鸟枪法
鸟枪法脂质组学原理
鸟枪法脂质组学原理鸟枪法脂质组学是一种用于研究脂质组成和代谢的分析技术。
它是在脂质组学领域中常用的高通量技术之一。
鸟枪法脂质组学基于质谱技术，通过对复杂的脂质混合物进行分析，以揭示脂质的组成、结构和相对丰度。
下面将详细介绍鸟枪法脂质组学的原理。
鸟枪法脂质组学的原理主要包括样品准备、质谱分析和数据处理三个步骤。
首先是样品准备。
样品准备是鸟枪法脂质组学中非常重要的一步。
通常，样品准备可以分为提取、纯化和衍生化等步骤。
在提取过程中，我们可以使用一种或多种溶剂将待分析的样品中的脂质提取出来。
常用的提取溶剂包括甲醇、氯仿、丙酮等。
在纯化步骤中，我们可以使用液-液分离、固相萃取等技术去除干扰物质，提高脂质的纯度。
衍生化是指将样品中的脂质通过化学反应转化为易于质谱分析的衍生物，这样可以提高分析的灵敏度和选择性。
常用的衍生试剂包括N,N-二甲基甲酰胺等。
接下来是质谱分析。
鸟枪法脂质组学主要使用质谱技术进行分析。
目前常用的质谱技术有气相色谱-质谱联用（GC-MS）、液相色谱-质谱联用（LC-MS）和直接注射质谱（Direct Infusion MS）等。
在GC-MS分析中，样品中的脂质会首先经过气相色谱柱的分离，然后进入质谱仪进行质谱分析。
在LC-MS分析中，样品中的脂质会经过液相色谱柱的分离，然后进入质谱仪进行质谱分析。
而直接注射质谱则是直接将样品中的脂质溶液通过电喷雾离子源进入质谱仪进行质谱分析。
质谱技术可以提供关于脂质的质荷比、相对丰度以及结构信息。
最后是数据处理。
数据处理是鸟枪法脂质组学中至关重要的一步。
通常，数据处理可以分为数据预处理和数据分析两个部分。
数据预处理是对原始数据进行校正、去噪、归一化等处理，以保证数据的可靠性和可比性。
数据分析是对预处理后的数据进行统计学分析、多变量分析和模式识别等处理，以揭示脂质的变化规律和代谢途径。
常用的数据分析方法包括主成分分析（PCA）、偏最小二乘判别分析（PLS-DA）等。
生物信息-名词解释
逐个克隆法：对连续克隆系中排定的BAC克隆逐个进行亚克隆测序并进行组装（公共领域测序计划）。
全基因组鸟枪法：在一定作图信息基础上，绕过大片段连续克隆系的构建而直接将基因组分解成小片段随机测序，利用超级计算机进行组装。
单核苷酸多态性(SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。
遗传图谱又称连锁图谱，它是以具有遗传多态性（在一个遗传位点上具有一个以上的等位基因，在群体中的出现频率皆高于1%）的遗传标记为“路标”，以遗传学距离（在减数分裂事件中两个位点之间进行交换、重组的百分率，1%的重组率称为1cM）为图距的基因组图。
遗传图谱的建立为基因识别和完成基因定位创造了条件。
物理图谱是指有关构成基因组的全部基因的排列和间距的信息，它是通过对构成基因组的DNA分子进行测定而绘制的。
绘制物理图谱的目的是把有关基因的遗传信息及其在每条染色体上的相对位置线性而系统地排列出来。
转录图谱是在识别基因组所包含的蛋白质编码序列的基础上绘制的结合有关基因序列、位置及表达模式等信息的图谱。
比较基因组学：全基因组核苷酸序列的整体比较的研究。
特点是在整个基因组的层次上比较基因组的大小及基因数目、位置、顺序、特定基因的缺失等。
环境基因组学：研究基因多态性与环境之间的关系，建立环境反应基因多态性的目录，确定引起人类疾病的环境因素的科学。
宏基因组是特定环境全部生物遗传物质总和，决定生物群体生命现象。
转录组即一个活细胞所能转录出来的所有mRNA。
研究转录组的一个重要方法就是利用DNA芯片技术检测有机体基因组中基因的表达。
而研究生物细胞中转录组的发生和变化规律的科学就称为转录组学。
蛋白质组学：研究不同时相细胞内蛋白质的变化，揭示正常和疾病状态下，蛋白质表达的规律，从而研究疾病发生机理并发现新药。
蛋白组：基因组表达的全部蛋白质，是一个动态的概念，指的是某种细胞或组织中，基因组表达的所有蛋白质。
代谢组是指是指某个时间点上一个细胞所有代谢物的集合，尤其指在不同代谢过程中充当底物和产物的小分子物质，如脂质，糖，氨基酸等，可以揭示取样时该细胞的生理状态。
科学家发现“鸟枪法”DNA测序存在缺陷
科学家通过研究发现，目前通常用于大片段脱氧 核糖核酸（ＤＮＡ）测序的“鸟枪法”存在缺陷。 美国文特尔学会的３位科学家对“鸟枪法”进行 了重新研究，其中两位曾经参与
过该方法的开发。他们把利用“鸟枪法”绘制的 人类基因组草图和“人类基因组计划”公布的最 新草图进行了对比，发现“鸟枪法”无法测到人 类基因组中重复出现的ＤＮＡ片段，这
些片段占到基因组的３％至５％，对于理解遗传 性疾病具有重要意义。 负责此项研究的埃万艾希勒在接受媒体采访时说， 这个缺陷并不能抹杀“鸟枪法”的作用，在进行的手 段。最佳的ＤＮＡ测序法是，将两种测序方法相 结合：用“鸟枪法”进行整体测序，识别出“鸟 枪法”无法测序的区域，再通过传统方
法对这些区域测序。 “鸟枪法”是大名鼎鼎的美国塞莱拉遗传公司创 始人克雷格文特尔发明的，它是目前常用的两种 ＤＮＡ测序法中较为快捷的一种。传统的ＤＮＡ 测序法要通过
基因方法将ＤＮＡ片段放大，并在克隆的细菌中 对其测序，其过程繁琐复杂。“鸟枪法”则简单 地将ＤＮＡ片段打乱，然后通过强大的计算机运 算方法对其进行排序。２０００年塞莱
英国《新科学家》杂志网站２０日报道，美国科 学家通过研究发现，目前通常用于大片段脱氧核 糖核酸（ＤＮＡ）测序的“鸟枪法”存在缺陷。 美国文特尔学会的３位科学家对“鸟枪
法”进行了重新研究，其中两位曾经参与过该方 法的开发。他们把利用“鸟枪法”绘制的人类基 因组草图和“人类基因组计划”公布 英国《新科学家》杂志网站２０日报道，美国
拉公司和国际合作项目“人类基因组计划”分别 通过这两种方法绘制出人类基因组草图。
cas号查询
/zh/cas-registrynumber.html
蛋白检测的鸟枪法
百泰派克生物科技
蛋白检测的鸟枪法
鸟枪法（Shotgun）是一种基于“自下而上”策略的蛋白质质谱分析技术，它通过直接分析蛋白肽段进而实现对完整蛋白的分析，所以称之为“自下而上”。
进行鸟枪法蛋白质组学分析，首先要将完整蛋白质酶解消化为小分子肽段，然后利用质谱法检测经液相色谱分离后的肽段，根据肽段母离子的质谱数据如质荷比、离子峰强度等实现蛋白质的多种分析。
鸟枪法策略采用数据依赖型模式尽可能的采集所有肽段母离子的碎片信息，可以尽可能多的鉴定样品中的全部蛋白质，是一种高通量的蛋白质分析技术，可同时鉴定成百上千种蛋白质。
常见的Label Free、SILAC、TMT和iTRAQ等蛋白质定量技术都是基于鸟枪法进行的。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Q ExactiveHF质谱平台结合Nano-LC色谱，提供快速高效的鸟枪法蛋白质鉴定服务技术包裹，您只需要将您的实验目的告诉我们并将您的细胞寄给我们，我们会负责项目后续所有事宜，包括细胞培养、细胞标记、蛋白提取、蛋白酶切、肽段分离、质谱分析、质谱原始数据分析、生物信息学分析。
，欢迎免费咨询。
鸟枪法测序的基本原理
鸟枪法测序的基本原理
鸟枪法测序，也被称为全基因组霰弹法或全基因组随机测序，是一种用于测定生物基因组序列的方法。
其基本原理是首先将大分子DNA随机地“敲碎”成许多小片段，然后对这些小片段进行测序。
在测序过程中，由于这些小片段会有重叠区域，因此可以通过计算机将这些小片段整合起来，从而得到整个基因组的序列。
鸟枪法测序的优点在于其高通量和高覆盖率。
由于测序的是小片段而不是整个基因组，因此需要的测序数量大大减少，降低了测序的成本和时间。
同时，由于小片段之间存在重叠区域，因此可以通过比对算法将这些小片段拼接起来，获得全基因组的测序结果。
除了用于人类基因组的测序外，鸟枪法还广泛应用于动植物基因组的测序，以及其他微生物和病毒的基因组测序。
同时，由于鸟枪法测序的高覆盖率和高灵敏度，它还被用于基因突变检测、基因表达分析和表观遗传学研究等领域。
鸟枪法蛋白组学
鸟枪法蛋白组学
鸟枪法蛋白质组学是基于液相色谱和质谱技术的一种分析蛋白质组的方法，摆脱了传统凝胶分离技术的局限和不足。
百泰派克生物科技提供鸟枪法分析蛋白质组的服务。
鸟枪法蛋白组学
鸟枪法（shotgun）蛋白质组学是指将自下而上（bottom-up）的蛋白质组学技术结合使用高效液相色谱与质谱联用来鉴定复杂混合物中的蛋白质。
该名称源于DNA的鸟枪法（shotgun）测序。
鸟枪法蛋白质组学最常用的方法是从消化混合物中的蛋
白质开始，然后通过液相色谱法分离得到的肽段，接着使用串联质谱法鉴定肽段。
鸟枪法蛋白质组学允许鉴定样品全部蛋白质，并具有系统分析动态蛋白质组的能力。
它还避免了与完整蛋白质分析相关的中等分离效率和较差的质谱灵敏度。
常见的label free、SILAC和iTRAQ定量蛋白质组学分析都是基于鸟枪法进行的。
鸟枪法蛋白组学流程
鸟枪法蛋白组学实验中，首先是从样品中提取蛋白质，并用蛋白酶消化以产生肽段混合物。
然后将肽混合物直接上样到液相色谱柱上进行分离，分离后的肽段经电离成为离子，最后进入串联质谱（MS/MS）进行解析。
利用计算机根据设定好的运算
法则分析所得数据，可以从理论蛋白质数据库中检索出测得的肽段对应的蛋白质，从而确定样品中的蛋白质成分。
鸟枪法蛋白组学。
DNA片段序列测定的策略
原理：将待测 DNA 克 隆于噬菌体载体（M13） 上，然后通过一定手 段将待测 DNA 片断化 （DNA 片断化的手段 通常有超声波处理和 酶切），得到两端彼 此重叠的部位不同的 若干小片段，再测出 每一片段的序列，将 各片段的序列依次排 列，即能得出总的序 列。
鸟枪法原理示意图
大致步骤： 1.超声波处理：将DNA随机断裂 成一组相互重叠的300-900bp片 段，电泳回收300-600bp片断作 亚克隆 2.DNaseI切割：将DNA随机切割 成一组相互重叠的片段，作亚 克隆 3.限制酶消化：限制酶将DNA切 割为含粘端的DNA片段，作亚克 隆将上述含不同子片段的亚克 隆扩增后进行测序
DNA片段序列测定的策略
主 讲：刘天星 小组成员：孙凯 李幸
2012-6-7
1
一、DNA测序 二、主要测序策略
三、未来测序技术
一、DNA测序
DNA测序：对DNA分子的核苷酸排列顺序的测定，也就是测定组成 DNA分子的A、T、G、C的排列顺序。主要方法有桑格-库森法。 原理：在四种反应体系中，寡聚核苷酸分别终止于不同位置的A、 T、G或C碱基，将待测DNA片段转变成一系列放射性核素标记的单 链DNA片断，并使其一端为一固定的末端，而另一端由于长度不 同，成为一系列相差1个碱基的连续末端。经电泳分离，放射自 显影，可直接读出DNA的序列。
1、鸟枪法 2、缺失克隆法 3、引物步移 4、通用引物指导未知序列的测定
1、鸟枪法
鸟枪法（随机克隆测序）：将待测序列。当这些末端序列的数量达到一 定程度后，性党羽待测DNA片段的每一部位的序列也就 都被测定出来了。通过这些多测序列之间的重叠部分， 最终可将整个DNA片段的额序列拼接出来。 鸟枪法的优点是速度快，简单易行，成本较低。但用 它来测序，最终排序结果的拼接组装不太容易。
鸟枪法宏基因组学
鸟枪法宏基因组学
鸟枪法是一种常用的快速测序技术，可用于宏基因组学研究。
它的原理是利用高通量测序技术对DNA样品进行随机断裂，然后选择合适的片段进行测序。
与全基因组测序或靶向测序不同，鸟枪法测序的片段长度通常较短，且涉及更多的样品。
这种方法可以广泛应用于研究各种生物的基因组，例如微生物、植物和动物等。
在宏基因组学中，鸟枪法往往用于对环境中的微生物进行研究。
在这种情况下，样品通常是从环境中采集的土壤、水或空气等，然后进行DNA提取和鸟枪测序。
这种方法可以获得广泛的微生物群落信息，包括丰度和多样性等，并有助于研究微生物在环境中的生态学功能。
然而，在鸟枪法的测序结果中，也存在一些技术和分析误差。
比如，测序片段中可能包含环境污染物或人工引入物质，这些杂质会影响研究结论的可靠性。
因此，在宏基因组学研究中，鸟枪法需要结合其他检测和分析方法，综合评估微生物群落的特征和生态功能。
分子生物学答案
分子生物学答案分子生物学答案一、名词1、鸟枪法（Shotgun method）：使用基因组中的随机产生的片段作为模板进行克隆的方法。
使用限制性内切酶将带有目的基因的DNA链切成若干小段，再使用DNA连接酶将其整合到载体的基因中，并使其表达。
2、色氨酸操纵子（tryptophane operon）：负责色氨酸的生物合成，当培养基中有足够的色氨酸时，这个操纵子自动关闭，缺乏色氨酸时操纵子被打开，trp基因表达，色氨酸或与其代谢有关的某种物质在阻遏过程（而不是诱导过程）中起作用。
3、酶切图谱（Macrorestriction Map）：描述限制性内切酶的酶切点的位置和距离信息的图谱。
4、原位杂交（in situ hybridization）：将标记的核酸探针与细胞或组织中的核酸进行杂交，称为原位杂交。
5、结构域（domain）：是构成蛋白质三级结构的基本单元，是指生物大分子中具有特异结构和独立功能的区域，是蛋白质生理功能的结构基础，这种相对独立的区域性结构就称为结构域。
6、DNA杂交（Southern blotting）：又称为Southern杂交，即用放射性标记的探针与靶DNA进行杂交的技术。
7、基因组文库（genomic library）：用限制性内切酶切割细胞的整个基因组DNA，可以得到大量的基因组DNA片段，然后将这些DNA片段与载体连接，再转化到细菌中去，让宿主菌长成克隆。
这样，一个克隆内的每个细胞的载体上都包含有特定的基因组DNA片段，整个克隆群体就包含基因组的全部基因片段总和称为基因组文库（短答案：是指采用基因组克隆的方法，克隆的一套基因组DNA片段。
）8、粘性末端（cos site-carring plasmid）：当一种限制性内切酶在一个特异性的碱基序列处切断DNA时，就可在切口处留下几个未配对的核苷酸，叫做粘性末端。
9、一致序列（又称保守序列：conserved sequence）：遗传物质里的片段极少发生突变而且在不同生物中广泛存在。
微生物全基因组鸟枪法测序 Whole Microbial Genome Shotgun Sequencing
3: ; ; < >?@A>BC+,D!"#%&’E !: = ’ > :! & ’ ( ) # * ’ + $ % # . % 5 5 % 2 % ( % 9% ? % ) % + ) 5 ’ ( %: ; ; < 77 1 1 3
-!.! 82349:;<=>?@A " B?CDEFGH9: " IB?C82 3 4 F G H 9 : $ J + , C B ? K DL<M&’NO " PQ8234FGHRSTU % V W X Y Z [ 2 3 4 M 9 : \ ]$^ _ ‘ J + , 8 2 3 4 F GH9:!_abc % defgMhijk % lmn e o % pqSrstuvwxyz{|M}~" =xy k $ /01 ! J+, &8234 &FGH9: 23456 ! &!!! # $ % %!!! 789:; ! ! # 7<=6 ! " ’ ( %)$ * * ’ ’ " " ’ " %)" % ! ")" (
) !!* % ¢9:¬²³ M J + , ; < ¦ § ¨ Ñ J + , ( ÒÓÔ ) ) Q!! ’ ! % " Õª+ÖMJ + , ( S r L < M J + , u( [ !" ( ) !
Q " è + S : 1 B AZ , XQFGHYZyB? " - M 8 5
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
• 一般来说，目的基因的克隆战略分为两大类：
•
另一类是利用PCR扩增技术甚至化学合成法体外直接 合成目的基因，然后将之克隆表达。
目的基因的克隆战略
一 二 三 四 法 五 鸟枪法 cDNA法 PCR法 化学合成
•
片段长度不均一，粘性末端便于连接，但有可能使目 的基因断开，大小不可控
• （3）特定限制性内切酶全酶解
•
片段长度可控，含有粘性末端，目的基因完整
• 1.目的基因组DNA片段的制备
• 2. 外源DNA的全克隆 • 3.期望重组子的筛选
立）
• 菌落原位杂交法、基因产物功能检测法（筛选模型的建
• 4目的基因的定位
溶解法
低融点琼
脂
鸟枪法克隆目的基因的ห้องสมุดไป่ตู้限性
工作量较大，需要了解目的基因的背景知识
不能获得最小长度的目的基因
不能除去• 将某种生物体的全基因组或单一染色体切
成大小适宜的DNA片段，分别连接到载体 DNA上转化受体细胞，形成一套重组克隆， 从中筛选含有目的基因的期望重组子。进 而获得目的基因。
鸟枪法的基本程序
• 1.目的基因组DNA片段的制备 • （1）机械切割 • 如超声波处理：片段长度均一，大小可控，平末端 • （2）限制性内切酶部分酶解
鸟枪法操作的改进
使用特征性限制性内切酶切开染色体DNA
使用这一改进方法的前提条件是：目的基因的
酶切图谱已知。如果已知目的基因两端的酶切
口，可用该酶处理染色体DNA，然后与载体拼
接，这样可以保证目的基因的完整性，从而提
高重组子中目的重组子的出现频率
鸟枪法操作的改进
凝胶DNA片段回收 技术
冻融法 滤纸法 吸附法