VASP安装说明(简单易懂)

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vasp在intel单机上的并行安装

vasp在intel单机上的并行安装

Please type a selection: 1
通常来说就是 1,典型安装所有组件 接下来就是让同意一个协议,同意的话输入 accept(当然得同意,不 同意就装不了) 之后会出现让选择安装到哪个目录: Processing Intel(R) Fortran Compiler for applications running on
Please make your selection by entering an option from the choices below:
1. Provide the license file name with full path (/<path>/<name>.lic)
or the port and hostname of Flexlm* license server (port@hostname)
1. Provide your serial number [Recommended] Use this option if you have a serial number to install
and register your software. The Intel(R) Software Setup
进入
[david@localhost compiler]$ ls
l_fc_p_10.1.018 l_fc_p_10.1.018.tar.gz l_fcpro_RFS7H5XD.lic
[david@localhost compiler]$ cd l_fc_p_10.1.018
[david@localhost l_fc_p_10.1.018]$ ls
Assistant may connect to the Intel(R) Software Development

vaspkit.014安装使用说明

vaspkit.014安装使用说明

vaspkit-0.14 修正版发布安装下载指南1、下载网址:/downloads221/sourcecode/unix_linux/detail1038949.html(免费的)2、利用xshell将软件包拷到系统中,建立文件夹vaspkit。

3、在gunzip vaspkit-0.14.tar.gz等到vaspkit-0.14.tar,再tar –xvf vaspkit-0.14.tar得到文件夹vaspkit-0.14。

4、进入vaspkit-0.14文件夹,cat INSTALL,发现Just do one thing:makeThen you will get vaspkit program.然后退出,在vaspkit-0.14目录下输入make命令,得到vaspkit 可执行文件。

5、再将vaspkit文件分别拷到需要进行计算的文件下进行计算即可,输入./vasokit出现如下的运行页面。

按照需要输入不同的数字即可。

相信很多人都为vasp计算结果的处理感到很头痛,网上虽然有很多处理vasp计算结果的软件或者脚本,不过要么只针对于某一个问题,要么使用不太友好。

为此,我弄了一个软件包,把结构可视化,提取态密度,能带,电荷,自旋密度等数据等功能整合到一个软件包里,方便大家的使用。

由于时间有限,我只花了两天时间做得,所以vaspkit工具包比较粗糙,而且有很多bug, 目前只实现最基本的功能。

由于vaspkit 目前处于测试阶段,要不断的更新,所以不上传到论坛了。

感兴趣的朋友可以到下载。

希望大家能提出宝贵的意见以及需要增加的功能。

同时,我们希望对vaspkit感兴趣的朋友一起加入并不断地增加功能,让vaspkit能成为一个很强大的数据处理工具。

在此,特别感谢论坛版主csfn, foxhunter, 语过添情以及蓝等朋友的支持。

当前版本:0.14 .1,修正若干bug;2,增加输出xsf格式结构文件;3,增加输出DOS积分;4,增加提取指定原子指定轨道的能带数据.主要功能有:1,把POSCAR 或者CONTCAR转化为cif或xsf格式。

64位并行vasp安装过程总结

64位并行vasp安装过程总结

采用IFC编译器,MKL数据库对V ASP编译的过程1.准备系统为Open suse linux-10.3 x86-64或Open suse linux-11.0 x86-64V ASP源代码(vasp.4.6.tar.gz和vasp.4.lib.tar.gz),mkl数据库(l_mkl_p_9.1.023.tar),ifc 编译器(l_fc__pl_9.1.036.tar.gz)。

我们将以上安装所需文件都放在/root/vasp目录下并解压2.Ifc编译器安装先解压tar –zxvf l_fc_c_9.1.036.tar.gz 得到l_fc_c_9.1.036.文件夹进入l_fc__pl_9.1.036文件夹找到install.sh文件执行./install.sh开始安装ifc,安装过程都选用默认的路径(/opt/intel/fc/9.1.036)安装安装完毕,进入/opt/intel/fce/9.1.036/bin目录执行cp ifort /binifc安装完成3.mkl的安装进入l_mkl_p_9.1.023.tar所在目录tar –zxvf l_mkl_p_9.1.023.tar进入解压得到的目录l_mkl_p_9.1.023进入install文件夹,可以看到一个可执行的文件install./install.sh默认安装即可,默认目录为/opt/intel/mkl/9.1.023二、安装MPICH2(在节点root目录下)1、解压缩#tar -zxvf mpich2-1.0.1.tar.gz或者#gunzip -c mpich2-1.0.1.tar.gz|tar xf mpich2-1.0.1.tar2、创建安装目录#mkdir /usr/MPICH-instsll3、进入mpich2解压目录#cd mpich2-1.0.14、默认安装目录#./configure5、编译#make6、安装#make install7、退出到root目录#cd ..8、通过编辑.bashrc文件修改环境变量#vi .bashrc修改后的.bashrc文件如下:8.设置环境变量编辑root下的.bashrc# .bashrc# User specific aliases and functionsalias rm='rm -i'alias cp='cp -i'alias mv='mv -i'PATH="$PATH:/usr/local/bin" (安装mpich2要添加的路径)# Source global definitionsif [ -f /etc/bashrc ]; then. /etc/bashrcfiexport LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/mkl/9.1.023/lib/em64t:/opt/intel/fce/9.1.036/lib. /opt/intel/fce/9.1.036/bin/ifortvars.sh (新添加路径)export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/mkl/9.1.023/lib/em64t (新添加路径)9、测试环境变量设置#which mpd#which mpicc#which mpiexec#which mpirun#which mpif9010、修改/etc/mpd.conf文件,添加内容为secretword=myword#vi /etc/mpd.conf添加secretword=myword设置文件读取权限和修改时间#touch /etc/mpd.conf#chmod 600 /etc/mpd.conf1、本地测试#mpd & 启动#mpdtrace 观看启动机器#mpdallexit 退出三。

vasp使用简单说明

vasp使用简单说明

> vasp &
To initiate VASPVIEW:
> vaspview
To initiate XMGRACE:
> xmgrace
P.3
PC-Cluster
Use the following command to connect.
> ssh vaspxx@140.110.122.5
Use the following command to set up the vasp environment:
2
P.5
∑ψ
i
occ
i
(r )
2
VH (r ) =

ρ (r )
r − r′
d 3r ;
V xc ( r ) = V xc ( ρ ( r ))
LDA
Veff (r + R) = Veff (r )
ψk (r ) = e u(r )
ik ⋅r
uk ( r ) =
Gn <Gmax

Cn e
iGn ⋅r
KPOINTS for band structure k-points along high symmetry lines 10 ! 10 intersections Line-mode cart 0 0 0 ! gamma 0 0 1 !X 0 0 1 !X 0.5 0 1 ! W 0.5 0 1 ! W 0 0 1 ! gamma Only the first character of the third line is significant. ( C, c, K, k ) for Cartesian coordinates Any other character will switch to reciprocal coordinates

VASP程序使用

VASP程序使用
上式中动能项是对角化的,通过求解上式方括号中的哈密顿矩 阵来求解KS方程,该矩阵的大小由截至能(cutoff energy)来决定。
尝试电子密度和尝试波函数
写出交换相关势表达式
构造哈密顿量
子空间对角化,优化迭代
自由能的表达式E
新电子密度,与尝试电子密度比较


输出结果,写波函数
与原子轨道基组相比,平面波基组有如下优点: 1) 无需考虑BSSE校正; 2) 平面波基函数的具体形式不依赖于核的坐标,这样,一
对于K-mesh的确定方法,通常通过考察总能量/能量差的收敛 程度来确定,能量的收敛标准是1meV/atom。
多数情况下,对半导体或绝缘体较小的K-mesh能量就可以 收敛,对于导体,一般需要较大的K-mesh。
-10.2
-10.3
-10.4
Total energy(eV)
-10.5
-10.6
-10.7
PBE
2) POTCAT中各原子赝势定义的顺序必需与POSCAR中相同:
surface of mgo(100) (2*2)Mg 1.00000000000000 5.9459999999999997 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 5.9459999999999997 0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 20.0000000000000000 20 20
动力学模拟); DOSCAR : 态密度信息。
POSCAR文件内容说明:
Silicon bulk (Title) 2.9 (Scaling factor or lattice constant) 0.0 1.0 1.0 (第一个平移矢量的方向) 1.0 0.0 1.0 (第二个平移矢量的方向) 1.0 1.0 0.0 (第三个平移矢量的方向)

VASP安装说明(简单易懂)

VASP安装说明(简单易懂)

VASP安装说明(简单易懂)1.安装linux由于不熟悉linux的操作,所以很多问题无法解决,所以直接在windows下面安装了虚拟机然后安装linux操作系统。

(1) 虚拟机的安装我所使用的是VMware,安装过程同普通的windows下软件的安装。

下载地址:www.或者www.(2) VMware配置linux,过程如下:a)选择File菜单下的“New Virtual Machine”出现新虚拟机向导后单击“下一步”选择“Typical”典型安装。

b)再单击“下一步”,在选择操作系统界面的“Guest Operation System”中选择“Linux”,然后单击Version对应的下拉菜单选择具体的Linux 版本,此处我选择的是“RedHat Linux”。

c)单击“下一步”进入安装目录选择界面。

该界面上面的文本框是系统的名字,保持默认值即可,下面的文本框需要选择虚拟机操作系统的安装位置。

d)根据需要选择好后,单击“下一步”按钮,出现设置虚拟机内存大小的界面。

Linux9.O对内存的要求是:文本模式至少需要64MB;图形化模式至少需要128MB,推荐使用192MB。

我选择的是192MB。

e)单击“下一步”按钮进入网络连接方式选择界面。

VMware有四种网络设置方式,一般来说,Bridged方式使虚拟机就像网络内一台独立的计算机一样,最为方便好用(四种连网方式的区别可参考VMware的有关资料)。

此处我选择Brided方式。

f)单击“下一步”按钮进入虚拟磁盘的设置界面。

这里有三种方式(Create a newvirtual disk、Use an existing virtual disk、Use a physical disk)可供选择、建议初学者选择“Create a new Virtual disk”,其含义是新建一个虚拟磁盘,该虚拟磁盘只是主机下的一个独立文件。

g)在“下一步”中设置磁盘大小。

VASP简明手册--输入

VASP简明手册--输入

VASP简明手册--输入VASP简明手册For Beginners in Prof. B.X. Liu’s group一、简介VASP = Vienna Ab-initio Simulation PackageVASP is a complex package for performing ab-initio quantum-mechanical molecular dynamics (MD) simulations using pseudopotentials (如超软赝势US-PP) or the projector-augmented wave (PAW) method and a plane wave basis set.The approach implemented in VASP is based on the (finite-temperature) local-density approximation with the free energy as variational quantity and an exact evaluation of the instantaneous electronic ground state at each MD time step.它的好处主要包括基组小适于第一行元素和过渡金属,大体系计算快(<4000价电子),适于平行计算(Unix/Linux)其他特性还包括自动对称性分析、加速收敛算法另文涉及。

一个简单的VASP作业主要涉及四个输入文件:INCAR(作业细节) POSCAR(体系坐标) POTCAR(赝势) KPONITS(k空间描述)二、背景知识本文简单介绍点能带理论的基础知识以利于后文讨论布里赫(F.Bloch) 参考书:《固体能带理论》谢希德陆栋主编Bloch定理周期性势场的单电子薛定谔方程的非简并解和适当选择组合系数的简并解同时是平移算符T(Rl)的属于本征值exp(ik?Rl)的本征函数数学表示:T(Rl)ψn(k,r) = ψn(k,r+Rl) = exp(ik?Rl)?ψn(k,r)ψn(k,r)称为Bloch函数,用它描写的电子也称为布里赫电子推论一:晶格电子可用通过晶格周期性调幅的平面波表示。

VASP操作介绍-两次课

VASP操作介绍-两次课

化学家习惯的原子轨道的概念相联系,即其结果与化学家
所感兴趣的成键和轨道作用图象很难联系出来,这就为我 们计算结果的分析带来了困难; 2) 考察某些物理量时,例如原子电荷,涉及到积分范围的选 取,这造成所得物理量的绝对值意义不大; 3) 有些方法,例如杂化密度泛函方法不易于采用平面波基组 方法实现。
3. VASP程序基本知识
中等大小的截至能即可,另外动力学模拟时,可选取低的截
至能。
不同元素在构造其赝势时,有各自的截至能,对于VASP, 在缺省情况下,选取的是中等大小的截至能,这对于求解多
数物理量是足够的。严格意义上,截至能的确定与K-mesh大
小的确定类似,也是通过考察在总能量的收敛情况来确定(即 保证总能量收敛至1meV/atom)。
型和数目、以及各原子坐标;
KPOINTS : K点定义文件,可手动定义和自动产生; POTCAR : 各原子的赝势定义文件。
主要输出文件 OUTCAR : 最主要的输出文件,包含了所有重要信息; OSZICAR : 输出计算过程的能量迭代信息; CONTCAR: 内容为最新一轮的构型(分数坐标,可用于续算);
4) 严格意义上,通过考察体系总能量/能量差值对真空 区大小的收敛情况来确定合理的平移矢量长度。
tal energy
3. K网格大小的选择:
对于一维至三维体系的计算,需涉及k点数目的选择,对 于K点的确定,它与布里渊区的形状以及对称性有关。VASP的 K点输入方法有多种,其中最常用的是直接给定K-mesh的大小, 然后程序根据布里渊区的形状以及对称性自动生成各K点的坐 标和权重。 对于K-mesh的确定方法,通常通过考察总能量/能量差的收敛 程度来确定,能量的收敛标准是1meV/atom。 多数情况下,对半导体或绝缘体较小的K-mesh能量就可以
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VASP安装说明(简单易懂)1.安装linux由于不熟悉linux的操作,所以很多问题无法解决,所以直接在windows下面安装了虚拟机然后安装linux操作系统。

(1) 虚拟机的安装我所使用的是VMware,安装过程同普通的windows下软件的安装。

下载地址:www.或者www.(2) VMware配置linux,过程如下:a)选择File菜单下的“New Virtual Machine”出现新虚拟机向导后单击“下一步”选择“Typical”典型安装。

b)再单击“下一步”,在选择操作系统界面的“Guest Operation System”中选择“Linux”,然后单击Version对应的下拉菜单选择具体的Linux 版本,此处我选择的是“RedHat Linux”。

c)单击“下一步”进入安装目录选择界面。

该界面上面的文本框是系统的名字,保持默认值即可,下面的文本框需要选择虚拟机操作系统的安装位置。

d)根据需要选择好后,单击“下一步”按钮,出现设置虚拟机内存大小的界面。

Linux9.O对内存的要求是:文本模式至少需要64MB;图形化模式至少需要128MB,推荐使用192MB。

我选择的是192MB。

e)单击“下一步”按钮进入网络连接方式选择界面。

VMware有四种网络设置方式,一般来说,Bridged方式使虚拟机就像网络内一台独立的计算机一样,最为方便好用(四种连网方式的区别可参考VMware的有关资料)。

此处我选择Brided方式。

f)单击“下一步”按钮进入虚拟磁盘的设置界面。

这里有三种方式(Create a newvirtual disk、Use an existing virtual disk、Use a physical disk)可供选择、建议初学者选择“Create a new Virtual disk”,其含义是新建一个虚拟磁盘,该虚拟磁盘只是主机下的一个独立文件。

g)在“下一步”中设置磁盘大小。

在此、我们采用默认的4GB。

h)单击“下一步”进入文件存放路径选择界面。

在此界面可单击Browse按钮进行设置。

此处我们使用默认值,单击“完成”按钮。

至此,完成一个虚拟机的配置。

(2) VMware下linux的安装安装前需做好准备工作:购买一套Red Hat Linux 9.0的安装盘,共三张。

或下载Red Hat Linux 9.0安装所需要的三个ISO文件。

由于我的电脑配置问题,直接在光驱下安装linux速度比较慢,所以我使用ISO镜像文件安装。

过程如下:a)安装第一张虚拟光盘(如果直接用光盘安装,可省去此步及后述的第五步。

直接将光盘插入物理光驱即可)选择VM菜单下的Settings选项,单击比Hardware选项卡下的CD—ROMl,在右边的“connection”单选按钮组中选择“Use ISO image”。

按“Browse”选择3个光盘文件中的第一个,然后按“OK”。

b)启动虚拟光驱点击工具栏上的绿色启动按钮或屏幕显示区的start this virtual machine命令,然后按“ok”。

RED HAT会自动进入安装程序的界面。

首先询问的是以图形界面还是以文本界面安装,依据提示按回车选择图形界面安装,接下来询问是否要测试光驱,这里选择不要即可。

方法是:在VMware窗口上单击一下鼠标(实现从windows 切换至VMware),再按键盘上的TAB键,然后按空格。

注意:光标从Windows切换到VMware只需在VMware窗口上单击鼠标左健,而从VMware回到Windows,则要按Ctrl十Alt。

提醒大家的是,在对虚拟机进行操作前一定要确保光标在VMware中。

c)设置分区依提示选择完安装语言、键盘、鼠标、安装类型(与Windows类似,此处不再详述)后进入磁盘分区界面,此时会出现警告,既然是在虚拟机上进行的操作,此处大胆地选“是”就可以在接下来的窗口中一路默认连按“下一步”后,弹出“你已选择了要在—F列驱动器内删除所有分区……”的警告,选择“是”进入引导程序装载界面。

d)设置口令在引导程序装载界面连按“下一步”。

设置完系统语言和时区后进入根口令的设置界面,这里的根口令相当于Windows 2000的系统管理员密码。

设置好口令后连按“下一步”,等待安装软件包,直到出现更换光盘的提示。

e)安装第二张和第三张光盘设置方法同1,只不过是分别选择3个光盘文件中的第二、三个。

第三张盘读完后,系统问是否做启动盘,这个根据自己需要选择,然后就是显卡等的设置,一路默认。

最后选一个“退出”,VMware内系统重启。

f) 创建个人用户账号和密码重启后,系统提示你创建一个个人账号和密码,和Windows中创建一个新用户相当。

g) 其它设置选择日期和试听声卡后问你是否注册,选择“否,我不想注册我的系统”,接下来问有无附加安装,在此我们先不安装,直接按“前进”。

VMware内系统再次重启。

h) 登录系统启动后。

系统询问用户名和密码。

输入在步骤6中设置的户名和密码或输入用户名“root”和第4步中你所设置的根口令即可。

至此,出现Red Hat 9的界面,Linux的安装完成了。

(以上参考自《中小学信息技术教育》)(4) VMware下windows和linux共享文件的方法由于VASP和很多数据库的安装文件是保存在windows下面的,而linux对有些U盘并不容易识别,所以最好能使linux使用windows 下面的文件。

共享的方法有很多,但是由于本人是初学者,所以只介绍自认为比较容易掌握的方法:A. 用VMware tools 工具首先安装VMware tools,点击setting VMware tools install之后linux下会弹出cdrom的文件夹,里面有两个tar包,解压。

然后在终端里进入cdrom的文件夹,键入./install(注意前面的“.”)。

安装好VMware tools 后,点击edit virtual machine settings optionsharedfolders add,然后选择路径,加入相应windows下的文件,最后点击enable就可以了。

回到linux下,此时在/mnt就会多一个/hgfs的文件夹,共享的文件就在/hgfs下。

B. 用ISO文件将文件制成ISO文件(刻录软件大概都可以,例如nero或者NTI-maker),然后在将cdrom的路径改为使用ISO文件,再在linux下挂载cdrom就可以读入文件了。

2.安装PGI编译器PGI编译器是要收费的,可以先下载一个有15天试用期的安装文件。

下载的pgi编译器tar文件,还要有一个license.dat的文件,将文件放在/usr/local/pgi下。

在pgi文件夹下,首先解压pgi文件,在终端输入:tar xzvf pgi.tar.gz(注:pgi代表下载的pgi文件名,有时候会带后缀)./install在主目录下:vi .bashrc(注:不要忘了bashrc前面的“.”)在最后加入如下四行:export PGI=/usr/local/pgiexport PATH=$PGI/linux86/5.1/bin:$PATH(注:此处有的文件是5.2,我下载的是5.1)export MANPATH=$MANPATH:$PGI/linux86/manexport LM_LICENSE_FILE=$PGI/license.dat3. VASP4.6版本的安装(转自2008的博客)将所有的文件放在/home/***/vasp下(1)需要的文件:vasp.4.6.tar.gz,vasp.4.lib.tar.gz数学库:LAPACK、ATLAS和PGI(2)下载ATLAS(),在终端下输入:tar xzvf atlas.tar.gz在ATLAS目录下的lib中的libatlas.a,libcblas.a,libf77blas.a,liblapack.a是所需的文件。

(3)解压vasp.4.6和vasp.4.lib:tar xzvf vasp.4.6.tar.gztar xzvf vasp.4.lib.tar.gz(4)进入vasp.4.libcp makefile.linux_pg makefilemake若安装过程中出现libdmy.a is up to date则输入:rm *.o然后每次出现询问是否删除×××.o的文件时依次输入y按回车键最后make(5)进入vasp.4.6目录下,在终端输入:cp makefile.linux_pg makefilevi makefile将第129行改为:ATLASHOME=/home/×××/vasp/ATLAS/然后按Esc键,输入:wq,用来保存修改过的文件。

然后在终端中输入:touch *.F,更新修改过的文件。

make得到的vasp执行文件即为所用文件了。

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