CADD实验手册
models)” ，执行“File-Save PDB”操作，选择路径和文件名，保存文件，得到 天然配体的 pdb 文件。 随堂软件练习 1. 从 /pdb/home/home.do 上下载下面的蛋白质 其 ID 为 1BYQ 1UY8 1UYH 2BSM 2XDL 2.画出小分子的结构图，写出小分子 5 埃范围内的氨基酸 3.描述小分子与蛋白质的氢键相互作用，绘制氢键网络图 4 描述小分子与蛋白质的疏水相互作用，绘制疏水表面图。 格式可参照如下文献： GU Hui, et al. Chinese Sci Bull 8(2010) Vol.55 No.24: 2677−2683 Hsp90 抑制剂的研究进展，中国抗生素杂志 2011 年 4 月第 36 卷第 4 期 241-248
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同源建模 By：刘源 一、 背景知识介绍 目前对于蛋白质的实验解析方法主要包括两大类：(1)基于 X 射线晶体衍射 图法 （X-ray crystallography） 和中子实验衍射法； (2)基于核磁共振法(nuclear magnetic resonance,NMR)、圆二色谱法、激光拉曼光谱法、荧光光谱法等的蛋 白质溶液结构测定方法。采用 X 射线晶体衍射法可以得到稳定态的蛋白质结构， 但是很难捕捉到过渡态的蛋白质结构。另外，很多大蛋白体系很难得到晶体，因 此采用实验法来测定蛋白质结构受到了极大的局限。所以，目前对于蛋白质结构 的预测仍然在很大程度上依赖于同源蛋白预测技术。 然而同源蛋白预测的准确性 依赖于跟模板蛋白序列的同源程度（sequence 6tity） 。如果序列同源性很低， 预测的结果可信度就低，反之则高。同源模建（homology modeling）是同源蛋 白预测技术中最重要的一门技术。 同源模建的基本假设是序列的同源性决定了三 维结构的同源性，一个未知结构的蛋白（target protein）可以通过与之序列同 源且结构已知的蛋白（template protein）来进行预测。一般来讲，若蛋白序列 （目标序列）与模板蛋白序列同源性在 50%以上时，所得到的目标蛋白结构具有 很高的准确性；若蛋白序列（目标序列）与模板蛋白序列同源性在 30%-50%之间 时，所得到的目标蛋白结构具有较高的准确性；若蛋白序列（目标序列）与模板 蛋白序列同源性在 30%以下时，所得到的目标蛋白结构的准确性往往可信度较 差。 同源模建的基本过程包括：同源蛋白的搜索、序列比对、模型构建、模型 优化与模型评价。下面逐一介绍。 二、操作步骤 1.目标序列的下载 在网站 /sprot/上输入想要下载的蛋白质名称， 可以找到相应蛋白质的序列 选中所有序列，点击右下方出现的 retrieve 键 下载 FASTA 格式的序列 2.序列准备 将 模 板 的 序 列 通 过 analysis→Sequence 另存导出 按照 N 端、TM1、IL1、TM2、EL1……对目标蛋白以及模板蛋白的序列进 行分类 在 /Tools/msa/clustalw2/网站上进行序列分段
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子与其配体之间相互作用的分子对接软件，主要用于小分子与其受体的对接，但 也可用于小肽和其受体的对接。Autodock 是采用模拟退火和遗传算法来寻找受 体和配体最佳的结合位置， 用半经验的自由能计算方法来评价受体和配体之间的 匹配情况。最新的版本为 3．05(Goodselll996，Morrisl996，Morrisl998， Raol999，Osterberg2002)。 二、操作步骤 1、用 Autodock 打开 pdb 格式的受体，加极性氢加电荷，再保存为 pdb 格式文 件。 （具体操作过程：File→Read molecule Edit→Charges→Add kollman charges Edit→Hydrogens→Add File→Save→Write .pdb） 2、打开 pdb 格式的配体，观察可扭转的化学键个数，并导出为 pdbqt 格式文 件。 （具体操作过程：Ligand→Input→open Ligand→Torsion Tree→Choose Torsions→Done Ligand→Output→Save as .pdbqt） 3、选择受体并保存为 pdbqt 格式，再选定配体，以配体为中心画盒子，导出 为 gpf 格式的文件。 （具体操作过程：Grid→Macromolecule→choose→receptor→save as pdbqt Grid→Set map types→choose→ligand Grid→Grid box→center on ligand(此处可调节盒子 的大小) File→close saving current Grid→Output→save .gpf） 4、设置构象数并输出.dpf 格式文件。 （具体操作过程：Docking→Macromolecule→set rigid filename Docking→Ligand→choose Docking → Search parameter → genetic algorithm → (Number of GA Runs 50;Population Size 150)accept Docking→Docking parameters→accept Docking→Output→Lamarckian GA→.dpf）
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Autodock 的基本操作 一、背景介绍 分子对接计算是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补、 能量互补以及化学环境互补的原则来实时评价配体与受体相互作用好坏， 并找到 两个分子之间最佳的结合模式。分子对接是从整体上考虑配体与受体结合的效 果，能比较好地避免其他方法中容易出现的局部作用较好而整体结合欠佳的情 况。分子对接在药物设计中具有十分重要的意义。在药物分子产生药效反应的过 程中，药物分子与靶酶相互结合，首先就需要两个分子充分接近，采取合适的取 向，使两者在必要的部位相互契合，发生相互作用，继而通过适当的构象调整， 得到一个稳定的复合物构象。 分子对接的目的是找到底物分子和受体分子之间最 佳的结合位置。在药物设计中，分子对接方法主要用来从小分子数据库中搜寻与 受体生物大分子有较好亲和力的小分子，进行药理测试，从中发现新的先导化合 物。 分子对接的最初思想起源于“锁和钥匙模型” ，即“一把钥匙开一把锁” 。当 然， 分子对接如药物分子与靶酶分子之间的识别要比 “锁和钥匙” 模型复杂得多。 首先底物分子和靶酶分子的构象是变化的，而不是刚性的，底物分子和靶酶分子 在对接过程中互相适应对方，从而达到更完美的匹配。其次，分子对接不仅要满 足空间形状的匹配，还要满足能量的匹配，底物分子与靶酶分子能否结合以及结 合的强度最终是由形成此复合物过程的结合自由能变化决定的。互补性 (complementarity)和预组织(pre—organization)是决定分子对接过程的两个 重要原则，前者决定识别过程的选择性，后者决定识别过程的键合能力。其中互 补性包括空间结构的互补性和电学性质的互补性。 分子对接的种类主要包括： ①刚体对接：指在对接过程中，研究体系的构象不发生变化。适合考 察比较大的体系，如蛋白质和蛋白质间以及蛋白质和核酸之间的对接。 ②半柔性对接：指在对接过程中，研究体系尤其是配体的构象允许在 一定的范围内变化。适合处理大分子和小分子间的对接，对接过程中，小 分子的构象一般是可以变化的，但大分子是刚性的。 ③柔性对接：指在对接过程中，研究体系的构象基本上可以自由变化 的。一般用于精确考虑分子间的识别情况。由于计算过程中体系的构象可 以变化，所以计算耗费最大。 目前应用较为广泛的分子对接方法包 括 ： Dock ， Autodock ， Fiexx ， Affinity，Gold 等。 AutoDock 是由 Scripps Research Institute 开发的一款用于预测生物大分
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Tools-Structure Analysis-FindHBond（选择如下图所示）-OK 我们会看到浅蓝色的氢键。
பைடு நூலகம்
3. 蛋白质分子表示为 Ribbon 形式 Presets-Interactive1（ribbons） 4. 形成蛋白质分子的疏水表面，并观察其与小分子的疏水作用 Presets-Interactive1（hydrophobicity surface） Select-Chain-A-Actions-Surface-Transparency（可以选择透明度，透过疏 水表面能够看到小分子和带状的蛋白质） 补充说明： 通常受体蛋白 pdb 都是从 RCSB Protein Data Bank 中下载的，其晶体衍射 结构中通常含有水分子、Cl 原子等无关分子，此外蛋白质中可能含有金属元素 和天然配体，这些都会对疏水作用的分析产生影响。 ①保存蛋白质的 pdb 文件： 在 “ File-Open ” 中 打 开 下 载 的 pdb 文 件 ， 执 行 “ Select-Residue-all nonstandard ” 操 作 ， 即 选 中 所 有 无 关 原 子 ， 再 执 行 “Actions-Atoms/Bonds-delete”操作，这样就把原来的 pdb 文件删的只剩下蛋 白质氨基酸序列，执行“File-Save PDB”操作，选择路径和文件名，保存文件， 得到蛋白质的 pdb 文件。 ②保存天然配体的 pdb 文件： 在 “ Select-Residue ” 中 选 择 天 然 配 体 ， 再 执 行 “ Select-Invert(all
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Chimera 的基本操作 一、软件介绍 UCSF Chimera 是由美国加州大学圣迭亚哥分校 CGL 实验室（UCSF Computer Graphics Laboratory，CGL)开发的一个生物学软件。UCSF Chimera 是一个高度 可扩充的、交互式的分子结构显示、分析系统。Chimera 可以读取多种格式的分 子结构和相关数据，并用不同的方式显示出来，还能够生成高质量的图像、动画 以便于印刷、展示。Chimera 还可以：显示、分析电镜密度图；利用对称性来显 示高度有序的结构；显示多序列比对；允许做分子动力轨道和锚定（docking） 分析。 Chimera 对学术、政府、非盈利性和个人的使用是免费的，并有很多文 档 、 指 南 来 指 导 初 学 者 使 用 。 Chimera 可 以 在 各 种 平 台 上 使 用 ， 包 括 Windows,MacOSX,Linux,SGI,Unix 等平台。 Chimera 软件可打开 pdb，mol，mol2，py 等多种文件格式，其中 pdb 格式 是默认的打开和保存格式，蛋白质受体和小分子配体通常都用 pdb 格式保存。 Chimera 软件可以同时打开多个 pdb 文件。在魏老师课题组内，Chimera 软件主 要是用来观察小分子配体和受体蛋白质的疏水作用， 因此下面内容将主要介绍如 何观察小分子配体和受体蛋白质的疏水作用， 并简要介绍 Chimera 在其他方面的 应用。 二、基本操作 Chimera 是典型的“先选中，再执行操作”的软件，选中操作在操作界面的 “Select”一栏中，被选中的部分会呈绿色.本项操作以 1UY6（PU3）为例进行 讲解说。 1. 在 Chimera 中打开 pdb 文件，显示小分子 5 埃范围内的氨基酸，用球棍模型 标示，并显示氨基酸的名称和序列。 （具体操作步骤：File-Open-1UY6(PU3)打开想要的 PDB 文件。 Select-Residue-PU3 选中小分子 PU3 Select-Zone-OK 选中 5 埃范围内的氨基酸如下图：-↑(补全氨基酸残基) Select-Invert（all models）- Actions-Atoms/Bonds-hide（只保留了 5 埃范围内的氨基酸） Select-chain-A- Actions-Atoms/Bonds-show（显示出了全部的氨基酸） Actions-Label-Residue-Name+Specifier 显示了选中的氨基酸的名称和序 列。 Actions-Atoms/Bonds-Ball&Stick 选中区域的氨基酸用球棍模型标示。 2. 观察小分子与大分子之间的氢键作用 具体操作步骤：Select-Residue-PU3 选中小分子 PU3
CADD-12
R=芳香环（橙色）； H＝疏水基团（亮兰色）； P＝正电荷中心（红色）；L＝氢键受体（绿色）。 红色为化合物13，绿色为化合物3。
计算机辅助药物设计概论－实例介绍
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A2A *模型与A2B拮抗剂的匹配
A2A *模型与A2B拮抗剂吻合情况
药效团组成 化合物 P R L H 40 － ＋ ＋ ＋ 2.76 打分
计算机辅助药物设计 概论
计算机辅助药物设计的方法学 实例1－－A2A&A2B型腺苷受体
拮抗剂药效团模建
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大纲
腺苷受体拮抗剂的研究现状 腺苷受体拮抗剂选择性药效团模型 结论 CATALYST软件的一些界面
计算机辅助药物设计概论－实例介绍
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腺苷受体
计算机辅助药物设计概论－实例介绍
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腺苷受体拮抗剂研究现状
Cl O N S O Cl N N N
NH 2 N N N O
H 2N
O NH 2 N N O
74 Ki (nM) A 1/A 2A/A 2B/A 3 5297(h)/0.59(h)/>10000(h)/>10000(h) Eur. J. Med. Chem., 2003, 38: 367-382
75 Ki (nM) A1 /A2A/A2B/A3 576(h)/0.13(h)/>10000(h)/>10000(h) Eur. J. Med. Chem., 2003, 38: 367-382
41 MRS1754 Ki (nM) A1 /A2A/A2B/A3 403(h)/503(h)/1.97(h)/570(h) J. Med. Chem., 2000, 43: 1165~1172
42 MRE2029F20 Ki (nM) A 1/A 2A/A 2B/A 3 200(h)/>1000(h)/5.5(h)/>1000(h) J. Med. Chem., 2004, 47: 1434~1447 O N H O
药物设计学第四讲CADD理论与方法
药物设计学第四讲CADD理论与方法CADD的理论与方法主要涵盖了药物分子结构的预测与优化，药物-靶标相互作用的模拟与预测，以及药物分子的筛选与优化等内容。
其中，药物分子结构的预测与优化是CADD的核心内容之一、通过计算方法，我们可以预测药物分子的结构、物理性质和活性，进而优化药物分子的合适性和可行性。
常用的方法包括分子力学方法、量子力学方法、药物代谢物预测等。
CADD的另一个重要内容是药物-靶标相互作用的模拟与预测。
药物与靶标之间的相互作用是药物发现过程中的关键环节。
CADD的目标是通过计算模拟方法揭示药物与靶标之间的相互作用机制，以此为基础来进行药物设计和优化。
常用的方法包括分子对接、药物分子动力学模拟、药物物理化学性质预测等。
此外，CADD还涉及到药物分子的筛选与优化。
在药物研发过程中，为了筛选出具有潜在药物活性的化合物，需要进行大规模的化合物筛选。
CADD利用计算模拟方法，可以对化合物库进行高效、快速的筛选，并找出潜在的药物候选化合物。
此外，CADD还可对药物分子进行优化，提高药物分子的活性、选择性和药代动力学等性质。
CADD在药物设计与发现中有着广泛的应用。
首先，CADD能够加速药物发现过程，提高药物研发的效率。
通过计算方法，可以进行大规模的药物分子筛选和优化，加快了药物研发的步伐。
其次，CADD可以提供对药物分子和药物-靶标相互作用的深入理解。
通过计算模拟方法，可以揭示药物与靶标之间的相互作用机制，为药物设计和优化提供依据。
最后，CADD还可以降低药物研发过程中的成本和风险。
通过计算模拟方法，可以预测药物分子的性质和活性，从而减少了实验的次数和成本。
总的来说，CADD作为药物设计与发现过程中的重要理论与方法，对于加速药物研发、提高药物活性和选择性等方面均具有重要作用。
随着计算机技术和计算方法的进步，CADD的应用将会越来越广泛，为药物研发带来更多的机遇和挑战。
因此，对CADD的深入研究和探索具有重要意义。
EDA实验手册
EDA 实验手册实验一3-8线译码器的设计一、实验目的同3-8线译码器的设计，让同学们掌握组合逻辑电路的设计方法，熟悉Quartu s Ⅱ设计硬件电路的基本流程。
二、实验步骤1、新建一个工程，注意工程名、文件名还有实体名要一致。
2、新建一个VHDL文件，输入设计程序并保存。
3、对新建的VHDL文件进行语法编译。
4、进行仿真（也可以跳过这一步）。
5、进行引脚分配，并进行总编译。
6、将程序下载到实验箱，在实验箱上连线进行实验。
三、参考程序library ieee;use ieee.std_logic_1164.all;use ieee.std_logic_unsigned.all;entity decoder3to8 isport(input:in std_logic_vector(2 downto 0);output:out bit_vector(7 downto 0));end decoder3to8;architecture behave of decoder3to8 isbeginoutput<="00000001" sll conv_integer(input);--用输入值来控制左移的位数end behave;四、实验要求1、仿真出3-8线译码器的实际波形。
2、根据实验结果画出3-8线译码器的真值表。
实验二十进制计数器的设计一、实验目的设计一个带使能输入、同步清零和同步加载功能的加1/减1计数器。
二、功能分析（1）同步清零端低电平有效，当其为低电平时，在下一个时钟上升沿来临时计数值清零，即清零功能与时钟同步。
（2）同步加载端低电平有效，当其为低电平时，在下一个时钟周期来临时将要加载的计数值读入计数器，然后将其置为高电平后，在读入的数的基础上加1或减1计数。
（3）使能输入端高电平有效，当其为高电平时正常计数，当其为低电平时停止计数。
（4）当计数方向控制端为高电平时加1计数，当其为低电平时减1计数。
CADD实验手册
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同源建模 By：刘源 一、 背景知识介绍 目前对于蛋白质的实验解析方法主要包括两大类：(1)基于 X 射线晶体衍射 图法 （X-ray crystallography） 和中子实验衍射法； (2)基于核磁共振法(nuclear magnetic resonance,NMR)、圆二色谱法、激光拉曼光谱法、荧光光谱法等的蛋 白质溶液结构测定方法。采用 X 射线晶体衍射法可以得到稳定态的蛋白质结构， 但是很难捕捉到过渡态的蛋白质结构。另外，很多大蛋白体系很难得到晶体，因 此采用实验法来测定蛋白质结构受到了极大的局限。所以，目前对于蛋白质结构 的预测仍然在很大程度上依赖于同源蛋白预测技术。 然而同源蛋白预测的准确性 依赖于跟模板蛋白序列的同源程度（sequence 6tity） 。如果序列同源性很低， 预测的结果可信度就低，反之则高。同源模建（homology modeling）是同源蛋 白预测技术中最重要的一门技术。 同源模建的基本假设是序列的同源性决定了三 维结构的同源性，一个未知结构的蛋白（target protein）可以通过与之序列同 源且结构已知的蛋白（template protein）来进行预测。一般来讲，若蛋白序列 （目标序列）与模板蛋白序列同源性在 50%以上时，所得到的目标蛋白结构具有 很高的准确性；若蛋白序列（目标序列）与模板蛋白序列同源性在 30%-50%之间 时，所得到的目标蛋白结构具有较高的准确性；若蛋白序列（目标序列）与模板 蛋白序列同源性在 30%以下时，所得到的目标蛋白结构的准确性往往可信度较 差。 同源模建的基本过程包括：同源蛋白的搜索、序列比对、模型构建、模型 优化与模型评价。下面逐一介绍。 二、操作步骤 1.目标序列的下载 在网站 /sprot/上输入想要下载的蛋白质名称， 可以找到相应蛋白质的序列 选中所有序列，点击右下方出现的 retrieve 键 下载 FASTA 格式的序列 2.序列准备 将 模 板 的 序 列 通 过 analysis→Sequence 另存导出 按照 N 端、TM1、IL1、TM2、EL1……对目标蛋白以及模板蛋白的序列进 行分类 在 /Tools/msa/clustalw2/网站上进行序列分段
EDA综合实验箱使用手册.
EDA综合实验箱使用说明手册一．系统概述1. 系统结构及说明系统结构如图1.1所示：图1.1 系统结构框图2. 硬件资源 1.1单片机资源◆完全兼容51内核的SST89E516RD，管脚兼容AT89C51，带仿真监控程序◆时钟频率：0~40MHz ◆集成1KBy片内RAM◆64Kbyte + 8Kbyte Flash EEPROM ◆看门狗◆可编程计数器阵列（PCA）◆SPI接口◆I2C接口1.2可编程逻辑器件资源（EP3C10E144）◆10,320逻辑单元（LE）◆46个M9K◆423,936bit RAM◆23个18*18硬件乘法器◆2个锁相环（PLL）◆10个全局时钟网络◆最大94个用户IO口◆最大22组差分接口1.3常用外围设备资源◆4*4矩阵按键◆8*1独立按键◆8个发光二极管◆8位7段数码管◆字符液晶1602◆点阵液晶12864（带字库）◆蜂鸣器◆8K串口存储器（仅单片机模式可用）◆10位高精度AD转化器（仅单片机模式可用）◆12位高精度DA转换器二．操作说明1. 人机交互模块功能说明该模块是本EDA实验箱的人机对话界面，主要实现对本EDA实验箱的模式选择、电压测量、信号输出、频率测量以及系统复位等功能。
其主要部件及功能如表2.1所示：2. 实验箱上电或复位当实验箱初次上电或者按Reset（复位）键，都将进入初始化界面，该界面将显示重庆邮电大学徽标以及实验平台的名称、制作者等信息，随后即自动进入功能选择界面。
如图2.1所示：图2.1 功能选择界面功能1：电压测量能够完成对实验箱上+5V、+3.3V两路电源电压以及外接直流电压（VT）的测量。
功能2：信号输出能够同时产生多路不同频率的方波信号，频率调节范围（1Hz～1MHz）。
功能3：频率测量可以测量外接频率（FT）。
功能4：模式选择实现不同工作模式间的切换。
目前本实验箱共设计有9种不同的工作模式（模式0～模式8），不同模式对应有不同的电路结构，各模式下的电路结构图可参见模式介绍。
PSCAD使用手册(中文版)
PSCAD简明使用手册Chapter 1: EMTDC/PSCAD简介 (1 1.1 功能 (11.2 技术背景 (11.3 主要的研究范围 (11.4 目前应用情况 (21.5 各版本限制 (31.6 目前最新版本:PSCAD 第四版 (3 Chapter 2: 安装及License设置 (42.1 安装 (42.2 License设置 (6Chapter 3: PSCAD工作环境 (93.1 术语和定义 (93.1.1 元件 (93.1.2 模块 (103.1.3 工程 (103.2 各工作区介绍 (103.2.1 工作空间窗口 (103.2.2 输出窗口 (143.2.3 设计编辑器 (163.3 工作区设置 (163.4 在线帮助系统 (18 Chapter 4: 基本操作 (194.1 工程 (194.2 元件和模块 (224.2.1 元件 (224.2.2 模块 (254.3 常用工具栏及快捷键 (25 4.3.1常用工具栏 (254.3.2快捷键 (27Chapter 5: 在线绘图和控制 (29 5.1 控制或显示数据的获取 (29 5.2 图形框 (305.3 图、曲线及轨迹 (315.4 在线控制器及仪表 (345.5 几种特殊表计 (365.5.1 XY绘图 (365.5.2多测计 (385.5.3相量计 (39参考文献 (41Chapter 1: EMTDC/PSCAD简介Dennis Woodford博士于1976年在加拿大曼尼托巴水电局开发完成了EMTDC 的初版,是一种世界各国广泛使用的电力系统仿真软件,PSCAD是其用户界面,PSCAD的开发成功,使得用户能更方便地使用EMTDC进行电力系统分析,使电力系统复杂部分可视化成为可能,而且软件可以作为实时数字仿真器的前置端。
可模拟任意大小的交直流系统。
操作环境为:UNIX OS, Windows95, 98,NT等;Fortran 编辑器;浏览器和TCP/IP协议。
计算机辅助设计实验指导手册
计算机辅助设计（CAD/AUTOCAD）实验指导手册江辉仙编福建师范大学地理科学学院地球信息科学系目录第一部分实验课程的一般要求 (3)一、课前准备 (3)二．上课须知 (3)三、课后要求 (3)第二部分实验项目 (4)实验一 AUTOCAD基本平面绘图命令使用 (4)1.实验目的 (4)2.实验学时 (4)3.实验仪器与主要软件 (4)4.实验内容与步骤 (4)5.实验结果 (7)6.写出实验报告 (7)7.成绩评定 (7)实验二总体平面图设计 (8)1.实验目的 (8)2.实验学时 (8)3.实验仪器与主要软件 (8)4.设计内容 (8)5. 设计要求 (8)6.写出实验报告 (8)7.成绩评定 (8)实验三三维绘图 (9)1.实验目的 (9)2.实验学时 (9)3.实验仪器与主要软件 (9)4. 实验内容与步骤 (9)5.实验结果 (12)6.写出实验报告 (12)7.成绩评定 (12)第三部分学生实验报告 (13)实验一 AUTOCAD基本平面绘图命令使用 (13)实验二总体平面图设计 (15)实验三三维绘图 (17)附录：课程实验大纲 (19)第一部分实验课程的一般要求一、课前准备(1)上课前应阅读本指导手册中相应的实验课程部分，明确实验课程的内容和要求。
(2)根据实验内容阅读教材中的有关章节，弄清基本绘图命令，使实验能顺利完成。
(3)按本指导手册中的要求，在课前淮备好构建平面图的尺度与坐标。
二．上课须知(1)遵守课堂纪律，注意聆听指导教师的讲解。
(2) 实验过程中的具体操作应按指导手册的规定进行，如遇问题要及时向指导教师提出。
(3) 实验过程中的仪器故障必须及时向指导教师报告，不可随意自行处理。
(4)不得随意删除计算机中操作系统或安装软件。
(5)记录实验过程中出现异常现象和结果。
三、课后要求(1)实验完成后，要检查计算机是否正常关机。
(2)及时填写完实验报告并上交给指导教师方可离开实验室。
DICE-2D数字电路实验指导书16开20130908
实 验 指 导 书
启东计算机总厂有限公司
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实验注意事项
为了做好实验， 达到实验的预期目的， 并保证实验中的人身与设备安全， 特制定本实验注意事项，并请实验者严格遵照执行。 1、每次实验前必须做好充分的准备工作，进行认真地预习。预习要求 如下： （1）仔细阅读实验指导书和教材中的有关章节，掌握实验原理，读懂 实验线路，并进行必要的理论估算。 （2）明确实验目的、任务要求及注意事项。了解和熟悉实验步骤及操 作程序。 （3）了解和熟悉实验所用各仪器仪表的使用方法及注意事项。 （4）准备好记录实验数据的纸、笔、表格等。 2、开始做实验前，先认真检查实验所用仪器设备是否齐全？是否符合 要求？工作是否正常？若有问题，要立即向教师报告。 3、为确保人身和设备的安全，实验中，要严格遵守实验要求，执行操 作规程： （1）使用仪器设备前要了解、熟悉其性能、操作方法和使用注意事项， 按要求正确使用。不懂的地方应请教指导教师。 （2）要正确地选择测量仪器的档位和量程，并正确地进行连接。测量 时，电压表要并联，电流表要串联。严禁用万用表的欧姆档或电流档（或用 电流表）测量电压。 （3）严禁在带电的情况下进行接线或改接线操作。严禁随意触摸仪器 设备和实验电路的金属部分，以避免发生触电事故。 （4）实验时要根据线路图认真进行连接线，同组同学相互仔细检查， 确定无误后才能接通电源。 初次试验或没有把握的应经指导教师审查同意后 再接通电源。 （5）实验中若出现异常情况，应立即切断电源，保护现场，报告指导 教师，检查故障原因。排除故障后，经指导教师同意再继续实验。 （6）要爱护国家财产。使用仪器仪表要轻拿轻放。任何仪器仪表设备， 在不了解其性能与使用方法，未得到教师允许前，不准随便使用。除连接线 外，严禁对仪器仪表进行拆改。 4、实验完毕，应将电源关闭，整理好连接线和仪器设备，并请指导教 师检查验收后，方能离开。实验仪器设备等若有损坏，应立即报告教师，视 具体情况按规定处理。 5、实验后，要认真归纳整理实验数据，并对实验结果进行分析总结， 独立编写实验报告。
计算机辅助设计
图4-b
滚筒式绘图机
4. 图形显示设备
图形显示器，它像一个窗口，使设计者能及时了解人机间的信 息交互情况。 图形显示器不但能显示字符信息，而且能随时显示所设计的图 形，并能让用户对这些图形进行增、删、改、移动等交互操作，因 此它不单纯是被动地显示图形，而且是一种交互式的图形显示。 目前，计算机图形显示器一般都是采用阴极射线管（CRT）作 为显示设备。
图2-a CAD系统的硬件
由上图可见，CAD系统所用的硬件一般包括：
计算机主机及外围设备 图形输入设备 绘图输出设备 图形显示设备
1. 计算机主机及外围设备
计算机主机及外围设备是CAD系统硬件的重要组成部分。 它包括：
● ●
计算机主机
外存储器 ● 计算机网络
●
计算机主机
中央处理器（CPU） 主存储器（或称内存）
随着CAD技术的发展，性能提高，价格降低， CAD开始在设计领域全面普及，成为必不可少的设计工具。
全面普及阶段
20世纪 90年代
1.3 CAD 的功能及CAD设计的特点
CAD技术的主要应用有以下几方面：
► 科学计算与分析
能进行各种复杂的设计计算、性能分析以及评价经 济；
► 工程分析
常见的分析有：有限元分析、优化设计、可靠性设 计、运动学及动力学分析等。此外，针对某个具体设计对 象还有它们自己的工程分析问题,如注塑模设计中要进行塑 流分析 、冷却分析 、变形分析等 。
► 数据处理
有完善的数据库系统，能对设计、分析、绘图等所使用的大量 数据进行存取、查找、比较、综合等处理；
► 编制设计文档或生成报表
能制订各种技术文件，如文档制作、编辑及文字处理等。
CAD设计具有如下主要特点：
CADD基本概况
3. 计算机辅助药物设计的特征
多学科交叉的前沿领域 大量化学信息的计算机计算处理 大量高技术软件产品的产生
计算机辅助药物设计A－绪论
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左图：DOCK6.0 右图：Catalyst4.10
计算机辅助药物设计A－绪论 9
1.2 计算机辅助合成路线设计
提出化合物结构 搜索合成反应数据库 提供相关的反应路线 实例：
CISOC-RetroSyn软件
计算机辅助药物设计A－绪论
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1.3 实验设计
应用领域：药化、药理、临床试验等 多因素，协同作用 实验设计：正交实验、平均实验设计等 意义：合理安排各因素、控制误差、获得丰 富而可靠的资料 相关软件：
1.4 临床（动物）试验数据分析
估算参数、建立模型、药物体内过程模拟、 用药方案设计 实例：
WinNonlin
计算机辅助药物设计A－绪论
13
1.5 计算机辅助谱图解析
NMR 谱图解析和模拟 红外波谱解析和模拟 结构解析
计算机辅助药物设计A－绪论
14
1.6 生物大分子的结构分析
4
考核形式
平时成绩占 30％
论文写作70％
计算机辅助药物设计A－绪论
5
绪论
计算机在药学相关学科中的应用 计算机辅助药物设计的意义 计算机辅助药物设计的特征
计算机辅助药物设计A－绪论
6
1 在药学相关学科中的应用
单一计算数据处理、自动控制、
专家系统 节省人力、物力、时间 涉及学科多：药化、药分、药理、 药剂等 应用领域广：教学、科研、生产11
计算机辅助药物设计A－绪论