MEGA6建立进化树
进化树构建方法-MEGA
利用MEGA 来构建进化树（molecular evolutionary genetics analysis 分子进化遗传分析）打开mega5，选择Align----edit/built alignment----create a new alignment—OK选择DNA/protein出现新的对话框Open------选择已经保存好的用clustalx 经过比对保存的以.aln格式的文件打开之后，出现下面的页面双击文件名可以进行修改的。
我的就是从这里开始修改把A,B,C 都去掉，只留号码就好右键菜单点击delete 删除带※的那一行。
得到下面的图示，点击保存，重新起名字。
之后点击此图内的Alignment 选择Align by clustalW即可。
默认设置即可，点击OK就进行比对了，此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和多序列比对的过程之后回到初始页面，就是这个页面之后点File---点开，把刚才保留的文件点开然后出现下面的页面多了几个内容，点击TA的那个框框。
之后出现这样的框框图片然后在主程序中选择phylogeny---construct/test neighbor-joining tree,然后出现下面的页面黄色框框处的的参数是可以改变的，该图为我已经改变好的，把Bootstrap 的值改为1000 Methods根据文献上的参考改为了Kimura2-parameter model.之后点击compute,就出现了，而且还带有必需的支持率即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。
简单地讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如果没出现就给0分，这样经过你给定的repetitions 次（至少1000次）重排构树打分后，每个分枝就都得出分值，计算机会给你换算成bootstrap值。
重排的序列有很多组合，值越小说明分枝的可信度越低，最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型。
Mega的使用以及进化树的绘制
1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。
4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。
根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。
最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。
5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。
Mega的使用以及进化树的绘制
1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。
4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。
根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。
最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。
5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。
进化树软件MEGA最新6.06说明书
第一步：打开软件下面介绍菜单的使用：Data菜单：Creat a new ：创建一个新的数据比对文件，也就是说当我们比对完一组后，想接着比对另一组，那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入；Open ：打开先前已经比对并保存好的文件，它包含两个子菜单：retive sequence from file 和saved aligment session ；Close: 关闭当前的比对数据文件；Save session ：保存当前比对结果，可以给比对的结果一个文件名；Export alignment ：将当前的序列比对结果输出到指定文件，有两种输入格式可供选择：MGTA 和FASTA.DNA sequence ：使用它来选择输入的数据DNA 序列，这里需要说明的是如果你输入的数据是氨基酸序列的话，比对窗口只显示一个标签，若是DNA 序列的话则显示两个标签，一个是DNA 序列的，另一个是氨基酸序列的。
Protein sequences ：选择输入的氨基酸序列，选择后，所以的位点就被当作氨基酸残基位点来对待。
Translate/untranslate ：只有比对的序列是编码蛋白的DNA序列的时候才可用。
它可以根据指定的遗传密码表将DNA 序列翻译成特定的氨基酸序列。
Select genetic code table ：使用它将编码蛋白的DNA 翻译成特定的蛋白序列。
R everse complement ：将选择的一整行的DNA 序列变为与之互补配对碱基序列。
Exit alignment explorer ：退出序列比对的资源管理窗口Edit 菜单：使用这个菜单可以对我们的比对序列进行想要的一些编辑工作具体为Undo：撤销上一步操作；Copy：复制；Cut：剪切；Paste：粘贴；这三个操作都可以只针对一个碱基或氨基酸残基也可以是一段甚至是整个序列；Delete：从比对表格中删除一段序列；Delete gaps：去掉序列中的空缺；Insert blank sequence：重新插入一空行；标签和序列都是空的；Insert sequence from file ：从已保存的文件中插入新的序列；Select sites ：选择一列序列，与点击比对表上方的灰白空格作用类似；Select sequence：选择一行序列，与点击比对表格左侧的标签名作用类似；Select all：全选；Allow base editing ：只读保护，只有选择后才能对序列进行编辑操作，否则所以的序列为只读格式，不能进行任何编辑操作。
干货师兄，我想用MEGA建个树，咋整？
干货师兄，我想用MEGA建个树，咋整？作者：解螺旋.冬至转载需授权并注明来源：解螺旋，医生科研助手师妹：师兄，我想建个树。
师兄：啥树啊！你家的family tree啊？师妹：师兄，你不要调戏我，我就建一个简单的进化树！这个怎么做啊？简单呀，你可以用MEGA，先去MEGA官网（/）下载这个软件，免费的啊。
MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis ）是一个功能非常强大的分子进化遗传分析软件，可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。
下面师兄给你详细介绍如何利用Mega软件构建进化树。
1.首先将需要进行建树的序列保存为fasta格式，并将文件扩展名改为.fasta。
.fasta序列格式以“>”开头。
“>”后面这一行写名称，回车，下一行写序列，氨基酸序列类似，所有序列保存在一个txt文件中。
例如：>gene1/speciesname NCBI accession numberATCGGCGTAGCTAGATGCTAGTATCGTA>gene1/speciesname NCBI accession numberAGTAGCTAGTGATGTA2. 点击Align－－Edit／built Alignment，选择创建一个新的比对，点OK根据要求选择DNA或者蛋白质序列3.打开需要比对的.fasta文件4. 点击Alignment－Align by Clustal W，选择所有序列，出现下图，所有参数为默认，点击OK。
5. 我们看到在未对齐之前，由于序列长度不一样，有些序列长出来很多，而有的序列在这些位点全是gap，为了排除gap位点的干扰。
我们需要将序列两端对齐。
两端以比对上最短的序列为准，删除其他序列5’和3’多余的部分，可以看到在序列比对上的部分，最上面一行软件标记为“*”，我们需要将没有标记“*”的位点删除，可以用shift一起选择没有标记“*”开始和末端的位点，选好后点击鼠标右键，单击delete删除。
用MEGA构建进化树
若何用MEGA构建进化树是一个关于序列剖析以及比较统计的对象包,个中包含有距离建树法和MP建树法;可主动或手动进行序列比对,揣摸进化树,估算分子进化率,进行进化假设磨练,还能联机的Web数据库检索.下载后可直接应用,重要包含几个方面的功效软件：i)DNA和蛋白质序列数据的剖析软件.ii)序列数据转变成距离数据后,对距离数据剖析的软件. iii)对基因频率和持续的元素剖析的软件.iv)把序列的每个碱基/氨基酸自力对待（碱基/氨基酸只有0和1的状况）时,对序列进行剖析的软件.v)绘制和修正良化树的软件,进行网上blast搜刮.用MEGA构建进化树有以下步调：1. 16S rDNA测序和参考序列拔取从情况平分别到单克隆,去反复后扩增16S rDNA序列并测序,然后与数据库比对,找到类似度最高的几个序列,肯定一下你分别的细菌大约属于哪个科哪个属,假如类似度达到百分之百那根本可以肯定你分别得到的就是Blast到的谁人,然后找一到两个同科的,再找一到两个同目标,再找一到两个同纲的细菌,把序列全手下下来,以FSATA情势整合在TXT文档中,如>TS1 GCAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAA CACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACC GGATAGGACCTCGGGATGCATGTTCCGGGGTGGAAAGGTTTTCCGGTGCAGGATGGGCC>gi|117572706|gb|EF028124.1| Rhodococcus sp. Atl25 16S ribosomal RNA gene, partial sequence CGATTAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCA AGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACA CGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCGG AT>TS2 TGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGT GAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCT AATACCGGATAACATTTTGAACTGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGT CACT GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTT GCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAG ACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACYGCATGG TTC………………………….………………………….参考序列选择有几个原则：a,不选非造就(unclutured)微生物为参比;b,所选参考序列要准确,里面无错误碱基;c,在包管同属的前提下,优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种;d,每个种属选择一个参考序列,假如本身的序列中统一属的较多,可恰当选择两个参考序列.2. 序列比对将整顿好的序列导入,如图接着程序主动运行,得出成果,主动输出 .aln和.dnd 为后缀的两个文件.序列比对也可以直接用MEGA来做.MEGA,如下图所示：4.只能打开meg格局的文件,但是它可以把其他格局的多序列比对文件转换过来,用.aln格局（Clustal的输出文件）转换.meg文件.点File:Convert to MEGA Format,打开转换文件对话框,从目标文件夹中选中Clustal 比较剖析后所产生的.aln文件,点击打开.5. 转换好的meg文件,会弹出一个提醒信息,点击ok.检讨meg序列文件最后是否正常,若消失clustal. *行,即可删除.点存盘保管meg文件,meg文件会和aln文件保管在统一个目次.6. 封闭转换窗口,回到主窗口,如今点面板上的“Click me to activate a data file”打开适才的meg文件.假如为蛋白质序列,选择“protein sequence”,电击“OK”,得到以下图示,数据输入之后的样子,窗口下面有序列文件名和类型.而在别的一个窗口内,消失以下数据文件点击选择和编辑数据分类图标,可对所选择的序列进行编辑,完成后点击close即可.序列编辑完成后,可进行保管,点击保管后消失以下界面,点击ok 即可.7. 构建进化树的算法重要分为两类：自力元素法（discrete character methods）和距离依附法（distance methods）.所谓自力元素法是指进化树的拓扑外形是由序列上的每个碱基/氨基酸的状况决议的（例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点,而每个酶切位点的消失与否是由几个碱基的状况决议的,也就是说一个序列碱基的状况决议着它的酶切位点状况,当多个序列进行进化树剖析时,进化树的拓扑外形也就由这些碱基的状况决议了）.而距离依附法是指进化树的拓扑外形由两两序列的进化距离决议的.进化树枝条的长度代表着进化距离.自力元素法包含最大简约性法（Maximum Parsimony methods）和最大可能性法（Maximum Likelihood methods）;距离依附法包含除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法（Neighbor-joining）.（1）phylogeny→UPGMA（2）用Bootstrap构建进化树,MEGA的重要功效就是做Bootstrap验证的进化树剖析,Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种办法,可以作为进化树靠得住性的一个器量.各类算法固然不合,但是操纵办法根本一致.进化树的构建是一个统计学问题.我们所构建出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模仿.假如我们采取了一个恰当的办法,那么所构建的进化树就会接近真实的“进化树”.模仿的进化树须要一种数学办法来对其进行评估.不合的算法有不合的实用目标.一般来说,最大简约性法实用于相符以下前提的多序列：i 所要比较的序列的碱基不同小,ii 对于序列上的每一个碱基有近似相等的变异率,iii 没有过多的颠换/转换的偏向,iv 所磨练的序列的碱基数量较多（大于几千个碱基）;用最大可能性法剖析序列则不需以上的诸多前提,但是此种办法盘算极其耗时.假如剖析的序列较多,有可能要花上几天的时光才干盘算完毕.进程如下①参数的设置：phylogeny→bootstrap test of phylogeny→NJ②体系进化树的测试办法,可以选择用Bootstrap,也可以选择不进行测试.反复次数(Replications)平日设定至少要大于100比较好,随机数种子可以本身随便设定,不会影响盘算成果.一般选择500或1000.有很多Model供选择,默以为Kimura 2-paramete r,不合的Model有不合的算法,具体请参考专业的生物信息学书本.设定完成,点compute,开端盘算.②成果输出：这个进程所耗时光和序列的数量和长短成正比,程序就会产生这么一个树,该窗口中有两个属性页,一个是原始树,一个是bootstrap验证过的一致树.树枝上的数字暗示bootstrap验证中该树枝可托度的百分比.成果如下：8. 进化树的优化：１）应用该软件可得到不合树型,如下图所示：除此之外,还可以有多种树型,依据须要来选择.２）显示建树的相干信息：点击图标i.３）点击优化图标,可进行各项优化：Tree栏中,可以进行树型选择：rectangular tree/circle tree/radiation tree.每种树都可以进行长度,宽度或角度等的设定Branch：可对树枝上的信息进行修正.Lable：可对树枝的名字进行修正.Scale：标尺设置Cutoff：cutoff for consensus tree.一般为50%. 9.进化树的分类优化Place root on branch：可以来反转展转换.Flip subtree：180度翻转分枝,名字翻转180度.Swab subtree：交流分枝,名字不翻转.Compress/expand subtree与Set divergent time：可以把统一分枝的基因紧缩或扩大.点击Compress/expand subtree后,在要紧缩的分枝处点击,消失以下界面,在name/caption 中输入文件名（例如wwww）,其他还有很多的选项,设置好了,点击OK.所得到的成果,可以在紧缩和扩大之间转换.10. 调剂进化树依据所的进化树的后果,要进行调剂,包含过剩序列删除.缺少序列添加.种属名称标注等等,还要依据投稿杂志请求在PHOTOSHOP中修正等.完成后的进化树应包含充足的信息.本身所做进化树完成图如下：。
Mega6中文使用说明
把隐藏已知文件类型扩展名勾去，然后点 应用，确定。 之后文件扩展名就出来了，可以修改后缀 名为*.fasta
ห้องสมุดไป่ตู้
1.打开文件
序列比对
2.alignment
利用MEGA在NCBI等网站下载并保持 数据
构建系统发育树
*.meg格式的文件可以用来构建系统发育树，有五种类型 的树可以构建，分别为neighbor joining、maximum parsimony、minimum evolution、UPGMA以及最新可以使 用的maximum likelihood五种算法。
• 此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩 阵，这是他不同与其他分析软件的地方。在计 算矩阵方面有一些自己的特点：
• 1. 推测序列或者物种间的进化距离 • 2. 根据MCL(Maximum Composite Likeliood method)的方法构建系统发育树 • 3. 考虑到了不同碱基替换的不同的比率，考虑 到了碱基转换和颠换的差别。 • 4. 随时可以使用标注：所以的结果输入都可以 使用标注，而且标注的内容可以被保存，复制。
图为构建的NJ树，具有 多种显示方式
估算进化距离
菜单的使用
练习题：
以分析 13 个物种的细胞色素b蛋白为例来进行软 件练习。
从NCBI上下载13 个物种的细胞色素b蛋白的 基因序列和氨基酸序列。 利用mega软件进行序列比对，将所得结果存 成*.fasta格式。 利用mega软件构建系统发育树（5种算法）， 估算进化距离。
此软件的输出结果资源管理器允许用户浏览编辑打印输入所得到的结果而且所得到的结果具有不同形式的可视化效果
MEGA6的中文使用说明
陈晨 2014.4.24
MEGA软件——系统发育树构建方法
MEGA软件——系统发育树构建方法1)序列文本构树之前先将每个样品的序列都分别保存为txt文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑。
2)序列导入MEGA 5首先打开MEGA 5软件，界面如下：然后，导入需要构建系统进化树的序列：点击OK出现新的对话框，创建新的数据文件导入成功3)序列比对分析点击W，开始比对。
比对完成后删除序列两端不能完全对其的碱基。
系统分析然后，关闭该窗口，在弹出的对话框中选择保存文件，文件名随便去，比如保存为1。
4)系统发育树构建以NJ为例Bootstrap选择1000，点Computer，开始计算计算完毕后，生成系统发育树。
以下“系统发育树树的修饰”方法沿用斑竹brightfuture01的方法5)树的修饰建好树之后，往往需要对树做一些美化。
这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。
点击image，copy to clipboard。
新建一个word文档，选择粘贴。
见下图：在图上点击右键-编辑图片，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。
见下图：这个时候可以通过Adobe professional 对其进行图像导出：先将此word文档打印成PDF，见下图：将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：点击确定，出现下图(把空边切掉了)：点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：OK，结束了，自己玩一把吧。