GaussianFAQ实践版
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[转载]gaussian 出错信息和可能的解决办法（转）谢谢原⽂地址：gaussian 出错信息和可能的解决办法(转）作者：⾖芽gaussian 出错信息和可能的解决办法(转）2009-12-22 10:21Gaussian calculations can fail with various error messages. Some error messages from .out and .log files - and possible solutions - have been compiled here to facilitate problem solving.These are divided into:Syntax and similar errorsMemory and similar errorsConvergence problemsErrors in solvent calculationsErrors in log filesERROR MESSAGES IN OUTPUT FILESSyntax and similar errors:End of file in ZSymb.Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l101.exeSolution: The blank line after the coordinate section in the .inp file is missing.Unrecognized layer "X".Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l101.exeSolution: Error due to syntax error(s) in coordinate section (check carefully). If error is "^M", it is caused by DOS end-of-line characters (e.g. if coordinates were written under Windows). Remove ^M from line ends using e.g. emacs. To process .inp files from command line, use sed -i 's/^M//' File.inp (Important: command does not work if ^M is written as characters -generate ^M on command line using ctrl-V ctrl-M).QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE.Solution: Check .inp carefully for syntax errors in keywordsRdChkP: Unable to locate IRWF=0 Number= 522.Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l401.exeorFileIO operation on non-existent file.[...] Error termination in NtrErr:NtrErr Called from FileIO.Solution: Operation on .chk file was specified (e.g. geom=check, opt=restart), but .chk was not found. Check that: %chk= was specifed in .inp.chk has the same name as .inp.chk is in the same directory as .inprun script transports .chk to temporary folder upon job start. Run scripts downloaded here should do this.The combination of multiplicity N and M electrons is impossible.Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l301.exeSolution: Either the charge or the multiplicity of the molecule was not specified correctly in .inp.Memory and similar errors:Out-of-memory error in routine RdGeom-1 (IEnd= 1200001 MxCore= 2500)Use %mem=N MW to provide the minimum amount of memory required to complete this stepError termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l101.exeorNot enough memory to run CalDSu, short by 1000000 words.Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l401.exeor[...] allocation failure:Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l1502.exeSolution: Specify more memory in .inp (%mem=Nmb). Possibly, also increase pvmem value in run script. Especially solvent calculations can exhibit allocation failures and explicit amounts of memory should be specified.galloc: could not allocate memory.Solution: The %mem value in .inp is higher than pvmem value in run script. Increase pvmem or decrease %mem. Probably out of disk space. Write error in NtrExt1Solution: /scratch space is most likely full. Delete old files in temporary folder.Convergence problems:Density matrix is not changing but DIIS error= 1.32D-06 CofLast= 1.18D-02.The SCF is confused. Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/linda-exe/l502.exelSolution: Problem with DIIS. Turn it off completely, e.g. using SCF=qc, or partly by using SCF= (maxconventionalcycles=N,xqc), where N is the number of steps DIIS should be used (see SCF keyword). Convergence criterion not met. SCF Done: E(RHF) = NNNNNNN A.U. after 129 cycles[...] Convergence failure -- run terminated. Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/linda-exe/l502.exe Solution: One SCF cycle has a default of maximum 128 steps, and this was exceeded without convergence achieved. Possible solution: In the route section of input file, specify SCF=(MaxCycle=N), where N is the number of steps per SCF cycles. Alternatively, turn of DIIS (e.g. by SCF=qc) (see SCF keyword).Problem with the distance matrix.Error termination via Lnk1e in /pkg/gaussian/g03/l202.exeSolution: Try to restart optimization from a different input geometry.New curvilinear step not converged. Error imposing constraintsError termination via Lnk1e in /pkg/gaussian/g03/l103.exeSolution: Problem with constrained coordinates (e.g. in OPT=modredun calculation). Try to restart optimization from a slightly different input geometry.Optimization stopped. -- Number of steps exceeded, NStep= N[..] Error termination request processed by link 9999.Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l9999.exeSolution: Maximum number of optimization steps is twice the number of variables to be optimized. Try increasing the value by specifying OPT=(MaxCycle=N) in .inp file, where N is the number of optimization steps (see OPT keyword). Alternatively, try to start optimization from different geometry.Errors in solvent calculations:AdVTs1: ISph= 2543 is engulfed by JSph= 2544 but Ae( 2543) is not yet zero!Error termination via Lnk1e in /global/apps/gaussian/g03.e01/g03/l301.exeSolution: Problem is related to building of the cavity in solvent calculations. One possible solution is to change the cavity model (default in g03 is UAO, can be changed by adding RADII keyword in section below coordinates in the .inp file, e.g. RADII=UFF, see SCRF keyword).Hydrogen X has 2 bounds. Keep it explicit at all point on thepotential energy surface to get meaningful results.Solution: In UAO cavity model, spheres are placed on groups of atoms, with hydrogens assigned to the heavy atom, they are bound to. If assignment fails (e.g. because heavy atom-H bond is elongated), cavity building fails. Possible solutions: a) use cavity model that also assigns spheres to hydrogens (e.g. RADII=UFF) or b) Assign a sphere explicity on problematic H atom (use SPHEREONH=N, see SCRF keyword)ERROR MESSAGES IN LOGFILES=>> PBS: job killed: walltime N exceeded limit Msignal number 15 received.Solution: Job did not finish within specified wall time. Retrieve .out and .chk files from temporary folder/global/work/$USER/$JOB (or $PBS_JOBID) and restart calculation if possible (using e.g. opt=restart or scf=restart). cp: cannot stat $JOB.inp: No such file or directorySolution: The .inp file is not in the directory from where the job was submitted (or its name was misspelled during submission. If error reads: cp: cannot stat $JOB.inp.inp, the .inp file was submitted with extension).ntsnet: unable to schedule the minimum N workersSolution: The value of %NprocLinda=N in the .inp file is higher than the number of nodes asked for during submission. Make sure these values match.Connection refused [...] died without ever signing inSign in timed out after 0 worker connections. Did not reach minimum (N), shutting downSolution: Error appears if you run parallel calculations but did not add this file to your $HOME directory: .tsnet.config containing only the line: Tsnet.Node.lindarsharg: ssh。
gaussian view dft计算实例
高斯视图是一个用于分子动力学模拟和量子化学计算的软件工具。
它基于密度泛函理论（DFT），可以用来计算分子和固体的结构、能量和热力学性质。
本文将介绍如何使用高斯视图进行DFT计算，并提供一个实例来演示其使用方法。
一、高斯视图的安装和设置1. 安装高斯视图软件在冠方全球信息站上下载高斯视图软件的安装程序，并按照安装指南进行安装。
安装完成后，根据软件界面的提示进行注册和激活。
2. 设置计算参数在进行DFT计算之前，需要设置计算所需的参数。
在高斯视图软件中，可以通过输入卡文件来设置计算所需的参数。
输入卡文件是一个包含计算信息和参数的文本文件，可以通过文本编辑器来创建和编辑。
二、DFT计算实例假设我们需要计算甲烷分子的结构和能量，我们可以通过以下步骤来进行DFT计算。
1. 创建输入卡文件我们需要创建一个输入卡文件来告诉高斯视图软件我们要进行的计算类型、所用的泛函和基组等参数。
以下是一个简单的输入卡文件的示例：```chk=check.chkmem=100MB#p B3LYP/6-31G(d) opt freqmethane optimization0 1CH 1 RH 1 R 2 AH 1 R 2 A 3 DR 1.1A 109.5D 120.0```在这个输入卡文件中，我们指定了计算类型为优化和频率分析，所用的泛函为B3LYP，基组为6-31G(d)。
我们还指定了甲烷分子的初始构型和取向。
2. 运行计算创建好输入卡文件后，我们可以将其载入高斯视图软件中，并运行计算。
在计算过程中，高斯视图软件会根据输入卡文件中的参数进行计算，并输出计算结果。
3. 分析计算结果计算完成后，我们可以通过高斯视图软件查看计算结果。
可以查看优化后的分子构型、能量、振动频率等信息，以及分子轨道和电子密度等性质。
通过分析计算结果，我们可以了解甲烷分子的结构和性质。
三、总结通过上述实例，我们可以看到，使用高斯视图进行DFT计算是非常简单和方便的。
高斯常见问题
一、混合基组#p b3lyp/GenECP opt Gen 自己在输入文件末尾定义基组，ECP 使用赝势空行g03 opt空行0 1... ...... ...空行C H O 0 碳氢氧数字0 GEN6-31G** 基组名**** 结束符号Ru P Cl 0 Ru P Cl 数字0 GENLanl2dz 基组名**** 结束符号空行Ru P Cl 0 Ru P Cl 数字0 ECPLanl2dz 基组=====================建议你查看GEN 关键字。
上述，如不加ECP亦可。
二、出现错误提醒:（一）出现名言提示，表明是正常结束的；l9999终止，是因为循环次数不够。
建议用optcyc=100-999增加循环；或者把输出结果做为输入结构再次优化！1、是我感觉你要是maxcycle=200还是999死的话，就减小一下步长试试，可能会有用的！maxstep=12、该先看下收敛指标是不是很接近了，如果很接近就继续做（读chk）或取出最后一个坐标继续算，如果相差很远，可以加非线形实验下，再一个就是加大循环，缩短步长。
（二）L202是重新定位坐标，计算对称性，检查变量的，它出错应该就是输入结构有问题。
三、过渡态寻找过渡态的时候,可以用TS,QST2 和QST3 方法,那一种方法的效果更好一些?”取决于计算前所拥有的信息量。
当然，信息越多，结果越有把握。
所以，QST3 最有把握。
如果没有任何初始信息，那就没有什么选择了。
“我想不同的输入方法肯定不会产生一样的结果，那输入过程中限制它们间相对位置的条件是什么呢？”如果输入不同会导致结果不同，那么应当全面考虑。
首先可以用化学知识筛选。
如果此后仍有多种可能性，就应当通过计算比较。
我算过的用HF方法虚频超过1000，而用DFT只要100-300.所以说方法很重要。
但是，只要你找到的TS虚频与反应的方向一致并且IRC已经验证，这个TS就是可信的。
虚频也不能太小，比如小于100.过渡态与你的产物相差甚远说明在这条反应路径上还有过渡态你没有找到在优化过渡态的时候圈数设为100，步长5，怎么输入opt（TS，calcFC，maxcyc=100，maxstep=5）是这样寻找过渡态不是一件容易的事（对于我和大多数刚涉及量化的人来说），因此我希望通过写这个经验小结能对大家有些帮助。
第三章Gaussian软件的使用new
动力学计算 计算核的受力 波函数稳定性测试 计算分子体积 仅计算布居分析 仅作分子轨道初猜 从.chk文件中提取存档
Gaussian 程序中的部分关键词
Guess（初始轨道猜测）
• Guess • Guess=read 要求从chk文件读取初始轨道猜测 • Guess=mix • Guess=alter
量量子子力力学学理理论论
组态 相互组作态用
相互作用 CI CI
超超HFHF
微扰处理 微扰处理 多组态 自多洽组场态 自洽场
基组的选择
➢ Route Section采用自由格式，大小写不敏感
✓ 同一行不同项之间可以使用空格，逗号和“/”连接； 例：#p hf/6-31g scfcyc=230 scfcon=8 #p,hf/6-31g,scfcyc=230,scfcon=8
L101 L102 Overlay1
L122
link0: 初始化程序，控制占位
link1: 读入并处理计算执行路径，建 立要执行的link列表
常常 模拟从头算 用 模拟从头算 的 量用 的 量 第一原理计算
从自头洽算场 S从CF头- 算 ab iSnCitiFoab initio
分子碎片法 分子碎片法
浮动球 高浮斯动法球
从A从b头I头n算i算t法io法 高斯法 Ab Initio
子 化 学 计子 化 学 局域密度 计 局近域似密度 算 方 法算 方 法 近 似
➢ 内存使用控制
%mem=n
控制运行过程中使用内存的大小,可以以W或者MB，GB为单位 default：6000000W＝48MB 综合考虑到计算的需要和硬件水平，内存并非给得越多越好，最有效率的方法是 根据作业类型估算所需要内存的大小
Gaussian菜鸟常见问题分析
Gaussian菜鸟常见问题分析1．检查是否有初始文件错误在命令行中加入%kJob L301 or %kJob L302如果通过则一般初始文件ok。
常见初级错误：a. 自旋多重度错误b. 变量赋值为整数c. 变量没有赋值或多重赋值d. 键角小于等于0度，大于等于180度e. 分子描述后面没有空行f. 二面角判断错误，造成两个原子距离过近g. 分子描述一行内两次参考同一原子,或参考原子共线2．SCF(自洽场)不收敛则一般是L502错误省却情况做64个cycle迭代(G03缺省128 cycles)a. 修改坐标，使之合理b. 改变初始猜 Guess=Huckel 或其他的，看Guess关键词。
c. 增加叠代次数SCFCYC=N （对小分子作计算时最好不要增加，很可能结构不合理）d. iop（5/13=1）这样忽略不收敛，继续往下做。
3．分子对称性改变a. 修改坐标，强制高对称性或放松对称性b. 给出精确的、对称性确定的角度和二面角。
如CH4的角度给到109.47122c. 放松对称性判据 Symm=loosed. 不做对称性检查iop(2/16=1) （最好加这个选项）iop(2/16=2) 则保持新的对称性来计算4．Opt时收敛的问题a. 修改坐标，使之合理b. 增加叠代次数optcyc=N5．优化过渡态，若势能面太平缓，则不好找到。
iop(1/8=10) 默认30（下一个结构和该结构的差别0.3Å），可改成10。
如果每一步都要用到小的步长，应该加opt(notrustupdate)6．在CI（组态）方法中如QCISD(T),CCSD(T),CID方法中，省却最大循环50，若出错（L913错误）解决方法：#P QCISD(maxcyc=N) 注：N≤5127．优化过渡态opt=TS (给出过渡态)opt=qst2 (给出反应物和产物)opt=qst3 (给出反应物和产物和过渡态)a. 用G03时的出错opt=ts 必须加FC (force constant)写法：opt=(TS, calcFc)or opt=(TS,calchffc)计算HF力常数，对QCISD，CCSD等方法用；or opt=(TS,modRedundant) (最好写这个)b. 如果计算采用QCISD计算（不好计算FC）则写为QCISD opt=(TS, calcHFFC) (用HF计算FC)8. 无法写大的Scratch文件RWFa. 劈裂RWF文件%rwf=loc1,size1,loc2,size2,……..,locN,-1b. 改变计算方法MP2=Direct可以少占硬盘空间c. 限制最大硬盘maxdisk=N GB，****MB,有些系统写2GB会出错，可以写2000MB9. FOPT出错原因是变量数与分子自由度数不相等。
Gaussian的使用(一)
主要计算项目包括： • 分子的能量与几何结构 • 化学反应过渡态的能量与几何结构 • 振动频率分析 • 红外与拉曼光谱 • 分子的热化学性质 • 键能与化学反应能 • 化学反应途径 • 分子轨道的能量与性质 • 原子电荷分布（电子布居分析）和自旋密度分布
• 分子的多极矩（永久偶极矩和四极至十六极矩） • NMR 屏蔽常数、化学位移及分子的磁化率
用默认的外部浏览器显示分子结构的 3D 图形
用外部文本编辑器打开输出文件，阅读、分析和编辑计算结果
2.在“作业编辑对话框”内进行在线编辑 打开软件，进入 Gaussian03 主窗口。在主窗口中打开下拉菜单“File”, 点击“New”选项后将跳出“作业编辑对话框” （如图 1 所示） ， 框内工具 条上各按钮的功能为
图 1 中已标出每一段的主要作用和功能。
图 2 乙炔分子编辑对话框
其中 OPT 表示优化分子结构，HF 表示采用从头算 Hartree-Fock 方法，6 31G * 表示采用的基函数，0 和 1 分别表示乙烯分子的电荷和 自旋多重度。 分子说明部分采用的是分子的内坐标， 它主要是通过分子中原子 的空间构型进行设置，具体格式为： 元素标记，参考原子，键长，参考原子，键角，参考原子，二面角
包含多个输入行，每行的行首均用#号开始。段后需加一空白行。 题目段 作业计算内容与目的的简要描述，以便于输出文件的阅读。
可包含多个输入行，段后需加一空白行。 电荷与自旋行 给定分子所带的净电荷数（正负整数）及自旋多重度
（正整数） 。限一行，行后不加空白行。 分子说明段 给定分子中各原子的坐标。 笛卡儿坐标或分子内坐标均
Water Energy
0 O1 H2 0.
1 0. 0.
0.ห้องสมุดไป่ตู้84 -0.554 0.
GaussianFAQ实践版
GaussianFAQ实践版（V25.00）【兼在线答疑】作者: yjcmwgk(站内联系TA)发布: 2009-09-25 GaussianFAQ（不断更新中）新问题可以到/bbs/viewthread.php?tid=1734563跟帖GaussianFAQ改进历程2009.09.25 V 0.01 GaussianFAQ(Beta版)诞生2009.09.30 V 1.00 为这个FAQ增加了插图11张，GaussianFAQ第一版正式发布2009.10.02 V 1.10 修改了第一章第四节的回答2009.10.04 V 2.00 增加了第二章第七、八、九节三个问题及其答案2009.10.06 V 2.10 修改了第一章第三节的回答2009.10.07 V 3.00 增加了第二章第十、十一节两个问题及其答案2009.10.07 V 4.00 更换了第一章第一节这个问题的答案2009.10.08 V 4.10 修改了第二章第九节的回答2009.10.08 V 5.00 增加了第二章第十二节这个问题及其答案2009.10.10 V 6.00 增加了第一章第五节这个问题及其答案2009.10.14 V 6.01 改了几个错别字2009.10.15 V 6.02 又改了几个错别字2009.10.18 V 7.00 增加第一章第六节这个问题及其答案2009.10.19 V 8.00 增加第一章第七节这个问题及其答案2009.10.20 V 9.00 增加第二章第十三节这个问题及其答案2009.11.27 V 9.10 修改第一章第四节的答案2009.12.08 V10.00 增加了第二章第十四、十五节两个问题及其答案2009.12.09 V11.00 增加了第四章第六节这个问题及其答案2009.12.12 V12.00 增加了第四章第七节这个问题及其答案2009.12.15 V13.00 增加了第四章第八节这个问题及其答案2009.12.15 V13.10 修改第一章第二节的答案2009.12.21 V13.20 修改第一章第四节的答案2009.12.28 V14.00 增加了第一章第八节这个问题及其答案2009.12.31 V14.10 修改了第四章第三节的答案2010.01.05 V14.20 修改了第一章第四节的答案2010.01.06 V14.21 修改了第一章第四节的答案中的一个bug 2010.01.07 V15.00 增加了第四章第九节这个问题及其答案2010.01.08 V15.01 将原第一章第七节调整为第二章第十六节2010.01.09 V16.00 更换了第二章第七节的答案2010.01.11 V17.00 增加了第二章第十七节这个问题及其答案2010.01.11 V18.00 更换了第一章第五节的答案2010.01.12 V18.10 修改了第二章第九节的答案2010.01.13 V19.00 增加了第二章第十八节这个问题及其答案2010.01.13 V19.10 修改了第二章第十七节的答案2010.01.13 V20.00 增加了第二章第十九节这个问题及答案2010.01.14 V21.00 增加了第二章第二十节这个问题及答案2010.01.20 V21.01 修改了第四章第九节的一个bug2010.01.22 V21.10 修改了第四章第九节的答案2010.01.27 V22.00 增加了第四章第十节这个问题及答案2010.02.18 V23.00 增加了第二章第二十一节这个问题及答案2010.02.19 V24.00 增加了第二章第二十二节这个问题及答案2010.02.19 V25.00 增加了了目录2010.04.02 V26.00 增加了第三章第五节这个问题及答案2010.04.06 V26.10 修改了第四章第九节的答案2010.05.26 V26.11 略微修改了第四章第九节的答案2010.05.27 V26.12 略微修改了第一章第四节的答案2010.07.25 V27.00 增加了第二章第二十三节这个问题及答案2010.08.21 V27.01 略微修改了第二章第二十三节的答案请大家继续提意见版本号升级说明：GaussianFAQ的版本号采用x.xx的方式彻底更换某个问题的答案，或者增加新问题及其解答，大版本号加1 修改对某个问题的回答，小版本号加1改点儿bug，小小版本号加1该帖子主要讨论Gaussian操作问题。
gaussian计算相互作用能
gaussian计算相互作用能【原创实用版】目录1.引言2.Gaussian 计算相互作用能的原理3.Gaussian 计算相互作用能的具体步骤4.Gaussian 计算相互作用能的优点与局限性5.总结正文一、引言在量子化学中，计算分子间的相互作用能是一项重要的研究任务。
Gaussian 是一款广泛应用于量子化学计算的软件，能够有效地计算分子间的相互作用能。
本文将介绍 Gaussian 计算相互作用能的原理、具体步骤以及优点与局限性。
二、Gaussian 计算相互作用能的原理Gaussian 基于密度泛函理论（DFT）计算分子间的相互作用能。
DFT 将电子密度作为基本变量，通过引入交换关联作用，可以有效地描述电子相关性。
Gaussian 使用分组方法将分子划分为不同的组，然后计算每组之间的相互作用能，最后将各组间的相互作用能相加得到总相互作用能。
三、Gaussian 计算相互作用能的具体步骤1.准备输入文件：在计算相互作用能之前，需要首先准备输入文件，包括分子的几何结构、元素种类、轨道类型等参数。
2.运行 Gaussian 软件：将输入文件提交给 Gaussian 软件，软件将自动进行计算。
3.分析输出结果：Gaussian 计算完成后，会生成输出文件，其中包括相互作用能的结果。
需要对输出结果进行分析，提取相互作用能的数值。
四、Gaussian 计算相互作用能的优点与局限性1.优点：Gaussian 计算相互作用能具有较高的准确性和可靠性，可以广泛应用于各种分子体系。
此外，Gaussian 软件操作简便，计算效率较高，适用于大规模计算。
2.局限性：尽管 Gaussian 在计算相互作用能方面具有很多优点，但它仍然有一定的局限性。
例如，对于某些具有较大空间伸展性的分子，Gaussian 计算结果可能存在误差。
此外，Gaussian 计算相互作用能的计算成本较高，对于计算资源有限的研究者而言可能存在一定的限制。
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好了，我形象化的说说这个事儿吧 Gaussian软件（以下简称高斯）说：“我要1G内存！” Windows操作系统内核（以下简称系统）说：“行！如你所愿” 过了一会儿…… 高斯：“你给我的1G内存，我咋觉得这么不对劲儿呢？” 系统：“咋就不对劲儿了？” 高斯：“就50多M的内存空间读写速度正常，另外950M的内存空间读写速度超慢！” 系统骗高斯：“哦，内存条质量不好，凑合着用吧！” 高斯：“NND，主人要做高斯计算，却买这么慢的内存条，我不干活了！我要怠工！” 于是高斯Link died。
1
础都没有的人准备的。当然，你很可能要补一点数学知识，主要是线性代数。原书是英文版，但是超星上有 中译本。【图2】
量子化学的入门书一定要读一本。徐光宪的《量子化学 : 基本原理和从头计算法》就是极好的。【图3】 高斯公司出版的《高斯说明书》才是用高斯软件的终极教程——试想，谁又能比高斯软件开发公司更了 解高斯软件本身呢？读完了郭勇的《高斯使用指南》，再读《高斯说明书》。【图4】如果想多了解一些，请 看本FAQ的第四章第八节。 以上所有的资料都能免费下载，只要你有谷歌！
运行高斯文件进行计算
cd xxxx
进入xxxx子文件夹
cd ..
返回上层文件夹
formchk xxx.chk xxx.fchk scp xxx.xxx nod:/aaa/bbb/xxx.xxx
用xxx.chk生成xxx.fchk 将xxx.xxx复制到nod下的/aaa/bbb/文件夹下
in the file platform_a02.pdf on the CD. The latest version of this file is always available on our
website at /g09_plat.htm.
2. Select a group which will own the Gaussian files. Users who will run Gaussian should either already
查询该文件夹大小
env
列出全部环境变量
export 变量名 变量值
增加环境变量
unset 变量名
删除环境变量
chmod -R 770 g03
赋予g03使用/tmp文件夹的权限
vi下的命令
i
进入修改状态
ESC
退出修改状态
:wq
保存退出
:q!
不保存退出
:set nu
显示行号
/某个字符串
查找某个字符串
top下的命令
GaussianFAQ实践版（第23版）
第一章：Gaussian初识
（1.1） 版本一：高斯是不是免费的啊？ 版本二：高斯哪里能下载啊？ 版本三：高斯卖多少钱？ 版本四：听说使用高斯涉及到版权问题，能不能具体说说呢？
Quote: 高斯软件是Gaussian公司开发的商业软件，不是免费的。 Gaussian公司官方网站： / Gaussian公司中国代理商：上海源资信息科技有限公司。网址：/ 如需下载试用Gaussian和GaussView，请于互联网上自行搜索。
试用互联网上下载的高斯软件，进行计算一般是没问题的，但是切勿把计算结果拿出来发表论文。否则， 你的通讯作者将受到严厉的惩罚，即终身不得使用高斯公司的软件进行科学研究。一旦被高斯公司的“反侵权 部门”查实并通告通讯作者本人，那么这位通讯作者今后即使花钱买，也得不到高斯公司的任何软件。
如果没有高斯版权，但又希望在自己的paper里加入使用高斯软件进行计算的部分，那就需要经过 Gaussian公司的特别授权。如何得到授权呢？一般来说，需要在paper的合作单位中出现购买过高斯软件的单 位，合作作者中出现这一合作单位的作者，并在paper的acknowledgment部分中提到这一拥有高斯软件版权的 合作单位的合作作者在计算部分所做工作量，一般来说就默认获得了Gaussian公司对高斯软件的使用授权。 当然，这一合作单位和合作作者是不能随便添加的，需要得到相关单位和当事人的许可。
（1.3） 和高斯接口的免费可视化软件都有哪些？
Quote: molden, arguslab, molkel, gabedit, vmd, gausssum, gopenmol,Facio, MASK, GsGrid 小卒版主说，这个问题的答案，以后有时间会继续扩充。先做个标记
（1.4） 难道非要用Linux算高斯吗？Windows算高斯的缺陷是什么？ 后续问题：听说Linux很难的。我是电脑小白，在Windows上都不太懂，只会最基本的操作，看看 电影听听歌而已。连Windows系统都是别人替我装的。Linux我能学会吗？ 后续问题：为什么Linux那么难看？看见一行一行的命令，就一点研究它的兴趣也没有了。听说 Linux也是有桌面的，为什么师兄师姐们从来不用Linux的桌面呢？你们所说的那个SSH又是个什 么软件啊？头大ing……
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计用来运行“海量数据频繁内存读写”的程序的操作系统，它为了勉强运行这种程序，他就用虚拟内存来欺骗， 事实上是硬盘在起到内存的作用，而硬盘的读写速度不到内存的十分之一。这样造成的直接严重后果是：即 使电脑资源一样大，在Windows和Linux下运行同样的任务，后者往往比前者快3到20倍。这也是我们一直推荐 使用Linux的原因。
Gaussian09的中国售价： Linux/UNIX版多核心版，单一服务器全新安装，42434人民币，不限制装机器的节点数目 Linux/UNIX版多核心版，单一服务器从G03升级，36799人民币，不限制装机器的节点数目 分布式计算的PC集群或服务器集群，亦被看做是单一服务器。 单核心版计算能力有限，Windows版计算能力更有限，在此不再赘述。感兴趣的读者请参考1.4 高斯售价参考网页：/g_prod/prix.htm
（1.5） Gaussian如何在Linux下安装？（请忘掉您的鼠标！！）
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Quote:
UNIX Binary Gaussian 09 Installation instructions
1. Check that you have the correct versions of the OS, and libraries for your machine, as listed
ssh zzz exit
进入zzz服务器 离开当前服务器
mkdir
建立文件夹
rmdir rm –fr
删除空文件夹 删除非空文件夹
ls vi xxx.xxx
列出本文件夹下的所有文件和子文件夹 建立新文件xxx.xxx
top rm xxx.xxx
打开任务管理器 删除文件xxx.xxx
nohup g03 xxx.log &
（1.2） 我现在想学高斯，不知道大侠有没有什么高见啊？我该看什么书啊？
Quote: 暂时的最佳答案
首先要学习的就是一本高斯入门书。这里我个人推荐郭勇的《高斯使用指南》，很简单的一本书，完全 就是为那些一点高斯基础都没有的人准备的。【图1】
此外，一定要学学群论。我个人推荐科顿的《群论在化学中的应用》一书，完全就是为那些一点群论基
先按u再输入高斯用户名再回车
查看高斯所属的进程
先按u再输入超级用户名再回车
查看系统所属的进程
先按u再输入空格再回车
查看全部进程
q
退出任务管理器
先按k再输某个进程对应的pid，然后输入yes
强制结束某个进程
4
关于解压
解压FileName.tar tar xvf FileName.tar
解压FileName.gz 解压1：gunzip FileName.gz 解压2：gzip -d FileName.gz
cubmanຫໍສະໝຸດ 使用高斯的cubman命令
3
cubegen
使用高斯的cubegen命令
sh xxxx.in
运行批处理命令xxxx.in
ps 某个进程的进程号
查看某个进程的状态
adduser 账户名
增加一个账户
passwd 账户名
账户改密码
userdel 账户名
删除某个账户
su 账户名
转换当前账户
du –sh
解压FileName.zip unzip FileName.zip
解压FileName.rar rar x FileName.rar
多说一句：其实Windows也有这种命令行操作模式【图6】，名叫DOS（不是态密度的缩写，而是Disk operation system的缩写。Microsoft的MS-DOS已经发展到7.1版了，当然你装的Windows XP SP3自带 的MS-DOS不是真正的DOS，是用XP模拟的命令行操作5.1，不过对于初学者学习dos已经足够了。Vista我 没用过，我个人从心理上比较排斥它，哪位熟悉Vista的人给个补充，谢谢）有闲时间，在你上网玩游戏听歌 聊天之余，如果能学学DOS，对你加深对电脑的了解，很有益处的
Quote: Linux做高斯计算比Windows优势大得多。Windows对并行处理、频繁存取、超大文件、海量运算，都是瓶颈， 而这些都将是你运行高斯的大障碍。你现在算个水分子、算个甲烷分子，你用Windows觉得还挺不错的，但是 你的计算量一旦变大，你将会对“Windows做计算”极为失望。
你可以用mem指定你希望能被高斯调用的最大内存。但是，Windows有自己的一套内存调用规则（高斯毕竟是 一个应用软件，Windows则是操作系统。Windows能管着Gaussian）