肠道菌群与粘膜免疫系统
肠道免疫系统的机制和调节
肠道免疫系统的机制和调节肠道是人体最大的免疫器官，被称为“第二免疫系统”。
主要保护身体免受外部病原体和有害成分的损害。
肠道免疫系统包括黏膜免疫系统和固有免疫系统两部分，其中黏膜免疫系统是最为重要的。
一、黏膜免疫系统机制黏膜免疫系统主要由黏膜屏障和黏膜固有免疫系统组成。
黏膜屏障是指黏膜细胞层和粘液层，主要作用是防止致病微生物、过敏原和化学物质等进入肠道。
当病原微生物进入黏膜屏障后，黏液中的Mucin会将其包裹并运送到小肠腔，被肠道细胞摄取并消灭。
此外，肠道表面的小凸起（绒毛和腺体）会分泌抗菌肽、IgA 等抗菌物质，进一步防止病原微生物入侵。
黏膜固有免疫系统包括多种细胞和分子，如单核细胞、树突状细胞、巨噬细胞、T细胞、IgA等。
它们共同协作形成特殊的抗体防御系统。
多种抗原可通过口服途径进入体内，经过肠道中的抗原提呈细胞处理后，与特异性T细胞结合，在淋巴结中进一步刺激B细胞产生特异性IgA，形成分泌性免疫应答，大量IgA通过分泌到肠道，形成屏障，保护肠道免受致病微生物感染。
二、肠道免疫系统的调节肠道免疫系统的调节是一个相互作用的系统，包括抑制性和免疫激活性机制，以维持免疫平衡，防止自身免疫疾病和免疫缺陷病发生。
1、调节性T细胞CD4+CD25+Foxp3+调节性T细胞（Tregs）是肠道免疫平衡的主要调节细胞。
它们通过抑制抗原提呈细胞和T细胞的激活来调节免疫应答，防止自身免疫发生。
Tregs对小肠和结肠中的菌群非常敏感，当菌群发生变化或消失时，Tregs的数量和功能会发生改变，导致免疫平衡失调。
2、菌群调节肠道菌群是调节肠道免疫平衡的关键因素。
它主要通过影响肠道屏障、细胞免疫和体液免疫等多种机制来保持肠道免疫稳态。
菌群通过抑制有害细菌的生长和调节宿主肠道免疫应答来发挥作用。
菌群失调会导致肠道免疫平衡紊乱，增加肠道感染、过敏、自身免疫等疾病的风险。
因此，正确调理肠道菌群非常重要。
3、营养调节适度的营养和营养素摄入有助于保持肠道免疫平衡。
肠道菌群与免疫系统的关系
肠道菌群与免疫系统的关系肠道菌群是指生活在人的肠道中的各种微生物，包括细菌、真菌、病毒等，它们与人体的免疫系统有着密切的关联。
近年来，科学家们对肠道菌群和免疫系统的相互作用进行了大量研究，发现两者之间存在着复杂而重要的关系。
首先，肠道菌群对免疫系统的发育和功能有着直接影响。
人体的免疫系统在肠道中发育和成熟，而肠道菌群则可以通过与免疫细胞的相互作用来调节免疫系统的发育和功能。
研究发现，肠道菌群中的某些成分可以促进免疫细胞的增殖和分化，提高机体的免疫力。
另外，肠道菌群还可以通过分泌一些生物活性物质来影响免疫系统的功能，例如抑制炎症、调节免疫应答等。
其次，免疫系统也可以通过调节肠道菌群来维持肠道健康。
免疫系统可以通过识别和清除有害的菌群，维持肠道菌群的平衡。
一旦肠道菌群失衡，例如富含有害细菌或缺乏有益细菌，就会导致免疫系统的异常激活和炎症反应，进而引发一系列肠道疾病，如炎症性肠病、肠易激综合征等。
因此，维持肠道菌群的平衡对于免疫系统的健康至关重要。
此外，肠道菌群还可以通过调节免疫系统来影响人体其他系统的功能。
研究发现，肠道菌群与中枢神经系统、代谢系统等具有复杂的相互作用。
一些菌群可以通过产生一些代谢产物，如短链脂肪酸，来影响人体代谢过程。
而这些代谢产物又可以调节免疫系统的功能，进而对整个身体健康产生影响。
此外，肠道菌群还可以通过免疫调节来影响心理状态，一些研究表明肠道菌群与焦虑、抑郁等心理疾病有关。
综上所述，肠道菌群与免疫系统之间存在着密切的关系。
肠道菌群可以通过与免疫细胞的相互作用来调节免疫系统的发育和功能；免疫系统则可以通过调节肠道菌群来维持肠道健康；同时，肠道菌群还可以通过调节免疫系统来影响人体其他系统的功能。
因此，保持肠道菌群的平衡对于免疫系统的健康和整个身体的健康都具有重要的意义。
在日常生活中，我们可以通过饮食和生活习惯来维护肠道菌群的平衡。
多摄入富含纤维的食物，如水果、蔬菜和全谷物，可以提供菌群所需的营养物质。
肠道菌群与免疫系统的相互作用
肠道菌群与免疫系统的相互作用肠道菌群是指寄居在人体肠道中的微生物群落，包括细菌、真菌和病毒等。
肠道菌群与免疫系统之间存在着密切的相互作用，这种相互作用对于人体的健康具有重要意义。
一、肠道菌群对免疫系统的调节作用肠道菌群可以通过多种途径调节免疫系统的功能，其中最重要的是通过免疫调节细胞的刺激和调节。
免疫调节细胞是一类具有调节和控制免疫反应能力的细胞，包括调节性T细胞、抗炎性细胞等。
肠道菌群可以通过产生代谢产物、刺激免疫细胞表面受体等方式，影响免疫调节细胞的数量和功能，从而调节免疫系统的平衡。
二、免疫系统对肠道菌群的调控作用免疫系统在维持肠道菌群的平衡中发挥着重要作用。
一方面，免疫系统通过分泌抗菌肽、IgA等物质来限制肠道菌群的生长和扩散。
另一方面，免疫系统也可以通过产生免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白M(IgM)等物质，识别和抵御外来致病微生物的侵袭。
三、免疫系统异常与肠道菌群失调的相关疾病免疫系统异常和肠道菌群失调之间存在着密切的关联。
研究表明，免疫系统异常可能导致肠道菌群的失调，进而引发多种疾病，如炎症性肠病、自身免疫性疾病等。
而肠道菌群失调也可能导致免疫系统的异常激活和炎症反应，进而引发免疫性疾病。
四、调节肠道菌群和免疫系统的方法与应用为了维持肠道菌群与免疫系统的良好互动，可以通过以下方法进行调节：1.膳食调节：合理膳食结构可以促进有益菌群的增长，并提高免疫系统的功能。
常食用富含益生菌和益生元的食物，如酸奶、豆类和蔬菜，可以帮助维持肠道菌群平衡。
2.益生菌制剂：益生菌制剂是一种通过摄入活菌来调节肠道菌群的方法，常用于改善肠道菌群失调引起的症状。
选择合适的益生菌制剂，可以改善免疫系统功能，增强机体免疫力。
3.免疫调节剂：一些免疫调节剂可以用于调节免疫系统的功能，从而影响肠道菌群的平衡。
但需谨慎使用，以免引起其他不良反应。
5.抗生素的合理使用：抗生素虽然可以杀灭病原微生物，但同时也会对肠道菌群产生影响。
肠道菌群与免疫系统关系的研究
肠道菌群与免疫系统关系的研究随着科技的不断发展，医学研究领域也逐渐深入到人体内部，尤其是肠道内部，因为人体的健康离不开肠道的健康。
肠道内存在大量的微生物群，包括细菌、真菌、病毒等，其中最多的是细菌。
这些微生物形成了肠道菌群，对人体起到了不可或缺的作用。
近年来，越来越多的研究表明，肠道菌群与免疫系统密切相关，下面本文将详细探讨肠道菌群与免疫系统的关系。
一、免疫系统的组成人体免疫系统分为自然免疫和获得性免疫两种。
自然免疫是机体防御病原微生物和异物入侵的第一道关口，包括皮肤、黏膜、中性粒细胞等。
获得性免疫是在体内受到病原体的侵袭后，机体经过一定周期的应变和适应，产生特异性抗体和记忆细胞以对抗该病原体。
二、肠道菌群的组成肠道菌群是指人体消化道内的一群微生物，主要包括细菌、真菌、病毒和古菌等，其中又以细菌最为丰富和多样。
肠道菌群总体上是益生菌和有益菌，有一定的营养作用和功能，在肠道内的微生态平衡很重要。
除了有益菌之外还存在一些有害菌，如大肠埃希氏菌等，这些有害菌能产生毒素影响人体健康。
因此保持肠道微生态平衡对人体的健康很重要。
三、肠道菌群与免疫系统密切相关肠道菌群与免疫系统之间存在着密切的联系，肠道菌群可调节免疫系统，帮助消化道防御病原微生物的侵入。
肠道菌群可影响免疫系统发挥作用的三种途径：一是通过调节肠道免疫响应来保持免疫稳态；二是通过与肠道内的生理细胞接触和诱导产生生物活性物质来调节免疫系统；三是通过肠道和微生物的内分泌系统来调节免疫系统。
肠道菌群与肠道免疫系统之间的联系，主要是与肠道内单核细胞和树突细胞相关的肠粘膜免疫系统联系的。
在健康状态下，肠道菌群可通过一些信号分子，包括短链脂肪酸等，通过免疫感受器，对免疫系统的免疫调节功能进行调节。
因此具有机体自身的免疫调节作用。
关于肠道菌群通过上述途径调节免疫系统，目前还有很多具体分子和机制仍未被完全认识，需要后续的研究来进一步深入探究。
四、肠道菌群与免疫系统失衡的疾病肠道菌群与免疫系统之间的平衡状态发生失调可能导致多种疾病，如炎症性肠病、肠道肿瘤、代谢性疾病、中枢神经系统疾病等。
胃肠道微生物与免疫系统的相互作用
胃肠道微生物与免疫系统的相互作用胃肠道微生物和免疫系统之间存在着复杂而密切的相互作用关系。
胃肠道是人体最大的免疫器官，同时也是微生物最为丰富的生态环境。
这两者之间的相互作用对于人体健康至关重要。
本文将探讨胃肠道微生物与免疫系统之间的相互作用以及对人体健康的影响。
一、胃肠道微生物及其功能胃肠道内居住着大量不同种类和数量的细菌、真菌和病毒等微生物，构成了人体内最为复杂多样化的微生物群落，被称为“肠道菌群”。
这些微生物在胃肠道中发挥着重要功能。
首先，它们协助消化食物和吸收营养物质。
例如，某些益生菌可以分解食品中难以消化的纤维素，并产生有益于机体的营养成分。
此外，通过竞争性排挤或抑制其他有害菌群的侵袭，它们还能帮助维持胃肠道内的菌群平衡。
另外，在维持人体免疫平衡方面，胃肠道微生物也起着重要作用。
二、免疫系统的基本原理免疫系统是人体对抗外界侵略的重要防线，它包括先天免疫和获得性免疫两个层面。
先天免疫是人体在出生时就具备的一种非特异性防御系统，能对抗各种微生物和有害分子的侵袭。
获得性免疫则是在接触到致病微生物后逐渐发展起来的一种高度特异性和记忆性的免疫应答。
这两个层面共同构成了人体复杂而强大的免疫系统。
三、胃肠道微生物与先天免疫的相互作用1. 调节树突细胞功能树突细胞是先天免疫中至关重要的调节组织细胞，它们控制着对外界环境中微生物和超自身抗原的感知和识别过程。
最新的研究表明，某些益生菌可以通过与树突细胞的相互作用，调节它们的功能和表型，从而影响免疫系统的应答。
这种作用对于预防感染、减轻过敏症状等具有重要意义。
2. 促进天然杀伤细胞活性天然杀伤细胞是先天免疫中的一类重要细胞，能够快速识别并消灭被感染的细胞或癌变细胞。
研究发现，胃肠道微生物可以通过激活特定免疫受体，促进天然杀伤细胞的活性，并提高它们在人体抗击各种感染和肿瘤过程中的效力。
四、胃肠道微生物与获得性免疫的相互作用1. 调节抗体产生获得性免疫主要通过抗体介导来对抗微生物侵袭。
肠道菌群对肠道免疫力的影响研究
肠道菌群对肠道免疫力的影响研究肠道菌群是人体内最丰富的微生物群体之一，由大量微生物组成，包括细菌、真菌和病毒等。
它们在人体内的作用非常重要，与许多生理功能密切相关，例如维持肠道生态平衡、促进食物消化和吸收、提高免疫力等。
本文主要探讨肠道菌群对肠道免疫力的影响研究。
一、肠道免疫系统首先，我们先来了解一下肠道免疫系统。
肠道免疫系统是人体内最大的免疫系统，它负责识别和清除体内的外来物质和病原体。
肠道免疫系统是由多种免疫细胞、免疫因子和黏膜屏障等组成，这些组成部分相互协作，防止病原体和外来物质对人体健康产生影响。
二、肠道菌群对免疫系统的影响众所周知，肠道菌群是肠道内最重要的微生物群体，它们能够与人体免疫系统密切衔接，对免疫系统的发挥起到重要作用。
1. 肠道菌群可以提高免疫系统的机能研究表明，肠道菌群可以诱导和调节肠道免疫系统，提高其免疫机能。
肠道菌群含有多种重要的成分，例如益生菌和益生元等，可以调节肠道免疫系统的平衡，促进免疫系统的发挥，减少病原体的攻击。
2. 肠道菌群可以影响免疫系统的发育和成熟肠道菌群可以影响免疫系统的成熟和发育，尤其是在婴幼儿期。
研究表明，婴儿的肠道菌群和免疫系统的发育和成熟密切相关，肠道菌群的不正常发育可能会导致免疫系统的不稳定和免疫功能的下降。
3. 肠道菌群可以促进肠道屏障的修复和再生肠道菌群可以促进肠道黏膜屏障的修复和再生，从而增强肠道免疫系统的作用。
临床研究表明，肠道菌群对于肠道炎症和肠病等疾病的治疗具有重要意义。
三、肠道菌群失调与免疫相关疾病的关系肠道菌群虽然对免疫系统之促进大有裨益，但是当菌群失调时，会对免疫系统造成不良影响，导致相应的免疫相关疾病。
1. 肠道菌群失调容易导致疾病的形成正常情况下，肠道菌群在人体内处于平衡状态，当菌群失调时，会使人的免疫系统处于紊乱的状态，导致疾病的形成。
例如，肠道菌群失调可能会导致自身免疫性疾病、过敏性反应、癌症等疾病的发生。
2. 肠道菌群失调与免疫相关疾病的关系研究发现，肠道菌群的失调与免疫相关疾病有着密切的关系。
探索肠道菌群与免疫系统的关系
探索肠道菌群与免疫系统的关系肠道菌群与免疫系统是人体内两个重要的系统，它们之间存在着密切的相互作用关系。
在过去的几十年中，科学家们对肠道菌群与免疫系统的关系进行了广泛的研究，并取得了一系列的重要发现。
本文将探索肠道菌群与免疫系统的关系，以及这种关系对人体健康的影响。
一、肠道菌群对免疫系统的调节作用肠道菌群是人体内最大的微生物群落，包括了各种细菌、真菌和病毒等微生物。
它们生活在我们的肠道中，并与我们的免疫系统产生密切的互动。
研究表明，肠道菌群对免疫系统具有调节作用。
首先，肠道菌群能够影响免疫细胞的发育和功能。
具体来说，它们可以促进免疫细胞的生成和成熟，调节免疫应答的强度和方向。
例如，某些肠道菌群能够调节T细胞的分化，增强其对感染和肿瘤的免疫反应。
同时，肠道菌群还能够调节树突状细胞和巨噬细胞等免疫细胞的功能，增强它们对病原微生物的识别和清除能力。
其次，肠道菌群还能够调节免疫系统的免疫耐受和免疫恶化。
研究发现，肠道菌群的失衡与多种免疫相关疾病的发生和发展密切相关。
例如，肠道菌群的失调会导致免疫系统对自身组织的攻击，引发自身免疫性疾病，如类风湿性关节炎和炎症性肠病等。
此外，肠道菌群的失衡还与过敏等免疫过度反应有关。
二、免疫系统对肠道菌群的调节作用除了肠道菌群对免疫系统的调节作用外，免疫系统本身也能够通过多种方式来调节肠道菌群的组成和功能。
首先，免疫系统能够通过产生抗菌肽和免疫球蛋白等物质来控制肠道菌群的生长和分布。
抗菌肽具有强效的杀菌作用，能够抑制病原菌的生长，维持肠道内菌群的平衡。
免疫球蛋白则可以特异性地识别和中和病原微生物，保护肠道免受感染。
其次，免疫系统可以通过调节肠道的黏膜屏障功能来控制肠道菌群的转移和入侵。
黏膜屏障是肠道与外界环境之间的重要障碍，它能够阻止病原微生物和有害物质的进入。
免疫系统能够通过调节黏膜屏障的完整性和通透性来保护肠道免受病原微生物的侵害，维持肠道菌群的稳定。
三、肠道菌群与免疫系统对人体健康的影响肠道菌群与免疫系统之间的相互作用对人体健康具有重要影响。
肠道微生物群与免疫系统健康之间的相互作用
肠道微生物群与免疫系统健康之间的相互作用肠道微生物群与免疫系统健康之间的相互作用备受科学界和医学界的关注。
近年来的研究表明，肠道微生物群在维持免疫系统的正常功能和促进身体健康方面起着重要的作用。
本文将探讨肠道微生物群与免疫系统之间的关系，并讨论如何通过调节肠道微生物群来维持免疫系统的健康。
肠道微生物群是指宿主体内以及宿主体表面上的全部微生物群落。
这些微生物包括细菌、真菌和病毒等。
肠道微生物群与宿主之间的关系是共生的，它们相互依赖、相互促进，共同维持人体健康。
肠道微生物群具有多重功能，其中重要的一项是对免疫系统的调节。
免疫系统是人体的防御机制，它能够识别和消灭入侵的病原体，同时也能够识别和清除异常细胞。
免疫系统的健康与人体的整体健康密切相关。
肠道微生物群对于免疫系统的正常功能起到了调节作用。
它们通过多个途径影响免疫系统的发育和功能。
首先，肠道微生物群能够影响免疫系统的发育和教育。
研究发现，肠道微生物群能够通过刺激免疫系统的发育和教育，使其能够更好地识别和消灭病原体。
肠道微生物群产生的一些代谢产物，如短链脂肪酸、抗菌肽和维生素等，能够刺激免疫系统的发育和功能，并且能够调节免疫细胞的活性和分化。
其次，肠道微生物群能够调节免疫系统的平衡。
免疫系统需要保持一种平衡状态，既需要对侵入的病原体做出及时的应答，又需要对自身组织做出合适的限制。
肠道微生物群通过调节免疫系统中的炎症反应，维持免疫系统的平衡。
一些研究发现，肠道微生物群的紊乱与炎症性肠病、自身免疫疾病和过敏反应等相关。
通过调节肠道微生物群的结构和功能，可以改善这些疾病的发生和发展。
此外，肠道微生物群还能够调节免疫系统的应答。
免疫系统需要对侵入的病原体做出及时的应答，以保护人体免受感染。
肠道微生物群能够通过刺激免疫细胞的活性和分泌免疫因子，增强免疫系统的应答能力。
一些研究发现，肠道微生物群的失调与感染性疾病的发生和发展相关。
通过调节肠道微生物群的结构和功能，可以提高免疫系统的应答能力，减少感染性疾病的发生。
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肠道菌群与粘膜免疫系统Michael H.Chapman , Ian R.Sanderson英国伦敦大学Barts & The London，圣玛丽医院成人及儿童胃肠病科,Turner Street, 伦敦 E1 2AD ，英国前言出生时胃肠道是无菌的，但很快有种类繁多的细菌定植，因此成为人体接触病原微生物的首要部位，甚至90％的微生物是通过胃肠道进入人体的。
胃肠道最主要的功能在于摄取营养和维持体液的平衡以驱除有害的微生物和其它一些毒素物质。
我们就胃肠道粘膜免疫系统的基本组成及病原微生物如何与其和肠道功能的其它方面相互作用进行综述。
肠道的正常菌丛出生时胃肠道的粘膜免疫系统的活性较低，与成年人比较淋巴细胞和Payer斑都较少。
出生后经口菌群定植很快发生。
肠道菌群在不断地发生变化直到成年才变得稳定，且会随着饮食结构的改变而发生变化。
例如，母乳中IgA水平在婴儿期就起着非常重要的作用。
胃肠道的菌群总量是非常大的，近50％的粪便是细菌，约为1012/克。
随着胃肠道的长度发生变化，其细菌数目和种类也不同。
除口腔外，菌落随着胃肠道的延伸而逐渐增多，而胃和近端小肠却只有少量的以革兰氏阳性为主的细菌。
菌群在小肠远端和结肠变成一个非常复杂的微生物环境。
这些区域也正是炎性肠疾病（IBD）最容易受累的部位，这使我们推测粘膜免疫系统对胃肠道菌群的无效或不正常的反应在这些疾病的发病机制中扮演了非常重要的角色。
胃肠道的菌群总量是非常大的，粪便中近50％是细菌，约为1012/克粪便由于许多方面的原因定义正常的肠道菌群是非常困难的。
已知有超过500种不同种类的微生菌群在肠道定植，在回肠末端及结肠部的主要定植菌群包括乳酸杆菌、双歧杆菌、肠球菌和拟杆菌[1-2]。
由于许多菌群无法在体外进行培养因而对其研究也一度受到阻碍，近来，借助于新的研究方法如变性梯度凝胶电泳（DGGE）和荧光原位杂交（FISH，利用菌群特异性探针对其进行组织定位）使对这些菌群研究取得重大进展。
肠腔和其相关联的粘膜上微生物菌群的数量和类型也是有差别的[3]。
粘膜相关菌群很可能与肠道正常功能和疾病有关，但由于研究粘膜相关菌群技术上的复杂性，绝大多数研究集中于对粪便菌群的分析。
正常菌群的作用是复杂的，具有对抗病原微生物的入侵，在宿主的营养中起着至关重要的作用。
这些菌群被定为共生菌群，忽视了其在维持宿主健康方面的积极作用。
对宿主最主要的营养益处包括维生素的合成和分解复杂多糖产生短链脂肪酸[4]，这些作用单靠肠道组织本身无法完成而有赖于肠道菌群的作用。
无菌环境中成长的动物为了达到与正常菌群定植的动物的同样的体重其对营养成分的需求就要多得多。
肠道粘膜免疫系统的功能组分肠道粘膜具有对抗潜在病原微生物入侵的生理屏障和免疫防线的双重作用，下面我们就肠道防御系统的功能组成和他们遭破坏时病理性变化举例说明，接着讨论一些肠道和定植于其上的微生菌群相互作用有益的方面。
胃肠道粘膜具有对抗潜在病原微生物入侵的生理屏障和免疫防线的双重作用屏障功能胃肠道具有大约400m2的巨大表面积以完成其营养物质吸收的这一首要功能。
这么大的面积需要保护不被病原微生物的入侵。
肠道上皮层作为高度选择性的吸收表面同时也成为微生物入侵时非常有效的屏障，其屏障功能的机制如图1所示。
消化液中的胃酸和蛋白水解酶破坏了大部分进入肠道的病原微生物。
幽门螺杆菌是少有的几个例外的一种，这种细菌可以通过改变其周围的pH而在这种酸性环境生存下来。
上皮细胞间形成有效的紧密连接，成为防止微生物入侵的直接屏障。
屏障破坏是绕过淋巴滤泡正常调节作用最关键的一步，并由此导致一些过度的免疫反应如炎性肠病（IBD）等。
通过甘露醇通透试验证实肠道菌群组成本身的改变对肠壁的通透性具有直接的影响[5]。
由杯状细胞分泌的粘液层可破坏微生物的定植和增加其清除。
粘液层糖蛋白竞争肠上皮细胞上结合位点从而抑制细菌入侵，杯状细胞分泌产生的粘液量和组成的不同取决于肠腔菌群的局部信号和肠腔菌群本身[6]。
乳酸杆菌可降低其他肠道微生物菌群的转位，这一机制涉及上皮细胞产生的粘蛋白的上调[7]。
每24-96小时就更新一次的肠上皮细胞减少了肠腔微生物入侵的时间，并且能够快速修复由于炎症或创伤引起的粘膜破坏[8]。
最后，病原菌和“正常的”共生菌之间存在着生存空间与营养物质的竞争，例如定植抵抗作用，这种现象最明显的例子就是抗生素应用导致正常结肠菌群的破坏从而使艰难梭菌生长诱导伪膜性肠炎的发生。
一种生物在粘膜表面存活（而不是肠腔）依赖于其在通过以上提到的机制被清除之前他们的分裂和侵袭能力，能够穿透这一屏障的微生物还将受到以下谈到的各种粘膜免疫系统组分的调控。
先天性免疫尽管存在肠道的屏障功能，仍然有稳定数量的细菌通过肠道粘膜，但他们被吞噬细胞活性所控制，这项功能主要有中性粒细胞和巨噬细胞通过识别多种细菌的共同抗原如脂多糖（LPS）而实现的。
识别非特异的微生物抗原是通过类型识别受体如Toll样受体家族实现的，后者也在补体系统活化、细胞因子反应和抗原递呈方面起作用[9]。
肠上皮Paneth细胞（潘氏细胞）可分泌强有力的抗微生物多肽，其中包括防御素和cathelicidies，这些成分形成了对所有多细胞微生物共有的古老的防御机制，并在所有的上皮表面产生。
细菌及其产物诸如LPS 可直接刺激防御素和其它肽类的释放，这些肽类物质具有多方面的作用，其中包括吞噬趋化作用和破坏细菌细胞壁直接杀伤微生物[10]。
免疫缺陷病人或动物的自然史对于我们理解免疫系统不同组分的重要性提供了很好的注解。
非特异性免疫系统缺陷病人（如中性粒细胞/巨噬细胞功能不全）往往罹患最严重疾病，例如频繁发生由肠道感染引起的脓毒血症非常的普遍。
巨噬细胞杀伤活性缺陷动物会很快死于由共生的肠道微生物引起的脓毒血症[11]。
IgA缺陷病人引起的疾病较轻微而不易在临床上检测到。
这些发现证实先天性免疫反应在保护宿主中的重要性。
适应性免疫完整的先天性免疫反应很少引起微生物穿透粘膜屏障导致严重损害，那么为什么肠道内有这种明显的“生理性的炎症反应”状态呢？另外一个与此相关联的关键问题是粘膜免疫系统如何识别不同的肠腔病原微生物并与其反应？膜免疫系统必须能够抑制对饮食中抗原和共同菌群的过激反应，同时产生对病原微生物的有效反应机制。
适应性免疫反应很可能在区别以上的反应中起重要作用，调控这种反应机制的破坏是炎症性肠病和坏死性小肠结肠炎等疾病的可能机制之一。
下面就适应性免疫系统的组成予以阐述。
IgAIgA通过结合、中和和防止病原微生物黏附于上皮而防御特异性抗原的入侵。
它是由固有层的胞浆细胞产生，通过上皮转运、分泌到肠腔与其他分泌组分一起形成分泌型IgA（SIgA），与传统的抗体由T细胞辅助系统免疫应答中产生不同，肠粘膜上的SIgA产生似乎不依赖于T细胞[12]，是由来源于胸膜腹膜的B1细胞产生，而与T细胞辅助的骨髓源的B2细胞不同。
肠上皮细胞除了吸收和屏障功能外，肠上皮细胞在粘膜免疫反应中还扮演着重要的整合作用。
其中最值得注意的是覆盖于Peyer’s斑和淋巴样聚集的特异性M细胞（集合淋巴小结），将在以后章节叙及。
即便是非特异的上皮细胞亦能通过表达细胞因子受体和表达递呈抗原的主要组织相容性复合物（MCH）I/II 类分子来显示其免疫活性和免疫反应性，他们亦可合成细胞因子、一氧化氮和防御素[13，14]。
上皮细胞活性的激发源于与微生物的直接接触或通过粘膜细胞层淋巴细胞的活化。
上皮细胞也在肠腔抗原/微生物菌群和粘膜淋巴结的交互作用的信号传导中起部分作用，其中涉及上调细胞表面受体如CD86和ICAM-1[15]。
上皮细胞出现特异类型的受体表达和细胞因子释放表明上皮细胞接触到不同的共生菌群时，对临近的上皮内淋巴细胞产生特异不同的免疫信号通道[16]，一些研究人员的结果表明肠道上皮细胞的抑制功能不全在炎症性肠病的发病中起重要作用[17]。
粘膜相关淋巴组织（MALT）肠粘膜上有数量众多的淋巴细胞，仅从他们的绝对数目就可充分提供肠道的所谓“生理性炎症”状态的证据。
这些淋巴细胞可在整个粘膜和粘膜下层广泛分布也可作为次级滤泡不连续的聚集分布。
粘膜免疫系统必须能够抑制对饮食中抗原和共同菌群的过激反应，而对病原微生物产生有效反应。
适应性免疫反应很可能在区别以上的反应中起重要作用。
次级淋巴滤泡具有和淋巴结同样的结构和功能。
最熟知的次级滤泡是小肠Peyer氏斑，位于固有层中特殊的上皮细胞-M细胞的下面（图2）。
M细胞的主要作用似乎在于吸收和转运肠腔抗原到Peyer氏斑的淋巴细胞，抗原传递可以是以小分子物质或吞噬的整个病原体的形式。
许多微生物如沙门氏菌、霍乱弧菌[18]和脊髓灰质炎病毒[19]都误用这一有效的细胞内摄作用作为进入肠道粘膜的途经。
结肠次级滤泡组织没有Peyer氏斑那么有组织但有同样的功能，其下面的M细胞有识别肠腔抗原作用[20]。
Peyer氏斑和其它次级滤泡是适应性免疫应答的主要作用部位。
观察性研究发现在无菌环境中出生和饲养的动物其Peryer斑较小，同时伴有CD4+、CD8＋和IgA分泌型淋巴细胞数目的减少。
细菌植入后，可导致淋巴细胞的快速增殖和Peyer氏斑的增大。
生发中心的反应在感染后14天达高峰之后开始减弱。
当第一次接触共生菌群时，有相当多的菌群穿过粘膜且可从肠系膜淋巴结中或脾脏中培养出这些菌群。
随着适应性免疫反应的激活，其免疫活性可自限性的升高从而维持正常微生物菌群局限于肠腔内[20]。
次级淋巴滤泡中粘膜相关淋巴组织（MALT）的激活的经典模式表明：抗原激活的B细胞和T细胞的聚集发生在Peyer氏斑中位居圆顶区的巨噬细胞和树突状细胞抗原递呈之后，这种活化主要是IL-12引起的Th1类型反应[21]。
然后在此淋巴滤泡内发生B、T细胞克隆性的扩展。
与数量有限的高度保守的外源性抗原（如LPS）能被先天性免疫应答细胞识别相反，淋巴细胞对大量的特异性抗原能生成高度选择性的受体。
IgA分泌型B细胞和活化的T细胞（主要是CD45RO记忆细胞）在肠系膜淋巴结和血中循环，之后才定居肠粘膜并成为粘膜固有层（LPLS）和上皮间淋巴细胞(IELS)。
最初的定居信号是MADCAM-1，它可在粘膜组织的血管内皮细胞中表达，需要有淋巴细胞的活化。
这样，由肠道局部病原触发的免疫反应可以在整个肠粘膜的防御中起作用。
通过T、B淋巴细胞恰当的克隆选择或清除过程，成熟的淋巴细胞进入外周血循环中。
对病原微生物选择性的反应和对共生微生物及食物抗原的相对耐受机制还不清楚。
我们知道，若没有源于抗原递呈细胞（APC）的共同刺激信号的作用，识别食物抗原淋巴细胞可以凋亡或变得无活性（无变应性）。
加工刺激外源性抗原的抗原递呈细胞激活了多条细胞内通路如淋巴细胞共同激活的B7细胞。