蛋白指纹图谱临床应用的指导原则
药指纹图谱建立的原则和步骤
药指纹图谱建立的原则和步骤中药指纹图谱建立的原则和步骤（一）建立指纹图谱的一般原则中药指纹图谱的建立，应以系统的化学成分研究和药理学研究为依托，体现系统性、特征性和稳定性三个基本原则。
唯此，才能保证指纹图谱的标准化、规范化、客观化，从而便于推广和应用。
1.系统性是指指纹图谱中反映的化学成分应包括该中药有效部位所含大部分成分，或指标性成分的全部，如中药两头尖中抗肿瘤的有效成分为皂苷类化合物，则其指纹图谱应尽可能地反映其中的皂苷类成分；银杏叶的有效成分是黄酮类和银杏内酯类，则其指纹图谱可采用两种方法，针对这两类成分分别分析，达到系统全面的目的。
2.特征性是指指纹图谱中反映的化学信息（如保留时间）应具有较强的选择性，这些信息的综合结果，将能特征性地区分中药的真伪与优劣，成为中药自身的“化学条码”。
如北五味子的HPLC指纹图谱和TLC指纹图谱，不仅包括多种的五味子木脂素类成分，而且具有许多未知类成分，这些成分的峰位顺序、比值在一定范围内是固定的，并且随药材品种不同而产生差异，依此可以很好地区别其来源、产地，判别药材的真伪优劣。
3.稳定性是指所建立的指纹图谱在规定的方法、条件下的耐用程度，即不同操作者、不同实验室所重复做出的指纹图谱应在所允许的误差范围内，以体现其通用性和实用性。
因而要求包括样品制备、分析方法、实验过程、数据采集、处理、分析等全过程都要规范化操作，同时，还应建立相应的评价机构，对其进行客观评价。
（二）建立指纹图谱的一般步骤1.方案设计与思路（1）研究对象的确定在调研有关文献、新药申报资料(质量部分和工艺部分)及其它研究结果的基础上，尽可能的详尽地了解药材、中间体及成品中所含成分的种类及其理化性质，综合分析后找出成品中的药效成分或有效成分，作为成品和中间体指纹图谱的研究对象，即分析检测目标。
例如，黄芪含黄酮、皂苷及多糖三类有效组分，黄芪多糖注射液及其中间体的指纹图谱则以多糖为研究对象，黄芪原药材的指纹图谱应把黄酮、皂苷及多糖作为研究对象。
【指导原则】重组人源化胶原蛋白原材料评价指导原则
附件2重组人源化胶原蛋白原材料评价指导原则本指导原则旨在指导注册申请人对医疗器械所用重组人源化胶原蛋白原材料进行充分的研究，并整理形成产品注册申报资料，同时也为技术审评部门对重组人源化胶原蛋白制成的产品注册申报资料包括所引用主文档相关内容的技术审评提供参考。
本指导原则系对医疗器械用重组人源化胶原蛋白原材料的一般要求，适用于人胶原蛋白的所有型别，注册申请人需依据具体医疗器械产品的特性对产品注册申报资料涉及的原材料相关内容进行充实和细化，并依据产品的具体特性确定本指导原则相关内容的适用性。
本指导原则不直接涉及重组人源化胶原蛋白原材料制成的医疗器械终产品的安全性或有效性评价，具体产品的评价请参考相应的产品注册审查指导原则。
本指导原则是对注册申请人和技术审评人员的指导性文件，但不包括注册审批所涉及的行政事项，亦不作为法规强制执行，如果有能够满足相关法规要求的其他方法，也可以采用，但是需要提供详细的研究资料和验证资料；需在遵循相关法规和强制性标准的前提下使用本指导原则。
本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下制定的，随着法规和标准的不断完善，以及科学技术的不断发展，本指导原则相关内容也将进行适时的调整。
一、前言— 1—近年来，随着基因重组、蛋白质组学等基础理论、技术手段和临床医疗探索研究的不断发展，重组胶原蛋白日益成为重要的生物材料，为相关医疗器械的研发提供了新的思路与方法。
重组人源化胶原蛋白是由DNA重组技术制备的人胶原蛋白特定型别基因编码的全长或部分氨基酸序列片段，或是含人胶原蛋白功能片段的组合。
重组人源化胶原蛋白仅是重组胶原蛋白的一类，材料特性并不能完全决定最终产品的安全性和有效性。
本指导原则中的“原材料”是指用于生产制造医疗器械用的重组人源化胶原蛋白材料。
除特别说明外，本指导原则中的“材料”等同于“原材料”。
重组人源化胶原蛋白是通过基因工程生产的蛋白，工程细胞构建过程、生产用细胞的质量控制及常规生产过程控制是该原材料生产工艺及风险评价的基础，此方面主要的验证资料，可参考本指导原则的资料性附件作为原材料研究资料的补充，但不作为产品注册申报资料的必要内容。
中药指纹图谱建立的原则与步骤
（一）建立指纹图谱的一般原则中药指纹图谱的建立，应以系统的化学成分研究和药理学研究为依托，体现系统性、特征性和稳定性三个基本原则。
唯此，才能保证指纹图谱的标准化、规范化、客观化，从而便于推广和应用。
1.系统性是指指纹图谱中反映的化学成分应包括该中药有效部位所含大部分成分，或指标性成分的全部，如中药两头尖中抗肿瘤的有效成分为皂苷类化合物，则其指纹图谱应尽可能地反映其中的皂苷类成分；银杏叶的有效成分是黄酮类和银杏内酯类，则其指纹图谱可采用两种方法，针对这两类成分分别分析，达到系统全面的目的。
2.特征性是指指纹图谱中反映的化学信息（如保留时间）应具有较强的选择性，这些信息的综合结果，将能特征性地区分中药的真伪与优劣，成为中药自身的“化学条码”。
如北五味子的HPLC指纹图谱和TLC指纹图谱，不仅包括多种的五味子木脂素类成分，而且具有许多未知类成分，这些成分的峰位顺序、比值在一定范围内是固定的，并且随药材品种不同而产生差异，依此可以很好地区别其来源、产地，判别药材的真伪优劣。
3.稳定性是指所建立的指纹图谱在规定的方法、条件下的耐用程度，即不同操作者、不同实验室所重复做出的指纹图谱应在所允许的误差范围内，以体现其通用性和实用性。
因而要求包括样品制备、分析方法、实验过程、数据采集、处理、分析等全过程都要规范化操作，同时，还应建立相应的评价机构，对其进行客观评价。
（二）建立指纹图谱的一般步骤1.方案设计与思路（1）研究对象的确定在调研有关文献、新药申报资料(质量部分和工艺部分)及其它研究结果的基础上，尽可能的详尽地了解药材、中间体及成品中所含成分的种类及其理化性质，综合分析后找出成品中的药效成分或有效成分，作为成品和中间体指纹图谱的研究对象，即分析检测目标。
例如，黄芪含黄酮、皂苷及多糖三类有效组分，黄芪多糖注射液及其中间体的指纹图谱则以多糖为研究对象，黄芪原药材的指纹图谱应把黄酮、皂苷及多糖作为研究对象。
复方注射剂应根据君臣佐使的原则，以君药、臣药中的有效成分作为指纹图谱的研究对象，佐使药中的成分可采用其它指纹图谱方法进行辅助、补充研究。
蛋白质指纹图谱技术-标准化与重复性
-
---- Vacuum ---Accelerating Potential
7.5 5 2.5 0 6 4 2
2000
Spectra View
4730.4+H
4000
4618.2+H 2185.8+H 5045.2+H 2781.9+H 3915.2+H 2528.2+H 4000.2+H 2369.9+H3172.3+H 4345.6+H
遗传算法结合支持向量机模型（SUM）
联合学和优化方法学数据逻辑分析（LAD）策略
浙江大学肿瘤研究所： 蛋白质谱数据分子平台（ZUCI-PDAS）
相关系数： 使几个高表达的蛋白峰的强度和解析度都在 可接受范围内，以比较实验的重复性（试剂、 操作、仪器的稳定性）。
受众多因素的影响
标准化
实验条件 实验过程（样本处理、芯片结合、芯片检测） 操作 仪器和芯片 分析方法和软件 质量控制
四、重复性与标准化
生物化学芯片流程图
蛋白质芯片 抗体固定 抗体芯片 单克隆抗体
抗原捕捉
抗原抗体复合体 清 洗 结合能量吸附物质
用SELDI检测捕获的抗原
四、重复性与标准化 （一）实验条件
待测样本来源广 样品用量极少 超高的检测灵敏度，可快速获取实验结果 可用于低丰度、小分子量蛋白质的发现 可发现与疾病相关蛋白，提供疾病诊断的最佳组合指标 可进行小型实验或高通量检测自由选择
二、应用范围
生物标志物的发现
肿瘤蛋白标志物：肺癌、胃癌、食道癌、肝癌、
大肠癌、乳腺癌、卵巢癌等
蛋白质指纹图谱技术及其在骨科中的应用
属于一个领域。蛋 白质组 学集 中于动 态描 述基 因调 节 ， 对基 因表达的蛋 白质水平 进行定量测 定 ， 以鉴定疾 病 、 药
物对生命过程的影 响 ， 解 释基 因表 达调 控 的机制 。它 并 研究 的是一个细胞 或一 个基 因组所 表达 的全部 蛋 白质 ， 开辟 了生命 科学研 究进 入后 基 因组 时代 的新领 域 ， 为 也 临床 医学诊断研究 提供 了全新 的技术 方 法 和思 维模 式 。 蛋 白质组学 的研究 内容 主要 有两方 面 ， 一是 结构 蛋 白质 组学 ， 二是功能蛋 白质组 学 。其 研究 前沿 大致 分 为三方 面： ①针对 有关 基 因组 或转 录组 数据 库 的生 物体 或组织 细胞 ， 建立起 蛋 白质组 或亚 蛋 白质组及 其 蛋 白质 组连 锁 群， 即组成性蛋 白质组学 ； 以重 要生命过 程或人类 重大 ② 疾病 为对象 ， 究重 要生理 病理 体 系或过 程 的局部蛋 白 研
蛋 白质 组 学从 整 体 角度 分 析 细 胞 内动 态 变化 的蛋 白质 组 成 成 分 、 达 水 平 与 修 饰 状 态 ， 表 了解
蛋 白质 之 间的 相 互 作 用 与联 系。蛋 白质 组 学研 究技 术 主 要 以分 离技 术 和 生物 质 谱 技 术 为 支撑 平 台 ， 生物 信 息 学为 桥 梁 ， 蛋 白质 表 达 进 行研 究 分 析 ， 过 肿 瘤 患者 体 液 中蛋 白质 组 的 变化 ， 现 特 异 的 肿 瘤 标 志 对 通 发
质 组 学 或 比较 蛋 白质组 学 ； 通 过 多 种 先 进 技 术 ， 究 蛋 ③ 研
白质之 问的相互作 用 ， 绘制某个 体 系的蛋 白， 即相互作 用 蛋白质组 学 ， 又称为 “ 细胞 图谱 ” 白质 组学 。蛋 白质 组 蛋
蛋白指纹技术在临床医学的应用与研究进展
作者单位:Memorial Sloan2K ettering Cancer Center,New Y ork N Y10021,USA(赵实诚);北京美国赛弗吉生物系统公司(许洋)・国内外进展・蛋白指纹技术在临床医学的应用与研究进展赵实诚 许洋 蛋白指纹技术,又称表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI)。
由于其检测材料来源广泛,检测前被测材料不需特殊处理,标本加样量极微(数微升,蛋白质含量以fmole计算),且具有技术操作较简便,可多样本测定,检测快迅、灵敏性和特异性高等诸多优点,可用于工农业、生物科技、医学等领域。
自2002年日本田中耕一因发明该技术而获取诺贝尔化学奖后,SELDI技术发展十分迅速。
现将近3年来,其在临床医学中的应用与研究进展作综述介绍。
一、疾病的诊断[124]目前在临床疾病检查及诊断方面已建立了生化检查、器械检查、免疫及遗传学检查、手术及病理检查等多种多样的方法。
但在疾病早期或受各种因素干扰而未出现症状或体征前,这些检测方法多不灵敏或特异,难以对病人作出及时的正确诊断。
而SELDI技术在对临床疾病检测时,抓住绝大多数疾病都有特异的生物标志物的本质,进行疾病监测和识别。
即可对生物标志物做直接鉴定,故优于酶联免疫吸附试验(EL SIA)、免疫荧光试验等间接测定生物标志物的方法。
同时,还有一套灵敏的监测系统来检测和识别这些微量生物标志物;因而决定了它在检测诊断中的敏感性和准确性。
从理论上推论,任何有生物标志物表达的疾病都应能被检出,并作出及时诊断。
在过去3年里,部分病例检测和研究验证了此设想;特别是在肿瘤诊断方面取得了突破性进展。
(一)肿瘤诊断最近,美国国立肿瘤研究所(NCI)组织的早期疾病探测研究机构(EDRN)多中心(6大机构)三期临床实验得出结论:通过血清及仪器标准化质控,SELDI2TOF2MS是目前最有希望的肿瘤早期检测方法[5]。
据国内外对12种肿瘤血清及尿液检测结果统计,SELDI2TOF2MS检测敏感性和诊断特异性均为80%～90%,明显高于传统肿瘤标志物的检测方法(表1)。
人类血清蛋白指纹图谱的构建和应用
人类血清蛋白指纹图谱的构建和应用血液中的蛋白质是人体健康的重要指标之一，其中血清蛋白是最常用的指标之一。
血清蛋白是一种在血液中存在的蛋白质物质，它们可以反映人体健康状态的各个方面，如肝功能、免疫系统、脑神经系统等。
人类血清蛋白指纹图谱的构建和应用，对于人体健康的监测和诊断有重要的意义。
一、人类血清蛋白指纹图谱的构建人类血清蛋白指纹图谱是指对血液中所有可检测的蛋白质进行系统的分析和鉴定，从而得出血清中所有蛋白质的分布情况和特征，以便于对血液中的蛋白质进行定量和定性分析。
构建人类血清蛋白指纹图谱需要多种高通量技术的组合，主要包括基于液相色谱-质谱联用技术（LC-MS/MS）和基于芯片技术的人类血清蛋白鉴定技术。
基于液相色谱-质谱联用技术，可以将血清中的蛋白质进行分离，然后通过质谱分析，得到所有蛋白质的质量和数量信息。
而基于芯片技术，可以对血清中所有的蛋白质进行准确的鉴定，并建立起一个蛋白质的库。
通过对血清蛋白的定量和定性分析，可以建立人类血清蛋白指纹图谱。
人类血清蛋白指纹图谱是一张基于质谱分析得到的血液蛋白质谱图，其中包含了血液中所有蛋白质的分布情况和特征。
构建出来的人类血清蛋白指纹图谱，可以为医学研究工作提供一个非常有价值和重要的工具。
二、人类血清蛋白指纹图谱的应用1. 临床诊断人类血清蛋白指纹图谱的应用最为广泛的就是临床诊断。
通过对不同人群的血清蛋白指纹图谱的比对和分析，可以准确预测出患者的健康状态。
同时，人类血清蛋白指纹图谱可以预测出个体对不同治疗方法的反应情况，从而提高治疗的成功率。
临床上，人类血清蛋白指纹图谱已经被成功地应用于多种疾病的诊断和治疗上，比如：乳腺癌、结肠癌、直肠癌和肝癌等。
2. 医学研究在医学研究领域，人类血清蛋白指纹图谱可以被应用于不同疾病的进一步研究。
人类血清蛋白指纹图谱不仅可以为研究人员提供一个查找新的生物标志物的平台，还可以同时对多种疾病进行比较和分析。
例如：人类血清蛋白指纹图谱可以被用来研究肝脏疾病的发病机制和肝细胞的功能状态等。
蛋白质指纹图谱技术及其在生物医学研究中的应用
蛋白质指纹图谱技术及其在生物医学研究中的应用在生物医学研究中，蛋白质是不可或缺的重要物质，因为它们参与了身体许多生命过程。
因此，对蛋白质进行分析和研究是十分重要的。
传统上，科学家们使用2D凝胶电泳技术来分离和鉴定蛋白质，但这种方法有许多局限性，例如它们只能检测到少量的蛋白质，很难对单个蛋白质进行分析，且鉴定和定量结果可靠性不高。
随着技术的进步，新的分析方法也应运而生。
其中一项被广泛应用的是蛋白质指纹图谱技术，它的原理是将所有样本的蛋白质提取出来并进行质谱分析，建立蛋白质质量/电荷比图谱。
形成的图谱可以用来检测差异表达的蛋白质，因此该技术特别适用于细胞和组织方面的研究。
与2D凝胶电泳技术相比，蛋白质指纹图谱技术具有许多优势，例如它具有更好的鉴定和定量结果，对蛋白质的数量范围也更大。
在生物医学研究方面，蛋白质指纹图谱技术已经被广泛应用。
例如，在癌症研究中，科学家使用蛋白质指纹图谱技术来识别生物标志物，通过这种方法，他们可以检测出特定类型的肿瘤，并预测疾病的进展和治疗效果。
此外，该技术还被用于对新药物的研究和开发，因为它可以揭示药物对特定蛋白质的影响，从而为临床试验提供依据。
在神经科学领域，蛋白质指纹图谱技术也被广泛应用。
神经退行性疾病研究人员使用该技术来确定与疾病相关的蛋白质标志物。
通过对脑组织标本的分析，他们可以确定一些与神经退行性疾病相关的蛋白质，从而帮助科学家了解这些疾病的发病机制。
总之，蛋白质指纹图谱技术是一种非常有前途的生物医学研究工具。
它能够提供蛋白质表达的全面信息，使科学家能够更好地理解生命过程的复杂性，并加深我们对疾病的认识。
相信在不久的将来，这种技术将继续为各个领域的科学家们提供更精细的解答。
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蛋白指纹图谱临床应用的指导原则
一、蛋白指纹图谱在肿瘤早期筛查中的应用什么情况下需要做蛋白指纹图谱？
临床上有肿瘤家族史或症象可疑者，特别是至少出现下述症状之一者都应立即进行蛋白指纹图谱检测，以期尽早发现癌症。
☆原因不明的疼痛及体重减轻；
☆伤口长期不愈；
☆疣或黑痣发生明显变化；
☆持续性消化不良、便血、血尿；
☆持续性嘶哑、干咳及吞咽困难；
☆月经期异常大出血、月经期外或绝经后出血；
☆耳、鼻分泌物带血、视觉障碍、听力下降、常出现耳鸣现象；
☆出现肿块或可触及的硬结、硬变；
☆肝硬化患者；
☆疑有胚胎细胞肿瘤；
☆男性大于50岁的前列腺腺瘤患者；
☆疑有甲状腺髓质癌或家族中出现过这类癌症的患者。
对于蛋白指纹图谱初次检测结果阳性而未见任何异常的体检对象，建议每隔三至六周复检一次。
若复检结果呈阴性，自然排除肿瘤的可能（可能是良性疾病的一过性升高）。
若连续三次呈持续阳性，应引起高度重视，详细询问病史和进行体格检查，并结合定位蛋白指纹图谱测定及各种影像学检查，以便进行肿瘤定位。
持续阳性而一时查不出阳性体征者，应继续跟踪作定期复检。
还可结合受检者肿瘤家族史和当地癌谱特点进行相关检查，并适当进行预防性阻断干预。
二、蛋白指纹图谱在肿瘤疗效判断和监测中的应用已经确诊肿瘤的患者有必要做蛋白指纹图谱吗？
蛋白指纹图谱对于判断肿瘤治疗（化疗，放疗和手术治疗）效果具有重要意义。
蛋白指纹图谱指标术前升高而于术后下降，是一个重要的预后指标；指标不下降或下降很少预示着肿瘤切除不完全或存在多发性肿瘤。
如果治疗完成后，尽管外科医生和病理学家认为治疗是R0切除或是影像检查也未发现残余的肿瘤，只要蛋白指纹图谱的指标未下降到健康对照组的参考水平范围内，就预示治疗无效。
蛋白指纹图谱在肿瘤治疗后经过一段时期一直处于正常水平，表明肿瘤已痊愈。
蛋白指纹图谱在肿瘤治疗后恢复到正常水平后又再度升高，可能预示肿瘤复发和转移。
蛋白指纹图谱在肿瘤治疗后仍处于高水平或继续升高，则表明治疗效果不佳。
治疗监测期间，对蛋白指纹图谱的首次检测与复查间隔时间的设置应根据不同蛋白指纹图谱的生物半衰期。
例如,参照首次治疗前水平可估计何时复查，以了解治疗是否见效。
因此，复查间隔时间不宜太短，否则将可能误解为肿瘤未完全切除；但如果复查间隔太长，临床将无法区分是肿瘤复发还是初次治疗疗效不佳。
三、蛋白指纹图谱在肿瘤复发早期监测中的应用我是肿瘤患者术后5年了，我想看看有没有复发？
蛋白指纹图谱测定是外科手术切除后重要的非侵入性的监测指标。
若手术后蛋白指纹图谱正常，而肿瘤复发后有所增高，则增高的速度高度预示肿瘤的进展情况。
蛋白指纹图谱指标的升高速度经常被用于评估肿瘤发展或转移情况。
临床上应基于蛋白指纹图谱指标的变化，制定进一步详细检查的时间。
如果蛋白指纹图谱的指标维持在低水平或正常范围内，没必要进行其他非侵入性或昂贵的检查，但如果蛋白指纹图谱指标升高，则有必要进行上述检查。
对50%的病例来说，准确测定的蛋白指纹图谱的指标将比其他检查至少早10个月预示肿瘤的进展。
临床上对肿瘤的治疗监测可通过建立一个监测日程表来观察各种标志物的动态变化，从而为一段时间内肿瘤的转移和复发提供诊断依据。
这不仅有利于治疗，也很大程度上改善了预后。
由于对治疗方案的从优选择，使胚胎细胞肿瘤、卵巢癌和多发性骨髓瘤患者受益匪浅。
在治疗前蛋白指纹图谱为阴性的肿瘤患者中，有可能存在蛋白指纹图谱的抗原表达，因此推荐定时监测蛋白指纹图谱，从而观察疾病的进一步进展。
在肿瘤监测期间，标志物检测的频率取决于肿瘤的特性、所推荐的监测计划以及蛋白指纹图谱的指标或肿瘤活动的可能变化。
在恶性肿瘤的治疗和病程的监测过程中，建议检测两种或多种蛋白指纹图谱，以提高临床敏感度。
四、关于蛋白指纹图谱随访的推荐方案多久做一次蛋白指纹图谱合适？
对治疗后的癌症患者，应用蛋白指纹图谱检测，可监控癌症的复发和转移，检测的时间可参照关于蛋白指纹图谱随访的推荐方案：
术后或放、化疗结束后第6周开始第1次复查；
3年间每3个月一次；3到5年间每半年1次；
5到7年间每年1次；
7年后可停止复查；
期间如发现升高，1月内再复检1次，二次升高确证癌症复发或转移，约比临床早3到13个月。
及时追加治疗，将有效延长病人生命。
五、关于蛋白指纹图谱的检测原则我已经在治疗了，什么时间做合适？
治疗前测定1-2次；
治疗后第1次测定应在治疗后的2~14天内；
治疗后第1年和第2年，开始时每月1次，待蛋白指纹图谱显著降低后每3月1次；
治疗后第3年到第5年，每年测定2次或每年1次；
治疗后第6年起，每年测定1次。
六、良性和恶性疾病的鉴别原则我的蛋白指纹图谱异常怎么办？
某些非肿瘤的良性疾病的某些蛋白指纹图谱指标也会出现升高，如部分急性炎症：肝炎、结核；部分自身免疫性疾病：红斑狼疮、类风湿等；
蛋白指纹图谱指标在动态观察中一些良性、一过性升高者则会随病情好转而降至正常。
相反，是肿瘤者不会下降或反而升高。
这实际上是个逐步集中的过程。
鉴于我国国情，建议初次发现蛋白指纹图谱检测阳性者，每六周复查一次，若连续二次即十二周（三个月）保持阳性，应进行肿瘤的定位检查。
随访办法：至少在三个月内蛋白指纹图谱指标已下降的病员，可自然排除肿瘤。
七、蛋白指纹图谱检测结果的影响因素蛋白指纹图谱的结果100%准确吗？
至今还未发现理想的、具有100％灵敏度和100％特异性的肿瘤标志。
因为肿瘤标志不仅在发生癌变时产生，在正常的和良性情况下也有不同程度表达；肿瘤标志的产生还受到机体一些生物活性因子的影响；血标本的采集，储存不当也会影响肿瘤标志测定的结果。
因此，在肿瘤标志检测中要注意假阳性和假阴性的问题。
若从采血到血清分离的间隔时间﹥60min，蛋白指纹图谱指标会从血小板中释放而增高；
若皮肤接触血样本试管内壁可使蛋白指纹图谱指标升高；
若样本被唾液污染，将使蛋白指纹图谱指标升高；
溶血可引起红细胞释放，而使蛋白指纹图谱指标升高；
黄疸血样本，会引起蛋白指纹图谱的指标升高；
治疗药物，如高指标的二价或三价金属离子、嘌呤类、吲哚和胍类（硝酸异山梨酯，盐酸维拉帕米）、维生素C、顺铂（抗肿瘤药）、丝裂霉素（抗肿瘤抗生素）、雌二醇、表柔比星（抗生素类药），这些药物可引起蛋白指纹图谱水平的假性上升；
接受鼠免疫球蛋白作为免疫闪烁显像诊断或免疫治疗的患者体内会产生人抗鼠免疫球蛋白抗体（HAMA）。
这些嗜异性抗免疫球蛋白抗体也可出现于接受所谓的新鲜细胞治疗的患者体内，从而使蛋白指纹图谱的水平假性升高。
年龄对蛋白指纹图谱的指标有显著影响，一项研究报道，通过检测66~99岁健康个体的蛋白指纹图谱指标，发现至少10%的个体有一种蛋白指纹图谱指标出现升高。
引起假阳性的因素
–有些良性疾病，如炎症疾病会使一些肿瘤标志表达增加；
–有一些生理变化，如妊娠时和月经；
–在肿瘤手术治疗、化疗和放疗过程中，由于肿瘤组织受到破坏或肿瘤坏死时某种肿瘤标志物的产生增加，从而影响蛋白指纹图谱的测定，造成假阳性；
–某些治疗药物影响；
–标本采集或处理不当，如：溶血、黄疸等。
引起假阴性的因素
–产生肿瘤标志的肿瘤细胞数目少；
–细胞或数目表面被封闭；
–机体体液中一些抗体与蛋白指纹图谱（肿瘤抗原）形成免疫复合物；–肿瘤组织本身血循环差，其所产生蛋白指纹图谱不能分泌到外周血。