用Polyphen2与SIFT进行突变预测共19页
线粒体基因突变功能预测步骤
线粒体基因突变功能预测步骤引言：线粒体是细胞中的一个重要器官，其内含有一段独立的遗传物质——线粒体基因。
突变是指线粒体基因中的序列发生改变，可能会对线粒体功能产生影响。
因此，预测线粒体基因突变的功能对于疾病的诊断和治疗具有重要意义。
本文将介绍线粒体基因突变功能预测的步骤。
步骤一：收集线粒体基因序列数据我们需要收集大量的线粒体基因序列数据。
这些数据可以来自公共数据库，如NCBI，或者通过实验室的测序技术获取。
收集的序列数据应包含不同物种和不同个体的线粒体基因。
步骤二：序列比对与多序列比较将收集到的线粒体基因序列进行比对，可以使用一些常见的序列比对软件，如BLAST或MAFFT。
通过比对可以找到序列之间的相似性和差异性。
多序列比较可以帮助我们找到保守区域和变异区域。
步骤三：突变预测与功能注释在比对的基础上，可以预测突变位点。
一些常用的突变预测软件，如SIFT、PolyPhen-2和MutPred，可以根据氨基酸的变化预测突变的功能影响。
此外，还可以使用一些功能注释工具，如PROVEAN和SNPeffect，来进一步注释突变的功能。
步骤四：结构预测与分析对于突变位点，还可以进行蛋白质结构的预测与分析。
一些常见的蛋白质结构预测软件，如Phyre2和SWISS-MODEL，可以通过比对已知结构来预测突变的影响。
此外，还可以使用一些蛋白质结构分析工具，如PyMOL和Chimera，来进一步分析突变对蛋白质结构的影响。
步骤五：功能验证与实验验证为了验证突变的功能预测结果，可以进行功能验证实验。
功能验证实验可以使用细胞培养、基因敲除或转染等技术来实现。
通过实验验证，可以进一步确定突变对线粒体功能的影响。
总结：线粒体基因突变功能预测是一项复杂的工作，需要进行序列比对、突变预测、结构分析和功能验证等步骤。
通过这些步骤，我们可以更好地了解线粒体基因突变的功能影响，为疾病的诊断和治疗提供重要的参考依据。
虽然这一过程需要耗费时间和精力，但对于人类健康和疾病研究来说，具有重要的意义。
ANK1基因突变致遗传性球型红细胞增多症1例报告
ANK1基因突变致遗传性球型红细胞增多症1例报告张丹;万伍卿【摘要】Objective To explore the genetic characteristics, diagnosis, and treatment of hereditary spherical polycythemia (HS). Methods The clinical data of one case of HS was analyzed retrospectively, and related literatures were reviewed. Results The 5-year-old girl presented hemolytic anemia from 6 months old. Incubation of fragility tests was positive. Blood smears and red cell electron microscopy showed spherical red blood cells. DNA sequencing showed alterations in heterozygosity of stopgain SNV. The girl was diagnosed was HS, and was scheduled to undergo splenectomy at 6 years old. Conclusions HS is an autosomal dominant genetic disease, mainly manifested as anemia, hemolytic anemia, and splenomegaly. The early diagnosis depends on genetic testing.%目的探讨遗传性球型红细胞增多症(HS)的遗传学特征和诊治.方法回顾分析1例确诊HS患儿的临床资料,复习相关文献资料.结果 5岁女性患儿,生后6个月始有溶血性贫血;孵育脆性试验阳性,血涂片及红细胞电镜见球型红细胞;DNA测序示杂合性stopgain SNV改变,确诊HS,拟于6岁后行脾切除术.结论HS为常染色体显性遗传为主的遗传病,主要表现为贫血、溶血、脾大等,早期诊治有赖于基因检测.【期刊名称】《临床儿科杂志》【年(卷),期】2017(035)009【总页数】3页(P691-693)【关键词】遗传性球型红细胞增多症;ANK1基因;锚蛋白;血影蛋白【作者】张丹;万伍卿【作者单位】湘雅二医院儿童医学中心湖南长沙 410000;湘雅二医院儿童医学中心湖南长沙 410000【正文语种】中文遗传性球型红细胞增多症（hereditary spherocytosis，HS）是一种最常见的红细胞膜缺陷引起的慢性溶血性贫血，多见于以下基因的改变：ANK1、EPB3、ELB42、SPTA1和SPTB。
如何利用生物大数据技术预测基因突变对蛋白质结构的影响
如何利用生物大数据技术预测基因突变对蛋白质结构的影响预测基因突变对蛋白质结构的影响是生物大数据技术的一个重要应用领域。
通过深入研究基因的突变情况，科学家们可以预测这些突变对蛋白质结构的影响，从而进一步了解与疾病相关的蛋白质功能的变化。
这种预测有助于揭示各种疾病的病理机制，为精准医学以及药物研发提供指导。
下面将从数据的获取、分析方法和实践案例三个方面，对如何利用生物大数据技术进行基因突变对蛋白质结构的影响预测进行探讨。
首先，获取生物大数据是预测基因突变对蛋白质结构影响的关键一步。
生物大数据主要包括蛋白质序列、三维结构以及与其相关的突变信息等。
蛋白质序列数据可以通过公共数据库如Uniprot、NCBI等获取，而蛋白质结构数据则可以通过结构数据库如RCSB Protein Data Bank (PDB)获得。
此外，突变信息通常包括基因突变类型、位置以及与之相关的生理病理数据等。
这些数据来源的整合和管理对于预测基因突变对蛋白质结构影响至关重要。
其次，分析方法是预测基因突变对蛋白质结构影响的核心。
常用的分析方法包括机器学习、结构比较、模拟和预测基因突变病理性等。
机器学习方法可以利用已知的突变和蛋白质结构的关联性进行分类和回归分析，从而预测新的突变对蛋白质的影响。
结构比较方法可以通过比较突变前后的蛋白质结构，揭示突变的影响。
模拟方法包括分子动力学模拟、蒙特卡洛模拟等，可以通过计算蛋白质的力学性质，预测突变对蛋白质结构稳定性和功能的影响。
此外，一些预测基因突变病理性的方法如PolyPhen-2和SIFT等，可以根据突变的位置和碱基酸特性，预测突变对蛋白质结构以及功能的影响。
这些方法的综合使用可以提高预测的准确性和可靠性。
最后，实践案例进一步展示了如何利用生物大数据技术预测基因突变对蛋白质结构的影响。
例如，在癌症研究中，科学家们利用大规模突变数据和蛋白质结构数据，预测突变对蛋白质的功能和稳定性的影响。
通过这项工作，研究人员能够发现与特定突变相关的致病机制，为癌症的诊断和治疗提供重要依据。
一个短肋骨窒息性胸廓发育不良3型伴多趾家系DYNC2H1基因新突变
一个短肋骨窒息性胸廓发育不良3型伴多趾家系DYNC2H1基因新突变乔龙威;李红;王挺;高昂;赵楠楠;张芹【摘要】目的对1例短肋骨窒息性胸廓发育不良3型伴多趾家系胎儿DYNC2H1基因突变检测和分析,探讨其发病的分子遗传学病因.方法采集第2胎胎儿皮肤和父母外周血进行外显子组测序,采用Polyphen-2,Sift和Provean等生物信息学软件对新的基因突变进行致病性分析,并用PCR-Sanger测序方法对可能的致病突变进行验证.结果先证者检测到DYNC2H1基因存在双杂合突变,分别为c.5984C>T和c.10606C>T,前者遗传于表型正常父亲,后者遗传于表型正常母亲.c.10606C>T(rs562139820)为致病性变异,该变异可导致截断蛋白的产生.该变异在dbSNP数据库中基因频率是0.0002.c.5984C>T在OMIM、HGMD、Clinvar数据库中未发现相关报道,且正常人数据库(DYDF,dbSNP,千人基因组,千人南方,千人北方,ExAC)中均未见收录,蛋白质结构预测可能有害(Polyphen-2,Sift和Provean),突变的氨基酸在不同的物种间高度保守.先证者携带的复合杂合突变符合常染色体隐性遗传(AR)复合杂合遗传疾病发病机制;先证者及其家系成员表型及基因型共分离.结论 DYNC2H1基因的c.5984C>T突变可能是导致该短肋骨窒息性胸廓发育不良3型伴多趾患者的致病原因.【期刊名称】《临床检验杂志》【年(卷),期】2018(036)011【总页数】3页(P834-836)【关键词】短肋骨窒息性胸廓发育不良3型伴多趾;DYNC2H1基因;基因突变;胎儿【作者】乔龙威;李红;王挺;高昂;赵楠楠;张芹【作者单位】南京医科大学附属苏州医院生殖与遗传中心,江苏苏州215000;南京医科大学附属苏州医院生殖与遗传中心,江苏苏州215000;南京医科大学附属苏州医院生殖与遗传中心,江苏苏州215000;南京医科大学附属苏州医院生殖与遗传中心,江苏苏州215000;南京医科大学附属苏州医院生殖与遗传中心,江苏苏州215000;南京医科大学附属苏州医院生殖与遗传中心,江苏苏州215000【正文语种】中文【中图分类】R446;R715.5短肋骨多指畸形综合征是由纤毛功能紊乱导致的以肋骨短小，长骨短小，多指(趾)畸形，伴多脏器损害为特征的一种少见的常染色体隐性遗传疾病。
基因突变发现及功能解析方法
基因突变发现及功能解析方法随着科技的不断进步，基因突变发现及功能解析方法也得到了显著的进展。
基因突变是指基因序列发生了改变，这些改变可能会导致疾病的发生或者影响生物体的生理功能。
因此，准确地发现和解析基因突变对于研究疾病的发生机制以及个性化医疗的实现具有重要意义。
一种常见的基因突变发现方法是基因测序。
基因测序可以分为一代测序和二代测序两种方法。
在一代测序中，常用的方法是Sanger测序，通过测量碱基的链终止反应来确定DNA序列。
一代测序虽然已经成为基因组学的里程碑，但是由于其高昂的成本和低效率的局限性，二代测序技术应运而生。
二代测序技术采用高通量测序平台，如Illumina的测序仪，可以在短时间内同时测序多个样本，大大提高了测序效率。
这些基团打破基因突变发现的瓶颈，为疾病的研究提供了更强大的工具。
基因突变的发现通常需要对大量的样本进行测序，因此需要进行大规模数据分析和处理。
在基因突变分析的初步步骤中，需要将测序读数与参考基因组进行比对，以确定样本中存在的突变位点。
常用的计算方法有Burrows-Wheeler变换和核心算法Bowtie/BWA。
这些算法可以高效地寻找与参考基因组存在差异的序列，标记潜在的突变。
通过基因突变分析，科学家们可以确定突变位点的类型和频率。
然而，仅有突变的描述还不足够解析其功能。
为了更全面地了解突变位点的影响，功能解析成为了必要的环节。
功能解析的方法有很多种。
一种常用的功能解析方法是计算功能预测。
计算预测通过一系列的算法和数据库，预测突变的功能和可能的影响。
例如，PolyPhen-2和SIFT可以预测突变对蛋白质结构和功能的影响。
这些计算方法可以帮助科学家们更好地理解突变位点的生物学意义。
除了计算预测外，功能实验也是功能解析的重要方法。
例如，研究人员可以利用基因敲除或转基因技术来构建突变模型，进而研究突变对生物体和细胞过程的影响。
此外，还可以使用基因表达分析、蛋白质结构分析等实验方法来揭示突变的生物学机制。
努南综合征的一例报告并文献复习
·13JOURNAL OF RARE AND UNCOMMON DISEASES, FEB. 2024,Vol.31, No.2, Total No.175【第一作者】席湖滔，男，研究生在读，主要研究方向：心血管疾病。
E-mail：*******************【通讯作者】李小平，男，教授，主要研究方向：心血管疾病。
E-mail：**********************·短篇·努南综合征的一例报告并文献复习*席湖滔1 杨 靖2,3 孙 念3,4 李小平1,2,*1.西南医科大学 (四川 泸州 646000)2.四川省医学科学院·四川省人民医院 (四川 成都 610072)3.成都中医药大学 (四川 成都 610075)4.遵义医科大学 (贵州 遵义 563000)【摘要】努南综合征是一种常染色体显性遗传病，临床表现多样，可出现特殊面容特征、身材矮小、先天性心脏畸形、出凝血障碍、骨骼畸形、颈短或颈璞等。
该病通过临床表型诊断困难，基因检测有助于该病的精确诊断。
结论：本文报道一例努南综合征患者，临床表现为肥心病，无其他特异性临床表现，通过基因测序检测到LZTR1基因存在无义突变c.1276A>T，从而确诊为努南综合征。
【关键词】努南综合征；LZTR1基因；基因检测【中图分类号】R541.1【文献标识码】A【基金项目】国自然(No:32171182)；四川省科技厅-四川省自然科学基金(2022NSFSC0538) DOI:One Case Report and Literature Review of Noonan Syndrome*XI Hu-tao 1, YANG Jing 2,3, SUN Nian 3,4, LI Xiao-ping 1,2,*.1.Department of Cardiology, Southwest Medical University, Luzhou 646000, Sichuan Province, China2.Department of Cardiology,Sichuan Academy of Medical Sciences and Sichuan Provincial People's Hospital, Chengdu 610075, Sichuan Province, China3.Department of Cardiology, University of Traditional Chinese Medicine, Chengdu 610075, Sichuan Province, China4.Department of Cardiology, Zunyi Medical University, Zunyi 563000, Guizhou Province, ChinaAbstract: Noonan syndrome is an autosomal dominant disorder with a variety of clinical manifestations, including special facial features, short stature,congenital heart malformations, coagulation disorders, skeletal deformities, short neck or neck pus. It is difficult to diagnose the disease by clinical phenotype, and genetic testing helps to accurately diagnose the disease. Conclusion: This article reports that a patient with Noonan syndrome with clinical manifestations of hypertrophic heart disease and no other specific clinical manifestations detected the nonsense mutation c.1276A>T in LZTR1 gene by gene sequencing, thus confirming Noonan syndrome.Keywords: Noonan Syndrome; LZTR1 Gene; Gene Testing1 临床资料 患者男，43岁，因体表12导联心电图出现V2-V5广泛T波倒置就诊(见图1)，进一步完善超声心动图(图2)检查后提示：室间隔厚18mm，心尖间隔厚约16mm，LVEF 75.2%，临床诊断为肥心病，自觉无其他症状，一般活动不受限，无明显胸痛，无黑曚、晕厥史。
全外显子测序mutation rate筛选标准
全外显子测序mutation rate筛选标准下载温馨提示：该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。
文档下载后可定制随意修改，请根据实际需要进行相应的调整和使用，谢谢!并且，本店铺为大家提供各种各样类型的实用资料，如教育随笔、日记赏析、句子摘抄、古诗大全、经典美文、话题作文、工作总结、词语解析、文案摘录、其他资料等等，如想了解不同资料格式和写法，敬请关注!Download tips: This document is carefully compiled by the editor. I hope that after you download them, they can help you solve practical problems. The document can be customized and modified after downloading, please adjust and use it according to actual needs, thank you!In addition, our shop provides you with various types of practical materials, suchas educational essays, diary appreciation, sentence excerpts, ancient poems, classic articles, topic composition, work summary, word parsing, copy excerpts, other materials and so on, want to know different data formats and writing methods, please pay attention!全外显子测序是一种高通量的基因组测序技术，广泛应用于基因突变的检测和研究。
SIFT和PolyPhen-2,用于预测错义突变的蛋白功能
常见的预测突变软件SIFT和PolyPhen-2，用于预测错义突变的蛋白功能（有害或无害影响），那这2个软件具体如何使用呢？今天分享下操作流程，由于SIFT和PROVEAN在一起，也就顺带讲下PROVEAN。
SIFT & PROVEANSIFT (sorts intolerant from tolerant) 是一种基于序列同源性的非同义变异预测工具，分值范围为0-1，阈值为0.05，分值0-0.05，预测为Damaging；分值0.05-1，预测为Tolerated；分值越小越有害，反之亦然。
PROVEAN （Protein Variation Effect Analyzer）是一种预测蛋白质序列变异是否影响蛋白质功能的工具，分值范围-14—14，阈值为-2.5；分值-14—-2.5，预测为Deleterious；分值-2.5—14，预测为Neutral；分值越小越有害，反之亦然。
SIFT和PROVEAN预测可共用一个网址，网址如下：/protein_batch_submit.php?species=humanSIFT和PROVEAN有多种输入格式进行预测，这里分享NP格式（格式：NP号氨基酸位置参考氨基酸变异氨基酸）的预测（ps:SIFT和PolyPhen-2均有多种输入格式进行预测）输入以下示例（NCBI的Protein或者Nucleotide 数据库的CDS那里可以看到：NP号）：NP_705902.2 378 D QNP_001157942.1 71 Q .点击“提交”，获得如下图：点击“View result table“，就获得预测结果啦，SIFT和PROVEAN预测结果都有，一举两得呢（有时会翻车,其中一个NA，如上图）PolyPhen-2PolyPhen-2（Polymorphism Phenotyping v2）则是一种预测氨基酸取代对人蛋白质结构和功能的可能影响的工具，有HumDiv和HumVar两种预测结果：HumDiv是评估罕见等位基因的优选模型，适合复杂疾病；HumVar是诊断孟德尔疾病的优选模型，适合单基因疾病。