第二章_距离分类器PPT教学课件

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遗传距离 PPT课件

遗传距离 PPT课件
分类群互为邻居;使用最广泛的距离树,适用于 大数据集 • 最小进化法 • 叠加树法
• 距离树可靠性检验:自举检验、自举内部分支检验
• 距离树优点: 1)简单 2)稳定 • 缺点: 1)信息丢失 2)无比较次优树能力 3)统计学分析困难
• 建树软件: PAUP、MEGA、PHYLIP等
• Begin paup; bootstrap nreps=1000 search=nj; end;
遗传距离计算方法
• 未校正的遗传距离 1)总替换分歧度 2)转换/颠换替换分歧度 3)同义/非同义替换分歧度 4)indel距离 • 校正的遗传距离 1)独立估计方法: 解析公式法(JC69; K80)、最大似然法; 2)同步估计方法 • LogDet距离(考虑进化过程中碱基组成的不稳定性) • 基因组距离 • 蛋白质遗传距离(类型类似核苷酸)
• 简约法:简约法利用系统发生学上的离散资料作为特征所
构成的矩阵估计一个或多个最佳的系统发生树,而这些资料 来源可能是有遗传关系的多个物种或多个族群,之后最大简 约法在可能的亲缘树中挑选需最少步骤可形成者作为所估计 的亲缘关系树。
• 最大似然法:最大似然法明确地使用概率模型, 其目标
是寻找能够以较高概率产生观察数据的系统发生树。 最大似 然法是一类完全基于统计的系统发生树重建方法的代表。该 方法在每组序列比对中考虑了每个核苷酸替换的概率。
校正的遗传距离
• 随着分歧时间延长,DNA序列上突变的固定数目增加,某些快速 进化位点上发生多重替换的概率增大,多重替换位点中后来发 生的变化将消除早期变化的任何痕迹,这可通过进化过程的假 设估计多重替换的数目来校正。
• 注意事项:
1) JC69距离≤ 0.1:JC69, K80 2) 0.1 <JC69距离< 0.3:转换频率高K80,反之JC69 3) 0.3 <JC69距离< 1.0: 碱基替换速率虽不同位点强烈变化Γ距离, 4种碱基组成频率相差较大Tajima和Nei(1984) 4)JC69距离>1.0:放弃序列,删除快速进化序列;转换成氨基酸 5)分析氨基酸序列:近缘物种,且同义替换遗传距离<1.0,用同 义替换遗传距离;远缘物种,非同义替换遗传距离

贝叶斯分类器讲义

贝叶斯分类器讲义

贝叶斯分类原理: 根据已知各类别在整个样本空间中的出现的先验概率, 以及某个类别空间中特征向量X出现的类条件概率密度, 计算在特征向量X出现的条件下,样本属于各类的概率, 把样本分类到概率大的一类中。
利用贝叶斯方法分类的条件: 各类别总体的概率分布是已知的; 要分类的类别数是一定的;
癌细胞识别,两类别问题——细胞正常与异常
若仅利用先验概率进行分类 统计的角度得出的两类细胞的出现概率 无法实现正常与异常细胞的分类目的 先验概率提供的信息太少,要结合样本观测信息,为 此需要利用类条件概率
例:细胞识别问题 ω1正常细胞,ω2癌细胞 经大量统计获先验概率P(ω1),P(ω2)。 对任一细胞样本x观察:有细胞光密度特征 , 有类条件概率密度: P(x/ ω ί) ί=1,2,…。 可以把先验概率转化为后验概率, 利用后验概率可对未知细胞x进行识别 。
先验概率、后验概率和类(条件)概率密度:
先验概率:
根据大量样本情况的统计,在整个特征空间中,任 取一个特征向量x,它属于类ωj的概率为P(ωj),也就是说 ,在样本集中,属于类ωj的样本数量于总样本数量的 比值为P(ωj)。我们称P(ωj)为先验概率。 显然,有: P(ω1)+ P(ω2)+…… +P(ωc)=1 如果没有这一先验知识,那么可以简单地将每一 候选类别赋予相同的先验概率。不过通常我们可以用 样例中属于类ωj的样例数|ωj|比上总样例数|D|来近似, 即 P( )= | j |
11xr???12111??????xxr则?????????221111211xpxpxpjjj????????2?j???????????22211211222xpxpxpxrjjj????????若有1?x?????????????????????p1112222121222211112????????????xpxpxp1??x由贝叶斯公式可得

欧氏距离类间距离——最短距离PPT课件

欧氏距离类间距离——最短距离PPT课件
初始分类g初始类别数目m5初始类间距离矩阵d1535153525步骤步骤2新的类别数目m4新的类间距离矩阵d24步骤步骤3新的类别数目m3新的类间距离矩阵d25步骤步骤4新的类别数目m2新的类间距离矩阵d26步骤步骤5新的类别数目m1新的类间距离矩阵d步骤步骤6gibbonsymphalangushumangorillachimpanzee28影响聚类结果的主要因素影响聚类结果的主要因素样本间距离的定义dij类间距离的定义dij29层次聚类linkage方法linkage方法直接影响了聚类结果它取决于类间距离如何定义
G1
L: c1x1+c2x2-c=0
G2
x1
模式分类算法
• 线性分类器 • 神经网络 • 最近邻 • 贝叶斯分类器 • 隐马尔科夫模型分类器 • 决策树 • 支持向量机
Principal component analysis (PCA, 主成分分析)
• 基因芯片数据维数高,难以可视化 • 基因芯片数据噪音比较强 • PCA主要的应用
D(3)
X(5)
C(4)
C(3)
X(5)
0
C(4)
C(3)
6
2
0
2.5
0
步骤4
由D(3)知,合并X(5)和C(3)为一新类C(2)={X(5), C(3)},有:
新的G (4)={C(4) , C(2)} 新的类别数目m=2 新的类间距离矩阵D(4)
D(4)
C(4)
C(2)
C(4)
0
2.5
C(2)
0
步骤5
由D(4)知,最后合并C(4)和C(2)为一新类C(1)={C(4), C(2)},有:
新的G (5)={C(4) , C(2)} 新的类别数目m=1 新的类间距离矩阵D(5)

《二次分类》PPT课件

《二次分类》PPT课件

面临的挑战与解决方案
挑战
如何选择合适的分类器进行二次分类,以提 高分类效果。
解决方案
根据数据的特性和分类需求,选择合适的分类 器进行二次分类,如支持向量机、决策树等。
挑战
如何处理不平衡数据对二次分类的影响。
解决方案
采用过采样、欠采样或合成样本等方法处理不平衡 数据,提高二次分类的效果。
挑战
如何优化二次分类的计算效率。
建议学生多进行实践操作,通过实际案例和项目 实践,提高二次分类的应用能力和解决问题的能 力。
关注新技术发展
鼓励学生关注新技术的发展动态,了解最新的二 次分类技术和应用趋势,不断拓展自己的知识面 和视野。
THANK YOU
感谢观看
课件内容与结构概述
内容
本课件将介绍二次分类的基本概念、方法、技术和应用案例。具体包括二次分类 的定义、原理、算法和实现方法等。
结构
本课件按照由浅入深、循序渐进的原则进行组织。首先介绍二次分类的基本概念 和原理,然后详细阐述二次分类的方法和技术,最后通过应用案例加以说明和巩 固。
02
二次分类的基本原理
学生掌握情况
通过课堂互动和课后作业,发现大部分学生对二次分类的 基本概念和方法有了较好的掌握,但在实际应用中仍存在 一定的困难,需要进一步加强实践训练。
二次分类的未来发展趋势
技术不断创新
随着人工智能和机器学习技术的不断发展,二次分类算法将不断优 化和改进,提高分类的准确性和效率。
应用领域不断扩展
二次分类在各个领域的应用将不断扩展,包括但不限于图像识别、 语音识别、自然语言处理等,将为各行各业的发展提供有力支持。
在图像处理和计算机视觉领域,二次分类 可用于对图像进行更精细的分割和识别, 以实现更高级别的视觉任务。

空间距离(PPT)2-2

空间距离(PPT)2-2
ALCR
二、例
例1:在600二面角M-α-N内有一点P,P到平面M、平面N 的距离分别为1和2,求P到直线a距离。
解:设PA,PB分别垂直平面M, 平面N与A、B,PA,PB所确定 的平面为α,且平面α交直线a与Q,
M A
设PQ=x
a
在直角△PAQ中sin∠AQP=1/x
Q
在RT △PBQ中sin ∠AQP=2/x
P
B N
cos600=cos(∠AQP +∠AQP),由此可得关于x的方程
最后可解得 x 2 21 3
2.求距离的步骤 (1)找出或作出有关距离的图形 (2)证明它们符合定义 (3)在平面图形内进行计算
模拟是以每万年为时间帧,记录基于木星轨道位置变化地球每年所形成的影响。澳大利亚南昆士兰大学天文学家、天体生物学家乔蒂-霍纳尔说:“这项模拟 实验是非常重要的,虽然木星轨道位置导致地球轨道和倾斜度发生较小变化,但对地球气候的影响仍不清楚。”[]土星也有绚丽北极光土星也有绚丽北极光 (张)三星一线据广东天文学会透露,年8月日将出现罕见的三星一线天文现象。美丽的土星、距离地球最近的外行星火星和天蝎座最亮恒星“心宿二”,三者 依次连成一条直线,火星会合心宿二,两者相距只有.8度,即还不到个满月排在一起那么远。届时,天上最赤红的两颗天体汇聚在一起,十分引人注目。这 三星一线的稀奇天象,年才发生一次,上一次出现在98年月7日。如果天色晴朗,我国各地乃至全球七大洲都可观赏到。其中南半球比北半球观察条件更理 想。各地在日落后分钟就可投入观察,可连续观测分钟以上。观测方位在南方稍偏西的晚空。天王星(Uranus),为太阳系八大行星之一,是太阳系由内向 外的第七颗行星(8.7~.8天文单位),其体积在太阳系中排名第三(比海王星大),质量排名第四(小于海王星),几乎横躺着围绕太阳公转。天王星大气 的主;门窗:https:///goods/iIMPL0000000000201804200757036088-k%E9%97%A8%E7%AA%97 ;要成分是氢、 氦和甲烷。据推测,其内部可能含有丰富的重元素。地幔由甲烷和氨的冰组成,可能含有水。内核由冰和岩石组成。天王星是太阳系内大气层最冷的行星, 最低温度为9K(-℃)。天王星的英文名称Uranus来自古希腊神话中的天空之神乌拉诺斯(Ο?ραν??),是克洛诺斯的父亲,宙斯的祖父。与在古代就为人 们所知的五颗行星(水星、但由于亮度较暗、绕行速度缓慢并且由于当时望远镜观测能力 不足,未被古代的观测者认定为是一颗行星。直到78年月日,威廉·赫歇耳爵士宣布他发现了天王星,首度扩展了太阳系已知的界限,这也是第一颗使用望远 镜发现的行星。天王星和海王星的内部和大气构成和更巨大的气态巨行星木星土星不同。同样的,天文学家设立了冰巨星分类来安置它们。[]中文名天王星 外文名英语:Uranus希腊语:Ουραν??俄语:уран分类行星、远日行星、冰巨星发现者威廉·赫歇尔发现时间78年月日质量8.8×?kg平均密度.8g/cm直 径8km表面温度-℃逃逸速度.km/s反照率.(球面)|.(几何)视星等.7自转周期7时分秒赤经hms赤纬+°7'.8"距地距离9.A.U.半长轴,87,79,8km (9.8AU)离心率.8公转

【精品PPT】数据挖掘--分类课件ppt

【精品PPT】数据挖掘--分类课件ppt

16:06
9
分类模型的评估
对于非平衡(unblanced)的数据集,以上指标并不能很好的 评估预测结果。
非平衡的数据集是指阳性数据在整个数据集中的比例很 小。比如,数据集包含10只爬行动物,990只爬行动物, 此时,是否预测正确爬行动物对准确率影响不大。
更平衡的评估标准包括马修斯相关性系数(Matthews correlation coefficient)和ROC曲线。
数据集有10只非爬行动物,其中8只被预测为非爬行动物,特 异度为8/10
精度(Precision):
TP/(TP+FP)
分类器预测了12只动物为爬行动物,其中10只确实是爬行动 物,精度为10/12
准确率(Accuracy): (TP+TN)/(TP+TN+FN+FP)
数据集包含23只动物,其中18只预测为正确的分类,准确率 为18/23
训练集应用于建立分类模型 测试集应用于评估分类模型
K折叠交叉验证(K-fold cross validation):将初 始采样分割成K个子样本(S1,S2,...,Sk),取K-1个 做训练集,另外一个做测试集。交叉验证重复K 次,每个子样本都作为测试集一次,平均K次的 结果,最终得到一个单一估测。
16:06
16
K-近邻分类算法
K-近邻分类算法(K Nearest Neighbors,简称KNN)通过 计算每个训练数据到待分类元组的距离,取和待分类元组 距离最近的K个训练数据,K个数据中哪个类别的训练数据 占多数,则待分类元组就属于哪个类别。
算法 4-2 K-近邻分类算法
输入: 训练数据T;近邻数目K;待分类的元组t。

图像识别幻灯片课件

图像识别幻灯片课件
• x=(x1, x2)T, x1和 x2分别代表花瓣长度和宽度。 • 模式矢量 x=(x1, x2,……, xn)T 中元素性质取决于
描述物理模式自身所采用的方法。
花瓣宽度(cm)
• 模式类 w1、w2、w3分别表示Setosa (多刺的)、
Virginaca (单性的)和 Versicolor (杂色的)三种花。
训练过程
信息 获取
数据预 处理
特征提 取
和选择
分类器设计
分类决 策
输出结 果
图11.1 模式识别系统的基本构成
2. 常用的三种模式组合
(1) 模式矢量
• 1936年,Fisher论文提出判别式分析技术,通过 测量花瓣的宽度和长度识别三种不同类型的鸢 (yuan)尾属植物的花。
– Iris Setosa (多刺的) – Iris Virginaca (单性的) – Iris Versicolor (杂色的)
边界方程: d12(x) = d1(x)-d2(x) = 2.8x1+1.0x2-8.9 = 0
图11.5 美国Banker协会 的E-13B字体的字符 集和对应波形。
字符设计在97个字中以 便读取。每个字符 用含有精细磁性材 料的墨水印刷。
(设计者保证大的均值 分离和小的类分布 的一个示例)
(2) 相关匹配
• 受生物神经系统启发产生,大量使用非线性元素的计算 单元(神经元),类似大脑神经元的互联方式组织起来 。具有对一些特定问题的适应能力和并行处理能力。
• 20世纪40年代早期McCulloch和Pitts提出。 • 80年代Rumelhart、Hinton和Williams发展出“反向传播”
方式学习的德尔塔(delta)规则,为多层机器提供了一 种有效的训练方法。 • 结构:由许多互联的相同的节点(处理单元,PE)构成 。每个PE从“上游”的几个PE接受输入信号,产生一个 标量输出,传给“下游”的一组PE。

分类算法PPT课件

分类算法PPT课件
未知的数据元组或对象进行分类。
2020/5/16
.
5
第三章 分类方法
分类的基本概念与步骤 基于距离的分类算法 决策树分类方法 贝叶斯分类 规则归纳 与分类有关的问题
内容的思路
定义4-2 给定一个数据库 D={t1,t2,…,tn}和一 组类C={C1,…,Cm}。假定每个元组包括一些数 值型的属性值:ti={ti1,ti2,…,tik},每个类也包 含数值性属性值:Cj={Cj1,Cj2,…,Cjk},则分 类问题是要分配每个ti到满足如下条件的类Cj:
END.
算法 4-1通过对每个元组和各个类的中心来比较, 从而可以找出他的最近的类中心,得到确定的类 别标记。
2020/5/16
.
8
基于距离的分类方法的直观解释
(a)类定义 (b)待分类样例 (c)分类结果
2020/5/16
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9
K-近邻分类算法
K-近邻分类算法(K Nearest Neighbors,简称KNN)通过 计算每个训练数据到待分类元组的距离,取和待分类元组 距离最近的K个训练数据,K个数据中哪个类别的训练数据 占多数,则待分类元组就属于哪个类别。
KNN的例子
性别 身高(米) 类别
女 1.6

男2

女 1.9
中等
女 1.88
中等
女 1.7

男 1.85
中等
女 1.6

男 1.7

男 2.2

男 2.1

女 1.8
中等
男 1.95
中等
女 1.9
中等
女 1.8
中等
女 1.75
中等
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别中去; 第三步:计算各类的聚类中心; 第四步:检验新的聚类中心与旧的聚类
中心是否相等,相等则算法结束;否则 转第二步。
平均距离:
D ij

1 NiNj
d2 X li,X kj
2020/12/11
27
系统聚类算法
第一步 建立N个初始类别,每个样本一 个类别,计算距离矩阵D=(Dij);
第二步 寻找D中的最小元素,合并相应 的两个类别,建立新的分类,重新计算 距离矩阵D;
重复第二步,直到类别数为M为止。
2020/12/11
2020/12/11
15
最近邻法的改进
平均样本法:用一点代表一个类别,过 于集中;
最近邻法:以类内的每一点代表类别, 过于分散;
改进最近邻法:将每个类别的训练样本 划分为几个子集,以子集的平均样本作 为代表样本。
2020/12/11
16
K-近邻法
1. 计算X与所有训练样本的距离; 2. 对所计算出的距离从小到大排序;
基本思路:首先每一个样本自成一类,然 后按照距离准则逐步合并,类别数由多到 少,达到合适的类别数为止。
已知:N个待识模式{X1,X2,…,XN},类 别数M。
2020/12/11
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类与类之间的距离
最短距离: D ij m indX l i,X k j
最长距离: D ij m a xdX l i,X k j
计算量小
效果不一定很好
2020/12/11
13
平均距离法
已知Ωi类有训练样本集:
T 1 i,T 2 i, ,T K ii
定义待识模式X与类别Ωi的距离:
dX , i K 1i jK i1dX ,T ji
2020/12/11
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最近邻法
待识模式X与类别Ωi的距离:
dX , i 1 m j in K idX ,T j i
2020/12/11
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最大最小距离算法
3. 计算未被作为聚类中心的各样本Xi与Z1, Z2之间的距离,以其中的最小值作为该 样本的距离di;
4. 若di >T,将Xi作为第3个聚类中心, Z3= Xi,转3;否则,转5
5. 按照最小距离原则,将所有样本分到各 类别中。
2020/12/11
25
系统聚类法
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动态聚类法
基本思想:首先选择若干个样本点作为 聚类中心,然后各样本点向各个中心聚 集,得到初始分类;判断初始分类是否 合理,如果不合理,则修改聚类中心。
包括:K-均值算法,ISODATA算法。
2020/12/11
29
K-均值算法(C-均值)
第一步:任选K个初始聚类中心; 第二步:将每一个待分类样本分到K个类
基本思路:以最大距离原则选取新的聚 类中心,以最小距离原则进行模式归类;
已知:N个待识模式{X1,X2,…,XN}, 阈值比例系数θ。
2020/12/11
23
最大最小距离算法
1. 任选样本作为第一个聚类中心Z1; 2. 从样本集中选择距离Z1最远的样本Xi作
为第二个聚类中心, Z2= Xi,设定阈值: T= θ||Z1- Z2||;
2020/12/11
21
最近邻规则的简单试探法
第二步:设已有M个类别,加入样本Xk 计算Dk1=||Xk-Z1||,Dk2=||Xk-Z2||…; 如果Dki >T,则增加新类别ΩM+1 ZM+1=Xk; 否则,Xk归入最近的一类,重新计算该 类的聚类中心:
2020/12/11
22
最大最小距离算法
X 1 m ,X 2 m , ,X K m m
对待识样本X进行分类。
2020/12/11
11
多标准样本的距离分类器
平均样本法
对每一类求一个标准样本T(m),使T(m)到 所有训练样本的平均距离最小:
Tm
1
Km
Km i1
Xim
2020/12/11
12
平均样本法的特点
算法简单
存储量小
1
dX,Yi n1xi yi22
2020/12/11
4
常用的距离函数
街市距离:(Manhattan Distance)
n
dX,Yxi yi i1
2020/12/11
5
常用的距离函数
明氏距离:(Minkowski Distance)
1
dX,Yi n1 xi yi mm
2020/12/11
6
2020/12/11
8
建立分类准则
如果有:
i0argm indX ,T i
i
则判别:
Xi0
2020/12/11
9
距离分类器
待识模式
2020/12/11
类别1距离 类别2距离
... 类别M距离
最 小 值 识别结果 选 择 器
10
三、多标准样本的距离分类器
M个类别:
1, 2, , M
第m个类别有训练样本集合:
第二章 距离分类器和 聚类分析
2020/12/11
1
2.1 距离分类器
一、模式的距离度量
2020/12/11
2
距离函数应满足的条件 对称性: dX ,Y dY ,X
非负性: dX,Y0
三角不等式:d X ,Y d X ,Z d Y ,Z
2020/12/11
3
常用的距离函数
欧几里德距离:(Eucidean Distance)
3. 统计前K个中各类样本的个数Ni;
4. 如果: i0arg1 m iaM xNi
5.
则判别:Xi0
2020/12/11
17
2.2 聚类分析
简单聚类法 系统聚类法 动态聚类法
2020/12/11
18
简单聚类法(试探法)
1. 最近邻规则的简单试探法 2. 最大最小距离算法
2020/12/11
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最近邻规则的简单试探法
已知:N个待分类模式{X1,X2,…,XN}, 阈值T(每个样本到其聚类中心的最大距离), 分类到Ω1,Ω2,…,类别中心为Z1,Z2,…
2020/12/11
20
最近邻规则的简单试探法
第一步:取任意的样本作为第一个聚类中 心, Z1=X1; 计算D21=||X2-Z1||; 如果D21 >T,则增加新类别: Z1=X1; 否则,X2归入Ω1类,重新计算: Z1=(X1+ X2)/2
常用的距离函数
角度相似函数:(Angle Distance)
dX,Y XT Y
XY
n
XT Y xi yi 是X与Y之间的内积 i1 X 为矢量X的长度,也称为范数
2020/12/11
7
二、单个标准样本距离分类器
M个类别:
1, 2, , M
每个类别有一个标准样本:
T1,T2, ,TM
对待识样本X进行分类。
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