PCR引物流程设计详解
PCR引物设计流程详解
本文目的:复制出IL-4基因片段
一、查找基因序列
1、进入NCBI主页,下拉选框选择Nucleotide,在搜索栏输入要查找的目的基
因,即IL-4,点击搜索
2 、在搜索结果选择灵长类(Homo sapiens)
2、在灵长类IL-4基因中选择需要的mRNA序列
3、查看基因的相关信息
外显子区域
CDs区域
4、点击FASTA格式,并将序列保存到文档
二、使用primer premier 5.0设计引物
1、建立新文件,将所得的序列复制进输入框内
2、点击搜索按钮,搜索引物
3、设置引物设计参数(因为在之前查找基因序列的时候获知,外显子区域分别
为:1-200、201-248、249-425、426-618,又知在引物设计时引物位置最好跨越一个内含子,PCR产物长度通常为100-150bp,故设定上游引物位置为201-248,下游引物位置为249-425,产物长度为100-150bp)
4、确认条件后,显示搜索结果
4、双击选中得分最高的引物查看引物情况
(上图为上游引物情况,下图为下游引物情况)
5、将设计的上下游引物复制出来,保存到文档中
三、使用oligo 6.0对设计的引物进行评价
1、建立新文件,将从cnki上获得的cDNA复制进输入框,并点击accept接收
2、接收后显示出该序列的相关信息
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