比较基因组学鉴定藏猪和家猪的自然和人工选择的主要内容
比较基因组学鉴定藏猪和家猪的自然和人工选择的主要内容
《比较基因组学鉴定藏猪和家猪的自然和人工选择》的主要内容藏猪主产于青藏高原，包括四川阿坝及甘孜藏猪、云南迪庆藏猪、甘肃合作藏猪以及分布于西藏自治区山南、林芝、昌都等地的藏猪类群。
藏猪是世界上少有的高原型猪种，是我国宝贵的地方品种资源。
藏猪长期生活于无污染、纯天然的高寒山区，具有适应高海拔恶劣气候环境、抗病、耐粗等特点。
藏猪能适应恶劣的高寒气候，在海拔2,500〜3,500m的青藏高原半山区，年平均气温7〜12℃、冬季最低-15℃、无霜期110〜190天、食物资源缺乏的严酷条件下，藏猪仍能很好地生存下来。
这种极强的适应能力和抗逆性，是其他猪种所不具备的独特种质特性。
2004年，藏猪正式列入《中国畜牧品种志》，被正式确定为地方原始猪种。
该研究利用高通量测序技术及生物信息分析策略，从基因组水平充分揭示了藏猪特有高原环境适应性的分子机理，同时解析了四川盆地家猪在几千年的人工驯化过程中基因组中重要经济性状相关基因的进化方向。
该研究主要包括以下两部分内容和发现：第一部分：藏猪和欧洲家猪的比较基因组学分析自然选择和人工选择是动物进化和家猪品种形成的重要驱动力之一。
该研究首先通过组装我国特有高原型猪种一一藏猪的基因组，与欧洲家猪杜洛克猪的参考基因组进行比较基因组学研究。
揭示了猪基因组中大量功能基因在高原极端环境和强烈人工选择下出现的差异。
嗅觉、能量代谢、低氧适应、紫外线抵抗、血液循环系统的平滑肌发育、子宫内的血液运输和药物转运等基因在藏猪和家猪间呈现出截然不同的进化趋势。
1.通过基因组大小的比较分析发现藏猪基因组比家猪基因组小了0.09Gb （9千万）碱基序列，且两者基因组仅有93.41%的部分共线，其差异堪比牦牛和家牛（共线性程度94%）差异程度。
此外，藏猪和家猪间186 Mb （1亿8千万）碱基的序列方向相反，其差异可比人与黑猩猩（基因组间反向序列为154 Mb （1 亿5千万））。
进一步分析发现藏猪和家猪的祖先可能早在690万年前就已经开始各自向不同方向进化，甚至可能早于牦牛和家牛（490万年前），人类和黑猩猩（500〜700万年前）。
在猪遗传选择中人们应该反思的四个充分理由
252020年37卷第9期 SWINE INDUSTRY SCIENCE 猪业科学国际瞭望GLOBAL NEWS海外文摘在猪遗传选择中人们应该反思的四个充分理由对猪遗传选择导致活产仔猪的数量不断增加，然而，养猪生产中的其他重要因素却被忽视了，文中列出了其中的四个。
几十年来，猪窝活产仔猪的平均数量一直在10.5头左右徘徊。
由于其遗传力值太低，人们认为不值得进行多产性的选择。
之后，在20世纪60～70年代，法国研究者开始寻找那些活产仔猪的数量比平均数量高得多的亚种群，并从这些亚种群中繁殖出一种“高产”系。
20世纪80年代末，由4家英国育种公司和爱丁堡大学罗斯林研究所的动物育种研究组织组成的一个团体，从中国进口了一批梅山猪，它们非常高产和壮实。
20世纪90年代，梅山猪的多仔基因被用于一些商业杂交品种。
弄清猪的DNA随着猪DNA 的明了和繁殖基因的鉴定，遗传选择领域发生了革命性的变化。
如今，传统的表型、定量选择与基于核苷酸测序的基因组选择相辅相成。
以上之所以成为可能，是因为数字处理能力的巨大进步、更高效的计算能力以及有类似最佳线性无偏预测（BLUP 法）之类的程序。
接下来的事就世人皆知了，几乎所有的大型育种公司在活产仔猪数量上都取得了显著进展，在商业化猪场中，平均数据达到14～16头/窝。
随着平均活产仔猪数的增加，仔猪的平均初生体重下降了，有许多体重轻的仔猪出生了（低于800 g ）。
1 断奶前的死亡率阿尔伯塔大学的George Foxcroft 教授对仔猪宫内发育迟缓现象进行了大量研究。
出生时体重轻的仔猪，其断奶时仍然会体重轻。
根据经验，出生时比平均体重低100 g 的仔猪，在哺乳阶段结束后体重会低1 kg ；在全进全出系统里，猪的最终体重会减少10～15 kg 。
这意味着要么这些猪在屠宰场会被降级，要么人们得花更长的时间来饲喂（投入更多的饲料费用）。
尽管如此，许多育种公司仍在注重对活产仔猪数量的选择，但更有远见的育种公司现在正着眼于选择“活到第5天的仔猪”来代替活产仔猪数量。
群体进化-基于全基因组重测序
DNA样品总量: ≥3 μg 适用范围样品要求文库类型测序策略与深度分析内容项目周期 群体进化（基于全基因组重测序）标准分析时间为120天，个性化分析需根据项目实际情况进行评估HiSeq PE150推荐测序深度≥5X/个体350 bp小片段DNA文库1. 已有参考基因组序列的物种中不同亚群（自然群体）2. 各亚群间划分明显，同一亚群内的个体有一定代表性3. 每个亚群选取10个样本左右（推荐动物≥10个，植物≥15个）4. 总体不少于30个样本与参考基因组比对群体SNP检测、注释及统计系统进化树构建群体遗传结构分析群体主成分分析连锁不平衡分析选择消除分析候选基因GO和KEGG富集构建单体型图谱种群历史和有效群体大小技术参数针对已有参考基因组的物种，对其各亚种进行全基因组重测序获得基因组信息，通过与参考基因组比对，得到大量高准确性的SNP、InDel、SV等变异信息，讨论群体的遗传结构、遗传平衡和影响遗传平衡的因素，从而从分子层面揭示该物种的进化机制、环境适应性等系列问题。
该技术能精准地得到全基因组内所有遗传信息，最大程度地挖掘出群体内遗传变异。
诺禾具有丰富的群体遗传学项目经验，研究成果发表于Nature Genetics（Li, M, et al. 2013& Zhou, XM,et al. 2014）等。
参考文献[1] Li M, Tian S, Jin L, et al . Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars [J]. Nature genetics, 2013, 45(12): 1431-1438.[2] Zhan S, Zhang W, Niitepo ～ld K, et al . The genetics of monarch butterfly migration and warning colouration [J]. Nature, 2014.案例解析［案例一］ 家猪和藏猪的群体进化分析[1]2013年，诺禾致源科技服务团队与四川农业大学研究者合作发表该成果。
中科大考古学概论-利用CN同位素判断家猪野猪概要
总体而言,样品保存情况均较差,34个样 品仅有16个可提取出骨胶原,且骨胶原 的得率很低(平均值0.9%±0.6%),与现代样 品(约含有20%的骨胶原)相差甚远,表明 样品中的骨胶原绝大部分在掩埋过程中 分解殆尽.尽管如此,剩余的骨胶原仍然 有可能保持其本身的生物学特性.
理论认为,若骨胶原的C含 量和N含量分别落于 15.3%~47%和 5.5%~17.3%范围内,且两 者摩尔比值介于2.9和3.6 之间,该骨胶原可视为未污 染样品.
中科大考古学概论利用cn同位素判断家猪野猪考古学概论孤岛惊魂4家猪在哪野猪和家猪杂交孤岛惊魂4家猪家猪变野猪家猪养殖野猪和家猪野猪与家猪杂交野猪家猪
一名成年男子与一雄一雌两头 猪葬在一起，
考古学家称在兴隆洼“发现了17种哺乳 动物，但当时的人们唯独把猪做为陪葬， 我们推测当时的人与猪有一种特殊的感 情。” 考古学家推测在8000年前的兴隆洼人 们可能喂养猪(或某种意义上的家猪)， 以满足举行仪式活动的随时需要，并很 可能正是这种喂养活动导致了真正的家 猪出现。
利用C,N稳定同位素分析法
鉴别家猪与野猪的 初步尝试
尽管家猪起源的研究已取得了很 大的成就,然而,研究中存在的一些 关键问题,仍然未能很好解决.例如 ,驯化初期,家猪与野猪在形态学上 的差异甚小,两者间的形态鉴别存 在相当大的困难,即使是近些年来 新发展起来的LEH分析,在区别野 猪与早期驯化家猪时也往往力不 从心，
现代中国粟的δ13C值大约为11.7‰.受工业革命后化石燃烧的 影响,史前大气CO2的δ13C值较现 代大气约富集1.5‰,故中国新石器 时代粟类植物的δ13C值应为10.2‰.当食物经人类(动物)消化 吸收后转变成为该个体身体的组 成部分时,C同位素将发生分馏,
如,从食物至骨胶原中将富集约 5‰,而从食物至肌肉组织则约富 集1‰.若不考虑营养级对C同位 素的影响(在不同营养级之间 δ13C值约富集1%,常忽略不计), 假设人类(动物)的食物为100% 的粟类,那么,其骨胶原的δ13C 则大约为- 5.2‰.
猪的育种
二、猪的主要性状与度量方法
4）肌肉品质
• • • • • • • • 肉色(meat color) 肌肉pH值 肌肉大理石纹 失水率 熟肉率 贮存损失 肌肉嫩度 肌内脂肪含量
二、猪的主要性状与度量方法
肌肉pH：PH测定的时间是屠宰后45min以及宰后 24h 测定部位是背最长肌中心部位可采用玻璃电极（或 固体电极）直接插入测定部位肌肉内测定 现公认： 宰后45min和24h眼肌的pH分别低于5.6和5.5是 PSE肉 宰后24h半膜肌的pH高于6.2是DFD肉
营养
Genetics遗传
Transport Time/Distance运输时 间/距离
Social/Physical Environment社会与自
然环境
Cooking烹调
Animal Handling
动物处理 待宰时间
Slaughter屠宰
Aging Time熟化时间
Lairage Time
Past slaughter treatment宰后处理
肉色meat color比较
二、猪的主要性状与度量方法
系水力：指肌肉蛋白质在外力作用下保持水分的能力 采用贮存损失、熟肉率及失水率测定肌肉的系水力
– 系水力是肉质的重要性状，直接影响肉品加工的产 量 – 也影响肌肉的嫩度 – 肌肉系水力的高低，取决于宰后肌肉的PH – 中国通常采用加压重量法来度量肌肉失水率，以估 计肌肉的系水力，即失水率越高，系水力越低 – 失水率（%）=（压前肉样重—压后肉样重）÷压前 肉样重×100%
第四章 猪的育种
本章主要内容
一、猪育种概况 二、猪的主要性状与度量方法 三、种猪的选择 四、种猪的选配 五、种猪测定 六、纯种、品系选育 七、猪的杂交利用
高中生物必修二第六章生物的进化专项训练(带答案)
高中生物必修二第六章生物的进化专项训练单选题1、我国家猪品种曾有数百种，但近年来由于人工选择及规模化养殖，家猪养殖市场几乎被“杜咯克”“大约克”等少数几个外国品种或外国品种与本地家猪的杂交品种所占据，本地纯种家猪几乎灭绝。
此现象引起了政府和育种专家的高度重视，一些地方纯种“名猪”被列为国家级畜禽资源保护名录。
下列有关叙述正确的是（）A．世界不同地区的家猪在种群基因库方面存在差异B．家猪品种的大量减少会导致物种的多样性发生改变C．外国家猪品种和我国家猪品种存在地理隔离和生殖隔离D．人工选择能够改变家猪变异的方向和基因频率改变的速度答案：A分析：物种，简称“种”，是生物分类学研究的基本单元与核心。
它是一群可以交配并繁衍后代的个体，但与其它生物却不能交配，不能性交或交配后产生的杂种不能再繁衍。
A、世界不同地区的家猪因生存环境、人工选择等因素导致其在种群基因库方面存在差异，A正确；B、由题意可知，不同家猪品种属于同一物种，在进化过程中会导致基因的多样性发生改变，B错误；C、外国家猪品种和我国家猪品种存在地理隔离，不存在生殖隔离，C错误；D、人工选择不能改变家猪变异的方向，家猪变异是不定向的，D错误。
故选A。
2、三倍体牡蛎（3n=30）肉鲜味美，其培育的过程是使二倍体牡蛎处于减数第二次分裂时期的次级卵母细胞不能分裂，然后让该细胞与二倍体牡蛎的精子结合获得三倍体牡蛎。
下列有关叙述正确的是A．三倍体牡蛎细胞在减数分裂过程中会形成15个四分体B．三倍体牡蛎的染色体数目发生了变化且该变化决定其进化的方向C．三倍体牡蛎细胞在有丝分裂后期能观察到60条染色体D．三倍体牡蛎与二倍体牡蛎是自然界中存在的两个物种答案：C分析：二倍体牡蛎处于减数第二次分裂后期的次级卵母细胞不能分裂，其细胞中染色体数量与体细胞相同，含有两个染色体组，精子中含有一个染色体组，然后让该细胞与二倍体牡蛎的精子结合可获得含有三个染色体组的三倍体牡蛎。
2020-2021学年高一生物人教版必修2章末复习：第七章 Word版含解析
章末复习一、生物进化理论的相关比较1．拉马克、达尔文、木村资生的进化理论的比较学说名称拉马克的进化理论达尔文的进化理论木村资生的进化理论观点物种是可变的，在自然界里，环境的影响使生物发生变异，并且从一个生物类型演化为另一个生物类型物种是可变的，生物在“过度繁殖、生存斗争、遗传变异、适者生存”的自然选择法则上向前进化分子水平上的进化是由选择中性或近中性突变基因的随机固定而实现的。
只有当分子进化导致生物的形态和生理发生变异后，自然选择才发挥作用2.现代生物进化理论和达尔文进化理论的比较(1)共同点：都能解释生物进化和生物的多样性、适应性。
(2)不同点：①达尔文的进化论没有阐明遗传和变异的本质以及自然选择的作用机理，而现代生物进化论克服了这个缺点。
②达尔文的进化论着重争辩生物个体的进化；而现代生物进化理论强调群体的进化，种群是生物进化的基本单位。
③在达尔文进化论中，自然选择来自过度繁殖和生存斗争；而现代生物进化理论中，则将自然选择归结于不同基因型有差异的连续，没有生存斗争，自然选择也在进行。
3．现代生物进化理论与中性学说的区分现代生物进化理论侧重于群体(即宏观水平)，中性学说侧重于分子(即微观水平)，两者相互补充，更好地解释了生物进化的现象及本质。
训练1达尔文自然选择学说与现代生物进化理论的比较，正确的是()①现代生物进化理论阐明白遗传和变异的本质及自然选择的作用机理，而达尔文自然选择学说则没能阐明②现代生物进化理论不能解释生物的多样性和适应性，而达尔文自然选择学说则能③现代生物进化理论深化到分子水平争辩遗传和变异，以种群为基本单位争辩生物的进化，达尔文自然选择学说则不是④现代生物进化理论以达尔文的自然选择学说为基础，极大地丰富和进展了达尔文的自然选择学说⑤二者都认为生物是进化的A．①③④⑤B．②③④⑤C．①③④D．②⑤二、怎样解释毁灭生物新类型的现象1．生物进化与物种形成的区分与联系区分：生物进化的实质是种群基因频率的转变，因此，可以认为种群的基因频率发生转变就意味着生物进化了。
【精品】2020春北师大版生物八下21
【关键字】精品第2课时自然选择和人工选择一、达尔文的环球航行和考察达尔文通过考察意识到加拉帕戈斯群岛上各种生物发生着适应环境的变化，这种变化显示出______的影响和______的选择。
二、人工选择的启示达尔文注意到人们饲养的动物和栽培的植物都是从野生原种经过代代的精心______和________形成的。
三、大自然的选择1．绝大多数的物种繁殖的后代数量都大大超过生存环境的承受力，导致后代无法获得足够的______、__________等生存条件。
它们之间就要进行________，在比赛中某些有微小的__________变异的个体更能适应环境变化，在比赛中容易生存和繁殖后代。
它们的后代可能继承了这种有利变异的性状。
这样，经过许多代以后，微小的有利变异在物种内________起来，一个更加适应环境的______形成。
2．自然选择是通过________实现的，生物的________和________是自然选择的结果。
3二、选择培育三、1.食物栖息场所生存比赛有利积累新物种2．生存比赛多样性适应性3．普遍定向选择1．达尔文的自然选择学说达尔文的自然选择学说，其主要内容有四点：过度繁殖、生存斗争（也叫生存比赛）、遗传和变异、适者生存。
（1）过度繁殖：在自然界中，各种生物普遍具有很强的繁殖能力，能够产生大量的后代。
（2）生存斗争：生物赖以生存的食物和空间都是非常有限的，因此任何一种生物在生活过程中都必须为生存而斗争。
生存斗争包括生物与无机环境之间的斗争，生物种内的斗争，如为食物、配偶和栖息地等的斗争，以及生物种间的斗争。
由于生存斗争，导致生物大量死亡，结果只有少量个体生存下来。
（3）遗传和变异：一切生物都具有遗传和变异的特性，引起变异的根本原因是环境条件的改变。
（4）适者生存：在生存斗争中，具有有利变异的个体，容易在生存斗争中获胜而生存下去。
反之，具有不利变异的个体，则容易在生存斗争中失败而死亡。
这就是说，凡是生存下来的生物都是适应环境的，而被淘汰的生物都是对环境不适应的。
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《比较基因组学鉴定藏猪和家猪的自然和人工选择》的主要内容藏猪主产于青藏高原，包括四川阿坝及甘孜藏猪、云南迪庆藏猪、甘肃合作藏猪以及分布于西藏自治区山南、林芝、昌都等地的藏猪类群。
藏猪是世界上少有的高原型猪种，是我国宝贵的地方品种资源。
藏猪长期生活于无污染、纯天然的高寒山区，具有适应高海拔恶劣气候环境、抗病、耐粗等特点。
藏猪能适应恶劣的高寒气候，在海拔2,500～3,500m的青藏高原半山区，年平均气温7～12℃、冬季最低-15℃、无霜期110～190天、食物资源缺乏的严酷条件下，藏猪仍能很好地生存下来。
这种极强的适应能力和抗逆性，是其他猪种所不具备的独特种质特性。
2004年，藏猪正式列入《中国畜牧品种志》，被正式确定为地方原始猪种。
该研究利用高通量测序技术及生物信息分析策略，从基因组水平充分揭示了藏猪特有高原环境适应性的分子机理，同时解析了四川盆地家猪在几千年的人工驯化过程中基因组中重要经济性状相关基因的进化方向。
该研究主要包括以下两部分内容和发现：第一部分：藏猪和欧洲家猪的比较基因组学分析自然选择和人工选择是动物进化和家猪品种形成的重要驱动力之一。
该研究首先通过组装我国特有高原型猪种——藏猪的基因组，与欧洲家猪杜洛克猪的参考基因组进行比较基因组学研究。
揭示了猪基因组中大量功能基因在高原极端环境和强烈人工选择下出现的差异。
嗅觉、能量代谢、低氧适应、紫外线抵抗、血液循环系统的平滑肌发育、子宫内的血液运输和药物转运等基因在藏猪和家猪间呈现出截然不同的进化趋势。
1. 通过基因组大小的比较分析发现藏猪基因组比家猪基因组小了0.09Gb (9千万) 碱基序列，且两者基因组仅有93.41%的部分共线，其差异堪比牦牛和家牛（共线性程度94%）差异程度。
此外，藏猪和家猪间186 Mb（1亿8千万）碱基的序列方向相反，其差异可比人与黑猩猩（基因组间反向序列为154 Mb (1亿5千万)）。
进一步分析发现藏猪和家猪的祖先可能早在690万年前就已经开始各自向不同方向进化，甚至可能早于牦牛和家牛（490万年前），人类和黑猩猩（500～700万年前）。
2. 通过基因家族的序列相似性分析发现，与家猪相比，藏猪进化出了3千多个特有的基因，这些基因主要涉及心肺血液循环系统的发育，疾病的抵抗，高紫外线下的皮肤保护，特别是发现了17个与大肠杆菌感染抵抗相关的基因，这是家猪所没有的。
3. 通过基因家族的收缩和扩张分析发现，藏猪与家猪相比，拥有更多的铁合蛋白基因，数量和种类都远远超过了人、牛、小鼠和狗，这充分揭示了藏猪适应高海拔的分子机制。
4. 家猪作为哺乳动物中嗅觉最为发达的物种之一，其嗅觉基因数目（1,240个）略低于小鼠（1,320个），明显多于牛（1,092个）、狗（889个）和人（511个），但藏猪嗅觉基因仅有752个。
这与在高海拔环境下动物的嗅觉能力失效（低温和低压不利于气体分子扩散聚集、低湿不利于气体分子和水分子结合），相关基因退化有关。
这一发现也同时印证了为什么人在乘飞机时嗅觉往往变得迟钝甚至失灵，难以察觉机舱中火灾的发生。
5. 通过基因的进化模式分析，发现在食物摄取和能量利用方面，家猪为适应在集约化养殖方式下高能量、低运动的“不健康的生活方式”，控制采食量的基因快速进化，以减低无限制的食物摄入。
与之相反，野生藏猪由于长期处于食物缺乏的高原自然环境，其能量代谢（特别是糖尿病易感基因）进化速度减缓甚至没有进化。
这一发现不仅印证了为什么家猪和肉牛再胖也不得糖尿病，而野猪、捕老鼠的家猫和猎狗一旦肥胖极易罹患高血糖、高血脂和高血压。
同样的现象也出现在人类身上，在欧美等发达国家，通过近300年来（殖民地时期至今，约20-25代人）长期处于“易感糖尿病的高营养、低劳动”的环境下，通过不断进化逐渐从人群中淘汰和剔除了糖尿病易感基因，II型糖尿病患者基本都是很极端的胖子。
但在中国及其他亚洲国家，由于生活水平近20年来才逐渐明显提高，通过进化剔除糖尿病易感基因的进化过程正在发生中，于是II型糖尿病患者的肥胖率没有那么高。
6. 由于藏猪大量与脉管平滑肌发育相关的基因呈现出加速进化的趋势，导致藏猪较家猪而言呈现出更为强大的心血管系统，其心肺重量占体重的比例（心：0.48%，肺：1.36%）远高于普通家猪（心：0.35%，肺：0.83%），是研究人类高原缺氧性肺动脉高压和充血性心力衰竭理想模型。
7. 更为有趣的是，研究同时发现18个与胎盘发育和39个子宫血液循环的基因，在藏猪中得以快速进化，充分证明藏猪在条件恶劣的高海拔环境下成功繁殖后代的特殊本领。
藏猪与平原家猪相比，牺牲了产仔数（藏猪：4-8只每胎，家猪：8-10只每胎），通过优化子宫内的血液循环，有效增加氧的利用效率，最终生出了更重更强壮的小猪（小猪与母猪的体重比例，藏猪：2.83%，家猪：0.57%）。
同样的现象也发生在高海拔居住的藏族人和南美的安第斯山脉居民，由于所处地理条件恶劣，他们都能生出更重更强健的小孩。
此外，藏猪由于居住在青藏高原（平均海拔3000-5000米，紫外线指数12-20），与欧洲家猪杜洛克猪（主产地之一的美国纽约，平均海拔10米，紫外线指数2）相比，长期暴露于高强度的紫外线辐射。
藏猪不仅在外表上进化出了坚硬的皮肤和长而浓密的鬃毛以抵御辐射，同时加速进化出了上百个抵抗紫外线损伤细胞DNA复制的基因，为深入研究紫外线加速皮肤老化和抗“光衰老”提供了具有重要价值的线索。
8. 研究还鉴定出了藏猪有188个基因在近百万年的进化过程中发生了退化，变成了假基因。
由于生活在远离人类文明的高原，这些假基因主要与药物等人工化学物质的代谢和转运相关。
而与之相反，家猪由于长期与人类共同生活，严重暴露在高剂量的人工化学物质环境中，通过食物（农药残留）、药物、空气和水摄入了大量的生物异生物质，与人类一起进化出了能够快速转运和代谢人工化学物质的基因，降低体内化学物质残留的危害。
第二部分：藏猪和四川盆地家猪的群体基因组学分析为进一步研究我国藏猪种群的遗传结构、漫长历史进化过程中的群体大小变化，以及四川盆地家猪经受长期人工选择在基因组中留下的选择性清除痕迹。
本研究对来自我国6个代表性的藏猪群体，对四川盆地的4个特有地方猪种，以及四川盆地野猪进行了群体基因组重测序。
结合欧洲野猪、欧洲家猪、中国东南家猪、亚洲野猪、东南亚岛屿的野生猪属动物和非洲疣猪的基因组数据，进行了群体水平的比较基因组学分析。
1. 群体遗传学分析结果表明欧亚猪种存在明显的遗传背景差异，欧亚的地理隔离造成的遗传结构差异甚至超过了野生和驯化的差异。
通过基因组碱基变异的历史推断分析，鉴定出在距今2万年前的末次冰盛期（末次冰期中气候最为寒冷、冰川规模达到最大的时期），欧洲和中国东南地区的野猪群体大小急剧下降。
而中国西南的四川盆地由于地质活动频繁，四面环山，相对“胶囊”状的地理隔绝，成了冰期时代野猪和藏猪的“诺亚方舟”，其群体大小不降反升。
这是首次从哺乳动物基因组水平证明中国西南，特别是素有天府之国、熊猫故乡的四川盆地作为冰期生物的避难所，是世界范围内生物多样性最为丰富区域之一的有力证据。
2. 通过对6个藏猪群体（西藏日喀则、西藏林芝、四川阿坝、四川甘孜、甘肃甘南和云南迪庆）和4个四川盆地特有家猪品种（盆周山地猪、乌金猪、雅南猪和内江猪）基因组水平的基因选择性清除分析，鉴定出了大量藏猪高海拔适应性的快速进化基因268个，家猪肌肉生长、脂肪沉积、免疫基因等受到人工强烈选择的基因516个。
结果同时表明家猪自人类农业产生以来经历了约9000年的人工选择，而藏猪却遭受了百万年漫长的高原环境自然选择，从基因组水平上看，作用时间较短的人工选择反而能够有效地改变和塑造家养动物基因组。
充分体现了人类根据自身需要驯养、塑造和改良物种的强大能力。
3. 通过基因的进化速度分析，发现家猪唾液分泌基因受到了强烈的人工选择，快速进化。
一方面解释了人工饲养条件下家猪为消化淀粉含量较高的饲料，唾液分泌量增加的分子基础，体现了家猪交配繁殖行为极大地依赖于唾液中“性外激素”的适应性进化。
同时也反映了人工集约化养殖条件下动物福利的恶化和“行为规癖”（如无食咀嚼，猪的一种固板行为，表现为在口腔无食情况下连续地咀嚼。
多发生在刺激贫瘠的畜舍环境）现象的频繁发生。
这与现代人类社会中由于压力过大、精神抑郁导致的“流涎症”类似。
该研究从藏猪和家猪的比较基因组学分析出发，其研究思路和研究模式充分表明，在目前以及未来的5～10年中，基于高通量基因组测序技术，能够快速地进行遗传资源筛选，寻找到大量的遗传差异，实现遗传进化分析及重要经济性状候选基因的预测。
基因组重测序将成为育种研究中迅速有效的方法之一，在全基因组水平扫描并检测出与动植物重要性状相关的变异位点，具有重大的学术、科研价值和潜在的产业价值。
中国养猪业有着悠久的历史，主要猪种和产品已成为人们所必需的生产和生活资料。
由于我国多元化的地理、生态和气候条件，加上长期以来经过广大劳动人民的精心选育，形成了丰富的地方猪种资源。
农业部“十二五”期间统计数据显示我国猪品种有125个，其中地方品种88个。
许多地方猪种蕴藏着丰富的优良基因资源，其中优良的肉质、抗病性、抗逆性和繁殖性能等都是极具特色和国际竞争力的经济性状，也是我国畜牧业持续发展的坚实基础和巨大的潜在优势。
近年来，受外来品种强烈冲击，我国地方优良畜禽品种数量急剧下降，经过数千年驯化的许多传统品种被遗弃，处于灭绝或濒危状态的优良地方品种已占20%以上，并且日趋严重，其中以猪的品种资源流失最为严重。
该研究以藏猪和四川盆地家猪为例，对我国地方优良猪种的主要优良特性进行分子遗传评估，其结果将极大地加速后续建立和利用这些优良特性的育种技术方案，是充分有效利用我国优良地方畜禽品种资源的战略性工作。
【配图】世界代表猪种、藏猪和四川盆地家猪的群体基因组学分析。