肿瘤基因组学
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表观基因组学 ：高通量（或系统地）研究机体中可遗传 的修饰及其组蛋白修饰等变化及其与基因表达之间关 系的学科。方法：检测甲基化的芯片/测序、检测组 蛋白的、质谱等。
组学的概念
3. 转录组学 ：
4. 高通量（或系统地）研究机体在某种生理病理过程(或状态)中 细胞或组织所有或相当数量的编码和/或非编码转录本的组成 及数量变化的学科。编码：；非编码：、等。方法：芯片、各 种表达谱芯片、深度测序等。
子碎片）按它们的质量与电荷比分离并进行检测的方法。测 出离子准确质量即可确定离子的化合物组成。 在蛋白质组学中，主要与双向电泳（或液相层析）相结合用于蛋 白质的鉴定。现在用标记的质谱不需要电泳可以直接鉴定不 同蛋白组分。
几种常用芯片的介绍
1. 基因表达谱芯片： 2. 检测的靶标为转录后，以为主，也可以是非编码; 探针
肿瘤基因组学常用技术
二、高通量测序技术 ( ) 用测序技术全世界多个国家的科学家合作花了十年时间 （1991-2000）才完成人类基因组草图，2003年完成基 因组全部测序（98%）。现在用高通量测序技术，几天 内一次即可将一个人的全基因组测序完毕，这是生物学 技术上的一个革命性突破。
通常称为 (); 也叫 . 基本原理：芯片循环测序法：
, 2012, , 2013, J , 2016,
2. 芯片 ：
多重扩增
P1
3’
A
5’
T
P1
P2
3’
G
5’
C
P2
T
单链扩增
A
C G
杂交和单碱基延伸
TA* *G C
A T* *C G
几种常用芯片的介绍
2. 芯片：
2005，15(2): 276
几种常用芯片的介绍
3. 芯片：靶标为微小，探针为寡核苷酸，利用碱基配对 杂交原理来检测表达谱。可以单色标记肿瘤样本，也 可以双色分别标记肿瘤和正常组织后等量混合杂交于 芯片。
肿瘤基因组学常用技术
二、高通量测序技术： （一）常规
肿瘤基因组学常用技术
二、高通量测序技术
1.
: 循环芯片测序法
2.
缺点：
测序的长度短；
准确性相对较低；
3.
分析复杂；
费用昂贵。
4.
肿瘤基因组学常用技术
二、高通量测序技术
454 片段 乳化微滴及 一个磁珠一个孔 微孔中磁珠及反应液 29微米的微孔 每次加一种 进行测序
经典：指变异和多态性：变异包括单个或多个碱基突变、插入、 丢失、转位、重组等；多态性，如、等。, ；： ;。
方法：芯片、深度测序、多重、比较基因组杂交 广义包括：还包括表观基因组学、转录组学、蛋白组学。 精准医学：基因组学是基础 ，（ ）
肿瘤基因组学常用技术
一、生物芯片 定义：是一类能同时特异性检测多个生物靶标的集成平 面载台。英文：常用、也用、偶尔用 芯片种类：根据芯片上集成物种类分为二类： 1芯片：从检测的靶标类型分为: 基因表达谱芯片、芯片、 芯片、芯片、芯片。 2.蛋白芯片：蛋白芯片、多肽芯片、抗体芯片。 3.组织或细胞芯片：不属于组学研究工具范围。
《肿瘤学研究进展》
肿瘤基因组学
组学的概念
组学 ：高通量（或系统地）研究机体内某种生物功能或 生理病理过程(或状态)中的全部或相当数量生物分子 的组成、结构和/或功能的学科。
基因组学 ：高通量（或系统地）研究机体在某种生理病 理过程(或状态)中的基因组序列、结构及功能变化的 学科。如结构基因组学、功能基因组学、比较基因组 学等。方法:化学法测序（一代）、芯片、深度测序 （二代）等。
几种常用芯片的介绍
2. 芯片 ：
靶标为包含多态性位点的链，探针为寡核苷酸，用于 等位基因分型，在检测原理上有碱基配对杂交分型、 碱基掺入连接分型、末端单碱基配对延伸分型等。
TA
TA
CG
CG
TA TA GC GC
TA TA AT GC
等位基因型： 以正链来定基因 型：, ,
CG
CG
以反链来定基因
TA
包括遗传多态性、突变、表观遗传及基因表达谱与药物吸收、 发布、代谢、清除和药效等之间的关系。方法：除了前面提 到的基因组学方法外，还有高效液相、质谱等。 6. 其他：营养基因组学、药物微生物组学、毒理基因组学、心 理基因组学、脂质组学、代谢组学等。
肿瘤基因组学
; ;
定义：指高通量方法研究与肿瘤发生发展相关的基因组变异及 其转录翻译与调控变化的学科。
主要是寡核苷酸或或，利用碱基配对原理进行杂交后 定量检测基因表达谱，相关的文献报道最多。
早期以硝酸 纤维膜为基 质的芯片检 测
以玻片为基质 的芯片检测
几种常用芯片的介绍
1. 基因表达谱芯片：
最新产品: ™ D (上海伯豪) 包含6,765,500个探针，可检测几乎目前所有已知的。
U133 2.0 : 1.3 , 1.3 M , 11µm , 49 .
TA
型：, ,
CG
CG
AT
AT
Maternal Paternal
几种常用芯片的介绍
2. 芯片检测原理：
*
TA CG TA TA GC GC CG TA CG AT
*
A
TA
G
CG
A
TA
A
TA
T
TA
C
GC
G
CG
A
TA
G
CG
T
AT
介质
A G A A 等位基因型： G C G A G T
几种常用芯片的介绍
肿瘤基因组学常Leabharlann Baidu技术
四、双向凝胶电泳与质谱技术
1. 双向凝胶电泳（ ） 2. 原理：第一向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离，第
二向则按分子量的不同用分离的方法。 3. 将实验和对照组相比较，找出差异的蛋白点并挖出进行质谱
分析。
肿瘤基因组学常用技术
四、双向凝胶电泳与质谱技术
2. 质谱（ , ） 原理：利用电场和磁场将运动的离子（带电荷的原子、分子或分
5. 蛋白组学 ：
6. 高通量（或系统地）研究机体在某种生理病理过程(或状态)中 的细胞、组织或体液中所有或相当部分蛋白质的学科。所用的 方法有蛋白芯片（包括抗体芯片）、双向电泳+质谱、标记质 谱等。
7. 系统生物学 .
组学的概念
5. 药物基因组学 ： 高通量（或系统地）研究基因组在药物反应中的作用。基因组
肿瘤基因组学常用技术
三、多重技术
早期单独用多重方法来检测肿瘤病人体细胞基因组范 围的微卫星（)遗传标志多态性进行连锁和相关分析， 如 400 ；现在的亲子鉴定、靶基因深度测序等都采用 了多重技术。
此图为微卫星标志的多 重后电泳检测的一部分 截图
鼻咽癌易感基因定位 , 2002, ;31(4):395-9
组学的概念
3. 转录组学 ：
4. 高通量（或系统地）研究机体在某种生理病理过程(或状态)中 细胞或组织所有或相当数量的编码和/或非编码转录本的组成 及数量变化的学科。编码：；非编码：、等。方法：芯片、各 种表达谱芯片、深度测序等。
子碎片）按它们的质量与电荷比分离并进行检测的方法。测 出离子准确质量即可确定离子的化合物组成。 在蛋白质组学中，主要与双向电泳（或液相层析）相结合用于蛋 白质的鉴定。现在用标记的质谱不需要电泳可以直接鉴定不 同蛋白组分。
几种常用芯片的介绍
1. 基因表达谱芯片： 2. 检测的靶标为转录后，以为主，也可以是非编码; 探针
肿瘤基因组学常用技术
二、高通量测序技术 ( ) 用测序技术全世界多个国家的科学家合作花了十年时间 （1991-2000）才完成人类基因组草图，2003年完成基 因组全部测序（98%）。现在用高通量测序技术，几天 内一次即可将一个人的全基因组测序完毕，这是生物学 技术上的一个革命性突破。
通常称为 (); 也叫 . 基本原理：芯片循环测序法：
, 2012, , 2013, J , 2016,
2. 芯片 ：
多重扩增
P1
3’
A
5’
T
P1
P2
3’
G
5’
C
P2
T
单链扩增
A
C G
杂交和单碱基延伸
TA* *G C
A T* *C G
几种常用芯片的介绍
2. 芯片：
2005，15(2): 276
几种常用芯片的介绍
3. 芯片：靶标为微小，探针为寡核苷酸，利用碱基配对 杂交原理来检测表达谱。可以单色标记肿瘤样本，也 可以双色分别标记肿瘤和正常组织后等量混合杂交于 芯片。
肿瘤基因组学常用技术
二、高通量测序技术： （一）常规
肿瘤基因组学常用技术
二、高通量测序技术
1.
: 循环芯片测序法
2.
缺点：
测序的长度短；
准确性相对较低；
3.
分析复杂；
费用昂贵。
4.
肿瘤基因组学常用技术
二、高通量测序技术
454 片段 乳化微滴及 一个磁珠一个孔 微孔中磁珠及反应液 29微米的微孔 每次加一种 进行测序
经典：指变异和多态性：变异包括单个或多个碱基突变、插入、 丢失、转位、重组等；多态性，如、等。, ；： ;。
方法：芯片、深度测序、多重、比较基因组杂交 广义包括：还包括表观基因组学、转录组学、蛋白组学。 精准医学：基因组学是基础 ，（ ）
肿瘤基因组学常用技术
一、生物芯片 定义：是一类能同时特异性检测多个生物靶标的集成平 面载台。英文：常用、也用、偶尔用 芯片种类：根据芯片上集成物种类分为二类： 1芯片：从检测的靶标类型分为: 基因表达谱芯片、芯片、 芯片、芯片、芯片。 2.蛋白芯片：蛋白芯片、多肽芯片、抗体芯片。 3.组织或细胞芯片：不属于组学研究工具范围。
《肿瘤学研究进展》
肿瘤基因组学
组学的概念
组学 ：高通量（或系统地）研究机体内某种生物功能或 生理病理过程(或状态)中的全部或相当数量生物分子 的组成、结构和/或功能的学科。
基因组学 ：高通量（或系统地）研究机体在某种生理病 理过程(或状态)中的基因组序列、结构及功能变化的 学科。如结构基因组学、功能基因组学、比较基因组 学等。方法:化学法测序（一代）、芯片、深度测序 （二代）等。
几种常用芯片的介绍
2. 芯片 ：
靶标为包含多态性位点的链，探针为寡核苷酸，用于 等位基因分型，在检测原理上有碱基配对杂交分型、 碱基掺入连接分型、末端单碱基配对延伸分型等。
TA
TA
CG
CG
TA TA GC GC
TA TA AT GC
等位基因型： 以正链来定基因 型：, ,
CG
CG
以反链来定基因
TA
包括遗传多态性、突变、表观遗传及基因表达谱与药物吸收、 发布、代谢、清除和药效等之间的关系。方法：除了前面提 到的基因组学方法外，还有高效液相、质谱等。 6. 其他：营养基因组学、药物微生物组学、毒理基因组学、心 理基因组学、脂质组学、代谢组学等。
肿瘤基因组学
; ;
定义：指高通量方法研究与肿瘤发生发展相关的基因组变异及 其转录翻译与调控变化的学科。
主要是寡核苷酸或或，利用碱基配对原理进行杂交后 定量检测基因表达谱，相关的文献报道最多。
早期以硝酸 纤维膜为基 质的芯片检 测
以玻片为基质 的芯片检测
几种常用芯片的介绍
1. 基因表达谱芯片：
最新产品: ™ D (上海伯豪) 包含6,765,500个探针，可检测几乎目前所有已知的。
U133 2.0 : 1.3 , 1.3 M , 11µm , 49 .
TA
型：, ,
CG
CG
AT
AT
Maternal Paternal
几种常用芯片的介绍
2. 芯片检测原理：
*
TA CG TA TA GC GC CG TA CG AT
*
A
TA
G
CG
A
TA
A
TA
T
TA
C
GC
G
CG
A
TA
G
CG
T
AT
介质
A G A A 等位基因型： G C G A G T
几种常用芯片的介绍
肿瘤基因组学常Leabharlann Baidu技术
四、双向凝胶电泳与质谱技术
1. 双向凝胶电泳（ ） 2. 原理：第一向基于蛋白质的等电点不同用等电聚焦分离，第
二向则按分子量的不同用分离的方法。 3. 将实验和对照组相比较，找出差异的蛋白点并挖出进行质谱
分析。
肿瘤基因组学常用技术
四、双向凝胶电泳与质谱技术
2. 质谱（ , ） 原理：利用电场和磁场将运动的离子（带电荷的原子、分子或分
5. 蛋白组学 ：
6. 高通量（或系统地）研究机体在某种生理病理过程(或状态)中 的细胞、组织或体液中所有或相当部分蛋白质的学科。所用的 方法有蛋白芯片（包括抗体芯片）、双向电泳+质谱、标记质 谱等。
7. 系统生物学 .
组学的概念
5. 药物基因组学 ： 高通量（或系统地）研究基因组在药物反应中的作用。基因组
肿瘤基因组学常用技术
三、多重技术
早期单独用多重方法来检测肿瘤病人体细胞基因组范 围的微卫星（)遗传标志多态性进行连锁和相关分析， 如 400 ；现在的亲子鉴定、靶基因深度测序等都采用 了多重技术。
此图为微卫星标志的多 重后电泳检测的一部分 截图
鼻咽癌易感基因定位 , 2002, ;31(4):395-9