黄脊竹蝗5个地理种群线粒体16SrRNA基因片段的序列分析
利用线粒体16S rRNA 基因全序列分析直翅目主要类群的系统发生关系
利用线粒体16S rRNA 基因全序列分析直翅目主要类群的系统发生关系崔爱明;黄原【期刊名称】《遗传》【年(卷),期】2012(34)5【摘要】In order to reconstruct a robust phylogenetic relationship among major groups of Orthoptera and to explore the phylogenetic utility and performance of 16S Ribosomal RNA gene, complete sequences of 16S Ribosomal RNA were sequenced from 18 species in 9 families and 4 superfamilies of Orthoptera, and analyzed with other 40 species that have been completely sequenced. The result showed that the average length of 16S Ribosomal RNA was 1 310 bp. The positions of Tridactuloidea and Gryllotalpidae in Orthoptera were uncertain based on the 16S rRNA data, and the phylogenetic relationships of other major groups in Orthoptera were rather robust. Except for Oedipodidae and Gomphoceridae, Acrididae, Catantopidae, and Arcypteridae in Xia's taxonomic system were not monophyletic groups, and the genetic distances among the five groups were small. This indicates that the five families should be combined into one family. The genetic distances among Pamphagidae, Chrotogonidae, and Pyigomorphidae were also small. The loops of 16S rRNA gene could provide more information than stems when they were used for phylogenetic analysis. Complete sequence of 16S rRNA gene can be usedto reconstruct robust phylogenetic relationship at the taxonomic category of species, genera, and suborder in Orthop-tera, but lack of resolution at family and superfamily levels.%为了构建稳健的直翅目主要类群间的系统发生关系并探讨16S rRNA 基因序列在构建直翅目昆虫不同分类阶元系统发生关系时的可行性、功效以及性能,文章测定了直翅目4 总科9 科18 种昆虫的16S rRNA 基因全序列,联合已知该基因全序列的其他40 种昆虫,构建了直翅目主要类群之间的系统发生关系,并分析了16S rRNA 基因全序列的系统发生性能和功效.结果表明,直翅目昆虫的16S rRNA 基因全长平均为1 310 bp; 除生活方式特化的蚤蝼总科和蝼蛄总科的地位无法确定外,直翅目其他主要类群系统发生关系比较稳定; 蝗总科下除了斑翅蝗科和槌角蝗科外,剑角蝗科、斑腿蝗科、网翅蝗科都不是单系群,且用不同的方法构建的系统发生树中聚类情况完全一致,各科间遗传距离差异不大,建议将其合为一科; 锥头蝗科、瘤锥蝗科和癞蝗科间的遗传距离差异也不大; 在构建系统发生树时,16S rRNA 基因环区的信息量要比茎区的大; 16S rRNA 基因可以构建可靠的直翅目属与种水平和目与亚目高级阶元的系统发生关系,但对科和总科阶元缺乏足够的分辨力.【总页数】12页(P597-608)【作者】崔爱明;黄原【作者单位】陕西师范大学生命科学学院,西安,710062;陕西师范大学生命科学学院,西安,710062【正文语种】中文【相关文献】1.基于线粒体16S rRNA基因探讨蜘蛛几个重要类群的系统发生关系 [J], 毕可然;张利民2.基于线粒体16S rRNA基因探讨鹿科动物系统发生关系 [J], 刘忠权3.基于线粒体16S rRNA和COI基因序列探讨对虾属(Penaeus)物种系统发生关系[J], 刘帅;李墨非;叶嘉;王亚;王春琳4.基于线粒体COⅠ基因序列分析宝贝科主要类群的系统发生关系 [J], 王莹;苏成勇;潘鸿春;郝家胜5.基于18S rRNA基因序列分析唇口目苔藓动物主要类群的系统发生关系 [J], 焦晓霞;杨群;赵华斌;石庆会;郝家胜因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
16s rrna基因结构
16s rrna基因结构
16S rRNA是一种常见的核糖体RNA，它在细菌和古菌中广泛存在。
它是由约1500个核苷酸组成的分子，具有特定的二级和三级结构。
16S rRNA基因的结构主要包括三个区域：5'端端区（5'端端），中央变异区（V区）和3'端端区（3'端端）。
1. 5'端端区（5'端端）：它位于16S rRNA的5'端，包含大约100个核苷酸。
这个区域的序列在不同的细菌和古菌之间变化较大，因此可以用来进行物种鉴定和分类。
2. 中央变异区（V区）：它位于5'端端区和3'端端区之间，包含了约300个核苷酸。
这个区域具有高度的变异性，可以用来推断进化关系和亲缘关系。
3. 3'端端区（3'端端）：它位于16S rRNA的3'端，包含了约100个核苷酸。
这个区域的序列在不同的细菌和古菌之间变化较小，因此可以用来设计引物以进行PCR扩增。
总体而言，16S rRNA基因的结构具有高度保守性和变异
性。
保守的区域可以用来设计通用引物，从而进行广谱的微生物检测；变异的区域可以用来推断微生物的进化关系和亲缘关系。
卵形鲳!线粒体１６ＳｒＲＮＡ基因全长序列的克隆与分析
２０１０年第 ４期 彭金霞等，卵形鲳线粒体 １６ＳｒＲＮＡ基因全长序列的克隆与分析
８３
图 ２ 引物 １６ＳＦ和 １６ＳＲ扩增片段的测序结果 Ｆｉｇ．２ ＳｅｑｕｅｎｃｅｏｆｔｈｅＤＮＡ ａｍｐｌｉｆｉｅｄｂｙｐｒｉｍｅｒｓ１６ＳＦａｎｄ１６ＳＲ
标尺示各位点在 １６ＳｒＲＮＡ基因全长中的位置；１、２、３、４、５代表个体编号
亚科 Ｓｕｂｆａｍｉｌｙ 鲳亚科 Ｔｒａｃｈｉｎｏｔｉｎａｅ 亚科 Ｃａｒａｎｇｉｎａｅ
餷亚科 Ｓｅｒｉｏｌｉｎａｅ ?亚科 Ｃｈｏｒｉｎｅｍｉｎａｅ
属 Ｇｅｎｅｒａ 鲳属 Ｔｒａｃｈｉｎｏｔｕｓ
属 Ｃａｒａｎｘ
细属 Ｓｅｌａｒｏｉｄｅｓ 副叶属 Ａｌｅｐｅｓ 丝属 Ａｌｅｃｔｉｓ 圆属 Ｄｅｃａｐｔｅｒｕｓ 竹荚鱼属 Ｔｒａｃｈｕｒｕｓ 餷属 Ｓｅｒｉｏｌａ ?属 Ｓｃｏｍｂｅｒｏｉｄｅｓ
共测定了 １５个个体的 １６ＳｒＲＮＡ基因全长。比 较发现，个体内不同克隆间无序列差异，而 ５个个 体间存在第 ７１、７６９、１１５０位等 ３个 Ａ／Ｇ转换位点， ５７８、１１０４位等 ２个 Ｃ／Ｔ转换位点，１０７１位的 １个 Ｃ／Ａ颠换位点及 １６４４位的 １个 Ｔ碱基插入突变 （图 ３）。综合来看，５个个体分别具有 ５种不同的 基因型。因此，１６ＳｒＲＮＡ基因的序列在种群内个体 间存在丰富的变异，适用于种群内遗传多样性分析。 ２．３ 基于 １６ＳｒＲＮＡ序列的鲳科鱼类进化关系
不同物种中核糖体RNA区域的比较分析
不同物种中核糖体RNA区域的比较分析核糖体是细胞内重要的生物分子，也是生命起源和进化的关键因素之一。
它能够合成蛋白质，是所有细胞最为重要的机制之一。
核糖体由许多的蛋白质和核酸构成，其中的核酸主要是RNA。
在不同物种中，核糖体的RNA区域有着较大的差异。
这篇文章将会比较分析这些差异。
首先，我们需要明确一点，那就是核糖体RNA区域的确切大小和组成是因物种而异的。
然而，可以确认的是，该区域大多是由16S rRNA、23S rRNA和5S rRNA等不同长度的RNA组成的。
16S rRNA是核糖体RNA区域中最为普遍的一种。
它是由一条大约有1500个核苷酸组成的链构成的。
16S rRNA的序列非常保守，这意味着它在不同的物种中互相之间的区别很小。
然而，16S rRNA的序列中仍然存在一些差异，而这些差异可以被用来进行分子进化研究。
因此，16S rRNA序列常被用来构建生物物种进化树。
除了16S rRNA之外，23S rRNA也是核糖体RNA区域中非常重要的一种。
23S rRNA通常由大约3,000个核苷酸组成。
23S rRNA的序列和结构非常复杂，因此也更加保守。
与16S rRNA不同的是，23S rRNA序列在不同的物种之间的差异更大，而这些差异也在一定程度上反映了不同物种之间的进化关系。
最近的研究还发现，23S rRNA的基因序列还可能与细胞壁合成有关，于是，它在生物学中的重要性又进一步加强了。
最后，还有一种小型的RNA，即5S rRNA。
虽然它的长度只有约一百个核苷酸，但它同样也是核糖体RNA区域中非常重要的一部分。
5S rRNA的序列与结构较为简单，但是在不同物种之间的差异可以被用来研究不同物种进化的关系。
综上所述，不同物种中核糖体RNA区域的差异是十分显著的。
而这些差异又可以被应用于不同的生物学研究领域中，如生物物种进化、细胞壁合成等。
因此，进一步的研究和探索仍然十分必要。
16srrna基因技术在油藏微生物生态研究中的应用
16srrna基因技术在油藏微生物生态研究中的应用
16S rRNA基因技术是一种用于微生物分类和地球环境微生物
群落结构研究的重要方法。
在油藏微生物生态研究中，16S rRNA基因技术被广泛应用于发现、鉴定和研究油藏中的微生
物群落。
首先，通过对油藏中微生物群落的16S rRNA基因进行测序和
分析，可以获得不同微生物群落的组成和多样性信息。
这有助于了解油藏中微生物的种类、数量和相对丰度等关键生态信息，从而揭示微生物群落的结构和功能。
其次，16S rRNA基因技术可以用于鉴定油藏中的微生物。
通
过比对16S rRNA基因序列数据库，可以确定微生物的分类和
系统发育位置，从而识别油藏中存在的不同微生物种类。
此外，16S rRNA基因技术还可以帮助研究油藏中微生物的代
谢功能和生态作用。
通过分析16S rRNA基因的功能区域，可
以推断微生物的功能特性，如产酸、产气、产聚合物降解酶等，从而揭示微生物对油藏生态系统中有机物转化、油藏酸化和生物降解等方面的影响。
综上所述，16S rRNA基因技术在油藏微生物生态研究中起着
重要作用。
它可以提供关于微生物群落结构、种类、数量和功能等方面的重要信息，有助于深入理解油藏微生物的生态特性和作用机制，为油藏开发和油藏环境管理提供科学依据。
基于形态特征和线粒体_16S_rRNA基因序列探讨棱鳀属的系统进化
到的最大似然距离参数进行分析和系统重建。其 中 NJ 法使用 MEGA3.0 软件 [15]，Bootstrap 置信值估算
记录；所用的分子量标准为 DL2000（TaKaRa 产品）。 重复次数 1 000 次；ML 法通过数据分组策略，利用
PCR 产物用 UNIQ-10（上海生工）柱式纯化试剂盒纯 Treefinder 对 Modeltest 获得的参数构建树，Bootstrap
鱼 类 进 行 了 测 定（表 2）。 赤 鼻 棱 鳀 吻 突 出，吻 长 等 于眼径，上颌骨最短（为头长0.69 ～ 0.75倍），鳃耙数 最多（23 ～ 25 + 29 ～ 31，总数为52 ～ 56），臀鳍条较 少（28 ～ 31）。在吻短（其长小于眼径）的5个种中，
伸达腹鳍（其长为头长1.46 ～ 1.55倍）和鳃耙数较多 （13 ～ 14 + 18 ～ 19，总数为31 ～ 32），而与长颌棱鳀有 明显的区别，后者上颌骨几伸达肛门（为头长 2.29 倍）， 鳃耙数少（6 + 9，总数为 15）。中颌棱鳀与黄吻棱鳀上 颌骨均伸达胸鳍基部（其长分别为头长的1.02 ～ 1.17 倍和1.13 ～ 1.20倍），鳃耙分别为11 ～ 13 + 16 ～ 18（总
种类 Species
背鳍 D
臀鳍 A
鳃耙数 Rake
腹棱数 VS
上颌骨伸达（为头长倍数） Maxillary extends to
（Multiple of head length）
体长 /mm 吻长：眼径
SL
SnL：DE
杜氏棱鳀 T. dussumieri
I，13
34-36 13-14 + 18-19 15-16 + 8-9
16s rdna序列 16s rrna基因序列
16s rDNA序列是细菌和古细菌特有的一种特征序列，是通过测定16s rDNA基因所编码的16s rRNA的序列而得到的。
在分子生物学和微生物学领域，16s rDNA序列被广泛应用于微生物分类、微生物多样性研究和微生物系统进化研究中。
本文将从以下几个方面对16s rDNA 序列进行介绍和分析。
一、成因和结构16s rDNA序列是细菌和古细菌特有的一种特征序列，它是细菌和古细菌核糖体小亚基rRNA基因的一部分，通常有约1500个核苷酸碱基对，可由16s rRNA基因编码。
这一序列在细菌和古细菌的核糖体RNA中起着重要的作用，它能够稳定地与核糖体蛋白结合，形成核糖体的小亚基，并参与到细菌和古细菌的蛋白质合成过程中。
二、意义和应用1. 微生物分类16s rDNA序列在微生物分类中具有重要意义，通过对16s rDNA序列进行测序分析可以鉴定和分类细菌和古细菌的种属和亚属。
这是因为16s rDNA序列在不同种属和不同亚属的细菌和古细菌之间存在一定的变异，可以作为分子生物学特征用于分类鉴定。
2. 微生物多样性研究通过对环境样品中的16s rDNA序列进行测序分析，可以了解微生物裙落的组成和结构，揭示微生物在自然界的分布和多样性。
这对于研究微生物的生态学、环境适应性和生态功能具有重要意义。
3. 微生物系统进化研究利用16s rDNA序列进行系统进化研究，可以揭示细菌和古细菌的系统发育关系和演化过程，为了解细菌和古细菌的起源、多样性和进化提供重要的分子学证据。
三、研究方法1. PCR扩增通常情况下，从细菌或古细菌的DNA中提取16s rDNA序列，然后利用PCR技术进行扩增。
通过选择适当的引物和反应条件，可以特异性地扩增出16s rDNA序列，为后续的测序分析做准备。
2. 测序分析测序是获取16s rDNA序列信息的关键步骤，目前常用的测序方法包括Sanger测序和高通量测序。
通过测序分析，可以获得16s rDNA 序列的具体碱基序列信息，用于后续的分类鉴定和系统进化研究。
16srn序列分析
1 6 s R N A 序列分析前言点阵分析（dot-matrix analysis），是指将两条以上核酸或氨基酸序列分别列示于纵横坐标，在同一位置上出现相同符号并形成连线，以揭示序列中重复片段或两条序列同源性的方法。
16sRNA是原核生物核糖体小亚基上的RNA，这段RNA序列在不同的细菌中的结构、功能都具有高度保守性,完成测序后通过点阵分析可以确定其同源性比较、用于细菌的系统分类鉴定、多样性和亲缘关系分析等。
虽然相对保守，但在不同的微生物中，16sRNA基因序列还是存在差异的，一般来说，16sRNA序列越接近，菌种关系越近，同源性越大；反之，16sRNA序列差异越大，同源性越小。
而本文主要利用点阵分析的方法对不同菌种的16SrRNA基因进行局部比对,通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻找两者可能的分子亲缘关系，以及进化途径的关系，从而为生物进化的研究提供理论基础。
内容在窗口值为50，阈值为80的情况下，对细菌（变形链球菌、运动发酵单胞菌、霍乱弧菌、嗜热脂肪土芽孢杆菌、海氏肠球菌）、古生菌（硫磺矿硫化叶菌）以及真核生物线粒体（爪哇根结线虫线粒体）16sRNA两两序列间的点阵分析如下：1. 运动发酵单胞菌subsp mobilis 部分的16srRNA序列1105209313417521625729800185169253337421505589673757875链球菌mutans16SrRNA（Streptococcus mutans 与Zymomonas mobilis subsp.mobilis ）1-22. 霍乱弧菌局部的16srRNA 基因序列 18516925333742150558967375780016913720527334140947754561371316s r n a 1链球菌mutans 16SrRNA(Streptococcus mutans 与Viibrio cholerae)1-33. 嗜热脂肪土芽孢杆菌1103205307409511613715800183165247329411493575657739861链球菌mutans 16SrRNA（Streptococcus mutans 与Geobacillus srearothermophilus ）1-44. 肠球菌种局部的16srRNA 基因序列 110921732543354164975318717325934543151760368977586191116s r n a链球菌mutans16SrRNA（Streptococcus mutans 与Enterococcus hirae ）1-55. 爪哇根结线虫线粒体1651291932573213854495135776417057698451771532293053814575336096857618031链球菌mutans16SrRNA（Streptococcus mutans 与mitochonddrion meloidogyne javanica ）1-m6. 硫磺矿硫化叶菌 16512919325732138544951357764170576984511432854275697118539951137127914921链球菌mutans16SrRNA（Streptococcus mutans 与Sulfolobus solfataricus ）1-s7. 硫磺矿硫化叶菌1631251872493113734354975596216837458031143285427569711853995113712791492m爪哇根结线虫线粒体(mitochonddrion meloidogyne javanica 与Sulfolobus solfataricus)m-s结果变形链球菌-远动发酵单胞菌： 变形链球菌129~190、580~640、710~770处的碱基分别于运动发酵单胞菌180~255、630~705、800~860处的碱基大致相同；相似性较高，亲缘关系较近，分子进化关系较近；变形链球菌-霍乱弧菌：相似性一般，亲缘关系一般，分子进化关系一般；有相似序列如变形链球菌160左右、600~641处的碱基分别与霍乱弧菌217左右、649~679处的碱基大致相同；此部分序列可能对基本生命活动来说不可缺少或者有相似的功能。
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第31卷第7期中南林业科技大学学报Vo l.31N o.72011年7月Journal of Central South University of Forestry &Technology Jul.2011收稿日期:2011 02 03基金项目:国家自然科学基金项目(30371167)作者简介:姜石生(1976 ),男,湖南邵阳人,硕士研究生,主要从事昆虫行为与进化生态学研究通讯作者:贺一原(1964 ),男,教授,博士,硕士导师,主要从事动物生态学、昆虫分子生物学研究黄脊竹蝗5个地理种群线粒体16S rRNA基因片段的序列分析姜石生1,贺一原1,朱道弘2,曹元清3(1.中南林业科技大学,湖南长沙410004; 2.湖南第一师范学院,湖南长沙 410004;3.新宁县第四中学,湖南新宁 422709)摘 要:摘要对湖南桃江、广东广宁、广西桂林、重庆永昌、四川长宁等5个黄脊竹蝗Rammeacr is kiang su T sai 地理种群线粒体16S rR NA 基因进行测序,并经Clustal X 同源排序后得506bp 序列。
对获得的序列分析表明,A ,T ,G ,C 平均含量分别为32.0%,37.7%,17.6%,12.6%,其中保守位点数504个,变异位点数2个,自裔位点2个,所有碱基转换总数为1,颠换总数为1。
利用M EG A4.0软件重建系统发生树,发现其中这5个黄脊竹蝗种群分化程度很低。
从而可以说明其群体遗传多样性单一。
关键词:黄脊竹蝗;地理种群;16S rR NA ;遗传分化;遗传多样性中图分类号:X 503.223文献标志码:A文章编号:1673923X(2011)07011505Fragment sequences analysis of mtDNA -16S rRNA gene among5geographic populations of Rammeacris kiangsuJI AN G Sh-i sheng 1,H E Y-i yuan 1,ZH U Dao -hong 2,CAO Yuan -qing 3(1.Cent ral So ut h U niv ersity of F orestr y &T echno log y,Changsha 410004,H unan,China;2.H unan First N or mal U niv ersity ,Chang sha 410004,Hunan,China;3.Xinning N o.4M iddle Schoo l,X inning 422709,H unan,China)Abstract:A ppro x imately 506base pair s of mito cho ndr ial 16S rRN A g ene from 5po pulations of Rammeacris k iangsu T sai (Or tho pt era:A er ido idea)in T ao -jiang ,G uang -ning ,Gu-i lin,Chang -ning ,Y ong -chang wer e sequenced.Of these sequences,averag e contents o f A,T ,G and C w ere 32.0%,37.8%,17.6%and 12.7%,respectiv ely.In 506bp se -quences,there w ere 504conserv ed sites,2var iable sites and 2singleton sites.A t otal o f transitio n and tr ansv ersion a -mo ng mtDN A 16S rRN A gene wer e 1and 1r espectiv ely.T he molecula r phy lo genetic trees w ere reconstructed by M EGA 4.0softw are methods,it was found that ther e w as a consist ent evo lutio na ry relationship among t he 5popula -tions.T he results show the g enet ic diversit y in 5po pulations of Rammeacr is k iangsu was ex ceptio nally lo w.Key words:R ammeacris kiang su ;geog ra phical po pulat ion;16S r RN A;genetic differentiation;g enetic div ersity黄脊竹蝗Rammeacr is kiang su 又名黄脊雷蓖蝗,属昆虫纲Inseeta 、直翅目Orthoptera 、蝗总科Aer idoidea 、网翅蝗科Arcy pteridae 、竹蝗亚科Cer -acrinae 、雷蓖蝗属Ram meacris ,广泛分布于湖南、湖北、四川、重庆、广东、广西、江西、福建、江苏、浙江、安徽、云南、贵州、台湾等地[1]。
主要为害毛竹、淡中南林业科技大学学报第31卷竹、刚竹、小竹等多种竹种,也为害水稻、玉米、棕榈等多种其它植物。
黄脊竹蝗的成虫在接近交配时期可作长距离的群飞迁移,造成发生地区迅速扩大,危害的植物范围也随之扩大。
目前,国内学者对黄脊竹蝗的生物学特性、形态特征及防治研究比较多,但对其遗传特性的研究,在国内还未见报道。
随着分子生物学技术的迅速发展,DN A 分子的多态性研究开始受到人们的普遍重视,而mtDNA(mitochondrial DNA )由于具有分子量小、结构简单、进化速度快、母性遗传等特点,成为生物多样性、群体遗传学和系统进化研究中的重要参考对象[2-3]。
本研究对黄脊竹蝗5个地理种群线粒体16S rRNA 基因的部分序列进行测定,并以其作为分子标记来分析黄脊竹蝗的遗传分化。
1 材料与方法1.1 实验材料本实验所用的黄脊竹蝗标本采之于5个不同地区,其具体时间和地点见表1。
所有标本用无水乙醇浸泡,-20 保存。
1.2 总DN A 的提取表1 黄脊竹蝗标本采集地及时间Table 1 Populations of Rammeacris kiangsu sampled inthis study采集地纬度( N)经度( E)代码采集时间重庆永昌29.4105.9CQYC 2006 03四川长宁28.6104.9S CCN 2006 03湖南桃江28.5112.1H NTJ 2006 04广西桂林25.3110.3GXGL 2006 03广东广宁23.7112.4GDGN2006 03本实验是参照贺一原等[4]的苯酚/氯仿法从黄脊竹蝗标本后足股节肌肉中提取总DNA 。
提取之前用双蒸水浸泡48h 以上。
1.3 PCR 扩增及测序PCR 扩增引物设计参照Sim on 等[5]文献:LR -J -12887(5 -CCGGTCT GAACT CAGAT CA CGT -3 ),LR -N -13398(5 -CGCCTGT TT AACAAAAA -CAT -3 )。
引物是由上海生工(Sang on )公司合成。
PCR 反应总体积为50 L,其中含有5 L 10buffer (含M g 2+),1 L dNTP,2 L 引物(10mo l/L),2 L 模板DNA,1 L Taq 酶(5U / L),其余用ddH 2O 补充至50 L 。
PCR 扩增条件包括94 预变性5min,30个循环(94 变性30s,49 退火40s,72 延伸30s ),72 再延伸7min,最后4 保存。
PCR 产物用1.5%的琼脂糖凝胶电泳进行检测。
将条带清晰的PCR 原液交由华大基因公司完成纯化及测序。
为保证测序的准确性,所有序列均进行双向测序。
测序反应均在型号为3730XL 测序仪上进行。
1.4 DN A 序列数据处理所测序列经校对,用ClustalX1.81软件进行对比。
利用M EGA4.0软件计算黄脊竹蝗各群体16S rRNA 基因序列的保守位点、变异位点、简约信息位点、自裔位点,并统计分析群体间的碱基组成、遗传距离和转换/颠换值。
用Kim ura -2-Param eter 双参数模型分析,用邻近法(neig hbor -joining m ethod ,NJ 法)构建系统树。
系统发生树中结点的自举检验置信度以1000次重复计算估计。
2 结果与分析2.1 基因组总DN A 的提取本实验所用的标本都是存放于-20 无水乙醇中浸泡,并从标本后足股节肌肉中提取DNA 。
提取的总DNA 用1.0%的琼脂糖凝胶电泳检测。
通过凝胶成像系统观察得到清晰的总DNA 条带。
2.2 16S rRN A 基因的PCR 扩增结果用引物对提取的总DNA 进行PCR 扩增。
用1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测,电泳结果均可看到单一条带的特异性产物(如图1),大小为560左右。
图1 16S rRNA 基因部分序列电泳Fig.1 Electrophoresis of 16S rRNA gene116第7期 姜石生,等:黄脊竹蝗5个地理种群线粒体16S rR NA基因片段的序列分析对双向测序的序列进行拼接后并去掉两端引物序列,都得到大小为506bp序列。
所测黄脊竹蝗的16S r RNA基因序列与Genbank数据库中的黄脊竹蝗(AY995330)的同源性超过了99%。
2.3 不同黄脊竹蝗地理种群16S rR NA基因序列比较5个不同黄脊竹蝗地理种群16S rRNA基因序列比较如图2所示。
从图2中可以看出,湖南桃江图2 5个地理种群的16S rRNA基因的序列比较Fig.2 Sequences comparison on16S rRNA gene of5geographic populations117中南林业科技大学学报第31卷(H NT J)黄脊竹蝗16S rRNA 基因片段在319bp 处有一个碱基A 转换成G,四川长宁(SCCN )黄脊竹蝗16S rRNA 基因片段在471bp 处有一个碱基G 颠换成C 。
而广东广宁(GDGN )、广西桂林(GXGL)、重庆永昌(CQYC )黄脊竹蝗16S r RNA 基因片段序列完全相同。
所以从图可以看出,这5个地理种群16S rRNA 基因片段序列差异非常小。
2.4 黄脊竹蝗的16S rR N A 基因遗传分析及系统发育分析2.4.1 遗传分析5个地理种群的黄脊竹蝗16Sr RNA 基因部分序列片段中,A ,T,G,C,平均含量分别为32.0%,37.7%,17.6%,12.7%。