小鼠SNP分型结果
SNP实验标准操作规程
一、原理SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。
据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP，无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR)，都要广泛得多。
SNP是我们考察遗传变异的最小单位,据估计，人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。
一般认为，相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。
于是，我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型（haplotype）。
大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型（每个具有至少5%的频率），它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。
一个染色体区域可以有很多SNP位点，但是我们一旦掌握了这个区域的单体型，就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型，获取大部分的遗传多态模式。
二、样品准备1. DNA抽提① 1、取新鲜肌肉组织约100mg，PBS漂洗干净，置于离心管中，加入液氮，迅速磨碎。
②加200μl 缓冲液GA，震荡至彻底悬浮。
加入20μl 蛋白酶K（20mg/ml）溶液，混匀③加220μl 缓冲液GB，充分混匀，37℃消化过夜，溶液变清亮。
加220μl 无水乙醇，充分混匀，此时可能会出现絮状沉淀。
④将上述一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB 中，（吸附柱放入废液收集管中）12000rpm 离心30 秒，弃掉废液。
⑤加入500μl 去蛋白液GD（使用前请先检查是否已加入无水乙醇），12000rpm 离心30 秒，弃掉废液。
⑥加入700μl 漂洗液GW（使用前请先检查是否已加入无水乙醇），12000rpm离心30 秒，弃掉废液。
加入500μl 漂洗液GW, 12000rpm 离心30 秒，弃掉废液。
将吸附柱CB 放回废液收集管中，12000rpm 离心2 分钟，尽量除去漂洗液。
SNP分型技术简介
原理
质谱法是一种基于质谱技术的SNP分型方法。通过对PCR扩增产物进行
质谱分析，可以准确地确定SNP位点的碱基类型。
02
优点
质谱法具有高分辨率、高准确性和无需荧光标记的优点。该方法可以检
测多种类型的SNP，包括单核苷酸变异、插入/缺失等。
03
缺点
质谱法需要使用昂贵的质谱仪器，且对样本的纯度和质量要求较高。此
优点
TaqMan探针法具有高灵敏度、高特异性和可定量分析的 优点。同时，该方法可以实现高通量SNP分型，适用于大 规模样本的筛查和研究。
缺点
TaqMan探针法需要使用特定的荧光标记探针，成本较高。 此外，对于某些复杂的SNP位点或多态性区域，可能需要 设计多个探针以覆盖所有可能的变异类型。
质谱法
01
实验对照
设置合适的实验对照，以验证实验结果的可 靠性和准确性。
重复实验
进行必要的重复实验，以确保结果的稳定性 和可重复性。
质量控制
在实验过程中实施严格的质量控制措施，包 括试剂、仪器和实验操作等方面。
数据分析流程和方法选择
数据预处理
对原始数据进行清洗、整理和标准化 处理，以便于后续分析。
统计分析
采用适当的统计方法对数据进行分析， 如描述性统计、假设检验和方差分析 等。
亲子关系鉴定
通过分析被鉴定人的SNP信息，可以确定亲子关系，为家庭纠纷、 遗产继承等问题提供解决方案。
法医物证分析
SNP分型技术可以用于法医物证的分析和鉴定，如血迹、毛发等生 物样本的基因分型，为刑事案件的侦破提供证据。
05
实验设计与数据分
析方法论述
实验设计原则及注意事项
样本选择
确保样本具有代表性，避免选择偏差，同时 考虑样本量和多样性。
SNP数据结果说明文档
一、数据结果说明数据结果均在Data results文件夹中Raw data为原始数据1.结尾为samplesheet.xls文件为样本说明文件2.结尾为样本编号_FinalReport.txt的文件为每个样本的分型结果数据每列的含义:SNP_ID: SNP名称其余列为每个样本的分型数据3.结尾为Samples Table.txt的文件为每个样本的call Rate值情况数据每列的含义:Index: 数据编号Sample ID: 样本编号Call Rate: 样本的call Rate值Gender: 样本的性别p05 Grn: 百分之五分位数时A等位基因的强度p50Grn: 百分之五十分位数时A等位基因的强度p95 Grn: 百分之九十五分位数时A等位基因的强度p05 Red: 百分之五分位数时B等位基因的强度p50Red: 百分之五十分位数时B等位基因的强度p95 Red: 百分之九十五分位数时B等位基因的强度p10 GC: 此样本所有SNP 百分之十分位数的Gen Call scoreP50 GC: 此样本所有SNP百分之五十分位数的Gen Call scoreRep Error Rate,PC Error Rate,PPC Error Rate,Subset结果并不给出所以略过.Aux: 用户自己设置的SNP辅助值Genotype for exm-IND11-102094357: exm-IND11-102094357的基因型Array Info.Sentrix ID: 芯片条形码IDArray Info.Sentrix Position: 样本在芯片上的位置4.DNAReport.csv 包含AA,AB 等位基因频率等5.Plink文件夹中是转化为plink格式的数据。
V 分析说明：此分析为收费项目用penncnv软件做CNV分析包括V，CNVR的区域、CN值、所含SNP位点数、基因注释等。
SNP相关知识总结
在SNP数据分析过程中，涉及到个体的基因信息，因此必 须采取严格的隐私保护措施，确保数据的安全性和保密性 。这包括对数据进行加密、限制数据访问权限等措施。
技术发展与标准化
技术进步推动研究
随着基因组学、生物信息学和相关技术的不断发展， SNP研究得以不断深入。新技术和方法的应用为SNP研 究提供了更多可能性，例如高通量测序技术、人工智能 和机器学习等。
Part
02
SNp的遗传学效应
基因型与表型
基因型
指生物体的遗传组成，由基因组合决定。
表型
指生物体的表现型，由基因型和环境因素共同决定。
遗传模式
01
02
03
单一等位基因遗传
一个基因位点上存在两个 等位基因，其中一个为显 性，一个为隐性。
共显性遗传
两个等位基因同时表达， 不存在显性与隐性的关系。
多态性遗传
其他检测技术
TaqMan探针法
基于荧光共振能量转移原理，通过特异性探针与待测基因组DNA进行杂交，通过 荧光信号变化进行SNP分型。
限制性片段长度多态性分析
利用限制性内切酶对基因组DNA进行切割，通过电泳分离后比较不同长度片段的 数量和分布，确定SLeabharlann P位点。Part04
SNp在医学研究中的应用
疾病预测与诊断
基因分型芯片技术
通过设计特定探针阵列，对基因组DNA进行捕获和杂交，再通过信号检测系统进行数 据分析，实现SNPs的快速分型。
基于测序的检测技术
第二代测序技术
也称为高通量测序技术，通过大规模平行测序平台，对基因组DNA进行全覆盖 测序，能够发现基因组中的所有SNPs。
第三代测序技术
采用单分子实时测序技术，具有更高的测序速度和准确性，适用于大规模SNP 筛查和高通量SNP分型。
α-突触核蛋白原纤维诱导的帕金森病小鼠模型的行为表型及病理特征
α-突触核蛋白原纤维诱导的帕金森病小鼠模型的行为表型及病理特征田静;侯志东;任湘鹏【摘要】目的:研究A53T突变型α-突触核蛋白(A53TαS)原纤维诱导的帕金森病(PD)小鼠模型的行为表型及病理学特征。
方法:小鼠脑内黑质致密区(SNpc)定位注射5μgA53TαS建立PD小鼠模型,造模3个月后,通过旷场试验、悬挂试验和Y迷宫检测模型小鼠的运动和认知行为学表型。
分别使用抗磷酸化α-突触核蛋白(pSyn)、抗酪氨酸羟化酶(TH)及小胶质细胞特异性蛋白抗体IBA-1作为评价模型小鼠脑内的路易小体包涵体、多巴胺能神经元变性死亡及神经炎症的分子标记,通过免疫组织化学染色法研究模型小鼠脑内典型的病理特征。
结果:旷场试验中,模型组小鼠的总运动距离较对照组差异无统计学意义(P>0.05);悬挂试验显示模型组小鼠四爪抓杆持续时间较对照组小鼠显著缩短(P<0.05);Y迷宫检测表明模型组小鼠的自发转换正确率较对照组差异无统计学意义(P>0.05)。
与对照组比,模型组小鼠中脑SNpc区的pSyn阳性包涵体数量显著增多(P<0.01),同时TH阳性神经元数量显著减少(P<0.05),IBA-1阳性胶质细胞数量异常增加(P<0.01)。
结论:脑内注射A53TαS原纤维可稳定诱导出PD小鼠模型,该模型小鼠表现出一定程度的肌力和平衡力下降;且可同时模拟出PD的路易小体包涵体、多巴胺能神经元缺失及过度激活的神经炎症等病理特征。
【期刊名称】《温州医科大学学报》【年(卷),期】2019(049)003【总页数】5页(P157-161)【关键词】帕金森病模型;α-突触核蛋白原纤维;行为学;路易小体;多巴胺能神经元;小鼠【作者】田静;侯志东;任湘鹏【作者单位】[1]温州医科大学附属眼视光医院实验室中心,浙江温州325027;[1]温州医科大学附属眼视光医院实验室中心,浙江温州325027;[1]温州医科大学附属眼视光医院实验室中心,浙江温州325027;【正文语种】中文【中图分类】Q953帕金森病（Parkinson’s disease，PD）是第二大常见的进行性神经退行性疾病，其主要临床表现为静止性震颤、肌强直、运动迟缓和姿势不稳等运动症状；典型的病理特征为中脑黑质致密区（substantia nigra pars compacta，SNpc）多巴胺（dopamine，DA）能神经元进行性变性缺失，残存的DA能神经元胞质内出现路易小体（Lewy bodies，LBs），即α-突触核蛋白（α-synuclein，αS）包涵体。
单核苷酸多态性(SNP)分析
3
4/27/2013 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
பைடு நூலகம்
克隆后测序
将PCR产物克隆后测序，每一个克隆中只含有一种类型的扩增产物，通 过挑取单一克隆可将两种差异的PCR产物分开，展示其中一种类型的扩 增产物单一峰型。可以检测缺失插入型突变，以及突变连锁。
4
4/27/2013 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
1
4/27/2013 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
通过峰图鉴别突变的要点
单一位点双峰 双峰位置由于两种碱基均分 荧光信号，导致峰型较矮 如果有干扰峰存在，建议正 反向覆盖这一区域两次，确 认是信号峰还是干扰峰
2
4/27/2013 | Life Technologies™ Proprietary and confidential
不适合PCR产物测序鉴定SNP的情况
1. 样品是多倍体（例如8倍体小黑麦）或者检测组织中部分含 有突变的细胞，这种情况有可能扩增出的突变产物在总产物 中含量很少，突变碱基贡献的荧光值很低，被当作背景峰型 压低，在结果中无法体现或无法判别。 2. 样品中的SNP为缺失插入型，由于出现后双峰无法辨别序列 信息。 3. 样品中SNP位点较多，需要确认连锁关系。 上述三种情况均可以采用克隆后测序解决。
PCR产物测序
PCR是对目标基因的特异性扩增，如果模板是基因组，等位基因含有SNP位点， 那么在单引物扩增的过程中会因模板的差异，产生不同的单链产物，单链末尾 的荧光信号会出现差异，反映在测序结果上的既是双峰。 纯合型突变：单一峰型，与参考序列比对有差异 杂合型突变： 碱基改变：单一位点双峰 插入或缺失突变：后双峰
STR和SNP对3个小鼠1号染色体替换系筛选结果的比较
主要 的包括： 超大规模重组近 交系（ｏａｏａｖ ｏｓ Ｃ ｌｂ ｒｉｅ ｒｓ， ｌ ｔ ｃ
Ｃ ）Ｎ ， Ｃ ￣ ｄ 鼠染色 体替换 系【 （ｈｏ ｓｍｅ ｕ ｓ ｔｔ ｎ １ Ｃ ｒｍｏ ｏ ｂｔｕｉ ｓ ｉ ｏ ｓ ａｎ Ｃ Ｓ 。染 色 体替 换系 是 除 目标 染 色体 外 ， ｔ ｉ ｓ， Ｓ ） ｒ
分型 方法 ，三组 多重 Ｓ Ｐ方案作 为 Ｆ ＢＮ和 ＡＫ Ｎ Ｖ ／ Ｒ替换 系的基 因分型 方法 。
［ 关键词】 号染色体替换系； Ｔ ； Ｎ ； １ Ｓ Ｒ Ｓ Ｐ 分型； 比较
［ 图分类号 】 ５３ ［ 标识码 ］ ［ 中 Ｑ９—３ 文献 Ａ 文章编号 】 ６ ４５ １（０ ２０ —３６０ １７—８ ７２ １）５０ ９ —５
［ 收稿 日期】 ０ ２０ — １ ２ １— １ ３ ［ 金项 目］ 基 上海市科学技术委员会科研计划项 目
（８４ ９ ０ ０ ， ０ ４ ９ ０ ０ ） ０ １０ ０ ９ １ １ １ ０ ０ １ １
不及 ＲＦ Ｐ 限制 性 片段 长度 多态 性） Ｓ Ｒ标 记变 Ｌ（ 和 Ｔ
异程 度 高 ，但 由于 数 量 巨大 ，分 布 频密 ， 因此 就 整体 而 言 ， 其 多态 性 要 高得 多 。另 外 ，Ｓ ＮＰ 已用 于野 生遗 传 资 源 管 理 方 面 ， 已经 被 用 于 法 医 ，鉴 定 非法动 物 的转运 ［ １ ７ ，动物 的非法 贸易 『 ０ ． ８ ９１ ． 以及逃 逸 动物 的溯 源 …】 。 本 研究 的 目的是 比较 Ｓ Ｐ与 Ｓ Ｒ在小 鼠 １ Ｎ Ｔ 号染 色体 替换 中的分 型筛选 情况 。小 鼠染 色体 替换 新品
有 高度 多态 性 、高 杂 合 度 、高 信 息 含 量 、 检测 简 便 、 快捷 等 优 点 ， 目前 已应 用 于 遗 传 连 锁 图 的构 建 、 疾病 相 关基 因 的定 位 、人 类 学 及 法 医 学 等研 究 领 域 ，成 为 目前 应 用 最 广 泛 、研 究 较 深 入 的遗 传标 记 之一 。 单核 苷 酸 多态 性 （ ＮＰ ， 即单 个碱 基 的变 异 ， Ｓ ） 是 新一代 多态 性标 记系统 『。通过 Ｃ ７ Ｌ６完 整基 ４ １ ５Ｂ ／ 因组 序列ｆ ５ 】 和其他 近交系 小 鼠序列 【 比发现 了大量 ６ ］ 对 的Ｓ ＮＰ信 息 。Ｓ ＮＰ作 为遗 传标 记 用 于小 鼠的基 因 分型和 ＱＴ （ ｕ ｎｉ ｔ ｅ ｒｉｌｃ ｓ分析 。虽然 Ｓ Ｐ Ｌ Ｑ ａ ｔａ ｖ ａ ｕ ） ｔ ｉ ｔ ｔｏ Ｎ
07 单核苷酸多态性(SNP)实验
单核苷酸多态性（SNP）实验SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。
据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP，无论是比较于度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR)，都要广泛得多。
实验方法原理：SNP (Single Nucleotide Polymorphism)即单核苷酸多态性，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。
据估计，在人类基因组中，大约每千个碱基中有一个SNP，无论是比较于限制性片段长度多态性(RFLP)分析还是微卫星标记(STR)，都要广泛得多。
SNP是我们考察遗传变异的最小单位,据估计，人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。
一般认为，相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。
于是，我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型（haplotype）。
大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型（每个具有至少5%的频率），它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。
一个染色体区域可以有很多SNP位点，但是我们一旦掌握了这个区域的单体型，就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型，获取大部分的遗传多态模式。
实验材料：组织样品试剂、试剂盒：液氮、PBS、GA缓冲液、GB缓冲液、蛋白酶K、无水乙醇、蛋白液、漂洗液等仪器、耗材：离心管、离心机、废液收集管、吸附柱、水浴锅、分光光度计、低温冰箱等实验步骤：一、DNA抽提1. 取新鲜肌肉组织约100 mg，PBS漂洗干净，置于1.5 ml离心管中，加入液氮，迅速磨碎。
2. 加200 μl 缓冲液GA，震荡至彻底悬浮。
加入20 μl 蛋白酶K（20 mg/ml）溶液，混匀。
3. 加220 μl 缓冲液GB，充分混匀，37℃消化过夜，溶液变清亮。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
♂ ♀ ♂ ♀ ♀ ♀ ♂ ♀ ♂ ♀ ♀ ♂ ♀ ♂ ♂ ♂ ♂ ♂ ♂ ♀ ♂ ♂ ♀ ♀ ♀ ♀ ♂ ♀ ♂ ♂ ♀ ♂ ♂ ♀ ♀ ♂ ♀ ♀ ♀ ♀
L3 N N N R2 L1 L4 N N R1 R2 L1 R3 N L1 N L1 L2 R1 N N L1 R1 R2 R3 R4 N N L1 L2 R1 N L1 N R1 L2 R2 R3 R4 R5
86 0 10 0 1 10 0 0 0 0 0 10 1 1 1 1 1 10 10 10 10 10 10 10 1 10 1 0 10 10 0 0 0 1 10 0 10 0 10 10 10 10 10 10 10
90 0 10 0 1 10 0 0 0 0 0 10 1 1 1 1 1 10 10 10 10 10 10 10 1 10 1 10 10 10 0 0 0 1 10 0 10 0 10 10 10 10 10 10 10
78 0 10 0 1 10 0 0 0 0 0 10 1 1 1 1 1 10 10 10 10 10 10 10 1 10 1 0 10 10 0 0 0 1 10 0 10 0 10 10 10 10 10 10 10
82 0 10 0 1 10 0 0 0 0 0 10 1 1 1 1 1 10 10 10 10 10 10 10 1 10 1 0 10 10 0 0 0 1 10 0 10 0 10 10 10 10 10 10 10
45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84
黑 黑 黑 大新家系2 2♀Chr8杂 1 ♂Chr8纯 黑 黑 黑 黑 大新家系1 5.25分 1 ♂B61♀Chr8纯1♀B6 黑 黑 黑 黑 黑 黑 a组大兴家系2 6♂ 杂8♀杂子代 黑 黑 大兴家系1 C组子代的子代 待分型 黑 黑 黑 黑 大新家系1 E组子代的子代 待分型 黑 黑 黑 黑 黑 黑 黑 大新家系2 1 ♂杂+2♀Chr8子代的子代 待分型 黑 黑 黑 黑 黑 黑 黑 黑 黑 H的子代1 8.6分
第287板P♀R-LDR-2组初筛数据 NO. 地区 世代 毛色 ♀♂ 标记 1 B6 2 大新家系1 B组子代 1♀杂2♀杂3♂杂 黑 ♂ N 3 黑 ♀ N 4 黑 ♀ R1 5 黑 ♀ R2 6 黑 ♂ L1 7 黑 ♂ L2 8 黑 ♀ R3 9 黑 ♀ R4 10 黑 ♀ R5 11 黑 ♀ R1R2 12 大新家系1 C组5♀杂+36 ♂纯子代 黑 ♀ N 13 黑 ♀ R1 14 黑 ♀ R2 15 黑 ♀ R3 16 黑 ♂ N 17 大新家系1 E组子代 37♂ 杂 39♂ 杂+12♀杂 黑 ♀ N 18 黑 ♂ N 19 黑 ♂ L1 20 黑 ♂ L2 21 黑 ♀ R1 22 大新家系1 F组 第一代27 ♂杂25♀杂子代 黑 ♀ N 23 黑 ♀ R1 24 黑 ♀ R2 25 第二代 黑 ♂ N 26 黑 ♂ L1 27 黑 ♂ L2 28 黑 ♂ L3 29 黑 ♂ L4 30 黑 ♀ R3 31 大新家系1 H组29-34杂合子子代 黑 ♂ N 32 黑 ♀ N 33 黑 ♂ L1 34 黑 ♂ L2 35 黑 ♂ L3 36 黑 ♂ L4 37 黑 ♂ L5 38 大新家系1 J组35 ♂纯+F291B6♀子代 黑 ♂ N 39 黑 ♀ N 40 黑 ♀ R1 41 黑 ♂ L1 42 黑 ♀ R2 43 黑 ♀ R3R2 44 黑 ♂ L2
10 0 0 10 10 10 10 0 0 0 0 0 0 1 1 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 10 0 10 1 10 0 10 0 10 0 0 0 0 0
10 0 0 10 10 10 10 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 10 0 10 1 10 0 10 0 10 0 0 0 0 0
10 0 0 10 10 0 10 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 10 0 10 1 10 0 10 0 10 0 0 0 0 0
10 0 0 10 10 10 10 0 0 0 0 0 0 10 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 10 10 10 10 1 0 10 0 10 0 0 0 0 0