两株生防链霉菌全基因组测序分析及几丁质酶家族基因鉴定
生防链霉菌Men-myco-93-63 nsdB_(mgh)基因的克隆及序列分析
途 径 的研 究 提 供 了 重 要 依 据 。
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键
词 ： 防 链 霉 菌 ；ｎｄ 生 ｓ Ｂ；基 因 克 隆 ； Ａ Ｐ Ｒ；序 列 分 析 ＮＰ — Ｃ
产几丁质酶菌株Acinetobacter sp. CZW011的筛选鉴定与酶学性质研究
产几丁质酶菌株Acinetobacter sp. CZW011的筛选鉴定与酶学性质研究宋阳;陈梦;吴新财;丁志雯;李甜;刘耀东;房耀维;刘姝【期刊名称】《中国食品添加剂》【年(卷),期】2022(33)11【摘要】几丁质的自然资源十分丰富,因此新型产几丁质酶菌株的发现具有重要的研究价值。
本研究是从连云港连岛黄海海域海泥中筛选获得的一株产几丁质酶菌株,并对所筛选的菌株进行菌株鉴定,完成其酶学性质实验。
采用胶体几丁质平板产生透明圈法从海泥样品中筛选出产几丁质酶的细菌,获得产几丁质酶水平较高的菌株CZW011,并进一步通过摇瓶发酵,对菌株CZW011的酶学性质进行研究。
培养菌株CZW011,光学显微镜下观察其形态学特征,完成生理生化试验,并将PCR产物完成序列扩增及分析,可鉴定CZW011菌株为不动杆菌属。
通过研究菌株CZW011酶学性质发现,在温度35℃,pH=7.0的条件下水解几丁质能力最强。
在25~35℃孵育2h,残留酶活高于80%;在pH 6.0~7.0孵育2h,残留酶活高于90%,是一种中温中性几丁质酶。
常规金属离子Zn^(2+)、Ca^(2+)对酶活无明显促进或抑制的作用,Mg^(2+)有明显促进作用,Ag^(+)对酶活有明显的抑制作用。
本菌株的发现与研究丰富了产几丁质酶菌株数据库,为几丁质酶的实际应用提供了一个新的思路。
【总页数】8页(P1-8)【作者】宋阳;陈梦;吴新财;丁志雯;李甜;刘耀东;房耀维;刘姝【作者单位】江苏海洋大学食品科学与工程学院;连云港市质量技术综合检验检测中心;连云港市食品药品检验检测中心【正文语种】中文【中图分类】TS202.1;TS201.3【相关文献】1.产胞外乳糖酶耐冷菌株Comamonas sp.的筛选鉴定及酶学性质研究2.块菌菌根土壤产酸性几丁质酶放线菌Streptomyces omiyaensis SCPW03的筛选及其几丁质酶酶学性质研究3.产几丁质酶海洋细菌Dyadobacter sp.CZW019的筛选、鉴定及酶学性质研究4.产几丁质酶海洋细菌 Dyadobacter sp. CZW019的筛选、鉴定及酶学性质研究5.产几丁质酶细菌的筛选、鉴定及酶学性质研究因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
快速、准确鉴别产几丁质酶菌株的新方法
快速、准确鉴别产几丁质酶菌株的新方法胡晓;张敏;刘彭强;邓秋蕾;舒凯【期刊名称】《植物保护》【年(卷),期】2010(36)4【摘要】使用几丁质平板法筛选具有几丁质酶活性的细菌时,由于几丁质平板本身趋于透明,而降解环也为透明色,不易观察到明显的抑菌圈,故在筛选几丁质降解菌时,其观察结果受人为因素影响较大.本文首次使用刚果红染色的方法,对几丁质平板进行染色,降解环为浅红色,而未降解部分为深红色;结果表明,降解环的直径大小随着接种时间的延长而逐步增大,且降解环的大小可反映酶活大小.因此,此法可以直观、清晰、准确地对具有几丁质酶活性的菌株进行筛选,在相关菌株的筛选中具有较大的潜在应用价值.【总页数】4页(P163-166)【作者】胡晓;张敏;刘彭强;邓秋蕾;舒凯【作者单位】四川农业大学农学院植物病理系,雅安625014;四川农业大学农学院植物病理系,雅安625014;四川农业大学农学院植物病理系,雅安625014;四川农业大学农学院植物病理系,雅安625014;四川农业大学农学院植物病理系,雅安625014【正文语种】中文【中图分类】Q93-31【相关文献】1.产几丁质酶菌株 S68-CM5产酶条件优化研究 [J], 胡基华;曹旭;孟力强;陈静宇;姜威;刘宇帅;张淑梅;李晶2.一株产几丁质酶菌株的筛选鉴定与产酶条件优化 [J], 苗飞;孟阳;王悦;袁春营;崔青曼3.产几丁质酶菌株的分离鉴定及产酶条件探究 [J], 左一萌;石晓玲;潘晓梅;王欢;尹永得;董雪滢;王超4.产低温几丁质酶菌株的筛选、鉴定与产酶条件优化 [J], 陈立功;吴家葳;张庆芳;迟乃玉;王晓辉5.产几丁质酶菌株GXUN-20的筛选、鉴定及其产酶条件优化 [J], 张奇;王一兵;申乃坤;姜明国因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
链霉菌生物防治研究进展
链霉菌生物防治研究进展毛良居;毛赫【摘要】介绍了链霉菌的活体制剂和代谢产物在植物病害生物防治中的应用;综述了链霉菌的生防机制,包括拮抗作用、竞争作用、重寄生作用、诱导作用和抗生作用;指出了链霉菌在植物病害防治中存在的问题并提出了对策;展望了链霉菌生物防治今后的研究方向.【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2017(045)001【总页数】3页(P145-147)【关键词】链霉菌;应用;生防机制;存在问题;展望【作者】毛良居;毛赫【作者单位】吉林省林业厅,吉林长春130022;吉林省林业科学研究院,吉林长春130033【正文语种】中文【中图分类】S476在提倡绿色生态、安全生态的今天，农业生产也越来越重视无公害、无污染。
传统的化学农药防治农业灾害已不能满足当今社会加强环境保护、坚持农业可持续发展的理念，因此，寻找健康、安全、有效的农业生物灾害防治手段成为当务之急。
利用一种或一类有益生物来抑制或杀死有害生物的生物防治方法应运而生，为今后的农药工业发展提供了方向。
放线菌作为生防菌对很多病原菌有明显的拮抗效果。
随着农用抗生素的应用，作为抗生素产生菌的放线菌越来越被广泛研究。
链霉菌是高等放线菌，是种类和数量较多的放线菌之一，在防治植物病害中起重要作用。
笔者综述了链霉菌生物防治研究现状，以期为链霉菌的生防作用研究提供参考。
链霉菌的研究开始较早，但人们一直无法准确地对链霉菌进行分类，直到1943年，Waksman和Henrici才首次提出了链霉菌属[1]。
1962年数值分类法开始应用，1983年Williams等[2]对链霉菌及相关属的473个菌株的139项特征进行了测定，Kämpfer等[3]对链霉菌属和链轮丝菌属821个菌株的329个特征进行了测定。
Lechevalier等[4]在1976年又提出了化学分类研究，以化学与形态特征相结合，而随着质谱、色谱等技术的不断发展，其在分类中的应用，使得分类研究更快速、准确。
几丁质酶在农作物免疫防御中的应用研究进展
Food Science And Technology And Economy粮食科技与经济2023 年4月第48卷 第2期Apr. 2023Vol.48, No.4随着世界人口的日益增长，粮食的需求量随之上升，导致农作物在全球的种植面积需求越来越大，而农作物病虫害的发生是造成农作物产量和质量降低的最主要因素，每年因病虫害造成粮食（农作物）减产20％～40％，直接损失超过2 000亿美元[1]。
目前在病虫害防治方面，主要还是依靠化学防治的方式和手段[2]，然而过度依赖化学防治方式会造成环境生态污染。
为了生态环境的可持续发展，降低化学试剂对土壤环境的影响，生物技术在农业建设过程中的应用逐渐被重视。
将生物技术应用于农业病虫害防治中，能够有效减少传统的化学农药防治方法给环境带来的负面影响，推动绿色农业的可持续发展[3]，而几丁质酶在农作物生物防治方面具有巨大的潜在应用价值。
几丁质酶（Chitinase, EC 3.2.1.14）是水解几丁质的酶，能够催化几丁质的β-1,4-糖苷键，将其降解成N -乙酰葡糖胺（N -actyl glucosamine, NAG ），并能由各种微生物，包括病毒、细菌和真菌，以及昆虫、高等植物和动物合成[4]。
几丁质由β-1,4-糖苷键将N -乙酰-D -氨基葡萄糖（Be -ta -1,4-linked Repeating N-acetylaminoglucose Units, GlcNAc ）分子连接而成，以结构多糖的形式存在于真菌细胞壁、节肢动物的外骨骼、甲壳纲动物的外壳以及寄生线虫的外壳中，但尚未在植物体内鉴定出几丁质的存在[5]。
几丁质酶能够通过降解真菌性病毒细胞壁中的几丁质和破坏昆虫及线虫的消化膜等方式达到抗病虫害的效果，且不会对植物体产生伤害。
同时，几丁质酶也是植物防御系统中重要的防卫因子，可以增强植物的防御系统，在抵御病原真菌以及病虫害中发挥着重要作用[6]。
一株链霉菌的鉴定及其产格尔德霉素的发酵工艺研究
一株链霉菌的鉴定及其产格尔德霉素的发酵工艺研究杨鹭;袁源;方志锴;林如;江红;周剑【期刊名称】《生物技术通报》【年(卷),期】2024(40)6【摘要】【目的】对链霉菌Streptomyce sp.FIM18-0592进行菌种鉴定,并对其胞外格尔德霉素产量进行发酵工艺优化,旨在提高产量并降低发酵成本。
【方法】通过形态特征、培养特征和生理生化特性,结合16S rDNA序列分析构建系统发育树进行菌种鉴定;采用单因素试验优化培养条件及培养基配方,进一步使用最陡爬坡试验和响应面试验优化培养基配方的含量。
【结果】通过对链霉菌FIM18-0592的形态特征、培养特征及生理生化特征进行初步培养观察发现,其在ISP2等培养基上生长较好,气生菌丝旺盛,产黑色素。
结合16S rDNA分子鉴定,确定该菌为格尔德霉素链霉菌(Streptomyces geldanamycininus)。
通过单因素试验对发酵条件以及培养基配方进行优化,得到最适宜菌株发酵的培养条件为转速140 r/min、装液量12%(体积分数)、接种量7%(体积分数)、培养时间144 h。
最佳的碳源、氮源、无机盐分别为葡萄糖、黄豆饼粉和硫酸铵。
采用最陡爬坡试验和响应面优化试验确定了其最优的发酵培养基为:葡萄糖10.42%、黄豆饼粉1.68%、硫酸铵0.3%、乳酸0.3%、甘油4%、硫酸镁0.1%、碳酸钙0.4%,在此条件下,格尔德霉素的发酵效价达到2887μg/mL,较原始发酵工艺效价提高了66%。
【结论】链霉菌FIM18-0592为格尔德霉素链霉菌,通过对其发酵工艺进行优化显著提高格尔德霉素的产量,为格尔德霉素及其衍生物的开发和利用奠定基础。
【总页数】11页(P299-309)【作者】杨鹭;袁源;方志锴;林如;江红;周剑【作者单位】福建医科大学药学院;福建省微生物研究所福建省新药(微生物)筛选重点实验室【正文语种】中文【中图分类】TS2【相关文献】1.一株产木聚糖酶链霉菌的鉴定及发酵产酶2.一株链霉菌的鉴定及其产bafilomycin A1的发酵工艺研究3.一株产红色素的壮观链霉菌分离鉴定及其发酵条件优化4.MarR家族蛋白Orf17在自溶链霉菌格尔德霉素生物合成中的调控作用5.唐德链霉菌产尼可霉素Z的菌种生长特性及发酵液预处理条件优化因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
二化螟几丁质酶基因家族及几丁质含量的分析
二化螟几丁质酶基因家族及几丁质含量的分析几丁质是昆虫外骨骼的主要组成成分,具有支撑身体,阻碍捕食者的捕食,防御病原体侵入等功能,表皮物质中大约40%的成分是几丁质。
几丁质也存在于部分昆虫前肠和后肠的肠衬、口器和唾液腺中,同时中肠的围食膜也主要是由几丁质和蛋白构成。
几丁质的合成和降解分别需要几丁质合成酶和几丁质酶,这两种酶与昆虫的生长发育具有密切关系。
根据几丁质酶基因结构的最新研究表明,几丁质酶可以分为8个Group,8个Group除了结构不同外,每个Group的功能也不相同。
为了研究二化螟体内的几丁质酶的结构和功能,本文以鳞翅目螟蛾科昆虫二化螟(Chilo suppresalis)为研究对象,利用RACE 术克隆了 4个几丁质酶基因cDNA全长并对其基因序列和表达量进行分析,同时研究结果表明不同的几丁质酶在不同龄期高表达,我们猜测与几丁质的含量和成分有关,因此我们对几丁质在二化螟体内的含量进行了测定。
1)二化螟几丁质酶基因的全长克隆从二化螟转录组数据中获得4个几丁质酶相关蛋白的基因片段,即CsCht1、CsCht2、CsCht3和CsCht4。
经序列验证后,利用RACE技术,成功获得这4个基因的cDNA序列全长,对4个基因蛋白序列的分子量、等电点预测发现,CsCht1、CsCht2和CsCht3的分子量在40-85 kD之间,PI值在5-7之间;而CsCht4的分子量为37.11 kD,其PI值达到9.25,同时发现4个几丁质酶蛋白序列均含有α螺旋、延伸链、β折叠和无规则卷曲等二级结构。
2)二化螟几丁质酶基因家族的分析对二化螟12个几丁质酶基因序列的基因结构、蛋白结构域及系统发育进行分析。
结果表明,12个几丁质酶序列的外显子和内含子的数量不相同,所含外显子和内含子的长度也不相同。
CsCht5和家蚕、赤拟谷盗、黑腹果蝇和意大利蜜蜂的Cht5在基因结构上也不相同,表明Cht5基因在序列上具有保守性,而基因结构却发生了改变;蛋白结构域方面,12个几丁质酶序列都属于糖基水解酶18家族(GH18),CsCht1、CsCht3、CsCht5和CsCht7都含有保守结构域ChtBD2,CsCht10含有保守结构域ChtBD3;通过构建几丁质酶系统进化树,发现CsCht5和CsCht7两个基因属于GroupⅠ,CsCht3 和 CsCht9 两个基因属于 Group Ⅱ,CsCht1 和CsCht6属于 Group Ⅲ,CsCht2、CsCht4、CsCht8、CsCht11和CsCht12和属于Group Ⅳ;Group Ⅵ含有 CsCht10 基因,而Groups Ⅴ、Ⅶ和Ⅷ中尚未发现二化螟的几丁质酶基因。
生防链霉菌gCLA4遗传转化体系的建立与优化
生防链霉菌gCLA4遗传转化体系的建立与优化徐萌萌;张红;何姣;涂璇;颜霞;黄丽丽【摘要】[目的]建立生防菌淡紫灰链霉菌(Streptomyces lavendularectus)gCLA4的遗传转化体系,为定向改造基因、提高基因表达水平及其生防分子机制研究奠定基础.[方法]以具有安普霉素(Apramycin)抗性基因标记的整合型质粒pSET152为出发质粒,Escherichia coli ET12567(pUZ8002,pSET152)为供体,淡紫灰链霉菌gCLA4为受体进行接合转移试验,并对影响接合效率的培养基、热激温度、接合转移时间和筛选转化子培养基等因素进行优化.[结果]成功地将质粒pSET152转入到了生防链霉菌gCLA4中,明确了可用于筛选链霉菌gCLA4转化子的抗生素为安普霉素或四环素;链霉菌gCLA4孢子50℃热激时转化效率较高,接合效率在16,18,20 h下没有明显差异,MS培养基作为接合转移培养基时转化效率最高,接合产物涂布到高氏一号抗性培养基上进行阳性转化子筛选的效果最好.[结论]建立了生防链霉菌gCLA4的遗传转化优化体系.【期刊名称】《西北农林科技大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2016(044)010【总页数】5页(P121-125)【关键词】生防链霉菌gCLA4菌株;接合转移;遗传转化;质粒pSET152【作者】徐萌萌;张红;何姣;涂璇;颜霞;黄丽丽【作者单位】西北农林科技大学生命科学学院,陕西杨凌712100;旱区作物逆境生物学国家重点实验室,陕西杨凌712100;西北农林科技大学理学院,陕西杨凌712100;旱区作物逆境生物学国家重点实验室,陕西杨凌712100;西北农林科技大学生命科学学院,陕西杨凌712100;旱区作物逆境生物学国家重点实验室,陕西杨凌712100;三峡大学生物与制药学院,湖北宜昌443002;西北农林科技大学生命科学学院,陕西杨凌712100;旱区作物逆境生物学国家重点实验室,陕西杨凌712100;西北农林科技大学植物保护学院,陕西杨凌712100;旱区作物逆境生物学国家重点实验室,陕西杨凌712100【正文语种】中文【中图分类】Q933淡紫灰链霉菌gCLA4(Streptomyces lavendularectus,GenBank登录号为EF469608,菌种保藏号为GCMCC 2131)是旱区作物逆境生物学国家重点实验室分离自黄瓜叶片的一株拮抗菌，该菌株及其发酵液对番茄早疫病菌(Alternaria solani)、辣椒疫霉病菌(Phytophthora capsici)、油菜菌核病菌(Sclerotinia sclerotiotum)、苹果树腐烂病菌(Valsa mali)等多种重要的植物病原菌均有很强的抑制作用，有良好的生防应用潜力[1]。
抑制真菌病害几丁质酶产生菌的筛选、鉴定
１２ １ 固体 几 丁质 培养 基 ．．
胶 状几 丁质 １ ． ， ５ ０ｇ 酵
母粉 ３ ０ｇ （ ｎ２ Ｏ ． ， Ｓ ’ Ｈ ０ ０ ３ｇ ． ，ＮＨ ）Ｓ ４１０ｇ Ｍｇ Ｏ４５ ２ ． ，
Ｋ ２Ｏ ．６ ， Ｈ Ｐ ４ ３ 琼脂 １ ． ， １ ｇ ５０ｇ 加水至 １０ 。用 ００ｍＬ
Ｒｈ￣ ｃｏ ａ ｓｌ ｉａ ｄ Ｇｉｂｒ ｌ ￣ｔ ｉｏｔｎｉ ｏａｎ ｎ ｂ ｅ ｅｌ ｅｅ．Ｔｈ ｔａｎＷａ ＫⅣｅ ｏｂ ｅ ｃ ｉｉａｅｐ ｏ ｕ ｉ ｃｅ ｉ 。 ａ ｌ ｅｓｒｉ ｓ ｐ ｄｔ ｅａｎｗ ｈｔ ｓ －ｒ ｄ ｃｎ ｂ ｔｒｔ ｎ ｇ ａ ｍａ ｗｈｉｈｗａ ｅ ｔｆ ｄａ ｔｅ ｃ ｓｉ ｎ ｉｅ Ｓ ｒｐ－ ｄ ｉ ｓ ｔｍｙ ｅ ｏ ｉｐ ｒ ｓｂ ￣ ｈ ｌｇｃ ｄｐ ｙ ｉｃ ｅ ｃ ｈ ｒｃｅ ｓｉ ． ｏ ｃｓ ｂｓ ｏ ｕ ｙｍｏ ｏｏ ｉ ａ ｈ ｓ ｈ ｍｉａ ｃ ａａ ｔｒ ｔ ｓ ｇｌ ｌ ａｎ ｏ ｌ ｉ ｃ Ｋｅ ｒ ｓ Ｓ ｒｐｏ ｃｓｇｏ ｉｐ ｒ ｓ ｈｔ ａｅ；ｂｏｃ ｎ ｍｌ ｙｗｏ ｄ ： ｔｅ ｔｍｙ ｅ ｌｂｓ ｏ ｕ ；ｃ ｉｉ ｓ ｎ ｉ－ｏ ｔ
Ｚ ＨＥＮＧ ｕｌ， － Ｘｉ—ｉＺＩＥＮＧ —ｉｇ。Ｓ ｔ Ａｉｐｎ ＯＮＧ ｎ —ａ Ｙｏ ｇｙ ｎ，Ｚ ＨＯＵ ａｑａ ｇ。 Ｈｕ － ｉ ｎ ＴＡＮ — ｇ。 ｎ Ｆｕ ｍｎ ＬＩＰｉｇ’
（ ｃ ｓａｃ ｎｔ ｕｅｏ ｉ ｕｎＡ ｒ ｕ ｕａ ｉｅｓｙ ｉ ｕｎＷｅ ａｇ６ １ ３ Ｃ ｉ ） Ｒｉ ＲｅｅｒｈＩｓｉ ｔ ｆ ｃ ａ ｇｉ ｌ ｌ Ｕｎｖｒｉ ，Ｓｃ ａ ￣ｉ １ １０， ｈｎ ｅ ｔ Ｓｈ
１ 材 料 与 方 法
１ １ 材 料 ．
基于基因组挖掘策略的链霉菌活性天然产物发现
基于基因组挖掘策略的链霉菌活性天然产物发现韩昕;贺海燕【期刊名称】《中国医药生物技术》【年(卷),期】2024(19)3【摘要】目的利用基因组挖掘策略在链霉菌中发现活性天然产物。
方法首先,全测序获得马来西亚链霉菌(Streptomyces malaysiensis DSM 41697)全基因组序列。
利用antiSMASH等在线工具对马来西亚链霉菌编码的潜在次级代谢产物生物合成基因簇进行初步预测。
利用Blast、2ndFind等网站,确认基因簇中各基因的边界并对其功能进行注释,寻找目标基因簇。
其次,尝试不同的发酵条件,并通过HPLC、LC-MS初步确定目标化合物是否产生。
最后,分离和纯化目标化合物,并鉴定其结构。
结果来自马来西亚链霉菌基因组的两个基因簇分别被命名为帕达酰胺生物合成基因簇和苯扎他汀生物合成基因簇。
结合Blast和2ndFind软件分析,对基因簇进行边界确定和功能注释。
通过尝试多种发酵条件,分离纯化获得了3种帕达酰胺类化合物和1种苯扎他汀类化合物。
它们分别被鉴定为帕达酰胺A、帕达酰胺B、帕达酰胺A'和马来霉素。
结论以基因组挖掘策略为指导,从微生物基因组中发现可能的天然产物生物合成基因簇,并通过多种发酵条件确定目标基因簇对应的产物是可行的。
该策略为解决各类天然产物的来源及发现新结构天然产物提供了新思路,为活性化合物的寻找及其合成生物学奠定了基础。
【总页数】9页(P197-205)【作者】韩昕;贺海燕【作者单位】中国医学科学院北京协和医学院医药生物技术研究所卫健委微生物药物生物技术重点实验室【正文语种】中文【中图分类】G63【相关文献】1.利用基因组发掘技术指导链霉菌SH-62中活性天然产物的分离及鉴定2.基于微生物基因组的新型天然产物发现策略3.利用"移树养苗"策略挖掘粤蓝链霉菌隐性活性次级代谢产物4.基于基因组挖掘的农抗120活性成分制霉菌素和丰加霉素的发现和鉴定5.基于基因组挖掘的一个新的吡嗪酮类天然产物的发现因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
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两株生防链霉菌全基因组测序分析及几丁质酶家族基因鉴定链霉菌FT05W(Streptomyces sp.FT05W)和ZEA17I(Streptomyces sp.ZEA17I)是两株对烟草黑胫病等土传真菌病害具有良好拮抗作用的生防放线菌。
为了明确其系统进化关系,本研究应用了多位点序列分析的方法,对16S rDNA,gyrB、rpoB、atpD和recA五个基因进行扩增测序,利用上述基因序列与56个参考链霉菌菌株序列构建系统发育树。
结果显示链霉菌FT05W在亲缘关系上与S.griseoplaus近缘;链霉菌ZEA17I 是与S.griseobrunneus近缘。
为了进一步探索两个菌株的生物学功能,本研究分别利用Miseq PE300和Illumina Hiseq测序平台对链霉菌FT05W、ZEA17I进行全基因组测序。
结果表明,从链霉菌FT05W中共获得6914188个reads,平均序列长度为301 bp;其中reads1 91.60%的碱基序列测序质量值都高于20(Q20),reads1 82.94%的碱基序列测序质量值都高于30(Q30),reads283.99%的碱基序列测序质量值都高于20(Q20),reads2 72.00%的碱基序列测序质量值都高于30(Q30);reads1 N 碱基的数目为130 bp,reads2 N碱基的数目为74 bp;reads1的GC含量为
63.99%,reads2的GC含量为64.79%;通过SPAdes软件对序列进行拼接共得1836个contigs,其基因组全长为7699129 bp,预测出7434个蛋白编码基因(GenBank 登录号:NZ_QGMR00000000)。
另外,链霉菌ZEA17I共共获得5915444个reads,平均序列长度和链霉菌FT05W近似;其中reads1 89.98%的碱基序列测序质量值都高于20(Q20),reads1 78.71%的碱基序列测序质量值都高于30(Q30),reads2 73.26%的碱基序列测序质量值都高于20(Q20),reads2 57.93%的碱基序列测序质量值都高于30(Q30);reads1 N碱基的数目为36 bp,reads2 N碱基的数目为571
bp;reads1的GC含量为66.93%,reads2的GC含量为68.46%;通过SPAdes软件的拼接,得到1956个contigs,基因组全长为7526731bp,预测出6881个蛋白编码基因(GenBank登录号:NZ_QGMS01000000)。
了解全基因组序列不仅对基因功能研究有着很大的促进作用,而且还能为物种间的相互作用、比较基因组学等更多的生物基础研究提供相关信息,此外,通过全基因组测序促进了生防链霉菌菌基因功能与生物学特性相关研究。
此外,本研究还从对两个基因组进行了基因组注释、基因功能分类、比较基因组学、构建数据库等相关生物信息学分析。
其中,在链霉菌FT05W中共鉴定出8个几丁质酶家族基因,其中ChiD、ChiO、ChiP为新发现基因,链霉菌ZEA17I中鉴定出10个几丁质酶家族基因,其中ChiD、ChiI、ChiQ、ChiT为新发现基因。
利用Mega 6.0构建出的相关几丁质酶家族基因的系统发育树表明,链霉菌FT05W有6个18家族几丁质酶基因,2个19家族基因;链霉菌ZEA17I有9个18家族几丁质酶基因,1个19家族基因。
几丁质酶能够分解真菌细胞壁的几丁质,为链霉菌防控植物病害的重要机理之一。
随后,利用Protparam等多种软件对链霉菌FT05W、ZEA17I的几丁质酶家族基因进行了进一步的生物信息学分析。
最后,对链霉菌FT05W中几丁质酶家族基因ChiA、ChiB、ChiC、ChiD、ChiN、ChiO、ChiP进行了实时荧光定量分析,6个18家族基因的相对表达水平均高于19家族基因,其中ChiD的相对表达量最高。
最后,以天蓝色链霉菌msiK、dasD 及ChiR基因作为参考,从基因组序列中查找链霉菌FT05W的的几丁质酶候选调控因子,确认了misK基因的存在,并且进行了misK基因敲除载体的尝试,为后续调控因子的调控效率研究奠定了一定的理论基础。