微卫星序列分析GeneMapper 使用教程(中文版)
GeneTools 操作指南(中文)

GeneTools 也提供了一系列的工具,可以然您更好的手动控制处理过程和编辑分析结 果。但是您并不需要经常使用这些工具,因为 GeneTools 提供的自动分析工具是如此强大和 灵敏,它们会很好的处理绝大多数的图片,极少数特殊图像可能需要您进行手动编辑、分析。
分子量分配。
GeneTools 软件自己内置了一个分子量标准库,您可以对分子量标准库进行编辑。如果
其中没有符合您要的分子量标准,您也可以根据自己的需求,创建适合自己的分子量标
准。
确定分子量标准条带,分配分子量:
1. 选择分子量标准泳道(Marker 条带)
2. 选择对应分子量标准的第一条带
5. 使用双向箭头选择于分子量标注的第一峰
GeneTools
入门指南
基因有限公司售后服务部编译
编者言 本手册系原版英文说明书编译而来,希望它能为您操作该软件时 带来帮助。由于译者的水平限制,手册中可能存在错误和遗漏,如与 英文说明书发生冲突,请英文原版说明书为准。本手册只作为您操作 的参考依据,不能作为其他评定标准。
基因公司售后部应用工程师:张传峰 2004-3-23
样本属性对话框会立即弹出
4 选择 Analysis Type 为 Gel(Genetools 默认的分析类型是 Gel,您也可以通过 Extra - configuration-Analysis type 改变默认的设置)。 5 选择电泳的方向,默认方向是 Down。 您不必要修改其它的设置,尤其是: l GeneTools 自动检测图像类型 l 您应该设置“Number of tracks”为 0,这样 GeneTools 会自动进行泳道定 义。 6 点击“OK”键 短暂的停顿以后,GeneTools 会自动进行泳道定位和条带定位。 结果会显示在凝胶窗口。 关于该命令和相关主题的介绍请参阅在线帮助的相关章节 Reference → Gel analysis → How to → Create and work with secure sample files : l 打开一个 secure sample file l 创建一个新的 secure sample file l 使用查询功能 l 获取图像创建 secure sample file
基因测序分析方法的使用教程

基因测序分析方法的使用教程基因测序是一种重要的生物学技术,可用于解析生物体中的基因组序列。
通过基因测序,我们可以获得基因的序列信息,进而了解基因在生物体中的功能和调控机制。
基因测序分析是在基因测序数据的基础上,对其进行处理和解读的方法。
本文将介绍基因测序分析的基本步骤和常用的分析方法。
1. 数据质量控制在进行基因测序分析之前,首先需要对测序数据进行质量控制。
这是因为基因测序数据中可能存在各种噪声和误差,如测序错误、低质量的碱基等。
常用的质量控制方法包括使用质量分数图和质量值控制图来评估序列的质量,同时可以使用适当的软件工具来去除低质量的测序序列。
2. 序列比对在质量控制后,需要将测序数据与参考序列进行比对。
比对的目的是将测序数据中的序列与已知的参考序列进行匹配,从而确定每个碱基的位置和对应的序列。
常用的比对方法包括BWA、Bowtie等。
在进行序列比对时,需要考虑参考序列的选择和比对的参数设置,以获得较高的比对准确性。
3. 变异检测基因测序分析的一个重要应用是检测基因组中的变异。
变异是指基因组序列中的突变或多态性。
常见的基因组变异包括单核苷酸多态性(SNP)、插入、缺失等。
通过测序数据的比较和分析,可以发现基因组中的变异位点,并进一步分析其与遗传疾病、药物反应等的关联。
在进行变异检测时,常用的分析方法包括Samtools、GATK等。
4. 基因表达分析除了检测基因组的变异,基因测序数据还可以用于分析基因的表达水平。
基因表达分析可以揭示在不同组织、不同时间点或不同条件下基因的表达变化情况。
常用的基因表达分析方法包括计数矩阵构建、差异表达分析、聚类分析等。
这些分析方法可以帮助我们找出与特定生物过程相关的基因集,从而进一步研究其功能和调控机制。
5. 功能注释在基因测序分析的过程中,我们经常需要对测序数据进行功能注释,以了解基因的功能和相关信息。
功能注释可以提供基因的功能预测、基因本体论、通路富集等信息。
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿

序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿第一部分:软件介绍1.DNAMAN是什么?-DNAMAN是一款用于DNA和蛋白质序列分析的软件。
-它提供多种功能,包括序列比对、引物设计、限制酶分析和进化树构建等。
2.DNAMAN的应用领域-DNAMAN广泛应用于生物学、生物技术和医药领域。
-它可以帮助研究人员进行序列分析、设计实验方案和解读实验结果。
第二部分:基本序列比对1.创建新项目-打开DNAMAN软件,点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息,保存并打开该项目。
2.导入序列-点击“导入”按钮,选择需要比对的序列文件,点击“确定”导入。
-系统会自动将序列导入到项目中。
3.序列比对-选择需要比对的序列,点击“比对”按钮进行序列比对。
-系统会自动比对序列并生成比对结果。
4.结果解读-比对结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的比对算法和调整参数来优化比对结果。
第三部分:引物设计1.创建新项目-打开DNAMAN软件,点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息,保存并打开该项目。
2.导入标记序列-点击“导入”按钮,选择需要设计引物的标记序列文件,点击“确定”导入。
-系统会自动将标记序列导入到项目中。
3.引物设计-点击“引物设计”按钮,选择设计引物的参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动生成引物设计结果。
4.结果解读-引物设计结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的参数和算法来优化引物设计结果。
第四部分:限制酶分析1.创建新项目-打开DNAMAN软件,点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息,保存并打开该项目。
2.导入限制酶序列-点击“导入”按钮,选择需要分析的限制酶序列文件,点击“确定”导入。
-系统会自动将限制酶序列导入到项目中。
3.限制酶分析-点击“限制酶分析”按钮,选择分析参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动进行限制酶分析。
4.结果解读-限制酶分析结果以图形和文本形式展示。
基因测序分析软件的选择与使用教程

基因测序分析软件的选择与使用教程基因测序分析软件在生物信息学研究中扮演着至关重要的角色。
随着测序技术的快速发展,越来越多的数据被产生出来,需要强大而高效的分析软件来处理和解读这些数据。
本文将介绍基因测序分析软件的选择与使用教程,帮助读者更好地了解与应用这些工具。
一、基因测序分析软件的选择选择适合自己的基因测序分析软件是非常重要的,不同软件具有不同的功能和适用范围。
以下是一些常用的基因测序分析软件及其特点:1. BLAST:BLAST(基本局限序列比对搜索工具)是一种用于序列比对的基本工具。
它可以比较两个或多个序列,并通过计算相似性来评估它们之间的关系。
BLAST非常适合于寻找相关基因序列、片段或蛋白质序列。
2. Bowtie:Bowtie是一款用于序列比对的高效软件。
它能够在基因组数据中查找与给定序列片段相匹配的位置,并生成对应的比对结果。
Bowtie在处理大规模测序数据方面表现出色。
3. TopHat:TopHat是一款用于分析RNA测序数据的软件。
它能够从原始测序数据中鉴定基因表达模式,并帮助研究者理解基因调控机制。
TopHat对于RNA测序数据的分析和重组定位特别有用。
4. Cufflinks:Cufflinks是一个用于RNA测序数据分析的流行软件包。
它可以将测序数据定量转化为基因表达水平,并帮助识别新转录本和剪接变异。
Cufflinks在基因组学研究中具有广泛应用。
根据具体研究需求和测序数据类型选择适合的软件是至关重要的。
在选择之前,建议研究者先对自己的数据类型、分析目标和软件特点进行充分了解。
此外,网络上有许多生物信息学研究者的博客和论坛,可以从中获得宝贵的经验和指导。
二、基因测序分析软件的使用教程选择好适合的基因测序分析软件后,正确使用软件以获取准确的结果是至关重要的。
以下是一些基本的使用教程,供参考:1. 学习软件命令:大部分基因测序分析软件都是通过命令行界面运行的。
研究者需要先学习软件的命令语法和参数设置,以正确使用软件。
Geneious使用说明

Geneious使用说明Geneious使用说明一:概述Geneious是一款强大的生物信息学软件,提供了丰富的分析工具和功能,适用于生物学研究、基因分析、序列比对等操作。
本文档将介绍Geneious的安装和基本操作方法,帮助用户快速上手使用该软件。
二:安装Geneious1. Geneious安装程序用户可以从Geneious官方网站()Geneious安装程序。
2. 运行安装程序双击安装程序,按照提示进行软件安装。
注意选择合适的安装路径和版本。
3. 运行Geneious安装完成后,在桌面上双击Geneious图标,即可启动Geneious软件。
三:主界面导航1. 工作区域在Geneious主界面的左侧是工作区域,用户可以通过该区域创建、打开和保存文档,管理数据文件和进行序列分析等操作。
2. 菜单栏位于Geneious主界面顶部的菜单栏中包含了Geneious的各种功能和工具,用户可以通过菜单栏进行操作和设置。
3. 工具栏位于菜单栏下方的工具栏中提供了一些常用的工具和功能按钮,方便用户快速执行特定操作。
四:数据导入与管理1. 导入数据用户可以将本地的序列文件导入Geneious中,支持常见的FASTA、GenBank、FASTQ等格式。
2. 数据库搜索Geneious还提供了一些内置的数据库,用户可以在其中进行快速搜索和查找相关序列数据。
五:序列分析与比对1. 序列分析Geneious提供了丰富的序列分析工具,包括序列编辑、序列裁剪、碱基频率分析等,帮助用户深入理解和研究分析序列数据。
2. 序列比对用户可以通过Geneious对序列进行比对,支持多种比对算法和参数设置,可以比对本地序列或在线数据库中的序列。
六:基因注释与功能预测1. 基因注释Geneious可以对DNA序列进行基因注释,根据序列特征和相似性进行基因预测和功能注释。
2. 功能预测基于基因家族和数据库信息,Geneious可以预测序列的功能和相关信号。
DNAstar使用手册(中文)

Sequence Analysis Softwarefor Macintosh and Windows GETTING STARTED Introductory Tour of the LASERGENE SystemMAY 2001DNASTAR, Inc.1228 South Park StreetMadison, Wisconsin 53715(608) 258-7420Copyright . 2001 by DNASTAR, Inc.All rights reserved. Reproduction, adaptation, or translation without prior written permission is prohibited,except as allowed under the copyright laws or with the permission of DNASTAR, Inc.Sixth Edition, May 2001Printed in Madison, Wisconsin, USATrademark InformationDNASTAR, Lasergene, Lasergene99, SeqEasy, SeqMan, SeqMan II, EditSeq, MegAlign, GeneMan, Protean,MapDraw, PrimerSelect, GeneQuest, GeneFont , and the Method Curtain are trademarks or registered trademarks of DNASTAR, Inc. Macintosh is a trademark of Apple Computers, Inc.Windows is a trademark of Microsoft Corp. ABI Prism 373, 377 and 3700 are registered trademarks of Applera Corp., ALF is a registered trademark of Pharmacia Biotech A.B.,MacVertor. and GCG. are registered trademarks of Pharmacopeia, Inc.Disclaimer & LiabilityDNASTAR, Inc. makes no warranties, expressed or implied, including without limitation the implied warranties of merchantability and fitness for a particular purpose, regarding the software. DNASTAR does not warrant, guaranty, or make any representation regarding the use or the results of the use of the software in terms of correctness, accuracy, reliability, currentness, or otherwise. The entire risk as to the results andperformance of the software is assumed by you. The exclusion of implied warranties is not permitted by some states. The above exclusion may not apply to you.In no event will DNASTAR, Inc. and their directors, officers, employees, or agents (collectively DNASTAR) be liable to you for any consequential, incidental or indirect damages (including damages for loss of business profits, business interruption, loss of business information and the like) arising out of the use of, or the inability to use the software even if DNASTAR Inc. has been advised of the possibility of such damages.Because some states do not allow the exclusion or limitation of liability for consequential or incidental damages, the above limitations may not apply to you.DNASTAR, Inc. reserves the right to revise this publication and to make changes to it from time to time without obligation of DNASTAR, Inc. to notify any person or organization of such revision or changes. The screen and other illustrations in this publication are meant to be representative of those that appear on your monitor or printer.目录在苹果机(Macintosh)上的安装与升级05通过因特网升级06 软件安装 07 网络安装 08 疑难解答 12在PC机(Windows)上安装与升级17通过因特网升级18 软件安装 19 从EditSeq 开始 21 从GeneQuest开始 31 从MapDraw 开始 44 从MegAlign开始 54 从PrimerSelect开始 65 从Protean 开始 78 从SeqMan II开始 89L A S E R G E N Ef o rWi n d o w s & M a c i n t o s hDNASTA R I n c . ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 2 0 f a x : ( 6 0 8 ) 2 5 8 - 7 4 3 9e m a i l : s u p p o r t @ d n a s t a r. c o m在苹果机(Macintosh)上的安装与升级通过因特网升级必备条件 6 下载升级程序 6软件安装必备条件 7 从CD安装Lasergene7网络安装必备条件 8 定义 8 Dongle安装 10 服务器安装 10 终端机安装 11疑难解答系统配置冲突及网络问题 12 解决网络问题的其他工具 13 授权错误报告 14 程序使用及更多的授权信息 15通过英特网升级如果您以前已经安装了Lasergene 而且目前有升级和服务联系,您就可以通过英特网来升级您现有的版本,各种模块(module)都是以自解压形式存储的,你可以选择性的下载安装。
promega+msi分析系统, 1.2 版本+产品使用说明说明书

技术手册MSI Analysis System, Version 1.2 MSI分析系统, 1.2版本MD1641产品使用说明MSI 分析系统,1.2 版本1. 产品介绍 (2)1.A. MSI 分析系统 .............................................................................................................................................. 2 1.B. 微卫星不稳定性(MSI )简介 ................................................................................................................. 4 1.C. 内标(Internal Lane Standard 600, ILS 600) ........................................................................................ 4 2. 产品组分和储存条件 ............................................................................................................................................ 5 3. DNA 提取方法 ......................................................................................................................................................... 5 4. 用MSI 分析系统进行DNA 扩增 .. (6)4.A. 扩增体系的建立 ......................................................................................................................................... 6 4.B. 扩增循环参数的设置 ................................................................................................................................. 7 5. 使用ABI PRISM® 310遗传分析仪检测扩增片段 (9)5.A. Matrix 生成(或光谱校正) ...................................................................................................................... 9 5.B. 样品准备 ................................................................................................................................................... 10 5.C. 仪器准备 ................................................................................................................................................... 10 6. 用ABI PRISM® 3100遗传分析仪,用1.0.1或1.1版本的数据收集软件,检测扩增片段 (11)6.A. 光谱校正 ................................................................................................................................................... 11 6.B. 样品准备 ................................................................................................................................................... 12 6.C. 仪器准备 ................................................................................................................................................... 12 7. 使用ABI PRISM® 3100或3100-Avant 遗传分析仪,2.0版本的数据收集软件,或使用Applied Biosystems 3130或3130xl 遗传分析仪,检测扩增片段 ................................................................................................... 14 7.A. 光谱校正 ................................................................................................................................................... 15 7.B. 样品准备 ................................................................................................................................................... 15 7.C. 仪器准备 ................................................................................................................................................... 16 8. 数据分析 .. (17)8.A. MSI 分析概述 ............................................................................................................................................. 17 8.B. 将Panels 和Bins 文件导入GeneMapper®软件(4.0和4.1版本) ..................................................... 20 8.C. 用GeneMapper®软件(4.0和4.1版本)创建数据分析方法 .............................................................. 20 8.D. 创建片段大小标准(Size Standard ) ..................................................................................................... 22 8.E. 数据处理 ................................................................................................................................................... 23 8.F. 复审片段大小标准(Size Standard ) ...................................................................................................... 23 8.G. 复审样本数据分析 ................................................................................................................................... 23 9. 常见问题与解决方案 .......................................................................................................................................... 24 10. 附录 . (26)10.A. 相关产品 ................................................................................................................................................. 26 10.B. 单核苷酸重复基因座的等位基因频率 . (27)所有技术文献的英文原版均可在/protocols 获得。
序列分析软件的使用方法中文演示文稿

Complement Sequence 显示待分析序列的 互补序列
Double Stranded Sequence 显示待分析序 列的双链序列
RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列
3.DNA 序列的限制性酶切位点分析
说明如下: 如果要比对的序列在Channel 中,点击下拉箭头,选
择相应的Channel,则被选中的Channel 中的序列作 为参加比对的第一序列; 也可以从文件夹中选择参加比对的序列,在File 选择 框上点击即可。通过Length 选择参加比对的序列片 段。 Sequence 2 参加比对的第二序列选择框;选项说明 同上 Show Sequence 选择此项,当同源性大于设定值时, 将显示同源性;
区左侧,可见Channel 工具条,DNAMAN 提 供20 个Channel,点击Channel 工具条上相 应的数字,即可击活相应的Channel。 每个Channel 可以装入一个序列。将要分析 的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入 Channel 中可以节约存取序列时间,加快分 析速度。
要比较两个序列,可以使用DNAMAN 提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision (点矩阵比较)通过 Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面,
点击对比界面左上角的按钮,出现下列 对话框:
参数说明如下:
Sequence type 序列类型 Sequence 1 参加比对的第一序列选择框,框内选项
参数说明如下:
Enzyme 代表(enzyme data file),点击旁边的下拉按钮,
出现两个默认选项,restrict.enz 和dnamane.enz, 如果添加过自制的酶列表,则附加显示自制酶列表文
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ABI PRISM® GeneMapper™ Software Version 3.0微卫星分析使用教程(中文版)SSR条带读取设置向导© Copyright 2002, Applied Biosystems. All rights reserved.For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.Information in this document is subject to change without notice. Applied Biosystems assumes no responsibility for any errors thatmay appear in this document. This document is believed to be complete and accurate at the time of publication. In no event shallApplied Biosystems be liable for incidental, special, multiple, or consequential damages in connection with or arising from the useof this document.Notice to Purchaser: License DisclaimerPurchase of this software product alone does not imply any license under any process, instrument or other apparatus,system, composition, reagent or kit rights under patent claims owned or otherwise controlled by Applera Corporation,either expressly, or by estoppel.TRADEMARKS:ABI PRISM and its design, Applied Biosystems, GeneScan, Genotyper, SNaPshot, LIZ, and VIC are registered trademarks ofApplera Corporation or its subsidiaries in the U.S. and certain other countries.AB (Design), ABI, Applera, GeneMapper, NED, PET, ROX, and 6-FAM are trademarks of Applera Corporation or its subsidiariesin the U.S. and certain other countries.Macintosh is a registered trademark of Apple Computer, Inc.All other trademarks are the sole property of their respective owners.Part Number 4335525 Rev. B09/2002目录:第一章总论关于微卫星分析使用教程------------------------1-1数据提供---------------------------------------------1-2操作流程---------------------------------------------1-3第二章创建Custom Kits,Panels,and Markers 操作流程--------------------------------------------2-1创建Kits,Panels,and Markers----------------2-2第三章运用Panels,Bins进行数据分析操作流程--------------------------------------------3-1导入Panels------------------------------------------3-2导入和设定相关数据------------------------------3-3创建Bits---------------------------------------------3-4附录:Panel,Bin结构认识总论本章内容主要包括:关于微卫星分析使用教程-----------------------1-1数据提供--------------------------------------------1-2操作流程--------------------------------------------1-3关于微卫星分析使用教程概述:微卫星分析方法可以让您高效快速的运用ABIPRISM®GeneMapper™ Software Version 3.0.对微卫星进行分析目标:通过学习微卫星分析方法,您可以●建立GeneMapper 分析项目●导入样本文件进行数据分析●利用自动bin功能创建bin如何使用此教程:当您按照后面几个章节中的流程操作时,切记:●按照顺序进行每一步操作●不要导入其他无关样本和bins所有的操作过程都按照菜单操作方式编写,如:选择Tools > GeneMapper Manager当然您也可以点击工具菜单上的快捷按钮教程中的术语:教程中使用以下术语表格1-1 术语和定义表格1-1 术语和定义数据提供概述:GeneMapper Software Version 3.0包括以下数据Panel 信息:主要提供:●LMS-HD5 Version 2.5 and LMS-MD10 Version 2.5 kits●GeneScan™ Installation Standard DS-33 (6-FAM™, VIC®,NED™, and PET™ dyes)●GeneScan™ Installation Standard DS-30 (6-FAM™, HEX™,NED™, and ROX™ dyes)●This tutorial注意:更多信息请阅读您说使用的Kit所对应Panel信息,若要需要创建Custom Kit,请阅读第二章Bin 信息:Bin 信息对应GeneScan Installation Standard DS-33, 采用GeneScan™ 500LIZ_3730 标准,只用于Applied Biosystems3730/3730xl DNA Analyzer默认设置:提供下列默认设置表1-2 默认设置带型标准设置:为微卫星数据分析提供下列带型标准:●GeneScan™ 400HD size standard●GeneScan™ 500 size standard●GeneScan™ 500 (-250) size standard●GeneScan™ 500 (-250) LIZ® size standard●GeneScan™ 500 LIZ® size standard注意:可以设定用户带型标准,阅读ABI PRISM® GeneMapper™Genotyping Software User’s Manual (PN 4335526). 样本文件:本教程提供四种微卫星样本文件,它们均采用5个客户PETmarker ,利用LMSMD-10 panel 9在3100型仪器上产生操作流程:分析微卫星数据:以下表格为运用GeneMapper 软件分析微卫星数据的流程概述,请链接相关章节,阅读详细流程。
创建Custom Kits,Panels,and Markers2本章内容主要包括:操作流程--------------------------------------------2-1创建Kits,Panels,and Markers----------------2-2操作流程创建项目以下表格为当您建立一个Custom kits , panels ,以及markers 后建立一个分析项目的流程概述创建Kits,Panels,and Markers概述:创建特定的Kits,Panels,and Markers需要:●创建微卫星kit●创建panel●创建markers注意:一个panel是一个marker集,其中的marker由Kit 提供者或者用户选择创建微卫星kit:操作流程创建panel操作流程创建markers 操作流程运用Panels,Bins进行数据分析3本章内容主要包括:操作流程--------------------------------------------3-1导入Panels------------------------------------------3-2导入和设定相关数据------------------------------3-3创建bin sets-----------------------------------------3-4操作流程创建项目以下表格为当您导入一个GeneMapper 软件自带的LMS kit panels 或特定的panels 后建立一个分析项目的流程概述导入panel导入panel导入LMS panels(软件自带的panels)或您需要的panel 操作流程:导入和调整相关数据概述:要求导入和调整相关数据:●转换文件格式(可选)●导入相关数据●对相关数据进行带型分析(结果可用于创建bins)转换文件格式:阅读ABI PRISM®GeneMapper™ Genotyping Software User’sManual (PN 4335526)导入相关数据:操作流程条带分析:操作流程创建bin sets概述:当您导入了panel相关数据后,就准备好了创立bin sets,需要:●创建一个bin set●运行autobinning创建bin sets:运行autobinning操作流程附录4本章内容主要包括:Panel结构认识------------------------------------4-1 Bin结构认识--------------------------------------4-2Panel结构认识Panel认识:以下例子简单介绍了GeneMapper software v3.0软件使用的Panel结构,它是由记事本或写字板形成的txt格式文件,一定的格式的MS Excel中的表格也可以保存为txt文件格式,供软件使用。