第六章_限制切位分析

第六章　限制酶切位分析
在NTI主程式中，使用者可以針對序列的限制酶切位和切割後的片段進行分析(圖6.1)。

在主程式中，開啟上方Analysis選項進入Restriction Analysis：
圖6.1 限制酶切位和切割後的片段分析
在Restriction Sites的選項中使用者可以設定欲分析的限制酶：
圖6.2 利用Restriction Sites選項設定欲分析的限制酶
在視窗的左邊是程式預設的限制酶(圖6.2)，欲進行調整可以點選Remove或是Remove All移除。

若要新增限制酶可以點選Add增加：
圖6.3 選取資料庫中所要的限制酶
選取欲分析的限制酶後按OK(圖6.3)，在Restriction Sites視窗下再按一次OK 就可以進行分析了：
圖6.4 選取的限制酶，分析產生的結果
使用者可以看到圖譜和序列窗口都會顯示使用者加入的限制酶，並且都註明了剪切的位置；在文字窗口(圖6.5) 打開資料夾，可整理每種限制酶的切位位置：
圖6.5 文字窗口所顯示的各種限制酶切位位置
Restriction Fragments(圖6.6)：點選此項目可以分析剪切出來的片段大小：
圖6.6 選擇欲分析的片段進行分析
選擇想要分析的限制酶按OK：
圖6.7 於文字窗口可以看到所分析的結果
在文字窗口(圖6.7)就可以看到分析的結果。

RFLP：這個項目可以比較分析同一限制酶對不同序列切出來的片段數目(圖6.8)：圖6.8 利用RELP比較分析同一限制酶對不同序列切出來的片段數目
左邊的項目為其他的序列（可複選），這些序列資料是已經內建或是儲存在Local Database中，使用者可以在Subset項目中轉換資料。

右邊的欄位可以選擇限制酶（可複選）。

選擇好之後按下Calculate程式就會顯示分析後的結果(圖6.9)：
圖6.9 利用RELP顯示出所選取的分析結果
視窗中Create Gel的項目往後會再進一步介紹。

Find Common Non-Cutting Enzymes(圖6.10)：這個項目可以幫使用者分析哪些限制酶不會對序列進行切割：
圖6.10 使用Find Common Non-Cutting Enzymes
左邊的視窗可以選擇序列（可複選），右邊可以選擇限制酶（可複選）。

點選完畢之後再按下Start：
圖6.11 利用Find Common Non-Cutting Enzymes分析的結果
分析的結果會以一個視窗顯示(圖6.11)，使用者可以按Print列印結果，或是按Save儲存。

（也可用Camera指令複製到別的檔案）
Restriction Report(圖6.12)：這個選項可以把所有限制酶對序列剪切的結果進行統計，這份表格同樣可以進行列印、儲存和複製：
圖6.12 將所有限制酶對序列剪切的結果進行統計
假設海大頂尖中心研發出一個限制酶TsjI，其辨認剪切的序列是目前市上所沒有的，若要放入Vector NTI軟體進行分析，使用者需先進入到Local Database 裡面點選左上角的Enzymes選項(圖6.13)：
圖6.13 選取Enzymes選項，將新的限制酶加入資料庫
接下和建立序列資料的作法一樣，使用者可以製作一個新的限制酶的檔案 (圖6.14)：
圖6.14 製作新的限制酶檔案
使用者在Enzyme/Methylase項目中設定限制酶的辨認序列和切點(圖6.15)：
圖6.15 設定限制酶的辨認序列和切點
按下確定就可建立好限制酶的資料(圖6.16)，使用者可以針對此限制酶進行分析：
圖6.16 建好的限制酶資料結果
NOTE：限制酶的辨認序列除了A、T、C、G之外還有其他字母，這些字母分別代表：
R = A or G Y = T or C W = A or T S = G or C
M = A or C K = G or T H = A or T or C B = C or T or G
V = A or C or G D = A or G or T N = A or C or G or T。