烟草叶绿体基因组和线粒体基因组SSR位点分析

：ＡｂｓｔｒａｃｔＩｎｏｒｄｅｒｔｏｄｅｖｅｌｏｔｈｅｓｉｍｌｅｓｅｕｅｎｃｅｒｅｅａｔ（ＳＳＲ）ｆｒｏｍｔｈｅｃｈｌｏｒｏｌａｓｔａｎｄｒｉｍｅｒｓｅｎｏｍｅｐｐｑｐｐｐｇ，ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｅｎｏｍｅｉｎｔｏｂａｃｃｏ（Ｎｉｃｏｔｉａｎａ）ＳＳＲｓｏｆｃｈｌｏｒｏｌａｓｔｅｎｏｍｅａｎｄｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｅｎｏｍｅｉｎｔｏ－ｇｐｇｇｂａｃｃｏｄｏｗｎｌｏａｄｅｄｆｒｏｍｔｈｅｕｂｌｉｃｄａｔａｗｅｒｅａｎａｌｚｅｄｂｔｈｅｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓｍｅｔｈｏｄ．１８６ａｎｄ５７８ＳＳＲｌｏｃｉｐｙｙ，ｅｎｏｍｅｅｎｏｍｅｗｅｒｅｍｉｎｅｄｏｕｔｉｎｃｈｌｏｒｏｌａｓｔａｎｄｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａａｎｄｔｈｅａｖｅｒａｅｄｉｓｔａｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎＳＳＲｌｏｃｉｇｇｐｇ，ｗａｓａｒｏｘｉｍａｔｅｌ８３８ｂａｎｄ７４５ｂｅｓｅｃｔｉｖｅｌ．ＡｌｍｏｓｔａｌｌｔｈｅＳＳＲｌｏｃｉｗｅｒｅｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄｉｎＵＴＲｄｏ－ｐｐｙｐｐｒｐｙ，，ｍａｉｎｅｓｅｃｉａｌｌｔｈｅ５ ′ ＵＴＲ．Ｄｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅａｎｄｔｒｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｒｅｅａｔｓｔｏｔａｌｌａｃｃｏｕｎｔｉｎｆｏｒｍｏｒｅｔｈａｎ９０％，ｐｙｐｙｇｗｅｒｅｔｈｅｍａｉｎｍｏｔｉｆｔｅｓａｎｄｔｈｅｔｒｉｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｗａｓｔｈｅｍｏｓｔａｂｕｎｄａｎｃｅｉｎａｌｌＳＳＲｓ．Ａｌｌｔｈｅ６５７ＳＳＲｒｉｍ－ｙｐｐｅｒｗｅｒｅｓｕｂｅｃｔｅｄｔｏＰＣＲｕｓｉｎ１０ｔｏｂａｃｃｏａｃｃｅｓｓｉｏｎｓａｓｍａｔｅｒｉａｌｓａｎｄｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔａｌｌｔｈｅａｉｒｓｊｇｐ，ｒｉｍｅｒａｉｒｓｃｏｕｌｄｒｏｄｕｃｅｃｌｅａｒｓｔａｂｌｅａｎｄｔａｒｅｔｂａｎｄｓ．２６ＳＳＲｒｉｍｅｒｓｆｒｏｍｔｏｂａｃｃｏｃｈｌｏｒｏｌａｓｔｅｎｏｍｅｐｐｐｇｐｐｇ，１７８ＳＳＲｆｒｏｍｔｏｂａｃｃｏｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｗｅｒｅｉｎ５ｗｉｌｄｔｏｂａｃｃｏａｃｃｅｓｓｉｏｎｓａｎｄｒｉｍｅｒｓｅｎｏｍｅｏｌｍｏｒｈｉｃｐｇｐｙｐ（）ｗｈｉｌｅｎｏｎｅｗｅｒｅｏｌｍｏｒｈｉｃａｍｏｎ５ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄｔｏｂａｃｃｏＮ．ｔａｂａｃｕｍｖａｒｉｅｔｉｅｓ．Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｉｎｄｉｃａｔｅｄｔｈａｔｐｙｐｇ，ＳＳＲｍａｒｋｅｒｓｆｒｏｍｃｈｌｏｒｏｌａｓｔｅｎｏｍｅａｎｄｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｅｎｏｍｅｗｅｒｅｓｕｉｔａｂｌｅｆｏｒｔｈｅｅｖｏｌｕｔｉｏｎｃｌａｓｓｉｆｉｃａ－ｐｇｇｔｉｏｎａｎｄｄｉｖｅｒｓｉｔａｎａｌｓｉｓａｍｏｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｔｏｂａｃｃｏｓｅｃｉｅｓ．ｙｙｇｐ：；；；ＫｅｗｏｒｄｓｔｏｂａｃｃｏｃｈｌｏｒｏｌａｓｔｅｎｏｍｅｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｅｎｏｍｅＳＳＲｐｇｇｙ
①
；收稿日期：修改稿收到日期：２０１１０８１９２０１１１１１２－－－－（）］；）基金项目：中国烟草总公司项目［中国烟草总公司云南省公司项目（１１０２００７０１０２３，１１０２０１１０１０１０ＪＹ０４０８Ａ０５，２０１１ＹＮ０４－，，：作者简介：李绪英（女（汉族）硕士研究生，主要从事烟草分子生物学研究。Ｅ－ｍ１９８４－）ａｉｌｌｘ６６３６７３０３＠１２６．ｃｏｍｙ：肖炳光，博士，副研究员，主要从事烟草育种与生物技术研究。Ｅ－ｍａｉｌｘｉａｏｂ６３．ｎｅｔ＊通讯作者：＠２ｇ
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烟草叶绿体基因组和线粒体基因组ＳＳＲ位点分析
２，李绪英１，肖炳光２＊，高玉龙２，姬广海１（）昆明６云南玉溪６１云南农业大学，５０２０１；２云南省烟草农业科学研究院，５３１００
摘要：利用生物信息学方法对烟草叶绿体和线粒体基因组数据中的Ｓ在叶绿体ＳＲ信息进行了分析。结果表明，。在Ｓ和线粒体基因组中分别获得１８６和５７８个ＳＳＲ位点，ＳＳＲ间的平均距离分别为８３８ｂ４５ｂＳＲ的分布ｐ和７ｐ区域上，绝大多数Ｓ尤其是５区域；在Ｓ主要集中在二、三碱基重ＳＲ位点分布在ＵＴＲ（ ′ ＵＴＲ）ＳＲ重复碱基类型上，二者占总Ｓ其中三碱基重复类型丰度最高。利用全部６复，ＳＲ位点的９０％以上，５７对ＳＳＲ引物在供试的１０份烟发现所有引物均能获得目的片段，但在普通烟草内品种间并未检测到多态性，而在烟草种间有草材料中进行扩增，表明来源于烟草叶绿体基因组２６对叶绿体基因组ＳＳＲ引物和１７８对线粒体基因组ＳＳＲ引物扩增出多态性条带，分类、遗传多样性等方面研究。和线粒体基因组的ＳＳＲ标记适合用于烟草种间进化、关键词：烟草；叶绿体基因组；线粒体基因组；ＳＳＲ中图分类号：Ｑ７８９文献标志码：Ａ
（）：西北植物学报，２０１１，３１１２２３９９－２４０５ＡｃｔａＢｏｔ．Ｂｏｒｅａｌ．Ｏｃｃｉｄｅｎｔ．Ｓｉｎ．－（）１０００４０２５２０１１１２２３９９０７文章编号：－－－
ＡｎａｌｓｉｓｏｆＳＳＲＬｏｃｉｉｎＣｈｌｏｒｏｌａｓｔＧｅｎｏｍｅａｎｄｙｐＭｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａＧｅｎｏｍｅｏｆＴｏｂａｃｃｏ（Ｎｉｃｏｔｉａｎａ）
［］３５－
１材料和方法
１．１材料１．１．１植物材料本研究共用了１０份烟草材料，其中普通烟草栽培种和烟草野生种各５份，均由云南省烟草农业科学研究院［中国烟草育种研究（南中心］提供。具体名称详见表１。方）１．１．２烟草叶绿体与线粒体基因组数据烟草叶绿体基因组数据与线粒体基因组数据均以ＦＡＳＴＡ：／／文件格式下载自公共数据库ＮＣＢＩ（ｈｔｔｗｗｗ．ｐ／／？；ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｏｖｎｕｃｃｏｒｅ７８１０２５０９ｒｅｏｒｔ＝ｆａｓｔａｇｐ：／／／／？ｈｔｔｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｏｖｎｕｃｃｏｒｅ５６８０６５１３ｐｇ）。其中，烟草叶绿体基因组（ｒｅｏｒｔ＝ｆａｓｔａＮ．ｓｌ－ｐｙ，林烟草）全长为１烟草线粒体基因ｖｅｓｔｒｉｓ５５９４１ｂｐ；普通烟草）全长为４组（Ｎ．ｔａｂａｃｕｍ，３０５９７ｂｐ。１．２方法１．２．１烟草叶绿体基因组与线粒体基因组ＳＳＲ位：／／点的搜寻利用ＳＳＲＩＴ软件（ｈｔｔｗｗｗ．ｐ／／／）分别在所获ｓｅａｒｃｈｅｓｓｓｒｔｏｏｌｒａｍｅｎｅ．ｏｒｒａｍｅｎｅｇｇｇ得的烟草全长叶绿体基因组和线粒体基因组内进行该软件仅用于查找二、三、四、ＳＳＲ位点信息搜索，五、六碱基５种类型的ＳＳＲ。对于单碱基类型的，ＳＳＲ信息用ＴＲＦ软件（ＴａｎｄｅｍＲｅｅａｔｓＦｉｎｄｅｒｐ／／／／）进行搜寻。ｈｔｔｔａｎｄｅｍ．ｂｕ．ｅｄｕｔｒｆｔｒｆ．ｈｔｍｌｐ：单碱基重复 ≥２二碱ＳＳＲ搜索的参数设置为：０ｂｐ；；；基重复 ≥１８ｂ１ｂｐ三碱基重复 ≥２ｐ四碱基重复 ≥ 五碱基重复 ≥２六碱基重复 ≥２１６ｂ０ｂ４ｂｐ；ｐ；ｐ。１．２．２ＳＳＲ引物的开发与多态性分析利用Ｐｅｒｌ语言编写程序，在符合条件的Ｓ位点两侧各截取ＳＲ在叶绿体基因组中截８０～１００ｂｐ长的核苷酸序列（，用取８０ｂ００ｂｐ而在线粒体基因组中截取１ｐ）（／／／／Ｐｒｉｍｅｒ３ｈｔｔｗｗｗ．ｆｒｏｄｏ．ｗｉ．ｍｉｔ．ｅｄｕｃｉｂｉｎ－ｐ：ｇ设计Ｓ在设计引物时，主要考虑ｒｉｍｅｒ３）ＳＲ引物。ｐ

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基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究

基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究【摘要】本研究利用SSR分子标记技术对烤烟种质资源的遗传多样性进行了深入研究。

通过对不同烤烟品种的遗传特征进行分析，发现了种质资源之间的遗传关系，并探讨了遗传多样性的地理分布情况。

对烤烟的遗传多样性保护与利用提出了建议，并展望了未来的研究方向。

本研究对于深入了解烤烟遗传多样性以及保护利用具有重要意义，为烟草产业的发展提供了重要的科学依据。

【关键词】烤烟、SSR分子标记、遗传多样性、种质资源、地理分布、遗传关系、遗传多样性保护、遗传多样性利用、未来展望、遗传分析、研究意义、研究背景、研究目的、研究总结1. 引言1.1 研究背景繁殖进程中，种群内的基因型频率发生变化，使得不同基因型在种群中的比例发生变化，导致该物种的遗传多样性减少。

在自然环境中，随着栖息地破坏和气候变化，许多植物种群的遗传多样性遭受到威胁。

研究植物遗传多样性及其相关遗传机制具有重要意义。

1.2 研究目的本研究的目的是通过基于SSR分子标记的方法，对部分烤烟种质资源进行遗传多样性研究，深入探究烤烟种质资源的遗传背景和遗传关系，为烤烟品种改良、遗传资源保护和利用提供科学依据。

具体目的包括：1.检测烤烟种质资源的遗传多样性水平，评估不同种质资源之间的遗传差异；2.研究烤烟种质资源的遗传结构和遗传关系，揭示种质资源的遗传演化历史和亲缘关系；3.探讨不同地理环境下烤烟种质资源的遗传多样性分布规律，分析遗传多样性与地理环境的关系；4.为烤烟的遗传育种、新品种选育和遗传资源保护提供重要参考依据，为研究烤烟及其他作物的遗传多样性及其利用价值提供参考。

通过本研究，进一步认识和利用烤烟种质资源的遗传多样性，促进烤烟遗传资源的保护与可持续利用。

1.3 研究意义研究烤烟种质资源的遗传多样性对于烤烟遗传育种和种质资源保护利用具有重要意义。

通过探究烤烟种质资源的遗传多样性，可以为选择优良种质、推进杂交育种提供科学依据，提高烤烟育种效率，培育出更具有抗逆性、高产性和品质的新品种。

基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究

基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究1. 引言1.1 研究背景烟草是世界上重要的经济作物之一，而烟草的品质和产量受到遗传因素的影响。

烟草品质的提高和烟草新品种的培育需要对烟草种质资源的遗传多样性进行深入研究。

传统的遗传多样性分析方法存在着效率低、成本高以及信息有限的缺点。

利用SSR（Simple Sequence Repeat）分子标记技术对烤烟种质资源的遗传多样性进行研究具有重要意义。

SSR是一种微卫星DNA序列，具有高度可变性，是遗传研究中常用的分子标记。

通过SSR分子标记技术，可以快速准确地对烤烟种质资源进行遗传多样性分析，揭示不同品种之间的遗传关系和遗传变异。

利用SSR分子标记技术对烤烟种质资源的遗传多样性进行研究，有助于为烟草品质改良和新品种选育提供科学依据，促进烤烟产业的可持续发展。

本研究旨在利用SSR分子标记技术对部分烤烟种质资源的遗传多样性进行系统研究，为烟草遗传资源的保护与利用提供科学依据。

1.2 研究目的研究目的：通过基于SSR分子标记的方法，对烤烟种质资源的遗传多样性进行系统研究和分析，旨在揭示烤烟种质资源的遗传背景和遗传变异情况，为烤烟品种改良和新品种选育提供科学依据。

具体目的包括：1.探究烤烟种质资源的遗传多样性水平，分析其遗传结构和遗传距离，为种质资源的保护和利用提供理论基础；2.研究烤烟种质资源的遗传多样性分布规律，揭示其潜在遗传变异特点，为烤烟遗传改良及种质改进提供参考；3.探讨烤烟种质资源的遗传多样性对抗逆境胁迫的响应机制，为烤烟的抗逆性育种提供科学依据；4.总结烤烟种质资源的遗传多样性特点和利用潜力，为烤烟种质资源的有效保护、合理利用和可持续发展提供科学指导。

通过以上研究目的的实现，可以深入了解烤烟种质资源的遗传多样性特征，为保护和利用烤烟遗传资源提供科学参考和理论支撑。

1.3 研究意义烤烟是重要的经济作物之一，其遗传多样性的研究对于研究其遗传演化、育种和种质资源保护具有重要意义。

基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究

基于SSR分子标记的部分烤烟种质资源遗传多样性研究烤烟（Nicotiana tabacum L.）是世界上最重要的经济作物之一，是工业和商业利润的主要来源，同时也是烟草制品的原料。

由于长期的品种选择和繁育，烤烟的遗传多样性逐渐减少，这对烤烟的生长和抗病能力造成了一定的影响。

对烤烟种质资源的遗传多样性进行研究，对于烤烟的品种改良和遗传资源的保护具有重要的意义。

本研究旨在利用SSR分子标记技术对部分烤烟种质资源的遗传多样性进行分析，为烤烟的遗传改良和资源保护提供科学依据。

一、研究材料与方法1. 研究材料本研究选取了国内外31个烤烟种质资源为研究材料，其中包括不同地理分布和不同生态环境下的烤烟品种。

这些品种来源于国内外研究机构和种质资源库，具有较高的代表性。

也选取了一些烟草近交种和杂种作为对照组。

2. 实验方法本研究采用SSR（Simple Sequence Repeat）分子标记技术对烤烟种质资源进行遗传多样性分析。

从烤烟叶片中提取总DNA，并进行PCR扩增，然后利用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离和检测。

通过观察PCR扩增产物在琼脂糖凝胶上的条带图谱，对烤烟种质资源的遗传多样性进行分析和评价。

二、研究结果1. SSR分子标记的多态性实验结果显示，通过SSR分子标记技术对烤烟种质资源进行分析，得到了丰富的多态性信息。

在所选取的SSR引物中，大部分引物均具有多态性，其多态性信息含量丰富，能够很好地反映烤烟种质资源的遗传多样性。

2. 种质资源的遗传多样性分析通过对SSR分子标记数据的分析，得到了不同烤烟种质资源的遗传相似性系数矩阵，进而构建了遗传相似性树和主成分分析图。

结果表明，这些烤烟品种在遗传结构上存在一定的差异和相似性，反映了它们在遗传多样性上的分布情况和亲缘关系。

根据遗传相似性系数矩阵和主成分分析结果，将这些烤烟品种分成了不同的遗传群体，这为烤烟的遗传改良和资源利用提供了重要的参考。

三、研究意义与展望烤烟种质资源的遗传多样性研究是烟草遗传育种和资源保护的基础工作。

烟草基因组DNA的高效提取与SSR应用

化程度高，的细胞壁较厚，有的含酚类物质多，有而有
的则易于降解等，很难用一种方法来提取不同植物的ＤＡＮ。所以，应针对植物的不同之处，对其ＤＡ提取Ｎ方法进行探索和改进。本试验用改进的ＣＡＴＢ高盐沉淀法，以烟草嫩叶、冰冻叶和花瓣为材料提取总ＤＡ，功地获得了烟草Ｎ成
ＡｂｓｒｃＴｈｓｓｕｄｕｐｏｅｗａｏｄａｔｔｘｒｃｉｎｏｔａｔ：ｉｔｙｐｒｓｓｔｅｌｈｅｔａｔｏｆＤＮＡｔｍｐｏｅｗｉｗｉｉｒｖｄＣＴＡＢｔｏｒｍｅｙｕｇｈｍｅｄｆｏｔｏｎｈｈ
ｌａ，ｒｚｎｌａｎｅｆｗｒｏｏａｃａｄｔｅｐｒｔｎｕｎｉｆａｈＤＮＡｏｔｉｅｈｃｖｌａｅｅｆｆｏｅｆａｄｔｏｅｆｂｃｏ，ｎｈｕｙａｄｑａｔｙｏｃｅｈｌＴｉｔｅｂａｎｄｗｉｈｅａｕｔｄｂｇｒｓｇｌｅｅｔｏｈｒｓｓＵＶＳａｎｎｎＳａａｙｉ．ｓｌｈｗｅｈｔｔｉｍｅｏｓｓｌｎｙａａｏｅｅｌｃｒｐｏｅｉ，ｃｎｉｇａｄＳＲｎｌｓｓＲｅｕｔｓｏｄｔａｓｓｈｔｄｉｉｅａｄｈｍｐｅｉｉｎ，ａｈｏｅｇｎｍｉＮＡｗｈｃｘｒｃｅｒｍｒｅｍａｅａｓｗａｕｅａｄｉｔｇａｗｉ２０ＡｆｃｅｔｅｃｆｔｅｏｃＤｉｈｅｔｔｄｆｏｔｅｔｒｌｓｐｒｎｎｅｒ，ｔＡ６／ｈａｈｉｈ２０ｖｕｆ１７ —１９，ｅｒｄｔｎｗａｅｒｒｅｔｅｐｏｅｎ，ｈｎｌｅｃｗａｌｎｔｄｃｍｐｅｅｙＳＲａ８ａｅｏ．ｌ．ｄｇａａｉｓａｌｆ，ｒｔｉｐｅｏｔ．ｓｅｉａｅｏｌｔｌ．Ｓ — ｏｎｙｅｈｍｉｎｌｓｎｉａｅｅｐｍｅｒｄｃｄｃｅｒｐｌｍｏｐｉａｔｒｓＴｅｒｓａｃｃｉｖｍｅｔｏｌｅｒｇｒｅａｙｉｉｄｃｔｄｔｒｒｐｏｕｅｌａｏｙｒｈｃｐｔｎ．ｈｅｅｒｈａｈｅｅｎｕｄｂｅａｄｄｓｈｉｅｃａｈａｉｏｒｅｏｓｕｙｔｅｇｎｔｉｅｓｔｆＴｂｃｏｓｔｅｂｓｆｆｔｒｔｔｄｈｅｅｉｄｖｒｉｏｏａｃ．ｓｕｈｃｙ

23份烟草种质遗传多样性的SSR和ISSR标记分析

ｔｒｎｙｉｓｏｅｈｔ３ｔｂｃｏｇｒｐａｍｒｏｒｅｏｌｅｄｖｄｄｉｔ２ｇｏｐＨｎｈａａｎｕｎａｄＮＣ２）ａｄ２ｉｄｐｎｅｔｅａｓｈｗｄｔａ２ａｃｅｍｌｓｕｃｓｃｕｄｂｉｉｅｎｏｒｕｓ（ｏｇｕｄｊｙａｎ８ａｌｓｏｓｅｉｎｎｅｅｄｎｔｅＣｋｒ４ｙ８（ｏｅ１７，Ｖｌ６ｏ１０．ＳＲａｄＩＳｒｅｎｙｉＣｅｕｅｅｅｃｄｖｒｔｎｙｉｏｂｃｏｇｒｌｍｒｓｕｃｓｐａｌｒ４）ＳｎＲｍ＆ｒａｓａｂｓｄｉｇｎｔｉｓｙａａｓｆｏａｃｅｍｐａｅｏｒｅ．ＧＳｋａｌｓｎｎｉｅｉｌｓｔｓ
异，ＤＡ水平遗传变异的直接反映，有不受生是Ｎ具育期、境和基因表达与否的限制，遍及整个基因环
作简单等优点，许多作物研究中广泛使用在
２１年２０１４卷１期
Ｖｏ．４１２Ｎｏ１．
西
南
农
业
ａｆＡｎｕｒｃｅｃｓｏｔｗｅｔｈｎｏｒｌｏｎｃｈｕａＳｉｎｅｎｌ
文章编号：０１４２（０１０ —０１０１０ — ８９２１）１０５— ５
ＮＥＱｏｇ．ｅ—ｉｎ２ＩｉｎｕＵＲｎｘｇａ（．ｏａｃｅｅｒｈＣｎｅ．Ｇｉｏｎｖｒｉ，Ｇｉｏｕｙｎ５０５ｈｎ；２ＧｉｏｅａｏａｏｆＴｂｃｏＱａｔ１ＴｂｃｏＲｓａｃｅｔｒｕｚｕＵｉｅｓｙｕｚｕＧｉａｇ５０２，Ｃｉｈｔｈａ．ｕｚｕＫｙＬｂｒｔｒｏｏａｃｕｌｙｈｙｉＧｉｏｕｙｎ５０５，ｈｎ）ｕｚｕＧｉｇ５０２Ｃｉａｈａ

普通烟草种质资源的SSR标记与指纹图谱分析

ＳＳＲｉｇｐｉｔＦｎｅｒｒｎＭａｐＡｎｌｓｓｏｂｃｏＧｅｒｐａｍｓａｙｉｆＴｏａｃｍｌｓ
ＸＵｕｎ ’ ＬＩＹａｕａ，Ｊ。ＵｎｈＲＥＮｉＭＵｉｎｉＺＨＡＮＧｎ，Ｍｎ，Ｊａｍｎ，ＸｉｇｗｅＣＨＥＮｑｏｇ ’ ＷＡＮＧｉｅｉ，Ｙａｉｎ。，Ｚｈｄ
北京１０８）００１
摘
要：利用ＳＲ标记构建了烟草核心种质中８Ｓ０份普通烟草种质的指纹图谱。从２６对ＳＲ引物中筛选出８对多态性较８Ｓ
好的引物，对这些烟草种质进行分析，共检测到８５个多态性位点。研究表明，这８对多态性ＳＲ引物可以将８ＳＯ份烟草种质完全区分开，每份种质都有各自独特的指纹图谱，表明ＳＲ标记完全适用于普通烟草种质鉴定和指纹图谱构建工作。Ｓ
ｉｅｔｅｙｔｅｅ８ｐｉｓｏＳｐｍｅ，ｖｒｏａｃｅｍｐａｍａｎｑｅｆｎｅｒｔｍａ，ｉｃｅｎｔａｅｈｔＳＲｄｎｉｄｂｈｓａｒｆＳＲｒｉｆｉｒｅｅｔｂｃｏｇｒｌｓｈｄａｕｉｕｇｒｉｐｗｈｈｄｍｏｓｔｓｔａＳｙｉｐｎｒｆｇｒｒｔｐｉｓｉｂｅｆｒｏａｃｕｔａｅｔｃｔｎｎｐｎｍａｓｕｔｌｂｃｏｃｌｖｉｎｉａｏ．ｉｅｉａｏｔｉｒｄｉｆｉ
Ｃｉａ２ＧａｕｔＳｈｏｏＡＡ，ｅｉｇ１０８，ｈｎ）ｈｎ；．ｒｄａｃｏｌｆｅＣＳＢｉｎ００１Ｃａｊｉ

四种细胞质来源的烟草不育系线粒体SSR位点差异

Mitochondrial Microsatellite Variability of Tobacco CMS Lines with Four Different Cytoplasms
LI Feng-Xia, YANG Ai-Guo, CUI Meng-Meng, GONG Da-Ping, WANG Wei-Feng, and SUN Yu-He∗
Abstract: Sequence variation of the mitochondrial DNA has a direct relation with cytoplasmic male sterility (CMS). In this study, we analyzed mtSSR variability of four sterile cytoplasm types, including four CMS lines, their maintainer lines ored the relationship between mtSSR variability and CMS. Based on the entire mitochondrial DNA sequence of Nicotiana tabacum, we identified 39 mtSSR loci having more than ten mononucleotide repeats and 24 mtSSR markers that can be used to analyze mitochondrial DNA variability of four sterile cytoplasm types. The results showed that the mtSSR polymorphism was very low in N. tabacum, which was 10.5%, and there were some different loci between the CMS lines and their maintainer lines, the wild tobacco provided the sterile cytoplasm. Such as, in the Nat(sua.)S, the different loci were located in coding regions of orf138a, orf138c and intergenic region orf102–orf210; in the Nat(gla.)S, the different loci were located in two coding regions of orf138a, orf138c and four intergenic regions nad2–sdh3, rps12–orf125b, orf116–orf101b, orf102–orf210; in the Nat(rep.)S, the different loci were located in coding region orf190 and intergenic region orf104c–orf202; in the Nat(rus.)S, the different loci were located in coding regions of orf137 and rps12–orf125b. These different loci likely related to their CMS. The results also showed that the fragments of 184, 172, 212 and 225 bp were amplified by mtSSR primer TMS20 in four types of CMS of ms G-28, 86-6, 98-43, 116, respectively, and using this primer we could distinguish the four types of CMS of Nat(sua.)S, Nat(gla.)S, Nat(rep.)S, Nat(rus.)S between each other. Keywords: Tobacco; Sterile cytoplasm type; Mitochondrial DNA; SSR

叶绿体的基因组学及其功能分析

叶绿体的基因组学及其功能分析叶绿体是植物细胞中的一种细胞器，它是光合作用的场所，是植物获得能量、制造营养物质的重要场所。

叶绿体具有自主繁殖的能力，其基因组是研究叶绿体发育和生长的重要课题之一。

随着基因测序技术的发展和应用，叶绿体基因组的研究正在变得越来越深入和细致，本文就叶绿体基因组学及其功能分析进行一些探讨。

一、叶绿体基因组的特点叶绿体基因组是植物细胞中较为稳定的遗传物质，其大小比较小，一般仅为120kb左右。

该基因组中含有一些编码蛋白质的基因，以及一些编码tRNA和rRNA的基因。

与细菌基因组不同的是，叶绿体基因组缺乏一些常见的基因，如RNA聚合酶和ATP合成酶等，这是因为这些基因已经转移到了植物细胞核内进行编码。

二、叶绿体基因组的序列特征叶绿体基因组的序列特征主要包括基因排列方式、基因间的区域、基因内的序列等。

叶绿体基因组的基因排列方式比较保守，不同物种间的基因排列方式相似。

在基因间区域中，含有一些重复序列和转座子序列等。

叶绿体基因组的内含子（intron）比较少，而且较为保守，多数为自我复制序列。

三、叶绿体基因组的功能分析基于叶绿体基因组的序列特征，研究人员对叶绿体基因组的功能进行了深入的研究。

他们发现，叶绿体基因组参与了许多关键生物过程，包括光合作用、植物形态发生、过氧化物代谢等方面。

（一）光合作用叶绿体基因组中编码的一些酶参与了光合作用，如PSⅠ、PSⅡ、光合作用复合物、类胡萝卜素合成酶、CO2浓缩酶等。

这些酶都是光合作用过程中必不可少的酶，通过这些酶的参与，光合作用得以进行，从而为植物提供能量。

（二）植物形态发生叶绿体基因组中编码了许多参与植物形态发生的基因，如编码植物激素的代谢酶、调节胚抱合和游离细胞上皮的蛋白等。

这些基因的参与可以调节植物的发育，进而影响植物的形态。

（三）过氧化物代谢叶绿体中含有很多过氧化物，并且极易产生自由基，造成细胞损伤。

叶绿体基因组中编码的一些过氧化物代谢酶可以修复细胞受损，防止细胞死亡。

晒烟种质资源形态学标记及SSR标记的多样性分析

晒烟种质资源形态学标记及SSR标记的多样性分析摘要：以吉林省常见的23份晒烟和2份烤烟为试材，利用形态学标记和SSR分子标记两种方法进行遗传距离的研究，并将所得的遗传距离进行相关性分析。

结果表明，晒烟材料的形态学欧氏距离在1.11～8.29之间，欧氏距离较小，说明各晒烟品种间遗传基础狭窄。

通过SSR标记法，得到各晒烟材料间的遗传背景较相似，遗传相似系数为0.51～0.98，相似性较大，说明亲缘关系较近。

两种方法的聚类分析结果基本一致。

利用SPSS软件对形态学欧氏距离与SSR遗传相似系数进行了相关性分析，结果呈极显著负相关，相关系数为r=-0.383。

由此可见，分子标记能反映烟草品种间的遗传变异，通过这种简便快捷的标记方法，能够提高烟草育种效率。

关键词：晒烟;形态学标记;SSR标记;亲缘关系;遗传多样性;相关性分析中图分类号：S572 文献标识码：A 文章编号：0439-8114（2015）23-5943-06DOI：10.14088/ki.issn0439-8114.2015.23.038The Genetic Diversity Analyses on Sun-cured Tobacco Germplasm by Morphological Markers and SSR Markers WANG Hui-ying1，WANG Man1，PIAO Shi-ling1，JINAi-lan2，CHEN Shuang1（1.Agricultural College，Yanbian University，Yanji 133002，Jilin，China;2.Yanbian Academy of Agricultural Sciences，Longjing 133400，Jilin，China）Abstract：Taking 23 common sun-cured tobaccos and 2 flue-cured tobaccosof Jilin province as test materials，combining with morphological markers and SSR markers，the correlation of genetic distance was analyzed. Results showed that，morphology euclidean distance of sun-cured material was 1.11～8.29，which showed genetic base among sun-cured tobacco varieties was relatively narrow. Genetic backgrounds between each sun-cured materials were similar through SSR markers，the genetic similarity coefficient was 0.51～0.98. Cluster analysis results of the two methods were basically the same. The correlation analysis between morphology euclidean distance and SSR genetic similarity coefficient was conducted by SPSS software，a significant negative correlation was obtained with correlation coefficient r=-0.383. It was concluded that molecular markers could reflect the genetic variation among breeds，andimprove the breeding efficiency.Key words：sun-cured tobacco;morphological markers;SSR markers;genetic relationship; genetic diversity;correlationanalysis吉林省晒烟作为中国名晒烟之一，以色泽鲜明、吃味纯净、油分充足、香气优雅浓郁、焦油释放量低等特点在中国享有很高的声誉[1]。

3种烟草基因组SSR位点信息分析和标记开发

Ｒｅｐｅａｔｓ
７７６个和５８４３个，分别占总数的５．１２％、
１０。０２％、３６．３７％和３．８１％。ＳＳＲ位点在４种不同区域的密度分别为２５１．５４个／Ｍｂ、３４．３４个／Ｍｂ、６４．９４个／Ｍｂ和８４．６１个／Ｍｂ，平均密度为７１．７３
个／Ｍｂ（１５３３５７／２
类型外，重复次数多在３～ｌｏ次之间。利用分别属于５个不同烟草组的８份烟草材料验证所合成的３００对引物，所
有合成的引物均能扩增获得目标片段，其中有８０对引物存在扩增多态性。表明来源于绒毛状烟草、林烟草和本塞
姆氏烟草基因组的ｓｓＲ标记在亲缘关系相对较近的烟草种间具有高度保守性和通用性，基于此３份烟草野生种基
（云南省烟草农业科学研究院，烟草行业烟草生物技术育种重点实验室，国家烟草基因工程研究中心．昆明６ｊ００２１）
摘
要：利用生物信息学方法对绒毛状烟草、林烟草和本塞姆氏烟草３份烟草野生种基因组数据中的ｓｓＲ位点信
息进行了分析。结果表明，在全长分别为２．１４Ｇｂ、２．４４Ｇｂ和２．５９Ｇｂ的绒毛状烟草、林烟草和本塞姆氏烟草基因组中分别获得１５３３５７个、１９６４９３个和２７８７８４个ＳＳＲ位点，平均相隔１３．９４ｋｂ、１２．４２ｋｂ和９．３１ｋｂ出现一个ｓｓＲ。在ｓｓＲ位点分布区域上．绝人部分的ｓｓＲ位点分布在内含子和ｕＴＲ（尤其是５，－ｕＴＲ）区域；在ｓｓＲ基序类型上，主要集中在二、三碱基基序且二者占总ｓｓＲ位点数目的８０％以上，并以二碱基基序类型丰度最高；在ｓｓＲ基序结构上，基因组中出现频率及数量最高的是含有Ａ（Ｔ）。的基序结构；在ｓｓＲ基序的重复次数上，除单碱基基序
ｎｃｔ
万方数据
西北植物学报
ａｎｄ
ｔａｒｇｅｔ
ｂａｎｄｓ，ｏｆｗｈｉｃｈ８０

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