常用的β-actin 引物序列
不同引物对和退火温度对盐生植物盐穗木内参基因β-actin扩增效率的影响
不同引物对和退火温度对盐生植物盐穗木内参基因β-actin扩增效率的影响白雪芹;杨瑞瑞;曾幼玲【摘要】[目的]以盐生植物盐穗木为材料,研究不同引物对和不同退火温度对盐穗木内参基因β-actin扩增效率的影响.[方法]设计扩增β-actin基因的两对引物,标记为β-actin1和β-actin2,分别建立这两对引物扩增盐穗木β-actin基因和特异性引物扩增该物种的过氧化物酶基因POD(盐响应的代表性基因),在不同退火温度下的标准曲线和扩增曲线.[结果]不论55还是58℃退火温度,引物对β-actin1比引物对β-actin2有更好的扩增效率;在55℃退火温度下,引物对β-actin1有更高的扩增效率.在这两个退火温度下,分别以β-actin1和β-actin2引物对扩增β-actin基因作为内参,盐穗木POD基因的相对表达水平具有一定的差异性.[结论]引物和退火温度会影响荧光定量PCR的扩增效率,进而会影响靶基因的相对表达水平.%[Objective] To study the effects of different primers and annealing temperatures on real quantitative PCR amplification efficiency of referenc e gene β-actin with the halophyte Halostachys caspica as researchmaterial.[Method]Standard curves of β-actin and peroxidasegene,POD(representative gene responding to salt stress)from this species were built with well-designed two pairs of primers named β-actin1 and β-actin2 for β-actin as internal reference gene,and a pair of primers for POD gene and amplification curves were obtained under different conditions for these genes.[Result]Results showed that the amplification efficiency of the primers β-actin1 was higher than that of the primers β-actin2 in the Halostachys caspica branches under the 55℃ or 58℃ annealingtemperature,and amplification efficiency at 55℃ annealing temperature was higher than that at 58℃.On the other hand,it was found there were some differences in the relative expression levels of Halostachys caspica POD gene using the internal reference gene β-actin with two pairs of primers β-actin1 and β-actin2 under the 55℃ annealing temperature.[Conclusion]The research indicates that primers and annealing temperatures can influence the fluorescence quantitative PCR amplification efficiency and then affect relative expression level of candidate genes at a certain extend.【期刊名称】《新疆农业科学》【年(卷),期】2017(054)002【总页数】9页(P352-360)【关键词】盐穗木;不同引物对;退火温度;β-actin;扩增效率【作者】白雪芹;杨瑞瑞;曾幼玲【作者单位】新疆大学生命科学与技术学院/新疆生物资源基因工程重点实验室,乌鲁木齐 830046;新疆大学生命科学与技术学院/新疆生物资源基因工程重点实验室,乌鲁木齐 830046;新疆大学生命科学与技术学院/新疆生物资源基因工程重点实验室,乌鲁木齐 830046【正文语种】中文【中图分类】Q786【研究意义】盐穗木 (Halostachys caspica) 为藜科(Chenopodiaceae )多年生盐生植物。
牛HSL基因的克隆和生物信息学分析
牛HSL基因的克隆和生物信息学分析刘燕;李赞;田万年【摘要】旨在克隆牛HSL基因的CDS序列,并对该基因进行生物信息学、组织表达谱分析.根据GenBank登录的牛HSL基因序列(NM_001080220)设计1对引物,对牛组织样品中的HSL基因CDS序列进行RT-PCR扩增及序列测定;利用半定量RT-PCR方法检测HSL基因在牛各组织中的表达情况;利用生物信息学软件对其所编码的牛HSL蛋白进行分析.结果显示,获得的牛HSL基因CDS全长为2271 bp,编码756个氨基酸,与GenBank登录的牛HSL基因同源性最高,为99.9％.HSL蛋白含有一个HSL-N superfamily保守结构域,无信号肽结构,具有疏水性.半定量RT-PCR显示,HSL基因在检测的心脏、脾脏、肺脏、肾脏、肝脏、大网膜、皮下脂肪、肌肉8种组织中均有表达,其中在大网膜和皮下脂肪中表达量较高,在肾脏、脾脏、肝脏、肺脏、肌肉和心脏中度表达.该试验可为研究牛HSL蛋白的结构和功能提供参考.【期刊名称】《畜牧与饲料科学》【年(卷),期】2019(040)006【总页数】4页(P9-12)【关键词】克隆;分析;HSL基因;生物信息学;表达谱;牛【作者】刘燕;李赞;田万年【作者单位】辽宁禾丰牧业股份有限公司,辽宁沈阳 110164;吉林农业科技学院动物科技学院,吉林吉林 132101;吉林农业科技学院动物科技学院,吉林吉林 132101【正文语种】中文【中图分类】Q785;S823.2激素敏感脂酶（hormone sensitive lipase，HSL）是动物脂肪分解的重要酶之一，动物将体内的脂肪酸以甘油三酯的形式储存在脂肪细胞内，HSL能够把动物体内储存的脂肪进行分解，转变为游离脂肪酸和甘油来满足动物机体的需要，是影响机体脂肪代谢的关键酶和限速酶［1-2］。
目前有关猪的HSL 基因序列分析及表达研究研究报道较多［3-5］。
黄艳娜等［6］对陆川猪激素敏感性脂肪酶基因进行了克隆和序列分析。
小鼠心肌纤维化模型的制备及其胶原沉积的机制
小鼠心肌纤维化模型的制备及其胶原沉积的机制邓玮，陈庆伟，李兴升，李桂琼，柯大智，莫显刚【摘要】【摘要】目的建立缺血性心肌纤维化小鼠模型并探讨其胶原沉积机制。
方法将BALB/c小鼠随机分为实验组和对照组，每组10只。
实验组予以腹部皮下注射异丙肾上腺素50 mg/kg，每天2次，连续10 d。
对照组同法注射生理盐水。
对比体表心电图，45 d后处死小鼠，天狼猩红染色观察心脏I、III型胶原纤维含量，荧光定量PCR检测心脏基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、基质金属蛋白酶组织抑制剂-1(TIMP-1)基因表达，免疫组化染色分析心、肝、肾组织层粘连蛋白(LN)的表达。
结果实验组小鼠室性心律失常增多，心率加快(P＜0.05);心脏胶原沉积较多，MMP-9、TIMP-1、LN表达上调(P＜0.05)，肝、肾组织 LN无明显改变(P＞0.05)。
结论异丙肾上腺素能制备缺血性心肌纤维化小鼠模型，其机制与MMP-TIMP失衡有关。
【期刊名称】中国实验动物学报【年(卷),期】2011(019)002【总页数】5【关键词】【关键词】异丙肾上腺素;心肌纤维化;小鼠;动物模型动物模型的稳定性、高仿性和易操作性是心血管疾病研究的首要考虑因素。
建立一种简便易行的心肌纤维化动物模型，对于研究心肌纤维化病理生理进程及干预治疗有着重要的意义。
异丙肾上腺素造模方法接近疾病进程，且相对无创、动物死亡率低，但目前文献报道的注射剂量不一，尚无心脏胶原沉积及其病理机制报道。
本实验采用异丙肾上腺素腹部皮下注射法制备缺血性心肌纤维化小鼠模型，观察心脏胶原纤维沉积，并探讨其可能机制。
1 材料与方法1.1 动物BALB/c雌性SPF级小鼠20只，体重18～20 g，约6周龄，由重庆医科大学实验动物中心【SCXK(渝)2007-0001】提供。
按照实验动物使用的3R原则，实验处置符合动物伦理学标准。
1.2 药物异丙肾上腺素注射液：造模药物，上海禾丰制药有限公司生产。
引物设计常用序列
RT-PCR引物序列基因来源引物序列产物大小（kb）β-actin 人有意义链CCTCG CCTTT GCCGA TCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62 kbβ-actin* 大鼠有意义链TACAA CCTCC TTGCA GCTCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62kbβ-actin 小鼠有意义链GTCGT ACCAC AGGCA TTGTG ATGG反义链GCAAT GCCTG GGTAC ATGGT GG 0.49 kbGAPDH 人有意义链GGTGA AGGTC GGAGT CAACG反义链CAAAG TTGTC ATGGA TGHACC 0.50kbGAPDH 大鼠有意义链GATGC TGGTG CTGAG TATGR CG反义链GTGGT GCAGG ATGCA TTGCT CTGA 0.20 kbDynein 小鼠有意义链GCGGG CGCTG GAGGA GAA反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 12.3 kb Polymerase ε人有意义链CGCCA AATTT CTCCC CTGAAA反义链CCGTA GTGCT GGGCA ATGTT C 6.8 kb Polymerase ε 人有意义链AAGGC TGGCG GATTA CTGCC反义链GATGC TGCTG GTGAT GTACT C 3.5 kbTuberous Sclerosis 人有意义链GGAGT TTATC ATCAC CGCGG AAATA CTGAG AG反义链TATTT CACTG ACAGG CAATA CCGTC CAAGG 5.3 kb18S rRNA 大豆有意义链CTTTC GATGG TAGGA TAGTG GCCT反义链CAATG ATCCT TCCGC AGGTT CACCT AC 1.5 kb*引物不会扩增假基因PCR引物序列基因来源引物序列产物大小（kb）HIV gag region 病毒SK 38ATTAAT CACTA TCCAG TAGGA GAAATSK 39TTTGG TCCTG TCTTA TGTCC AGAAT GC 0.11kbβ-globin 人(29923)GGTGT TCCCT TGATG TAGCA CA(34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 4.1kbβ-globin 人(31194)GCTGC TCTGT GCATC CGAGT GG(34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 2.8kb序列来源nvitrogen 公司。
小鼠常用内参基因
小鼠常用内参基因
小鼠常用内参基因是进行实验研究时非常重要的工具，内参基因是一种用于标准化实验结果的参照基因，用于减少实验中因样本差异和反应效率的影响。
在小鼠实验中，常用的内参基因包括GAPDH、β-actin和18S rRNA等。
GAPDH（糖酵解酶）是一种广泛存在于细胞中的酶，参与细胞内的糖酵解代谢过程，同时也是常用的内参基因。
在小鼠实验中，GAPDH 的mRNA水平是相对稳定的，因此可以作为实验中的内参基因使用。
另一个常用的内参基因是β-actin（β-肌动蛋白），β-actin
是构成细胞骨架的主要成分之一，也是一种常用的内参基因。
在小鼠实验中，β-actin的mRNA水平也是相对稳定的，因此可以用来进行实验结果的标准化。
18S rRNA是小鼠细胞中的核糖体RNA，也是常用的内参基因之一。
18S rRNA的mRNA水平在细胞中是相对稳定的，因此可以用来进行实验结果的标准化。
除了上述几种常用的内参基因外，还有许多其他的内参基因可以用于小鼠实验中。
但无论选择哪种内参基因，都需要进行验证，确保其在实验条件下的稳定性和可靠性。
只有选择合适的内参基因，才能保证实验结果的准确性和可靠性。
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植物actin引物序列
植物actin引物序列
植物actin引物序列是用于PCR扩增植物中actin基因的引物序列。
actin是一种重要的细胞骨架蛋白，在植物细胞中起着维持细胞形态和细胞运动的作用。
因此，研究植物actin基因的表达及其调控对于理解植物细胞生长、发育和响应环境变化的机制具有重要意义。
常用的植物actin引物序列包括：ACTIN-F
（5'-ATGTCGACAACGGCTCCGGCATGT-3'）和ACTIN-R
（5'-GCTCGGGCACGACAGCACAGCTT-3'）。
这两个引物的长度分别为23 bp和24 bp，与植物中actin基因的保守区域相匹配。
在PCR反应中，这两个引物可以选择性地扩增植物中actin基因的编码序列，得到大小约为600 bp的DNA片段。
植物actin引物序列的设计需要考虑到引物的特异性和敏感性。
特异性是指引物只扩增目标基因序列，不产生非特异性扩增产物，避免干扰PCR反应的结果。
敏感性是指引物能够在较低的DNA模板浓度下扩增目标基因序列，以提高PCR反应的灵敏度。
因此，在设计植物actin引物序列时，需要根据不同植物物种的actin基因序列信息，合理选择引物的长度、GC含量和位置，以达到最佳的PCR扩增效果。
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β-actin基因名称
β-actin基因名称β-actin基因是一种编码肌动蛋白的基因，也称为ACTB基因。
肌动蛋白是细胞骨架的组成部分之一，参与细胞的形态维持、细胞运动以及肌肉收缩等重要生理过程。
β-actin基因在多种生物体中都存在，包括人类、大鼠等。
β-actin基因位于人类基因组中第7号染色体上的q22.1区域。
它的序列长度约为2.3千碱基对，编码一个由375个氨基酸组成的蛋白质。
β-actin蛋白具有高度保守性，不仅在不同物种中高度保持一致，而且在同一物种的不同组织和发育阶段中也保持高度相似。
β-actin基因的启动子区域含有多个转录因子结合位点，这些转录因子能够调控基因的表达。
例如，转录因子如SRF (serum response factor)和MEF2 (myocyte enhancer factor 2)可以结合在β-actin基因启动子区域上，促进基因的转录和表达。
此外，其他转录因子如NF-κB (nuclear factor-kappa B)、Sp1 (specificity protein 1)和AP-1 (activator protein 1)等也可能与β-actin基因的转录调控相关。
β-actin基因表达在细胞中具有广泛的分布，是许多实验中常用的内参基因或控制基因。
在细胞培养和研究中，人们通常使用β-actin基因来校正目标基因的表达水平，以减小实验误差。
与此同时，β-actin基因也作为一个控制基因，用于验证实验中的蛋白质定位和拷贝数等情况。
然而，近年来有研究表明，在某些条件下，β-actin 基因的表达水平也可能发生变化，因此在实验中使用β-actin基因作为内参应谨慎处理。
β-actin基因的功能不仅仅局限于细胞的形态维持和运动调节。
研究显示，β-actin基因的异常表达与多种疾病的发生发展相关。
例如，在肿瘤细胞中，β-actin基因的过表达或丢失可能与肿瘤的侵袭和转移有关。
此外，β-actin基因也与神经系统疾病的发生相关，如阿尔茨海默病和帕金森氏症。
RT-PCR常用引物序列
RT-PCR常用引物序列RT-PCR引物序列基因来源引物序列产物大小（kb）β-actin 人有意义链CCTCG CCTTT GCCGA TCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62 kbβ-actin* 大鼠有意义链TACAA CCTCC TTGCA GCTCC 反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 0.62kbβ-actin 小鼠有意义链GTCGT ACCAC AGGCA TTGTG ATGG反义链GCAAT GCCTG GGTAC ATGGT GG 0.49 kbGAPDH 人有意义链 GGTGA AGGTC GGAGT CAACG反义链CAAAG TTGTC ATGGA TGHACC 0.50kbGAPDH 大鼠有意义链GATGC TGGTG CTGAG TATGR CG反义链GTGGT GCAGG ATGCA TTGCT CTGA 0.20 kbDynein 小鼠有意义链 GCGGG CGCTG GAGGA GAA反义链GGATC TTCAT GAGGT AGTCA GTC 12.3 kbPolymerase ε人有意义链CGCCA AATTT CTCCC CTGAAA反义链CCGTA GTGCT GGGCA ATGTT C 6.8 kbPolymerase ε人有意义链 AAGGC TGGCG GATTA CTGCC反义链GATGC TGCTG GTGAT GTACT C 3.5 kbTuberous Sclerosis 人有意义链GGAGT TTATC ATCAC CGCGG AAATA CTGAG AG反义链TATTT CACTG ACAGG CAATA CCGTC CAAGG 5.3 kb18S rRNA 大豆有意义链CTTTC GATGG TAGGA TAGTG GCCT反义链CAATG ATCCT TCCGC AGGTT CACCT AC 1.5 kb*引物不会扩增假基因PCR引物序列基因来源引物序列产物大小（kb）HIV gag region 病毒 SK 38ATTAAT CACTA TCCAG TAGGA GAAATSK 39TTTGG TCCTG TCTTA TGTCC AGAAT GC 0.11kbβ-globin 人 (29923)GGTGT TCCCT TGATG TAGCA CA(34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 4.1kbβ-globin 人 (31194)GCTGC TCTGT GCATC CGAGT GG(34016)CCAGG ATTTT TGATG GGACA CG 2.8kb序列来源：nvitrogen 公司大家用什么稀释引物?引物应该用TE稀释。
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human actin f ctc cat cct ggc ctc gct gt
human actin r gct gtc acc ttc acc gtt cc
product size:268
rabbit actin r agt gcg acg tgg aca tcc g
rabbit actin f tgg ctc taa cag tcc gcc tag
product size:295
mouse actin r cgt tga cat ccg taa aga cc
mouse actin f aac agt ccg cct aga agc ac
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rat actin f TCAGGTCATCACTATCGGCAAT
rat actin r AAAGAAAGGGTGTAAAACGCA
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human actin r gag cta cga gct gcc tga cg
human actin f cct aga agc att tgc ggt gg
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mouse actin f tca tca cta ttg gca acg agc
mouse actin r aac agt ccg cct aga agc ac
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rat actin f CCCATCTATGAGGGTTACGC
rat actin r TTTAATGTCACGCACGATTTC
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rabbit actin f tct tcc agc cct cct tcc tg
rabbit actin r cgt ttc tgc gcc gtt agg t
product size:409
内参基因名称引物引物最佳退火扩增
基因库序列号引物名称序列位置Tm 温度C 长度
Human actin beta F305 ctgggacgacatggagaaaa 305-324 52.3
BC002409 R868 aaggaaggctggaagagtgc 868-849 52.6 59.4 564 F1379 agcgagcatcccccaaagtt 1379-1398 57.3
R1663 gggcacgaaggctcatcatt 1663-1644 56.3 54 285
Rat actin beta F18 cacccgcgagtacaaccttc 18-37 54.5
NM_031144 R224 cccatacccaccatcacacc 224-205 54.4 60.4 207 F694 gagagggaaatcgtgcgtgac 694-714 54
R1146 catctgctggaaggtggaca 1146-1127 53.2 57.1 452
Mouse actin beta F91 atatcgctgcgctggtcgtc 91-110 57.5
NM_007393 R607 aggatggcgtgagggagagc 607-588 57.8 60.4 517 F1566 gtccctcaccctcccaaaag 1566-1585 54.5
F1831 gctgcctcaacacctcaaccc 1831-1811 54.4 55.7 266
human GAPDH F369 agaaggctggggctcatttg 369-388 55.6
BC004109 R626 aggggccatccacagtcttc 626-607 55.1 57.5 258
F66 aggtcggagtcaacggatttg 66-86 52.5
R597 gtgatggcatggactgtggt 597-578 52.6 57 532
Rat GAPDH F50 cagtgccagcctcgtctcat 50-69 55
BC059110 R644 aggggccatccacagtcttc 644-625 55.1 58.3 595
F1029 acagcaacagggtggtggac 1029-1048 54.4
R1280 tttgagggtgcagcgaactt 1280-1261 54.8 57.7 252
Mouse GAPDH F306 aggccggtgctgagtatgtc 306-325 54
M32599 R835 tgcctgcttcaccaccttct 835-816 54.6 58.7 530
F49 ggtgaaggtcggtgtgaacg 49-68 55.1
R281 ctcgctcctggaagatggtg 281-262 54.5 56.8 233
Rat 18S rRNA F1865 tgcggaaggatcattaacgga 1865-1886 58.6
M11188 R2164 agtaggagaggagcgagcgacc 2164-2143 59 59.3 300
human 18S rRNA F1565 cagccacccgagattgagca 1565-1584 58.3 M10098 R1816 tagtagcgacgggcggtgtg 1816-1797 58.3 59 253
mouse 18S rRNA F56 aggggagagcgggtaagaga 56-75 54.4
K013364 R296 ggacaggactaggcggaaca 296-277 54 62 241。