Chimera图像教程：密度显示
猪密度仪软件使用方法
密度仪软件操作说明书
1. 按键，全自动计算精液密度、添加稀释液量、
生产的剂量等系列数据，出现如下界面：
退出
退出
①
：每剂的精子含量（20亿-35亿）
：每剂精液量（40ml-80ml）
②
:
密度仪直接显示的数据（测出的吸光度）
：公猪的总射精量（200ml-500ml）
设定：每剂精子含量为：30亿
每剂精液量为：80ml
密度仪吸光率为：0.96ABS
公猪总射精量为：220ml
退出
2.
按
键，可直接读取精子密度（每毫升），
出现如下界面：
:
密度仪直接显示的数据（测出的吸光度）
退出
设定密度仪直接显示的数据（测出的吸光度）----0.96，输入到空格内，
机器自动计算每毫升的精子密度：497*106 个
/ml
注意：在使用密度仪测量的时候，比色皿内需要加：
1.生理盐水（生理盐水的量为：2400µL）；
2.原精（原精量为：100µL）；
3.比例为1：25。
一种基于Chimera软件的分子动力学模拟方法
2021.13科学技术创新一种基于Chimera 软件的分子动力学模拟方法马学婧*李俊甫宋立立张兆英王悦孙琳琳（沧州师范学院生命科学学院，河北沧州061001）Chimera 由美国加州大学旧金山分校的生物计算可视化和信息学中心开发，并得到了美国国立卫生研究院的部分支持[1]。
作为一个可高度延伸的程序，它可应用于密度图、超分子组装、序列比对、对接结果、轨迹和构象集合，也可以生成高质量图像和动画[2-4]。
Chimera 的官方网站(/chimera/)上可以查阅快速入门、用户手册、命令行索引和一些教程与视频，还可以观赏用该软件制作的图片和动画。
在下载页面，它还提供了Windows ，Mac 和Linux 三个版本供学术、政府和非营利机构和个人使用者免费下载使用。
Chimera 功能强大，界面友好，可帮助没有编程基础的教师和科研人员利用其提供的多种模块化工具进行简单的分子动力学模拟，并且可用于多种操作系统，无需购买昂贵的服务器也可以满足基本的分析需求。
因此，本文将对基于Chimera 软件的分子动力学模拟方法进行阐述。
1蛋白质结构准备1.1蛋白质结构可视化首先打开一个已经下载的蛋白质结构文件（后缀为.PDB ）或选择Fetch by ID ，输入蛋白质结构的ID 调入蛋白质结构文件。
在Presets 中根据需要选择展示模式。
在Select 中，Chain 选项可以选择蛋白质复合物不同的链；Chemistry 选项可以根据化学性质，如元素、功能基团和原子轨道对蛋白质进行选择；Residue 选项可以对20种标准氨基酸进行选择，也可以按照性质对某一类氨基酸进行选择；Structure 选项可以对蛋白质的骨架、离子、配体、核酸和特定的二级结构等进行选择。
选择完毕后，可应用Actions 中的工具对选定的对象进行编辑，如：Atoms/Bonds 选项可以隐藏或显示原子或键，设置显示模式为棍型、球棍型等；Ribbon 选项可以隐藏或显示蛋白质的某一部分，还可以改变带状模式的类型；Surface 选项可以隐藏或显示蛋白质的表面，并设置显示模式和透明度；Color 选项可以对选中的对象进行上色；Label 选项可以对原子、氨基酸残基进行标注，且可自主选择标注的格式。
Chimera-顺序和结构教程
顺序和结构教程本教程介绍使用Multalign Viewer处理顺序排列和相关结构。
数据选自enolase 家族:The enolase superfamily: a general strategy for enzyme-catalyzed abstraction of the alpha-protons of carboxylic acids.Babbitt PC, Hasson MS, Wedekind JE, Palmer DR, Barrett WC, Reed GH, Rayment I, Ringe D, Kenyon GL, Gerlt JA. Biochemistry. 1996 Dec 24;35(51):16489-501.接下来下载顺序排列文件super8.msf到一个方便的位置。
本顺序排列包括含有8个enolase超家族成员的barrel域 domains。
Windows/Mac系统,点击chimera图标；UNIX系统,从系统提示符开启Chimera :unix: chimera一个splash屏幕将会出现，几秒后被Chimera主窗口代替。
选择File... Open,然后寻找并打开super8.msf. 开启一个sequence alignment file自动开始了Multalign Viewer，用它显示排列。
Multalign Viewer有其独立的参数设置，包括几个控制显示。
从排列窗口菜单，选择Preferences... Appearance调整Multiple alignments的line-wrapping behavior, font,和color scheme到你的要求。
关闭preferences对话框。
改变顺序敞口的尺寸和放置使其均可见。
如果顺序窗口变得在任何点都模糊，可以从Chimera Tools菜单增加。
(Tools... MAV -super8.msf... Raise).Multalign Viewer sequence window序列名称显示于左边，Consensus sequence和Conservation histogram显示于顺序的上面。
Chimera-顺序和结构教程
顺序和结构教程本教程介绍使用Multalign Viewer处理顺序排列和相关结构。
数据选自enolase 家族:The enolase superfamily: a general strategy for enzyme-catalyzed abstraction of the alpha-protons of carboxylic acids.Babbitt PC, Hasson MS, Wedekind JE, Palmer DR, Barrett WC, Reed GH, Rayment I, Ringe D, Kenyon GL, Gerlt JA. Biochemistry. 1996 Dec 24;35(51):16489-501.接下来下载顺序排列文件super8.msf到一个方便的位置。
本顺序排列包括含有8个enolase超家族成员的barrel域 domains。
Windows/Mac系统,点击chimera图标；UNIX系统,从系统提示符开启Chimera :unix: chimera一个splash屏幕将会出现，几秒后被Chimera主窗口代替。
选择File... Open,然后寻找并打开super8.msf. 开启一个sequence alignment file自动开始了Multalign Viewer，用它显示排列。
Multalign Viewer有其独立的参数设置，包括几个控制显示。
从排列窗口菜单，选择Preferences... Appearance调整Multiple alignments的line-wrapping behavior, font,和color scheme到你的要求。
关闭preferences对话框。
改变顺序敞口的尺寸和放置使其均可见。
如果顺序窗口变得在任何点都模糊，可以从Chimera Tools菜单增加。
(Tools... MAV -super8.msf... Raise).Multalign Viewer sequence window序列名称显示于左边，Consensus sequence和Conservation histogram显示于顺序的上面。
介绍一款优秀的分子图形软件Chimera
口
墓丝 功能
对 于蛋 白质 和 Ｄ Ａ， 以进 行 多 序 列 比对 。使 Ｎ 可
更为可贵的是 ， 这些命 令可以组合在一起 ， 做成
一
用其 中的 Ｍ ｌｌｎ ｕ ａｇ 查看器可以方便 的查看。通过此 ｔｉ 功能可以进行分子的叠合 。另外通过 Ｍ ｔ Ｍ ｋｒ ａ ｈ ａｅ 工 ｃ 具可以进行大分子的叠合 。另外该软件还有 Ｖ ｌ ｅ ｏｍ ｕ 查看器 ， 用来显示和分析体积数据 ， 其可 以支 持多数 ｍｐ ａ 类型文件。更多的功能在此不赘述。
教学方面 ， 尤其是多媒体课件的制作上有意想不到的 用途和其他软件无法 比拟的优势。但该软件在 国内 科研机构 中应用较少 ， 其具有的其他类似软件所不具 备 的功能和特点仍鲜为人知 ， 故在此分 以下几个方面
进 行介 绍 。
球棍、 球形 、 线性等 。对于大分子来说 ， 可以很方便的 显示各种模型 。例如对 于蛋 白质 分子来说 ， Ｊ 只需 要点击鼠标就可以让分子只显示骨架 ， 或者只显示螺 旋、 折叠等， 也可以只显示某一种氨基酸 ， 或者只显示 分子的某一部分 。如果为了强调效果 ， 亦可以采用改
变颜 色或者 改变 显 示 模 式 等 加 以 突 出。类 似 可 以显
示的大分子还有 Ｄ Ａ、 Ｎ 聚合物 ， 甚至病毒外壳等。
日 委 佥
频繁使用 鼠标 是一件很辛苦的事情 ， Ｃ ｉ ｅ 但 ｈ ｒ ｍ ａ
Ⅱ 壬缉 亘 塑
分子的可视化是 Ｃ ｉｅ ｈ ｒ ｍ ａ的核心部分 ， 它做到 了
［ ］ Ｇ ｄａｄＴＤ， ｕｎ Ｆ ｒｎＴＥ Ｓｆ ａ ｘ ｎｉ ｓ ２ ｏｄｒ Ｈ ａｇｃｃ， ｅｒ ． ｏｗ ｒ ｅｔ ｓ ｎ ｉ ｔ ｅ ｅ ｏ
ｔ Ｓ ｈ ｍｅ ａ ｆ ｒ ｉｔ ｒ ｃｉｅ ｖｓ ａｉａｉ ｎ ｏ ａｇ － ｏ ＵＣ Ｆ ｃ ｉ ｒ ｏ ｎ ｅ ａ ｔ ｉｕ ｌ ｔ ｆｌ ｅ ｍｏ ｖ ｚ ｏ ｒ
熊猫分部密度制图
熊猫分部密度制图目录The Third Lesson ..................................................... 错误！未定义书签。
Ex3 熊猫分部密度制图.. (2)操作步骤： (2)1 (2)2 (2)3 (3)4 (4)5 (5)6 (6)7 (7)8 (8)Ex4 GDP 区域分布图的生成与对比 (10)操作步骤 (10)（1）IDW 插值法 (10)（2）Spline 内插法 (13)（3）IDW 与Spline 对比分析 (18)Ex5提取山顶点、凹陷点 (23)操作步骤 (23)Ex3 熊猫分部密度制图操作步骤：1运行ArcMap，加载Spatial Analyst 模块，如果Spatial Analyst 模块未能激活，点击Tools 菜单下的Extensions ，选择Spatial Analyst，点击Close 按钮。
在Options 中的General 页面中在设置默认工作路径，此处假定为“F:\罗荣霖\the third lesson\Ex3\Result”2熊猫的生存必须满足一定的槽域范围。
选择熊猫活动足迹数据图层，点击Spatial Analyst 模块的下拉箭头，选择Distance 并点击Allocation ，设置参数如图所示；点击OK，生成熊猫槽域范围图3选择FP 数据层，点击鼠标右键并选择Open Attribute Table 命令，打开FB 属性表。
点击FB 属性表右下角Option 按钮的下拉箭头，选择Export 命令，导出FB 属性数据表，参数设置如图所示，点击确定按钮；当出现提示是否需要加载该数据表，选择“是（Y ）”4选择熊猫活动足迹数据图层（XMPoint），点击鼠标右键，选择Joinand Relates 子菜单下的Join ，弹出数据连接对话，参数设置如图所示，点击OK 按钮，完成熊猫采样数据与槽域范围数据的连接。
ArcGIS教程：了解密度分析
地理国情监测云平台/
密度分析可以对某个现象的已知量进行处理，然后将这些量分散到整个地表上，依据是在每个位置测量到的量和这些测量量所在位置的空间关系。
为什么要对地图进行密度分析?
密度表面可以显示出点要素或线要素较为集中的地方。
例如，每个城镇都可能有一个点值，这个点值表示该镇的人口总数，但是您想更多地了解人口随地区的分布情况。
由于每个城镇内并非所有人都住在聚居点上，通过计算密度，您可以创建出一个显示整个地表上人口的预测分布状况的表面。
下图给出了一个密度表面的示例。
相加到一起时，像元的人口值将等于原始点图层人口的总和。
密度分析的应用
“密度分析”工具可以将输入点图层的测量量分布到整个地表上，以生成一个连续的表面。
这里有一个密度分析应用的示例，考虑在某特定地区拥有多家店面的连锁零售店。
对于每家店面，管理部门都保存有与顾客有关的销售数字。
管理部门假定顾客根据路程的远近来选择光顾哪家店面。
在本示例中，很自然地就会假定任何一个顾客总是会选择最近的那家店面。
距离最近的店面越远，顾客到那家店面要走的路也就越远。
但是离得比较远的顾客也可能光顾其他店面。
管理部门想研究顾客居住地点的分布状况。
根据这些家店面的销售数字和空间分布情况，管理部门需要将顾客巧妙地分散到整个地表上，以此创建显示顾客分布情况的表面。
要完成这项任务，“密度分析”工具将考虑店面之间的相互关系、光顾每家店面的顾客数量以及需要共享测量量(顾客)的某一部分的像元的数量。
离测量点(即店面)较近的像元占有测量量的比例要高于那些离测量点较远的像元。
MAGMA操作教程
3）设置停止计算依据（stop simulation）
图1.2.5-12凝固设置
autautomatic当铸件温度已低于凝固温度,MAGMA就自动停止计算,自动默认。
time指定时间作为停止准则。
temperature 指定温度值作为停止准则。
stop value接续前面停止准则,输入数值。
2－3、载入．stl档
接上动把.stl档存在CMD文件夹下后，在创建专案的界面（图（2_1））按下preprocess键，进入载档界面.见图（2_9）
图（2_9）
图（2_10）
载入顺序如上图所标的序号和箭头指向。注意在载前一定要确定群组属性正确。当载入一物件
后，欲载入同样的群组另一物件。则需要在以上图中的３操作之前按下MAT ID +键（上图虚线框标示）。
c.输入体积流动率曲线资料如同单个浇口速率设置所述,然后按ok键；
d.对每个inlet设定重复上面的步骤直到完成,自动回到充型设置视窗。
注意：
1.multiple inlets只能使用在solver 2,3,4；
2.每个inlet的流入方向必须是相同的(例：重力铸造是-Z方向)；
3.所有inlet的充型条件必须都定义pouring rate方式。
注：有时新载入CMD文件夹内。在档时出现没有完全转出，需检查实体档案有无错误。
2－4、命名物件
图（2_11）
图（2_12）
命名实体之后，shift+右键选择形体，同样会有提示选中了物件，同样的命名方式命名。也可以通过如图（2_12）中的MACRO（蓝色虚线框）选择物件。
图1.2.5-2材料设置
4）举例：对Cast Alloy定义材料,先点选[+] Cast Alloy在点select data ,出现database对话框。如：
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图像教程：密度显示
背景
这些图像显示了蛋白数据库
条目2fma 的一部分，
Alzheimer's amyloid
precursor protein (APP)
copper-结合域, 同时它的
电子密度图(2fo-fc) 由电
子密度服务器提供。
图像 How-To
这里的方法仅仅是一个例
子；达到形似的结果通常有很多种路线。
也可以参考： presets , tips on preparing images , and Chimera 网站,
中的Image Gallery 和Guide to Volume Display 开启Chimera ，按要求放大窗口。
显示命令行（例如，使用Favorites... Command Line ）。
从蛋白数据库 取回 2fma 结构，然后应用预设值 #2 显示所有的原子和杂原子color-coding:
Command : open 2fma
Command : preset apply int 2
从 Electron Density Server 取回此结构的密度图。
Command : open edsID:2fma
Click Volume Viewer 对话框的小眼睛图标，先隐藏电子密度图。
随时用鼠标按你的要求进行移动和放大操作。
由于一个目的就是显示可替换的构象的例子，通过标签对可替换的构象的残基和原子进行识别。
Command : rlab @.a
A:
B:
Met-170 和Glu-183有可替换的构象；选择Met-170 附近的一段残基作为图形。
只显示残基168-170和其相邻残基的骨架。
Command: ~rlab
Command: show :168-170
Command: focus
Command: disp :167,171@n,ca,c,o
改变到stick表示方法，使棍更细。
Command: rep stick
Command: setattr m stickScale 0.5
只选择侧链Tyr-168 和Met-170; 这次选择将会用于把密度显示限定到一个区域。
Command: sel :168,170 & without CA/C1'
without CA/C1'部分是进入菜单Select... Structure... side chain/base... without CA/C1'的简洁方法。
所有在Select... Structure下的终端菜单可以用作command-line specifiers。
在Volume Viewer中,
1.点击眼睛图标，使密度显示恢复。
2.从菜单选择Features... Zone，点击出现在对话框中的Zone按钮。
然后，可以取消
选择（例如，在空区通过ctrl-点击鼠标左键），但是区域半径仍然可以调整。
本图中区域半径设置为1.96 Å。
3.柱状图的垂直栏(threshold)代表了轮廓水平；
o要改变水平，用鼠标或者键盘在柱状图下面的level区输入不同值拖拽threshold到左边或者右边。
o要改变Color, 点击柱状图下面的正方形color well，使用Color Editor
o要添加另一个轮廓水平，Ctrl-点击柱状图; Level 和Color的变化应用最近拖拽或者点击最临界的。
4.从菜单选择Features... Surface and Mesh Options显示额外的显示设置。
Figure A的Volume显示设置(除了默认值)
∙Style mesh
∙two contour levels:
1.Level 0.426, Color (RGBA) 0.36 1.0 1.0 0.636
2.Level 2.06, Color (RGBA) 1.0 0.0 1.0 1.0 (magenta)
∙turned on Smooth mesh lines
∙Mesh line thickness 1.5 pixels
Figure B的Volume显示设置(除了默认值)
∙Style surface
∙two contour levels:
1.Level 0.426, Color (RGBA) 0.36 1.0 1.0 0.4
2.Level 2.06, Color (RGBA) 1.0 0.0 1.0 0.6
∙turned on Surface smoothing iterations 2 factor 0.3
使用2D Labels(Tools... Utilities下面) 添加标签文本。
标签对于两个图片想吐。
点击图形窗口开启一个标签，输入内容。
每一个标签可以通过拖拽改变位置，通过点击color well和使用Color Editor可以调整其颜色。
字体可以调到不同的值。
字体的近似度依赖于窗口的大小，用你看起来最好的。
本例中，标签都是白色的，残基标签比可替代的标签大一点点。
后者在两个单词之间输入回车键，以使它们看起来在不同的行。
通过使用File... Save Image，采用默认设置把figures保存为 PNG文件，和Chimera窗口同样的帧数。
如果以后你想需要重新产生相同或者相近的图像或者说明一个不同resolution 值或者改变颜色，保存图片之前或者之后保存(参考File菜单), session在保存时间内会包括position名为session-start. 当你恢复一个session或者移动一些事情时候很有用，但是又想恢复它的最初位置。
Command: reset session-start。