晶体结构查询

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主楼165-EBSD数据库信息输入操作(2)

主楼165-EBSD数据库信息输入操作(2)
件。 点击Convert,输入相的信息文件就成功录入NEW PhaseDatabase库中。
EBSD实验时选择NEW PhaseDatabase库,就可以找到自己建立的相信息。
10
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EBSD数据库信息输入操作
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Crystallography
打开界面,首先需要命名,并输入晶体结构信息。
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Atoms
输入相应原子的坐标及占位几率。
确认输入无误后, 请点击Save CRY file, 将文件保存在(E:)盘
New DATA文件夹中。
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Diffraction
EBSD自建数据库教程
制作人:魏文娟 2013.6.17.
内容提要
1 准备工作
晶体结构信息查询 原子占位信息查询
2 数据库信息输入操作
Crystallography Atoms Diffraction Convert Done
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晶体结构信息查询
通常在文献中可以查到所要输入相的晶体结构信息——结构 类型,空间群及空间群号,晶格参数等。例如:
首先点击Calculate,之后将HKL文件保存在(E:)盘的 New DATA文件夹中,并关闭当前软件。
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Convert
任意选择账户进入软件,选择模拟模式(Simulation)。
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Done
Convert界面中—— Directory选择之前保存文件的 (E:)盘New DATA文件夹, Output选择(C:)盘CHANNEL5文件夹中的NEW PhaseDatabase.CPD文
(nm)
c=0.454
α (°)
90Leabharlann a=b=0.4762 c=2.561

各类生物软件汇总

各类生物软件汇总

三维分子类RASMOL 2.7.2.1 观看生物分子3D微观立体结构的软件。

非常有名,巨棒!RasTop 2.03 为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件CHIME 2.6 SP5 直接在浏览器中观看3D分子。

MolMol 2k.2 将pdb等格式的蛋白文件通过微调,存成普通的图形文件。

CrystInfo 1.0 用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3d结构。

PDViewer PDB格式文件的查看程序。

DS ViewerPro 5.0 trail 3维分子浏览工具。

ICMLite 2.8 3维分子浏览工具,有一些其他软件没有的功能。

VMD 1.82 3维分子浏览工具,可以进行动态显示。

CN3D 4.1 3D分子结构观察软件。

WPDB 2.2 PDB文件检索显示分析软件。

DTMM 4.1 Demo 3维分子模型显示、编辑与构建程序。

gopenmol2.32 显示并分析分子结构及其特性的软件。

POV-Ray 3.6b3 生成三维图像工具软件。

WinMegaPov 1.0 3D渲染软件POV-Ray非官方编译软件。

MolPOV 2.0.8 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。

Mol2Mol 5.2.1Demo 分子文件格式转换软件。

PovChem 2.1.1 将PDB文件转化为POV格式文件的软件。

Ortep-3 for Windows 1.076 生成分子的热椭圆形点图软件。

PLATON1.07 通用结晶学软件工具。

Mage 6.35 读取并演示Kinemage格式文件的专用软件。

Prekin 6.35 将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件的软件。

Swiss-PdbViewer 3.7 sp5 PDB文件显示与分析软件。

DINAMO 蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具软件。

PCMolecule2 Lite 查看PDB格式文件的免费软件。

StrukEd Demo 化学分子编辑与三维模型生成软件。

晶体结构查询

晶体结构查询

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Halite Cryst Sys Cubic SG F m -3 m(225) Unit Cell 5.4533(9) 5.4533(9) 5.4533(9) 90 90 90 Vol 162.17 Z=8 Formula:NaCl Na 4a (0 0 0) Cl 4b (½, ½, ½ ) In the halite structure, one kind of ion occur s at the points of a face-centered cubic lattice and the other kind of ion occurs midway between each pair of the first kind along [100] directions. Each ion is in octahedral coordination with six ions of the opposite kind, rather than linked to one ion in particular.
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晶体结构描述 Diamond
Cryst Sys Cubic SG F d -3 m(227) Unit Cell 3.56679(9) 3.56679(9) 3.56679(9) 90 90 90 Vol 45.38 Z=8 Formula:C C 8a (0 0 0) Diamond is isometric, with each carbon atom linked tetrahrally to four neighboring carbon atoms. The close three-dimensional covalent linking completely the outer eletron shell for each atpm by sharing of electrons is manifested in the great hardness of diamond.

化学网址大全

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查询物质结构性质等的网站://chemidplus/chemidlite.jsp/cn/psearch.cgi?terms=552-66-9+&sel=dict化工资源网:/fj/上海枫林店/scr/化学论坛:/bbsxp/ShowForum.asp?forumid=16()中国科学院上海有机所:http://202.127.145.69/chub/chub.htm http://202.127.145.69/index.htm免费图谱网站:www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/menu-e.html不同压力条件下的沸点转换工具/magnus/boil.html化合物英文缩写查询网站http://www.chemie.fu-berlin.de/cgi-bin/abbscomp有机合成(org syn)网络版:/1991-2004年J.Mater Chem全文查阅/is/journals/current/jmc/jmcon.htm可以免费查询化合物的物化性质。

合成资料部分收费:CAS和性质等查询:/Chem/ChemMain.htmlSigma公司网站:https:///cgi-bin/hsrun/Suite7/Suite/HAHTpage/Suite.HsAdvanc edSearch.formAction电子期刊:http://210.64.24.31/maillist/maillist_browse.cgi?show_old_epaper=pisa&filename= 20031129014425.html免费有机杂环期刊、杂环数据库。

http://www.heterocycles.jp/heterohtml/JournalMenu.html2000年以后可以直接看到原文。

(很好的英文网站)全部专利连接/sipo/xglj/gwzscqwz/default.htm1997-2004年Angew.Chem.Int.Ed.Engl全文查阅/cgi-bin/jtoc/26737/中国和外国的化学化工网站集合:/hxgcx/service/link_wenzi.htm外文文献服务网首页:/book/化学信息资源:数据库资源1.综合性数据库STN系统, /stn.html, http://www.fiz-karlsruhe.de/DIALOG系统, Entrez系统, /Entrez/中国科学院科学数据库, http://159.226.2.20:1205(上海有机所站点)/lccdb/sjk.htm中国科技信息中心数据库检索服务,http://168.160.24.11/htbin/tripnet2.化学信息数据库剑桥结构数据库(CSD), /布鲁克海文(Brookhaven)蛋白质数据库, or/pdb/Rutgers大学的核酸数据库, :80有机化合物数据库(Organic CompoundsDatabase), /chemistry/cmp/cmp.html化学危险品数据库(Hazardous Cehmicals Database),/erd/纳米技术数据库(Nanotechnology Database), /nanobase/生物大分子晶体结构数据库(The Biological Macromolecule Crystallization Database , BMCD) ,:4400/bmcd/bmcd.html澳大利亚蛇毒和毒素数据库(Australia Venom & ToxinDatabase), .au/~ddbfry/化学结构数据库(The WWW Chemical Structures Database),c.uni-erlangen.de/services/webmol.htm化合物基本性质数据库(CS ChemFinder), /SDBS有机化合物谱图库,http://www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/上海有机化学研究所红外光谱数据库,http://202.127.145.67/ows-doc/irdoc/irlogin.htm3.物理化学常数美国国家标准和技术研究所物理实验室主页/物理化学参数搜索或查找/cuu/Constants/index.html/cuu/Constants/links.html(其它数据站点的连接点)http://www.chemie.fu-berlin.de/chemistry/general/constants_en.html/~sanders/constants.h (C语言header file)/~sanders/constants.h (FORTRAN语言参数文件)4.化学元素周期表/chemistry/web-elements//web-elements/web-elements-home.html这个网站物性查找极方便/chemacx/index.asp网上化学资源/istl/98-winter/interne1.html一个查询药物理化性质的网站化学文献网/丁香园论坛:/bbs/中国科学(B辑)(免费,全文) /scienceinchina_b_cn.htm 中国化学快报(英文版)(免费,全文) /ccl.asp美国专利商标局网站/国际网上化学学报(免费,全文,中国编辑) /default.htm中华人民共和国知识产权局:/sipo/default.htmBasic Proton and C-13 NMR:/web1/ocol/spec/NMR.htm美国化学文摘查阅法/book.html中国实验室/安徽药品信息网: /chem-lett 的网站:http://www.chemistry.or.jp/gakujutu/chem-lett/index.html(可以看近几年的全文)j.a.c.s全文(1993年后):/subscribe/journals/jacsat/supmat/提供一个合成方法的数据库:/1965-2004Chem. Commun全文文献查阅/is/journals/current/chemcomm/cccon.htm/is/journals/j1.htm化学领域多来米站:/weblink.html一个提供各种英文网站:http://www.abc.chemistry.bsu.by/current/fulltextj.htm有机反应机理大全chembio.ethz.ch/links/en/orgchem_reaktionen_lehr.html一个学术论坛ChIN论坛:/ChINBB/index.php论坛地址: 各国新药信息网站USA /cder/approval/index.htmEurope http://www.emea.eu.int/htms/human/epar/a-zepar.htmJapanese http://www.pharmasys.gr.jp/shinyaku/shinyaku_index.html Netherlands http://www.cbg-meb.nl/uk/prodinfo/index.htmSweden http://www.mpa.se/eng/index.shtml奇迹文库/eprint/75/index.htmlInternet网络上有着丰富的化学化工资料,从Internet网络上检索资料方便迅捷。

计算化学相关网址

计算化学相关网址

IUPAC金属络合物稳定常数数据库:
注:需要付费,可免费下载试用版。
√ NIST化学数据库:/chemistry
简介:是美国国家标准与技术研究院NIST的基于Web的物性数据库。输入分子查找条件,可获得分子量、CAS登记号、各种热力学数据、谱图等信息,部分分子包含3D结构。
生物核磁共振数据库:http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/deposit
CRYSTAL程序基组数据库:/~mdt26/crystal.html
√ 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB):
简介:用于评价蛋白质数据库中晶体结构电子密度。输入pdb ID(比如1cbs)进入后可以对各种内容做图。点击EDS Summary下面的Go按钮可以自动启动基于java的电子密度图可视化程序观看电子密度图,注意不要开启浏览器的弹出窗口过滤。
√ 上海有机所化学专业数据库:http://202.127.145.134/scdb/default.htm
1 在线信息数据库部分
√ SDBS光谱数据库:http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi
简介:很好的有机化合物光谱数据库,包含六类光谱:EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。含3万余个化合物,其中以 商业化学试剂为主,约2/3是6碳至16碳的化合物。数据大部分是其自行测定的,并不断添加。可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、 元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。
简介;可以查到精确的计算化学中涉及的物理常数及换算关系,如hartree->eV

基于aflow 的晶体结构检索方法

基于aflow 的晶体结构检索方法

基于aflow 的晶体结构检索方法摘要:一、引言1.背景介绍2.研究目的二、aflow 晶体结构检索方法概述1.aflow 简介2.晶体结构检索方法原理三、方法流程1.数据准备2.构建检索策略3.执行检索4.结果分析与优化四、实验与评估1.实验数据来源2.评估指标3.实验结果分析五、应用案例1.实际应用场景2.案例分析六、结论与展望1.方法优势2.不足与改进方向正文:一、引言1.背景介绍随着科技的发展,晶体材料的种类和应用越来越丰富。

在材料科学领域,研究者需要从大量的晶体结构中筛选出具有特定性质的材料,这就对晶体结构检索方法提出了更高的要求。

aflow 是一款强大的晶体结构数据库,它包含了大量晶体结构信息,为研究者提供了便捷的检索工具。

2.研究目的本文旨在探讨基于aflow的晶体结构检索方法,提高检索效率和准确性,为材料研究者提供实用的检索策略。

二、aflow 晶体结构检索方法概述1.aflow 简介aflow是一款开源的晶体结构数据库,包含了超过2000万种晶体结构。

它提供了高效的检索功能,可以根据用户需求快速找到匹配的晶体结构。

2.晶体结构检索方法原理aflow 晶体结构检索方法基于以下几个步骤:首先,构建查询条件,如元素组成、晶格参数等;然后,将查询条件输入到aflow 数据库中进行检索;最后,获取检索结果并分析。

三、方法流程1.数据准备为了进行晶体结构检索,首先需要准备查询条件,如元素组成、晶格类型、晶格参数等。

2.构建检索策略根据查询条件,构建合适的检索策略,如使用关键词、范围限定等。

3.执行检索将构建好的检索策略输入到aflow 数据库中,执行检索操作。

4.结果分析与优化获取检索结果后,对结果进行分析,如统计命中率、检索时间等指标。

根据分析结果,对检索策略进行优化,提高检索效果。

四、实验与评估1.实验数据来源为验证基于aflow的晶体结构检索方法的有效性,本文使用了公开数据集进行实验。

一些计算化学相关的免费的在线数据库

一些计算化学相关的免费的在线数据库

一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具1 在线信息数据库部分ChemSpider小分子信息整合数据库:简介:是当前众多的在线分子数据库的信息整合,便于用户搜索,数据来自200种数据库。

根据分子俗名、系统命名、Smile/InChI字符串、注册号、分子式等方式搜索,会列出分子平面结构、实验测定和实时估算的理化性质(含LogP等)、毒性、分子简介、Smile/InChI/InChIKey字符串、在其它分子数据库中的编号和链接、相关文章及专利、同义词、相关蛋白质、NMR/IR光谱图等,某些分子还可以链入web CSD获得三维结构。

√ SDBS光谱数据库:http://riodb01.ibase.aist.go.jp/sdbs/cgi-bin/direct_frame_top.cgi简介:很好的有机化合物光谱数据库,包含六类光谱:EI-MS、FT-IR、H-NMR、C13-NMR、ESR、Raman。

含3万余个化合物,其中以商业化学试剂为主,约2/3的数据是6碳至16碳的化合物。

数据大部分是其自行测定的,并不断添加。

可以通过化合物、分子式、分子量、CAS/SDBS注册号、元素组成、光谱峰值位置/强度方式搜索。

生物核磁共振数据库:http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/depositCRYSTAL程序基组数据库:/~mdt26/crystal.htmlTURBOMOLE程序基组数据库:/TURBOMOLE_BASISSET_LIBRARY/tbl.html√ 计算化学比较和基准数据库(CCCBDB):简介:此数据库包括各种量子化学方法、各种基组下对不同分子的各种属性的计算结果,也包含实验数据。

可用来对比不同方法计算结果优劣,此数据库内容在不断增加。

√ 量化频率计算校正因子:/vibscale.asp简介:实际上就是CCCBDB的一个子页面,比较重要故单独列出。

IUPAC金属络合物稳定常数数据库:注:需要付费,可免费下载试用版。

XRD分析软件使用

XRD分析软件使用

XRD分析软件使用XRD(X射线衍射)分析是一种常用的无损表征材料结构的方法,可用于识别晶体结构和晶格参数以及确定晶体中的晶相组成等。

为了进行XRD分析,通常需要使用专门的XRD分析软件。

1.数据质量评估:XRD软件可以对XRD数据进行质量评估,以判断实验数据的准确性和可靠性。

它可以检查峰的形状和位置,并通过计算峰形参数来评估数据的质量。

2.数据处理和曲线拟合:XRD软件可以对原始XRD数据进行处理和分析,包括背景去除、数据平滑和峰位校正等。

此外,软件还可以对XRD曲线进行拟合,以得到准确的晶格参数、晶体结构和相对含量等信息。

3.晶体结构分析:XRD软件可以通过模拟衍射数据进行晶体结构分析。

用户可以输入晶体结构信息,例如原子类型和位置,软件将模拟出理论衍射图案与实验数据进行对比。

通过优化晶格参数和各原子位置,可以得到最佳的拟合结果。

4.相对含量分析:XRD软件可以用于估计样品中各晶相的相对含量。

它可以通过标准样品进行校准,利用衍射峰的强度或面积与样品中晶相的相对含量之间的关系来计算。

5.相图分析:XRD软件可以绘制相图图谱,以直观地展示不同温度、压力和成分条件下的相变和相平衡情况。

这对于材料研究和材料设计具有重要意义。

6.数据库查询:XRD软件通常与各种晶体结构数据库相结合,以便用户能够查询和获得已知晶体结构的相关信息。

这方面的一些知名数据库包括ICSD(国际晶体结构数据库)和PDF(粉末衍射数据库)等。

在使用XRD分析软件时,首先需要导入实验数据,这可以是从X射线衍射仪器中得到的原始数据文件。

然后,进行数据质量评估,包括检查峰的位置和形状等。

接下来,可以对数据进行背景去除和平滑处理,以提高数据的信噪比和可读性。

然后,可以进行曲线拟合,以获得晶格参数、晶体结构和相对含量等信息。

拟合过程通常使用Rietveld方法进行,该方法可以同时考虑衍射强度、衍射峰形和背景等因素。

通过优化晶格参数和各原子位置,可以得到最佳的拟合结果。

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Halite Cryst Sys Cubic SG F m -3 m(225) Unit Cell 5.4533(9) 5.4533(9) 5.4533(9) 90 90 90 Vol 162.17 Z=8 Formula:NaCl Na 4a (0 0 0) Cl 4b (½, ½, ½ ) In the halite structure, one kind of ion occur s at the points of a face-centered cubic lattice and the other kind of ion occurs midway between each pair of the first kind along [100] directions. Each ion is in octahedral coordination with six ions of the opposite kind, rather than linked to one ion in particular.
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Space Group P n m a SG Number 62 Cryst Sys orthorhombic Pearson oP20 Wyckoff d c2 b R Value .0309 Red Cell P 5.377 5.440 7.637 89.999 89.999 90 223.445 Trans Red 1.000 0.000 0.000 / 0.000 0.000 1.000 / 0.000 -1.000 0.000 Comments Rietveld profile refinement applied X-ray diffraction (powder) At least one temperature factor missing in the paper. Atom # OX SITE x y z SOF H Ca 1 +2 4 c 0 0.25 0.0167 1. 0 Ti 1 +4 4 b 0 0 0.5 1. 0 O 1 -2 4 c 0.4176 0.25 0.0038 1. 0 O 2 -2 8 d 0.2783 0.0422 0.2098 1. 0 *end for ICSD #50364
晶体结构数据查寻
http://icsdweb.fiz-karlsruhe.de/index.php
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*data for ICSD #50364 Coll Code 50364 Rec Date 1999/11/30 Chem Name Calcium Titanate Structured Ca (Ti O3) Sum Ca1 O3 Ti1 ANX ABX3 D(calc) 4.04 Title Synthesis and crystal structure refinement of (1-x)Ca Ti O3 (x)(La1/3Nd1/3) Ti O3 Author(s) Cho, N.W.;Sung, K.P.;Chang, S.-C. Reference RIST Yongu Nonmun (RIST Research Papers) (1998), 12, 116-123 Unit Cell 5.3779 7.6375 5.4401 90. 90. 90. Vol 223.45 Z 4
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Muscovite-1M Cryst Sys monoclinic SG C 1 2/m 1(12) Unit Cell 5.199 9.005 10.164 90. 101.3 90. Vol 466.62 Z=2 (K0.80 Na0.02 Ca0.01) (Al1.66 Fe0.06 Fe0.02 Mg0.28) (Si3.41 Al0.59) O10 (O H)2 Two sheets of linked SiO4 tetrhedra are juxtaposed with the vertices of the tetrahedra pointing inward; these vertices are cross-linked with Al; hrdoxyl groups, which are also present, complete the six-coordination of the Al. A firmly bound layer is thus produced with the base of the silica tetrahedra on both of its outer sides. The layer has a negative charge because Al is substituting for Si in some of the tetrahedra. This negative charge is compensated by potasium, or less commonly by sodium or calcium, ions that are located between the layers and serve to link the layers together.
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晶体结构描述 Diamond
Cryst Sys Cubic SG F d -3 m(227) Unit Cell 3.56679(9) 3.56679(9) 3.56679(9) 90 90 90 Vol 45.38 Z=8 Formula:C C 8a (0 0 0) Diamond is isometric, with each carbon atom linked tetrahrally to four neighboring carbon atoms. The close three-dimensional covalent linking completely the outer eletron shell for each atpm by sharing of electrons is manifested in the great hardness of diamond.
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Spinel Cryst Sys Cubic SG F d -3 m(225) Unit Cell 8.186(1) 8.186(1) 8.186(1) 90 90 90 Vol 548.55 Z=8 Formula: MgAl2O4 Mg 8a (0 0 0) Al 16d (0.625,0.625,0.625) O 32e (0.3860(1), 0.3860(1), 0.3860(1)) In the structure, the oxygen atoms lie in appromimately cubic closest packing. The 8A posiotion, which have the arrangement as the carbon atoms in diamond, are in fourfold coordination between a tetrthedral group of oxygen atoms; the 16B atБайду номын сангаасms are in sixfold coordination between octehedral groups of oxygen. In turn, each oxygen is linked to one A and three B atoms. In most minerals, the B metal ions are smaller then the A ions. MgAl2O4, LiMn2O4, MgFe2O4, Ti(Fe,Mg)2O4, FeFe2O4 MnMn2O4, BeAl2O4, FeCr2O4
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