对一条新的基因序列进行生物信息学的分析
生物信息学中的基因序列分析方法与技巧
生物信息学中的基因序列分析方法与技巧生物信息学是研究生物学数据的存储、检索、分析和解释的学科领域，其中基因序列分析是生物信息学的重要组成部分。
基因序列分析帮助科学家理解基因的组成和功能，并揭示生物体内的生物学过程。
在本文中，我们将介绍生物信息学中常用的基因序列分析方法和技巧。
1. 基因序列获取和处理在进行基因序列分析之前，我们首先需要获取正确的基因序列。
这可以通过多种方式来实现，例如从数据库中下载已知的基因序列，使用测序技术获得新的基因序列，或者通过在线工具从物种基因组中提取基因序列。
获取基因序列后，我们需要对其进行处理。
最常见的处理方式是去除序列中的空白字符和特殊字符，并将所有字母转换为大写或小写，以确保一致性和准确性。
此外，还可以利用生物信息学软件和工具进行序列长度修剪、质量评估和碱基配对修正等操作。
2. 序列比对和比对工具基因序列比对是将一个或多个基因序列与参考序列进行比较的过程，以便确定它们的相似性和差异性。
这对于研究基因组结构和功能非常重要。
目前，有许多比对工具可供选择，包括BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）、Clustal Omega、Bowtie和BWA（Burrows-Wheeler Aligner）等。
BLAST 是最常用的工具之一，它可以在数据库中快速搜索相似的序列并进行比对。
Clustal Omega可以用于多序列比对，它可以同时比对多个序列并生成序列间的进化树。
Bowtie和BWA则主要用于高通量测序数据的比对。
3. 寻找开放阅读框（ORFs）开放阅读框是基因序列中的编码区域，通常由起始密码子（通常是ATG）和终止密码子（TAA，TAG或TGA）组成。
通过寻找ORFs，科学家可以确定基因的位置和可能的编码蛋白质序列。
在寻找ORFs时，可以使用生物信息学工具，如ORFfinder或EMBOSS中的getorf函数。
这些工具可以自动确定基因序列中的ORFs，并提供基因的位置、长度和推测的蛋白质序列。
生物信息学在基因组数据分析中的应用
生物信息学在基因组数据分析中的应用在当今生命科学领域，基因组数据的分析已成为研究的核心之一。
而生物信息学作为一门交叉学科，正发挥着至关重要的作用，为我们理解生命的奥秘提供了强大的工具和方法。
要明白生物信息学在基因组数据分析中的应用，首先得了解什么是基因组数据。
基因组数据可以说是生命的“密码本”，包含了生物体的全部遗传信息。
这些数据量极其庞大，且复杂多样，包括基因序列、染色体结构、基因表达水平等等。
如果靠传统的实验方法和手工分析，要处理如此海量的数据几乎是不可能的任务。
生物信息学在这个时候就“挺身而出”了。
其中一个重要的应用就是序列比对。
简单来说，就是把不同生物的基因序列放在一起比较，找出它们的相似之处和差异。
这对于研究物种进化、基因功能预测等都有着极其重要的意义。
比如，通过比对人类和其他灵长类动物的基因序列，我们可以推测出在进化过程中哪些基因发生了变化，从而导致了人类独特的特征和能力。
基因预测也是生物信息学的拿手好戏。
在基因组数据中，确定哪些区域是真正的基因可不是一件容易的事。
生物信息学通过利用各种算法和模型，结合已知的基因特征和规律，能够较为准确地预测出潜在的基因。
这为后续的基因功能研究和疾病诊断提供了重要的基础。
在基因组数据分析中，蛋白质结构和功能预测也是生物信息学的重要应用领域。
基因最终会表达为蛋白质，而蛋白质的结构决定了其功能。
通过对基因序列的分析，结合已知的蛋白质结构和功能信息，生物信息学能够预测新发现的基因所编码的蛋白质可能具有的结构和功能。
这对于药物研发、疾病机制研究等都具有重要的指导作用。
另外，生物信息学还能帮助我们分析基因表达数据。
基因的表达水平在不同的组织、不同的发育阶段以及不同的生理病理条件下都可能有所不同。
通过对大量基因表达数据的分析，我们可以了解基因的调控网络，发现与疾病相关的基因表达模式，为疾病的诊断和治疗提供新的靶点和思路。
而且，生物信息学在全基因组关联分析（GWAS）中也大显身手。
用于新基因的生物信息学分析
用于新基因的生物信息学分析★★★★★reasonspare(金币+5,VIP+0):谢谢分享，欢迎常来！lwf991229(金币+0,VIP+0):置为资源帖~~ 2-9 16:12lwf991229(金币+0,VIP+0):高亮~ 2-9 16:13核酸序列的基本分析运用DNAMAN软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱基分布。
同时运用BioEdit（版本7.0.5.3）软件对基因做酶切谱分析。
碱基同源性分析运用NCBI信息库的BLAST程序对基因进行碱基同源性分析(Translated query vs.protien database(blastx))网站如下：/BLAST/参数选择：Translated query-protein database [blastx]；nr;stander1开放性阅读框（ORF）分析利用NCBI的ORF Finder程序对基因做开放性阅读框分析，网址如下：/projects/gorf/orfig.cgi 参数选择：Genetic Codes：1 Standard 对蛋白质序列的结构功能域分析运用简单模块构架搜索工具（Simple Modular Architecture Research Tool,SMART）对基因的ORF出的蛋白质序列进行蛋白质结构功能域分析。
该数据库由EMBL建立，其中集成了大部分目前已知的蛋白质结构功能域的数据。
网址如下：http://smart.embl-heidelberg.de/ 运用NCBI的BLAST程序再对此蛋白质序列进行rpsBlast分析参数选择：Search Database：CDD v2.07－11937PSSMExpect：0.01Filter：Low complexitySearch mode：multiple hits 1－pass同源物种分析用DNAMAN软件将蛋白质序列相关基因序列比对，根据结果绘出系统进化树，并进行分析。
生物信息学中的基因序列分析方法研究
生物信息学中的基因序列分析方法研究【引子】随着基因测序技术的飞速发展，我们进入了一个基因数据爆炸的时代。
在海量的基因组数据中，如何从中提取有关生物信息?生物信息学的发展成为解决这一问题的重要工具。
基因序列分析是生物信息学中的核心内容之一，本文将从多个角度探讨生物信息学中的基因序列分析方法的研究。
【基因序列分析方法的介绍】基因序列分析方法是一种运用计算机和数学算法对基因序列进行统计、分析、解读和预测的方法。
这些方法旨在揭示基因与生命现象之间的关联，为生命科学研究提供依据。
基因序列分析方法广泛应用于基因功能预测、基因家族鉴定、物种鉴定、基因演化和疾病研究等领域。
【基因序列比对方法】基因序列比对是分析基因序列中的相似性和差异性的基础方法。
以蛋白质序列比对为例，最常用的算法是BLAST（基本局部比对搜索工具）。
BLAST通过比对查询序列与数据库中的序列，找出两者之间的相似性。
BLAST算法的独特之处在于采用了多种启发式搜索策略，极大地提高了比对速度。
而对于DNA序列比对，常用方法有Smith-Waterman算法和Needleman-Wunsch算法。
这些方法都对序列进行全比对或半全比对，是基因序列分析的重要基石。
【基因结构预测方法】基因结构预测是确定基因组中基因的位置、外显子和内含子的边界以及剪接位点的方法。
它在解析基因功能、开展基因组注释和研究剪接变异等方面扮演着重要角色。
目前，常用的基因结构预测方法主要分为三大类：比对依赖方法、剪接位点预测方法和贝叶斯统计方法。
比对依赖方法通过比对已知基因和测定位点的数据，推测新的位点和未知基因的位置。
剪接位点预测方法基于序列信息探测剪接异构体，代表性的算法包括MaxEntScan和SplicePort。
贝叶斯统计方法则通过概率模型研究剪接位点的概率，如BPP和GeneID。
这些方法的使用范围和精度各不相同，研究人员需要根据具体问题灵活选择。
【基因组注释方法】基因组注释是基因组中各个元件的功能和结构的描述，涉及外显子、内含子、启动子、转录因子结合位点等多个方面。
生物信息学中的基因序列分析技术解析
生物信息学中的基因序列分析技术解析生物信息学是一门综合学科，将生物学、计算机科学和统计学等领域的知识相结合，致力于从大规模的生物学数据中提取有用的信息和知识。
基因序列分析是生物信息学中的重要研究内容之一，通过对基因组中的DNA序列进行分析，可以揭示基因的结构、功能和调控机制。
本文将对生物信息学中的基因序列分析技术进行深入解析。
一、基因序列获取在进行基因序列分析之前，首先需要获得待分析的基因序列。
目前，基因序列获取的主要方法是基于高通量测序技术的方法，如Sanger测序、二代测序和三代测序。
1. Sanger测序Sanger测序是一种经典的测序方法，基于链终止法原理。
该方法通过引入低浓度的二进制链终止剂，使DNA合成过程中的链终止在不同的碱基位置。
然后，使用聚丙烯酰胺凝胶电泳将不同长度的DNA片段分离出来，并根据电泳结果确定序列。
尽管Sanger测序方法准确可靠，但速度较慢，无法满足高通量测序的需求。
2. 二代测序二代测序技术是目前广泛应用的高通量测序技术，包括 Illumina的测序技术、Ion Torrent的测序技术等。
这些技术采用了片段拼接和PCR扩增的方法，将DNA样本分割成小片段，并使用高度并行的测序反应同步测序。
这种高通量测序技术具有快速、成本低廉和数据量大等优点，为后续的基因序列分析提供了强大的数据支持。
3. 三代测序三代测序技术相比于二代测序技术具有更高的读长，能够直接测序较长的DNA分子。
代表性的三代测序技术有Pacific Biosciences （PacBio）和Oxford Nanopore Technologies（ONT）的测序技术。
这些技术主要基于单分子测序原理，通过测量单个DNA分子的链延伸或通过测量基于纳米孔的离子电流来进行测序。
三代测序技术的发展为更好地解析复杂的基因组结构和重复序列提供了可能。
二、基因序列比对基因序列比对是生物信息学中的重要任务，它主要通过将待分析的基因序列与已知参考序列进行比较，从而确定相似性和差异性。
基因序列分析与生物信息学数据库的构建
基因序列分析与生物信息学数据库的构建生物信息学是一门研究利用计算机和数学方法来处理和解释生物信息的科学。
在生物信息学中，基因序列分析是一项重要的研究内容。
基因序列是生物体内遗传信息的载体，通过对基因序列的分析，科学家们可以了解基因的功能、结构以及相互关系，从而深入了解生物体的生命周期、疾病机制和种群演化。
基因序列分析通常包括以下几个方面的内容：基因组组装、基因定位、基因预测、基因注释和进化分析。
在实际研究中，科学家们会面临大量的基因序列数据，如何高效地存储、管理和分析这些数据成为一个关键问题。
为了解决这个问题，科学家们开发了各种生物信息学数据库，旨在存储和共享基因序列及其相关信息。
生物信息学数据库的构建是基因序列分析的核心环节之一。
构建一个生物信息学数据库需要经历数据准备、数据库设计和数据导入等阶段。
首先，科学家们需要对原始基因序列数据进行预处理，包括删除低质量的序列片段、去除冗余信息和校正错误序列。
接下来，他们需要根据研究的特定问题确定数据库的基本结构和功能，并设计相应的数据表和字段。
例如，对于基因组组装数据库，可以设计一个包含染色体编号、位置信息和序列长度的表格。
然后，科学家们将准备好的数据导入数据库中，并进行数据格式转换和索引建立。
常见的生物信息学数据库包括基因序列数据库、蛋白质数据库、代谢通路数据库等。
其中，最著名的是基因序列数据库。
基因序列数据库是存储和共享基因组序列的信息资源，为科学家们提供了许多有价值的信息。
常用的基因序列数据库包括NCBI GenBank、EMBL-EBI和DDBJ。
这些数据库提供了丰富的基因组、转录组和蛋白组序列数据，科学家们可以通过关键词搜索、BLAST比对和序列下载等功能来获取所需的信息。
此外，这些数据库还提供了一些基本的基因注释信息，如基因功能、遗传变异和表达模式等。
除了基因序列数据库，蛋白质数据库也是生物信息学研究中不可或缺的资源。
蛋白质数据库存储和共享蛋白质序列的信息，为研究蛋白质功能和互作提供了重要的数据支持。
生物信息学中的基因序列分析方法
生物信息学中的基因序列分析方法生物信息学是一门集合了生物学、计算机科学和统计学等多学科知识的领域，旨在利用计算机技术和数学方法来研究和理解生物学中的生物信息。
在生物信息学中，基因序列分析是一个重要的研究方向，它涉及到对基因组、转录组和蛋白质组等生物大数据进行分析和解读的技术方法。
基因序列是生物体中的遗传信息媒介，它是由四种不同的碱基（腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤和胞嘧啶）构成的字符串。
基因序列分析是指通过一系列的计算和分析方法，从基因序列中获取有关基因功能和结构的信息。
在生物信息学中，基因序列分析常用的方法可以归纳为如下几个方面：1. 序列比对序列比对是基因序列分析中的基础步骤，它的目的是找到不同基因序列之间的相似性和差异性。
常见的序列比对方法是通过算法将两个或多个基因序列进行比较，并找出它们之间的相同部分和不同部分。
这些比对结果可以用于研究不同生物种群之间的进化关系、寻找特定基因组中的变异位点等。
2. 基因预测基因预测是根据基因序列的特征和模式，利用计算方法来预测基因的位置和功能。
通过分析基因序列中的启动子、开放阅读框（ORF）、剪接位点等特征，可以预测基因的起始和终止位置，并进一步推断出基因的功能。
基因预测的结果对于研究基因的表达和调控具有重要意义。
3. 基因表达分析基因表达分析是通过研究基因在不同条件下的转录水平来理解基因功能和调控机制的方法。
在基因表达分析中，常用的方法包括RNA测序（RNA-seq）、微阵列技术等。
这些方法可以测量基因在不同组织、不同时间点或不同环境中的表达水平，帮助研究人员了解基因的功能和表达调控网络。
4. 基因功能注释基因功能注释是为了理解基因序列和结构间的功能关系而进行的研究。
在基因功能注释中，研究人员可以通过比对已知的基因序列数据库，如基因组数据库、蛋白质数据库等，来寻找有关基因的注释信息。
这些注释信息可以包括基因的功能、结构、调控元件、进化关系等，帮助研究人员进一步理解基因的生物学功能。
如何进行基因测序和生物信息学分析
如何进行基因测序和生物信息学分析随着科技的不断进步，基因测序和生物信息学分析成为了研究生命科学的最新方法。
基因测序可以帮助科学家更深入地了解基因组的组成和功能，而生物信息学分析则是基于这些数据进行的系统分析。
本文将从基因测序的种类、测序流程、数据分析和应用四个部分来介绍如何进行基因测序和生物信息学分析。
一、基因测序的种类现在，基本上有以下三种基因测序的种类:1、全基因组测序(WGS)全基因组测序是指对整个基因组进行测序，并将得到的数据进行重新组装。
全基因组测序的精度和覆盖度非常高，可以对基因组进行全面的研究。
但是，WGS需要耗费大量的成本并且需要较长时间的分析过程。
2、外显子测序(WES)外显子测序是指测序所有非编码区域之外的基因区域。
由于外显子是具有功能的基因区域，外显子测序可以更加注重研究这些区域的信息。
外显子测序相比于全基因组测序有更快的分析过程，并且可以降低成本。
3、RNA测序RNA测序是指对RNA数据进行测序，可以研究基因的表达情况和功能调控。
RNA测序可以帮助科学家更好地了解基因的生物学功能以及在不同生物过程中的相互作用。
二、测序流程1、DNA/RNA提取首先，需要从样本中提取DNA或RNA。
提取方法会根据不同的样本类型和实验室的需求而有所不同。
2、文库构建通过将DNA/RNA碎片切割、连接、放大等处理，构建出文库。
文库的好坏直接决定文库中基因序列的多寡和质量。
在文库构建过程中，还会添加用于标记、跟踪和索引文库的小片段序列，以便在测序过程中对不同来源的样本区分。
3、测序测序过程需要一款高通量的测序仪器，现在常用的是Illumina、PacBio和Nanopore等。
整个测序过程通过化学反应对加入到文库中的DNA/RNA序列进行扩增，形成单条DNA/RNA片段的大量复制，然后依据测序仪器的原理，将这些复制片段进行分离、测序、记录。
4、质量控制测序得到的数据可能会出现质量问题，如低覆盖度、序列不对称，严重时甚至可能导致数据失效。
基因组学研究中的生物信息学分析方法
基因组学研究中的生物信息学分析方法近年来，随着生物技术的迅速发展，基因组学研究受到越来越广泛的关注。
基因组学研究是一门关于整个全基因组信息的研究，它需要集生物学、计算机科学和数据学等多个学科的知识。
其中，生物信息学技术是基因组学研究的一个重要组成部分。
本文将介绍基因组学研究中的生物信息学分析方法。
一、比对分析比对分析是生物信息学中最基本的分析方法之一。
比对分析通常用于找出两个或多个序列之间的相似性。
这种相似性有时可以引发研究者们的兴趣，因为不同的基因或序列之间的相似性可能意味着它们具有共同的来源或功能。
比对分析还可以在基因重测序时用来帮助确定新的序列在参考基因组中的位置和方向。
二、拼接分析拼接分析是一种关于测序数据的分析方法，它用于将多个短读序列拼接成长序列。
这种方法通常用于基因组测序研究中，因为某些物种的基因组很大，所以需要将基因组序列分为许多小块进行测序。
对于这些小块的序列，拼接分析可以帮助研究者们将它们组合成完整的基因组序列。
三、注释分析注释分析是生物信息学中最常用的方法之一，它用于确定序列中的功能元素，如基因、转录本、启动子、增强子等。
注释分析过程中，研究者们需要对序列进行分类，以确定它们与哪些功能元素相关。
四、变异分析变异分析通常用于研究不同个体之间的遗传变异，以确定与某些特定表型相关的位点。
其目的是从序列中找到这些变异位点，并将它们与表型进行关联。
变异分析还可以用于结构变异的检测，例如插入、缺失和倒位等。
五、表达谱分析表达谱分析是以基因或其他转录本的表达量为基础的研究。
在表达谱分析中，研究者们通常会对序列数据进行基因组注释，以确定不同的基因或转录本，并使用统计学方法来评估它们在不同样本中的表达量。
六、功能分析功能分析是生物信息学研究中一个广泛的领域，它与许多其他分析方法密切相关。
功能分析一般涉及功能预测和功效的验证，其中很大一部分通过比对分析完成。
研究者们根据序列的相似性以及携带的功能元素的信息来确定新序列的功能。
生物信息学中的基因序列分析方法与工具推荐
生物信息学中的基因序列分析方法与工具推荐随着高通量测序技术的迅猛发展，生物学研究中产生的大量基因序列数据需要进行深入的分析和解读。
生物信息学作为一门交叉学科，旨在运用计算机和数学的方法研究生物学中的信息和数据。
在生物信息学领域中，基因序列分析是一项重要的任务，它有助于我们深入了解基因的结构、功能以及相互关系。
本文将介绍一些常用的基因序列分析方法和工具，供研究人员参考。
首先，基因序列比对是分析基因序列的常用方法之一。
基因序列比对可以用来识别基因组中的同源序列、确定基因的边界和剪接位点等。
常用的基因序列比对工具包括BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）、Bowtie和BWA（Burrows-Wheeler Aligner）等。
BLAST是一种常用的序列比对工具，它可以将查询序列与指定数据库中的序列进行比对，并给出相似性评分。
Bowtie和BWA则是专门用于处理高通量测序数据的比对工具，它们可以高效地比对大规模的测序数据，快速准确地确定读取在参考基因组中的位置。
其次，基因序列组装是将短序列片段组装成完整基因序列的方法。
常见的基因序列组装工具有SOAPdenovo、ABySS和Velvet等。
这些工具使用了不同的组装算法和策略，可以针对不同的应用场景进行组装。
例如，SOAPdenovo适用于大规模基因组组装，ABySS则适用于短序列片段的拼接，Velvet则适用于小规模基因组组装。
此外，基因功能注释是对基因序列进行功能预测的重要任务之一。
常见的基因功能注释工具有BLAST、InterProScan和DAVID（Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery）等。
BLAST作为一种序列比对工具，可以通过将未知序列与已知功能的序列进行比对，来进行功能预测。
InterProScan则可以对基因序列进行蛋白质功能域的扫描和注释。
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对一条新的基因序列进行生物信息学的分析海南中学作者：许汝言指导老师：黄小葵论文摘要本研究的主要内容是运用生物信息学的手段结合生物学实验方法对从一株产ß-甘露聚糖酶的新菌种 A.tabescens EJLY2098获得的新基因序列（命名为man）进行生物信息学的分析。
针对然后结合利用所获得的信息设计生物学方法证实其生物学功能。
关键词：ß-甘露聚糖酶；A.tabescens EJLY2098；生物信息学论文目的和意义英国《自然》杂志网络版2006年5月18日报道，科学家已对含有2.23亿个碱基对，占人类基因组中碱基对总量的8%左右的人类第一号染色体完成测序，宣告持续16年的人类基因组计划全部完成。
作为人类自然科学史上重要的里程碑，“人类基因组”的研究已从“结构基因组”阶段进入“功能基因组”阶段。
在人类基因组计划后相继推出的水稻基因组计划、马铃薯基因组计划、草鱼基因组计划等，和快速增长的微生物基因测序，“海量”的基因信息的积累，催生了“功能基因组”时代的来临。
针对充分利用“海量”基因组信息的生物信息学不仅应运而生，而且为以注释、阐明基因功和利用基因生物学功能的“后基因组时代”的研究发挥了重大作用。
生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头,在获得了蛋白质编码区的信息后,进行蛋白质空间结构的预测和模拟,然后依据特定蛋白质的功能进行必要的药物设计。
就是说,生物信息学的主要任务是组织和分析生物学数据,而生物学数据的分析离不开计算机算法的运用。
因此,可以说生物信息学是一门集生命科学、计算机科学、数学、物理学为一身的多学科交叉的前沿学科。
生物信息学的主要研究对象是序列,即一维的分子排列顺序所分析,包括DNA分子碱基序列和编码蛋白质的氨基酸序列。
DNA序列分析的主要任务是基因识别和发现某些功能区(如启动子、增强子等),DNA序列研究的最终目的是说明遗传语言的语法和语法规则,从而最终读懂DNA序列。
蛋白质的结构预测研究始终是生物信息学的核心内容之一,目前研究工作是利用一级结构中的氨基酸排列顺序所隐藏的信息来预测蛋白质的高级结构,而蛋白质结构研究的最终目标是阐明肽链的折叠规律,即所谓破译“第二套生物学密码”。
“基因组计划”积累了大量生物信息。
而生物信息学的任务就是挖掘和利用这些信息,从众多生命信息中发现统一的,本质的,有用的规律。
而这些规律必将促进生命科学,如结构生物学,生物技术,药物设计,分子进化等研究工作的进展。
所以,生物信息学将在“后基因组”的时代,发挥极其重要的作用,这将有助于全部读懂人类基因组的全部信息,有助于揭示基因组物质结构的复杂性,有助于生命起源和生物进化问题的最终解决,有助于识别与鉴定人类特定疾病的相关基因,有助于药物设计理论和方法的改进和提高。
[1-10]研究现状随着信息学大环境的改善,如信息高速公路、国际互联网的发展,生物信息学发展迅速。
美国、日本及欧洲各国的生物信息学已相继在Internet上建立了各自的网络节点,进行管理大型数据库,为研究人员提供研究数据的分析、处理、采集、交换的服务。
国际互联网所到之处,都有各种研究机构的联网、数据库的建立,开展生物信息学研究。
各种数据库各具特色：GenBank、EMBL、DDBJ是三大核苷酸及蛋白质数据库；GDB数据库主要收集遗传学制图的资料；CEPH的数据库收集YACcontig；Genethon、CHLC储存遗传学标记系列；Whiethead 研究所的数据库可了解全部18000个STS及联系作图的信息；另外还有突变序列的数据库在建立之中。
在各类数据库建立的同时,数据库设计中出现了集成化趋势,集成化包括：各类数据的集成、数据库与数据分析软件的整合。
各种数据库分析、测序应用软件包也被开发出来。
[11]除了数据库、数据分析软件的发展,生物信息学中比较基因组学的发展也较为突出。
其中河豚、鼠、猪、牛和马的基因组与人基因组的比较研究,秀丽隐杆线虫与人基因组的比较研究、酵母与人基因组的比较研究,支原体与嗜血流感杆菌基因组的比较研究,都取得了成果,从比较中分离到一些人类遗传病的候选基因,鉴定了一些新克隆的基因,为人类基因组的分析提供了有益的数据。
随着计算机技术的发展和渗透,生物信息学在人类基因组中大规模测序的自动化控制、测序结果分析处理、序列数据的计算机管理、各类遗传图谱、物理图谱的绘制、研究数据网络获取、分析和交换,以数据分析的结果辅助基因组研究等都发挥着不可替代的功能,显示出越来越重要的作用。
全长cDNA序列man的生物信息学分析前言随着因特网在上世纪90年代的出现和信息技术的迅猛发展。
生命科学也相伴走向信息化，其主要标志就是人类基因组计划的实施，这一计划及其相继展开的众多的基因组计划使得生物学数据急剧增加，而传统的实验手段却远远不能满足对这些数据的解释，使之上升到科学知识的高度[9-10]。
随着人类基因组计划的实施,分子生物学家提供了大量的有关生物分子的数据,如何将这些从实验室中取得的生物信息进行整理,,并能对以后的研究提供资料和依据,这就需要运用到现代计算机技术对这些原始数据进行收集,整理和分析,从而是人们在研究过程中及时得到有效的生物信息.因此,生物信息学不仅是一门学科,也是研究过程中的一项技术和开发工具.核酸序列分析是生物信息学应用中的一个重要方面.DNA序列分析可分两大类:1.面向测序的DNA序列分析; 2.指定DNA序列的分析. 通过一个简单序列相似性的比较可以对未知序列进行初步的功能预测,对后续实验确定初步研究方向[12]。
本论文通过对从真菌Ａ．tabescens中克隆出一个基因的全长cDNA进行生物信息的分析，预测这个未知cDNA的功能．目前因特网上有许多生物学信息库，采用不同的算法，对生物学数据进行从序列水平到结构层次，进而到功能的多种分析。
本章的分析主要利用这些数据库和相关软件完成。
材料和仪器（1）生物技术实验室从一株产ß-甘露聚糖酶的新菌种A.tabescens EJLY2098克隆出一个全长cDNA（命名为man）（2）可以连接国际互联网的计算机核酸序列的基本分析运用DNAMAN软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱基分布。
同时运用BioEdit（版本7.0.5.3）软件对man做酶切谱分析。
碱基同源性分析运用NCBI信息库的BLAST程序对man进行碱基同源性分析(Translated query vs.protien database(blastx))网站如下：/BLAST/参数选择：TRANSLATE D query-PROTEIN database [blastx]； nr;stander1开放性阅读框（ORF）分析利用NCBI的ORF Finder程序对man做开放性阅读框分析，网址如下：/projects/gorf/orfig.cgi参数选择：Genetic Codes：1 Standard对蛋白质序列的结构功能域分析运用简单模块构架搜索工具（Simple Modular Architecture Research Tool,SMART）对man ORF出的蛋白质序列进行蛋白质结构功能域分析。
该数据库由EMBL建立，其中集成了大部分目前已知的蛋白质结构功能域的数据。
[12]网址如下：http://smart.embl-heidelberg.de/运用NCBI的BLAST程序再对此蛋白质序列进行rpsBlast分析参数选择：Search Database：CDD v2.07－11937PSSMsExpect：0.01Filter：Low complexitySearch mode：multiple hits 1－pass同源物种分析用DNAMAN软件将蛋白质序列与GHF5的ß-甘露聚糖酶序列和GHF6的ß-甘露聚糖酶序列序列比对，根据结果绘出系统进化树，并进行分析。
蛋白质一级序列的基本分析运用BioEdit（版本7.0.5.3）软件对man ORF翻译的蛋白的一些基本性质，对分子量、等电点、氨基酸组成等作出分析。
二级结构和功能分析信号肽预测利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器蛋白质序列的信号肽（signal peptide）预测，进入Prediction Serves 页面。
网址如下：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/参数选择：Eukaryotes；Both；GIF (inline)；Standard；疏水性分析利用瑞士生物信息学研究所（Swiss Institute of Bioinformatics，SIB）的ExPASy服务器上的ProtScale程序[13]对ORF 翻译后的氨基酸序列做疏水性分析网址如下：/cgi-bin/protscale.pl参数选择：Hphob. / Kyte & Doolittle蛋白质溶解能力和PROSITE motif search的分析利用美国哥伦比亚大学（Columbia University）的PredictProtein服务器（PHD）[14]对ORF 翻译后的氨基酸序列通过发邮件的方式获得蛋白质溶解能力和PROSITE motif search分析的结果。
网址如下：/pp/submit_def.html磷酸化位点分析磷酸化和去磷酸化是细胞内信号传导的重要方式，利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器上的NetPhos2.0 Server程序[15] 做磷酸化位点分析。
NetPhos2.0 Server程序是基于神经网络算法，对蛋白序列中的Ser、Thr和Tys三种氨基酸残基可能成为的磷酸化位点作出预测，网址如下：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/跨膜区分析蛋白质序列含有跨膜区提示它可能作为膜受体起作用，也可能是定位于膜的锚定蛋白或者离子通道蛋白等，从而，含有跨膜区的蛋白质往往和细胞的功能状态密切相关。
[12]利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器上的TMHMM Server v. 2.0程序进行蛋白序列跨膜区分析。
网址如下：http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/参数选择：Extensive with graphics亚细胞定位通过WoLF PSORT工具基于其氨基酸序列预测蛋白质亚细胞定位点网址如下：http://wolfpsort.seq.cbrc.jp/参数选择：Fungi；From Text Area二硫键分析运用SCRATCH Protein Predictor 对蛋白质的二硫键做出分析。
网址如下：/~baldig/scratch/index.html参数选择：Dlpro(Disulfide Bonds)二级结构预测运用PBIL LYON-GERLAND信息库对蛋白质序列进行二级结构预测（Secondary structure prediction），主要用Hopfield神经网络（HNN）预测。