最新pymol作图的一个实例
pymol做图简单教程
1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会把几个ligand当作一个2.Merge后export structure,存成pdb格式3.在pymol中打开.pdb4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/renameRename这个ligand,这里命名为lig5.选all,H(hide)everthing6.选lig，S(show)sticks7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon8.在后面的color调整颜色,这里ligand选by element2j50选white9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了10.然后再找氢键作用的残基，可以在上面直接点选，但最好找出氨基酸代码来选取（因为这里面点不准）Rename它们，以便以后好找，这里rename为res，show它们为line，color为by element11.再选display，将background改成white12.然后分别点选这几个res(因为颜色不同,所以很容易找出来),右键label/residuesbel出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了12.大体已经完成了,再进行一些修饰Setting/transparency/cartoon/50% 蛋白的透明度Setting/label/size 18调节字体的大小Setting/edit allcartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车) //或者输入命令Pymol>set cartoon_color white在改氢键的线型,在dash gap length width进行调整把虚线改好看点Stick也可以改细点13.电子密度1)首先,登陆http://eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白2)download maps3)选ccp4格式,generate map4)下载后解压,重命名为*p45)在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue6)选中lig,在PyMOL输入isomesh map,2j50.map,2.0,sele,carve=1.67)这样就从原来的map里iso出lig周围的蛋白的电子密度,把2j50.map_mesh关了就可以看见了然后再调整它的粗细电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.另外,ray 1900,980就能生成1900*980分辨率的图片,然后file/save image as输出.png。
摩尔条纹 python
摩尔条纹 python摩尔条纹（Moiré Pattern）是一种常见的视觉现象，它产生的原因是由于两个或多个具有规则或周期性结构的图案叠加在一起，形成了新的图案。
Python作为一种强大的编程语言，在图像处理和模式生成方面有着广泛的应用。
本文将探讨如何使用Python生成摩尔条纹，并介绍一些相关的技术和应用。
一、摩尔条纹的生成原理摩尔条纹的生成原理可以通过空间频率重叠的原理来解释。
当两个图案具有相似的空间频率时，它们在叠加时会产生干涉，从而形成摩尔条纹。
比如，当两个正方形网格相互叠加时，就会产生明暗相间的条纹。
在Python中，可以通过使用Matplotlib库和NumPy库来生成摩尔条纹。
Matplotlib库提供了丰富的绘图功能，而NumPy库用于进行数组运算和数值计算。
二、生成简单的摩尔条纹下面我们将使用Python生成一个简单的摩尔条纹示例：```pythonimport numpy as npimport matplotlib.pyplot as plt# 定义两个正方形网格的空间频率freq1 = 10freq2 = 12# 生成x、y坐标网格x, y = np.meshgrid(np.linspace(-1, 1, 500), np.linspace(-1, 1, 500))# 计算两个正方形网格的干涉图案pattern = np.sin(2*np.pi*freq1*x) + np.sin(2*np.pi*freq2*y)# 绘制摩尔条纹图像plt.imshow(pattern, cmap='gray')plt.axis('off')plt.show()```以上代码首先定义了两个正方形网格的空间频率，然后生成了x、y 坐标的网格。
接着，通过计算两个正方形网格的干涉图案，生成了摩尔条纹的图像。
最后，使用Matplotlib库中的imshow函数绘制了摩尔条纹的图像。
pymol教程
pymol教程
Pymol是一种用于分子可视化的软件工具，它可以让科学家和
研究人员更好地理解和展示分子结构和相互作用。
本教程将引导您使用Pymol进行一些基本的分子可视化操作。
1. 安装Pymol
在开始之前，您需要在计算机上安装Pymol软件。
您可以从
官方网站上下载适用于您的操作系统的最新版本。
安装完成后，启动Pymol。
2. 加载分子数据
在Pymol中，您可以加载各种不同格式的分子数据文件，包
括PDB、MOL2、XYZ等。
您可以从菜单栏中选择“File”-
>“Open”来加载一个分子文件。
3. 调整分子的显示样式
一旦分子文件加载完成，您可以使用Pymol的各种工具来调
整分子的显示样式。
例如，您可以选择隐藏或显示原子、调整原子的颜色和大小等。
4. 旋转和平移分子
Pymol允许您通过鼠标来旋转和平移分子。
按住鼠标左键并
拖动可以旋转分子的视角，按住鼠标右键并拖动可以平移分子的位置。
5. 添加和调整分子的标签
Pymol还支持添加和调整分子上的标签。
您可以选择一个原
子或残基，并在菜单栏中选择“Label”->“Atom”或“Residue”，然后在弹出的对话框中输入您想要显示的标签。
6. 创建和编辑分子图形
Pymol还提供了一些工具来创建和编辑分子图形。
您可以使用线条、球棒、面片等工具来可视化分子的结构和相互作用。
以上是使用Pymol进行基本分子可视化的简要教程。
希望这对您有所帮助！。
pymol使用教程
pymol使用教程PyMOL是一种图形化的分子可视化工具，它可以用于展示和分析蛋白质、DNA、RNA等分子结构。
下面是一份PyMOL使用教程，帮助你了解如何使用PyMOL进行分子可视化。
1.安装PyMOL2.打开和导入结构在PyMOL中，你可以通过点击菜单中的“File”->“Open”来打开一个已有的结构文件。
PyMOL支持多种结构文件格式，包括PDB、MOL2、SDF 等。
你也可以通过在命令行中输入“load 文件路径”来导入结构文件。
3.调整视图PyMOL提供了多种视图设置选项，可以通过鼠标右键点击图像来进行操作。
你可以旋转、平移和缩放结构，以便更好地观察分子。
此外，你还可以通过鼠标滚轮或点击菜单中的“View”->“Zoom”来放大或缩小结构。
4.显示分子PyMOL允许你显示分子的不同组成部分，例如原子、氢键、键、半径等。
你可以通过点击菜单中的“Display”进行选择。
你还可以通过命令行输入“show 选项”来显示特定的分子部分，例如“show sticks”用于显示分子键。
5.颜色设置PyMOL允许你为分子的不同组成部分设置不同的颜色。
你可以通过点击菜单中的“Color”进行设置。
例如，你可以将蛋白质的α-螺旋设置为红色。
“color 红色, 选择项”命令可以实现相同的效果。
6.制作表面PyMOL还支持制作分子表面，以更好地展示分子的形状和结构。
你可以点击菜单中的“Action”->“Surface”来创建分子表面。
你还可以通过命令行输入“show surface”来实现相同的效果。
7.保存和导出在PyMOL中，你可以点击菜单中的“File”->“Save Image”将当前视图保存为图片文件。
此外，你还可以使用命令行输入“pn g 文件路径”将图片保存为指定的路径。
PyMOL还支持导出结构文件，你可以点击菜单中的“File”->“Export”来导出结构文件。
pymol作图的一个实例演示教学
p y m o l作图的一个实例Pymol作图的实例这是一个只是用鼠标操作的初步教程Pdb文件3ODU.pdb打开文件pymol右侧All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象按钮A:代表对这个对象的各种action，S：显示这个对象的某种样式，H：隐藏某种样式，L：显示某种label，C：显示的颜色下面是操作过程：点击all中的H，选择everything，隐藏所有点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选择rename selection，窗口中出现，更改sele为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调整窗口使此分子清楚显示。
寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键：IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择red red，把氢键显示为红色。
接着再显示跟IDT形成氢键的残基点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。
注意此时selecting要是residures。
选择的时候要细心。
取消选择可以再次点击已选择的残基。
使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。
点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。
非常好的pymol教程
非常好的pymol教程Pymol是一款强大的分子可视化工具，它能够帮助生物学家、化学家和结构生物学家分析和可视化蛋白质、小分子和复杂化合物的结构。
本教程将向你展示Pymol的基本功能和操作步骤，以便你能够更好地理解和使用这个工具。
1. 安装Pymol：2.打开和导入分子结构：打开Pymol软件后，你将看到一个主界面。
你可以通过点击菜单栏上的“File”选项或使用快捷键Ctrl+O来打开分子结构文件。
Pymol支持多种主流的分子结构文件格式，如PDB、CIF和XYZ等。
选择你想要导入的分子结构文件，然后点击“Open”按钮。
3.调整视图和颜色：一旦成功导入分子结构，你可以通过使用鼠标右键和滚动调整视图。
拖动鼠标右键可以旋转分子，滚动滚轮可以缩放分子。
此外，你还可以在菜单栏的“Display”选项下调整分子的颜色、图形和材质。
4.选择和操作分子的部分结构：要选择和操作分子的部分结构，你可以使用菜单栏上的“Select”选项或使用快捷键Ctrl+Shift+A。
在打开的“Selection”对话框中，你可以输入选择命令来选择具体的分子结构，比如选择指定的氨基酸残基或原子。
选择完成后，你可以对所选结构进行操作，如旋转、平移、放大等。
5.显示分子间的非共价相互作用：Pymol能够计算并显示分子间的非共价相互作用，比如氢键、离子键和范德华力等。
你可以在菜单栏的“Display”选项下选择“Nonbonded”来显示非共价相互作用。
这将帮助你更好地理解和分析分子的结构和性质。
7.绘制分子的电子密度图：Pymol允许你绘制分子的电子密度图，以更好地理解其结构和性质。
你可以在菜单栏的“Display”选项下选择“Map”来打开“Maps”功能。
然后选择你想要的地图类型和参数，点击“Apply”按钮来生成电子密度图。
你可以使用鼠标右键和滚动调整绘制的电子密度图。
通过以上步骤，你已经了解了Pymol的基本功能和操作。
绘制洛伦兹曲线实例
绘制洛伦兹曲线实例洛伦兹曲线是描述物理学中的一种曲线，用于描述流体或气体的速度分布。
这里我们将使用Python的matplotlib库来绘制洛伦兹曲线的实例。
首先，我们需要导入matplotlib库和numpy库，用于绘制曲线和进行数学计算。
请确保你已经安装了这些库。
```pythonimport matplotlib.pyplot as pltimport numpy as np```接下来，我们定义洛伦兹方程的微分方程组，即速度变化的微分方程。
洛伦兹方程包括三个变量：x、y和z，以及三个参数：σ、ρ和β。
这些参数用于控制曲线的形状。
```pythondef lorenz_equations(state, t, sigma, rho, beta):x, y, z = statedxdt = sigma * (y - x)dydt = x * (rho - z) - ydzdt = x * y - beta * zreturn [dxdt, dydt, dzdt]```然后，我们定义绘制洛伦兹曲线的函数。
该函数使用scipy库的odeint函数来求解微分方程，并用matplotlib库绘制曲线。
```pythondef plot_lorenz_curve(sigma, rho, beta):t = np.arange(0, 30, 0.01)initial_state = [1, 1, 1]states = odeint(lorenz_equations, initial_state, t, args=(sigma, rho, beta))x = states[:, 0]y = states[:, 1]z = states[:, 2]fig = plt.figure()ax = fig.gca(projection='3d')ax.plot(x, y, z)ax.set_xlabel('X')ax.set_ylabel('Y')ax.set_zlabel('Z')plt.show()```最后，我们调用plot_lorenz_curve函数，并传入sigma、rho和beta的值来绘制洛伦兹曲线。
pymol做图简单教程
pymol做图简单教程1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会把几个ligand当作一个2.M erge后export structure,存成pdb格式3.在pymol中打开.pdb4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/renameRename这个ligand,这里命名为lig5.选all,H(hide)everthing6.选lig，S(show)sticks7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon8.在后面的color调整颜色,这里ligand选by element2j50选white9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了bel出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了12.大体已经完成了,再进行一些修饰Setting/transparency/cartoon/50% 蛋白的透明度Setting/label/size 18调节字体的大小Setting/edit allcartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车)//或者输入命令Pymol>set cartoon_color white在改氢键的线型,在dash gap length width进行调整把虚线改好看点Stick也可以改细点13.电子密度1)首先,登陆http://eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白2)d ownload maps3)选ccp4格式,generate map4)下载后解压,重命名为*p45)在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue6)选中lig,在PyMOL输入isomesh map,2j50.map,2.0,sele,carve=1.67)这样就从原来的map里iso出lig周围的蛋白的电子密度,把2j50.map_mesh关了就可以看见了然后再调整它的粗细电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.另外,ray 1900,980就能生成1900*980分辨率的图片,然后file/save image as输出.png。
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Pymol作图的实例
这是一个只是用鼠标操作的初步教程
Pdb文件3ODU.pdb
打开文件
pymol右侧
All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象
按钮A:代表对这个对象的各种action，
S：显示这个对象的某种样式，
H：隐藏某种样式，
L：显示某种label，
C：显示的颜色
下面是操作过程：
点击all中的H，选择everything，隐藏所有
点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质
点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择
点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体
点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选
择rename selection，窗口中出现，更改sele
为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调
整窗口使此分子清楚显示。
寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键：
IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in
object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择
red red，把氢键显示为红色。
接着再显示跟IDT形成氢键的残基
点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。
注意此时selecting要是
residures。
选择的时候要细心。
取消选择可以再次点击已选择的残基。
使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。
点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键
，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。
在all 行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。
点击w行s 选择nb-spheres.
到目前为止已经差不多了
下面是一些细节的调整
残基名称位置的调整：点击右下角是3-button viewing
转变为3-button viewing editing，这样就可以编辑修改
pdb文件了，咱们修改的是label的位置。
按住ctrl键点击窗口中的残基名称label，鼠标拖拽到适合的部位，是显示更清晰。
然后调整视角方向直到显示满意为止，这时就可以保存图片了，file>>save image as>>png
这样的图片勉强能用，为了得到更高质量和更漂亮得图片在作如下处理
Setting >> cartoon>>highlight color
Setting >> cartoon>>fancy helix
Setting >> transperency>>cartoon>>50% 调节透明度
Setting >>label>>size 可以调节label字体大小
Display>>background color>>white 背景设置为白色
此时窗口中的图像应该不怎么好看，点击右上角的ray
，等待一会，完成后就发现图片好多了，这时千万不要再在图片上点击了，赶快保存图片。
最后再介绍几个命令，还是命令更厉害
set label_size,28 设置字体大小
在最后一步ray的时候，可以输入命令ray，要得到其他分辨率的图片可以打命令ray x,y
如ray 2000,1400就生成2000*1400分辨率的图片。
打包的文件包括3ODU.pdb 3ODU.pse 1.png 2.png打开pse文件可以直接看到制作完成时的样子
飞毛腿2011-4-18 六年级上册语文第一次月考（三）
一、看拼音，写词语。
（5分）
xiǎo xiàng（）里传出了yōu yáng（）的琴声，是谁在为路人yǎn z òu（）？连那qí n miǎn（）的蚂蚁也停下了奔忙的脚步。
二、给带点的字选择正确的读音画上“”线。
（3分）
唱和．（héhè）吟诵．（yǒng sòng）刚劲．（jìn jìng）
哈．达（hāhǎ）要挟．（xiá xié）沮丧．（sāng sàng）
三、写出同音字，把词语补充完整。
（4分）
mì静（）奥（）蜂（）（）集
yùn 音（）（）含（）船（）育
四、请你为“肖”字加上偏旁，组成新的字填在空格里。
（3分）
陡（）的悬崖胜利的（）息俊（）的奶娘
（）好的铅笔弥漫的（）烟畅（）的商品
五、用“和”字组词并填空。
（2分）
中国经济发展需要良好的外部环境，只有国际（），国内（），两岸和解，才能实现中国的和平崛起。
六、把下面的成语补充完整。
（3分）
（）崖峭壁行色（）（）（）（）讥笑
（）（）安席（）（）望重可见一（）
七、“俏丽、斑斓、粗壮、优美”是《草虫的村落》中的词语，请让它们走进新的语境。
（4分）
（）的大树旁，有一片色彩（）的野花，蝴蝶穿着（）的彩衣来了，高兴得在花丛中跳起了（）的舞蹈。
八、在括号里填上带点词语的反义词。
（3分）
1、我对母亲的怀念之情竟越发增强
．．，丝毫没有因为岁月的流逝而（）。
2、天空逐渐暗下来，原来清晰
．．的景物，一下子都变得（）。
3、京张铁路的提前竣工，极大地鼓舞
．．了中国人民的士气，给藐视中国人帝国主义者一个沉重的（）。
九、按要求写句子。
（7分）
1、我就不相信，这些小精灵会不爱我们祖国的海岛，会不愿在这里安居乐业。
改为肯定句：
2、它们的村子散布在林边缘的小丘上。
缩句：
3、我随手把生日礼物郑重地交给妈妈。
修改病句：
4、根据《詹天佑》课文内容用“虽然……但是……”说一句话：
5、有些战士灰心了，撅着嘴巴，说：“西瓜嫌我们的岛艰苦，不愿在这里安家。
”
改为第三人称转述：
6、仿写句子。
（2分）
你好，清凉的山泉！你捧出一面明镜，是要我重新梳妆吗？
十、学以致用。
（4分）
1、我捡起一朵落花，拾起一片落叶，我看到了它们蕴含的生命的奥秘，这时不禁想起龚
自珍的诗
句：。
2、秋天来了，树叶一片片往下落，唯有野菊花在山中开得正欢，难怪元稹用
“
”来表达自己对它的喜爱之情。
3、母爱是世界上最伟大的爱，做儿女的怎么能够报答得了母亲的爱呢？这使我们想起了
诗
句：。
4、关于爱国的名言，我记住了邓小平爷爷的一句
话：。
十一、回想课文内容填空。
（11分）
1、《草虫的村落》一文中的“游侠”指，村落
指。
（2分）
2、“彩色的翅膀”借指蝴蝶等小昆虫，也象
征。
（1分）
3、《山中访友》：山中的古桥、、等朋友给了“我”好心情，好记忆。
4、詹天佑是我国杰出的爱国工程师。
课文
从、、三个方面叙述詹天佑主持修筑京张铁路的过程，他根据居庸关、八达岭不同的山势创造性地设计
了、两种施工方法。
作为一名中华少年，我想对詹天佑说：。
（6分）
十二、选择题。
（5分）
1、下列说法错误的一项是（）。
A、“望”按部首查字法，应查部首“王”部，在“德高望重”中的理解为“名望”。
B、“水”字应按“先中间后两边”的笔顺规则写。
C、“亚”和“凸”两个字笔画数都相同。
D、“甲”按音序查字法，应查音序“J”，“花甲”指六十岁。