）的质谱数据采集方法，对于大批量样品或者多批次实验的重现
性不好。
而生物标志物筛选、药物筛选、系统生物学和个性医疗的发展，大批量样品（通常
是指大于50个）的检测方法逐渐成熟。
SWATH或者DIA（data-independent acquisition）采
集数据方法，是一项区别于DDA采集的全新的、全息式的质谱技术。
它将扫描区间内所有
的肽段母离子经过超高速扫描并进行二级碎裂，使用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量，
从而获得完整的肽段信息，大大提高了定量的可重现性。
实验原理
对于复杂样品定量分析的主要问题往往来自于样品本身高丰度蛋白的干扰，从而难以鉴定到
低丰度蛋白。
许多DDA(Data Dependent Acquisition)质谱鉴定方法，都是在MS级别鉴定肽段，优先筛选MS信号强的肽段进行二级碎裂，因此低丰度的肽段不易被选择进行二级分析。
而SWATH/DIA则是对样品中的所有分子无差别地进行分析，并一次性将所有肽段的MS，
MS/MS数据进行储存，以保证不遗漏任何可能重要的数据。
总的来说，SWATH/DIA极大地
提高了定量分析的可信度，并能够高效测定复杂样品中丰度极低的蛋白分子。
实验流程
技术特点
• 定量鉴定复杂的样品中所有分子，包括低丰度蛋白和肽段
• 定量准确度高：定量准确度与MRM技术相当
• 通量大：一次实验可定量检测到2000种以上蛋白
• 完整全面信息存储，能够存储MS，MS/MS每个峰值的数据，同一样本无需进行重复检测• 无需像MRM技术需要提前调试样品测定方法
百泰派克DIA/SWATH定量蛋白质组服务优势
北京百泰派克生物专注于质谱分析服务，为客户提供优质的定量蛋白质组学服务：
Ÿ完善的仪器平台：采用Thermo Fisher公司的Q Exactive、Q ExactiveHF、 Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，能提供不同通量要求的检测。
Ÿ强大的技术团队：团队人员都是经验丰富的蛋白组相关专业人员，可以为客户提供整体的项目方案设计和技术指导；
Ÿ丰富的样品处理经验：从常规的动植物细胞、组织、体液、菌液，到外泌体、脑脊液、唾液、软骨组织、花粉等都有涉及。
Ÿ强大的数据分析能力：除了基本的聚类、GO/KEGG注释和富集、蛋白相互作用分析，还可以根据客户的需求进行多组学联合等个性化定制分析。
Ÿ贴心的售后服务：对于客户的技术问题都会及时回复，同时对于客户需要的特定图表格式都可以进行修改。
百泰派克生物【biotech-pack】。