已发表基因组文章的物种汇总资料2012-07-25
nature plants 基因组文章
nature plants 基因组文章近年来，越来越多的研究证明植物基因组的基本结构受到环境因素的影响。
由于植物在多种非常不同的生态系统中生长，他们的基因组结构也会做出相应的变化。
相比于动物基因组，植物基因组具有更多的复杂性，并且这些复杂性对于科学家和分子生物学家来说是一个挑战。
目前的技术手段也仅仅能够解释和利用植物基因组的基本框架，但是我们如何充分利用这些基因组活动结构仍然不得而知。
Nature Plants志一直在提供有价值的文章来帮助科学家更好地理解植物基因组的复杂性。
近年来，Nature Plants志发表了一系列重要的文章，深入探讨了植物基因组的进化、结构和功能。
比如，《Nature Plants》杂志曾发表了一篇重要的文章，利用测序技术来研究来自不同植物物种的基因组，该文章表明了植物的基因组结构多样性和其在不同环境中的适应性。
此外，这篇文章还提出了一种可将基因组活动与植物性状相关联的新技术，以实现植物基因组进化及其相关特性的定量分析。
另一篇《Nature Plants》杂志发表的文章，聚焦于利用基因组数据来探究植物物种之间的分子进化关系以及它们在不同环境中表现出的多样性。
该文章提出了一系列有用的结论，例如有关植物基因组的不同演化模式，以及植物基因组如何受到环境的影响。
此外，该文章也发现，重要的植物基因组区域，如细胞膜和其他蛋白质，也可能随着植物物种的演变而改变。
此外，《Nature Plants》杂志还发表了一篇有关植物基因组可塑性的文章。
该文章研究了影响植物基因组可塑性的关键因素，比如环境、营养和遗传多样性。
文章还分析了这些因素如何影响植物的基因组结构、表达和功能，以及如何影响植物的性状和开花时期等特性。
自从Nature Plants志发表的各种文章后，科学家们更好地理解了植物基因组的复杂性及其可塑性，以及如何利用这些信息来改良植物特性。
同时，这些文章也为更加深入地研究植物基因组提供了一个坚实的基础。
已发表所有物种基因组汇总资料 更新至2012 9月
动物基因组(81) 中文名 秀丽隐杆线虫 黑腹果蝇 冈比亚按蚊 小家鼠 红鳍东方豚 玻璃海鞘 线虫 大鼠 黑斑鲀 家蚕 鸡 拟暗果蝇 克氏锥虫 黑猩猩 狗 意蜂 海胆 姥鲨 猕猴 短尾负鼠 青鳉鱼 伊蚊 马来线虫
拉丁名 Caenorhabditis elegans Drosophila melanogaster Anopheles gambiae Mus musculus Fugu rubripes Ciona intestinalis Caenorhabditis briggsae Rattus norvegicus Tetraodon nigroviridis Bombyx mori Gallus sonneratii Drosophila pseudoobscura Trypanosoma cruzi Pan troglodytes Canis familiaris Apis mellifera Strongylocentrotus purpuratus Callorhinchus milii Macaca mulatta Monodelphis domestica Oryzias latipes Aedes aegypti Brugia malayi
刊物 科、属 基因组大小 Science 97M 小杆总科、Caenorhabditis亚属 Science 果蝇科、果蝇属180M Science 蚊科、按蚊属 280M Nature 鼠科 2.5 G Science 鲀科、东方鲀属380M Science 150M 海鞘纲 PLoS Biology Caenorhabditis亚属 104M Nature 啮齿目、鼠科 2.75 G Nature 鲀科 340M Science 鳞翅目、蚕蛾科428.7 M Nature 雉科、原鸡属 1.06G Genome research 果蝇科、果蝇属139M Science 67M 锥虫属 Nature 2.7G 猩猩科、黑猩猩属 Nature 2.5 G 犬科、犬属 Nature 236M 昆虫纲 Science 1G 海胆纲 Plos Biology 软骨鱼纲、银鲛目 0.91G Science 猴科、猕猴属 2.87G Nature 3.4G 负鼠科、短尾负鼠属 Naturer 700M 青鳉属 Science 蚊科、伊蚊属 1376M Science 90M 线虫纲
已经公布的真菌基因组
[转载]已经公布的真菌基因组摘要：真菌基因组学研究可以推动生物化学、分子生物学、病原菌的致病机理、与宿主相互作用等基础研究，还能更好的寻找抗菌药物靶点，促进疫苗和抗菌药物的开发研制、促进工业生产。
目前已有48种真菌的基因组序列公布，包括子囊菌门（Ascomycota）42种，担子菌门（Basidiomycota）5种，微孢子虫(Microsporidia)1种。
基因组大小超过30倍，从2.5 Mb～81.5Mb。
本文整理翻译了NCBI上关于真菌基因组的信息，对已测序真菌的重要性和其基因组相关信息进行了简要.真菌种类庞大而多样，据估计，全世界有真菌150万种，已被描述的约7万种。
真菌在自然界中分布极为广泛，它们存在于土壤、水、空气和生物体内外。
真菌在自然界的碳素和氮素循环中起主要作用。
真菌参与淀粉、纤维素、木质素等有机含碳化合物的分解，生成CO2，为植物提供碳源。
比如许多担子菌能够利用纤维素和木质素作为生长的碳源和氮源，因此可以分解木材、纸张、棉布和其他自然界中含碳的复杂有机物。
真菌对蛋白质及其他含氮化合物的分解所释放的NH3，一部分可供植物和微生物吸收同化，一部分可转化为硝酸盐，成为氮素循环中不可替代的一步。
某些真菌在发酵工业、食品加工业、抗生素生产中具有重要作用；而某些真菌又具有严重的破坏作用，有的真菌是许多重要经济作物的病原菌，如玉米腥黑穗病、小麦锈病、黄瓜黑腥病等；少数真菌是人类和动物的致病菌，如白色念珠菌等。
因此合理利用有益真菌，消灭和预防有害真菌具有重要意义。
基因组信息可以加深人们对真菌遗传和生理多样性的认识。
1997年，由欧洲、美国、加拿大和日本共96个实验室的633位科学家通力协作下，第一个真核生物酿酒酵母(Saccharomyces cereuisiae )的基因组测序完成。
2002年粟酒裂殖酵母（Schizosaccharomyces pombe）基因组测序完成，两年后第一个丝状真菌粗糙脉孢菌（Neurospora crassa）基因组测序完成。
已基因组测序物种
已完成植物基因组测序情况（更新至2014年11月）中文名拉丁名发表时间刊物科、属基因组大小拟南芥Arabidopsis thaliana 2000.12 Nature 十字花科、鼠耳芥属125M水稻Oryza sativa. ssp. indica 2002.04 Science 禾本科、稻属466M水稻Oryza sativa. ssp.japonica2002.04 Science 禾本科、稻属466M杨树Populus trichocarpa 2006.09 Science 杨柳科、杨属480M 葡萄Vitis vinifera 2007.09 Nature 葡萄科、葡萄属490M衣藻Chlamydomonasreinhardtii2007.01 Science 衣藻科、衣藻属130 M小立碗藓Physcomitrella pattens 2008.01 Science 葫芦藓科、小立碗藓属480M 番木瓜Carica papaya 2008.04 Nature 番木瓜科、番木瓜属370M 百脉根Lotus japonicus 2008.05 DNA Res. 豆科472 Mb三角褐指藻Phaeodactylumtricornutum2008.11 Nature 褐指藻属27.4M高粱Sorghum bicolor 2009.01 Nature 禾本科、高粱属730M 玉米Zea mays ssp. mays 2009.11 Science 禾本科、玉米属2300M 黄瓜Cucumis sativus 2009.11 Nature Genetics 葫芦科、黄瓜属350M 大豆Glycine max 2010.01 Nature 豆科、大豆属1100M二穗短柄草Brachypodiumdistachyon2010.02 Nature 禾本科、短柄草属260M褐藻Ectocarpus 2010.06 Nature 水云属196M 团藻Volvox carteri 2010.07 Science 团藻属138M蓖麻Ricinus communis 2010.08 NatureBiotechnology大戟科、蓖麻属350M小球藻Chlorella variabilis 2010.09 Plant Cell 小球藻科46M苹果Malus × domestica 2010.09 Nature Genetics 蔷薇科、苹果属742M森林草莓Fragaria vesca 2010.12 Nature Genetics 蔷薇科、草莓属240M可可树Theobroma cacao 2010.12 Nature Genetics 梧桐科、可可属430-Mb 野生大豆Glycine soja 2010.12 PNAS 豆科、大豆属915.4 Mb褐潮藻类Aureococcusanophagefferens2011.02 PNAS 57M麻风树Jatropha curcas 2010.12 DNA Res. 大戟科、麻风树属410M 卷柏Selaginella moellendorffii 2011.05 Science 卷柏属212M枣椰树Phoenix dactylifera 2011.05 Naturebiotechnology棕榈科685M琴叶拟南芥Arabidopsis lyrata 2011.05 Nature Genetics 十字花科、鼠耳芥属206.7 Mb 马铃薯Solanum tuberosum 2011.07 Nature 茄目、茄科、茄属844M条叶蓝芥Thellugiella parvula 2011.08 Nature Genetics 盐芥属140M白菜Brassica rapa 2011.08 Nature Genetics 十字花科、芸薹属485M 印度大麻Cannabis sativa 2011.1 Genome biology 大麻属534M木豆Cajanus cajan 2011.11 Naturebiotechnology豆科、木豆属833M蒺藜苜蓿Medicago truncatula 2011.11 Nature 豆科苜蓿属500M 蓝载藻Cyanophora paradoxa 2012.02 Science 灰胞藻门70M谷子Setaria italica 2012.05 Naturebiotechnology禾本科、狗尾草属490M谷子Setaria italica 2012.05 Naturebiotechnology禾本科、狗尾草属预估510M，组装出400M番茄Solanum lycopersicum 2012.05 Nature 茄科、茄属900Mb 甜瓜Cucumis melo 2012.07 PNAS 葫芦科、甜瓜属450Mb 亚麻Linum usitatissimum 2012.07 Plant Journal 亚麻科、亚麻属373Mb 盐芥Thellungiella salsuginea 2012.07 PNAS 十字花科、盐芥属260Mb 香蕉Musa acuminata 2012.07 Nature 芭蕉科、芭蕉属523Mb 雷蒙德氏棉Gossypium raimondii 2012.08 Nature Genetics 锦葵科、棉属775.2Mb 大麦Hordeum vulgare 2012.1 Nature 禾本科、大麦属 5.1Gb梨Pyrus bretschneideri 2012.11 Genome Research 蔷薇科、梨属527Mb 西瓜Citrullus lanatus 2012.11 Nature Genetics 葫芦科、西瓜属425 Mb 甜橙Citrus sinensis 2012.11 Nature Genetics 芸香科、柑橘属367 Mb 小麦Triticum aestivum 2012.11 Nature 禾本科、小麦属17Gb两种小型藻Bigelowiella natans，Guillardia theta2012.11 Nature 95Mb 87Mb棉花（雷蒙德氏棉）Gossypium raimondii 2012.12 Nature 锦葵科、棉属761.4Mb梅花Prunus mume 2012.12 NatureCommunications蔷薇科、梨属280M鹰嘴豆Cicer arietinum 2013.01 Naturebiotechnology豆科、鹰嘴豆属738Mb橡胶树Hevea brasiliensis 2013.02 BMC Genomics 大戟科、橡胶树属 2.15Gb 毛竹Phyllostachys heterocycla 2013.02 Nature Genetics 竹科、钢竹属 2.075 Gb短花药野生稻Oryza brachyantha 2013.03NatureCommunications禾本科稻属342Mb-362Mb小麦A Triticum urartu 2013.03 Nature 禾本科、小麦属 4.94 Gb 小麦D grassAegilops tauschii 2013.03 Nature 禾本科、小麦属 4.36Gb 桃树Prunus persica 2013.03 Nature Genetics 蔷薇科、梨属265 Mb 丝叶狸藻Utricularia gibba 2013.05 Nature 狸藻科、狸藻属82Mb中国莲Nelumbo nucifera Gaertn 2013.05 Genome biology 睡莲科、莲属929 Mb 挪威云杉Picea abies 2013.05 Nature 松科、云杉属19.6G海洋球石Emiliania huxleyi 2013.06 Nature 定鞭藻纲141.7Mb藻虫黄藻Symbiodinium minutum 2013.07 Current Biology 甲藻门 1.5G 油棕榈Elaeis guineensis 2013.07 Nature 棕榈科、油棕榈属 1.8G枣椰树Phoenix dactylifera 2013.08 NatureCommunications棕榈科、刺葵属671 Mb醉蝶花Tarenaya hassleriana 2013.08 Plant Cell 醉蝶花科、醉蝶花属290 Mb 莲Nelumbo nucifera 2013.08 Plant Journal 睡莲科、莲属879 Mb桑树Morus notabilis 2013.09 NatureCommunications桑科、桑属357 Mb猕猴桃Actinidia chinensis 2013.10 NatureCommunications猕猴桃属616.1 Mb胡杨Populus euphratica 2013.11 NatureCommunications杨属496.5 Mb八倍体草莓F. x ananassa 2013.12 DNA Research 草莓属698 Mb 康乃馨Dianthus caryophyllus L. 2013.12 DNA Research 石竹属622 Mb 甜菜Beta vulgaris ssp. vulgaris 2013.12 Nature 藜科甜菜属566.6 Mb 无油樟（互叶梅）Amborella trichopoda 2013.12 Science 无油樟属748 Mb辣椒Capsicum annuum（Criolo de Morelos334）2014.1 Nature Genetics 辣椒属 3.48G芝麻Sesamum indicum 2014.2 Genome Biology 胡麻科胡麻属274 Mb辣椒Capsicum annuum（Zunla-1）2014.3 PNAS 辣椒属 3.48G火炬松Pinus taeda（Loblollypine）2014.3 Genome Biology 松属23.2G棉花（亚洲棉）Gossypium arboreum 2014.5 Nature Genetics 锦葵科、棉属1694Mb 萝卜Raphanus sativus L. 2014.5 DNA Research 十字花科、萝卜属402Mb甘蓝Brassica oleracea 2014.5 Naturecommunications十字花科、芸薹属630Mb菜豆Phaseolus vulgaris L.2014.6 Nature Genetics 豆科，菜豆属587Mb野生大豆Glycine soja2014.7Naturecommunications豆科、大豆属868 Mb普通小麦Triticum aestivum 2014.7 Science 禾本科17Gb野生西红柿Solanum pennellii 2014.7 Nature Genetics茄科942 Mb非洲野生稻Oryza glaberrima2014.8 Nature Genetics禾本科316 Mb油菜Brassica napus2014.8 Science十字花科630 Mb中果咖啡Coffea canephora 2014.9 Science 茜草科，咖啡属710 Mb茄子Solanum melongena 2014.9 DNA Research 茄科、茄属1093 Mb多个野生大豆Glycine soja 2014.9Naturebiotechnology豆科、大豆属889.33~1,118.34Mb绿豆Vigna radiata 2014.10 Naturecommunications豆科、豇豆属543 Mb啤酒花Humulus lupulus 2014.11 Plant and CellPhysiology大麻科、葎草属 2.57 Gb蝴蝶兰Phalaenopsis equestris2014.11 Nature Genetics 兰科、蝴蝶兰属 1.16 Gb。
这可能是最全面的已发表基因组物种列表！
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少罗嗦，直接给网址：
/wiki/Lists_of_sequenced_genomes
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打开后的页面是这样的，see，包括了8个列表：分别是动物（animal），古菌（archaea），细菌（bacteria），真菌（fungi）,植物（plant），质体（plastid），原生生物（protist）以及真核生物（eukaryote）的总列表。
比如点击植物对应的List，直接进入相应的页面，如下图。
页面包含一个分级目录，类似word的导航窗格，点击对应的分类，比如说点单子叶植物，可快速定位到当前页面相应的位置。
然后可单击列表变量名或者旁边的小三角会进行排序，如下图，比如可按物种名称排序，然后可快速定位到关注的一些物种（真菌和动物的展示方式比较简单）。
将鼠标光标移到物种的拉丁文学名上，会显示该物种相关的简介。
单击物种名称，会跳转到相应的百科词条，如下图。
点击年份的上标，会迅速定位到相应的文献，如下图。
点击引用文献的的doi或PMID号可直接跳转到当前文献的下载页面，如下图。
接着我们就可以下载该文献，进而追踪到基因组数据的下载链接。
当然，你也可以用拉丁名直接到Ensembl，NCBI，UCSC等数据库查找和下载相应物种的基因组数据。
今天的内容就到这里啦~。
nature plants 基因组文章
nature plants 基因组文章自从2000年发表首篇全基因组序列，以来，全基因组分析被用于植物的研究，并发现了许多重要的信息，以及植物的全基因组结构和功能。
全基因组分析能够帮助我们更好地了解植物的繁殖，发育，适应性和其他重要的生物进化特征。
有了这些知识，我们可以更好地利用植物来改善环境和满足人类对食物的需求。
鉴于全基因组分析对于植物研究的重要性，已经开始有许多关于植物基因组的大型研究计划，以解决这一问题。
其中一个最有影响力的计划是Nature Plants全基因组项目(The Nature Plants Genome Initiative)。
从2015年开始，该计划旨在探索植物基因组的结构，功能，进化和基因调控。
该项目的目标是解决植物基因组的许多科学难题，以及改善植物繁殖方法，改善植物的营养质量和活力，并最终达到满足人类营养需求的目标。
Nature Plants全基因组项目需要收集来自不同植物种类的大量数据，以深入研究它们的基因组结构，功能，进化和调控机制。
为了达到这个目标，该项目将包括从基因定位和表达开始，到分析变异和进化，再到比较基因组结构或功能功能，以及构建基因组模型和模拟种类演化的许多研究方向。
随着植物基因组的分析，还将进行大量的基础和应用研究，以更好地理解植物的基因组功能，发育和进化。
Nature Plants全基因组项目为植物研究有重大影响力。
该项目将提供大量的基础性研究和应用知识，以帮助我们更好地理解植物的繁殖，发育，适应性和其他重要的选择特征。
此外，Nature Plants全基因组项目还将为我们提供一种新的方式，通过改变植物的基因来改善植物的质量和活力，以满足人类营养需求。
改善植物质量和活力有助于减轻营养不良等社会问题，以及应对日益严峻的气候变化对粮食安全的威胁。
总之，Nature Plants全基因组项目为植物研究带来了诸多机会，可以帮助我们更好地了解植物的基因组结构，功能，进化和调控机制，以及如何改善植物的质量和活力。
已基因组测序植物列表
编号中文名拉丁名发表时间 刊物科、属基因组大小1拟南芥Arabidopsis thaliana 2000.12Nature 十字花科、鼠耳芥属125 Mb 2水稻Oryza sativa. ssp. indica 2002.04Science 禾本科、稻属466 Mb 3水稻Oryza sativa. ssp. japonica 2002.04Science 禾本科、稻属466 Mb 4杨树Populus trichocarpa2006.09Science 杨柳科、杨属480 Mb 5葡萄Vitis vinifera 2007.09Nature 葡萄科、葡萄属490 Mb 6衣藻Chlamydomonas reinhardtii 2007.01Science 衣藻科、衣藻属130 Mb 7小立碗藓Physcomitrella pattens2008.01Science 葫芦藓科、小立碗藓属480 Mb 8番木瓜Carica papaya 2008.04Nature 番木瓜科、番木瓜属370 Mb 9百脉根Lotus japonicus 2008.05DNA Research豆科、百脉根属472 Mb 10三角褐指藻Phaeodactylum tricornutum2008.11Nature 褐指藻属27.4 Mb 11高粱Sorghum bicolor2009.01Nature禾本科、高粱属730 Mb 12玉米Zea mays ssp. mays 2009.11Science 禾本科、玉米属2300 Mb 13黄瓜Cucumis sativus 2009.11Nature Genetics葫芦科、黄瓜属350 Mb 14大豆Glycine max 2010.01Nature豆科、大豆属1100 Mb 15二穗短柄草Brachypodium distachyon 2010.02Nature 禾本科、短柄草属260 Mb 16褐藻Ectocarpus 2010.06Nature 水云属 196 Mb 17团藻Volvox carteri2010.07Science团藻属138 Mb 18蓖麻Ricinus communis 2010.08Nature Biotechnology大戟科、蓖麻属350 Mb 19小球藻Chlorella variabilis 2010.09Plant Cell 小球藻科46 Mb 20苹果Malus × domestica 2010.09Nature Genetics 蔷薇科、苹果属742 Mb 21森林草莓Fragaria vesca 2010.12Nature Genetics 蔷薇科、草莓属240 Mb 22可可树Theobroma cacao 2010.12Nature Genetics梧桐科、可可属430- Mb 23野生大豆Glycine soja2010.12PNAS 豆科、大豆属915.4 Mb 24褐潮藻类Aureococcus anophagefferens2011.02PNAS 57 Mb 25麻风树Jatropha curcas2010.12DNA Research大戟科、麻风树属410 Mbs ci en ce ne t.cn : Gr an t l uj i an g26卷柏Selaginella moellendorffii 2011.05Science 卷柏属212 Mb 27枣椰树Phoenix dactylifera 2011.05Nature Biotechnology 棕榈科685 Mb 28琴叶拟南芥Arabidopsis lyrata 2011.05Nature Genetics十字花科、鼠耳芥属206.7 Mb 29马铃薯Solanum tuberosum 2011.07Nature 茄目、茄科、茄属844 Mb 30条叶蓝芥Thellugiella parvula 2011.08Nature Genetics 盐芥属140 Mb 31白菜Brassica rapa 2011.08Nature Genetics 十字花科、芸薹属485 Mb 32印度大麻Cannabis sativa 2011.01Genome Biology 大麻属534 Mb 33木豆Cajanus cajan 2011.11Nature Biotechnology豆科、木豆属833 Mb 34蒺藜苜蓿Medicago truncatula 2011.11Nature 豆科苜蓿属500 Mb 35蓝载藻Cyanophora paradoxa2012.02Science 灰胞藻门70 Mb 36谷子Setaria italica 2012.05Nature Biotechnology 禾本科、狗尾草属490 Mb 37谷子Setaria italica 2012.05Nature Biotechnology禾本科、狗尾草属510 Mb 38番茄Solanum lycopersicum2012.05Nature 茄科、茄属900 Mb 39甜瓜Cucumis melo 2012.07PNAS 葫芦科、甜瓜属450 Mb 40亚麻Linum usitatissimum 2012.07Plant Journal 亚麻科、亚麻属373 Mb 41盐芥Thellungiella salsuginea2012.07PNAS 十字花科、盐芥属260 Mb 42香蕉Musa acuminata 2012.07Nature 芭蕉科、芭蕉属523 Mb 43雷蒙德氏棉 Gossypium raimondii 2012.08Nature Genetics锦葵科、棉属775.2 Mb 44大麦Hordeum vulgare 2012.01Nature禾本科、大麦属 5.1 Gb 45梨Pyrus bretschneideri 2012.11Genome Research 蔷薇科、梨属527 Mb 46西瓜Citrullus lanatus 2012.11Nature Genetics 葫芦科、西瓜属425 Mb 47甜橙Citrus sinensis 2012.11Nature Genetics芸香科、柑橘属367 Mb 48小麦Triticum aestivum 2012.11Nature 禾本科、小麦属17 Gb 49两种小型藻Bigelowiella natans, Guillardiatheta2012.11Nature 95 Mb, 87 Mb 50棉花（雷蒙德氏棉）Gossypium raimondii2012.12Nature 锦葵科、棉属761.4 Mb 51梅花Prunus mume 2012.12Nature Communications 蔷薇科、梨属280 Mb 52鹰嘴豆Cicer arietinum2013.01Nature Biotechnology豆科、鹰嘴豆属738 Mbs ci en ce ne t.cn :Gr an tl uj i an g53橡胶树Hevea brasiliensis 2013.02BMC Genomics 大戟科、橡胶树属2.15 Gb 54毛竹Phyllostachys heterocycla 2013.02Nature Genetics 竹科、钢竹属 2.075 Gb 55短花药野生稻Oryza brachyantha 2013.03Nature Communications禾本科稻属342 Mb-362 Mb56小麦A Triticum urartu 2013.03Nature 禾本科、小麦属 4.94 Gb 57小麦D grassAegilops tauschii 2013.03Nature 禾本科、小麦属 4.36 Gb 58桃树Prunus persica 2013.03Nature Genetics 蔷薇科、梨属265 Mb 59丝叶狸藻Utricularia gibba 2013.05Nature 狸藻科、狸藻属82 Mb 60中国莲Nelumbo nucifera Gaertn2013.05Genome Biology睡莲科、莲属929 Mb 61挪威云杉Picea abies 2013.05Nature 松科、云杉属19.6 Gb 62海洋球石藻Emiliania huxleyi 2013.06Nature 定鞭藻纲141.7 Mb 63虫黄藻Symbiodinium minutum 2013.07Current Biology甲藻门1.5 Gb 64油棕榈Elaeis guineensis 2013.07Nature棕榈科、油棕榈属1.8 Gb 65枣椰树Phoenix dactylifera 2013.08Nature Communications棕榈科、刺葵属671 Mb 66醉蝶花Tarenaya hassleriana 2013.08Plant Cell 醉蝶花科、醉蝶花属290 Mb 67莲Nelumbo nucifera 2013.08Plant Journal 睡莲科、莲属879 Mb 68桑树Morus notabilis 2013.09Nature Communications 桑科、桑属357 Mb 69猕猴桃Actinidia chinensis 2013.01Nature Communications 猕猴桃属616.1 Mb 70胡杨Populus euphratica 2013.11Nature Communications杨属496.5 Mb 71八倍体草莓 F. x ananassa 2013.12DNA Research 草莓属698 Mb 72康乃馨Dianthus caryophyllus L.2013.12DNA Research石竹属622 Mb 73甜菜Beta vulgaris ssp. vulgaris 2013.12Nature 藜科甜菜属566.6 Mb 74无油樟（互叶梅）Amborella trichopoda 2013.12Science 无油樟属748 Mb 75辣椒Capsicum annuum 2014.01Nature Genetics 辣椒属 3.48 Gb 76芝麻Sesamum indicum 2014.02Genome Biology胡麻科胡麻属274 Mb 77辣椒Capsicum annuum (Zunla-1)2014.03PNAS 辣椒属 3.48 Gb 78火炬松Pinus taeda (Loblolly pine)2014.03Genome Biology 松属23.2 Gb 79棉花（亚洲棉）Gossypium arboreum2014.05Nature Genetics锦葵科、棉属1694 Mbs ci en ce ne t.cn : Gr an t l uj i a n g80萝卜Raphanus sativus L. 2014.05DNA Research 十字花科、萝卜属402 Mb 81甘蓝Brassica oleracea 2014.05Nature Communications十字花科、芸薹属630 Mb 82菜豆Phaseolus vulgaris L .2014.06Nature Genetics 豆科，菜豆属587 Mb 83野生大豆Glycine soja 2014.07Nature Communications豆科、大豆属868 Mb 84普通小麦Triticum aestivum 2014.07Science 禾本科17 Gb 85野生西红柿Solanum pennellii 2014.07Nature Genetics茄科942 Mb 86非洲野生稻Oryza glaberrima 2014.08Nature Genetics禾本科316 Mb 87油菜Brassica napus 2014.08Science 十字花科630 Mb 88中果咖啡Coffea canephora 2014.09Science 茜草科，咖啡属710 Mb 89茄子Solanum melongena2014.09DNA Research 茄科、茄属1093 Mb 90多个野生大豆Glycine soja 2014.09Nature Biotechnology 豆科、大豆属889.33~1,118.34 Mb91枣Ziziphus jujuba 2014.10Nature Communications鼠李科、枣属444 Mb92绿豆Vigna radiata 2014.10Nature Communications 豆科、豇豆属543 Mb 93啤酒花Humulus lupulus 2014.11Plant and Cell Physiology 大麻科、葎草属 2.57 Gb 94蝴蝶兰Phalaenopsis equestris 2014.11Nature Genetics 兰科、蝴蝶兰属 1.16 Gb 95铁皮石斛Dendrobium officinale2014.12Molecular Plant 兰科、石斛属 1.35 Gb 96青稞Lasa goumang 2015.01PNAS 禾本科、大麦属 4.5 Gb 97报春花Primula veris2015.01Genome Biology 报春花科、报春花属479 Mb 98陆地棉（南农）Gossypium hirsutum L. acc. TM-12015.03Nature Biotechnology 锦葵科、棉属 2.5 Gb 99陆地棉（棉花所）Gossypium hirsutum L. acc. TM-12015.03Nature Biotechnology 锦葵科、棉属2.173 Gb 100海带Saccharina japonica 2015.04Nature Communications 海带科、海带属537 Mb 101长春花Catharanthus roseus 2015.04The Plant Journal夹竹桃科、长春花属738 Mb 102科民茄Solanum commersor 2015.04Plant cell 茄科、茄属830 Mb 103茭白Zizania latifolia 2015.06The Plant Journal 禾本科、菰属590 Mb 104黑麦草Lolium perenne 2015.09The Plant Journal 禾本科、黑麦草属 2 Gb 105小豆Vigna angularis 2015.10Nature Communications豆科、豇豆属542 Mb 106菠萝Ananas comosus2015.11Nature Genetics 凤梨科、凤梨属526 Mbs ci en ce ne t.cn : Gr an t l uj i an g107复活草Oropetium thomaeum 2015.11Nature 虎尾草亚科245 Mb 108丹参Salvia miltiorrhiza 2015.12GigaScience 唇形科、鼠尾草属641 Mb 109铁皮石斛Dendrobium catenatum 2016.01Scientific Reports 兰科、石斛属 1.11 Gbs ci en ce ne t.cn : Gr an t l uj i a n g。
全基因组复制文献（最终翻译版）
种子植物的全基因组复制事件Angiosp erms被子植物Polyplo idy多倍体Orthogr oup纯正群WGD全基因组的复制phyloge nomics种系基因组学同义现场发散（KS）Eudicot s双子叶植物MLT最大似然树unigene是Unive rsal Gene的英文缩写，意为广泛通用的基因数据库全基因组的复制（ WGD ），或多倍体，伴随着基因的损失和二倍化，长期以来被认为是动物，真菌和其他生物，尤其是植物一个重要的进化动力。
被子植物的成功归功于在某种程度上，与基因或全基因组复制相关的革新，在保存的基因序列的分析中找到了能阐明单子叶植物和双子叶植物分化时间、同时更为古老的基因组复制的证据，但这些证据仍然模棱两可。
在这里，我们用测序的植物基因组的全面的系统发育基因组分析和系统发育，基因举足轻重的谱系超过12.6万个新的表达序列标签序列阐明两组古老的基因重复一中现存种子植物的共同祖先和其他在现存被子植物的共同祖先。
基因复制事件进行了强烈集中在3.19亿年前和1.92亿年前，暗示在祖先谱系两次全基因组复制在现存种子植物和被子植物分别多样化前不久。
显著，这些祖先全基因组复制导致调节基因重要的种子和花发育的多样化，这表明他们参与了重大创新，最终促成种子植物和被子植物的兴起和最终的霸主地位。
被子植物是目前陆生植物中最大的群体，拥有超过300,000的生物物种。
显著，大多数开花植物谱系反映了一轮或多轮古多倍体。
例如，对拟南芥进行的完整基因组序列分析支持了最近的两次全基因组复制（命名为a和b），在这期间，十字花科植物（十字花科）的直系和一个三重事件（c），可能由所有核心双子叶植物共享。
毛果杨基因组显示了核心双子叶植物三重证据以及更近的全基因组复制。
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豆科苜蓿属 500M 灰胞藻门 70M 423 Mb 禾本科，狗尾草属 茄目、茄科、茄属 760Mb 375Mb 葫芦目、葫芦科、甜瓜属 523Mb 姜目、芭蕉科、芭蕉属 盐芥属 260Mb 多孔菌目、 43.3Mb 灵芝科、灵 302Mb 金虎尾目、 亚麻科、亚
2n=16 2n=18 2n=24 2n=24 2n=22 2n=14
蒺藜苜蓿 蓝载藻（灰胞藻 门） 粟（谷子） 番茄 甜瓜 香蕉 盐芥 灵芝 亚麻
Medicago truncatula Cyanophora paradoxa Setaria italica Solanum lycopersicum Cucumis melo L. Musa acuminata Thellungiella salsuginea lucidum Ganoderma Linum usitatissimum
2011.11 2012.02 2012.05 2012.05 2012.07 2012.07 2012.07 2012.06 2012.06
Nature 34.48 Science 29.747 Nature biotechnology 29.495 Nature 34.48 PNAS 9.432 Nature 34.48 PNAS 9.432 Nature communications The Plant Journal 6.969
刊物 Nature Science Science Science Nature Science Science Nature Nature Nature Science Nature Genetics Nature
IF 34.48 29.747 29.747 29.747 34.48 29.747 29.747 34.48 34.48 34.48 29.747 34.284 34.48 Nature 34.48 Nature 34.48 Science 29.747 Nature Biotechnology 29.495 Plant Cell 9.293 Nature 34.284 Genetics Nature 34.284 Genetics Nature 34.284 Genetics PNAS 9.432 PNAS 9.432 DNA Res. 3.525 Science 29.747 Nature biotechnology 29.495 Nature Genetics 34.284 Nature 34.48 Nature Genetics 34.284 Nature Genetics 34.284 Genome biology 6.89 Nature biotechnology 29.495
植物基因组(35) 中文名 拟南芥 水稻 水稻 杨树 葡萄 衣藻 小立碗藓 番木瓜 三角褐指藻 高粱 玉米 黄瓜 大豆 二穗短柄草 褐藻 团藻 蓖麻 小球藻 苹果 森林草莓 可可树 野生大豆 褐潮藻类 麻风树 卷柏 枣椰树 琴叶拟南芥 马铃薯 条叶蓝芥 白菜 印度大麻 木豆
拉丁名 Arabidopsis thaliana Oryza sativaL. ssp.indica L. Oryza sativa ssp.japonica Populus trichocarpa
法国国际农业研究与发展中心(CIRAD)等 Roche 454、Sanger和Illumina Illumina 中国科学院遗传与发育生物学研究所、深圳华大基因研究所、美国伊利诺 中国医学科学院药用植物研究所 Illuminห้องสมุดไป่ตู้ & 454 华大基因、University of Albert Illumina
美国明尼苏达大学、荷兰瓦格宁根大学、法国国家科学研究院及英国约翰 Illumina & Sanger 美国罗格斯大学等 Roche 454 and Illumina GAII Illumina HiSeq 2000 BGI和张家口市农业科学院等 美国康奈尔大学，英国诺丁汉大学等& 454 Sanger&Illumina 西班牙的九个研究中心 Sanger & 454
发表时间 2000.12 2002.04 2002.04 2006.09 Vitis vinifera 2007.09 Chlamydomonas 2007.01 reinhardtii Physcomitrella 2008.01 pattens papaya Carica 2008.04 Phaeodactylum 2008.11 tricornutum Sorghum bicolor 2009.01 Zea mays ssp. mays L. 2009.11 Cucumis sativus L. 2009.11 Glycine max 2010.01 Brachypodium 2010.02 distachyon Ectocarpus 2010.06 Volvox carteri 2010.07 Ricinus communis 2010.08 Chlorella variabilis 2010.09 NC64A domestica Malus × 2010.09 Borkh. vesca Fragaria 2010.12 Theobroma cacao 2010.12 G. soja 2010.12 Aureococcus 2011.02 anophagefferens L. 2010.12 Jatropha curcas Selaginella 2011.05 moellendorffii Phoenix dactylifera 2011.05 Arabidopsis lyrata 2011.05 Solanum tuberosum 2011.07 Thellugiella parvula 2011.08 Brassica rapa 2011.08 Cannabis sativa 2011.10 Cajanus cajan 2011.11
科、属
基因组大小 倍性、染色体 主要研究者及国家 测序方法、策略 测序深度 125M 2n=10 十字花科(Brassicaceae) 鼠耳芥属(Arabidopsis) The Arabidopsis Genome Initiative（欧美科学家共同完成） Sange-genome shotgun 4.2X 禾本科Poaceae稻属Oryza 2n=24 BGI、浙江大学基因组信息研究所、中科院遗传所等 Torrey Mesa 467M Sanger whole-genome shotgun 禾本科Poaceae稻属Oryza 2n=25 Research Institute, Sanger whole-genome shotgun 杨柳科、杨属480M 2n=38 美国橡树岭国家实验室、田纳西州大学植物科学系，西弗吉尼亚大学生物 葡萄科、葡萄属 490M 2n=38 Sanger whole-genome shotgun 8.4X 法国Genoscope国家基因测序中心领导的法国和意大利科学家 衣藻科、衣藻属 M 130 Sanger whole-genome shotgun 13X 美国加利福尼亚大学、JGI等 葫芦藓科、小立碗藓属 480M Sanger whole-genome shotgun 8.6X 德国弗莱堡大学、JGI等 番木瓜科、番木瓜属 370M 2n=18 Sanger whole-genome shotgun 美国夏威夷农业研究中心、夏威夷大学、南开大学3X 褐指藻属 27.4M Sanger whole-genome shotgun 法国（法国国家科学研究院）、意大利、JCVI等 禾本科、高粱属 730M 2n=20 Sanger whole-genome shotgun 8.5X 美国乔治亚大学、罗格斯大学、美国能源部联合基因组研究所等 禾本科、玉米属 2300M 2n=20 Sanger BAC by BAC 4~6X 美国爱荷华州立大学、美国农业部及冷泉港实验室等 葫芦科、黄瓜属 350M 2n=14 Sanger + Illumina GA Sanger reads 中国农科院蔬菜花卉研究所、BGI、加利福尼亚大学等 3.9X Illumina 豆科、大豆属1100M 2n=40 Sanger whole-genome shotgun 6.5X 美国HudsonAlpha基因组测序中心等 禾本科、短柄草属 260M 2n=10 Sanger whole-genome shotgun 9.4X 国际短柄草研究协会（IBI） 196M 36 巴黎匹兹堡大学医学中心等whole-genome shotgun Sanger 水云属 团藻属 138M whole-genome shotgun 11.1X 美国能源部联合基因组研究所、沙克生物研究所 大戟科、蓖麻属 350M 2n=20 Sanger whole-genome shotgun 4.6X 美国JCVI、马里兰大学基因组科学研究说（IGS）等 小球藻科 46M 2n=24 Sanger de Microbiologie de la 9X 法国埃克斯马赛大学Institut whole-genome shotgun Me´ diterrane´ e等 蔷薇科、苹果属 742M 2n=34 意大利农业研究所、美国犹他州盐湖城迈里德遗传学公司、美国454公司 Sanger (4.25X)、454( 12.75X)测序WGS 蔷薇科、草莓属 240M 2n=14 Roche/454, Illumina/Solexa and Life Technologies/SOLi 美国北德克萨斯大学等 梧桐科、可可属 430-Mb 2n=20 genome-wide DAP、法国CNRS、美国宾夕法尼亚帕 法国CIRAD、法国蒙特利尔UMRshotgun Roche/454, Illumina and Sanger 豆科、大豆属915.4 Mb 2n=40 Illumina whole-genome shotgun 43X 韩国首尔国立大学、韩国生物学和生物技术研究所等 57M Sanger whole-genome Hole海洋研究所、美国田纳西大 美国纽约州立大学石溪分校、美国Woods shotgun X 410M —— Sanger&454 whole-genome shotgun 日本千叶县上总DNA研究所、国立遗传学研究所和大阪大学 大戟科、麻风树属 卷柏属 美国普度大学等 212M Sanger whole-genome shotgun 棕榈科 685M 2n=36 Illumina 卡塔尔威尔康奈尔医学院等 GA IIx whole-genome shotgun 53.4X 十字花科、鼠耳芥属 206.7 Mb 2n=16 Sanger whole-genome shotgun 8.3X 美国南加州大学、德国马克思普朗克发育生物学学院及比利时布鲁塞尔自 2n=4X=4 马铃薯基因组联盟（BGI、中国农科院蔬菜花会所等） 茄目、茄科、茄属 844M Illumina&454 whole-genome shotgun 8 盐芥属 140M 2n=14 伊利诺伊大学等 ROCHE-454 GS FLX & Illumina GA2 十字花科、芸薹属 485M 2n=20 Illumina GA II 72X 白菜基因组测序联盟（BGI、中国农科院蔬菜花会所以及油料作物所等） 大麻属 534M 2n = 20 多伦多大学，National Research 454 Illumina & Council of Canada, Plant Biotechnology Inst 豆科、木豆属833M 2n = 22 国际半干旱地区热带作物研究所(ICRISAT)、深圳华大基因研究院、美国 Illumina GA and HiSeq 2000