KEGG上的信号通路图怎么看
KEGG通路注释及富集分析
KEGG通路注释及富集分析KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库是系统分析基因产物在细胞中的代谢途径以及这些基因产物功能的数据库。
KEGG该数据库有助于把基因及表达信息作为一个整体的网络进行研究。
KEGG整合了基因组、化学分子和生化系统等方面的数据，包括代谢通路（PATHWAY）、药物（DRUG）、疾病（DISEASE）、基因序列（GENES）及基因组（GENOME）等。
1. 所有鉴定蛋白KEGG Mapping结果统计2. 所有鉴定蛋白KEGG结果注释统计3. KEGG通路注释统计在生物体内，不同的基因产物相互协调来行使生物学功能，对差异表达基因的通路（Pathway）注释分析有助于进一步解读基因的功能。
差异表达蛋白的通路注释图，如下：图1 KEGG注释结果通路图注：相对于对照组来说，红色框标记的酶与上调蛋白有关，绿色框标记的酶与下调蛋白有关。
蓝色框标记的酶与上调和下调蛋白均有关，框内的数字代表酶的编号（EC number），而整个通路由多种酶催化的复杂生化反应构成，此通路图中与差异表达基因相关的酶均用不同的颜色标出，根据研究对象间的差异，重点研究某些代谢通路相关蛋白的差异表达情况，通过通路解释表型差异的根源。
4. KEGG通路分类对差异表达基因KEGG的注释结果按照KEGG中通路类型进行分类，结果如下图所示：图2 差异表达蛋白的KEGG分类图注：纵坐标为KEGG代谢通路的名称，横坐标为注释到该通路下的蛋白个数及其个数占被注释上的蛋白总数的比例。
5. KEGG通路富集分析分析差异表达蛋白在某一通路上是否过出现（over-presentation）即为差异表达蛋白的通路富集分析。
我们采用Kobas软件进行差异表达蛋白的KEGG通路富集分析。
差异表达蛋白的KEGG通路富集分析结果见下图图3 差异表达蛋白KEGG通路富集统计图注：图中每一个点表示一个KEGG通路，通路名称见左侧坐标轴。
KEGG使用说明
KEGG使用说明KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个基因组学、基因组信息资源的综合数据库。
它提供了基于基因组的多样化信息，包括基因与蛋白质序列、基因组组装与注释、代谢途径与通路、药物与化合物等。
KEGG数据库的使用非常重要，对于基因组学和生物信息学研究具有重要的指导意义。
本文将详细介绍KEGG数据库的使用方法。
KEGG数据库的主要功能包括基因数据的和浏览、代谢通路的分析、化学物质的和浏览、蛋白质序列的比对和注释、基因组的比较分析等。
首先，我们介绍KEGG数据库中基因数据的和浏览功能。
用户可以通过基因名、基因ID或基因功能关键词来感兴趣的基因。
结果将显示基因的相关信息，包括基因名、基因ID、功能描述、序列等。
用户还可以通过点击基因名来进一步浏览基因的详细信息，如基因家族、调控关系、突变位点等。
其次，我们介绍KEGG数据库中代谢通路的分析功能。
用户可以通过进入“Pathway”页面来浏览KEGG数据库中的各种代谢通路。
用户可以选择对代谢通路的感兴趣的部分进行深入分析。
点击代谢通路即可进入通路的详细页面，包括通路图、参与的基因和蛋白质等信息。
用户可以通过点击基因和蛋白质来进一步浏览它们的详细信息。
然后，我们介绍KEGG数据库中化学物质的和浏览功能。
用户可以通过输入化学物质的名称、化学式或CAS号来感兴趣的化合物。
结果将显示化合物的相关信息，如名称、化学式、分子量、生物活性等。
用户还可以通过点击化合物名称来进一步浏览化合物的详细信息，如结构、代谢途径、药物相互作用等。
此外，KEGG数据库还提供了蛋白质序列的比对和注释功能。
用户可以通过进入“BLAST”页面来进行蛋白质序列的比对。
用户可以输入待比对的蛋白质序列，选择比对参数，然后点击“Submit”按钮进行比对。
比对结果将显示在页面上，用户可以进一步分析和解释比对结果。
综上所述，KEGG是一个重要的基因组学与生物信息学的综合数据库。
kegg通路分析
kegg通路分析标题：KEGG通路分析及其在生命科学中的应用引言：KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个综合性的数据库，提供了关于基因组、化学物质、酶、通路等生命科学领域的重要信息。
KEGG通路分析作为一种功能注释和基因集富集分析的方法，在生命科学研究中被广泛应用。
本文将介绍KEGG通路分析的基本原理、应用案例以及未来的发展方向，旨在帮助读者更好地理解与应用KEGG通路分析。
第一章：KEGG通路分析的基本原理（500字）1.1 KEGG数据库的概述1.2 KEGG通路的概念与构建原理1.3 KEGG通路数据库的组成部分1.4 KEGG通路分析的基本流程第二章：KEGG通路分析的应用案例（1500字）2.1 基因功能注释2.2 基因集富集分析2.3 网络调控分析2.4 药物靶点分析2.5 疾病通路分析第三章：KEGG通路分析的发展趋势（800字）3.1 多组学数据整合与分析3.2 算法和工具的改进与发展3.3 个体化医学的应用3.4 数据可视化与交互性的提升第四章：KEGG通路分析的限制与挑战（200字）4.1 数据库的更新和维护4.2 分析结果的解释与验证结论：通过KEGG通路分析，研究人员可以深入挖掘基因与代谢通路之间的相互关系，揭示出生命科学中的重要机制与调控网络，并进一步应用于基因功能注释、生物信息学研究、药物开发等领域。
在未来，我们可以期待KEGG通路分析在多组学数据整合、个体化医学以及数据可视化等方面的进一步发展。
然而，我们也要意识到KEGG通路分析存在一些限制与挑战，需要在数据库的更新维护、分析结果的解释验证等方面加以解决。
相信随着技术的进步和研究的深入，KEGG通路分析将继续为生命科学研究带来更多的突破与进展。
参考文献：（省略）。
5分钟看懂KEGG代谢通路图
5分钟看懂KEGG代谢通路图做过转录组的同学肯定对KEGG代谢通路图不陌⽣，今天就跟⼤家分享怎么看懂KEGG代谢通路图，ko、map等开头的代谢图有啥区别？⾥⾯的点、线、不同颜⾊都代表什么含义。
KEGG Pathway分类⼀般，KEGG中存在三⼤类代谢图，每个数据路的pathway都有相应的唯⼀编号，如map00010，据此可在kegg数据库官⽹查询：第⼀类、reference pathway：根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有⼀般参考意义的代谢图。
通路图中的⼩框都是⽩⾊，⽅便个性化填充颜⾊，在KEGG中名字以map开头，节点代表某⼀基因、该基因编码的酶及这个酶参与的反应，⽐如map00010；http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?map00010第⼆类、species-specific pathway：物种特有代谢通路图。
绿⾊⼩框为该物种特有的基因或酶，只有这些绿⾊的框有更详细的信息。
KEGG中名字为特定物种种属英⽂缩写，⽐如⼈的糖酵解通路图，hsa00010。
http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa00010第三类、以ko/ec/rn开头的Reference pathway：ko通路中的节点只代表基因；ec通路中的节点只代表相关的酶；rn通路中的节点只表⽰该点参与的某个反应、反应物及反应类型。
底⾊以蓝⾊表⽰。
例如同样是糖酵解代谢通路有三种类型：http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00010http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ec00010http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?rn00010图中的符号的解释：代谢通路图中，⼀般就是酶，⽅框⾥⾯的数字代表EC编号；⼩圆圈代表代谢物，点开会出现C00668的信息，C代表compound，00668是这种化合物在KEGG中的编号。
KEGG数据库的使用说明
KEGG数据库的使用方法与介绍http://www.genome.jp/KEGG的数据KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外KEGG中有一个“专有名词”KO（KEGG Orthology），它是蛋白质（酶）的一个分类体系，序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，然后打上KO（或K）标签。
下面就首先来讲一下KEGG orthology。
任找一个代谢通路图，在上方有pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description | 这3个选项，点击pathway entry, 出现了一个页面，这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。
在这个页面中的pathway map项中点击按钮状的链接Ortholog table 。
就进入了Ortholog table如下的页面：在这个表中，行与物种对应，3个字母都是相应物中的英文单词缩写，比如has表示Homo sapiens，mcc表示Macaca mulatta；列就表示相应的Ortholog分类，比如K00844就表示生物体内的己糖激酶hexokinase这一类序列和功能相似的蛋白质类（酶类）。
如上图has后有3101，3098，3099这3个条目，它表示在人类细胞中中存在3中不同的己糖激酶，它们分别由以上这3组数字代表的基因所编码，这3组数字应该是这3个基因的登录号。
空白则表示在该物种中不存在这种酶。
点击K00844则这一KO分类信息及成员列表都可显示出来；点击has则链接到物种（人类）基因组去了；点击P，则显示相应的代谢通路。
下面我们点击3101，如下：如上图，就是我们常见的一个页面，3101是KEGG中的基因ID（登录号）， H.sapiens表示物种，然后是基因的名称，表达的酶，属于哪个KO分类以及参与哪些代谢途径；下面还有结构、序列信息等等。
手把手教三种信号通路可视化方法
手把手教三种信号通路可视化方法任何涉及到基础实验的设计当中，都会涉及到通路的变化的。
那我们要怎么反应一个通路里面的变化呢？灵魂画手一些的完全可以自己画。
但是一般这样画的可信度和好看程度也会欠佳一些。
所以如果要可视化一些通路的话，其实可以借助网上的一些现成的工具的。
接下来就为大家介绍一下这些工具吧。
先给大家看下成品。
KEGG是一个经典的通路数据库。
在这个数据库里面。
我们可以通过里面的工具KEGG Mapper 来对通路进行可视化的富集。
下面让我们看看怎么做吧。
按照下图的方式。
我们依次选择我们输入的基因注意：在数据ID的里面是不接受基因名的。
所以我要进行转换。
这个之前好多帖子都接受过。
大家就去自己搜一下吧。
如下图，我们输入想要标注的基因和对应基因想要标注的颜色。
然后点击'exec'提交即可。
最终我们会得到这些基因主要位于哪个通路。
然后选择想要标注的通路即可。
但是呢，KEGG mapper出来的图形呢。
不是矢量图。
所以会出现模糊的现象。
这个要么自己修复一下要么和别的工具自己画吧。
通过这两个功能。
我们就完全可以自己DIY自己想要的通路了。
同时呢。
这个网站还包括了一部分之前TCGA数据发表的通路。
我们可以在'network'— 'TCGA'中选择。
如下图则是我们选择内置的一个通路图除了基本的绘制通路的功能之后。
这个网站还是可以给每个通路里面添加数据进而用颜色进行区分。
具体怎么做呢。
我们在绘制好通路之后，类似于下图的表格。
其实就是一列是基因另外的列根据需要自己添加。
下图是不同器官的表达量。
然后“alteration”—'load from file'导入我们自己编写的文件。
即可得到下图这样的可视化结果最后通过export我们就可以导出图片了。
如果我们这次没画完怎么办。
同样可以把画的先导出来。
然后下次画的时候重新导进去就行。
是不是很方便。
维基百科相信大家都很清楚的吧，他们可能觉得如果只在生活领域进行百科进行普及的话，彰显不出权威。
KEGG上的信号通路图怎么看
KEGG上的信号通路图怎么看？提示：请点击标题下方蓝色“实验万事屋”，添加关注后，发“嗯”可以查看我们之前的文章。
未经允许，其他公众号不得转载哦！想要把自己研究的分子扯上明星分子或者明星通路？那是不难，难的是具体到底要怎么去扯，芯片结果啊，生信结果啊，都会给你提示，但真的要具体扯上去，还得看懂那些七七八八的信号通路图。
KEGG Pathway上有着大量的信号通路图，画得一个复杂啊！巨坑爹有没有？曾经有师弟说我之前曾经把Wnt通路描述错了，他师兄告诉他，应该是GSK-3β磷酸化抑制β-Catenin降解，并促进它入核的。
在这里，我们只能默默地祝福这位师兄了……那我们就用Wnt通路来做例子吧。
先上KEGG下载一个Wnt的信号通路图，如下：绝壁是很高大上的不是么？这要咋看呢？其实这张图上把三个Wnt通路都画上去了，也就是Wnt/β-Catenin（经典Wnt通路），Wnt/PCP（平面的细胞极性途径）和Wnt/Ca2+（Wnt/钙离子）三条信号通路组成，我们就删减一下，就光看经典的Wnt通路，就变成了下面这个模样：感觉还是很高大上有木有？那就再删减一下，把它变成经典Wnt信号通路的骨架会是什么样呢？就是这样：简洁明快了吧，但要怎么来看懂这样的图呢？我们来看一下KEGG Pathway的具体图例：把这些图例用来解释经典Wnt信号通路骨架图，就变成了：看懂了么？那给你从左到右解释一下：1）Wnt激活膜上受体，将信号传递到第二信使Dvl，活化的Dvl抑制由Axin、APC 和GSK-3β组成的复合物的活性,使β-catenin不能被GSK-3β磷酸化。
2）磷酸化的β-catenin才可通过泛素化(ubiquitination)而被胞浆内的蛋白酶体所降解，由于非磷酸化的β-catenin不能被蛋白酶体降解，从而导致β-catenin在胞浆内积聚，并移向核内。
3）当游离的β-catenin进入细胞核内，即可与转录因子TCF/LEF结合，激活TCF 转录活性，调节靶基因的表达。
KEGG数据库入门：pathway信息查询
KEGG数据库入门：pathway信息查询——日读一帖，解螺旋大V团队伴你科研路【科研热点】让你时间比别人花的少、知道的比他早！【基金专栏】国自然等各项基金独到经验见解【SCI 专栏】从开始到接收全程tips【实验技能】这么棒快告诉你老板！关注我们，为您的科研路提速KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes），是日本京都Kanehisa Laboratories阅读文献手工整理（手绘）的一个庞大的数据库（包括信号通路、基因、疾病、药物等等）；这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图。
今天就翠花就讲讲：在研究中如何使用KEGG数据库进行信号通路查询，这可是KEGG数据库的入门级知识哦！翠花以一个例子入手帮助小伙伴们更好的了解一下操作过程。
已有的前期实验结果：构建了沉默新基因A表达的质粒，转染肺癌549细胞系，确定敲减效率，上流式细胞仪检测，发现细胞周期被阻滞（cell cycle arrest）在S期。
那么我们现在需要从细胞周期的角度阐明新基因A促进肺癌细胞系549增殖的分子机制。
１.首先打开KEGG主页：/，点击下图框中的KEGG PATHWAY链接。
2. 输入关键词：cell cycle3.出现结果：4. 点击map 04110，出现KEGG对cell cycle的描述：5. 所有物种中相关基因的详细列表每个基因在KEGG数据库里面有对应的ID，例如CCDN1对应的ID号：K04503，CDK4对应K02089，我们后面会用到。
相关的不同模块、疾病、日本Kanehisa Laboratories的工作人员整理这个信息库所参考的文献，其它的数据库，例如GO：0000278，可以用Gene Ontology这个数据库直接查到在这个数据库中的信息：6. 开始查基因A的下游机制，直接点击图，会出现相信的信号通路：这是KEGG里面整理出来的cell cycle相关信号通路图，细胞周期中S期的相关基因（我们上面举的例子是A沉默后可以把细胞阻滞在S期），每个可以点击，例如：CDK2，查看这个基因的相关信息。
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想要把自己研究的分子扯上明星分子或者明星通路？那是不难，难的是具体到底要怎么去扯，芯片结果啊，生信结果啊，都会给你提示，但真的要具体扯上去，还得看懂那些七七八八的信号通路图。
KEGG Pathway上有着大量的信号通路图，画得一个复杂啊！巨坑爹有没有？曾经有师弟说我之前曾经把Wnt通路描述错了，他师兄告诉他，应该是GSK-3β磷酸化抑制β-Catenin降解，并促进它入核的。
在这里，我们只能默默地祝福这位师兄了……
那我们就用Wnt通路来做例子吧。
先上KEGG下载一个Wnt的信号通路图，如下：
绝壁是很高大上的不是么？这要咋看呢？其实这张图上把三个Wnt通路都画上去了，也就是Wnt/β-Catenin（经典Wnt通路），Wnt/PCP（平面的细胞极性途径）和Wnt/Ca2+（Wnt/钙离子）三条信号通路组成，我们就删减一下，就光看经典的Wnt通路，就变成了下面这个模样：
感觉还是很高大上有木有？那就再删减一下，把它变成经典Wnt信号通路的骨架会是什么样呢？就是这样：
简洁明快了吧，但要怎么来看懂这样的图呢？我们来看一下KEGG Pathway的具体图例：
把这些图例用来解释经典Wnt信号通路骨架图，就变成了：
看懂了么？那给你从左到右解释一下：
1）Wnt激活膜上受体，将信号传递到第二信使Dvl，活化的Dvl抑制由Axin、APC 和GSK-3β组成的复合物的活性,使β-catenin不能被GSK-3β磷酸化。
2）磷酸化的β-catenin才可通过泛素化(ubiquitination)而被胞浆内的蛋白酶体所降解，由于非磷酸化的β-catenin不能被蛋白酶体降解，从而导致β-catenin在胞浆内积聚，并移向核内。
3）当游离的β-catenin进入细胞核内，即可与转录因子TCF/LEF结合，激活TCF 转录活性，调节靶基因的表达。
那我们回过来看复杂一点的图上都讲了啥？(看不清可以点击图片即可放大）
这个就是整个经典Wnt信号通路的调控机制了。
我说看帖的你，明白KEGG的信号通路该怎么看了吧！要是已经明白了的话，是不是应该拿去教育教育你师兄，别把师弟师妹带坏了呢？。