【开题报告】龙头鱼微卫星标记的开发及筛选

开题报告
生物科学
龙头鱼微卫星标记的开发及筛选
一、论述龙头鱼微卫星多态标记研究现状，说明选题的依据和意义
目前，国内对龙头鱼的研究主要集中在属间的远缘杂交等方面，但是尚未研究成功。

对龙头鱼微卫星多态标记的开发目前尚未见报道，而本文主要是通过对龙头鱼微卫星进一步研究，希望能够利用远缘杂交所带来的杂交优势获得具有优良性状子代，那在生产上或遗传学上都将有重大意义。

微卫星标记技术是基于基因组DNA水平的差异进行检测，不受组织，器官种类、环境条件等因素影响，因此可作为水生动物种质鉴定、亲缘关系及种质分类等研究的理想标记。

龙头鱼俗称狗母鱼，属于脊索动物门,硬骨鱼纲,灯笼鱼目,狗母鱼科,龙头鱼属。

其形体柔软，长形，略侧扁，头背稍圆。

吻短，钝圆，口甚大。

龙头鱼生活于暖温性海洋的中下层。

运动能力不强。

常栖息于浅海泥底的环境中。

每年春季为产卵期。

杂食性，以小鱼、小虾、底栖动物为食。

分布于印度洋和太平洋、我国南海、东海和黄海南部均产之、尤以浙江的温、台和舟山近海以及福建沿海产量较多。

属暖水性底层近岸鱼类，缓潮时常到上层。

一般只在近海作短距离移动。

属捕食性鱼类，生长甚快。

以3～4月和9～12月渔获为大。

鉴于恢复与保护野生龙头鱼资源的需要,有必要对龙头鱼的种质遗传基础和种质资源鉴定开展深入的研究。

目前,有关龙头鱼群体遗传背景方面的研究很少,仅见于部分学者对龙头鱼野生群体和养殖群体进行了RAPD 分析。

然而,迄今为止,尚未见有关龙头鱼微卫星标记研究方面的报道,这严重制约了微卫星标记在龙头鱼遗传学研究中的应用。

因此,筛选多态信息含量丰富的龙头鱼微卫星标记,分析龙头鱼群体遗传结构用于标记选择育种等,具有重要的理论意义和应用价值。

然而,利用微卫星标记最关键的一步就是微卫星位点的分离和富集。

目前,常用的富集微卫星标记的方法主要有3 种: ①构建目标生物小片段插入基因组DNA 文库,通过含有重复序列的探针筛选含有微卫星的阳性克隆; ②通过生物素探针结合链霉亲和素包被的磁珠进行微卫星DNA 片段的富集; ③从公共核酸序列数据库资源中筛选微卫星。

其中,传统的构建小
片段插入基因组文库和利用磁珠富集技术筛选微卫星的方法非常繁琐,不仅需要大量的时间和经费,而且获得微卫星的效率较低;在当前公共核酸数据库中也没有足够的有用序列来进行微卫星标记的筛选。

这严重阻碍了微卫星技术在许多物种上的推广和应用。

因此,必须发展新的方法来解决这道难题。

二、研究的基本内容，拟解决的主要问题：
研究的基本内容：通过构建龙头鱼基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA 序列并对其特征进行分析。

解决的主要问题：
1. 从龙头鱼样本中提取其总DNA。

2. 建立龙头鱼微卫星富集文库
3. 开发多态的微卫星标记；
4. DNA测序
5.筛选微卫星标记；
三、研究步骤、方法及措施：
研究步骤：1. 查阅相关资料, 构建龙头鱼基因组富集文库；
2. 仔细阅读研究文献资料并翻译相关英文资料；
3. 在老师指导下进行克隆、测序；
4. 设计微卫星引物，最终获得多个个多态的微卫星位点；
5. 对开发龙头鱼的多态进行微卫星标记;
6. 构建遗传连锁图谱；
7. 数据整理和分析，撰写毕业论文；
8. 上交论文初稿；
9. 反复修改论文；
10. 论文定稿。

方法、措施：
查阅文献，参考已知文献中关于龙头鱼类微卫星多态的标记开发，构建龙头鱼小片段部分基因组DNA文库。

经引物的扩增，得到每个个体的微卫星片段，其中引物能扩增出较好的谱带。

用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物，并对扩增结果进行了统计分析。

四、参考文献
[1]张小谷，童金苟，熊邦喜. 微卫星标记在鱼类遗传及育种研中的应用[J]. 农业生物技术学报，2006，14 (1) : 117 - 121.
[2]李红蕾，宋林生，王玲玲，等. 栉孔扇贝EST中微卫星标记的筛选[J]. 高技术通讯，2003，12: 72 - 75.
[3] 林凯东，罗琛. 鲤的微卫星引物对草鱼基因组分析适用性的初步研究[J]. 激光生物学报，2003，12 (2) : 121 - 127.
[4]孙效文，梁利群. 鲤鱼遗传连锁图谱(初报) [J].中国水产科学，2005，12(2): 192-196.
[5]刘志毅，相建海. 微卫星DNA分子标记在海洋动物遗传分析中的应用[J]. 海洋科学，2001，25 (6): 11-13.
[6] Ellegren H,Microsatellite evolutin:a battle between replication slippage and point mutation,Trends in
Genetics,2002..
[7] Malia A J R,Glenn C G,George K R,Isolation and characterization of nine microsatellite loci from the
Hawaiian grouper Epinephelus quernus(Serranidae) for population genetic analyses,Marine Biotechnology,2003.
[8] Zhao H, Robertson NB, Jewhurst SA, et al. Probing the adhesive footprints of Mytilus californianusbyssus. J
Biol Chem, 2006, 281(16):11090-11096.
[9] Zhao H, Waite JH. Coating proteins: structure and cross-linking in fp-1 from the green shell mussel
Perna canaliculus. Biochemistry, 2005, 44(48):15915-15923.
[10] Waite, JH. Nature’s underwater adhesive specialist. Chemtech. (1987).17, 692–697.
[11] Waite, J. H. (2002). Adhesion a la moule. Integr. Comp. Biol. 42, 1172–1180.
[12] Benedict CV, Waite JH. (1986). Composition and ultrastructure of the byssus of Mytilus edulis. J Morphol.
189(3):261-70.
[13] Inoue K, Takeuchi Y, Miki D, Odo S. (1995). Mussel adhesive plaque protein gene is a novel member of
epidermal growth factor-like gene family. J Biol Chem. 270(12):6698-6701.
[14] Waite JH. (1999). Reverse engineering of bioadhesion in marine mussels. Ann N Y Acad Sci, 18(875): 301-
309.。