14并行算法设计(PCAM)
《MPI并行程序设计》课件

MPI的应用领域
MPI广泛应用于科学计算、 大规模数据处理和模拟等领 域,提供了高性能和高效率 的并行计算能力。
MPI基础
1
MPI的环境设置
在开始编写MPI程序之前,需要进行环境设置,包括MPI库的安装和配置,以及节点之间的 网络连接。
据的能力。
总结
1 MPI的优点和缺点
MPI具有高性能、可扩展性和灵活性的优点,但也面临数据通信和负载平衡等挑战。
2 MPI的未来发展趋势
MPI在超级计算和并行计算领域仍发展空间,如更高的并行度、更低的通信延迟和更丰富 的功能。
3 怎样提高MPI的性能
优化MPI程序的性能可以从算法、通信模式、负载均衡和并行度等方面入手,提高并行计 算的效率。
宏定义和预处理
MPI提供了丰富的宏定义和预处理功能,可以简化 并行程序的编写和调试过程,提高开发效率。
实战
1
MPI编程实战
通过实际编写MPI程序,学习如何利用
并行排序实战
2
MPI接口进行并行计算,解决实际问题, 如矩阵运算、图算法等。
利用MPI的并行计算能力,实现高效的排 序算法,提高排序性能和处理大规模数
2
MPI的通信模型
MPI采用消息传递的通信模型,通过发送和接收消息来实现不同进程之间的数据交换和同步。
3
点对点通信
MPI支持点对点通信操作,包括发送、接收和非阻塞通信,用于实现进程之间的直接消息传 递。
4
集合通信
MPI提供了集合通信操作,如广播、栅栏、归约等,用于在整个进程组中进行数据的统一和 协同计算。
MPI高级
MPI的拓扑结构
并行计算-中国科学技术大学

PCAM设计方法学
设计并行算法的四个阶段
划分(Partitioning) 通讯(Communication) 组合(Agglomeration) 映射(Mapping)
划分:分解成小的任务,开拓并发性; 通讯:确定诸任务间的数据交换,监测划分的合理性; 组合:依据任务的局部性,组合成更大的任务; 映射:将每个任务分配到处理器上,提高算法的性能。
并行计算
中国科学技术大学计算机科学与技术系 国家高性能计算中心(合肥)
2004年12月
第二篇 并行算法的设计
第四章 并行算法的设计基础 第五章 并行算法的一般设计方法 第六章 并行算法的基本设计技术 第七章 并行算法的一般设计过程
第七章 并行算法的一般设计过程
7.1 PCAM设计方法学 7.2 划分 7.3 通讯 7.4 组合 7.5 映射 7.6 小结
通过增加任务的粒度和重复计算,可以减 少通讯成本;
保持映射和扩展的灵活性,降低软件工程 成本;
国家高性能计算中心(合肥)
2019/5/31
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7.4 组合
7.4.1 方法描述 7.4.2 表面-容积效应 7.4.3 重复计算 7.4.4 组合判据
功能分解是一种更深层次的分解。
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功能分解
示例1:搜索树
示例2:气候模型
国家高性能计算中心(合肥)
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7.2 划分
7.2.1 方法描述 7.2.2 域分解 7.2.3 功能分解 7.2.4 划分判据
划分判据
划分是否具有灵活性? 划分是否避免了冗余计算和存储? 划分任务尺寸是否大致相当? 任务数与问题尺寸是否成比例? 功能分解是一种更深层次的分解,是否
并行图计算模型与算法设计

并行图计算模型与算法设计并行计算是一种用于处理大规模数据和复杂计算任务的计算模型。
在过去的几十年里,随着计算机硬件技术的不断发展,单个计算节点的计算能力已经开始达到瓶颈,因此人们开始寻找新的计算模型来提高计算效率。
并行图计算模型就是这样一种新的计算模型,它利用多个计算节点同时进行计算,从而实现了高效的并行计算。
一、并行图计算模型的基本原理并行图计算模型是基于图的并行计算模型。
其中,图是由节点和边组成的数据结构,节点表示计算任务,边表示计算任务之间的依赖关系。
在并行图计算模型中,任务被分布到多个计算节点上,每个计算节点处理自己负责的子图。
节点之间可以通过边来进行通信和数据交换。
并行图计算模型的基本原理是将整个计算过程划分为多个小的计算任务,并将这些任务分配给多个计算节点进行并行计算。
每个计算节点相互独立地计算自己负责的任务,并根据任务之间的依赖关系进行数据交换和通信。
通过并行计算,可以充分利用计算节点的计算能力,加速计算过程。
二、并行图计算模型的优势与传统的串行计算模型相比,并行图计算模型具有以下几个优势:1. 高效利用计算资源:通过将计算任务分配给多个计算节点并行执行,可以充分利用计算资源,提高计算效率。
2. 处理大规模数据:并行图计算模型适用于处理大规模数据和复杂计算任务的场景。
通过将计算任务分布到多个计算节点上,并行计算可以有效地减少计算时间。
3. 灵活的任务调度:并行图计算模型采用分布式任务调度的方式,可以根据计算节点的可用性和负载情况,动态调整任务的分配和调度,进一步提高计算效率。
4. 高容错性:由于并行图计算模型中的计算节点相互独立地执行任务,当某个节点出现故障时,可以通过将任务重新分配给其他节点来实现容错。
这使得并行图计算模型具有很高的容错性。
三、并行图计算算法设计并行图计算算法设计是指设计并行图计算模型中的具体算法,以实现高效的并行计算。
在设计并行图计算算法时,需要考虑以下几个方面:1. 任务划分:将整个计算任务划分为多个小的计算任务,并将这些任务分配给不同的计算节点进行并行计算。
并行计算的算法与应用

了解和使用适合特定应用和算法的并行计算模型和框架,如MapReduce、MPI、OpenMP等,可以简化并 行算法的设计和实现过程,并提高算法的性能和可移植性。
03
典型并行算法剖析
矩阵运算并行化方法
矩阵乘法并行化
通过分块矩阵乘法,将大矩阵拆分成 小矩阵,在多个处理单元上并行计算 ,最后合并结果。
将多阶段决策问题拆分成多个子问题,每个子问题可以在 多个处理单元上并行求解,最后合并子问题的解得到原问 题的解。
04
并行计算在科学计算领域 的应用
天气预报模型中的并行计算
01
数据并行处理
对大规模气象数据进行并行处 理,提高数据预处理和模型输
入的效率。
02
模型并行计算
将天气预报模型拆分为多个子 任务,在多个计算节点上并行
执行,加速模型运算过程。
03
结果并行输出
对模型运算结果进行并行处理 和输出,提高天气预报的准确
性和时效性。
油藏数值模拟中的并行技术
网格划分与并行计算
01
对油藏数值模拟的网格进行划分,将计算任务分配到多个计算
节点上并行执行,提高计算效率。
并行求解器设计
02
针对油藏数值模拟中的线性方程组,设计高效的并行求解器,
并行化策略
采用区域分解法或功能分解法将计算域划分为多个子域,在每个子域上进行独立的CFD 模拟,并通过并行通信实现数据交换和同步。
应用案例
在航空航天、汽车工程、能源等领域中,并行CFD技术可用于模拟飞行器气动性能、汽 车空气动力学、风力发电场流场等复杂流动现象。
电磁场仿真中的并行FDTD方法
01
并行FDTD方法的基 本原理
14并行算法设计(PCAM)讲解

增加重复计算有可能减少通讯量;
二维网格计算 周围有四个,所以计算量是1,通信量是4. 看四个小点 周围有八个,计算量是4,通信量是8.
重复计算
重复计算也叫冗余计算,有时可用冗余计
算来减少通信。
减少通讯量,但增加了计算量,应保持 恰当的平衡;
重复计算的目标应减少算法的总运算时 间;
图中:三个处理器,有六个任务,怎样安排来 执行的问题。
PCAM设计方法学
设计并行算法的四个阶段
划分(Partitioning) 通讯(Communication) 组合(Agglomeration) 映射(Mapping)
划分:分解成小的任务,开拓并发性; 通讯:确定诸任务间的数据交换,监测划分的合理性; 组合:依据任务的局部性,组合成更大的任务; 映射:将每个任务分配到处理器上,提高算法的性能。
方法描述
每个任务要映射到具体的处理器,定位 到运行机器上;
任务数大于处理器数时,存在负载平衡 和任务调度问题;
映射的目标:减少算法的执行时间
并发的任务 不同的处理器 任务之间存在高通讯的 同一处理器
映射实际是一种权衡,属于NP完全问题
NP就是Non-deterministic Polynomial的问题, 也即是多项式复杂程度的非确定性问题。
同时也要保持灵活性和减少软件成本, 降低软件工程代价
重复计算
示例:二叉树上N个处理器求N个数 的全和,要求每个处理器均保持全 和。
s
s
b
b
s
s
s
s
b
b
b
b
0
1
2
3
0
1
利用并行计算技术加速图像处理算法

利用并行计算技术加速图像处理算法随着人工智能技术的发展,图像处理技术在越来越多领域得到了广泛应用。
然而,随着图像数据的不断增加,传统的串行算法已经不能很好地满足实时性和精度的要求。
因此,如何提高图像处理算法的效率成为了一个亟待解决的问题。
在这个问题上,利用并行计算技术加速图像处理算法是一个非常可行的解决方案。
1. 并行计算技术的特点并行计算技术是指利用多个处理器或计算机来同时处理一个任务的技术。
与传统的串行计算相比,它具有如下特点:(1)计算速度快:并行计算可以同时处理多个任务,因此计算速度比串行计算快得多。
(2)可扩展性好:随着计算机处理器数量的增加,可以通过加入更多的处理器来提高计算速度。
(3)适用性广:并行计算适用于各种类型的计算任务,包括图像处理、语音识别、机器学习等。
2. 利用并行计算技术加速图像处理算法(1)并行算法设计并行算法设计的关键在于任务的拆分和处理方式的设计。
图像处理算法涉及到的计算任务往往比较复杂,因此需要将任务拆分成多个小任务,并将每个小任务分配给不同的处理器来同时处理。
同时,需要考虑不同处理器之间的通信,保证数据传输的及时和准确。
(2)并行处理架构设计并行处理架构设计包括硬件和软件两个方面。
硬件方面,需要设计高效的并行处理器,提高并行计算的速度。
软件方面,需要设计高效的并行处理框架,保证处理器之间的协同和任务调度的及时。
(3)并行计算优化技术并行计算优化技术包括负载均衡、并行排序、并行计算模式等。
其中,负载均衡是指在多个处理器上分配任务时,保证每个处理器的工作量尽可能均衡;并行排序是指利用多个处理器同时排序多个数据流;并行计算模式是指设计特定的数据结构和计算模式,以最大化地利用并行计算的优势。
3. 应用实例(1)医学影像处理在医学影像处理中,常常需要对大量的图像数据进行分析、分类和诊断。
利用并行计算技术可以快速地完成这些任务,提高诊断速度和准确度。
(2)视频处理在视频处理中,常常需要对视频流进行处理和压缩。
并行算法的设计基础

表示其间的 n (i=1 to n) 次语句序列的执行 可以并行完成
2. for all 语句 for all Pi where 0 i k-1 do : :
end for 2019/11/20
表示 k 个 处理器同时 执行其间的 语句序列 9
3. 并行算法的复杂性度量
令 f(n) 和 g(n) 是定义在自然数集合N 上的两个函数,
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4
定义3:同步算法(synchronized algorithm):是指算 法的诸进程的执行必须相互等待的一类并行算法。 SIMD算法是同步算法中的一种特例。
定义4:异步算法(asynchronous algorithm):是指算 法的诸进程的执行不必相互等待的一类并行算法。
定义5:分布并行算法(distributed algorithm):将 同一任务分解为若干个子任务,使之分布在由通信 链路连接的多个节点上协同完成运算的算法。
定义12:一个并行算法的期望时间复杂性 ( expected time-complexity ) :对于所有输入 规模为 n 的问题,在给定的计算模型之下求解问 题所需的时间的平均值。
2019/11/20
15
定义13:一个并行算法最坏情况下的空间复杂性 (worst-case space-complexity) :对于所有输 入规模为 n 的问题,在给定的并行计算模型之下 求解问题所需的内存空间的最大值。
22
我们把 A 按列分为 p 个 n*r 的小矩阵A1 , A2 ,… , Ap 把 X 按行分为 p 个 r*1 的小向量X1 , X2 ,… , Xp
A = A1 A2 …
Ap
(n*r) (n*r)
并行算法

并行性条件 数据相关性:流相关、反相关、输出相关 相关性判别条件 输入集合I1,I2, 输出集合U1,U2,
I1Λ U2=Φ ; I2Λ U1=Φ ; U1Λ U2=Φ ;
数据相关
• P1: A=B+C • P2: D=A×B
其中变量A是导致P1和P2发生数据相关的原因。
P1和P2不能并行执行
1)可并发执行的任务放在不同的处理器上,增强并行度 2)需要频繁通信的任务置于同一处理器上以提高局部性。 3)采用域分解技术,当分解算法复杂,工作量不一样,通 信也许是非结构化的,此时需要负载平衡算法。 4)基于功能分解,会产生一些由短暂任务组成的计算,它 们在开始与结束时需与别的任务协调,此时可采用任务调度 算法。
假设 F(x)是D R n到D的一个映射, 要求解x* , 使得x*是 方程F(x)=0的一个解.记F(x)的Jacobi矩阵为G(x)=F' ( x ), 对给定的初始值x (0) , 则Newton迭代法如下 : x (k+1) x (k) G 1 ( x (k) ) F ( x (k) ), k 0,..........
并行算法简介
解决方案中心 高性能计算部 姜金良
目录
并行算法基本概念 并行算法分类 并行化方法 并行算法的一般设计方法 并行算法的基本设计技术 并行算法的一般设计过程 并行程序设计方法 并行编程模型
并行算法的概念
• 并行算法:是一些可同时执行的诸进程的集合,这些进程相互作
用和协调动作从而达到给定问题的求解。
• 同步和异步并行算法
同步并行算法需要在某一时刻需要与其它的处理机进行数 据交换,然后才能继续进行.异步并行算法进行数据交换不 需要严格确定在某一时刻,每个处理机按照预定的计算任 务持续执行,但通常需要在一定的时候必须进行一次数据 交换,以保证算法的正确性 例:
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评注
借用已有算法求解新问题
方法描述
找出求解问题和某个已解决问题之间的联系; 改造或利用已知算法应用到求解问题上。 这是一项创造性的工作; 使用矩阵乘法算法求解所有点对间最短路径 是一个很好的范例。
评注
PCAM设计过程
问题 划分
通信
组合
映射
划分:是对任务并行的求解,把任务大任务都 打散,打稀碎,分解成小任务。 通信:原来是一个整体,不需要通信,分解后 各个部分之间存在交流了,即通信。 通信属于额外成本,越少越好。 组合:任务组合形成更大的任务,目的是减少 通信。 映射:并行程序的实现过程。 图中:三个处理器,有六个任务,怎样安排来 执行的问题。
任务的合并使得算法更有效 将任务分配到处理器,并保持负载平衡
通讯
组合
映射
权重轮询调度算法(Weighted Round-Robin Scheduling) 上面所讲的轮询调度算法并没有考虑每台 服务器的处理能力,在实际情况中,可能并不 是这种情况。由于每台服务器的配置、安装的 业务应用等不同,其处理能力会不一样。所以, 我们根据服务器的不同处理能力,给每个服务 器分配不同的权值,使其能够接受相应权值数 的服务请求。
由于权重轮询调度算法考虑到了不同服务器的 处理能力,所以这种均衡算法能确保高性能的 服务器得到更多的使用率,避免低性能的服务 器负载过重。所以,在实际应用中比较常见。 总结 轮询调度算法以及权重轮询调度算法的特 点是实现起来比较简洁,并且实用。目前几乎 所有的负载均衡设备均提供这种功能。
PCAM设计方法学
划分(Partitioning) 通讯(Communication) 组合(Agglomeration) 映射(Mapping) 小结
映射(实现的考虑,系统来做)
方法描述 负载平衡算法 任务调度算法 映射判据
方法描述
每个任务要映射到具体的处理器,定位 到运行机器上; 任务数大于处理器数时,存在负载平衡 和任务调度问题; 映射的目标:减少算法的执行时间
并行计算 Parallel Computing
并行算法设计( PCAM )
主讲人:张琪
并行算法的一般设计方法
串行算法的直接并行化 从问题描述开始设计并行算法 借用已有算法求解新问题
从问题描述开始设计并行算法
方法描述
从问题本身描述出发,不考虑相应的串行算 法,设计一个全新的并行算法。 挖掘问题的固有特性与并行的关系; 设计全新的并行算法是一个挑战性和创造性 的工作;
最短的期望的延迟(Shortest Expected Delay Scheduling SED)
举例来说 ABC三台机器分别权重123 ,连接数也分别是 123。那么如果使用WLC算法的话一个新请求 进入时它可能会分给ABC中的任意一个。使用 sed算法后会进行这样一个运算 A:(1+1)/1 B:(1+2)/2 C:(1+3)/3 根据运算结果,把连接交给C 。
任务调度算法
任务放在集中的或分散的任务池中,使用任务调度 算法将池中的任务分配给特定的处理器。下面是两 种常用调度模式: 经理/雇员模式
w w w w 员工 w p p p ppp 经理 w
非集中模式
w
Min-Min算法
ห้องสมุดไป่ตู้
Min-Min算法是一种实现起来很简单的算法, 算法的执行时间也很快。算法的思想是首先映 射小的任务,并且映射到执行快的机器上。 执行过程为:计算要参与映射事件的每个任务 在各个机器上的期望完成时间,找到每个任务 的最早完成时间及其对应的机器;从中找出具 有最小最早完成时间的任务,将该任务指派给 获得它的机器;指派完成后,更新机器期望就 绪时间并将已完成映射的任务从任务集合中删 除。重复上面的过程,直到所有的任务都被映 射完。
映射判据
采用集中式负载平衡方案,是否存 在通讯瓶颈? 采用动态负载平衡方案,调度策略 的成本如何?
PCAM设计方法学
划分(Partitioning) 通讯(Communication) 组合(Agglomeration) 映射(Mapping) 小结
小结
划分
域分解和功能分解 任务间的数据交换
前两个步骤是在算法层次上的,本部分和 并行机、体系结构有关。 增加粒度: 在划分阶段,致力于尽可能多的任务以增大 并行执行的机会.但定义大量的细粒度任务 不一定产生一个有效的算法,因为这有可能 增加通信的代价和任务创建的代价
表面-容积效应
通讯量与任务子集的表面成正比,计算量 与任务子集的体积成正比; 通信量与其附近的任务数有关,计数量 与任务本身大小有关。
增加重复计算有可能减少通讯量;
二维网格计算 周围有四个,所以计算量是1,通信量是4. 看四个小点 周围有八个,计算量是4,通信量是8.
重复计算
重复计算也叫冗余计算,有时可用冗余计
算来减少通信。
减少通讯量,但增加了计算量,应保持 恰当的平衡; 重复计算的目标应减少算法的总运算时 间; 同时也要保持灵活性和减少软件成本, 降低软件工程代价
0 Σ
3
0 Σ
3
0 Σ
3
0 Σ
3
4 Σ
7
4 Σ
7
4 Σ
7
4 Σ
7
0 Σ
1
0 Σ
1
2 Σ
3
2 Σ
3
4 Σ
5
4 Σ
5
6 Σ
7
6 Σ
7
0
1
2
3
4
5
6
7
蝶式结构求和,使用了重复计算,共需logN步
组合判据
增加粒度是否减少了通讯成本? 重复计算是否已权衡了其得益? 是否保持了灵活性和可扩放性? 组合的任务数是否与问题尺寸成比 例? 是否保持了类似的计算和通讯? 有没有减少并行执行的机会?
PCAM设计方法学
设计并行算法的四个阶段
划分(Partitioning) 通讯(Communication) 组合(Agglomeration) 映射(Mapping)
划分:分解成小的任务,开拓并发性; 通讯:确定诸任务间的数据交换,监测划分的合理性; 组合:依据任务的局部性,组合成更大的任务; 映射:将每个任务分配到处理器上,提高算法的性能。
并发的任务 不同的处理器 任务之间存在高通讯的 同一处理器
映射实际是一种权衡,属于NP完全问题
NP就是Non-deterministic Polynomial的问题, 也即是多项式复杂程度的非确定性问题。 NP完全问题是不确定性图灵机在P时间内能解 决的问题,是世界七大数学难题之一。NP完 全问题是NP类中“最难”的问题,也就是说 它们是最可能不属于P类的。这是因为任何NP 中的问题可以在多项式时间内变换成为任何特 定NP完全问题的一个特例。属于计算机科学 理论的一个基本概念。
该算法形式化描述如下: M为所有未调度的任务的集合 (1)判断任务集合M是否为空,不为空,执 行(2);否则跳到步骤(7)。 (2)对于任务集中的所有任务,求出它们映 射到所有可用机器上的最早完成时间cij。 (3)根据(2)的结果,找出最早完成时间最 小的那个任务mi和所对应的机器hj。 (4)将任务mi映射到机器hj上;并将该任务 从任务集合中删除。 (5)更新机器hj的期望就绪时间rj。 (6)更新其它任务在机器hj上的最早完成时 间;回到(1)。 (7)此次映射事件结束,退出程序。
重复计算
示例:二叉树上N个处理器求N个数 的全和,要求每个处理器均保持全 和。
s s b b
0
b b
1
s
0
s
1
s
2
s
3
b
2
b
3
二叉树上求和,共需2logN步
重复计算
示例:二叉树上N个处理器求N个数的全和, 要求每个处理器均保持全和。
0 Σ 7 0 Σ 7 0 Σ 7 0 Σ 7 0 Σ 7 0 Σ 7 0 Σ 7 0 Σ 7
PCAM设计方法学
划分(Partitioning) 通讯(Communication) 组合(Agglomeration) 映射(Mapping) 小结
组合
方法描述 表面-容积效应 重复计算 组合判据
方法描述
组合是由抽象到具体的过程,是将组合 的任务能在一类并行机上有效的执行; 合并小尺寸任务,减少任务数。如果任 务数恰好等于处理器数,则也完成了映 射过程; 如果任务数大于处理器数,需要进行映 射; 通过增加任务的粒度和重复计算,可以 减少通讯成本; 保持映射和扩展的灵活性,降低软件工 程成本;(例如:开发和维护成本)
负载平衡算法
静态的:事先确定; 概率的:随机确定; 动态的:执行期间动态负载; 基于域分解的:
递归对剖 局部算法 概率方法 循环映射
静态调度——轮询算法
随着各站点访问量和信息交流量的迅猛增长, 如何使用最小的资源成本,提高网络的效率, 最优化用户体验,已经成为网络管理人员不得 不面对的挑战。 技术上讲,就是ICP--网际网路内容提供者 (internet content provider)行业面临的网络资 源有效利用问题,也就是如何进行对网络的访 问分流,以便能够快速响应用户反应,即:负 载均衡。