分子力学、分子动力学模拟
实验二：分子与表面的对接优化及分子动力学模拟-副本
《计算材料学》实验讲义实验二：分子与表面的对接、优化及分子动力学模拟、前言1.分子力学优化分子力学方法又称力场方法，其基于非常简单的经典力学模型，忽略了电子运动，把体 系能量看作是原子核坐标的函数，其贡献来自诸如键伸缩、单键键角的张合以及旋转等等。
该方法从本质上说是能量最小值方法，即在原子间相互作用势的作用下，通过改变粒子分布 的几何位型，以能量最小为判据，从而获得体系的最佳结构。
因此，确定分子间的相互作用 势是进行分子力学优化的关键，在分子力学中用力场来描述分子中各原子间的相互作用。
所谓力场是指描述各种形式的相互作用对分子能量影响的函数，其有关参数、常数和表 达式通常称为力场。
一般力场的表达式为式中，E stretch 为键的伸缩能，E ）end-为键的弯曲能，二者均采用谐振子模型； ％罰“为键的 扭曲势，它采用傅立叶级数形式来描述； 巳dw 、E elec 为非键作用项，分别表示范德华相互作用 和静电相互作用。
分子模拟所使用的力场，从最初的单原子体系扩展到多原子分子、聚合物、生化分子体 系。
力场也从简单的非键相互作用，扩展到复杂的形式。
每个力场针对特殊目的有所侧重， 各有优缺点和使用范围。
在模拟中计算中选择合适的力场尤为重要，也是决定计算结果成败 的关键。
对于全原子模拟而言，人们越来越重视力场的发展，概括的讲，可以把力场的发展 趋势归结为三点：第一是朝着通用的方式发展，几乎覆盖所有的原子类型；第二是重点强调 和提高特定应用范围内的性质预测；第三是在适当的研究范围内追求结果的精确性，预测的 性质包括分子结构、构型性质、振动频率、生成热等。
目前常见的力场主要包括 AMBER （针对蛋白质、核酸等生化分子）、 OPLS （针对多肽 核酸和有机溶剂的液体体系）、 CHARMM （针对有机分子、溶液、聚合物、蛋白质等）、Tripos （有机小分子及生物大分子）、 YETI （含金属的生物小分子）、Universal （主族元素 化合物，有机分子，金属配合物）、Dreiding （主族元素小分子）、GROMOS （生物大分子）、 UFF(2-6)d E torsion E stretch E elec(—般分子)、CVFF (—般分子)、CFF (有机小分子)和COMPASS (有机和无机分子)。
分子动力学模拟分析
分子动力学模拟分析分子动力学模拟（Molecular Dynamics Simulation，简称MD）是一种计算模拟分子运动的方法，可以研究分子的结构、动力学和相互作用等，对物质性质和功能的研究有重要作用。
在材料科学、化学、生物学等领域中得到广泛应用。
本文将从MD模拟基础、模拟流程及分析研究结果三个方面进行阐述。
一、MD模拟基础MD模拟的基础是牛顿力学和统计物理学，其中牛顿三定律和万有引力定律描述了分子的运动和相互作用；玻尔兹曼分布定律、统计力学中的最大熵原理以及热力学第二定律等描述了系统的宏观性质和热力学性质。
MD模拟将牛顿力学和统计物理学相结合，通过数值计算方法，从初状态的分子坐标、速度和势能等信息出发，重复计算分子在某个温度、压力下的运动轨迹和性质，模拟时间可以从纳秒到毫秒，有关联的分子之间，模拟精度可达到亚埃。
二、模拟流程MD模拟的主要流程包括体系构建、体系平衡和体系生产等阶段。
体系构建需要先定义体系的边界、所包含分子种类及其数量、分子初始坐标等，这一阶段可以是手动构建，也可以是从实验数据中获取分子坐标信息进行加工。
体系平衡一般需要先进行一个大规模的能量最小化，在此基础上，对体系进行一个温度和压力逐步升高或下降的过程，使体系逐步达到平衡态，也可以调整体系的偏倚参数，如盒子尺寸等，最终得到较为合理的平衡态体系。
在体系平衡的基础上，进行体系生产，对于所需要的性质，如动力学参数、能量铁达方程、径向分布函数、自相关函数等，在进行生产时需要对体系进行约束，如固定温度、压力、含水量等，得到精确的分子性质描述。
三、分析研究结果对MD模拟结果的分析对研究者而言极为重要，主要是对数据的可视化及其统计分析。
一般可以采用分析软件如VMD、GROMACS等对MD的轨迹文件进行可视化，对于分子的运动、某些物理性质的演化、分子图像变化等，可以做出一系列的动画或动图。
对于性质的统计分析，一般需要进行采样过程，对一定时刻内的数值进行平均，这样可减小误差。
生物物理学中的分子动力学和分子动力学模拟
生物物理学中的分子动力学和分子动力学模拟生物物理学是物理学和生物学交叉的一门学科，它研究生命系统的结构和功能，以及它们与物质和能量之间的相互作用。
其中分子动力学和分子动力学模拟是生物物理学中重要的工具，它们被广泛应用于分子结构的预测、生物反应的模拟、药物设计等方面。
一、分子动力学分子动力学是一种把分子作为小球模型，通过模拟分子间的相互作用以及地球引力的影响来描述物质的性质和运动方式的计算方法。
它主要用于研究气体、液体和晶体的结构与运动以及热力学状态。
在生物物理学中，分子动力学被用来模拟生物大分子如蛋白质、核酸等的结构和性质。
通过运用量子力学、统计力学和计算机模拟等方法，分子动力学可以预测大分子的结构、折叠和稳定性，以及探究分子内部的相互作用。
它还可以帮助生物学家了解蛋白质的折叠过程，揭示生命的机理。
二、分子动力学模拟分子动力学模拟是将分子动力学理论应用于计算机上，以形成分子动态行为可视化的过程。
分子动力学模拟通过一个包括分子结构的计算模型，计算每个原子或分子在时间上演化的运动。
随着计算机计算能力的不断提高，分子动力学模拟技术变得越来越成熟，可以用于研究各种大分子的结构和性质。
分子动力学模拟在生物物理学中有着广泛的应用，包括研究蛋白质的折叠过程、生物大分子的相互作用、药物的结构和性质等。
通过模拟，在发现生物大分子的构象转变、大分子与其他结构之间的相互作用、药物作用机制等方面，提供了宝贵的信息。
三、分子动力学模拟在药物研究中的应用分子动力学模拟在药物研究中的应用是当前的一个热点研究方向。
在药物研究中，分子动力学模拟可用来评估与预测药物的效果、稳定性以及药物与大分子之间的相互作用。
模拟技术使制药研究人员能够更准确的预测药物与目标分子（如蛋白质）之间的相互作用，进而预测药物的效果。
基于分子动力学模拟技术，药物研究人员甚至可以钯尽先分子药物与生物分子之间的相互作用，以便研究药物对生物体的毒性及生物有效性。
分子动力学模拟(二)2024
分子动力学模拟（二）引言概述:分子动力学模拟是一种通过模拟分子之间相互作用力和相对位置的方法，来研究系统在不同条件下的动力学行为的技术。
本文将继续探讨分子动力学模拟的应用领域并深入介绍其在材料科学、生物医学和化学等领域的具体应用。
一、材料科学中的分子动力学模拟1. 分子结构与性质的研究1.1 分子间相互作用力的模拟与计算1.2 晶体缺陷与物理性质的关联1.3 材料相变的模拟及驱动机制的研究1.4 纳米材料的热力学性质模拟1.5 材料表面与界面的模拟研究2. 材料设计与优化2.1 基于分子动力学模拟的材料设计方法2.2 优化材料的结构与性能2.3 基于计算的高通量材料筛选2.4 分子动力学模拟在材料工程中的应用案例2.5 材料仿真与实验的结合二、生物医学中的分子动力学模拟1. 蛋白质结构与功能的研究1.1 蛋白质折叠和构象转变的模拟1.2 水溶液中蛋白质的动力学行为1.3 药物与蛋白质的相互作用模拟1.4 多肽和蛋白质的动态模拟1.5 分子动力学模拟在药物设计中的应用2. 病毒与细胞相互作用的模拟2.1 病毒与宿主细胞的相互识别与结合2.2 病毒感染过程的动态模拟2.3 细胞信号传导的分子动力学模拟2.4 细胞内各组分的动态行为模拟2.5 分子动力学模拟在生物药物研发中的应用三、化学中的分子动力学模拟1. 化学反应的机理研究1.1 反应路径与转变态的模拟1.2 温度和压力对反应速率的影响1.3 催化反应的模拟与优化1.4 化学反应中的动态效应模拟1.5 化学反应机理的解析与预测2. 溶液中的分子行为模拟2.1 溶剂效应的模拟与计算2.2 溶液中的分子运动与扩散2.3 溶液界面的分子动力学模拟2.4 溶液中的化学平衡与反应行为2.5 分子动力学模拟在化学合成与设计中的应用总结：分子动力学模拟在材料科学、生物医学和化学等领域具有广泛的应用前景。
通过模拟分子间交互作用力和相对位置的变化，可以深入研究分子系统的动力学行为，为材料设计、药物研发和化学反应机理的解析提供重要参考。
分子动力学模拟实验的原理与方法
分子动力学模拟实验的原理与方法一、引言分子动力学模拟实验是一种基于分子运动规律的计算方法，通过模拟分子间相互作用力和运动轨迹，可以研究物质的结构、性质和动力学过程。
本文将介绍分子动力学模拟实验的原理与方法，包括模拟算法、模拟体系的构建和模拟结果的分析。
二、分子动力学模拟的原理分子动力学模拟实验基于牛顿力学和统计力学的原理，通过求解分子系统的运动方程，模拟分子间相互作用力和运动轨迹。
其基本原理可以概括为以下几点：1. 分子运动方程分子动力学模拟实验中，每个分子都被看作是一个质点，其运动方程可以由牛顿第二定律得到。
根据分子的质量、受力和加速度，可以得到分子的位置和速度随时间的变化。
2. 分子间相互作用力分子间的相互作用力可以通过势能函数来描述，常见的势能函数包括Lennard-Jones势和Coulomb势。
这些势能函数描述了分子间的吸引力和排斥力，从而影响分子的相互作用和运动。
3. 温度和压力控制分子动力学模拟实验中，为了模拟实际系统的温度和压力条件，需要引入温度和压力控制算法。
常见的温度控制算法包括Berendsen热浴算法和Nosé-Hoover热浴算法，压力控制算法包括Berendsen压力控制算法和Parrinello-Rahman压力控制算法。
三、分子动力学模拟的方法分子动力学模拟实验的方法包括模拟算法、模拟体系的构建和模拟结果的分析。
下面将对这些方法进行介绍。
1. 模拟算法分子动力学模拟实验中，常用的模拟算法包括经典力场方法和量子力场方法。
经典力场方法基于经验势能函数，适用于大尺度的分子系统，如蛋白质和溶液。
量子力场方法基于量子力学原理，适用于小尺度的分子系统，如分子反应和电子结构计算。
2. 模拟体系的构建模拟体系的构建是分子动力学模拟实验中的重要步骤，包括选择模拟系统、确定初始结构和参数设置。
模拟系统的选择应根据研究的目的和问题，可以是单个分子、溶液系统或固体表面。
初始结构可以通过实验数据、计算方法或模型生成，参数设置包括力场参数、温度和压力等。
分子动力学的模拟和模型
分子动力学的模拟和模型分子动力学（Molecular Dynamics，MD）是一种计算模拟手段，用于模拟分子内部的物理运动和相互作用。
在分子动力学模拟中，分子被视为由牛顿力学定律所描述的一组粒子，通过近似求解牛顿方程，得到了所有粒子的速度和位置的演化轨迹。
在过去的几十年里，MD已经在物理、化学、生物、材料领域得到广泛应用，为了解、预测实验现象和计算新材料等问题提供了重要的方法。
MD的基本思想分子动力学的基本思想就是利用经典力学来描述分子运动。
基于牛顿运动定律和库仑定律，MD能够具体描述任意物质中的分子运动和相互作用。
正如在牛顿力学中，物体的力学行为取决于它的初始状态和所受力的性质，分子也是这样。
分子具有多个自由度，例如位置、速度、角动量、能量等，而MD通过解牛顿方程来描述分子系统的演化。
在一个分子系统内，所有分子之间的相互作用包括原子间的共价键、范德华力、库仑项、文献学力和熵等等。
通过粗粒化模型或柔性模型，我们可以将分子看作连续的、相互独立的动态实体，用相对应的势能函数描述分子之间的相互作用。
MD的模拟过程MD的模拟过程主要分为以下几步：1.构建模型：首先需要选取一个分子系统，然后在该分子系统之间计算出分子间的相互作用。
根据实验数据和经验规律，建立合适的势能函数，描述分子间的作用力。
2.设定初始状态：设定初始状态，包括分子系统的总能量、总动量、总角动量等状态参数。
这些状态可以通过实验测量或计算获得。
3.计算牛顿方程：利用牛顿方程对分子进行运动轨迹计算，在计算中需要考虑分子之间的相互作用、边界条件、周期性系统等方面。
4.更新分子状态：通过数值积分的方法，根据当前的状态和牛顿方程计算得到分子的下一步状态，再更新分子的位置、速度和角动量。
5.输出结果：计算完成后，可以输出分子系统的各种状态参数和分子间的距离、角度、分布函数及分子间相互作用的力学参数等。
MD模拟的应用MD模拟已经成为计算化学中的一项重要技术。
分子动力学的模拟过程
分子动力学的模拟过程分子动力学是一种用来模拟分子体系的运动行为的计算方法。
它基于牛顿运动定律，使用数值方法来解决分子体系的运动方程。
通过分子动力学模拟，我们可以获得关于分子的结构、动力学和热力学性质的重要信息。
下面是一个大致的分子动力学模拟过程的详细说明。
1.构建模型：在分子动力学模拟中，首先需要构建一个分子体系的模型。
这通常涉及到确定分子的结构、生成分子的初始坐标和确定分子的力场参数。
分子结构可以从实验数据、计算化学方法或数据库中获取。
然后，通过一系列的方法，如蒙特卡洛算法或最小能量，可以生成初始坐标。
最后，需要为分子体系选择合适的力场参数，如势函数、相互作用能和键角等。
2.初步能量最小化：在模拟之前，需要对体系进行初始能量最小化。
所谓能量最小化，即通过调整分子的坐标来寻找使分子体系的总势能最小化的构型。
常用的能量最小化方法包括共轭梯度法和拟牛顿法等。
通过能量最小化，可以将分子体系调整到一个合理的初始构型，以便接下来进行模拟。
3.设置模拟条件：在分子动力学模拟中，还需要设置模拟条件，如时间步长、温度、压力和模拟时间等。
时间步长定义了模拟中的时间单位，通常在飞秒或皮秒范围内。
温度和压力则可以通过马赫德尔高特和安德森热浴等算法来控制，以达到期望的温度和压力。
模拟时间决定了模拟的总时长，通常需要进行充分长的模拟以获得稳定的结果。
4.进行运动方程的数值积分：分子动力学模拟的核心是对运动方程进行数值积分，以获得分子的轨迹。
运动方程通常由牛顿第二定律给出，即F = ma，其中F为分子所受的力，m为分子的质量，a为分子的加速度。
数值积分可以使用多种算法实现，如欧拉方法、Verlet方法、Leapfrog方法等。
通过迭代计算，可以得到分子在每个时间步长上的新位置和速度。
5.能量和性质计算：在模拟过程中，还需要计算分子的能量和一些热力学性质。
能量计算包括键能、键角能、电子能和范德华力等。
这些能量的计算可以通过分子力场模型或量子化学方法来完成。
分子动力学模拟概述
分子动力学模拟概述
分子动力学模拟是一种计算机模拟方法，用于分析原子和分子的物理运动。
以下是分子动力学模拟的概述：
基本原理：
分子动力学模拟基于牛顿运动定律，模拟分子体系的运动，在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。
模拟过程：
分子动力学模拟首先需要建立所模拟体系的模型，包括体系内粒子的结构特性及其粒子间的相互作用。
接着，赋予体系内各粒子初始位置和初始速度，使其满足一定的统计规律，然后解体系的牛顿运动方程直至体系达到平衡。
最后，对平衡后的体系进行宏观物理量的统计平均，得到所需要的模拟结果。
应用领域：
分子动力学模拟广泛应用于物理、化学、生物和材料科学等领域。
例如，在材料科学中，分子动力学模拟可用于研究材料的力学性质、热学性质、电学性质等；在生物学中，分子动力学模拟可用于研究生物大分子的结构和功能，以及药物与生物大分子的相互作用等。
优缺点：
分子动力学模拟的优点在于能够模拟体系的动态过程，揭示体系的微观机制，并可用于预测体系的宏观性质。
然而，分子动力学模拟也存在一些缺点，例如模拟结果受到模拟时间、模拟体系大小和力场参数等因素的影响，可能存在误差和不确定性。
总的来说，分子动力学模拟是一种强大的计算工具，可用于研究复杂体系的物理和化学过程，为理解和预测材料的性质和行为提供重要手段。
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PfATP6与模板蛋白liwo的同源序列比对
PfATP6的同源模建结构与模板SERCA的结构对比
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2、配体与受体的对接研究 1.根据PDB中SERCA/配体晶体结构模建确定PfATP6的活性口袋 2.用Cerius 2/Ligandfit模块在CFF1.01立场下模拟配体黄花蒿素衍 生物 与受体PfATP6在活性口袋的对接，同时用LUDI模块进行生 物活性评价。
2、本文分子动力学模拟使用SPC/E水模型来模拟溶剂环境。
3、对三种不同电荷分配的体系，在NVT系综下，分别设置截 断距离为10Å，并设置周期性边界效应。对三个体系分别首先 进行500Ps的平衡计算，然后模拟2ns，直到体系能量收敛。
结果讨论： 对模拟结果中，三个体系中水分子与多酸分子相互作用的 性质，本文采用三种指标来进行分析与讨论。 i The diffusion coefficient (离散系数） ii The radial distribution functions (水分子的径向分布函数） iii The hydrogen-bonding properties (氢键的性质）
研究体系：
计算方法：
1、本文在分子动力学模拟中使用三种不同的原子电荷分配方 式，模拟多酸分子的力场势能，比较三种不同模拟方法得到的 模型性质。三种电荷分别是Mulliken电荷，CHelpG电荷和形式 电荷。其中Mulliken电荷使用ADF程序计算得到， CHelpG电 荷使用Gaussian程序计算得到。如图：
研究的内容及方法 1、受体酶PfATP6的同源模建：
PDB库中BLAST 程序同源搜索
PlasmoDB数据库
PfATP6的氨基酸序列
InsightⅡ/Homology 同源比对
同源相似性43.5%SERCA 序列(PDB ID:liwo)
CFF力场下优化
PfATP6三维模型
PfATP6的最终三维构象
黄花蒿素衍生物与PfATP6对接模型
LUDI生物活性评价结果
结论：
1、用同源模建方法构建了PfATP6的三维结构模型 2、黄花蒿素衍生物与PfATP6主要靠与263、272 、 273号疏 水性氨基酸的疏水性相互作用结合，得出了黄花蒿素衍生物 抗疟疾的作用机理。 3、LUDI评价结果表明黄花蒿素衍生物的对的抑制活性很高 这 与黄花蒿素衍生物的体外生物活性实验吻合。
例二 多酸分子动力学模拟
本文研究的意义： Keggin结构的POMs体系，目前大多数研究工作主要集中 在使用量子化学方法研究其电子性质（氧化还原，磁性，催化 活性等）。 但是这些工作是假设多酸分子存在于真空中的。然而多酸 的作用主要是在溶液状态中体现的，所以，本文使用分子动力 学方法第一次研究了多酸分子在水溶液中的性质，给出了溶剂 （水分子）－溶质（多酸分子）相互作用的信息，为更好的理 解多酸参与的化学反应提供了理论模型。
分子力学、分子动力学模拟
例一 蛋白质的同源模建，分子动力学
恶性疟原虫Ca2+-ATP酶(PfATP6)的三维结构 模建以及与黄花蒿素衍生物的分子对接
研究的体系
• 受体：恶性疟原虫的Ca2+-ATP酶(PfATP6) 。PfATP6 的氨基酸序列已知，但其三维结构尚未知晓。 • 配体：黄花蒿素，是由黄花蒿中提取出的一种倍半萜 稀内过氧化物，并且它的衍生物已被用于临床治疗抗 药性疟疾。
结论
本文使用三种不同的原子电荷分布方式，使用SPC/E水分子 模型，运用分子动力学方法，模拟了多酸分子在水溶液中，与水 分子相互作用的性质。具体结论如下：
1、由于溶质分子为阴离子，在包裹溶质分子的水分子层中，第 一层的水分子的H原子分别取向于多酸分子。 2、溶质周围，水分子大多集中在距离溶质分子6－9Å的范围内。
3、从水分子与多酸分子形成的氢键性质来看，氢键中，多酸分 子的端氧，因其所带的荷载电荷较大，即 最有效的溶剂化位点为端氧，桥氧溶剂化效应较小。
4、多酸分子的溶剂化效应，随着荷载电荷的增大而增大。 5、在三种电荷分配方式中，通过计算结果的比较发现， ChelpG电荷分配方式与实验结果吻合的较好，是一种比较 精确的点和分配方式。