糖尿病小鼠心肌组织microRNA表达谱分析
如何使用生物大数据技术分析miRNA表达谱

如何使用生物大数据技术分析miRNA表达谱miRNA(microRNA)是一类短小非编码RNA分子,起调控基因表达的重要作用。
miRNA的表达谱分析在生物学研究中具有重要意义,可以帮助我们理解miRNA的功能,发现miRNA与疾病之间的关联,并为疾病的诊断和治疗提供新思路。
生物大数据技术为miRNA表达谱的分析提供了巨大的支持和便利。
本文将介绍如何使用生物大数据技术分析miRNA表达谱。
首先,获取miRNA表达谱数据。
miRNA表达谱数据可以通过多种方法获得,包括实验室测序技术、公共数据库下载等。
实验室测序技术包括高通量测序技术(如RNA-seq)和芯片技术(如miRNA芯片)。
公共数据库,如The Cancer Genome Atlas(TCGA)、Gene Expression Omnibus(GEO)等,收集了大量的miRNA表达谱数据。
根据具体研究需求,选择合适的数据来源并下载相应的数据。
接下来,对miRNA表达谱数据进行预处理。
预处理的目标是去除噪声和干扰,保证数据的质量。
首先,进行数据清洗,去除低质量的读数和低表达miRNA。
其次,进行归一化操作,使不同样本之间的数据可比。
常用的归一化方法包括总读数归一化、RPKM归一化等。
最后,进行差异分析,找出在不同样本之间表达差异显著的miRNA。
差异分析方法包括t检验、方差分析、Wald检验等,根据实际情况选择合适的方法。
然后,进行miRNA的功能注释分析。
miRNA的功能注释可以帮助我们了解miRNA在调控基因表达和信号通路中的具体作用。
常用的功能注释方法包括GO (Gene Ontology)富集分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析。
GO富集分析可以通过对miRNA靶基因的功能分类,揭示miRNA在生物学过程、分子功能和细胞组成等方面的参与情况。
KEGG富集分析可以帮助我们了解miRNA调控的代谢途径、信号通路以及相关的疾病。
MicroRNA-145通过介导OPG表达参与糖尿病慢性炎症过程中期报告

MicroRNA-145通过介导OPG表达参与糖尿病慢性
炎症过程中期报告
MicroRNA-145(miRNA-145)是一种小分子RNA,已经被证明在炎症反应和慢性疾病中发挥重要作用。
其中,糖尿病患者常伴随有慢性炎症,因此研究miRNA-145是否参与糖尿病慢性炎症的发生和发展具有重要意义。
在该研究中,研究人员使用糖尿病小鼠模型和正常小鼠模型,在肝脏和髓骨中测定了miRNA-145的表达水平,并对其在肝脏和髓骨中靶向调节过程进行了研究。
研究发现,与正常小鼠相比,糖尿病小鼠的miRNA-145表达水平明显降低。
此外,研究人员还发现,miRNA-145通过介导骨吸收抑制因子(OPG)的表达参与了糖尿病慢性炎症过程。
具体来说,miRNA-145下调了OPG的表达,导致骨吸收过程的加速和炎症的加剧。
综上所述,该研究表明miRNA-145通过调节OPG的表达参与了糖尿病慢性炎症过程。
这为深入了解糖尿病慢性炎症发生和发展机制提供了重要线索,同时也为开发治疗糖尿病慢性并发症的新策略提供了新思路。
微小RNA与糖尿病心肌病的相关性研究进展

Chin J Clin Pharmacol1977Vol .31No .19October 2015(Serial No .201)微小RNA 与糖尿病心肌病的相关性研究进展Progress of the relationship between microRNAs and diabetic cardiomyopathy收稿日期:2015-05-29修回日期:2015-07-23基金项目:国家自然科学基金资助项目(81100134);哈尔滨医科大学药学院大学生创新创业训练计划基金资助项目(YXY20140140)作者简介:郑丽霞(1994-),女,主要从事临床药学研究通信作者:李雪连,副教授,硕士生导师Tel:(0451)86671354E-mail:eexueer@163.com郑丽霞,李天时,李雪连(哈尔滨医科大学药学院药理教研室;心血管药物研究教育部重点实验室,哈尔滨 150086)ZHENGLi-xia,LITian-shi,LIXue-lian(Department of Pharmacology ,College of Pharmacy ,Harbin Medical Universi -ty ;Key Laboratory of Cardiovascular Medicine Research ,Ministry of Educa -tion ,Harbin 150086,China )摘要:糖尿病心肌病(DCM)是一种以心肌结构和功能重构为特征的特异性心肌病,其发生不依赖于冠心病、高血压和其他心脏疾病。
影响糖尿病心肌病的因素很多,如代谢紊乱、微血管病变、钙转运缺陷及自主神经病变等因素,但其发病机制尚不清楚。
微小RNA(miRNAs)是一种转录后调节基因表达的非编码小RNA,参与调节糖尿病心肌病病理生理过程中的多个环节。
本文将主要阐述miRNAs与糖尿病心肌病的一些病理性改变(如心肌肥大、纤维化、细胞凋亡、代谢失调、心律失常)的关系及作用。
糖尿病心肌病小鼠心肌成纤维细胞miR-375表达及其对胶原蛋白Ⅰ合成的影响

糖尿病心肌病小鼠心肌成纤维细胞miR-375表达及其对胶原蛋白Ⅰ合成的影响黄燕;张赢予;王好;周艳芳;张国辉;芮涛【摘要】目的:探讨miR-375在糖尿病心肌病心肌纤维化发生发展过程中的作用机制.方法:原代培养小鼠(C57BL/6)心肌成纤维细胞,采用免疫组织化学染色法鉴定细胞纯度.将培养的第2~3代心肌成纤维细胞随机分成对照组和高糖组,高糖组在处理6,12,24 h后,采用实时定量PCR方法检测各组细胞中miR-375的差异性表达.miR-375抑制剂瞬时转染心肌成纤维细胞,实时定量PCR检测转染效率.免疫组织化学染色检测心肌成纤维细胞中Ⅰ型胶原蛋白的表达.结果:原代分离培养的第2代心肌成纤维细胞纯度可达90%;心肌成纤维细胞经高糖处理6,12,24 h后其miR-375的表达有增加趋势;抑制miR-375的表达后,高糖处理的心肌成纤维细胞内Ⅰ型胶原蛋白的表达显著降低.结论:miR-375可能在糖尿病心肌病心肌纤维化中发挥重要的作用.%Objective:To investigate the effect of miR-375 on cardiac fibrosis in diabetic cardiomyopathy mice.Methods:Cardiac fibroblasts isolated from hearts of C57BL/6 mice were cultured in DMEM medium (low glucose concentration).The purity of cardiac fibroblasts were evaluated by immunohistochemical staining.The second and third generation cardiac fibroblasts were randomly divided into control group (5 mmol/L glucose)and high glucose group (25 mmol/L glucose).The cardiac fibroblasts of high glucose groups were treated by high glucose for different times (6,12,24 h).The different expression of miR-375 in cardiac fibroblasts was detected by real-time quantitative PCR.miR-375 inhibitor was transiently transfected into cardiac fibroblasts by lipofectamineTM2000 reagent; transfection efficiency was detected through real-time quantitative PCR.The expression of collagen Ⅰ in cardiac fibroblasts was evaluated by immunohistochemical staining.Results:The purity of the second generation of cardiac fibroblasts was above 90%.During the time point 6 to 24 h cardiac fibroblasts treated by high glucose,the expression of miR-375 showed an increase tendency;in high glucose and miR-375 inhibitor treated group,the expression of collagen Ⅰ decreased significantly.Conclusion:MiR-375 might play an important role in diabetic myocardial fibrosis.【期刊名称】《江苏大学学报(医学版)》【年(卷),期】2013(023)003【总页数】5页(P197-200,206)【关键词】MiR-375;糖尿病心肌病;心肌纤维化【作者】黄燕;张赢予;王好;周艳芳;张国辉;芮涛【作者单位】江苏大学附属人民医院心内科,江苏镇江212002;江苏大学附属人民医院心内科,江苏镇江212002;江苏大学附属人民医院心内科,江苏镇江212002;江苏大学附属人民医院心内科,江苏镇江212002;江苏大学附属人民医院心内科,江苏镇江212002;江苏大学附属人民医院心内科,江苏镇江212002【正文语种】中文【中图分类】R542.23糖尿病心肌病(diabetic cardiomyopathy,DCM)是糖尿病的常见并发症,其临床诊断是基于糖尿病患者独立于冠心病、高血压和乙醇性心肌病等出现心功能不全[1]。
microRNA在心血管系统中的表达和功能_刘媛圆

microRNA 在心血管系统中的表达和功能刘媛圆综述 杨新春 蔡 军审校=摘要> micro RNA (miRNA,m iR)是一类调控基因,在心血管系统中的角色和功能的相关研究甚多。
在生理状态下,m iR -1和m iR -133调控心肌细胞分化、心脏形态的形成及心肌细胞凋亡。
在病理状态下,心肌肥厚的发生与m iR -1、m iR -133、miR -21下调有关;一系列miRNA 参与冠心病多个病理过程,如m iR -126表达减少导致内皮炎性反应增强,miR -199下调促进心肌缺氧,心肌梗死后抑制m iR -92可促进心血管生成,miR -29、miR -30、m iR -133表达减少以促进心肌纤维化等;miR -1与miR -133可通过改变离子通道进而影响心肌自律性、传导性等多种途径引发相关心律失常;上调的miR -1、m iR -133、miR -21对心力衰竭起保护性作用。
=关键词> microRNA;细胞分化;心肌肥厚;冠心病;心律失常;心力衰竭DOI:10.3969/j.issn.1673-6583.2010.02.012 基金项目:国家自然科学基金(30770875);国家自然基金重大计划(90919054)作者单位:100020 首都医科大学附属北京朝阳医院心脏中心 通讯作者:杨新春,Email:yan gxc @micro RNA (miRNA,m iR)是一种内源性非编码RNA,在动物种系发生中具有保守序列,在基因表达的调控中发挥重要作用,通过识别靶向m RNA 的3c 非转录区(3c untranslated regio n,3c UT R),调节转录后基因沉默,促进mRN A 降解或抑制其转录发挥蛋白水平的调节功能,从而参与许多重要的生物进程。
miRNA 具有组织特异性[1],其在心血管系统生理和病理状态下均发挥作用。
1 生理条件下的表达和功能1.1 心肌细胞分化和心脏形态学在miRNA 家族中,miR -1和miR -133被认为具有心肌组织特异性,可维持分化和增值的平衡、诱导祖细胞向心肌细胞的分化,而缺失时则可能出现室间隔缺损等形态学异常。
micro-mRNA在糖尿病性心肌病中作用的研究进展

micro-mRNA在糖尿病性心肌病中作用的研究进展谢亭亭;成永霞【摘要】microRAN( miRAN)作为一种重要的生物功能调控者渐渐走近大家的视野。
破坏miRAN水平不仅能够导致肥胖的糖尿病患者长期慢性炎症的发生,还能够导致胰岛B细胞功能的丧失障碍和组织内新陈代谢对于胰岛素的抵抗,这为糖尿病其它组织器官的功能障碍提供了病理基础。
研究表明糖尿病患者正在遭受一种特殊的心脏损害,称为“糖尿病性心肌病”。
糖尿病性心肌病是继发于代谢损伤后的特殊原发病过程,引发心肌结构和功能的异常,导致心衰的发生,在这过程中,miRAN又一次扮演了重要角色。
本文的主要目的是总结现阶段我们对于miRAN在糖尿病性心肌病发生发展中的作用的研究进展,从而发掘利用miRAN作为糖尿病性心肌病的生物标记和治疗的靶物质的重大意义。
【期刊名称】《牡丹江医学院学报》【年(卷),期】2015(000)002【总页数】3页(P104-106)【关键词】miRAN;糖尿病性心肌病;研究进展【作者】谢亭亭;成永霞【作者单位】牡丹江医学院基础医学院12级麻醉学3班;牡丹江医学院基础医学院病理教研室,黑龙江牡丹江 157000【正文语种】中文【中图分类】R587.1糖尿病所导致的长期慢性并发症通过损害多种器官血管而使病人面临肾衰失明和心衰的风险,一份新近调查报告指出microRNA(miRAN)可能在这些病变进程的基因水平起到重大作用。
在翻译中miRNA通过禁止靶RNA的翻译而对基因表达进行调控,然而在疾病中这种调控会发生改变,进一步导致下游基因表达的改变(通常表现为上调)。
将miRNA的水平重置于正常后下游基因的表达会恢复到正常水平,糖尿病的相关病变也会停止。
翻译水平的调控者,本是不成熟的转录产物,后被加工成为成熟的miRNA。
成熟的miRNA作用于tRNA,通过其3非翻译区的具体约束机制来进行抑制,依赖于互补性来引发mRNA活动的减弱或中断。
小鼠组织与多能性干细胞中小分子RNA表达谱的系统鉴定与功能分析的开题报告
小鼠组织与多能性干细胞中小分子RNA表达谱的系统鉴定与功能分析的开题报告一、研究背景小分子RNA(microRNA,miRNA)是一类重要的非编码RNA,其中含有约22nt的小分子RNA序列。
它们可以基因调节,调控蛋白质表达和细胞信号通路,与肿瘤、心血管疾病、内分泌失调等多种疾病有关。
近年来,越来越多的研究表明miRNA对干细胞增殖、分化、命运决定和重编程等方面有着非常重要的调控作用。
在多能性干细胞的维持和分化过程中,miRNA起着关键的调控作用。
二、研究目的本研究旨在通过高通量测序技术鉴定小鼠组织与多能性干细胞中的miRNA表达谱,并通过生物信息学和体外实验,分析其中的生物学意义和机制。
具体研究内容:1.使用高通量测序技术,对小鼠组织和多能性干细胞进行miRNA表达谱分析,并鉴定不同组织和细胞型之间miRNA表达的差异;2.通过生物信息学方法,对鉴定到的miRNA进行生物学注释和功能分析,包括miRNA的靶基因预测、通路分析和调节网络预测等;3.利用体外干细胞培养和分化实验,探讨miRNA对多能性干细胞增殖和分化的影响,进一步验证其机制;4.最后,分析miRNA在干细胞研究和再生医学中的应用前景。
三、研究意义本研究可以深入理解miRNA在多能性干细胞的维持和分化过程中的作用机制,为干细胞分化和再生医学提供理论依据。
此外,通过对小分子RNA的鉴定和功能分析,可以为肝脏、心血管疾病等疾病的治疗提供新的思路。
四、研究方法1.实验材料和处理:小鼠组织和多能性干细胞;2.高通量测序技术:将RNA提取、准备文库、测序和数据分析的方法;3.生物信息学方法:包括基因表达谱分析、miRNA靶基因预测、miRNA通路分析和miRNA调节网络预测;4.体外干细胞培养和分化实验:多能性干细胞培养、分化和miRNA 的干扰实验。
五、研究时间节点6个月内:小鼠组织和多能性干细胞样品采集和RNA提取;9个月内:文库准备、高通量测序和数据分析;12个月内:生物信息学分析和miRNA功能实验;15个月内:结果总结、数据分析和文献撰写。
人体组织microRNA表达谱数据库信息的分析
microRNAs(miRNAs)是一种长约22nt的非编码单链小分子RNA。
miRNAs广泛存在于真核生物中,通过序列互补与特定mRNA结合,进而引起靶标mRNA的降解或抑制其翻译,最终在转录后水平抑制特定靶基因表达[1]。
miRNAs介导的基因表达沉默过程分为三步:首先,由RNaseⅢ(Drosha)加工初级miRNA(primary microRNA,pri-miRNA)得到miR-NA前体(pre-miRNA);其次,由RNaseⅢ(Dicer)加工pre-miRNA得到成熟miRNA;其中一条链与蛋白质结合,形成RNA诱导的沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISC);最后,RISC结合到有互补序列的靶标mRNA上,通过促进靶mRNA的降解或抑制其翻译导致基因表达沉默[2]。
miRNAs通过调控与生长发育、代谢、细胞增殖和细胞凋亡等生物学过程相关基因的表达发挥重要功能。
每个miRNA可以调控多个靶基因,多个miR-NA也可调节同一个基因。
这种复杂的调节方式既可以通过单个miRNA实现基因表达的经济调控,又可以通过多个miRNA组合调控实现基因表达的精细调控。
目前在人体中已经鉴定出了700多个miRNAs,而预测人体miRNAs总数超过1000个,受miRNAs 调控的基因数目达到了整个基因组总数的30%以上人体组织microRNA表达谱数据库信息的分析代荣阳,严冬梅,刘友平,李洪(泸州医学院生物化学教研室,人类疾病细胞信号与调控四川省高校重点实验室,四川泸州646000)摘要目的:利用数据库信息获取人体组织microRNAs(miRNAs)表达数据,通过对其系统分析获得有益信息,进而为深入研究特定miRNA的功能提供新思路。
方法:从miRNAs表达谱数据库获取人体多种组织miRNAs表达信息,按表达丰度、表达非特异性和特异性等对miRNAs表达谱进行分析;选择表达丰度大于0.004的miRNAs作为分析对象,并将在多种组织中均表达者定义为非特异性表达,而在单一组织中表达者则定义为特异性表达。
糖尿病小鼠心肌组织microRNA表达谱分析
糖尿病小鼠心肌组织microRNA表达谱分析刁雪红;申锷;胡兵;张跃力;吴作辉;魏聪【摘要】目的观察中晚期糖尿病模型小鼠心肌组织microRNA(miRNA)表达,对差异miRNA调控的靶基因进行初步预测.方法 15只C57小鼠经腹腔一次性注射链脲佐菌素(STZ)建立糖尿病小鼠模型(模型组,n=15),以10只未建模小鼠作为对照组.建模后8周末,超声心动图检测小鼠心脏功能指标,包括左室射血分数(EF)、左室短轴缩短率(FS)和左心室质量指数(LVWI).动物处死后留取并制备心肌组织标本,HE 染色光学显微镜观察心肌细胞形态,并结合相关软件定量分析心肌细胞面积改变;采用微距阵基因芯片技术筛选糖尿病模型小鼠心肌组织差异表达的miRNA,Real-Time PCR验证结果,并对差异miRNA调控的靶基因进行生物信息学分析.结果建模8周末,超声心动图检测显示,模型组小鼠EF和FS明显小于对照组,LVWI显著大于对照组;差异均有统计学意义(P<0.05).组织学观察发现,模型组小鼠心肌细胞肥大明显.基因芯片检测并经Real-Time PCR验证发现,模型组小鼠心肌组织中有16个差异表达的miRNA,其中miR-195、miR-199a-3p、miR-700、miR-142-3p、miR-24、miR-21、miR-221、miR-499-3p、miR-208a、miR-705表达上调,miR-29a、miR-1、miR-373、miR-143、miR-20a、miR-220b表达下调.生物信息学分析发现,差异miRNA调控的靶基因与细胞增殖、凋亡、糖代谢及血管生成等生物学功能相关.结论 STZ诱导的中晚期糖尿病模型小鼠心肌组织miRNA 表达谱发生明显改变,提示miRNA可能参与糖尿病心肌损伤过程.【期刊名称】《上海交通大学学报(医学版)》【年(卷),期】2010(030)010【总页数】5页(P1194-1198)【关键词】microRNA;糖尿病;心肌损伤;微距阵基因芯片【作者】刁雪红;申锷;胡兵;张跃力;吴作辉;魏聪【作者单位】上海交通大学附属第六人民医院超声医学科,上海超声医学研究所心血管病实验室,上海200233;上海交通大学附属第六人民医院超声医学科,上海超声医学研究所心血管病实验室,上海200233;上海交通大学附属第六人民医院超声医学科,上海超声医学研究所心血管病实验室,上海200233;上海交通大学附属第六人民医院超声医学科,上海超声医学研究所心血管病实验室,上海200233;上海交通大学附属第六人民医院超声医学科,上海超声医学研究所心血管病实验室,上海200233;上海交通大学附属第六人民医院超声医学科,上海超声医学研究所心血管病实验室,上海200233【正文语种】中文【中图分类】R331.31%R587.1糖尿病心肌病作为糖尿病独立并发症目前已被肯定且日益受到重视,它是导致心脏功能衰竭的重要原因,也是糖尿病群体特别是老年男性和绝经后女性患者高病死率的重要原因。
microRNA-1转基因小鼠心肌组织中胶原表达水平的研究
microRNA-1转基因小鼠心肌组织中胶原表达水平的研究张婧;刘学;张璐;尹宏丽;刘天华;张莹【期刊名称】《哈尔滨医科大学学报》【年(卷),期】2016(50)1【摘要】目的研究microRNA-1(miR-1)转基因小鼠心肌组织中各型胶原的表达水平。
方法取4月龄的心脏特异性miR-1过表达的转基因小鼠(TG)和野生型小鼠(WT)各20只,应用小鼠心动超声检测小鼠心功能,应用real time-PCR技术检测心肌组织中COL1A1等十一种胶原的mRNA表达水平。
结果4月龄时TG小鼠心肌组织中miR-1的表达水平显著增加,心脏超声结果显示TG组的小鼠心脏射血分数(ejection fraction,EF)和左室短轴缩短分数(left ventricular shortening fraction,FS)均显著降低,左室收缩末内径(left ventricular end systolic diameter,LVIDs)和左室收缩末期容积(left ventricular end systolic volume,LV Vols)显著增加,收缩末期左室后壁厚度(left ventricular posterior wall thickness at end systole,LVPWs)显著减少。
在所检测的十一种胶原中COL1A1和COL6A3 mRNA表达水平显著增加。
结论miR-1过表达转基因小鼠心肌组织中胶原水平显著增加。
【总页数】5页(P8-11)【关键词】microRNA-1;胶原;心功能【作者】张婧;刘学;张璐;尹宏丽;刘天华;张莹【作者单位】哈尔滨医科大学药理学教研室;哈尔滨医科大学附属第一医院药学部【正文语种】中文【中图分类】R966【相关文献】1.红芪多糖对db/db小鼠糖尿病心肌病心肌组织TGF-β1与Ⅰ型胶原蛋白表达的影响 [J], 金智生;王东旭;和彩玲;张花治;谢卓霖;王栋;王倩2.系统性红斑狼疮小鼠模型肾脏组织中Ⅰ、Ⅲ型前胶原基因表达和胶原沉积的初步研究 [J], 周平3.双环醇对小鼠日本血吸虫病心肌组织中TGF-β1、金属蛋白酶1和Ⅰ、Ⅲ型胶原表达的影响 [J], 何生松;徐标;韩春荣4.病毒性心肌炎小鼠血浆血管紧张素Ⅱ和醛固酮水平与心肌胶原表达的关系 [J], 荆志成;程显声;段兵5.扩张型心肌病患者左心室心肌组织中转化生长因子β、结缔组织生长因子和胶原蛋白的表达水平及临床意义 [J], 易欣; 刘畅; 周易; 蒋学俊因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
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・1194-上海交通大学学报(医学版)JournalofShanghaiJiaotongUniversity(MedicalScience)V01.30No.10Oct.2010文章编号:1674—8115(2010)10—1194—05糖尿病小鼠心肌组织microRNA表达谱分析刁雪红。
申锷,胡兵,张跃力。
吴作辉。
魏聪(上海交通大学附属第六人民医院超声医学科上海超声医学研究所心血管病实验室,上海200233)・论著・摘要:目的观察中晚期糖尿病模型小鼠心肌组织microRNA(miRNA)表达,对差异miRNA调控的靶基因进行初步预测。
方法15只C57小鼠经腹腔一次性注射链脲佐菌素(STZ)建立糖尿病小鼠模型(模型组,n=15),以10只未建模小鼠作为对照组。
建模后8周末,超声心动图检测小鼠心脏功能指标.包括左室射血分数(EF)、左室短轴缩短率(FS)和左心室质量指数(LVwI)。
动物处死后留取并制备心肌组织标本,HE染色光学显微镜观察心肌细胞形态,并结合相关软件定量分析心肌细胞面积改变;采用微距阵基因芯片技术筛选糖尿病模型小鼠心肌组织差异表达的miRNA,Real—TimePCR验证结果,并对差异miRNA调控的靶基因进行生物信息学分析。
结景建模8周末,超声心动图检测显示,模型组小鼠EF和Fs明显小于对照组,LVWI显著大于对照组;差异均有统计学意义(P<0.05)。
组织学观察发现,模型组小鼠心肌细胞肥大明显。
基因芯片检测并经Real—TimePCR验证发现,模型组小鼠心肌组织中有16个差异表达的miRNA,其中miR一195、miR一199a-3p、miR-700、miR一142-3p、miR一24、miR.2l、miR-221、miR.499—3P、miR一208a、miR.705表达上调,miR-29a、miR-l、miR-373、miR一143、miR一20a、miR一220b表达下调。
生物信息学分析发现,差异miRNA调控的靶基因与细胞增殖、凋亡、糖代谢及血管生成等牛物学功能相关。
结论STZ诱导的中晚期糖尿病模型小鼠心肌组织miRNA表达谱发生明显改变,提示miRNA可能参与糖尿病心肌损伤过程。
关键词:microRNA;糖尿病;心肌损伤;微距阵基因芯片DOI:10.3969/j.issn.1674.8115.2010.10.003中图分类号:R331.3l;R587.1文献标志码:AAnalysisofmicroRNAexpressionprofileincardiacmuscletissuesofdiabeticmiceDIAOXue-hong,SHENE,HUBing,ZHANGYue—li,WUZuo-hui,WEICongrDepartmentofUltrasoundinMedicine,CardiovascularDiseaseLaboratory,ShanghaiInstituteofUltrasoundinMedicine,TheSixthPeople'sHospital,ShanghaiJiaotongUniversity,Shanghai200233,China)Abstract:ObjectiveToobserveexpressionofmicroRNA(miRNA)incardiacmuscletissuesofadvanceddiabeticmiceandtomakeaninitialpredictionoftargetgeneregulatedbydifferencemiRNA.MethodsFifteenC57miceweregivensingleintraperitonealinjectionofstreptozotocin(STZ)toestablishdiabeticmodels(modelgroup).Another10normalmicewereascontrolgroup.Attheendof8weeksafterinjection,leftventricularfunctions,includingejectionfraction(EF),fractionalshortening(FS),andleftventficularweightindex(LVWI),weredetectedbyusingechocardiography.Themiceweresacrificedformakingcardiacmuscletissuesamples.Then,cellmorphologywasobservedbyHEstainingunderopticalmicroscope,andchangeofcellsizewasanalyzedbyquantitativesoftware.DifferentialexpressionsofmiRNAwereperformedwithmicroarrayanalysisandfurtherconfirmedbyquantitativereal-timeRT・PCR.ThetargetgeneregulatedbydifferencemiRNAwasanalyzedwithbioinformatics.ResulbAttheendof8weeksafterinjection.EFandFSinmodelgroupweresignificantlylowerthanthoseofcontrolgroup,butLVWIsignificantlyhigher(P<0.05).Underhistologicalobservation,cardiachypertrophyshowedobviouslyinmodelgroup.Therewere16microRNAsdifferentialexpressionsdetectedbymieroarrayanalysisinmodelgroup,including10up—regulated(miR一195,miR-199a-3p,miR-700,miR一142-3p,miR-24,miR-21,miRNA一221,miR-499-3p,miR-208a,andmiR-705)and6down—regulated(miR・29a,miR一1,miR-373,miR・143,miR一20a,andmiR-220b).ThebioinformaticsanalysisindicatedthatthetargetgeneregulatedbymiRNAinvolvedincellproliferation,apoptosis,glycometabolism,andangiogenesis.ConclusionMiRNAexpressionprofileincardiacmuscletissuesofSTZinducedadvanceddiabeticmicehassignificantlychanges,whichmaycontributetowardtheprocessofdiabeticcardiomyopathy.Keywords:microRNA;diabetes;cardiomyopathy;microarray基金项目:上海市浦江人才计划(09Pjl408400)(Shah【ghaiPujiangProgram.China,09PJl408400)。
作者简介:刁雪红(1983一),女,博士生;电子信箱:xuehon9819@yahoo.eom.cn。
通讯作者:申锷。
电子信箱:shenelOOl@hotmail.eonl。
万方数据刁雪红,等:糖尿病小鼠心肌组织microRNA表达谱分析糖尿病心肌病作为糖尿病独立并发症目前已被肯定且日益受到重视,它是导致心脏功能衰竭的重要原因,也是糖尿病群体特别是老年男性和绝经后女性患者高病死率的重要原因。
目前已确定了一些关键基因和信号途径参与了糖尿病心肌病的病理过程,但其发病机制并未完全阐明…。
MicroRNA(miRNA)是~类内源性、具有22个左右核苷酸大小的非编码RNA分子,在进化中呈现高度保守性,通过碱基匹配原则识别靶基因3’非翻译区(3’UTR)的靶位点,从而抑制编码蛋白靶基因的翻译和(或)降解靶基因旧J。
研究"o发现,miRNA在正常人和心脏疾病患者的心肌组织中有特征性表达,不仅在调控心肌细胞的分化和发育中起苇要作用,在心血管系统的病理生理过程中同样不可或缺。
本研究通过建立糖尿病动物模型,运用基因芯片技术检测心肌组织中差异miRNA表达,初步探讨miRNA在1型糖尿病心肌病病理过程中的作用。
1材料与方法1.1材料1.1.1动物及分组25只8周龄雄性C57小鼠,体质量23—25g;随机分为糖尿病模型组(,l=15)和对照组(r/,=10)。
所有动物由中国科学院上海实验动物中心提供,动物生产许可证和使用许可证号码分别为SCXK(沪)2007—0005和SCXK(沪)2006—0010)。
1.1。
2主要试剂和仪器链脲佐菌素(streptozocin,STZ)、TRIzol试剂(Sigma,美国);Sonos5500超声诊断系统(探头频率14MHz)(Philips,美国);TaqMan@MicroRNAAssays、miRNAIsolationKit(Ambion,美国);荧光标记、芯片杂交及结果检测在北京奥博生物公司实验室完成;LuxScan10K/A双通道激光扫描仪、LuxScan3.0图像分析软件、基因芯片显著性分析(SignificanceanalysisofMicroarrays,SAM)软件(SAM3.02)由北京博奥公司提供。
1.2方法1.2.1建立糖尿病动物模型模型组小鼠经单次腹腔注射STZ(150mr,/kg)制作l型糖尿病动物模型。
于STZ注射后72h时点,经尾静脉采血用OnetouchII血糖仪检测随机血糖,若血糖水平超过16.7mmol/L即确认建模成功H1。
对照组小鼠则单次腹腔注射等量生理盐水。
I.2.2心脏功能检测①超声心动图测量:于建模后8周末,对所有动物实施超声心动图测量。
将小鼠固定仰卧略向左倾斜位后获取胸骨旁短轴切面M型超声图像,测量左心室射血分数(1eftventricularejectionfraction,LVEF)和左心室短轴缩短率(fractionalshort—ening,FS)。
②左心室质量指数(1eftventficularweightindex,LVWI):小鼠处死前后分别称量体质量和左心室质量,LVwl=左心室质量/体质量。