SSR分子标记简介
枣品种鉴定技术规程ssr分子标记法
枣品种鉴定技术规程ssr分子标记法（原创实用版）目录1.枣品种鉴定技术规程简介2.SSR 分子标记法的原理3.SSR 分子标记法在枣品种鉴定中的应用4.SSR 分子标记法的优势与局限性正文一、枣品种鉴定技术规程简介枣品种鉴定技术规程是对枣的品种进行科学鉴定的一种方法，其目的是为了保证枣的品质，提高种植效益，促进枣产业的可持续发展。
在众多的鉴定方法中，SSR 分子标记法因其独特的优势而在枣品种鉴定领域得到了广泛应用。
二、SSR 分子标记法的原理SSR（Simple Sequence Repeats）分子标记法，即简单序列重复分子标记法，是一种基于 PCR 技术的分子标记技术。
其基本原理是通过对特定 DNA 序列进行重复扩增，从而获取一定长度的 DNA 片段，这些片段具有稳定的重复序列，可以用于分析和鉴定枣的品种。
三、SSR 分子标记法在枣品种鉴定中的应用1.品种鉴定：SSR 分子标记法可以用于枣品种的鉴定，通过分析不同品种的 SSR 标记，可以判断其亲缘关系和种质资源特性，为枣品种的选育提供科学依据。
2.种质资源评价：SSR 分子标记法可以用于评估枣种质资源的遗传多样性，为种质资源的合理利用和保护提供参考。
3.杂交亲和力鉴定：利用 SSR 分子标记法可以鉴定枣的杂交亲和力，为杂交育种提供依据。
四、SSR 分子标记法的优势与局限性1.优势：（1）具有较高的遗传多样性，可提供丰富的遗传信息；（2）技术简单，操作方便，适用于大规模的品种鉴定；（3）具有较高的灵敏度和特异性，可准确判断品种间的亲缘关系。
2.局限性：（1）对样本质量要求较高，若样本质量差，可能导致鉴定结果不准确；（2）需要特定的实验设备和技术，对实验条件有一定要求；（3）部分枣品种的 SSR 标记不够丰富，可能导致鉴定结果的局限性。
总之，SSR 分子标记法作为一种有效的枣品种鉴定技术，具有较高的应用价值。
枣品种鉴定技术规程ssr分子标记法
枣品种鉴定技术规程ssr分子标记法摘要：1.枣品种鉴定技术规程简介2.SSR 分子标记法的原理3.SSR 分子标记法在枣品种鉴定中的应用4.SSR 分子标记法的优势和局限性正文：一、枣品种鉴定技术规程简介枣品种鉴定技术规程是对枣的品种进行科学鉴定的一种方法。
它通过对枣的形态特征、生长习性、果实品质等方面进行分析，从而确定枣的品种。
这种技术对于保障枣的品质、促进枣产业的发展具有重要意义。
二、SSR 分子标记法的原理SSR（Simple Sequence Repeats）分子标记法是一种基于DNA 序列重复的标记技术。
这种技术通过检测DNA 序列中的重复单元，可以快速、准确地鉴定物种。
在枣品种鉴定中，SSR 分子标记法可以分析枣的DNA 序列，从而确定枣的品种。
三、SSR 分子标记法在枣品种鉴定中的应用SSR 分子标记法在枣品种鉴定中的应用主要体现在以下几个方面：1.可以对枣的品种进行快速鉴定。
通过检测枣的DNA 序列中的重复单元，可以在短时间内确定枣的品种。
2.可以对枣的遗传多样性进行分析。
通过分析枣的DNA 序列，可以了解枣的遗传多样性，为枣的育种提供科学依据。
3.可以对枣的亲缘关系进行研究。
通过比较不同品种枣的DNA 序列，可以了解枣的亲缘关系，为枣的栽培提供参考。
四、SSR 分子标记法的优势和局限性SSR 分子标记法在枣品种鉴定中具有以下优势：1.快速：SSR 分子标记法可以在短时间内完成枣品种的鉴定。
2.准确：SSR 分子标记法通过对枣的DNA 序列进行分析，可以准确地鉴定枣的品种。
3.可靠：SSR 分子标记法可以避免由于环境等因素引起的误差。
然而，SSR 分子标记法也存在一些局限性：1.对DNA 提取和扩增技术要求较高。
2.需要专门的实验设备和操作技能。
SSR标记的原理步骤
SSR:微卫星DNA又叫简单重复序列，指的是基因组中由1～6个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA，广泛分布于基因组的不同位置，长度一般在200bp以下。
研究表明，微卫星在真核生物的基因组中的含量非常丰富，而且常常是随机分布于核DNA中。
微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。
如果能够将这些变异揭示出来，就能发现不同的SSR在不同的种甚至不同个体间的多态性，基于这一想法，人们发展起了SSR标记。
SSR标记又称为sequence tagged microsatellite site,简写为STMS，是目前最常用的微卫星标记之一。
由于基因组中某一特定的微卫星的侧翼序列通常都是保守性较强的单一序列，因而可以将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。
由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，这一多态性称为简单序列重复长度多态性(SSLP)，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。
由于SSR重复数目变化很大，所以SSR标记能揭示比RFLP高得多的多态性，这就是SSR标记的原理。
? 与其它分子标记相比，SSR标记具有以下优点：(1)数量丰富，覆盖整个基因组，揭示的多态性高；(2)具有多等位基因的特性，提供的信息量高；(3)以孟德尔方式遗传，呈共显性；(4)每个位点由设计的引物顺序决定，便于不同的实验室相互交流合作开发引物。
因而目前该技术已广泛用于遗传图谱的构建〔11，12，18，19，33〕、目标基因的标定〔8，9，21，22，26〕、指纹图〔22〕的绘制等研究中。
但应看到，SSR标记的建立首先要对微卫星侧翼序列进行克隆、测序、人工设计合成引物以及标记的定位、作图等基础性研究，因而其开发费用相当高，各个实验室必须进行合作才能开发更多的标记。
模块八分子标记技术一、SSR技术1.实验目的利用现代分子生物学技术...
模块八 分子标记技术一、SSR 技术 1.实验目的利用现代分子生物学技术揭示DNA 序列的遗传多态性即建立DNA 水平上的遗传标记。
为分子遗传图谱的构建、遗传多样性分析与种质鉴定、重要性状基因定位与图位克隆、转基因生物鉴定、分子标记辅助育种等研究奠定实验技能基础。
通过此实验了解和掌握利用SSR 和AFLP 分子标记检测植物基因组DNA 的遗传多态性的基本原理和实验方法。
2. 实验原理SSR ：根据SSR 两端保守的单拷贝序列设计一对特异引物，通过PCR 技术将其间的核心微卫星DNA 序列扩增出来，利用电泳分析技术就可获得其长度多态性。
每个SSR 座位两侧一般是相对保守的单拷贝序列，扩增每个位点的微卫星DNA 序列，再经聚丙烯酰胺凝胶电泳，比较扩增带的带型，就可检测到不同个体在某个SSR 座位上的多态性。
3. 实验仪器离心机、移液器（100-1000ul ，10-50ul ）、PCR 仪、垂直板电泳设备。
4. 实验试剂MgCl 2，引物，dNTP ，10ХPCR 缓冲液，DNA 聚合酶，无菌去离子水。
5. 实验方法（1）将200 µL 离心管、模板DNA 、引物、dNTP 、10 × buffer 、无菌去离子水和DNA 聚合酶置于冰上溶解。
（2）依次向无菌的200 µL 离心管中加入如下成份，轻轻混匀，离心去除气泡。
（3）将离心管置于PCR 仪中，按照以下程序进行PCR 反应。
模板DNA 20-60 ng MgCl2 15-40 nmol 引物（各） 2-8 pmol dNTP 1-5 nmol PCR 缓冲液 1Х DNA 聚合酶 1-5 U Total20 µL（4）变性聚丙烯酰胺凝胶电泳：利用聚丙烯酰胺凝胶检测SSR-PCR 结果。
SSR-PCR 扩增产物可能仅仅存在几个碱基的差异，通常采用聚丙烯酰胺凝胶（银染体系）电泳方法检测。
相对于琼脂糖凝胶电泳而言，聚丙烯酰胺凝胶电泳能够更好的区分微小片断的差异，能够检出的等位基因位点多，多态性信息含量值较高，因此适用于SSR 标记的结果检测。
枣品种鉴定技术规程ssr分子标记法
枣品种鉴定技术规程ssr分子标记法
粒子标记技术（SSR）是一种常用的枣品种鉴定方法，它基于
分子标记技术，通过检测植物基因组DNA中的特定序列，在
枣的品种鉴定中起到了重要作用。
SSR标记法的主要步骤包括：
1. DNA提取：从枣树的叶片、茎或果实中提取DNA。
2. SSR引物选择：选择适合枣品种鉴定的SSR引物，通常选
择在枣基因组中高度保守和多态性较高的位点。
3. PCR扩增：利用选择的SSR引物对提取的DNA进行PCR
扩增，以增加DNA的数量。
PCR扩增的条件包括温度、时间
和引物浓度等。
4. PCR产物分析：通过聚丙烯酰胺凝胶电泳等方法，对PCR
扩增产物进行分析，根据不同的SSR位点在不同品种之间呈
现的多态性差异，判断枣的品种。
利用SSR分子标记法能够获得高度特异性和稳定的分子标记，可用于枣品种的鉴定、遗传多样性分析以及品种保护等方面。
但同时也需要注意该方法的操作技术要求较高，且需要相应的实验设备和试剂支持。
印度南瓜‘贝栗7号’杂交种子纯度SSR分子标记鉴定
印度南瓜‘贝栗7号’杂交种子纯度SSR分子标记鉴定印度南瓜‘贝栗7号’是一种优质的南瓜品种，具有高产、抗病、抗逆性强等优点，深受农民和种植户的青睐。
为了保证种子的质量和纯度，需要对种子进行鉴定。
传统的鉴定方法具有时间长、成本高以及准确性低的缺点，因此急需一种新的快速、准确的鉴定方法。
SSR分子标记是一种应用广泛的分子生物学技术，可以快速、准确地鉴定种子的纯度和杂交程度。
本文旨在通过SSR分子标记鉴定，对印度南瓜‘贝栗7号’杂交种子进行纯度鉴定。
一、印度南瓜‘贝栗7号’的特性印度南瓜‘贝栗7号’是一种上等的南瓜品种，具有早熟、高产、抗病、抗逆性强等优点。
果实呈椭圆形，果皮呈深绿色，果肉细腻味甜，风味极佳。
‘贝栗7号’适合在温暖湿润的气候条件下种植，对土壤要求不苛刻，栽培管理简单，是一种农民和种植户都喜爱的南瓜品种。
二、SSR分子标记技术概述SSR（Simple Sequence Repeat）又称微卫星序列，是一种重复序列，其长度在1-6个碱基对之间。
SSR分子标记是通过检测DNA中微卫星序列的不同，来鉴定不同品种或个体之间的遗传差异。
它具有快速、准确、重复性好的特点，被广泛应用于植物基因组结构、遗传多样性和亲缘关系的研究中。
通过SSR分子标记技术，可以对种子的纯度和杂交程度进行精准鉴定。
三、印度南瓜‘贝栗7号’种子纯度SSR分子标记鉴定方法1. 样品收集需要准备好待鉴定的‘贝栗7号’种子样品。
取不同批次、不同来源的种子进行检测，以保证鉴定的代表性和准确性。
样品收集时需要避免受到外界环境的污染，并在鉴定前对样品进行充分的干燥处理，以保证DNA的完整性和稳定性。
2. DNA提取将收集到的‘贝栗7号’种子样品进行DNA提取。
目前市面上有多种DNA提取试剂盒可供选择，可以根据实际情况选用适合的提取试剂盒进行操作。
提取得到的DNA需要保证纯度和浓度的合适，以保证后续PCR扩增反应的顺利进行。
3. SSR引物筛选选择适合的SSR引物对‘贝栗7号’种子样品的DNA进行PCR扩增。
分子标记技术概述
分子标记技术概述目录一、声明 (2)二、分子标记技术概述 (3)三、水果产量提升的重要性 (6)四、全球水果种植现状及趋势 (8)五、影响水果产量的主要因素 (11)六、结语总结 (14)一、声明除了上述六大水果大省，河北、湖北、湖南、福建等省份的水果产业也颇具规模。
河北省的水果种类丰富，包括苹果、梨、桃和葡萄等主要水果品种。
湖北的主要水果品种包括柑橘、桃子、梨子、葡萄、枣、西瓜、甜橙、柿子、猕猴桃、枇杷、李子、杏、无花果等。
湖南主要水果有柑桔、桃、杨梅、冰糖橙、葡萄、猕猴桃等。
福建的主要水果品种包括琯溪蜜柚、度尾文旦柚、永春芦柑、顺昌芦柑、建宁黄花梨、福安巨峰葡萄等。
水果产量的增加有助于减少因产量不足而导致的价格波动，稳定市场价格，使更多消费者能够以合理的价格获得高质量的水果，从而促进社会经济的稳定发展。
水果产业是许多国家和地区农业的重要组成部分，提升水果产量直接关联到农业经济的增长。
高产的水果不仅能够提高农业总产值，还能带动相关产业链的发展，如包装、运输、加工和销售等，为地方经济注入新的活力。
水果产量的提升离不开技术创新和科技进步。
为了满足市场对高品质、高产量水果的需求，种植者必须不断探索和应用新技术、新品种和新方法。
这不仅促进了农业科技的发展，还推动了农业产业的现代化进程。
一些特色水果如柠檬、草莓、葡萄、樱桃等，在全国范围内也有广泛种植。
这些水果不仅丰富了人们的餐桌，也为当地经济发展注入了新的活力。
声明：本文内容来源于公开渠道或根据行业大模型生成，对文中内容的准确性不作任何保证。
本文内容仅供参考，不构成相关领域的建议和依据。
二、分子标记技术概述（一）分子标记技术的基本概念分子标记技术是在DNA分子水平上，通过对遗传物质多态性的检测和分析，进行遗传育种和基因研究的一种现代生物技术。
与传统的形态学标记、生物化学标记和细胞学标记相比，分子标记技术具有更高的准确性和可靠性。
它基于生物个体间基因组中核苷酸序列的差异，能够直接反映DNA水平的遗传多态性。
柑橘属品种鉴定 ssr分子标记法 编写说明
柑橘属品种鉴定 ssr分子标记法编写说明本文旨在介绍柑橘属品种鉴定中的一种常用方法——SSR分子标记法，并对其编写进行说明。
SSR分子标记法是通过PCR扩增柑橘属DNA上的SSR位点，然后通过电泳技术将扩增产物分离出来，最终通过分析扩增产物的大小、数量和形态等特征，实现对不同柑橘品种的鉴定。
具体编写步骤如下：
1. DNA提取：从不同柑橘品种的幼嫩叶片、花粉、根茎等组织中，提取总DNA。
2. SSR引物设计：根据已知的柑橘属SSR序列，设计合适的引物对，保证引物对的特异性和稳定性。
3. PCR扩增：将DNA模板与引物对进行PCR扩增，得到SSR位点的扩增产物。
4. 电泳分离：将扩增产物进行电泳分离，根据不同扩增产物的大小和形态，进行品种鉴定。
SSR分子标记法具有快速、准确、重复性好等优点，被广泛应用于柑橘属品种鉴定、基因定位和遗传多样性分析等领域。
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微卫星DNA标记技术及其在遗传多样性研究中的应用摘要微卫星DNA的高突变率、中性、共显性及其在真核基因组中的普遍性，使其成为居群遗传学研究、种质资源鉴定、亲缘关系分析和图谱构建的优越的分子标记。
本研究系统介绍了微卫星DNA在结构和功能上的特点，并对微卫星DNA标记技术应用的遗传学机理和一般方法进行了扼要的阐述。
另外，本研究还探讨了微卫星DNA标记技术在遗传多样性研究中的应用现状，并进一步提出其发展前景。
关键词：微卫星DNA；微卫星DNA标记；遗传多样性大量重复序列的存在是真核生物基因组的主要特点之一，而且这些重复序列的拷贝数可高达百万份以上。
真核生物的基因组中，重复序列占有很大比重（＞50%）。
按照重复序列在染色体上的分布方式，分为散布重复和串联重复（VNTR）两种类型。
散布重复序列的拷贝数很多，在重复单位之间彼此常有序列的变化，难以用做分子标记。
串联重复序列根据重复单元数目的大小又分为卫星序列(satellites)、小卫星序列(mini-satellites)和微卫星序列(microsatellites)3种类型。
其中，卫星序列的重复单元大，一般分布在染色体的异染色质区，采用分子标记系统来揭示其多态性有一定的困难；小卫星序列主要存在于染色体近端粒处，通常以15~75个核苷酸为核心序列，长度从几十到几千个碱基不等；微卫星序列一般较短，属于以1~6个核苷酸为基本单元的简单串联重复。
微卫星DNA是真核生物基因组重复序列中的主要组成部分。
微卫星DNA也称简单串联重复序列（SSRs）或简单串联重复序列多态性（STRP）。
这些位点由非常短的串联重复DNA 片段（1-5个碱基）组成。
微卫星DNA 最早是在人类基因组研究中发现的，它极其丰富，分布在整个基因组中[1]。
人类基因组最普遍的微卫星是那些含有A、AC、AAAN、AAN 或AG（这里N 代表G、C或T）的序列。
这5组重复序列大约占到人类基因组微卫星总量的75%。
微卫星DNA 序列在大多数的其它动、植物基因组中也先后被发现，并且通过聚合酶链式反应可以确定其类型[2]。
（AT）n和（A TT）n 是首先于大豆中发现的在不同的株系中长度有所不同的重复序列，它们也是第一个被定位的植物微卫星座位。
Wang等[3]发现微卫星序列中所有的单、双和四核苷酸重复序列都分布在DNA非编码区，而含G-C 碱基对的三核苷酸重复序列有57%位于编码区。
微卫星重复序列在植物中出现的几率比动物中少得多。
在植物中，约29kb中有20bp的微卫星序列[4]，例如鹰嘴豆中（TAA）n、（GA）和（CA）n 序列在平均60kb的长度中出现于12000个位点上[5]；而动物中，约每6kb中就n有20bp的微卫星重复序列。
另外，研究还发现植物中最丰富的微卫星是（A）n，其次是（AT）n，再次是（GA）n。
Weber[6]将微卫星分为3类：完全重复（无间隔）、不完全重复（有非重复单位的碱基间隔）和复合重复（2个或更多重复单位彼此毗邻连续出现）。
这些小的、串联排列的重复序列经常是通过核苷酸链的滑动错配或者其他未知的过程来改变它们的长度，从而导致微卫星在数量上的差异[7]。
微卫星的突变率高：每代每个配子的每个位点有2.5×10-5~1×10-2突变，因此造成了它们的多态性。
但微卫星周围的单拷贝序列一般不受其影响。
Davierwala等对水稻及其近缘种利用（GA TA）n和（AC）n微卫星两侧的序列合成的引物进行PCR扩增，再通过克隆、测序获得了大小不等的8个等位基因。
测序分析的结果表明，不同等位基因的大小变异是由于微卫星重复数目的变异和微卫星两侧区域的序列的变异。
尽管目前对这些重复序列的功能和起源还不清楚，但许多研究已经证明，重复序列可以作为种或基因组水平的遗传标记，是分子水平上研究遗传多样性的一个有力工具。
微卫星序列的重复单位小，而且这些重复单位的序列差异和数目变化能够形成丰富的多态性，因此得到了广泛的应用。
微卫星通常是复等位的，代表每个微卫星位点的等位基因数目高度可变。
微卫星寡聚核苷酸的重复次数在同一物种的不同基因型间差异很大。
另一方面，在每个微卫星DNA两端的序列多是相对保守的单拷贝序列，尤其在亲缘关系相近的物种间是保守的，因此可根据两端的序列设计一对特异的引物，然后利用PCR扩增每个位点的微卫星序列，经电泳比较扩增产物的长短变化，即可显示不同基因型的个体在每个微卫星DNA位点的多态性。
进一步研究还发现，微卫星DNA是中性的，而且微卫星DNA标记呈共显性的孟德尔式遗传。
它具有比其它分子标记（如等位酶、RFLP、RAPD等）更多的可检测等位基因，能够提供更细致的基因变化分析范围。
该方法在居群遗传学研究中表现出很大的潜力。
微卫星DNA具有高度多态性，同一遗传位点数目变化很大，并能在群体中形成多达几十种的等位基因，这是其他遗传标记所不能比拟的；此外，PCR技术的利用使微卫星标记技术实现操作自动化。
微卫星作为遗传标记已使人类基因组的遗传制图和连锁分析发生了革命性的变化。
至今，所建立的遗传图谱中已含有6000多个以微卫星DNA为主体的遗传标记，其平均分辨率为0.7cmol/L（里摩尔根），即2个位点之间有0.7%的几率可以重组。
目前，微卫星标记系统是基因定位中研究最多的标记系统。
2微卫星标记DNA技术的实践方法及发展通过PCR扩增并使用凝胶电泳分离产生大量含有微卫星DNA片段的方法有3种：（1）用在3’端或5’端被放射性标记的微卫星DNA引物做PCR；（2）用微卫星DNA两端的保守序列做PCR；（3）用被放射性标记的微卫星DNA引物和RAPD随机引物共同扩增含微卫星DNA的序列和随机序列。
其中第2种方法最为普遍，它一般可分成4个步骤。
①微卫星序列通常有2种途径：一是从基因组文库中获得含有微卫星的阳性克隆；一是通过检索Genbank、EMBL和DDBJ等DNA序列数据库，从互联网上获得含有微卫星的序列。
前者获得微卫星DNA标记需要建立、筛选基因组文库和克隆测序等一系列实验，消耗大，工作量也大。
而通过后者可以直接快速的获得微卫星标记，是对上一种途径的有效补充。
②微卫星引物微卫星两侧的序列对于同一物种高度保守，因此可以使用与两侧保守的DNA 序列相互补的方式设计特定的寡聚核苷酸引物。
实验室中通常采用两种方式得到所需微卫星引物：可以通过检索所研究物种GeneBank等数据库查找带简单重复的DNA序列，用Primer0.5及MacVector 6.0 等软件设计引物；另外，也可以直接应用若干已发表的微卫星标记引物。
在基因组内具有高度专一性的微卫星引物一般为18-24个核苷酸，（G+C）% 含量接近50%-60%（Tm值为60℃左右），退火温度常在55℃-72℃下进行。
研究表明提高退火温度可以增加引物与模板结合的特异性。
特别在最初几次循环中采用严谨的退火温度，有助于PCR特异性扩增。
其次，为了避免引物内二级结构的产生及某个核苷酸的连续出现，3’末端最好富含GC。
③微卫星PCR扩增由于是特异性扩增，所以其重现性和稳定性相对较好。
但是随着每对引物（G+C）%含量的不同和扩增片段长度的不同，与每对引物相对应的合适的扩增条件也不同。
通常采用改变退火温度、缓冲液中Mg2+ 浓度及循环数等来获得清晰可靠的条带。
④微卫星扩增产物检测微卫星经过PCR扩增所得产物在100~300bps之间，而且基因型间的差异仅为几个bps。
因此一般采用3种方法进行分离：（1）高浓度（3%-4%）的琼脂糖凝胶电泳，利用溴化乙锭染色；（2）非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，利用银染法来检测，分辨率较高；（3）将PCR产物进行荧光标记(如FAM、TET、HEX 等) ，然后经高温变性，在PE Applied Biosystems 310 等遗传分析仪上利用毛细管电泳分离，并通过GeneScan 和Geno Typer 等软件进行分析。
3 微卫星DNA标记在遗传多样性研究中的应用保护生物多样性的核心内容就是保护生物的遗传多样性。
遗传多样性是一个需要用种、变种、亚种或品种的遗传变异来衡量其内部变异性的概念。
遗传多样性为物种和个体的适应及进化提供原材料。
遗传多样性的保护实质上就是在基因和基因组水平上的保护。
如果动植物的遗传多样性得不到应有的保护，一个物种的灭绝就意味着将有难以数计的遗传多样性的消失。
伴着人类对自然资源的开发利用，自然生态系统被大面积破坏，加之环境污染等，使得物种灭绝的速度加快。
物种多样性是人类赖以生存和发展的基础，评估物种受威胁程度以及是否已摆脱受威胁的状态必须建立在遗传多样性研究的基础上。
建立濒危物种有效保护策略的一个首要条件就是在未受到广泛干扰前获得有关其遗传结构的知识。
DNA是生物体内的遗传物质，因而它能更加直接的反映群体内及群体间的相关性。
利用DNA分子标记技术可以有助于从本质上揭示物种遗传变异及其变异规律，预测物种的命运，从而制定相应的管理措施。
Wyman和White于1980年提出了DNA 指纹的概念，自此，DNA 指纹分析成为遗传分子标记中的主要方法。
而微卫星DNA标记技术是DNA指纹技术中极具潜力的分子标记，是目前最为先进的遗传标记系统之一。
同时，对于植物种以下水平的研究，一方面要了解其中的遗传多样性水平和居群间的相互关系，另一方面还要统计分析居群的遗传结构、等位基因频率以及居群间的遗传分化等。
因此，必须选择灵敏的分子标记，从而能够提供足够多的遗传信息，更重要的是所获得的信息要重复性好、可比性高、稳定可靠，且结果便于分析。
微卫星DNA标记即是符合了这些要求的分子标记之一。
由于微卫星DNA在1个位点上重复单位的数量在居群内和居群间可以产生有意义的改变，所以微卫星DNA标记技术受到居群遗传学家的普遍关注。
在缺乏其它自然变异的特征时，微卫星等位基因频率的数据可以用来探讨解决亲缘关系、同源概率和居群结构等问题。
微卫星标记在遗传多样性研究中，特别是在居群遗传学中的广泛使用已经形成了一个较为完整的体系。
然而对于微卫星遗传分化的量化方法目前具有争议。
在遗传多样性研究中通常使用统计学方法如遗传距离、聚类分析、PIC值、基因多样性等来做进一步分析和讨论。
同时，为了提高对微卫星DNA标记量化分析的效率，还可以采用多对引物反应或多次点样的办法。
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