基因剪切仪CovarisM220-操作流程
剪切仪用户手册(硬件手册)
剪切仪用户手册ShearTrac-II全自动直剪和残余剪切Geocomp欧美大地仪器设备中国有限公司Earth Products China Limited(EPC)目录1 概述1.1ShearTrac-II硬件1.2ShearTrac-II软件1.3操作原理2使用ShearTrac-II2.1手动垂直控制2.1.1显示器2.1.2位置2.1.3控制（仅用于单一系统）2.1.4设置2.2手动水平控制2.2.1显示器2.2.2位置2.2.3控制2.2.4设置2.3电脑控制附录A 安装A.1 准备测试站点A.2 开箱A.3 ShearTrac-II系统电气连接A.4 开机顺序附录B 故障解决附录C 维护1概述ShearTrac-II是一个智能加载系统，根据传感器的反馈实时控制加载架。
ShearTrac-II系统有2个力传感器（水平和垂直）和2个位移传感器（水平和垂直）。
电脑根据测试设定值对加载架进行加载和卸载。
加载机构通过步进电机与涡轮连接控制荷载增加或减小，使剪切盒左右移动。
水平和垂直方向的限位开关保证仪器的运行在其行程范围内。
标准ShearTrac-II单元使用一个16位的A/D卡，这就意味着仪器的原始数据读数在0—65536之间的整数范围内，每个读数称为一个数（count）。
这些数必须转换成工程单位，系统根据提供的标定系数将数转换为工程单位。
ShearTrac-II是一个智能加载系统，荷载架的操作都由电脑控制全自动完成，也可通过仪器前面板进行手动操作。
为了避免损坏仪器，电脑每秒钟会对所有传感器的读数进行数百次检查，任何模拟读数或数字读数超过允许的范围时对步进电机进行保护。
电脑和监视器可实时显示测量结果，编辑测试结果，测试完成后出报告。
通过按键和简单菜单可控制ShearTrac-II的垂直和水平运动，用软件操作时，输入相应的参数可以完成特殊的测试。
ShearTrac-II不需要特别熟练的人员来操作，也可以完成传统的固结测试。
Covaris S220-DNA Shearing用户培训手册
Covaris S220高性能样品处理系统培训手册基因有限公司生命科学组二o一一 年 七 月目 录一、Covaris S220高性能样品处理系统技术特点二、系统安装条件三、培训所需试剂设备及样品四、安装及调试安排五、培训程序及时间安排六、仪器及试剂系统介绍七、实验操作流程八、仪器使用注意事项九、维护保养及常见问题处理十、附录一．Covaris高性能样品处理系统技术特点Covaris高性能样品处理系统是在专利技术——自动声波聚焦（AFA）技术的基础上建立起来的样品处理平台。
该技术整合了非线性、高强度、汇聚性声学冲击波和高级计算机控制系统，其圆盘状传感器可将声波能量聚焦在样品上，通过等温、非接触的方式对样品进行声学匀浆、分解和混匀。
而且，此系统的聚焦声能是可控，可根据应用范围和样品量选择波频率和波形，以控制聚焦带的尺寸和声波强度，且声学优化的样品容器也可根据声波聚焦带进行调整。
另外，系统处理的水浴环境可维持均一的处理温度，适用于对温度敏感的生物样本。
目前，Covaris高性能样品处理系统广泛地应用在组织破碎和匀浆、DNA/RNA/蛋白质的提取和复合物的混合与匀质中。
技术原理介于 20Hz～20kHz 的机械波振动在弹性介质中的传播就形成声波，介于 20kHz～500MHz 的称为超声波，超声波的传播速度就是声波的传播速度，而超声波具有波长短，易于定向发射和会聚等优点。
AFA技术利用几何聚焦声波能量，通过0.5MHz的球面固态超声传感器可将波长为1mm的声波能量聚焦在样品上，不仅可以控制波形，而且自动聚焦的能量无损失，且可直接作用于管内样品上。
系统特点：1.可处理体积为1,000µl-10ml，重量<1,000mg的样品，管子尺寸16×100 mm2.非接触式样品处理，无污染和交叉反应，且不用清洁探头3.等温处理，不会产生过热现象而破坏样本的生物活性4.可精确控制样本处理过程，重复性高5.自动聚焦的能量无损失，直接作用于管内样品上6.适用于多种水溶性和有机溶剂应用领域DNA、RNA和染色质剪切基因表达、基因组学、蛋白组学、药物筛选和临床诊断的生物组织和细胞培养物破碎和匀浆化学反应速度控制制药工业中难溶物的制备和溶解等二．系统安装条件1.位置要求：稳定水平的操作平台放置设备，远离热源，避免阳光直射2.空间及载重要求：操作平台尺寸（长×宽×高）：20 cm × 53 cm × 33 cm（平台下预留空间放置环路冷却/加热装置），仪器周围要留出至少3cm空隙，以方便散热。
Ion torrent微生物(细菌)全基因组重测序文库构建实验方案
Ion torrent微生物（细菌）全基因组重测序文库构建实验方案微生物（细菌）全基因组重测序文库构建实验方案一、重测序原理全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。
二、技术路线培养至对数期的单一菌落↓基因组DNA提取细菌DNA（纯化）↓超声波打断 DNA片段化↓ 文库构建↓Ion OneTouch 乳液PCR、ES↓Ion PGM、Ion Proton 上机测序↓生物信息学分析DNA片段化↓ 末端修复↓纯化接头连接、缺口修复↓纯化文库片段筛选（E-Gel 法）↓ 文库片段扩增↓纯化 Agilent Test、Qubit定量↓ Ion OneTouch System 重测序三、实验方案 1.细菌总DNA的提取液氮速冻、干冰保存的细菌菌液：若本实验室可以提供该细菌生长的条件，则对菌液进行活化，培养至对数期时，对该细菌进行DNA提取；若本实验室不能提供该细菌的生长条件，则应要求客户提供尽可能多的样本，以保证需要的DNA量。
细菌DNA采用试剂盒提取法（如TianGen细菌基因组提取试剂盒）。
取对数生长期的菌液，按照细菌DNA提取试剂盒操作步骤进行操作。
提取完成后，对基因组DNA进行纯度和浓度的检测。
通过测定OD260/280，范围在1.8-2.0之间则DNA较纯，使用Qubit对提取的DNA进行定量，确定提取的DNA浓度达到文库构建的量。
2.DNA片段化采用Covaris System超声波打断仪（Covaris M220），将待测DNA打断步骤：1）对待打断的DNA进行定量，将含量控制在100ng或者1μg2）打开Covaris M220安全盖，将Covaris AFA-grade Water充入水浴容器内，至液面到最高刻度线（约15mL），软件界面显示为绿色3）将待打断DNA装入Ep LoBind管中，其中DNA为100ng或1μg，加入Low TE至总体积为50mL4）将稀释的DNA转移至旋钮盖的Covaris管中（200bp规格），转移过程中不能将气泡带入，完成后旋紧盖子5）选择Ion_Torrent_200bp_50μL_ScrewCap_microTube，将对应的小管放入卡口，关上安全盖，点击软件界面“RUN”6）打断结束后，将混合液转移至一支新的1.5mL离心管中3.末端修复及接头连接 3.1 末端修复使用Ion Plus Fragment Kit进行，以100ng DNA量为例，各组分使用前瞬时离心2s 步骤：1）加入核酸酶free水至装有DNA片段的1.5mL离心管中，至总体积为79μL 2）向体系中加入20μL 5×末端修复buffer，1μL末端修复酶，总体积为100μL 3）室温放置20min3.2 片段纯化片段纯化使用Agencourt AMpure XP Kit进行步骤：1）加入180μL Agencourt AMpure XP Reagent beads于经过末端修复的1.5mL离心管中，充分混匀，室温放置5min2）瞬时离心后，将离心管放置于磁力架（如DynaMag-2磁力架）3min，至溶液澄清，小心去除上清，离心管保持放置在磁力架上3）离心管放置于磁力架上不移动，配置新的500μL 70%乙醇，加入，30s后，盖上盖子颠倒混匀2次，使磁珠悬浮，放回磁力架至溶液澄清后，小心除去上清 4）重复第三步5）用20μL墙头小心吸去多余的液体6）将离心管留在磁力架上，室温风干不超过5min7）取下离心管，加入25μL Low TE缓冲液，盖上盖子，上下颠倒混匀5次，旋窝震荡10s，充分混合8）瞬时离心后，将离心管放于磁力架上至少1min，溶液澄清后，将上清移入一支新的1.5mL EP管中（不可吸到磁珠） 9）纯化的DNA片段用于下一步的接头连接4.接头连接、缺口修复和纯化片段两端的接头分别为barcode接头和P1接头 4.1 接头连接在0.2mL体系中加入（以100ngDNA为例）DNA 25μL10×Ligase Buffer 10μL Ion P1 Adaptor 2μL Ion XpressBarc ode X+ 2μL dNTP Mix 2μL Nuclease-free water49μL DNA Ligase 2μL Nick pair polymerase 8μL Total 100μL将体系配置好后，放入PCR仪按照下面的温度进行1个循环扩增25℃ 15min72℃ 5min 4℃ hold 循环×1立即转移至一个新的1.5mL离心管中 4.2 纯化片段纯化使用Agencourt AMpure XP Kit进行步骤：1）加入140μL Agencourt AMpure XP Reagent beads于经过末端修复的1.5mL离心管中，充分混匀，室温放置5min2）瞬时离心后，将离心管放置于磁力架（如DynaMag-2磁力架）3min，至溶液澄清，小心去除上清，离心管保持放置在磁力架上3）离心管放置于磁力架上不移动，配置新的500μL 70%乙醇，加入，30s后，盖上盖子颠倒混匀2次，使磁珠悬浮，放回磁力架至溶液澄清后，小心除去上清 4）重复第三步5）瞬时离心，用20μL墙头小心吸去多余的液体 6）将离心管留在磁力架上，室温风干不超过5min7）取下离心管，加入20μL Low TE缓冲液，盖上盖子，上下颠倒混匀5次，旋窝震荡10s，充分混合8）瞬时离心后，将离心管放于磁力架上至少1min，溶液澄清后，将上清移入一支新的1.5mL EP管中（不可吸到磁珠）5.文库片段筛选方案1E-Gel Agarose System采用E-Gel SizeSelect 2% Agarose Gel，在E-Gel电泳、成像系统中按照操作说明进行。
核酸检测仪器操作手册
核酸检测仪器操作手册简介本操作手册旨在提供使用核酸检测仪器的详细指南，以帮助操作人员正确、高效地操作仪器。
仪器的正确操作对于获得准确和可靠的检测结果至关重要。
仪器准备在使用核酸检测仪器之前，请确保以下准备工作已经完成：1. 安装仪器：按照仪器使用手册的指引正确安装设备。
2. 检查供电：确保仪器连接到正确的电源，并检查电源处于正常工作状态。
3. 材料准备：准备好所需的核酸检测试剂和样本，并按照试剂说明书进行处理和储存。
仪器操作步骤1. 打开电源：将仪器连接到电源，并按下电源按钮打开仪器。
2. 设置实验参数：根据所需的检测项目，设置适当的实验参数，如温度、时间和检测方法。
参考仪器使用手册以获得更详细的操作说明。
3. 样本处理：按照试剂说明书的指导，准备和处理待测样本。
4. 加样：将处理好的样本加到仪器的样本孔中。
确保每个样本孔都正确标记。
5. 启动检测：按下开始按钮或根据仪器操作界面的指引启动检测程序。
6. 等待检测完成：根据所设定的实验参数，等待仪器完成检测过程。
期间请勿干扰仪器的运行。
7. 结果分析：仪器完成检测后，根据仪器显示的结果分析检测结果。
如果需要，可以导出结果以供进一步分析和存档。
8. 关闭仪器：检测完成后，按下关闭按钮关闭仪器，并拔掉电源插头。
维护与清洁为保持仪器的正常运行和延长使用寿命，以下操作建议应每天进行：1. 清洁：使用柔软的布轻轻擦拭仪器表面，确保仪器表面清洁无尘。
2. 维护：按照仪器使用手册的指引，定期进行维护操作，如更换试剂、校准仪器等。
3. 存储：在不使用仪器时，请将其存放在干燥、洁净的环境中，远离湿气和灰尘。
故障排除如果在使用仪器过程中遇到问题，请参考仪器使用手册中的故障排除部分。
如果问题无法解决，请联系售后技术支持。
安全注意事项1. 仪器操作时请戴好个人防护装备，如实验手套和护目镜。
2. 遵守使用试剂和样本的安全操作规范，避免直接接触试剂和样本。
3. 切勿在操作过程中随意更改实验参数或绕过仪器的安全设置。
基因编辑技术的实验操作指南
基因编辑技术的实验操作指南基因编辑技术（Gene editing technology）是一种通过改变生物体的基因序列来实现特定基因的修饰或定向改变的技术。
它可以在基因组中插入、删除或修改特定基因，具有无限的潜力在医学、农业和环境领域产生革命性的进展。
本文将为您提供基因编辑技术常见的实验操作指南，帮助您更好地进行基因编辑实验。
一、常用的基因编辑技术1. CRISPR-Cas9CRISPR-Cas9是目前最常用的基因编辑技术。
它利用CRISPR（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats）序列和Cas9（CRISPR associated protein 9）蛋白质来实现基因组的修改。
具体操作步骤如下：- 选择适当的CRISPR目标序列，通常为20个碱基长度；- 合成CRISPR RNA（crRNA）和转录的转导RNA（tracrRNA）；- 将crRNA和tracrRNA以及Cas9蛋白质一起转染入目标细胞中；- 检测编辑结果，如通过PCR、限制性酶切或测序。
2. TALENTALEN（Transcription activator-like effector nuclease）是另一种常用的基因编辑技术，通过TALEN转录激活因子和核酸酶的融合来实现基因组的修改。
具体操作步骤如下：- 设计合成TALEN结构域，根据目标基因的序列选择合适的TALEN结构域；- 将TALEN融合基因导入表达载体中；- 用质粒转染靶细胞，使TALEN蛋白进入细胞；- 监测基因组修饰效果，例如通过PCR、限制性酶切或测序。
二、实验操作指南1. 实验前准备在进行基因编辑实验前，需要准备以下实验材料和设备：- 细胞培养基和细胞培养器具；- CRISPR-Cas9或TALEN相关质粒和实验试剂盒；- 转染试剂；- DNA测序仪或其他用于验证编辑结果的设备。
PCR仪操作指南
PCR仪操作指南步骤：1、开机：打开开关，视窗上显示“SELF TEST”,显示10秒中后，显示RUN-ENTER菜单:准备执行程序。
2、放入样本管，关紧盖子。
3、一、如果要运行已经编好的程序，则直接按《Proceed》，用箭头键选择已储存的程序，按《Proceed》，则屏幕显示:按《Proceed》选择ENABLE，则开始执行程序。
二、如果要输入新的程序，则在RUN-ENTER菜单上用箭头键选择ENTER PROGRAM,按《Proceed》，屏幕显示按《Proceed》，1）选择NEW,命名新的程序，最多8个字母，输入后按《Proceed》确认(如何输入字母、数字)。
2）输入程序步骤：名字输入后，显示按《Proceed》则可以输入温度（0～100℃），按《Proceed》确认后，则可以输入孵育时间，用《Select》键移动光标，输入数字，完成后按《Proceed》确认，跳到下一步，输入方式同上。
3）选择GOTO，输入循环步骤时链接到第几步（循环数最多可达9999次）(为实际循环数－1)。
4)选择option,显示再选择increment,按《Proceed》确认，输入初始的温度，确认后输入时间，按《Proceed》确认，然后输入每个循环增加或减少的温度，增加用正值，减少用负值（－0.1℃～6℃），按《Proceed》确认。
选择extend, 按《Proceed》确认,输入每个循环增加或减少的时间（－60～60秒），按《Proceed》确认。
选择slop（指温度上升或下降的速率）,输入温度的改变值（－0.1～1.5℃）按《Proceed》确认，然后输入加热或致冷的速度，按《Proceed》确认。
4）选择End,输入结束步骤。
5、输入完成的程序后，到RUN-ENTER菜单，选择新程序，开始运行。
6、其它：用《pause》可以暂停一个运行的程序，再按一次继续程序。
用《stop》或《Cancel》可停止运行的程序。
测核酸的仪器操作方法
测核酸的仪器操作方法
操作核酸的仪器通常需要遵循以下步骤：
1. 准备样品：收集样品并净化，确保样品的纯度和浓度。
2. 准备工作台和设备：清洁工作台和使用的仪器，确保无污染。
3. 样品处理：根据实验目的选择适当的方法处理样品，如DNA或RNA提取。
4. 样品定量：使用紫外可见光谱仪或荧光分析仪测量样品的浓度。
5. PCR反应体系设置：根据实验需求准备PCR反应体系，包括DNA模板、引物、酶和缓冲液等。
6. PCR反应设置：按照实验方案设定PCR反应的温度、时间和环境条件。
7. PCR反应：将PCR反应体系加入PCR仪器，设置程序进行PCR扩增。
8. 凝胶电泳：将PCR产物与DNA或RNA分子量标准一起加入凝胶电泳孔中，使用凝胶电泳设备进行分离。
9. 凝胶电泳结果分析：观察凝胶电泳结果，根据PCR产物大小评估实验成果。
需要根据具体的仪器和实验目的进行具体操作，上述步骤给出了一般核酸仪器操作的大致流程。
荧光定量PCR仪操作规程
荧光定量PCR仪操作规程1．开机程序（1）打开电脑，进入桌面。
（2）打开PCR仪器的电源开关（注：该仪器有两个电源开关，一个控制PCR 仪，一个控制光源系统）。
（3）双击桌面上的软件图标，点击“yes”,进入软件的主菜单。
(4)或打开开关，视窗上显示“SELF TEST”，显示10秒中后，显示RUN-ENTER 菜单：“RUN ENTER PROGRAM”准备执行程序。
2．关机程序(1) 保存数据，退出软件的主菜单。
(2) 关掉电脑，关闭PCR仪器的电源开关。
3.程序文件的设置及打开(1)实验程序已预先设定点击软件左方主目录中的“Library”，进入该界面后。
选择“ViewProtocol(查看协议)”页面，根据路径，找到预存的程序文件。
放入样本管，关紧盖子。
运行已经编好的程序，则直接按《Proceed》，用箭头键选择已储存的程序，按《Proceed》，则屏幕显示：“-ENABLE DISABLE HEATED LID” 按《Proceed》选择ENABLE，则开始执行程序。
(2)创建新的程序文件点击软件左方主目录中的“Workshop”，进入该界面。
选择“Edit Prot ocol”页面，输入相应的温度、时间、重复的循环数（Repeats），增加或删除步骤（Cycle和Step），在“Select data collection step（s）”中选择需要进行荧光收集的步骤。
完成后，在“Protocol Filename”中输入程序的文件名，点击“Save this protocol”。
如果要输入新的程序，则在RUN-ENTER菜单上用箭头键选择ENTER PROGRAM，按《Proceed》，屏幕显示“ -NEW LIST EDIT DELET”，按《Proceed》，1）选择NEW，命名新的程序，最多8个字母，输入后按《Proceed》确认。
输入程序步骤：名字输入后，显示“ STEP1TEMP GOTO OPITON END”，按《Proceed》则可以输入温度（0～100℃），按《Proceed》确认后，则可以输入孵育时间，用《Select》键移动光标，输入数字，完成后按《Proceed》确认，跳到下一步，输入方式同上。
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基因剪切仪CovarisM220-操作流程
一、开机检查
（a）检查电脑与仪器线路是否连接妥当，检查电脑和仪器电源线是否连接妥当（b）支架中心下方放置水盘，避免加水时洒落至实验台面上
（c）水槽中插入操作管支架（Tube Holder）
二、水浴设置：将操作支架顶部的滑行砝码拉起并旋转90度，在支架中心加注
约15ml的蒸馏水或去离子水。
若加注的水量合适，water level前面的状态显示为“√”，水量不合适则显示为“╳”
三、样品放置
（a）将操作支架顶部的滑行砝码拉起并旋转90度
（b）支架上放入样品垫片，有2种规格：microTube 50µl，编号500488，其上只能放置50µl规格的microTube管；microTube 130µl，编号500489，其上只能放置130µl规格的microTube管。
依据样品DNA量的多少旋转不同规格的垫片和micro Tube管
（c）DNA样品加入到样品管中后，样品管透明凸出端朝下放入垫片小孔中，另一端朝上。
旋转并放下滑行砝码，使之压住样品管，然后关闭安全门
四、开机顺序：先开仪器主机，再开显示器和电脑主机，最后双击桌面“Covaris
Snol Lab 7”仪器控制软件
五、软件主界面
主菜单Run/History/Setup/Maintenance/About：Run编辑和选择运行方法；
History查看系统操作历史；Setup用户系统设置；Maintenance厂家或维修人员的仪器参数设置；Help用户操作指南；About系统配置信息
点击“Run”按钮，运行设定的程序；点击“Pause”按钮，暂时中止运行设定的程序；“Instrument Status”仪器状态，显示water temperature/water level/door/light几种参数，前3种参数符合运行条件，则status显示“√”号，不符合运行条件，则status显示“╳”号；点击“Light”图标，打开和关闭仪器灯光；“Temp”和“Power”表示在运行过程中，样品水浴温度及运行时仪器使用功率
六、“Run”界面参数设置
（1）点击“Method”，下拉菜单显示编辑过的Method信息，可进行Method选择、新建和编辑。
点击“New”图标，创建新方法；点击“Edit”图标，编辑现有的方法。
一般直接调用软件自带的模板方法，可根据需要产生不同大小的DNA片段，选择不同的模板方法
（2）方法编辑界面，通过点击以下9种按钮完成现有方法的编辑。
“Add step”
添加实验步骤；“Insert step”在选定的步骤前后添加新步骤；“Edit Step”
编辑选定的步骤；“Remove”删除选定的步骤；“Remove All”删除所有步骤；‘“Duplicate”复制选定的步骤；“Group Steps”新建一个包含多个选定步骤的步骤集，可设定重复操作的次数；“Move Up”将选定的步骤上移；
“Move Down”将选定的步骤下移
（3）点击“Add Step”，Step-Type：Treatment。
Duration持续时间：操作样品的时间，设置范围0-3600秒；Peak Incident Power最高入射功率：作用在样品上瞬时超声波功率，设置范围2.5～50瓦特；Duty Factor工作系数：超声波作用于样品的时间占总时间段的百分数，设置范围0.1％～50％；Cycles per Burst超声波作用于样品过程中超声波能量传递的数目，设置范围50～1000；Average Incident Power平均入射功率，作用在样品上平均超声波功率
（3）点击“Add Step”，Step-Type：Delay。
设定操作的延迟时间，有利于两次不同操作间的样品沉降
（4）点击“Add Step”，Step-Type：Promp。
编辑特定的操作信息，可供操作者暂停操作，确认下一步是否继续
（5）点击“Add Step”，Step-Type：Group。
可设定重复操作的次数
（6）“Method”设置完成，点击“Save”按钮，选择路径及给文件命名，点击“OK”
既可
七、启动程序：调用上述编辑好的程序，点击“Run”按钮，运行程序
八、关闭软件和仪器
（1）用注射器清空水槽中的水，并用绒布擦干操作管支架上粘附的水分
（2）先关闭软件，再关闭仪器主机，最后关闭电脑
基因剪切仪CovarisM220-注意事项
（1）仪器环境温度保持在15~30℃，不宜过冷
（2）在没有水浴的情况下，禁止运行程序，以免损坏传感器（3）水槽中灌注的只能是ddH2O或去离子水
（4）使用完毕，清空水槽中的水
（5）操作时注意关闭安全门。