烟草基因组计划 - 复旦大学精品课程
烟草基因组计划进展篇:2.烟草突变体创制、筛选与鉴定

2 0 1 3 年第 3 4卷
4 鉴 定 获 得 了一 定数 量 的烟 草 突 变体
对所筛选 的突变体材料进行了突变性状遗传稳定性的初步鉴定 ,通过田间鉴定获得了抗 T MV、高香 气 、叶面组织细致等 7 4 个能稳定遗传 的 M3突变体 ,2 1 . 7 % 参试株系的突变性状能稳定遗传 ,6 4 . 3 % 还在 分离,1 4 . 0 %没有变异;获得了早花 、 叶面皱等 2 4 个能稳定遗传的 T 2 突变体,1 0 . 8 % 参试株系的突变性状 能稳定遗传 , 5 3 . 3 %还在分离 , 3 5 . 9 %没有变异。通过侧翼序列鉴定获得了 2 个突变性状与序列共分离的基 因。 通过苗期接种鉴定获得了 6 个抗 T MV突变体和 2 个抗 P V Y突变体 。 通过苗期与田问鉴定获得了 4 个
和激活标签插入突变体材料筛选 。筛选获得长相好 、叶面皱、腋芽多 、抗黑胫病 、T MV、C MV、P V Y、 不育等突变体材料 2 5 0 0多个 ,筛选获得高香气 、耐低钾 、乙烯敏感等突变体材料 4 0 0多个 。调查分析了
突变二代可见 I 生 状的突变率 ,中烟 l o 、红花大金元和林烟草 M2的各突变性状总突变率分别为 1 3 . 9 %、 5 . 4 %和 2 . 2 %, 红花大金元 T 1 的总突变率为 1 . 1 %。 对腋芽发育 、 烟碱合成等 3 0 多个 目 标基 因通过 T I L L I N G 筛选获得 6 O O多个位点突变的中烟 l o 突变体材料 ,其中氨基酸改变的占 1 5 . 3 %,终止密码子突变的占 1 . 8 %。对激活标签插入群体通过侧翼序列扩增获得 3 0 0 0多条红花大金元序列 ,其 中 3 9 8 条具有明确的基 因组插人位点 ,在插入位点上下游 5 k 基因组 区域获得 4 9 2 个基 因,其中 1 4 8 个基 因具有功能注释。
复旦大学课程教学大纲-复旦大学精品课程

复旦大学课程教学大纲院系: 临床医学院 日期: 2016年 10月01日 课程代码 (待定)课程名称 艺术与现实中的医学—医学影视作品赏析英文名称 Medicine in Film Art学 分 数 2 周学时 2课程性质 □通识教育专项□核心课程√通识教育选修□大类基础□专业必修□专业选修□其他教学目的 基社会对高“复合型”人才需求,本课程具有一定跨学科色彩。
在重实践、重应用的落脚点上,具体将影视艺术作品与临床医学知识相结合,使学生在自发思考、集体讨论的过程中,全方位调动学习热情。
将合作精神引入学习生涯,开阔问题解决思路。
最终能够活用课程教授医学知识,明辨诊疗误区,同时了解电影、电视剧历史发展轨迹与艺术特色。
由此培养具备举一反三能力、综合学科背景、适应社会发展的高素质当代大学生。
基本内容简介 影视艺术源于生活又高于生活,当下医学题材影视剧大行其道有着医疗知识、技术赋予的神秘面纱和艺术特色,但由于缺乏专业顾问指导,包括一般影视剧中涉及医学部分仍不乏令人啼笑皆非却值得引以为戒的诊疗误区。
因而,本课程作为通识教育选修课,将案例教学法与研讨课形式相结合,着眼当下风靡的经典医学题材影视,择取其中的临床诊疗误区与学生进行探讨,并逐渐引导学生运用课程中了解的影视艺术知识、结合个人专业领域,举一反三,学以致用。
基本要求:要求学生通过选修本课程,能够运用医学专业知识指出影视作品乃至临床诊疗中的误区,从而掌握医学伦理学及常用临床知识;培养理性的医学思辨能力和感性的艺术认知能力。
授课方式:面授,主要以研讨课形式,随堂播放视频案例。
本课程不设专业限制,拟限制人数30人。
主讲教师简介:蔡剑飞,临床医学硕士,医学学士、文学学士双学士学位。
毕业于上海交通大学临床七年制(本硕班)、上海戏剧学院电视编导系。
曾担任上海瑞金医院内科住院医师,上海华东医院主治医师。
发表临床医学专业论文8篇,出版著作1部,取得国家专利1项,参与天津市博物馆纪录片以及多部音乐电视拍摄,获得“作家杯”原创文学作品奖等。
烟草基因组计划与生物育种重大科技项目

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烟草基因组计划进展篇:3.烟草分子标记遗传连锁图构建和重要抗病基因定位

内外相关单位 , 开展 了烟草分子标记开发、 遗传连锁 图构建和抗病基因定位等研究工作 , 取得 了重要进展 。
1 构建 了第一张烤烟 S S R标记遗传连锁 图
个F 2 单株进行 S S R标记分析 ,经遗传作图,构建出含 8 4 3 个标记 、由 l 2 个连锁群组成的野生烟草遗传 图
谱 ,覆 盖全基 因组 长度 为 1 4 3 4 . 6 8 c M J 。
3 精 确 定 位 了抗 黑 胫 病 基 因 P h
以感 黑胫 病 品种红 花大 金元 、 抗 黑胫 病种 质 R BS T和 F 1 为材料 , 从 1 0 0 0 5对 烟草 S S R引 物筛选 出 6 0 3 对 多态 性引 物 ,经 B C1( 红花 大金 元/ R BS T / /  ̄花 大金元 )群体 2 1 3个单 株 的 S S R标 记分 析 ,获得 6 0 1 个
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中国烟草科学
C h i n e s e T o b a c c 基 因组 计 划 进展 篇 :
3 . 烟草分子标记遗传连锁 图构建和重要抗病基 因定位
肖炳 光
( 云南 省烟草农业科学研究 院,昆 明 6 5 0 0 3 1 )
子标记遗传连锁图 , 覆盖全基 因组长度 为 2 6 0 2 . 6 6 c M。为确保黑胫病抗性鉴定 的准确性和可靠性 , 取B C 1
各单株叶片进行组织培养 , 利用株系抗性鉴定结果代替单株抗性鉴定结果。结合分子标记分析和抗性鉴定
数据 ,将抗黑胫病基因 P h 定位在标记 P T 5 2 6 3 4和 P T 5 2 8 0 0 之间约 l O . 6 6 c M 范围内【 9 】 。 在上述定位的基础上 ,将引物 P T 5 2 6 3 4和 P T 5 2 8 0 0的 P C R扩增产物在中国烟草基 因组数据库中进行 比对 ,利用相应 S c a f o l d的基 因组序列数据新开发了 1 0 3 对S S R引物。从中筛选 出 1 0 对多态性引物 ,经 2 1 3 个B C 1 单株的基因型分型分析 ,鉴定出与 目 标基因连锁最紧密的两侧各 2 个S S R标记 ,再进行 2 4 6 3 个B C 1 单株 的基 因型分型分析。结合 2 4 6 3 个B C 1 单株基因型数据和 1 2 7 3 个B C 1 单株抗性鉴定数据,将 抗 黑胫病基因 P h 精确定位在标记 T M1 0 4 0 1 和P T 5 2 6 3 4问的 0 . 1 9 1 c M 范围内 ,为定位克隆和分子标记辅
烟草基因组知识篇:2. 基因组测序

烟草基因组知识篇:2. 基因组测序孙玉合【摘要】@@ 基因组计划的最终目标是获取所研究生物体的全部DNA序列,一般包括三个图谱,即遗传图谱、物理图谱和基因组全序列图谱,并将基因以及其他有意义的特征定位于DNA序列中.人以及模式生物的染色体都不能直接进行DNA测序,因此首先必须将它们随机地"敲碎"(通过限制性内切酶酶切或超声波处理或DNA酶Ⅰ降解)变成成千上万的小片段,构建成不同水平和类型的基因组文库,例如YAC(yeast artificial chromosome,酵母人工染色体)文库、BAC(bacterial artificial chromosome,细菌人工染色体)文库和cDNA文库等.然后对文库中的每个克隆片段进行DNA测序,再对所有测定的每条序列经过计算机程序处理装配成染色体上完整的DNA序列.【期刊名称】《中国烟草科学》【年(卷),期】2010(031)002【总页数】2页(P76-77)【作者】孙玉合【作者单位】中国农业科学院烟草研究所,青岛,266101【正文语种】中文基因组计划的最终目标是获取所研究生物体的全部DNA序列,一般包括三个图谱,即遗传图谱、物理图谱和基因组全序列图谱,并将基因以及其他有意义的特征定位于DNA序列中。
人以及模式生物的染色体都不能直接进行DNA测序,因此首先必须将它们随机地“敲碎”(通过限制性内切酶酶切或超声波处理或 DNA酶Ⅰ降解)变成成千上万的小片段,构建成不同水平和类型的基因组文库,例如 YAC (yeast artificial chromosome,酵母人工染色体)文库、BAC(bacterial artificial chromosome,细菌人工染色体)文库和cDNA文库等。
然后对文库中的每个克隆片段进行DNA测序,再对所有测定的每条序列经过计算机程序处理装配成染色体上完整的DNA序列。
1 DNA测序方法两种不同的快速有效的传统 DNA测序方法于上世纪 70年代中期几乎同时发表。
烟草基因组知识篇:1.基因组与烟草基因组计划

烟草基因组知识篇:1.基因组与烟草基因组计划王元英【期刊名称】《中国烟草科学》【年(卷),期】2010(031)001【总页数】2页(P81-82)【作者】王元英【作者单位】中国农业科学院烟草研究所,青岛,266101【正文语种】中文1 基因组和基因组学基因组(genome)是指生物的全部基因和染色体组成,也就是生物DNA分子所携带的全部遗传信息;基因组学是研究生物基因组的组成、组内各基因的精确结构、相互关系及表达调控的科学。
基因组学研究一般包括两方面的内容:以全基因组测序为目标的结构基因组学(structural genomics)和以基因功能鉴定为目标的功能基因组学(functional genomics)。
结构基因组学是通过基因作图、核苷酸序列分析以确定基因组成、基因定位的科学。
染色体不能直接用来测序,必须将基因组这一巨大的研究对象进行分解,使之成为较易操作的小结构区域,这个过程就是基因作图,包括遗传图谱、物理图谱、转录图谱以及最终的全序列图谱。
功能基因组学又称为后基因组学(post-genomics),是利用结构基因组学研究所获得的大量数据与信息,结合高通量的实验、统计和计算机分析技术,研究包括生化功能、细胞功能、发育功能、适应功能等基因功能的科学。
功能基因组学的主要工具和方法包括生物信息学、遗传分析、基因表达测量和基因功能鉴定等。
2 目前完成基因组测序的主要生物1980年完成噬菌体Φ-X174基因组(5,368 bp)的测序,成为第一个测序的基因组;1995年完成第一个原核生物(流感嗜血杆菌,Haemophilus influenzae,1.8 M)基因组的测序;1997年完成大肠杆菌(Escherichia coli,4.6 M)和第一个真核生物(啤酒酵母,Saccharomyces cerevisiae,12 M)的完整基因图谱绘制;1998年完成第一个多细胞生物(秀丽线虫,Caenorhabditis elegans,97 M)基因组的测序;2000年完成果蝇(Drosophila melanogaster,180 M)和第一个植物-拟南芥(Arabidopsis thaliana,125 M)的基因组测序以及人类的基因组草图;2002年完成水稻(Oryza sativa,466 M)的基因组草图,小鼠(Mus musculus,2500 M)、疟原虫(Plasmodium falciparum,23 M)和按蚊(Anopheles gambiae,280 M)基因组测序完成;2003年完成人类(Homo sapiens,3000 M)全基因组完整图谱;2004年完成原鸡(Gallus gallus,1200 M)和家蚕(Bombyx mori,360 M)的基因组测序;2005年完成水稻基因组全序列测定;2007年首个中国人基因组图谱(又称“炎黄一号”)绘制完成(也是第一个亚洲人、黄种人的全基因序列图谱)。
烟草基因组计划进展篇:4.中国烟草种质资源平台建设

整合 比例为 0 . 1 : 0 . 9时效果最好 。用欧氏距离估算连续型数据遗传距离、J a c c a r d距离估算离散型数据遗传
距离效果最优 。总体取样方法 中变异度取样法最优 , 在组内样本含量较大或较小时,简单 比例法 、多样性
比例法及对数 比例法分别为最优取样策略。最后 ,集成上述方法筛 选出 1 1 7 份核心样品 ,又通过定向选择
抗性优异种质 5 4 6 份 。优质 、抗性种质资源为烟草育种提供了坚实的遗传物质基础 。
2 0 1 3年第 3 4 卷
中国烟草科学
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4 分 子研 究 水 平 不 断 深 入
4 . 1 加深 了分 子 水 平遗传 多样性 研 究
以4 4 6 份核心种质为材料 , 从2 8 6 对引物组合 中筛选出 8 对扩增带清晰 、重复性和多态性好的引物构
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中 国烟 草科 学
C h i n e s e T o b a c c o S c i e n c e
烟草基 因组计划进展篇 : 4 .中国烟草种质资源 平台建设
张 兴 伟
( 中国农业科学 院烟草研究所 ,青 岛 2 6 6 1 0 1 )
烟草种质资源是我国烟草行业发展 的战略物质和潜力所在 。烟草种质资源是烟草基因的载体 , 是烟草 基因组计划实施 的材料基础 ;实施烟草基 因组计划可以对烟草种质资源新基 因进行深度发掘 ] 。现代烟草
同 ,但分析结果趋势相近 ;我国烟草种质资源具有较高的遗传多样性 。
4 . 2 构 建 了烟 草微 核 心种 质
Up a d h y a y a( 2 0 0 1 )提 出微 核心 种质 ( mi n i c o r e c o l l e c t i o n)的概 念 ,是 将核 心种 质 的规模 进一 步压 缩 ,
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烟草基因组计划
生物技术和生命科学将成为21世纪引发新科技革命的重要推动力量。
实施“烟草基因组计划”可以获得一批具有自主知识产权的烟草重要性状功能基因,全面揭示种质资源的遗传背景,确立我国在烟草基因组研究上的核心优势,对提升烟草育种工作整体水平、实现烟草品种的根本性突破、培育烟草新兴产业、更好地发挥烟草模式作物的基础研究作用具有重要意义。
“烟草基因组计划”被纳入《烟草行业中长期科技发展规划纲要(2006-2020年))》(国烟科[2006]526号),是九大烟草重点研究专项之一。
“烟草基因组计划”重点研究烟草重要性状基因文库的构建;大规模烟草基因组测序,构建高密度烟草遗传图谱和物理图谱;建立自主知识产权的烟草基因信息数据库;烟草重要性状相关基因定位;与烟碱、有害成分、主要抗性(抗病、抗虫、抗逆)、香气物质、主要矿物质吸收利用效率、烟叶成熟和烘烤特性等主要性状调控机制相关的功能基因克隆等。
通过“烟草基因组计划”专项实施,1年时间完成结构功能基因组学研究,构建烟草根、幼叶、团棵期叶片、成熟期叶片、主茎、叶脉、花和果实的基因表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)、全长克隆DNA(cDNA)文库;完成富集基因区序列草图的绘制;建立我国烟草基因组数据库;完成烟草T基因组物理图谱构建。
5年时间在功能基因组学研究方面取得重大突破,完成高密度分子标记图谱绘制,确定一批DNA遗传标记;完成烟草基因组单体型图谱的构建,获得10万个单核苷酸多态性(SNPs);克隆10个左右重要功能基因;点制3万基因的高密度基因芯片;建立烟草突变体库。