pymol作图的一个实例
PyMOL使用入门
生物大分子三维结构显示技术讲义PyMOL使用入门耿存亮2012年10月09日1.PyMOL简介PyMOL是一款生物大分子三维结构显示软件，其中“Py”是指此软件使用Python语言编写，“MOL”是指Molecule。
PyMOL官网是，发展历史和软件更新动态可在此查询。
PyMOL的学习网站是，若想用好PyMOL，此网站是必上网站，其实这一个也就够了。
2.PyMOL入门2.1模式显示及颜色显示PyMOL既可以鼠标操作也可以命令操作，但是命令操作可以完成许多鼠标难以完成的任务。
下面就以实例来认识一下PyMOL。
打开PyMOL软件后，首先要特别注意的是当前工作路径。
在命令框输入命令并回车pwd即可显示当前工作路径，默认路径是PyMOL的安装路径。
一般不把文件保存在安装路径下，所以需修改当前工作路径，而且路径不能有汉字，比如改为D盘，输入命令并回车cd d:再用pwd命令查看一下当前工作路径。
如下图所示：pwd: print working direction cd: change direction命令很方便很简单很神奇吧O(∩_∩)O~其次要注意的是保证鼠标是三键式的，滚轮可用作中键。
如果像苹果机一样只有一个按键或没有中键的话，还是赶紧换个鼠标吧。
好了，现在下载一个PDB文件，如何下载呢当然可以去PDB网站下载，但是打开网页多麻烦啊，如果能用PyMOL直接下载该多好啊，那就试一试fetch命令吧！下载纤维素外切酶CBHI和纤维素糖链的复合物晶体结构，PDB号是7cel，输入命令fetch 7cel稍等片刻，就会下载完毕并显示如下：刚才说到三键式鼠标，那么三个键都有什么用呢按住左键滑动会旋转结构（rotate），按住中键滑动会移动结构（move），按住右键滑动会缩放结构（move zoom）。
这个不用记，多按几下就熟了，实在忘了在右下角有提示的，如下图下载打开7cel 的pdb文件后，在all小框下面会出现7cel小框，后面还跟着几个按键ASHLC，这几个按键后面会一点点介绍。
pymol做图简单教程
1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会把几个ligand当作一个2.Merge后export structure,存成pdb格式3.在pymol中打开.pdb4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/renameRename这个ligand,这里命名为lig5.选all,H(hide)everthing6.选lig，S(show)sticks7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon8.在后面的color调整颜色,这里ligand选by element2j50选white9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了10.然后再找氢键作用的残基，可以在上面直接点选，但最好找出氨基酸代码来选取（因为这里面点不准）Rename它们，以便以后好找，这里rename为res，show它们为line，color为by element11.再选display，将background改成white12.然后分别点选这几个res(因为颜色不同,所以很容易找出来),右键label/residuesbel出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了12.大体已经完成了,再进行一些修饰Setting/transparency/cartoon/50% 蛋白的透明度Setting/label/size 18调节字体的大小Setting/edit allcartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车) //或者输入命令Pymol>set cartoon_color white在改氢键的线型,在dash gap length width进行调整把虚线改好看点Stick也可以改细点13.电子密度1)首先,登陆http://eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白2)download maps3)选ccp4格式,generate map4)下载后解压,重命名为*p45)在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue6)选中lig,在PyMOL输入isomesh map,2j50.map,2.0,sele,carve=1.67)这样就从原来的map里iso出lig周围的蛋白的电子密度,把2j50.map_mesh关了就可以看见了然后再调整它的粗细电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.另外,ray 1900,980就能生成1900*980分辨率的图片,然后file/save image as输出.png。
pymol作图的一个实例演示教学
p y m o l作图的一个实例Pymol作图的实例这是一个只是用鼠标操作的初步教程Pdb文件3ODU.pdb打开文件pymol右侧All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象按钮A:代表对这个对象的各种action，S：显示这个对象的某种样式，H：隐藏某种样式，L：显示某种label，C：显示的颜色下面是操作过程：点击all中的H，选择everything，隐藏所有点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选择rename selection，窗口中出现，更改sele为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调整窗口使此分子清楚显示。
寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键：IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择red red，把氢键显示为红色。
接着再显示跟IDT形成氢键的残基点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。
注意此时selecting要是residures。
选择的时候要细心。
取消选择可以再次点击已选择的残基。
使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。
点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。
pymol做图简单教程
pymol做图简单教程1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会把几个ligand当作一个2.M erge后export structure,存成pdb格式3.在pymol中打开.pdb4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/renameRename这个ligand,这里命名为lig5.选all,H(hide)everthing6.选lig，S(show)sticks7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon8.在后面的color调整颜色,这里ligand选by element2j50选white9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了bel出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了12.大体已经完成了,再进行一些修饰Setting/transparency/cartoon/50% 蛋白的透明度Setting/label/size 18调节字体的大小Setting/edit allcartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车)//或者输入命令Pymol>set cartoon_color white在改氢键的线型,在dash gap length width进行调整把虚线改好看点Stick也可以改细点13.电子密度1)首先,登陆http://eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白2)d ownload maps3)选ccp4格式,generate map4)下载后解压,重命名为*p45)在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue6)选中lig,在PyMOL输入isomesh map,2j50.map,2.0,sele,carve=1.67)这样就从原来的map里iso出lig周围的蛋白的电子密度,把2j50.map_mesh关了就可以看见了然后再调整它的粗细电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.另外,ray 1900,980就能生成1900*980分辨率的图片,然后file/save image as输出.png。
pymol作图的一个实例
Pymol作图的实例这是一个只是用鼠标操作的初步教程Pdb文件3ODU.pdb打开文件pymol右侧All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象按钮A:代表对这个对象的各种action，S：显示这个对象的某种样式，H：隐藏某种样式，L：显示某种label，C：显示的颜色下面是操作过程：点击all中的H，选择everything，隐藏所有点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质点击3ODU中的C，选择by ss，以二级结构分配颜色，选择点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选择rename selection，窗口中出现，更改sele为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择by element，选择，，调整窗口使此分子清楚显示。
寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键：IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms inobject ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择red red，把氢键显示为红色。
接着再显示跟IDT形成氢键的残基点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT 以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。
注意此时selecting要是residures。
选择的时候要细心。
取消选择可以再次点击已选择的残基。
使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。
点击S1行的S选择sticks，C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。
pymol蛋白相作结果surface
pymol蛋白相作结果surface
下面是使用PyMol渲染蛋白质结构的示例：
●from pymol import cmd
●读取蛋白质结构
●cmd.load(1bcy.pdb)
●创建表面
●cmd.surface(protein,protein)
●设置表面颜色
●cmd.color(gray,protein)
●显示表面
●cmd.show(surface,protein)
这段代码将读取名为1bcy.pdb的蛋白质结构。
然后，它将创建一个表面，并将其命名为protein。
最后，它将设置表面的颜色为灰色，并显示表面。
渲染的表面如下所示：
可以使用PyMol提供的各种工具来调整表面的颜色、透明度和其他属性。
例如，可以使用以下命令来更改表面的颜色：cmd.color(red,protein)
这将将表面的颜色更改为红色。
还可以使用PyMol来渲染蛋白质结构的其他方面，例如残基、接口和氢键。
例如，以下命令将渲染蛋白质结构的所有残基：cmd.show(sticks,protein)这将将蛋白质结构的所有残基以棍棒状显示。
PyMOL概述及实例简析
http://eds.bmc.uu.se/eds/
13
三.应用实例-黄素氧还蛋白
黄素氧还蛋白
– 细菌中的常见蛋白，通过结合 FMN 参与电子传递。
异咯嗪
核糖醇 磷酸
黄素单核苷酸（FMN）
14
Sancho J. (2006) Cell Mol Life Sci
黄素氧还蛋白家族分类
长链蛋白 短链蛋白
更改透明度
PyMOL>set transparency=0.25
26
->action->preset->ligand sites->cartoon
27
实例3.晶体对称性
PyMOL>symexp sym, 1AHN,1AHN,5 #创建对称相关的对象
PyMOL>hide(not(1AHN expand 5)) #隐藏距离1AHN大于5Å
16
大肠杆菌中的黄素氧还蛋白
90‗s 50‘s
FldA FldB MioC YqcA
长链蛋白 短链蛋白
FldA: flavodoxin A FldB: flavodoxin B MioC: locates next to the chromosomal replication initiation origin (oriC) YqcA:??
载入结构 上色
PyMOL> color purple, ss h PyMOL> color yellow, ss s PyMOL> color green, ss ―‖
静电力学
->Action ->generate ->vaccum electrostatics
[转载]PyMOL用法（教程四）
![[转载]PyMOL用法（教程四）](https://img.taocdn.com/s3/m/0369c47049d7c1c708a1284ac850ad02de800772.png)
[转载]PyMOL⽤法（教程四）原⽂地址：PyMOL⽤法（教程四）作者：娴⽽静学关于label在显⽰⼀个蛋⽩结构的某个细节的时候，常常会需要给某些重要的氨基酸打上标签，这就需要⽤到label命令。
label的命令格式如下：Pymol> label [selection, [expression]]selection当然就是你要加标签的对象，expression就是标签的内容，可选的有：name, resn, resi, chain等等。
你也可以组合使⽤它们。
expression也可以是你⾃定义的⼀段内容，这时候只要把内容⽤引号包含起来就⾏：Pymol> label selection, "user-defined expression"在下⾯这个例⼦中，我想把glucosyltransferase中UDP-Glucose的binding pocket标注出来：⾸先说明⼀下，该pdb⽂件中A链是蛋⽩质，B链是UDP-Glucose。
Pymol> load glucosyltransferase.pdb, tmpPymol> extract upg, chain bPymol> extract pro, chain aPymol> delete tmpPymol> select near, pro within 4.5 of upgPymol> hide allPymol> show sticks, upgPymol> show lines, nearPymol> label near, ("%s/%s") % (resn, resi)#("%s/%s"): 设定显⽰格式。
上⾯的图看起来有点乱，因为默认Pymol在每个原⼦上都打上了标签。
要想看起来顺眼点，需要⼀点加⼯。
在这之前，让我们先看⼀下关于label的其他设置：投影模式投影模式，可选值0（⽆投影），1（object有投影到label上，但是label本⾝⽆投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label本⾝有投影）:Pymol> set label_shadow_mode, 3⽂字颜⾊⽂字颜⾊：Pymol> set label_color, color-name, selection标签⽂字的轮廓的颜⾊，这样就让在例如⽩⾊背景上加⽩⾊标签成为了可能：标签⽂字的轮廓的颜⾊Pymol> set label_outline_color, [color-name, [selection]]字体，pymol内置了12种字体，编号从5－16。
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Pymol作图的实例
这就是一个只就是用鼠标操作的初步教程
Pdb文件3ODU、pdb
打开文件
pymol右侧
All指所有的对象,2ODU指刚才打开的文件,(sele)就是选择的对象
按钮A:代表对这个对象的各种action,
S:显示这个对象的某种样式,
H:隐藏某种样式,
L:显示某种label,
C:显示的颜色
下面就是操作过程:
点击all中的H,选择everything,隐藏所有
点击3ODU中的S,选择cartoon,以cartoon形式显示蛋白质
点击3ODU中的C,选择by ss,以二级结构分配颜色,选择
点击右下角的S,窗口上面出现蛋白质氨基酸序列,找到1164位ITD,就是配体
点击选择ITD ,此时sele中就包含ITD这个残基,点击(sele)行的A,选择rename
selection,窗口中出现,更改sele为IDT,点击
(IDT)行的S选择sticks,点击C,选择by element,选择,,调整窗口使此分子清楚显示。
寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键:
IDT行点击A 选择find,选择polar contacts,再根据需要选择,这里选择to other atoms in object ,
分子显示窗口中出现几个黄色的虚线,IDT行下面出现了新的一行
,这就就是氢键的对象,点击这一行的C,选择red red,把氢键显示为红色。
接着再显示跟IDT形成氢键的残基
点击3ODU行的S,选择lines,显示出所有残基的侧链,使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT以红色虚线相连的残基,分别点击选择这些残基。
注意此时selecting要就是
residures。
选择的时候要细心。
取消选择可以再次点击已选择
的残基。
使用上述的方法把选择的残基(sele)改名为s1。
点击S1行的S选择sticks,C选择by elements,点击L选择residures显示出残基名称、在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基,另一个找不到,这就是因为这个氢键可能就是与水分子形成的,水分子在pdb文件中只用一个O表示,sticks显示方式没有显示出
来水分子,点击all行S选择nonbonded,此时就瞧到一个水与N形成氢键,点击分子空白处,然后点击选择这个水分子,更改它的名字为w。
在all行点击H,选择lines,在选择nonbonded,把这些显示方式去掉只留下cartoon。
点击w行s选择nb-spheres、
到目前为止已经差不多了
下面就是一些细节的调整
残基名称位置的调整:点击右下角就是3-button
viewing 转变为3-button viewing editing,这样就可以编
辑修改pdb文件了,咱们修改的就是label的位置。
按住ctrl键点击窗口中的残基名称label,鼠标拖拽到适合的部位,就是显示更清晰。
然后调整视角方向直到显示满意为止,这时就可以保存图片了,file>>save image as>>png
这样的图片勉强能用,为了得到更高质量与更漂亮得图片在作如下处理
Setting >> cartoon>>highlight color
Setting >> cartoon>>fancy helix
Setting >> transperency>>cartoon>>50% 调节透明度
Setting >>label>>size 可以调节label字体大小
Display>>background color>>white 背景设置为白色
此时窗口中的图像应该不怎么好瞧,点击右上角的ray ,等待一会,完成后就发现图片好多了,这时千万不要再在图片上点击了,赶快保存图片。
最后再介绍几个命令,还就是命令更厉害
set label_size,28 设置字体大小
在最后一步ray的时候,可以输入命令ray,要得到其她分辨率的图片可以打命令ray x,y
如ray 2000,1400就生成2000*1400分辨率的图片。
打包的文件包括3ODU、pdb 3ODU、pse 1、png 2、png打开pse文件可以直接瞧到制作完成时的样子
飞毛腿2011-4-18。