gromacs命令
gromacs的-wcl指令
gromacs的-wcl指令Gromacs是一种广泛应用于生物物理和化学领域的分子动力学模拟软件。
它可以用来研究生物分子的结构和动力学，以及了解它们与周围溶剂环境的相互作用。
在Gromacs中，使用-wcl指令可以用来计算系统的总能量和保存能量输出。
-WCL指令：-wcl指令是Gromacs中的一个选项，代表‘write COORD and Lammps EnerGy’。
这个指令可以用于分析分子动力学模拟系统中的各个分子，监控能量的变化，以及将模拟结果输出到文件中进行后续的进一步处理。
-wcl指令会在模拟期间监控系统的总能量，包括势能、动能和总能量。
它还可以保存每个时间步长时系统的构象和能量值信息。
输出文件保存的信息包括：所有原子的X，Y和Z坐标，电荷，质量以及其它与模拟有关的信息。
-wcl指令的使用：-wcl指令可以在模拟开始前在命令行中输入。
例如：gmx mdrun -s md.tpr -cpi md.cpt -cpt 10 -ntomp 8 -v -wcl 其中，-s表示输入Gromacs运行的拓扑文件、md.tpr。
-cpi表示输入Gromacs运行的继续仿真文件，md.cpt。
-cpt表示每隔10个步长自动保存一次状态。
-ntomp表示使用的CPU数。
-v表示输出更详细的日志信息。
-wcl表示输出坐标信息和总能量信息。
-wcl指令还可以与其它选项一起使用，以生成特定类型的输出文件。
例如，-b选项可以用于指定需要舍去的仿真的起始部分，并保存一个新的文件。
例如，以下命令将从仿真的第100个时间步骤开始，保存所有输出信息到新的文件中。
gmx trjconv -f md.trr -s md.tpr -o md_100.xtc -b 100 -wcl -wcl指令输出文件的解释-wcl指令输出的文件通常包括以下内容：1.帧编号。
Gromacs模拟的每个时间步骤都将被编号。
这些编号通常存储在第一列。
(完整版)Gromacs命令锦集
目录1、MAKE_NDX (2)2、G_TRAJ (3)3、G_ENERGY另外一种用法 (3)4、PDB2GMX (3)5、GENION (5)6、EDITCONF (6)7、G_RAMA (6)8、G_CLUSTER (7)9、GENBOX (7)1、make_ndxGromacs的索引文件，即index文件，由make_ndx程序生成，文件后缀为.ndx。
索引文件是gromacs最重要的概念文件，使用它可以在模拟过程中为所欲为。
举一个简单的例子，比如想详细了解HIV整合酶切割DNA的反应机理，使用量子力学模拟反应位点的反应过程，而分子其他部位使用一般分子动力学模拟。
于是我们就面临一个对模拟系统进行分割定义的问题，在gromacs中，就要用到索引文件。
基本的思路是这样的，在索引文件中，定义一个独立的组，这个组包括反应位点处所有原子。
在模拟的.mdp文件中，对这个组定义量子力学模拟，事情就是这么简单。
对蛋白进行量子力学模拟时，一般使用洋葱模型。
所谓洋葱模型，就是对反应位点使用量子机制，在反应位点一定的半径内，使用半量子力学机制，然后分子部分使用分子机制。
那么索引文件就定义一个使用量子力学的组，把需要引进量子机制的原子都放到这个组中；再定义一个半量子机制的组，同时放进需要半量子力学机制模拟的原子，再在.mdp文件中独自定义即可。
再举一个例子，比如说在进行SMD（Steered MolecularDynamics，这个我一直没有想到或者找到切恰的中文翻译方法，或许可以叫做牵引分子动力学？？别扭！！）中，要对蛋白莫一个原子或者残基作用力，那么可以建立一个索引文件，在该文件中定义一个组，把要施力的残基或者原子放到该组中。
然后在.ppa文件中使用该组就行了。
如果我还没有说明白，那么看看gromacs的参考文件吧。
如果还是不明白，可以来找我，我免费培训。
^_^索引文件使用make_ndx命令产生，"make_ndx -h"可以看到全部的参数。
gromacs 用法
gromacs 用法
GROMACS（Groningen Machine for Chemical Simulations）是
一个用于分子动力学模拟的软件程序包。
以下是GROMACS
的基本用法：
1. 创建输入文件：使用GROMACS自带的工具，如pdb2gmx，将分子结构文件转换为GROMACS所需的格式（.gro或.pdb
文件）并生成拓扑文件（.top文件）。
2. 设置模拟系统：编辑拓扑文件，定义系统中的分子类型、电荷、碳原子的种类等。
还可以添加溶剂和离子来模拟溶液。
3. 设定模拟参数：创建.mdp文件（模拟参数文件），指定模
拟所需的参数，如模拟时间、时间步长、压力和温度控制等。
4. 运行模拟：使用grompp命令将.mdp文件与拓扑文件进行预
处理，生成可以用于模拟的输入文件。
然后使用mdrun命令
运行模拟。
5. 分析模拟结果：使用GROMACS提供的分析工具（如gmx analyze、gmx rms）来分析并可视化模拟结果，如生成系统的
能量曲线、粒子位置轨迹等。
6. 可选的后处理：如果需要进一步处理模拟数据，可以将模拟输出文件转换为其他格式，如.xtc文件转换为.dcd格式，以便
在其他分析软件中使用。
请注意，上述仅是GROMACS的基本用法概述，实际使用中还有许多高级功能和选项可以进行更详细的模拟和分析。
建议参考GROMACS的官方文档和教程以获取更多详细信息。
Gromacs
Gromacs 4.5+ 续跑部分内容转⾃Sensenbobo⼤神的⽂章1.利⽤cpt⽂件mpirun -n 27 mdrun_mpi -s md.tpr -cpi md.cpt -append -o md.trr -x md.xtc -c md.gro -e md.edr -g md.log⼤致命令如上，即连着之前所输出的⽂件进⾏继续写⼊，如果有相同的帧会被覆盖掉。
⽐较特别的地⽅是需要输⼊-x md.xtc⽂件。
2. tpbconvtpbconv -s topol.tpr -f traj.trr -e ener.edr -o newtopol.tprmdrun -s newtopol.tpr -o newtopol.trr -c newtopol.gro -e newtopol.edr -g newtopol.logtpbconv除了断点续跑之外还可以进⾏延长，-extend。
tpbconv不能更改你原来tpr⽂件中并⾏计算的节点数，⽐如你原来的tpr⽂件是8个节点的，那么使⽤tpbconv得到的重启tpr⽂件也是8个节点的。
如果想更改使⽤节点数，那只能⽤grompp重新做⼀个了。
但是使⽤grompp做重启模拟⽂件时，就算你指定了原来的轨迹⽂件和能量⽂件，它还是会根据麦克斯韦分布重新给各个原⼦指定速度.3.使⽤grompp提取上⼀次模拟最后速度和能量使⽤grompp可以制作⼀个新的.tpr⽂件，从上⼀步模拟的轨迹⽂件中提取速度，并从上⼀步能量⽂件中提取能量，也可以⽆缝的链接重启模拟计算。
要做到从上⼀步的最后的⼀个系统状态开始新的模拟计算。
⾸先要在.mdp⽂件中把“ gen_vel”参数定义为" no "，这样做是为了告诉grompp不要重新为系统中的原⼦指定随机速度。
指定新模拟开始的时间，即修改" tinit "参数。
然后可以使⽤⼀下命令制作⼀个从上⼀步模拟⽂件中提取速度和能量的.tpr⽂件：grompp -f [.mdp⽂件] -c [上⼀步模拟最后的系统坐标⽂件] -p [拓扑⽂件]-t [上⼀步的trr轨迹⽂件] -e [上⼀步能量⽂件] -time [坐标⽂件对应的模拟时间] -o [输出tpr⽂件] -np [CPU数⽬]提取上⼀步模拟系统的速度时使⽤trr⽂件，是因为xtc为单精度，没有trr⽂件精确。
(完整版)gromacs命令
1 Generating topologies and coordinates 生成拓扑和坐标文件1-1 pdb2gmx PDB文件转换到拓扑文件(.top)和坐标文件(.gro)1-2 g_x2top 从坐标文件(.gro)生成一个原始拓扑文件(.top)1-3 editconf编辑盒子及写入子组（subgroups）1-4 genbox体系溶剂化1-5 genion加入抗衡离子1-6 genconf 增加一个随机方向的构象1-7 genrestr 生成索引组的位置限制或距离限制1-8 g_protonate 质子化结构2 Running a simulation 模拟运行2-1 grompp生成一个运行输入文件2-2 tpbconv 从一个停止的运行生成一个重新运行的输入文件2-3 mdrun 执行模拟、正态分析及能量最小化3 Viewing trajectories 轨迹查看3-1 ngmx显示一条轨迹3-2 g_highway X Window System小工具，用于highway模拟3-3 g_nmtraj 从一个本征矢量eigenvector生成一个虚拟轨迹4 Processing energies 能量处理4-1 g_energy将能量写入xvg文件并显示平均值4-2 g_enemat 从能量文件中提取能量矩阵4-3 mdrun -rerun（重新）计算轨迹帧的能量5 Converting files 文件转换5-1 editconf 转换和编辑结构文件5-2 trjconv 转换和编辑轨迹文件5-3 trjcat连接轨迹文件5-4 eneconv 转换能量文件5-5 xpm2ps5-6 g_sigeps6 Tools 工具6-1 make_ndx制作索引文件6-2 mk_angndx 生成索引文件，用于g_angle6-3 gmxcheck 检查并比较文件6-4 gmxdump 生成人可读的二进制文件6-5 g_traj 从轨迹文件中绘制选定的原子或组的x、v、f6-5 g_analyze 分析数据集6-6 trjorder 根据与一个组的距离定义分子序数6-7 g_filter 轨迹频率过滤，制平滑的动画6-8 g_lie 线性拟合自由能评估6-9 g_dyndom 内插和外推结构旋转6-10 g_morph线性内插构象6-11 g_wham伞形抽样后加权直方分析6-12 xpm2ps convert XPM (XPixelMap) file to postscript6-13 g_sham读/写xmgr和xvgr数据集6-14 g_spatial 计算空间分布函数6-15 g_select selects groups of atoms based on flexible textual selections 6-16 g_tune_pme time mdrun as a function of PME nodes to optimize settings7 Distances between structures 结构间的差距7-1 g_rms 计算与参考结构之间的均方根偏差及其矩阵7-2 g_confrms叠合两个结构，并计算其rmsd7-3 g_cluster 团簇结构7-4 g_rmsf计算原子波动值8 Distances in structures over time 随时间变化，结构间差距8-1 g_mindist 计算两组间的最小距离8-2 g_dist 计算两组之间的质量中心的距离8-3 g_bond 计算原子间的距离8-4 g_mdmat 计算残留联系地图contact maps8-5 g_polystat 计算聚合物的静态属性8-6 g_rmsdist calculates atom pair distances averaged with power -2, -3 or -69 Mass distribution properties over time 随时间变化，质量分布性质9-1 g_traj plots x, v, f, box, temperature and rotational energy9-2 g_gyrate 计算回转半径9-3 g_msd 计算均方位移9-4 g_polystat 计算聚合物的静态属性9-5 g_rotacf 计算分子转动的相关函数9-6 g_rdf 径向分布函数的计算9-7 g_rotmat 根据参考结构绘制旋转矩阵图9-8 g_vanhove 计算凡霍夫位移函数10 Analyzing bonded interactions 分析键相互作用10-1 g_bond 计算键长分布10-2 mk_angndx 生成索引文件g_angle10-3 g_angle 计算角度和二面角的分布及相关性10-4 g_dih 二面角转换分析11 Structural properties 结构特性11-1 g_hbond 计算和分析氢键11-2 g_saltbr 计算盐桥11-3 g_sas 计算溶剂可及表面面积11-4 g_order computes the order parameter per atom for carbon tails11-5 g_principal 计算一组原子惯性轴11-6 g_rdf 计算径向分布函数11-7 g_sgangle 计算两组间的角度和距离11-8 g_sorient 分析溶质周围溶剂取向11-9 g_spol 分析溶质周围溶剂偶极取向和极化11-10 g_bundle 分析捆轴，如螺旋11-11 g_disre 分析距离限制11-12 g_clustsize 计算原子团簇尺寸分布11-13 g_anadock cluster structures from Autodock runs12 Kinetic properties 动力学性质12-1 g_traj plots x, v, f, box, temperature and rotational energy12-2 g_velacc 计算速度自相关函数12-3 g_tcaf 计算液体粘度12-4 g_bar 通过Bennett’s acceptance ratio接受率计算估计自由能差12-5 g_current 计算当前系统的自相关函数12-6 g_vanhove 计算凡霍夫相关函数12-7 g_principal calculate principal axes of inertion for a group of atoms13 Electrostatic properties 静电性质13-1 genion 添加带电离子13-2 g_potential 计算盒子中的静电势13-3 g_dipoles 计算总偶极波动13-4 g_dielectric 根据介电常数计算频率13-5 g_current 根据电荷计算体系介电常数13-6 g_spol 分析溶质周围的偶极子14 Protein specific analysis 蛋白质特殊分析14-1 do_dssp 计算分配二级结构和溶剂可及表面面积14-2 g_chi 计算所有需要的chi和其他二面角14-3 g_helix 计算α螺旋结构的基本性质14-4 g_helixorient 计算本地pitch/弯曲/旋转/内螺旋方向14-5 g_rama computes Ramachandran plots14-6 g_xrama shows animated Ramachandran plots14-7 g_wheel plots helical wheels15 Interfaces 界面15-1 g_potential计算盒子静电势15-2 g_density 计算体系密度15-3 g_densmap计算二维平面或轴向-径向密度图15-4 g_order computes the order parameter per atom for carbon tails 15-5 g_h2order 计算水分子的方向15-6 g_bundle 分析捆轴，如跨膜螺旋15-7 g_membed 蛋白质嵌入脂双层16 Covariance analysis 协方差分析16-1 g_covar 计算和对角化协方差矩阵16-2 g_anaeig 分析特征向量16-3 make_edi 生成输入文件用于本质动力学抽样17 Normal modes 正态模式17-1 grompp 生成运行输入文件17-2 mdrun 发现一个潜在的能量最低17-3 mdrun 计算Hessian17-4 g_nmeig 对角化Hessian17-5 g_nmtraj 产生本征模的振荡轨迹17-6 g_anaeig 正态模式分析17-7 g_nmens 从正常模式生成的结构合奏分析命令1 Groups in Analysis1-1 make_ndx To generate an index file consisting of a series of atom numbers 1-2 mk_angndx To generate an index file with angles or dihedralsDefault GroupsSelections1-3 g_select2 Looking at trajectory2-1 ngmx3 General properties3-1 g_energy3-2 g_traj。
gromacs rdf指令
gromacs rdf指令
在Gromacs中，可以使用gmx rdf指令来计算径向分布函数(Radial Distribution Function, RDF)。
RDF是一种描述分子中原子或分子间距离分布的统计量，可以用来分析分子间的相互作用和空间分布情况。
以下是使用gmx rdf指令计算RDF的步骤：
准备输入文件：首先需要准备一个包含分子坐标信息的输入文件，通常是一个包含多个分子位置的坐标文件。
坐标文件可以是xtc、pdb或其他格式，具体取决于模拟数据的来源。
运行gmx rdf指令：在命令行中输入gmx rdf指令，并指定输入文件、输出文件和索引文件等参数。
具体的命令格式如下：
bash
gmx rdf -f trajectory.xtc -s topol.tpr -o rdf.xvg -n index.ndx
其中，trajectory.xtc是包含分子轨迹信息的文件，topol.tpr是包含模拟参数和拓扑信息的文件，rdf.xvg是输出的RDF文件，index.ndx是包含需要计算RDF的分子或原子的索引文件。
3. 检查结果：完成计算后，可以在指定的输出文件中查看RDF的结果。
通常，RDF结果会以图形或表格的形式呈现，横坐标为距离，纵坐标为分布概率。
通过对RDF的分析，可以了解分子间的相互作用和空间分布情况。
需要注意的是，gmx rdf指令的具体参数和使用方法可能因Gromacs版本和具体应用而有所不同。
因此，在使用gmx rdf指令之前，建议仔细阅读Gromacs的官方文档或参考相关教程，以确保正确使用该指令。
gromacs合并gro指令
Gromacs是一种用于模拟分子动力学的开源软件，可以用于模拟大分子系统的行为，如蛋白质、脂质体等。
在Gromacs中，使用了一种叫做“.gro”格式的文件来存储分子结构的信息。
在实际应用中，有时候我们需要合并多个.gro文件，这时就需要使用Gromacs中的合并指令来完成这个任务。
下面我们来具体介绍一下如何使用Gromacs中的合并指令来合并多个.gro文件。
1. 准备工作在使用Gromacs合并指令之前，首先需要保证已经安装了Gromacs 软件，并且配置好了环境变量，以便于在命令行中直接执行Gromacs 的相关指令。
如果尚未安装Gromacs软件，可以前往Gromacs全球信息站（xxx）下载最新版本的软件进行安装。
2. 合并指令的格式在Gromacs中，合并多个.gro文件的指令格式如下：```bashgmx insert-molecules -f file1.gro -ci file2.gro -o output.gro```其中，-f指定了待合并.gro文件的名称，-ci指定了要合并的另一个.gro文件的名称，-o指定了输出的合并后的.gro文件的名称。
3. 合并多个.gro文件的具体步骤接下来我们通过一个具体的案例来演示如何使用Gromacs中的合并指令来合并多个.gro文件。
假设我们有两个.gro文件，分别是file1.gro和file2.gro，现在我们要将这两个文件合并成一个output.gro文件。
我们需要打开命令行工具，进入到包含这两个.gro文件的目录中。
我们可以使用如下命令来合并这两个.gro文件：```bashgmx insert-molecules -f file1.gro -ci file2.gro -o output.gro```执行上述命令后，Gromacs会读取file1.gro和file2.gro的分子结构信息，并将它们合并在一起，最终生成一个名为output.gro的.gro文件，该文件包含了file1.gro和file2.gro中所有的分子结构信息。
ogroamcs小分子力场生成
ogroamcs小分子力场生成
ogroacs小分子力场生成步骤如下：
确认结构文件中只包含想要模拟的分析。
利用gmx mdrun命令让能量最小化模拟运行。
在结果产生的模拟运行中，需要时间和设定更为明确的mdp文件以及能量最小化时产生的结构文件产生tpr，利用gmx mdrun命令提交后续的计算。
力场构建，在整个模拟工作的前期，最为关键的事情就是得到准确的力场参数和文件。
对于蛋白质等生物分子，Gromacs可以自动识别氨基酸并产生准确的力场文件，但是对于某些特殊的小分子，Gromacs并不能识别和产生力场参数。
这时候需要自己构建合适的力场或者利用现有的网站去生成。
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1 Generating topologies and coordinates 生成拓扑和坐标文件1-1 pdb2gmx PDB文件转换到拓扑文件(.top)和坐标文件(.gro)1-2 g_x2top 从坐标文件(.gro)生成一个原始拓扑文件(.top)1-3 editconf编辑盒子及写入子组（subgroups）1-4 genbox体系溶剂化1-5 genion加入抗衡离子1-6 genconf 增加一个随机方向的构象1-7 genre str 生成索引组的位置限制或距离限制1-8 g_protonate 质子化结构？？？？2 Running a simulation 模拟运行2-1 grompp生成一个运行输入文件2-2 tpbconv 从一个停止的运行生成一个重新运行的输入文件2-3 mdrun 执行模拟、正态分析及能量最小化3 Viewing trajectories 轨迹查看3-1 ngmx显示一条轨迹3-2 g_highway X Window System小工具，用于highway模拟3-3 g_nmtraj 从一个本征矢量eigenvector生成一个虚拟轨迹4 Processing energies 能量处理4-1 g_energy将能量写入xvg文件并显示平均值4-2 g_enemat 从能量文件中提取能量矩阵4-3 mdrun -rerun（重新）计算轨迹帧的能量5 Converting files 文件转换5-1 editconf 转换和编辑结构文件5-2 trjconv 转换和编辑轨迹文件5-3 trjcat连接轨迹文件5-4 eneconv 转换能量文件5-5 xpm2ps5-6 g_sigeps6 Tools 工具6-1 make_ndx制作索引文件6-2 mk_angndx 生成索引文件，用于g_angle6-3 gmxcheck 检查并比较文件6-4 gmxdump 生成人可读的二进制文件6-5 g_traj 从轨迹文件中绘制选定的原子或组的x、v、f6-5 g_analyze 分析数据集6-6 trjorder 根据与一个组的距离定义分子序数6-7 g_filter 轨迹频率过滤，制平滑的动画6-8 g_lie 线性拟合自由能评估6-9 g_dyndom 内插和外推结构旋转6-10 g_morph线性内插构象6-11 g_wham伞形抽样后加权直方分析6-12 xpm2ps convert XPM (XPixelMap) file to postscript6-13 g_sham读/写xmgr和xvgr数据集6-14 g_spatial 计算空间分布函数6-15 g_select selects groups of atoms ba sed on flexible textual selections 6-16 g_tune_pme time mdrun as a function of PME node s to optimize settings7 Distances between structures 结构间的差距7-1 g_rms 计算与参考结构之间的均方根偏差及其矩阵7-2 g_confrms叠合两个结构，并计算其rmsd7-3 g_cluster 团簇结构7-4 g_rmsf计算原子波动值8 Distances in structures over time 随时间变化，结构间差距8-1 g_mindist 计算两组间的最小距离8-2 g_dist 计算两组之间的质量中心的距离8-3 g_bond 计算原子间的距离8-4 g_mdmat 计算残留联系地图contact maps8-5 g_polystat 计算聚合物的静态属性8-6 g_rmsdist calculates atom pair distances averaged with power -2, -3 or -69 Mass distribution properties over time 随时间变化，质量分布性质9-1 g_traj plots x, v, f, box, temperature and rotational energy9-2 g_gyrate 计算回转半径9-3 g_msd 计算均方位移9-4 g_polystat 计算聚合物的静态属性9-5 g_rotacf 计算分子转动的相关函数9-6 g_rdf 径向分布函数的计算9-7 g_rotmat 根据参考结构绘制旋转矩阵图9-8 g_vanhove 计算凡霍夫位移函数10 Analyzing bonded interactions 分析键相互作用10-1 g_bond 计算键长分布10-2 mk_angndx 生成索引文件g_angle10-3 g_angle 计算角度和二面角的分布及相关性10-4 g_dih 二面角转换分析11 Structural properties 结构特性11-1 g_hbond 计算和分析氢键11-2 g_saltbr 计算盐桥11-3 g_sa s 计算溶剂可及表面面积11-4 g_order compute s the order parameter per atom for carbon tails11-5 g_principal 计算一组原子惯性轴11-6 g_rdf 计算径向分布函数11-7 g_sgangle 计算两组间的角度和距离11-8 g_sorient 分析溶质周围溶剂取向11-9 g_spol 分析溶质周围溶剂偶极取向和极化11-10 g_bundle 分析捆轴，如螺旋11-11 g_disre 分析距离限制11-12 g_clustsize 计算原子团簇尺寸分布11-13 g_anadock cluster structure s from Autodock runs12 Kinetic properties 动力学性质12-1 g_traj plots x, v, f, box, temperature and rotational energy12-2 g_velacc 计算速度自相关函数12-3 g_tcaf 计算液体粘度12-4 g_bar 通过Bennett’s acceptance ratio接受率计算估计自由能差12-5 g_current 计算当前系统的自相关函数12-6 g_vanhove 计算凡霍夫相关函数12-7 g_principal calculate principal axes of inertion for a group of atoms13 Electrostatic properties 静电性质13-1 genion 添加带电离子13-2 g_potential 计算盒子中的静电势13-3 g_dipole s 计算总偶极波动13-4 g_dielectric 根据介电常数计算频率13-5 g_current 根据电荷计算体系介电常数13-6 g_spol 分析溶质周围的偶极子14 Protein specific analysis 蛋白质特殊分析14-1 do_dssp 计算分配二级结构和溶剂可及表面面积14-2 g_chi 计算所有需要的chi和其他二面角14-3 g_helix 计算α螺旋结构的基本性质14-4 g_helixorient 计算本地pitch/弯曲/旋转/内螺旋方向14-5 g_rama computes Ramachandran plots14-6 g_xrama shows animated Ramachandran plots14-7 g_wheel plots helical wheels15 Interfaces 界面15-1 g_potential计算盒子静电势15-2 g_density 计算体系密度15-3 g_densmap计算二维平面或轴向-径向密度图15-4 g_order compute s the order parameter per atom for carbon tails 15-5 g_h2order 计算水分子的方向15-6 g_bundle 分析捆轴，如跨膜螺旋15-7 g_membed 蛋白质嵌入脂双层16 Covariance analysis 协方差分析16-1 g_covar 计算和对角化协方差矩阵16-2 g_anaeig 分析特征向量16-3 make_edi 生成输入文件用于本质动力学抽样17 Normal modes 正态模式17-1 grompp 生成运行输入文件17-2 mdrun 发现一个潜在的能量最低17-3 mdrun 计算Hessian17-4 g_nmeig 对角化Hessian17-5 g_nmtraj 产生本征模的振荡轨迹17-6 g_anaeig 正态模式分析17-7 g_nmens 从正常模式生成的结构合奏分析命令1 Groups in Analysis1-1 make_ndx To generate an index file consisting of a series of atom numbers 1-2 mk_angndx To generate an index file with angles or dihedralsDefault GroupsSelections1-3 g_select2 Looking at trajectory2-1 ngmx3 General properties3-1 g_energy3-2 g_traj。