质粒DNA生产工艺的研究进展
质粒DNA提取方法的研究进展
质粒DNA提取方法的研究进展质粒DNA提取是分子生物学研究中最基础、最常用的实验操作之一，它是研究质粒DNA构建、表达、功能等方面的必要步骤。
随着分子生物学的快速发展，质粒DNA提取方法也逐步完善和改进，本文将从提取方法、提取试剂盒和提取自动化设备这三个方面介绍目前质粒DNA提取方法的研究进展。
目前，质粒DNA提取主要包括碱裂解法、酚-氯仿法、磁珠法、离心管法等。
其中，碱裂解法适用于提取小规模的质粒DNA，其操作简单、成本低廉，但提取质量和纯度较低；酚-氯仿法适用于大规模、高纯度的质粒DNA提取，但其操作难度大、需要大量化学试剂，存在健康安全问题；磁珠法是一种新兴的质粒DNA提取方法，其提取效率高、操作简便、化学品污染少，但磁珠分离过程需协调温度、磁力等多种因素；离心管法适用于提取小规模质粒DNA，其优点在于不需要特殊设备和试剂，操作简单，但提取效率较低。
因此，选择合适的质粒DNA提取方法需要结合实验需要，综合考虑提取效率、纯度、成本和安全等因素。
二、提取试剂盒为方便科研人员进行质粒DNA提取，一些试剂盒已经推出市场，应用广泛。
目前，市场上的质粒DNA提取试剂盒种类繁多，例如QIAprep Spin Miniprep Kit、MagPure Nucleic Acid Extraction Kit、EZNA Plasmid DNA Kit等，它们的优点在于操作简单、时间短、提取效率高、质量可靠，减小了手工操作的误差，并且可以在高通量的实验中提高工作效率。
同时，试剂盒中部分试剂的成分及用量已经经过优化，降低了人为操作、环境干扰等因素，提高了普适性。
三、提取自动化设备随着质粒DNA提取技术应用的广泛和提高，分别委员会于2013年、2018年和2019年相继推出了质粒DNA提取的标准化和自动化规范，引导和推进质粒DNA提取技术的自动化与标准化。
自动化设备解决了试剂混合、离心、洗涤、吸吮等操作繁琐的问题，提高了质粒DNA提取的效率、稳定性和可重复性。
质粒DNA提取方法的研究进展
质粒DNA提取方法的研究进展质粒DNA提取是分子生物学研究中的重要步骤之一，用于从细菌或酵母等单细胞生物中提取质粒DNA，以进一步进行基因克隆、转染、测序等实验。
随着技术的发展，质粒DNA 提取方法也不断改进和创新。
本文将对质粒DNA提取方法的研究进展进行综述。
质粒DNA提取的传统方法主要包括酸碱抑制法、琼脂糖破碎法、酚氯仿提取法等。
酸碱抑制法通过改变细胞的环境PH值，使细胞壁破裂，释放细胞内质粒DNA。
琼脂糖破碎法则是通过琼脂糖溶液使质粒DNA凝聚成粒状，然后通过离心去除细胞残渣。
酚氯仿提取法是一种物理分离法，通过差别溶解度和密度来分离DNA、RNA和蛋白质。
这些传统方法存在一些缺点，如提取效率较低、样品处理时间较长、对实验操作者要求较高等。
近年来研究者提出了一系列新的质粒DNA提取方法，以克服传统方法存在的问题。
一种改进的质粒DNA提取方法是利用商用DNA提取试剂盒，其中包含了经过优化的试剂组合和提取步骤。
这些试剂盒可以有效地提取质粒DNA，且操作简便、快速，适用于高通量实验。
Qiagen的QIAprep Spin Miniprep Kit和Promega的Wizard Plus SV Miniprep DNA Purification System等试剂盒广泛应用于质粒DNA提取。
一些新的质粒DNA提取方法利用表面改性技术，通过改善质粒DNA的离心沉积性能，提高提取效率。
研究者可以表面修饰磁性颗粒，将其与质粒DNA结合，然后利用磁力进行快速定位和分离。
这种方法提取效率高、操作简单，可用于大规模质粒DNA提取。
一些研究还尝试利用纳米材料（如纳米碳管、纳米颗粒）等进行质粒DNA的高效提取。
还有一些质粒DNA提取方法利用PCR扩增原理进行提取。
这种方法通过PCR酶的特异性结合，从细菌细胞中选择性放大质粒DNA，然后用琼脂糖凝胶电泳等方法分离和纯化。
这种方法操作简单、快速，适用于数量较少的样品。
质粒DNA提取方法的研究进展主要集中在提高提取效率、简化操作步骤、缩短提取时间等方面。
质粒DNA提取方法的研究进展
&碱裂解法 碱裂解法是当前应用比较广泛的质粒 !VM提取方法这 种方法的优点在于提取的质粒 !VM纯度高操作便捷缺点是 需要较长的提纯时间 研究人员在缩短这一方法的提纯时间 方面做了大量的研究但是没有得到理想的效果当前这一方 法提取 !VM的时间都在 $&8U 以上 碱裂解法提取质粒 !VM 的基本原理首选在菌液中加入溶液#使细菌细胞悬浮同 时其中的 E!AM会和 P6)<以及 B[)<螯合起到抑制 !V6JG活性 的作用然后加入溶液$将细胞裂解在这个过程中蛋白质 和少量质粒将会变质再次加入溶液%使多数蛋白质以及染 色体 !VM被沉淀并使得质粒 !VM复性 其中该方法中起 到裂解细菌作用的主要是溶液$中的 V6"N正因如此该方法 被称为碱裂解法如果将其换为 @!@也能够提取出少量的质 粒 !VM这是由于 @!@ 也是碱性的可以一定程度上破坏细菌 的细胞膜 在这一方法中需要注意V6"N溶液要现用现配这 个主要是由于其能够和空气中的 P") 反应从而使溶液的碱性 降低这样会影响提纯的效率另外在加入溶液$之后操作时 间不能够过长这是因为染色体 !VM在碱性条件下片段会慢 慢断裂 另外需要注意的是在操作过程中混匀是一定要轻 柔从而在保证细菌沉淀可以充分的扩散在试剂中的前提下 避免已变性质粒 !VM和染色体基因组 !VM被机械剪切 此 外在溶液%加入之后其中的 @!@ 会和蛋白质结合会产生大 量的沉淀@!@ 还会和醋酸钾结合生成 L!@这一物质的溶解
质粒DNA的提取及检测实验报告
题目：质粒DNA的提取及检测一．实验目的:1.学习碱裂解法提取质粒的原理和方法；2.学习DNA琼脂糖凝胶电泳的原理和方法。
二．实验原理1. 质粒 (Plasmid)：一种染色体外的稳定遗传因子，大小从1-200kb不等，为双链、闭环的DNA分子，并以超螺旋状态存在于宿主细胞中。
主要发现于细菌、放线菌和真菌细胞中，常常编码一些对宿主有利的酶的基因，这些基因的表型包括抗生素抗性，产生抗生素、限制酶、修饰酶等。
2.载体(Vector)：要把一个有用的外源基因通过基因工程手段，转化到细胞中去进行繁殖和表达，需要运载工具，携带外源基因进入受体细胞的这种工具就叫载体。
目前除了大肠杆菌中的质粒、λ噬菌体、M13噬菌体、噬菌粒外，还有酵母人工染色体载体以及动、植物病毒载体等。
3.分离质粒DNA：（1）培养细菌使质粒扩增；（2）收集和碱裂解细菌；（3）分离和纯化质粒DNA。
4.碱裂解法（1）溶液Ⅰ：50mmol/L葡萄糖，10mmol/EDTA-Na，25mmol/LTris-HCl (pH8.0)作用：分散细胞，螯合金属离子使酶失活，防止DNA的降解（2）溶液Ⅱ：0.4mol/L NaOH，2% SDS，临用前1：1配制作用：细胞在NaOH和SDS溶液中裂解时，蛋白质与染色体DNA发生变性（3）溶液Ⅲ：5mol/L 醋酸钾60ml，冰醋酸11.5ml，双蒸水28.5ml作用：酸性条件上质粒DNA复性，留在上清液。
大肠杆菌DNA和蛋白质-SDS复合物等发生沉淀。
5.电泳带电荷的物质，在电场中的趋向运动称为电泳。
DNA的琼脂糖凝胶电泳可以分离长度为200bp至近50kb的DNA分子。
DNA的迁移率（U）的对数与凝胶浓度（T）之间存在反平行线性关系。
因此，要有效地分离不同大小的DNA片段，选用适当的琼脂糖凝胶浓度是非常重要的。
6.提取质粒在质粒提取的过程中，由于操作原因，提取的质粒可能有三种：线性DNA、开环DNA 、闭环超螺旋DNA 。
质粒DNA提取方法的研究进展
质粒DNA提取方法的研究进展【摘要】质粒DNA提取是分子生物学研究中常见的实验步骤，有效的提取方法对实验结果具有重要影响。
本文综述了PCR法、柱式纯化法、离心法、电泳法和超声法在质粒DNA提取中的应用进展。
PCR法具有快速、高效的特点；柱式纯化法适用于大规模提取和纯化；离心法适用于提取大量DNA样本；电泳法适用于提取低浓度DNA样本；超声法则有助于破碎细胞壁，提高提取效率。
虽然质粒DNA提取方法不断完善，但仍存在局限性和待解决的问题。
未来的发展方向包括开发更快速、高效的提取方法，以满足不同实验需求。
选择适合的提取方法对于研究质粒DNA至关重要。
【关键词】质粒DNA，提取方法，PCR法，柱式纯化法，离心法，电泳法，超声法，研究进展，不断完善，实验需求，发展方向。
1. 引言1.1 质粒DNA提取方法的研究进展质粒DNA提取方法是分子生物学研究中常用的重要技术之一。
随着科学技术的不断发展，质粒DNA提取方法也在不断完善和改进。
近年来，研究人员提出了一系列新的方法和技术，以提高质粒DNA提取的效率和纯度，满足不同实验需求的需要。
现今，PCR法在质粒DNA提取方法中得到广泛应用。
PCR法可以快速、高效地扩增目标序列，从而可以提取到更纯净的质粒DNA。
柱式纯化法和离心法也被广泛应用于质粒DNA提取中，能够有效地去除杂质和杂菌，提高纯度。
电泳法和超声法也在质粒DNA提取方法中发挥了重要作用。
电泳法可以帮助研究人员迅速鉴别目标DNA并分离出来，而超声法则可以通过超声波的作用将细胞破碎，释放DNA。
2. 正文2.1 PCR法在质粒DNA提取方法中的应用PCR法在质粒DNA提取方法中的应用是一种快速、高效的提取方法。
PCR法基于聚合酶链式反应(PCR)，通过引物的特异性结合，扩增目标质粒DNA片段。
相比传统提取方法，PCR法无需使用酶切、琼脂糖凝胶电泳等步骤，大大简化了提取过程并节省了时间。
在使用PCR法提取质粒DNA时，首先需要设计引物，通常选择能够特异性结合目标DNA片段的引物。
质粒DNA提取方法的研究进展
质粒DNA提取方法的研究进展质粒DNA提取是基因工程和分子生物学研究中的一项重要技术，它是从细菌或酵母等微生物中提取质粒DNA用于进一步分析和应用的方法。
随着研究的深入，质粒DNA提取方法也在不断改进和优化，以提高提取效果和操作简便性。
以下是质粒DNA提取方法的研究进展。
传统的质粒DNA提取方法通常包括细胞裂解、DNase消除和纯化等步骤。
细胞裂解可以使用物理方法如超声波破碎，化学方法如酚/氯仿裂解或碱裂解等。
然后，通过凝胶电泳和紫外光检测等方式对DNA进行定性和定量分析。
这些方法存在着许多局限性，如费时费力，操作复杂，损伤DNA分子等。
为了克服传统方法的缺点，研究人员提出了许多改进的质粒DNA提取方法。
使用商用质粒DNA提取试剂盒可以简化操作步骤，提高提取效率。
这些试剂盒通常采用离心柱过滤或磁珠结合的原理，以纯化和富集DNA。
还有一些微流控芯片和纳米颗粒等新型技术被应用于质粒DNA的提取。
这些方法具有提取速度快、操作简便、高通量等优势。
一些新的化学试剂和酶也被应用于质粒DNA提取。
蛋白酶K可以有效地去除细胞外蛋白和RNA，从而提高DNA纯度。
一些离子交换树脂和吸附材料也可以选择性地吸附DNA，从而实现DNA的富集和纯化。
另一个重要的研究方向是开发基于微流控技术的质粒DNA提取方法。
微流控技术利用微小通道和微型阀等微结构，实现样品处理和分析的自动化和高通量化。
目前已开发出一些微流控芯片用于质粒DNA提取，如分离柱、空气滤泡和混合器等。
这些芯片具有小体积、快速高效、低成本和易于自动化等优点。
一些新的分析技术也被应用于质粒DNA提取。
质粒DNA的实时定量PCR和高通量测序可以用于快速检测和分析质粒DNA的纯度和浓度。
质粒DNA提取方法的研究进展推动了基因工程和分子生物学等领域的发展。
未来的研究将继续改进和优化质粒DNA提取方法，以满足科研和应用的需求。
细菌质粒DNA基因的研究进展
１８］郄卫．质粒基因的研究进展．国外医药抗生素分册．２００４．２２：４９ —５６． （收稿：２００６４）３—２９】
多关节痛风结石１例报告
牛连生徐鸿孙彤
．病例报告．
患者男．５３岁．困双手食指掌指关节及双足第一跖趾 关节卅现红肿、结节形成．于２００４年３月１日入院。患者 １９９９年曾因右肘及左踝关节痛风结石行手术治疗。查体：血 压１５０／９０ ｍｍ Ｈｇ．脉搏８０玖／ｒａｉｎ：双足第一跖趾关节内侧及 拇指近节趾骨内侧隆起。皮肤发红．表面不平整．可触及多个 大小不等的结节．最大的约为３ ｃｍｘ４ ｃｍｘｌ ｃｍ：双手第二掌 指关节桡侧町见分别为２ ｃｍｘｌ ５ ｃｍｘＯ．５ ｃｍ及２ ｃｍｘ２ ｃｍｘｌ ｃｍ的结节，关节活动轻受限。实验室榆查：血糖９．３８ｍｍｏＩ／Ｌ．
质粒DNA提取方法的研究进展
质粒DNA提取方法的研究进展随着分子生物学技术的不断发展，质粒DNA的提取技术也得到了广泛的应用和研究。
质粒DNA提取是一项基础性研究手段，一直在基础研究、疾病诊断和生物制药领域中发挥着重要作用。
本文主要介绍目前常用的几种质粒DNA提取方法及其优缺点。
一、常规手工提取法常规手工提取法是最早也是最简便的质粒DNA提取方法。
通常采用离心法将大肠杆菌等细菌离心收集细胞，取上清液加入裂解液进行裂解，裂解后进行碱/SDS离解，使用氯仿等有机溶剂酚/氯仿提取质粒DNA颗粒，最后用TE溶液进行洗涤和回收。
该方法操作简便，而且适用于大多数常见的质粒DNA提纯。
但是，由于其需求人力较多且一般提取较少的DNA，所以适用范畴比较小，且受到污染的影响较大。
因此，该方法已经逐渐被新的自动高通量质粒提取系统所代替。
二、离心柱提取法离心柱提取法是根据DNA的理化性质，利用离心柱等介质进行柱式层析纯化。
常用的离心柱包括纯化柱、快速浄化柱和离心管柱。
通常，先将大肠杆菌等细菌离心采集细胞，将上清液通过离心柱进行层析，然后使用旋转式/真空吸口式洗涤柱进行洗涤和回收。
该方法具有准确性高、操作简单、提纯效率较高、DNA量大和自动化程度高的优点，适用于大规模的DNA提取，但是成本较高。
三、自动化高通量质粒提取系统自动化高通量质粒提取系统是一种先进的自动化质粒DNA提取技术，通常将细胞裂解与DNA纯化结合在一起。
相比于上述提取方法，该系统可以高效地提高样品输出和准确性，同时获得较高的DNA得率和纯度。
由于其自动化程度高、灵敏度高、样品处理量大、作业时间短等优点，被广泛应用于基础生物学研究、生物制药和医学诊断等多个领域。
此外，该系统的缺点是设备成本较高，且其操作体积较大，不适用于小规模实验室和初学者。
总之，随着分子生物学研究和应用的不断发展，质粒DNA的提取方法逐步升级与改进，不同的提取方法各自有其优缺点。
因此，在进行质粒DNA提取时应根据实验需要和实验室条件选择合适的方法。
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综述：质粒DNA生产工艺的研究进展一、质粒DNA细菌质粒（plasmid）是存在于细胞质中的一类独立于染色体的自主复制的遗传成分，除了酵母的杀伤质粒（killer plasmid）是一种RNA质粒之外，迄今所知的所有质粒无一例外地都是属于这种类型的DNA分子[1]，质粒DNA分子可以持续稳定地处于染色体外的游离状态，随着染色体的复制而复制，并通过细胞分裂传递到后代[2]，为了更好地适应细胞的生理特点，质粒主要以细长并具有负超螺旋结构的形式存在于原核细胞中[3]。
环形双链的质粒DNA分子具有三种不同的构型：超螺旋型（SC）质粒DNA；开环型（OC）质粒DNA和线性（L）质粒DNA分子[4]。
用于基因工程改造的质粒载体通常包括复制子、选择标记和目的基因和启动子[5]，为了获得高稳定性、高产量的质粒DNA，在构建质粒DNA时，需仔细从以下几个方面着手考虑。
1. 质粒复制子的选择Prazeres[6]报道到2010年，以质粒为核心的基因免疫和治疗的市场产值将会超过450亿美元，质粒DNA的需求不断加大。
因此，无论从科学还是经济角度出发，在构建DNA疫苗和基因治疗用途的质粒时，为了提高质粒产量，复制子的选择非常关键，目前，绝大多数学者选择拷贝数高且仅需宿主编码蛋白的ColE1复制子[7]。
在携带ColE1复制子的质粒中，RNAII是复制的正向调节分子，RNAI是复制的负调节物，另外，由质粒编码的一种Rop/Rom蛋白可提高RNAI 与RNAII结合的效率，增强RNAI的负调控作用，因此，Rop/Rom 基因缺失至少可使colE1质粒拷贝数提高3至4倍[8]。
Yavachev 和Wang [9-10]研究报道非荷载的转移RNA的二氢尿嘧啶环、反义环和CCA序列可与RNA I或RNAII的环有高度的同源性，从而会影响到质粒DNA的复制，但是其具体机制还有待进一步的研究。
据Minton[11]报道，pUC19系列载体同样被缺失了rop基因，但其与其他缺失rop基因的质粒在拷贝数上的表现却不尽相同，这是由于pUC质粒在RNAII序列上带有一个G到A的点突变，可依温度的不同而改变正向调节分子RNAII的二级结构，Chambers S &Yanisch-Perron C等研究表明在42℃或者45℃下，RNAII似乎折叠成抗RNAI抑制的构型，于是DNA合成的起始加强，结果拷贝数特别高[12-14]。
尽管构建DNA疫苗时普遍使用ColE1类型复制子，但Uhlin B & Remaut E报道的一种由低拷贝发展而来的由温度控制的“失控型”复制子同样具有巨大的应用前景，这种失控的质粒可使质粒DNA大量积聚在大肠杆菌中，其拷贝数可以高达1000[15-16]，Ansorge M 和Chao Y证实这种拷贝数已成功地应用来表达大量的重组蛋白[17-18]，尽管“失控型”复制子的优势非常明显，但还没有使用这个类型复制子来构建DNA疫苗的成功例子，至今不清楚什么是导致此种复制子未得到开发的具体原因[19]。
2. 抗性基因的选择在选择抗生素抗性基因时，由于极少量即可引起部分人群强烈的过敏反应，首先应避免β-内酰胺类抗生素的使用，而应考虑氨基糖苷类的新霉素和卡那霉素[20]，因为这些氨基糖苷类的抗生素在临床上很少使用，且无耳毒性、肾毒性等副作用，所以更为合适[19]。
3. 其他元件的考虑设计、构建DNA疫苗和基因治疗质粒载体的策略已经十分明显，它除了必须包括一个能使质粒在大肠杆菌中维持、分裂的元件；一个能促使目的基因在机体内表达的元件和选择标记外，还包括其他一些调控元件，以促使转基因的表达和质粒的稳定[21]，这些元件包括真核启动子、终止子及其终止信号等，启动子是外源基因在动物细胞内获得表达的必要前提，常见的有CMVI/E、SV40、EF-1α及UbC和MHCI等，CMV比SV40[22]和UbC[23]等更为有效，其中内含子A 更能提高CMVI/E的表达水平[22]，CMV现已被广泛使用在商品化载体上，这对商业开发DNA疫苗来说是十分有帮助的。
另外，一些抗原基因本身来源的启动子也可用来构建DNA疫苗，但对于想同时表达多个抗原基因的质粒而言，此种启动子的效果不明显；常用的转录终止子及终止信号包括牛生长激素（BGH）、SV40及人β-珠蛋白。
此外，在构建DNA疫苗时，可利用非甲基化的细菌DNA-CpG寡脱氧核苷酸来优化整个质粒，提高DNA疫苗的免疫原性，这是因为真核生物CpG的概率只有原核生物的1/16左右[24]，这种频率上的差异使得其与模式识别受体TLR-9的相互作用，提高了免疫应答水平[25]。
4. 目的基因在选择和构建质粒DNA时，首先应考虑的是质粒DNA可否整合入宿主基因组，因此，在选择目的基因时，须严格避免目的基因同人类基因组之间具有长片断的同源序列；启动子和终止子同样须认真筛选以严格控制其生物学活性；此外所有构建质粒DNA的过程需要有详细的记录，且附有基因的序列，宿主菌的表型和基因型鉴定[26-32]。
5. 质粒的稳定性质粒DNA导入宿主细胞后，必将引起宿主菌生理发生改变[33]，质粒的复制增加了宿主菌的负担，引起宿主菌生长速率下降，使得重组工程菌的发酵过程比非重组菌的发酵过程复杂化，进而有可能降低质粒DNA的稳定性；同时，外源基因的插入也会干扰到质粒本身的稳定性，在以大肠杆菌为宿主的发酵过程，还必须考虑到宿主菌的遗传特性[34-36]，判定其是否存在可以降解重组DNA，或者产生引起重组DNA的不稳定性的蛋白酶或其他一些蛋白分子。
5.1 质粒不稳定性的概念质粒不稳定性，是指工程菌在生长过程中重组质粒发生变化，结果不呈现原有的表型特征。
质粒不稳定可分为两类：分离不稳定性和结构不稳定性[37]。
分离不稳定是指在细胞分裂中由于缺陷分配引起部分或全部质粒的丢失；结构不稳定则是由于重组质粒DNA上的缺失、插入或重排引起的，质粒的分配不稳定性和结构不稳定性的结果都将使我们得不到预期的质粒产量和质量。
如果发生质粒分离不稳定，由于部分重组质粒的丢失，工程菌的发酵过程实际上是工程菌和不含有质粒的宿主菌的混合培养，Imanaka[38]证实在非选择性条件下，含有重组质粒的工程菌的比生长速率（μ+）往往小于宿主细胞的比生长速率(μ-)，经过25代后，培养液中几乎都是无质粒的细胞。
5.2 质粒拷贝数质粒拷贝数是体现质粒稳定性的一个重要特征，拷贝数首先决定于自身的遗传特性，同时也受到宿主菌生理状况及生长环境的影响，Enberg & Nordstorm[39]研究认为宿主菌生长速率增大，质粒的拷贝数下降，这可能是高比生长速率下，质粒的复制速度跟不上细胞分裂的速度，从而质粒拷贝数不断下降。
此外，Koizumi[40]的研究同样证实了营养物质的限制或缺乏也会导致质粒拷贝数的下降。
一般来讲，质粒拷贝数对质粒稳定性的影响因质粒的不同而不同，Futcher & Cox[41]对几种质粒的稳定性进行了研究，发现质粒稳定性随着拷贝数的增大而增加，但当质粒拷贝数太高时，质粒也往往不稳定，因多次复制，增加了出差错的机会。
5.3 培养方式对质粒稳定性的影响培养基对质粒的稳定性也起着非常重要的作用，Caulcott [42]研究表明质粒在以葡萄糖作为碳源时的丢失频率大于以淀粉为碳源的培养基。
低温往往有利于重组质粒稳定地遗传，而当温度高于50℃时，重组质粒在分批培养的对数后期和连续培养时均呈现遗传不稳定状态[43]。
5.4 解决办法在重组基因工程菌发酵过程中，克服质粒丢失的最广泛使用也是最有效的方法就是添加针对抗性基因的抗生素。
FDA规定不管在生产还是管理上都应用卡那霉素代替氨苄青霉素，其原因是考虑到β内酰胺类抗生素是一种强烈的过敏原；另外，用抗生素添加法来消除质粒脱落性的不稳定性在大规模生产时并不可取，因为这种选择压力只能维持一段时间，要从根本上解决这个问题，需要研究影响质粒稳定性的各个过程（质粒的复制、质粒的转移及质粒在子代细胞中的分配等）[44]；此外，质粒的平衡致死系统有可能为彻底摒弃抗生素的使用奠定基础[45]。
二、菌种库的建立对转化大肠杆菌的条件进行优化。
建立原始种子库。
分析种子库的遗传稳定性，要明确该种子库可以传代的次数。
在此基础上建立主细胞库和工作细胞库，并应保证该类细胞库没有噬菌体和其它外源因子的污染；并对细菌的遗传背景进行分析和检测，保证细胞库中细菌的遗传背景包括基因型、表型未发生改变；应检测细菌的形态学，保证细菌的均一性；应检测导入基因的存在状态。
并对工作细胞库的规模、保存条件、扩增条件、传代过程中质粒的稳定性（拷贝数及表达量）、允许的传代次数等进行研究。
三、含重组质粒基因工程菌的发酵影响质粒DNA 产量的因素最重要的是宿主菌株的遗传背景和质粒分子本身的拷贝数，除此之外，在工业发酵中宿主菌株的生长条件和培养基类型也是不可忽视的条件。
一般建议使用endA 基因发生突变的（endA1）大肠杆菌宿主菌株，例如DH5α，JM109，以及XL1-Blue 等，因为endA 基因突变的结果，使得大肠杆菌宿主细胞失去了合成具有功能活性的核酸内切酶Ⅰ的能力，从而增进了所含质粒DNA 分子的稳定性[46]。
在典型的分子生物学实验中，质粒是由大肠杆菌在摇瓶中发酵生产的，温度、转速和培养基是唯一可控制的因素[47]。
一般培养物的质粒产量在1-10mg 之间；在高密度培养的发酵罐中，诸如培养基组成、温度、pH 值、溶解氧、积累的代谢产物，搅拌速度等影响细菌及质粒产量的因素都能得到监测和控制，质粒产量可达摇瓶的10到50倍[48]，Lahijani R[49]的研究数据显示每升培养基可以产出220mg 质粒DNA，Schmidt T[50]也表明质粒产量可达225mg/L。
高密度培养技术的出现，不仅能增加产率，而且也为减少发酵罐容积、减轻分离纯化、减少污水、降低能耗和成本带来好处。
3.1 培养基的组成大肠杆菌可以在营养丰富或贫乏的培养基中生长，但是营养物的种类及来源对质粒DNA的质量和数量都产生重大影响[51]。
由于可生产高的细胞密度，丰富的、复合培养物，如酵母膏和/或蛋白水解物很受欢迎，肉膏因为可能含有疯牛病等动物病毒而成为潜在的污染源被排除在外。
除了丰富营养物，还需加入葡萄糖或甘油等碳源物质，Korz[52]研究表明，以甘油为基础的碳源培养基的生长速度较慢，几乎不产生乙酸，终产物也比以葡萄糖为碳源的培养基多，但当它们超过一定的范围时都会阻止细胞的生长，这就解释了为什么在间歇发酵中增加营养物的浓度并不能得到高细胞密度的原因。
目前，常用的有三种形式的培养基：限制性培养基、半限制性培养基和复合培养基，其可重复性依次降低。