进化树软件MEGA最新6.06说明书
MEGA使用说明书
MEGA使用说明书1. 简介1.1 MEGA的概述1.2 相关术语解释2. 安装与注册2.1 安装包并进行安装2.2 注册新账号或登录现有账号3. 用户界面导览3.. 主要功能区域介绍- 文件管理器：浏览、和文件。
- 联系人列表：查看已添加联系人信息。
- 消息中心：接收系统通知和消息更新。
4.文件操作指南4.. 浏览及搜索文件a) 使用目录树结构快速定位所需文件夹。
b) 利用搜索框输入关键词，筛选出相关文档。
c）利用标签对重要文档进行分类整理。
5.分享与协作a). 分享i）一个公开可访问的，并发送给他人以便共享特定内容。
ii）设置密码保护来限制只能被授权用户打开该。
6.数据同步a). 同步设备间数据i）在不同设备上同时登陆自己的帐户, 可实时获取最新版本资料；ii ) 手动选择需要离线保存到本地端硬盘空间内之个别项目；7.版本历史记录a). 查看文件的修改历史i）查看特定文档在不同时间点上所做过的更改；ii ) 还原到之前某个具体时刻保存下来的旧版；8. 设置与选项8.1 账户设置- 修改密码、邮箱等账户信息。
8.2 高级选项- 自定义和速度限制，以满足网络环境需求。
9.常见问题解答a) 如何恢复误删除或丢失数据？b) 如何增加存储空间容量？c) MEGA是否支持多人同时编辑一个文件？10.附件- 用户手册.pdf11.法律名词及注释i）用户：指使用MEGA服务并注册帐号进行操作和管理资料者。
ii）分享：通过公开可访问URL地址将内容共享给他人。
iii）授权用户: 指被允许浏览、编辑或已经分享出去资源的其他Mega 帐号所有者。
怎样使用MEGA建立进化树
如何使用建立进化树1、首先是双击软件打开如下图所示
2、现在是处于DNA序列,而我们要做蛋白质的进化树的话,就如下操作
3、接下来我们要进行序列的输入,点击左边那个红箭头,则出现下面的窗口；
4、然后右击sequence 1,修改名字,如改成DPV
5、然后从Word 里复制蛋白质序列,然后在下面的位置粘贴
6、则可出现如下图的序列了
7、然后点击窗口上的保存图标保存
8、重复从3开始,直到你的序列输入完
9、序列输入完后进行最后的保存,方法如下：
要输入ul7两次保存名字—然后关闭这个窗口; 接下来打开
出现下面这个窗口
接下来就可以建立各种样式的进化树
嗯,只是把过程写出来,方便大家建立进化树,不足的地方,大家补充好。
MEGA使用说明书
MEGA软件构建系统发育树摘要：以白色念珠菌属下面的十个种的18s RNA 为例，构建系统发育树来说明MEGA 软件的使用方法。
1背景简介1.1 MEGA（分子进化遗传分析）MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis。
MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, estimating rates of molecular evolution, and testing evolutionary hypotheses. MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。
MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。
最新版本：MEGA 5.1 Beta (软件开发者建议其结果不用于发表文章)建议下载版本：MEGA 5.05 for Windows and Mac OS。
MEGA 5 has been tested on the following Microsoft Windows® operating systems: Windows 95/98, NT, 2000, XP, Vista, version 7, Linux and Mac OS [1].MEGA 5.05 可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点击可下载。
1.2 系统发育树定义系统发育树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。
是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。
在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）1.3 系统发育树的分类根据有根和无根来区分：树可分为有根树和无根树两类。
Mega的使用以及进化树的绘制
1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。
4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。
根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。
最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。
5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。
mega使用手册
MEGA软件的使用引言现代分子生物学所积累的数据库（如美国国家生物信息中心建立的GeneBank等）隐含着大量的生物系统学和生物进化的有用信息。
计算机软件是挖掘这些知识宝藏的最有效的工具，而且这些数据库不断快速扩展，信息量十分庞大。
因此，如果没有计算机软件的帮助，我们简直无法开战分子系统学和分子进化方面的研究工作。
同样，这些数据分析方法和软件在古DNA研究中是必不可少的。
因为有着坚实的分子进化和人类遗传学基础，序列比对分析已经成为重构物种和基因家族进化历史，估算分子进化速率、推断基因和基因组进化过程中自然选择力量的强度等的必不可少的方法和手段。
计算机的应用和统计学的介入大大简化这些工作。
在这些背景下，Sudhir Kumar、Koichiro Tamura和Masatonshi Nei 和在上世纪九十年代初就发展了Mega遗传分析软件，并不断改进。
现在公布了3.0版，增添很多新功能，并使软件使用者能在线取得帮助。
Mega（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一个界面友好、操作简便、功能强大的分子进化遗传分析软件，也是文献中经常用到的分析软件。
尤其是，Mega的新版本对使用界面做了优化，并有改进了许多统计学和遗传学算法，其支持的文件格式很多，而且可以直接从测序图谱中读取序列。
另外，Mega 软件还内嵌了一个Web浏览器，能直接登录NCBI网站。
Mega软件操作起来很方便，其界面与传统的Windows程序界面很像，即使初学者也很易上手。
Mega软件功能十分强大，尤其在计算遗传距离、构建分子系统树方面。
Mega 软件提供多种计算距离的模型，包括Jukes-Cantor距离模型、Kimura距离模型、Equal-input距离模型、Tamura距离模型、HEY距离模型、Tamura-Nei距离模型、General reversible距离模型、无限制距离模型等。
Mega 中文使用说明
method)的方法构建系统发育树 • 3. 考虑到了不同碱基替换的不同的比率，考虑
到了碱基转换和颠换的差别。 • 4. 随时可以使用标注：所以的结果输入都可以
使用标注，而且标注的内容可以被保存，复制。
把隐藏已知文件类型扩展名勾去，然后点 应用，确定。
之后文件扩展名就出来了，可以修改后缀 名为*.fasta
1.打开文件
序列比对
2.alignment
利用MEGA在NCBI等网站下载并保持 数据
构建系统发育树
*.meg格式的文件可以用来构建系统发育树，有五种类型 的树可以构建，分别为neighbor joining、maximum parsimony、minimum evolution、UPGMA以及最新可以使 用的maximum likelihood五种算法。
MEGA6的中文使用说明
陈晨
2014.4.24
• 它主要集中于进化分析获得的综合的序列 信息。使用它我们可以编辑序列数据、序 列比对、构建系统发育树、推测物种间的 进化距离等。此软件的输出结果资源管理 器允许用户浏览、编辑、打印输入所得到 的结果而且所得到的结果具有不同形式的 可视化效果。
• 此外，该软件还能够得出不同序列间的距离矩 阵，这是他不同与其他分析软件的地方。在计 算矩阵方面有一些自己的特点：
图为构建的NJ树，具有 多种显示方式Βιβλιοθήκη 估算进化距离菜单的使用
练习题：
以分析 13 个物种的细胞色素b蛋白为例来进行软 件练习。
从NCBI上下载13 个物种的细胞色素b蛋白的 基因序列和氨基酸序列。
MEGA说明书
分子进化树构建及数据分析的简介mediocrebeing, rodger, lylover , klaus, oldfish, yzwpf一、引言开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文章有实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在丁香园（DXY）上以关键字“进化分析求助”进行了搜索，居然有289篇相关的帖子（2006年9月12日）。
而以关键字“进化分析”和“进化”为关键字搜索，分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。
考虑到有些帖子的内容与分子进化无关，这里我保守的估计，大约有3,000~4,000篇帖子的内容，是关于分子进化的。
粗略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类：1．涉及基本概念。
例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关于微卫星进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak的模型有没有改进的出现”，等等。
2．关于构建进化树的方法的选择。
例如，“用boostrap NJ得到XX图，请问该怎样理解？能否应用于文章？用boostrap test中的ME法得到的是XXX树，请问与上个树比，哪个更好”，等等。
3．关于软件的选择。
例如，“想做一个进化树，不知道什么软件能更好的使用且可以说明问题，并且有没有说明如何做”，“拿到了16sr RNA数据，打算做一个系统进化树分析，可是原来没有做过这方面的工作啊，都要什么软件”，“请问各位高手用clustalx做出来的进化树与phylip做的有什么区别”，“请问有做过进化树分析的朋友，能不能提供一下，做树的时候参数的设置，以及代表的意思。
还有各个分支等数值的意思，说明的问题等”，等等。
4．蛋白家族的分类问题。
例如，“搜集所有的关于一个特定domain的序列，共141条，做的进化树不知具体怎么分析”，等等。
5．新基因功能的推断。
例如，“根据一个新基因A氨基酸序列构建的系统发生树，这个进化树能否说明这个新基因A和B同源，属于同一基因家族”，等等。
Mega软件使用说明
Alignment 菜单 Mark/unmark site:在比对的表格中标记或者不标记一个单一位点，一次每 条序列只能被标记一个位点，不同序列间的位点你可以选择同一列的，也 可以是错开的，要根据自己的目的进行选择。选择标记后的序列可以使用 alignmarked sites 进行比对分析。 Align marked sites: 比对标记的序列，在这里如果在两个或多个序列间标 记了不在一列的位点重新比对后会出现空格 。 Unmarked all sites ：把所以标记的位点去标记； Delete gap-only site ：去掉序同是空格的一列；这在多序列比对前很有用。 Auto-fill gaps ：使用空格补齐不同长度的序列。
Sequencer 菜单：
此菜单下只有一个子菜单： edit sequencer file ，用来打开一个打开文件对话 框，此对话框可以打开一个 sequencer data file ，一旦打开，这个文件就在 trace data file viewer/editor 的对话框中展示出来。这个编辑窗口允许你查看和编辑 automatd DNA sequencer 产生的 trace data 。它可以阅读和编辑 ABI 和 Staden 格式 文件并且序列可以直接被导入到序列比对窗口或被上传到网页浏览器做 blast 搜 索。
一、启动
打开后会出现下面的页面，通过这个界面我们可以看 到有四个条目，一个是 MEGA 的使用指南；二是打开数据 文件；三是发表文章时要注明引用 MEGA；四个到达MEGA 的网站。我们可以通过使用指南熟悉 MEGA 的使用，MEGA 的使用指南详细地介绍了 MEGA的使用。
二、数据的准备
一个是可以利用已有的数据，二是可以利用 MEGA直接通过NCBI直接查找所感兴趣的序列， 或到NCBI、EMBL、DDBJ、GenBank等数据库网 站查找，并以Fasta等格式保存。
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第一步：打开软件下面介绍菜单的使用：Data菜单：Creat a new ：创建一个新的数据比对文件，也就是说当我们比对完一组后，想接着比对另一组，那么使用它就可以不用退出直接把数据文件导入；Open ：打开先前已经比对并保存好的文件，它包含两个子菜单：retive sequence from file 和saved aligment session ；Close: 关闭当前的比对数据文件；Save session ：保存当前比对结果，可以给比对的结果一个文件名；Export alignment ：将当前的序列比对结果输出到指定文件，有两种输入格式可供选择：MGTA 和FASTA.DNA sequence ：使用它来选择输入的数据DNA 序列，这里需要说明的是如果你输入的数据是氨基酸序列的话，比对窗口只显示一个标签，若是DNA 序列的话则显示两个标签，一个是DNA 序列的，另一个是氨基酸序列的。
Protein sequences ：选择输入的氨基酸序列，选择后，所以的位点就被当作氨基酸残基位点来对待。
Translate/untranslate ：只有比对的序列是编码蛋白的DNA序列的时候才可用。
它可以根据指定的遗传密码表将DNA 序列翻译成特定的氨基酸序列。
Select genetic code table ：使用它将编码蛋白的DNA 翻译成特定的蛋白序列。
R everse complement ：将选择的一整行的DNA 序列变为与之互补配对碱基序列。
Exit alignment explorer ：退出序列比对的资源管理窗口Edit 菜单：使用这个菜单可以对我们的比对序列进行想要的一些编辑工作具体为Undo：撤销上一步操作；Copy：复制；Cut：剪切；Paste：粘贴；这三个操作都可以只针对一个碱基或氨基酸残基也可以是一段甚至是整个序列；Delete：从比对表格中删除一段序列；Delete gaps：去掉序列中的空缺；Insert blank sequence：重新插入一空行；标签和序列都是空的；Insert sequence from file ：从已保存的文件中插入新的序列；Select sites ：选择一列序列，与点击比对表上方的灰白空格作用类似；Select sequence：选择一行序列，与点击比对表格左侧的标签名作用类似；Select all：全选；Allow base editing ：只读保护，只有选择后才能对序列进行编辑操作，否则所以的序列为只读格式，不能进行任何编辑操作。
Search 菜单：用来快捷查找序列中的标记未定或者目的碱基或残基。
Find motif ：输入你想要查看的一小段序列。
找到后会以黄色标出；Find next ：在序列的下游查找目的序列片段；Find preious ：在序列的上有查找目的序列片段；Find marked sites ：查找标记位点；Highlight motif ：突出标记已经选择的位点。
Web 菜单：这个菜单提供一个链接Genbank 的入口，可以在网上直接做Blast 搜索。
当手上没有准备好要比对的序列时，可以直接去网上搜索。
Query gene banks ：开启NCBI 的主页；Do blast search: 开启NCBI BLAST 主页；Show browser ：开启网页浏览器。
Sequencer 菜单：此菜单下只有一个子菜单：edit sequencer file ，用来打开一个打开文件对话框，此对话框可以打开一个sequencer data file ，一旦打开，这个文件就在tracedata file viewer/editor 的对话框中展示出来。
这个编辑窗口允许你查看和编辑automatd DNA sequencer 产生的trace data 。
它可以阅读和编辑ABI 和Staden 格式文件并且序列可以直接被导入到序列比对窗口或被上传到网页浏览器做blast 搜索。
Display 菜单：这个菜单相对简单，主要用来调整工具栏。
Toolbars ：工具栏菜单，它包含一些子菜单，选择后就会出现在比对的窗口中；Use colors ：将不同的位点以不同的颜色显示；Background color ：选择后位点的显示与位点一样的背景颜色；Font ：字体对话框，通过选择来调整窗口中的序列字符的大小。
Alignment 菜单Mark/unmark site:在比对的表格中标记或者不标记一个单一位点，一次每条序列只能被标记一个位点，不同序列间的位点你可以选择同一列的，也可以是错开的，要根据自己的目的进行选择。
选择标记后的序列可以使用alignmarked sites 进行比对分析。
Align marked sites: 比对标记的序列，在这里如果在两个或多个序列间标记了不在一列的位点重新比对后会出现空格。
Unmarked all sites ：把所以标记的位点去标记；Delete gap-only site ：去掉序同是空格的一列；这在多序列比对前很有用。
Auto-fill gaps ：使用空格补齐不同长度的序列。
建树：1）下载数据2）初步聚类：3）建树进化树的构建另一种方式：MEGA 软件构建系统发育树摘要 ：以白色念珠菌属下面的十个种的18s RNA 为例，构建系统发育树来说明MEGA 软件的使用方法。
1背景简介1.1 MEGA （分子进化遗传分析）MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 。
MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, estimating rates of molecular evolution, and testing evolutionaryhypotheses. MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。
MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。
最新版本：MEGA 5.1 Beta (软件开发者建议其结果不用于发表文章)建议下载版本：MEGA 5.05 for Windows and Mac OS。
MEGA 5 has been tested on the following Microsoft Windows® operating systems: Windows 95/98, NT, 2000, XP, Vista, version 7, Linux and Mac OS [1].MEGA 5.05 可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点击可下载。
1.2 系统发育树定义系统发育树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。
是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。
在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）1.3 系统发育树的分类根据有根和无根来区分：树可分为有根树和无根树两类。
有根树是具有方向的树，根据系统发生树可推断出物种的起源包含唯一的节点，将其作为树中所有物种的最近共同祖先。
最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种作为外群（英文outgroup），这个外群要足够近，以提供足够的信息，但又不能太近以至于和树中的种类相混。
把有根树去掉根即成为无根树。
一棵无根树在没有其他信息（外群）或假设（如假设最大枝长为根）时不能确定其树根。
无根树是没有方向的，其中线段的两个演化方向都有可能。
基于单个同源基因差异构建的系统发生数应称之为基因树。
因为这种树代表的仅仅是单个基因的进化历史。
而不是它所在物种的进化历史。
物种树一般最好是从多个基因数据的分析中得到。
例如一项关于植物进化的研究中，用了100个不同的基因来构建物种树，因为进化是发生在生物体种群水平上的，而不是发生在个体水平上的，虽然表面上不需要更多的数据，但实际上还是有必要的。
基因树和物种树之间的差异是很重要的，如果只用等位基因来构建物种数，那许多人人和大猩猩就会分到一起，而不是和其他人分到一起。
1.4 构建方法要构建一个进化树（phyligenetic tree）。
构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法（discrete character methods）和距离依靠法（distance methods）。
所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个状态决定的，而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。
进化树枝条的长度代表着进化距离。
独立元素法包括最大简约性法（Maximum Parsimony methods）和最大可能性法（Maximum Likelihood methods）；距离依靠法包括除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法（Neighbor-joining）。
2 蛋白质序列分析使用方法2.1 打开网址/protein/，将菌名输入到protein后面的框内，点Search 键，选择一个搜索结果点击进入2.2 将搜索出来的结果选择send to下拉箭头内的选项，Analysis Tool和BLAST,选择好后点击Submit 进行搜索2.3进入BLAST页面，点击页面最下面的BLAST按钮，进行blast ,如图所示：2.4 从结果中选择10个蛋白质序列，进行复制，粘贴到TXT文档内，然后将TXT文档后缀名改为FASTA2.5 将保存好的，以Fasta做后缀的序列打开2.6 点击菜单栏内的Alignment选项，选择Align by ClustalW选项。
2.7 弹出如下图对话框,选择OK键，对数据进行处理经过一段时间的数据处理，数据处理完成如下图所示：2.8 选择菜单栏中Data选项中的Save Session选项进行保存。
再选择Export Alignment中的MEGA Format和FASTA format 进行保存。
2.9 选择菜单栏中的Analysis 选项中的Phylogeny中的Construct/Test Maximum Likelihood Tree 选项进行数据处理。
将数据按下表填写，点击Compute键数据将按下表方式处理:最大进化树如下所示：2.10 点击菜单栏下一行的Distance选项，选择下拉菜单中的第一个选项，进行数据处理出现如下对话框，按下图所示，点击Compute键即可得出最终结果：3 核酸序列分析使用方法打开网址/nuccore，其余方法同上，如下列图片所示，不再详述。