mega 6 构建系统发育树

邻苯二甲酸二丁酯高效降解菌的分离、鉴定及降解特性

杨统一;高俊贤;刘琦;连梓竹

【摘要】从土壤中分离出1株能够以邻苯二甲酸二丁酯为碳源和能源生长的细菌XHYG.经形态观察、生理生化鉴定、16S rDNA序列及系统发育分析,鉴定该菌株为无色杆菌(Achromobacter insolitus).对该菌株的降解条件进行优化,确定最佳降解条件为:温度30℃,pH =6.5 ～8.0.在最佳降解条件下,其在48 h内对400 mg/L

DBP降解率达到90.67％,为邻苯二甲酸二丁酯的高效降解菌.底物降解广谱性试验表明,该菌株对邻苯二甲酸二辛脂(DOP)、邻苯二甲酸(2-乙基已基)酯(DEHP)都具有良好的降解能力,表明具备良好的底物降解广谱性,说明该菌株在处理邻苯二甲酸酯类化合物的污染治理中有独特的应用潜力.

【期刊名称】《江苏科技大学学报（自然科学版）》

【年(卷),期】2015(029)006

【总页数】5页(P607-611)

【关键词】邻苯二甲酸二丁酯;降解特性;生物降解;降解条件;16S rDNA

【作者】杨统一;高俊贤;刘琦;连梓竹

【作者单位】江苏科技大学环境与化学工程学院,江苏镇江212018;江苏科技大学环境与化学工程学院,江苏镇江212018;江苏科技大学环境与化学工程学院,江苏镇江212018;江苏科技大学环境与化学工程学院,江苏镇江212018

【正文语种】中文

【中图分类】X172 邻苯二甲酸酯类(phthalic acid esters，PAEs)是一类重要的有机化合物，被广泛用作塑料助剂、油漆溶剂、合成橡胶增塑剂及化妆品、香味品、润滑剂等生产原料中［1］.然而，由于邻苯二甲酸酯增塑剂并非与树脂共价连接，因此极易扩散到环境中.目前，PAEs在环境中已到了普遍检出程度，包括在陆地生态系统及水域生态系统等都能检测到PAEs的存在［2］.近期研究表明，PAEs具有致畸性、致突变性、致癌性及生殖毒性，可在极低浓度下干扰人和动物的内分泌系统，导致其发育紊乱［3］.且在环境研究领域，邻苯二甲酸酯类被中国环境监测总站、美国国家环保局(EPA)和欧盟列为优先控制污染物［4］.

农田栽参模式中人参根腐病原菌鉴定与防治

根腐病是东北农田栽培人参的主要病害之一。该研究为明确引起该病害的病原菌类型，验证苏子粗提物对病原菌的抑制作用，为人参根腐病的防治提供依据。采用组织分离法从人参根腐病株中分离得到单菌株；形态学结果表明，该病原菌的分生孢子有2种形态，小型分生孢子呈镰刀形或长柱形，大型分生孢子呈卵圆形，且有明显分隔；分子生物学鉴定结果表明，通过Blast比对，该菌株18s rDNA扩增产物与Fusarium oxysporum已知序列（JF8074021）的同源性为100%，确定该病原菌为尖孢镰刀菌F oxysporum。利用牛津杯法评价苏子粗提物对尖孢镰刀菌的抑制作用，结果表明，当提取物质量浓度为050 g·L-1时抑菌效果较好，抑菌直径为1175 mm。该研究确定农田栽参中根腐病的病原菌类型，为根腐病植物源农药的开发提供材料，保障农田栽参的顺利开展。

标签：农田栽参；根腐病；苏子；粗提物；抑菌作用

[Abstract]Root rot is one of the major diseases of Panax ginseng cultivated in

northeastern farmlands This study aims to identify pathogens that causing ginseng

root rot disease， verify inhibiting effects of perilla crude extracts on the pathogens

and present the basis for control of ginseng root rot. The species of root rot pathogens

was isolated using the tissue isolation The morphological analysis showed that the

利用MEGA-X选择模型及构建美化进化树

利⽤MEGA-X选择模型及构建美化进化树

今天主要介绍的是在MEGA-X图形界⾯下构建系统发育树并且对发育树进⾏美化。下载安装好MEGA-X后，⾸先打开软件。

此处我们以⼀株细菌的16S rRNA序列为⽬标序列，⾸先在NCBI中进⾏Blast⽐对，下载将要⼀起⽐对建树的菌株序列。在NCBI中输⼊序列

或者上传⽂件，选择数据库时可以选择「Nucleotide collection(nr/nt)」或者「16S ribosomal RNA sequences」数据库，⼀般来说nr/nt库信

息⽐较全⾯。

我们选择了10个不同种的16S rRNA序列进⾏下载。另外，此处还可以⽐对下载2-3条⼤肠杆菌（Escherichia coli）和沙门⽒杆菌

（Salmonella）的16S rRNA序列作为外类群（在Organism选项中进⾏物种限定），后⾯推断进化时间的时候可以⽤到。将所有下载的序列

整理在⼀个⽂件中，为了⽅便后⾯的建树可以将菌株名称后⾯多余的信息在这⾥替换删除掉（只是名称上的信息，不要改动碱基序列），然

后将⽂件的扩展名改为.fasta。在MEGA-X⾸页选择DATA，点击Open a File/Session，选择刚才的⽂件。

打开⽂件时询问「Analyze or Align File?」，此处点击Align。序列中可能会出现混合碱基符号，混合碱基符号指两种或多种碱基(核苷)混合

物的表⽰符号，或未完全确定可能属于某两种或多种碱基(核苷)的符号：R表⽰A+G；Y表⽰C+T；M表⽰A+C；K表⽰G+T；S表⽰C+G；W

表⽰A+T；H表⽰A+C+T；B表⽰C+G+T；V表⽰A+C+G；D表⽰A+G+T；N表⽰A+C+G+T。

接下来选择序列⽐对的⽅法：Muscle或者ClustalW。ClustalW的基本原理是⾸先做序列的两两⽐对，根据该两两⽐对计算两两距离矩阵，

是⼀种经典的⽐对⽅法，使⽤范围也⽐较⼴泛。Muscle的功能仅限于多序列⽐对，它的最⼤优势是速度，⽐ClustalW的速度快⼏个数量级，

Mega软件的使用

MEGA软件的使用

引言

现代分子生物学所积累的数据库（如美国国家生物信息中心建立的GeneBank等）隐含着大量的生物系统学和生物进化的有用信息。计算机软件是挖掘这些知识宝藏的最有效的工具，而且这些数据库不断快速扩展，信息量十分庞大。因此，如果没有计算机软件的帮助，我们简直无法开战分子系统学和分子进化方面的研究工作。同样，这些数据分析方法和软件在古DNA研究中是必不可少的。

因为有着坚实的分子进化和人类遗传学基础，序列比对分析已经成为重构物种和基因家族进化历史，估算分子进化速率、推断基因和基因组进化过程中自然选择力量的强度等的必不可少的方法和手段。计算机的应用和统计学的介入大大简化这些工作。在这些背景下，Sudhir Kumar、Koichiro Tamura和Masatonshi Nei和在上世纪九十年代初就发展了Mega遗传分析软件，并不断改进。现在公布了3.0版，增添很多新功能，并使软件使用者能在线取得帮助。

Mega（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一个界面友好、操作简便、功能强大的分子进化遗传分析软件，也是文献中经常用到的分析软件。尤其是，Mega的新版本对使用界面做了优化，并有改进了许多统计学和遗传学算法，其支持的文件格式很多，而且可以直接从测序图谱中读取序列。另外，Mega 软件还内嵌了一个Web浏览器，能直接登录NCBI网站。

Mega软件操作起来很方便，其界面与传统的Windows程序界面很像，即使初学者也很易上手。

Mega软件功能十分强大，尤其在计算遗传距离、构建分子系统树方面。Mega软件提供多种计算距离的模型，包括Jukes-Cantor距离模型、Kimura距离模型、Equal-input距离模型、Tamura距离模型、HEY距离模型、Tamura-Nei距离模型、General reversible距离模型、无限制距离模型等。Mega软件可以计算个体之间的遗传距离，还可估算群体间的遗传差异，及群体间的净遗传距离；而其还可以估算一个群体或整个样本的基因分歧度的大小。另外Mega还提供了多种构建分子系统树的方法，包括算术平均的不加权对群法（UPGMA，unweighted pair group

辽宁西瓜和甜瓜细菌性果斑病的病原鉴定

于海博;毕馨月;夏博;安梦楠;夏子豪;吴元华

【摘要】辽宁省锦州市凌海市西瓜、甜瓜果实上发生疑似细菌性果斑病,从发病西瓜果实上分离获得了菌株JZ17,从发病甜瓜果实上分离纯化获得了菌株JZX2和JZT8.柯赫氏法则测定表明,接种的西瓜和甜瓜上均表现出与田间病害相同的症状,且从接种的发病植株上又重新分离到相同的菌株.采用西瓜噬酸菌检测试剂盒进行DAS-ELISA鉴定,表明3个菌株均呈阳性反应.设计特异性引物YH1/YH2,对3个菌株的16S-23S rDNA ITS序列进行扩增,3个菌株的ITS序列与西瓜噬酸菌各菌株ITS序列的同源性均高达99％以上.综上可知,菌株JZ17,JZX2和JZT8可鉴定为西瓜噬酸菌(Acidovorax citrulli).利用特异性引物PL1/PL2对3个菌株进行亚群鉴定,结果表明菌株JZ17和对照菌株AAC00-1(亚群II)均可扩增出大小为332 bp的片段,而菌株JZX2、JZT8和对照菌株pslbtw8(亚群I)未扩增出此条带,因此可将菌株JZ17鉴定为西瓜噬酸菌亚群II型菌株,菌株JZX2和JZT8鉴定为I型菌株.为比较3个菌株的亲缘关系,采用通用引物27F/1492R对3个菌株的16S rDNA序列进行扩增,获得了目的片段,在GenBank中进行同源性比对的结果表明,菌株JZ17,JZX2,JZT8与A.c itrulli各菌株16S rDNA的相似性均达99％以上.利用Neighbor-Joining法构建的系统发育进化树结果表明,菌株JZ17与江西地区菌株JXZS6处于同一分支,菌株JZX2,JZT8与广东地区菌株XJ-6,pslb-25亲缘关系较近.首次报道辽宁省凌海市发生的西瓜和甜瓜细菌性果斑病,并鉴定其病原菌,为该病害在辽宁省的检疫和防控奠定了基础.

【期刊名称】《沈阳农业大学学报》

【年(卷),期】2019(050)003 【总页数】6页(P345-350)

玉米ECT家族成员的全基因组分析及非生物胁迫下的响应表达

核农学报2024，38（6）：1035~1047Journal of Nuclear Agricultural Sciences

玉米ECT家族成员的全基因组分析及非生物胁迫下的

响应表达

徐可丽周美君郭怡婷吉虹菁黄敏李曼菲杜何为 * 刘睿 *

（长江大学生命科学学院，湖北荆州 434000）

摘要：ECT结构域蛋白家族作为一种重要的转录后调控因子，在调控m6A修饰中发挥重要功能，在植

物正常生长发育和响应逆境胁迫时的基因表达调控中具有重要作用。为了研究ECT结构域蛋白家族在

玉米（Zea mays L.）非生物胁迫下的生长发育与胁迫响应中的功能，本研究采用生物信息学方法鉴定到

玉米ECT家族成员22个，并分析其序列和结构特征、染色体分布、启动子顺式作用元件、GO富集、蛋白

质互作网络和系统发育进化关系，通过实时荧光定量PCR（qRT-PCR）分析了玉米ZmECTs在冷胁迫以

及不同激素处理下的表达模式。结果表明，玉米ECT家族成员分布在10条染色体上，编码的蛋白质所含

氨基酸残基数目为119~748 aa，相对分子量（MW）范围为13 412.17~81 823.70 Da，等电点（pI）范围为5.43~8.82，大部分蛋白定位在细胞核。在ZmECT家族中共鉴定到10个motif。顺式作用元件分析结果

表明，ZmECT家族成员启动子包含多个与胁迫、激素和生长发育相关的响应元件。GO富集分析结果显

示，ZmECT家族成员可能参与mRNA的剪接和维持RNA稳定性。蛋白质互作网络预测，ZmECT6是该

家族蛋白的核心成员。系统进化树显示，ZmECT家族成员分为4组。qRT-PCR结果显示，经不同激素

处理后，ZmECT家族成员表现出复杂的响应模式，部分ZmECT家族成员响应冷胁迫。本研究结果为玉

米ECT基因后续的生物学功能解析及分子机制研究提供了参考。关键词：玉米（Zea mays L.）； ECT家族；生物信息学；非生物胁迫；响应表达DOI：10.11869/j.issn.1000‑8551.2024.06.1035

黄喉拟水龟致病菌-维氏气单胞菌的鉴定及药敏试验

１０６中国兽医杂志２０１６年（第５２卷）第１期ＣｈｉｎｅｓｅＪｏｕｍａｌｏｆＶｅｔｅｒｉｎａｒｙＭｅｄｉｃｉｎｅ

黄喉拟水龟致病菌一维氏气单胞菌

的鉴定及药敏试验

何成伟１，钟勇１，段保屹１，廖春林１，唐慧英２，廖海燕３，梁中平１

（１．广西凭祥出入境检验检疫局，广西凭祥５３２６００；２．广西凭祥市水产畜牧兽医局，广西凭祥５３２６００；３．广西凭祥市科技局，广西凭祥５３２６００）

摘要：对患病黄喉拟水龟（Ｍａｕｒｅｍｙｓｍｕｔｉｃａ）进行细菌学检查和分离，对分离到１株革兰阴性细菌进行形态特征、理化特征、ＶＩＴＥＫ２ＺＯＭＰＡＣＴ３０自动微生物鉴定系统鉴定、结合１６ＳｒＤＮＡ序列的分子鉴定，并构建系统发育树；进行人工感染试验及药物敏感性试验。结果分离到Ｉ株优势菌，根据此株分离菌的形态特征、理化特征、自动微生物鉴定系

统鉴定、结合１６ＳｒＤＮＡ序列测定与系统发育树分析结果，判定其为气单胞菌属的维氏气单胞菌。此菌对供试健康黄喉拟水龟和小鼠有较强的致病作用，对供试２０种抗菌药物中的头孢吡肟、阿米卡星、氧氟沙星、米诺环素高度敏感；对洛美沙星、恩诺沙星、氯霉素等３种中度敏感；对头孢噻吩、环丙沙星等１３种表现耐药。表明所检出的维氏气单胞菌，是

导致黄喉拟水龟以出血和腹水为主要病理特征的致病菌。关键词：维氏气单胞菌；鉴定；药敏；黄喉拟水龟

中图分类号：￥９４７．９文献标志码：Ｂ文章编号：０５２９—６００５（２０１６）ｏ卜０１０６—０３

黄喉拟水龟（Ｍａｕｒｅｍｙｓｍｕｔｉｃａ）为龟科拟水龟

属的爬行动物。由于黄喉拟水龟具有较高的经

济价值，近年来人工集约化养殖蓬勃发展，随之

而来的疾病也越来越严重，这给养殖者带来比较

大的经济损失。２０１４年８月，广西凭祥市某养殖

户８年龟发病，以急性腹泻为特征性症状，患病动

物以出血和腹水为主要病理特征，发病率３０％，

死亡率２０％，对病死龟进行病理剖检和病原分

离，对分离到的菌株采用细菌表型特征、生化试验以及ＶＩＴＥＫ２ＺＯＭＰＡＣＴ３０自动微生物鉴定系

抗FOC4香蕉内生放线菌的筛选及菌株NJQG—3A1鉴定

1材料与方法

1.1材料

1.1.1病原菌尖孢镰刀菌4号生理小种，由中国热带农业科学院生物技术研究所曾会才实验室提供。1.1.2主要培养基内生放线菌分离培养基采用改良高氏（Gauses）1号培养基（GS）、1/10 ATCC 合成培养基、葡萄糖天门冬酸培养基（GA）、腐殖酸培养基（HV）、改良高氏2号培养基（GPT）和改良淀粉酪素培养基（SIM）[14-18]，为抑制杂菌生长，在各分离培养基中均加入终浓度为75 mg/L的重铬酸钾、100 mg/L的制霉菌素和20 mg/L的萘啶酮酸；放线菌纯化培养保存采用YE培养基；抑菌试验采用马铃薯琼脂培养基（PDA）；液体发酵采用淀粉-大豆粉液体培养基；形态特征观察采用国际链霉菌计划（ISP）推荐的培养基，参考Shirling等的方法[19-20 ]进行配制。

1.1.3样品采集与处理2012年11月3日从海南省临高南宝蕉园（ 19°47′1″N， 109°51′17″E）和皇桐蕉园（ 19°49′58″N， 109°50″E）采集香蕉植株样品（表1）。每个品种随机采集香蕉植株10株，混匀。

表1样品采集信息

采集地点根部土壤

pH值香蕉植株采集植株部位皇桐美台蕉园4.35农科健康植株（NK）根、球茎、假茎、叶临高南宝蕉园4.17南天健康植株（NJ）根、球茎、假茎、叶临高南宝蕉园5.54南天感病植株（NB）根、球茎、假茎、叶临高南宝蕉园4.17巴西健康植株（BJ）根、球茎、假茎、叶临高南宝蕉园5.54巴西感病植株（BB）根、球茎、假茎、叶

1.2方法

1.2.1内生放线菌的分离参考阮继生分离弗兰克氏菌的方法对样品进行表面消毒，采用组织块匀浆法进行内生放线菌分离。

1.2.2香蕉枯萎病内生拮抗放线菌筛选以尖孢镰刀菌4号生理小种（FOC4）为靶标菌，采用平板对峙法进行初筛；对初筛有活性的菌株用平板对峙法进行复筛，计算抑菌率，公式为：抑菌率=[（对照组菌落半径-处理组菌落半径）/对照组菌落半径]×100%。采用SPSS 20.0进行单因素方差分析和Duncans多重比较。

甜瓜全基因组R2R3MYB转录因子基因的识别与分析

作者：张爽爽陈莹张金鹏耿伟王利波惠长敏

来源：《吉林蔬菜》 2019年第2期

张爽爽陈莹张金鹏耿伟王利波惠长敏

（吉林省蔬菜花卉科学研究院130033）

摘要：R2R3MYB 转录因子是MYB 转录因子家族的一大亚类，广泛地参与植物生长发育及抵御逆境等生理过程。本文以甜瓜基因组数据为研究对象，发掘甜瓜基因组中的R2R3MYB 转录因子并对其进行生物信息学分析。研究结果表明：甜瓜全基因组中含有70 个具有典型结构域的R2R3MYB 转录因子，蛋白序列含有氨基酸个数为166~553 个不等，蛋白序列中含有保守的基序（motifs）及氨基酸位点；通过与拟南芥基因组中R2R3MYB 转录因子构建亲缘进化树，对甜瓜的70 个R2R3MYB 转录因子基因功能进行了初步的预测。

关键词：甜瓜；R2R3MYB 转录因子；生物信息学分析MYB 转录因子是广泛存在于植物基因组内的一类基因家族，参与植物生长发育及抵御生物或非生物胁迫等生理过程[1、2、3]。

MYB 蛋白以含有一段保守的DNA 结构域为共同特征，DNA结构域内含有1~4 个串联的、不完全重复的MYB 重复区域，根据含有的MYB 重复区域数目的不同可将MYB 蛋白分为4 个亚类：第一亚类是R1/R2-MYB，该亚类的特征是含有一个R 或含有两个R 但间隔较远的MYB-related；第二亚类是含有两个R 的R2R3MYB；第三亚类是含有三个R 的3R-MYB 又叫pc-MYB；第四亚类是含有四个类似R1/R2 结构域的4R-MYB，该亚类在植物基因组中存在数目较少，只在个别植物中有报道[4、5]。

目前研究较多的是R2R3MYB，这一亚类的MYB 基因广泛地参与植物体的苯丙烷类物质代谢调控[5、6、7、8]、细胞周期循环调控[9、10、11]以及对逆境胁迫做出应答等生理活动[12、13]。

芒果MiFRI1和MiFRI2基因的克隆与表达分析

热带作物学报2021, 42(1): 017-024

Chinese Journal of Tropical Crops

芒果MiFRIl和MiFRI2基因的克隆与表达分析

黄方，罗聪*,余海霞，范志毅，谢小杰，刘源，莫啸，何新华杯

广西大学农学院/亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室，广西南宁530004

摘要：FRIGIDA(

FRI)

是植物春化途径中影响成花的关键基因之一。本研究克隆了 2

个芒果F7"

基因，分别命名为

MiFRH

和MiFRI2

。序列生物信息学分析结果显示，MiFR

刀和MZFR72

基因的ORF

长度分别为1752

、1815 bp,

编码

584

、605

个氨基酸，蛋白质分子量为64.98

、66.86 kDa„

进化树分析结果显示，MiFRIl

和MiFRI2

分别属于FRIGIDA

和FRIGIDA-like

两个分支。表达模式分析结果显示，MiFRIl

和MiFRI2

基因在芒果的叶、茎和芽(花)中均表达。

MiFRIl

在芒果的营养期和成花转变期之间的各个组织中表达水平均较低，而在花芽分化后期的叶片和芽中表达水平显

著升高且达到顶峰。的表达高峰在不同组织中出现的时间不同。2

个M

迟换基因在营养芽转向花芽发育的过程

中的顶芽中表达水平均下降，但在花芽分化后期的顶芽中表达水平又再次上升，而在叶片中2

个基因的表达高峰均出

现在花芽分化后期，但MiFRW

的表达水平高于M7FAZ2

。说明MiFRfc

与芒果的花发育有关，但2

个基因发挥功能的程

度可能存在差异。

关键词：芒果；FRIGIDA;

克隆；生物信息学；表达模式

中图分类号：S813.3

文献标识码：A

Cloning and Expression Analysis of MiFRIl and MiFRI2 Genes in

Mango

HUANG Fang, LUO Cong*, YU Haixia, FAN Zhiyi, XIE Xiaojie, LIU Yuan, MO Xiao, HE Xinhua**