非小细胞肺癌突变基因分析软件 性能指标
非小细胞肺癌患者EGFR基因检测
标本的处理
癌性胸水脱落细胞
尽量收集更多胸水，离心后去掉上清，沉淀物必须>1 毫升。如需长途运输，加入乙醇浸泡60分钟以上。为 符合托运要求，可付运前可离心后倒掉试管内的乙醇 ，倒入所提供的标准试管，拧紧盖子，常温运输，确 保3天内到达。
55.7% (24/42)
EGFR基因突变检测的一般原则
为使患者尽可能地从最有效的治疗中受 益，所有NSCLC，只要条件许可，都 应进行EGFR突变的检测，特别是肺腺 癌。
EGFR基因突变检测标本
肿瘤部位的新鲜组织、活检组织、手术切 除标本和细胞学标本均可用于EGFR突变的 检测。
理想的标本，需保证200～400个肿瘤细胞 （文献报道大于100个即可）
用胸水检测肿瘤EGFR突变需要敏感方法
用胸水中细胞及无细胞液均可检测EGFR突变，且检 出率基本相同
目前缺少胸水与肿瘤组织直接对比（配对样本检测） 数据，故对其敏感度与特异性尚无结论
胸膜转移和胸水的对比研究
本研究的目的：探索胸腔积液与胸膜转移灶EGFR 突变检测的一致性，从而判断当存在胸膜转移灶 时，胸液EGFR基因突变状态检测的价值。
关于胸水EGFR突变的检测
国内外胸水标本EGFR检测的研究
作者
Kimura H Soh J
Hung MS Kimura H
Jian G
国家/地区
日本 日本 台湾 日本 中国
病例数 24
EGFR突变率 （%）
33%
61
26%
29
41%
43
25.6%
32
28.1%
非小细胞肺癌检测指标说明汇总
非小细胞肺癌检测指标说明汇总1、EGFR基因突变指标说明：表皮生长因子受体（EGFR）由一个胞内的酪氨酸激酶结构域，一个跨膜的亲脂性片段和一个胞外的配基结合域构成。
表皮生长因子（EGF）通过与EGFR的胞外区结合调控细胞的增殖与分化。
临床研究表明，癌细胞中发生EGFR基因外显子19缺失、外显子20插入或外显子21突变的患者，应用靶向药物EGFR酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKI）易瑞沙治疗的有效率高达80%以上，而无此突变的患者则有效率不到20%。
同时，研究亦证实EGFR突变分布与临床上EGFR-TKI治疗有效人群一致，主要见于女性、腺癌、非吸烟者及亚裔患者。
实际治疗中，EGFR-TKI用药敏感的患者最终大多会产生耐药，其原因主要是由于EGFR基因外显子20的T790M突变（C-T）。
在2011年版《非小细胞肺癌临床实践指南（中国版）》中明确提出，EGFR外显子19缺失, 外显子21突变, 以及外显子18突变与肿瘤对酪氨酸激酶抑制剂（TKIs）的敏感度有重要关系。
大量研究数据表明EGFR 基因突变主要集中在酪氨酸激酶区(Tyrosine KinaseCodingdomain，18-21 外显子)，其中19 外显子多为框内缺失(746-753)性突变，约占所有突变的45％﹔ 21 外显子多为替代突变(主要是L858R)，约占所有突变的40％。
目前普遍认为，这两个热点突变可以增强肿瘤细胞对TKI 的敏感性，并且可作为TKI 治疗的有效预测指标。
因此，检测EGFR基因突变对于指导NSCLC 病人临床用药具有重要的参考价值。
30-40%NSCLC癌患者存在EGFR基因扩增，治疗非小细胞肺癌的部分靶向药物正是针对EGFR基因扩增的患者，研究表明，EGFR基因扩增的患者，应用Gefitinib/ Erlotinib的有效率为35%，疾病控制率高达70%。
2、KRAS基因突变指标说明：人类肺癌标本中存在活化的KRAS突变基因，而在相应的正常组织却未发现，数据证实在人细胞系中的发现与发生在人类癌症中体细胞突变确实相关。
105例非小细胞肺癌表皮生长因子受体基因突变分析
９ ￣ ２ ，５个 周 期 ， 火 温度 为 ６ ％ ，０ Ｓ 扩 增 ４Ｃ，０Ｓ ３ 退 ０ ３ ，
化 酶购 自大连 宝生 物工程 有 限公 司。 １４ 统计 学处 理 ． 采 用 Ｓ Ｓ １０统计 软件 分 析 ， Ｐ Ｓ１． 基 因突变 率 为该基 因突变 数／ 总标本 数 ， 因突变率 基 的 比较采 用 ｘ 检 验 。
２ 结 果
向治疗 的疗效之间的关 系成为研究的热点 ， 现探讨 Ｎ Ｃ Ｃ中 Ｅ Ｆ ＳＬ Ｇ Ｒ基 因突 变情 况 ， 以期 为 分 子靶 向治
疗提 供理论 基 础 。
１ 材料 与方 法
２ １ Ｅ Ｒ 突变 率 及 突变 类 型 １５例 Ｎ Ｃ Ｃ组 ． ＧＦ ０ ＳＬ 织中Ｅ Ｆ Ｇ Ｒ基 因突 变 率 为 ３ ．３ （５ １５ ， 中 ３３ ％ ３／ ０ ） 其
１１ 标 本 来 源 ．
选 取 ２０ ０９年 ４月 ～２ １ ００年 ８月
敏， 杨
青 ， 晓兰 ， 许 朱莹 莹
分 析表 皮生 长 因子 受体 （ Ｇ Ｒ） Ｅ Ｆ 在非 小 细胞
中男 ５ ０例 ， ５ 女 ５例 ， 龄 ４ 年 １～７ ６ ． １±６４ ） ４（０ １ ．７
肺癌 （ Ｓ Ｌ ） Ｎ Ｃ Ｃ 中的基 因突 变率 及 突 变类 型 。方 法 收 集
ｍｉ， ｎ 离心 弃上 清 ， 入 １ Ｄ ／ 白激 酶 Ｋ（０ｍｇ 加 ％Ｓ Ｓ 蛋 １ ／
突变约 占非小细胞肺癌总数的 ３ ． ３ ， ３３ ％ 其中 以外显子 １ ９和
实时荧光定量PCR法检测非小细胞肺癌EGFR基因突变的总结分析
结果
一、NSCLC 中 EGFR 的突变率及突变类型 采用 real-time PCR Taqman 探针法检测 101 例 NSCLC 标本， 共检出 EGFR 基因第 19 号、21 号外 显子突 变 21 例 （20.8%），突 变 率 分 别 为 61.9％（13/ 21）和 38.1％（8/21）。 试剂盒所包含的 4 个突变类型 （ 即 EGFR 外 显 子 19 的 del-E746-A750、del-L747P753insS 突变及外显子 21 的 L858R、L861Q 突 变 ） 中， 以 19 del-E746-A750 和 21 L858R 为主要突变 类型，发生率分别为 42.9%（9/21）和 38.1%（8/21）， del-L747-P753insS 突 变 检 测 到 4 例 ， 发 生 率 为 19.0%（4/21），而 21 L861Q 突变未检测到。 二、NSCLC 中 EGFR 的突变与临床病理的关系 1. 年 龄 ：101 例 NSCLC 患 者 ， 患 病 年 龄 33～ 84 岁，中位年龄为 58 岁，年龄大组（年龄≥58 岁） 中 EGFR 突变率为 22.0%（11/50），有高于年龄小组 （年龄<58 岁）的趋势（19.6%，10/51），但差异尚无统 计学意义（P＞0.05）。 2. 性 别 ：101 例 患 者 中 ， 女 性 占 43.6% （44/ 101），其 EGFR 基因突变率（27.3%,12/44）显著高于 男性（15.8%，9/57；P＜0.01）。 3. 病 理 类 别 ：101 例 标 本 中 ， 腺 癌 68 例 （67.3%），鳞癌 13 例（12.9%），大细胞肺癌以及其他 低分化癌 15 例（14.9%），腺鳞癌 5 例（4.9%）。 所有 EGFR 基因突变均发生于腺癌和腺鳞癌的标本中， 占腺癌和腺鳞癌总数的 28.8%（21/73）， 在鳞状细 胞癌（13 例）及其他分类（大细胞癌及低分化癌，共 15 例）中均未检测到 EGFR 基因突变。 4. 标本来源：在手术切除和活检/穿刺标本中， EGFR 突变的检出率分别为 30.0％（12/40）和 14.8％ （9/61）， 活检标本的检出率低于手术切除标本，差 异有统计学意义（P＜0.01）。
CEA、CA125、CYFRA21-1水平在EGFR-TKIs治疗EGFR突变阳性的非小细胞肺腺癌疗
㊃论著㊃基金项目:上海市科学技术委员会基础研究项目非小细胞肺癌患者化疗前后血清肿瘤标志物C A 125㊁C E A 的变化及预后研究(15J C 1403010)通信作者:乔田奎,E m a i l :qi a o t k @163.c o m C E A ㊁C A 125㊁C Y F R A 21-1水平在E GF R -T K I s 治疗EG F R 突变阳性的非小细胞肺腺癌疗效评估中的临床价值何一文1,乔田奎2(1.上海市金山区亭林医院肿瘤科,上海201505;2.复旦大学附属金山医院肿瘤科,上海201508) 摘 要:目的 探讨表皮生长因子受体(E G F R )突变的肺腺癌患者血清癌胚抗原(C E A )㊁糖类抗原125(C A 125)㊁细胞角蛋白19片段抗原21-1(C Y F R A 21-1)水平与表皮生长因子受体-酪氨酸激酶抑制剂(E G F R -T K I s )治疗效果的关系㊂方法 选择我院收治的E G F R 基因突变的晚期非小细胞肺癌(N S C L C )腺癌患者186例,均采用一代E G F R -T K I s 治疗,分析治疗前C E A ㊁C A 125㊁C Y F R A 21-1水平与无进展生存期(P F S )㊁总生存期(O S )的关系㊂结果 186例接受E G F R -T K I s 治疗的肺腺癌患者治疗后中位P F S 与O S 为8.8个月㊁22.9个月㊂C E A 水平升高的肺腺癌患者中位P F S ㊁O S (13.2个月,26.7个月)优于C E A 水平正常患者(8.1个月,12.8个月),C A 125水平升高患者中位P F S ㊁O S (13.5个月,26.8个月)优于C A 125水平正常患者(8.2个月,12.4个月),C Y F R A 21-1水平正常患者中位P F S ㊁O S (12.8个月,25.8个月)优于C Y F R A 21-1水平升高患者(8.3个月,13.5个月)(P <0.05)㊂结论 E G F R 突变肺腺癌患者C E A ㊁C A 125水平升高及C Y F R A 21-1水平正常是评价E G F R -T K I s 疗效的正性预测因素㊂关键词:癌,非小细胞肺;腺癌;表皮生长因子酪氨酸激酶抑制剂;癌胚抗原;C A -125抗原;预后中图分类号:R 730.26 文献标志码:A 文章编号:1004-583X (2021)03-0220-05d o i :10.3969/j.i s s n .1004-583X.2021.03.006C l i n i c a l v a l u e o fC E A ,C A 125,a n dC Y F R A 21-1l e v e l s i n e f f i c a c y ev a l u a t i o no f E G F R -T K I s i n t h e t r e a t m e n t o fE G F R m u t a t i o n -p o s i t i v e n o n -s m a l l c e l l l u n g ad e n o c a r c i n o m a H eY i w e n 1,Q i a oT i a n k u i21.D e p a r t m e n t o f O n c o l o g y ,T i n g l i n H o s p i t a l ,J i n s h a nD i s t r i c t ,S h a n g h a i 201505,C h i n a ;2.D e p a r t m e n t o f O n c o l o g y ,J i n s h a n H o s p i t a l o f F u d a nU n i v e r s i t y ,S h a n gh a i 201508,C h i n a C o r r e s p o n d i n g a u t h o r :Q i a oT i a n k u i ,E m a i l :qi a o t k @163.c o m A B S T R A C T :O b je c t i v e T o e x p l o r e t h e r e l a t i o n s h i p of t r e a t m e n t e f f e c t s b e t w e e n t h e c o r r e l a t i o n o f c a r c i n o e m b r y o n i c a n t ig e n (C E A ),c a r b oh y d r a t e a n ti g e n 125(C A 125),c y t o k e r a t i n 19f r a g m e n t a n t i ge n 21-1(C Y F R A 21-1)l e v e la n dc l i n i c a lef f e c to fe p i d e r m a lg r o w t hf a c t o rr e c e p t o r -t y r o s i n ek i n a s ei nhi b i t o r s (E G F R -T K I s )f o rl u n g a d e n o c a r c i n o m a p a t i e n t sw i t he p i d e r m a l g r o w t h f a c t o r r e c e p t o r (E G F R )m u t a t i o n .M e t h o d s O n eh u n d r e da n de i g h t ys i x p a t i e n t sw i t hE G F R m u t a t i o n so f a d v a n c e dn o n -s m a l l c e l l l u n g c a n c e r (N S C L C )f r o m o u rh o s p i t a lw e r es e l e c t e d .T h e f i r s t g e n e r a t i o no fE G F R -T K I sw a su s e df o r t h e r a p y,a n dt h ec o r r e l a t i o nb e t w e e nC E A ,C A 125,C Y F R A 21-1l e v e l b e f o r e t r e a t m e n t a n d p r o g r e s s i o n -f r e e s u r v i v a l (P F S ),o v e r a l l s u r v i v a l (O S )w a sa n a l y z e d .R e s u l t s T h em e d i a n P F Sa n dO S o f 186l u n g a d e n o c a r c i n o m a p a t i e n t s r e c e i v i n g EG F R -T K I s t r e a t m e n t a f t e r t r e a t m e n tw e r e 8.8m o n t h s a n d 22.9m o n t h s r e s p e c t i v e l y ,a n dt h em e d i a nP F Sa n d O So f l u n g a d e n o c a r c i n o m a p a t i e n t sw i t hh i ghC E Al e v e l (13.2m o n t h s ,26.7m o n t h s )w e r eb e t t e r t h a nt h o s eo f p a t i e n t sw i t hn o r m a lC E Al e v e l (8.1m o n t h s ,12.8m o n t h s ),t h em e d i a nP F Sa n d O So f p a t i e n t sw i t he l e v a t e dC A 125l e v e l (13.5m o n t h s ,26.8m o n t h s )w e r eb e t t e r t h a nt h o s eo fpa t i e n t sw i t hn o r m a lC A 125l e v e l (8.2m o n t h s ,12.4m o n t h s ),t h e m e d i a n P F Sa n d O So f p a t i e n t s w i t hn o r m a l C Y F R A 21-1l e v e l (12.8m o n t h s ,25.8m o n t h s )w e r eb e t t e r t h a nt h o s eo f p a t i e n t sw i t he l e v a t e dC Y F R A 21-1l e v e l (8.3m o n t h s ,13.5m o n t h s )(P <0.05).C o nc l u s i o n I t i s p o s i t i v e p r ed i c t o r s f o re v a l u a t i n g t h eef f i c a c y ofE G F R -T K I s ,t h a t t h e e l e v a t e d l e v e l s o f C E Aa n dC A 125a n d n o r m a l l e v e l s o f C Y F R A 21-1i n p a t i e n t sw i t hE G F R -m u t a n t l u n ga d e n o c a r c i n o m a .K E Y W O R D S :c a r c i n o m a ,n o n -s m a l l -c e l l l u n g ;l u n g a d e n o c a r c i n o m a ;e p i d e r m a l -g r o w t hf a c t o r r e c e p t o r t y r o s i n e k i n a s e i n h i b i t o r s ;c a r c i n o e m b r y o n i c a n t i g e n ;C A -125A n t i g e n ;p r o gn o s i s ㊃022㊃‘临床荟萃“ 2021年3月20日第36卷第3期 C l i n i c a l F o c u s ,M a r c h20,2021,V o l 36,N o .3Copyright ©博看网. All Rights Reserved.非小细胞肺癌(N S C L C)是死亡率极高的恶性肿瘤,大部分患者确诊时已为晚期,化疗成为首选的治疗方式,但效果并不理想,5年生存率仅为16.8%[1]㊂随着分子生物学研究的发展,表皮生长因子受体(E G F R)基因检测可为N S C L C靶向治疗提供依据㊂临床研究证实,表皮生长因子受体-酪氨酸激酶抑制剂(E G F R-T K I s)能够使E G F R阳性的N S C L C患者明显获益,可作为这部分患者的一线治疗方案[2]㊂已有研究表明,血清癌胚抗原(C E A)㊁糖类抗原125(C A125)㊁细胞角蛋白19片段抗原21-1(C Y F R A21-1)等肿瘤标志物是N S C L C诊断㊁治疗与预后评价的有效辅助指标[3-5],但对于上述指标是否可作为预测E G F R阳性的N S C L C患者接受E G F R-T K I s治疗效果的指标,目前研究结论仍存在争议㊂已有研究表明,肺腺癌患者E G F R阳性率超过50%,而肺磷癌患者E G F R阳性率低于5%[6]㊂本研究旨在探讨E G F R阳性的N S C L C肺腺癌患者C E A㊁C A125㊁C Y F R A21-1水平与E G F R-T K I s治疗效果的关系,报道如下㊂1资料与方法1.1病例选择选择2014年1月~2017年12月上海市金山区亭林医院收治的N S C L C患者186例,年龄33~86岁㊂纳入标准:(1)经病理及免疫组化检查确诊N S C L C;(2)临床分期为Ⅲb㊁Ⅳ期;(3)病理类型为腺癌;(4)E G F R基因检测阳性;(5)首次接受E G F R-T K I s治疗,均采用一代E G F R-T K I s药物㊂1.2方法1.2.1 E G F R基因检测采用P C R-S a n g e r测序法实施E G F R基因检测,仪器为A B I S e q u e n c e A n a l y z e r㊂标本来源:气管镜活检51例,肺穿刺活检69例,胸水沉淀包埋29例,手术标本22例,淋巴结活检15例㊂1.2.2 C E A㊁C Y F R A21-1㊁C A125检测E G F R-T K I s治疗前采集空腹静脉血,采用电化学发光免疫法检测C E A㊁C A125㊁C Y F R A21-1水平㊂仪器为罗氏C O B A S6000及配套试剂盒㊂结果判定标准: C E A㊁C A125㊁C Y F R A21-1水平升高的临界值分别为5n g/m l㊁35U/m l㊁3.3n g/m l㊂1.2.3疗效评定及生存指标治疗后1个月复查,此后每2个月随访1次㊂近期疗效指标:按照实体瘤的疗效标准(R E C I S T1.1)[7]:①完全缓解(C R):全部目标病灶完全消失,且该效果持续时间ȡ4周;②部分缓解(P R):肿瘤最大直径缩小ȡ30%,且该效果持续时间ȡ4周;③稳定(S D):肿瘤最大直径明显缩小但未达到①②项标准;④进展(P D):肿瘤最大直径增大ȡ20%或病灶继续增多㊂疾病控制率(D C R)=C R+P R+S D㊂生存指标:无进展生存期(P F S)指接受E G F R-T K I治疗至随访发现疾病进展或未进展死亡的时间;总生存期(O S)指接受E G F R-T K I治疗至死亡或随访结束时间㊂1.3统计学方法应用S P S S19.0软件进行统计分析㊂计数资料采用百分比进行描述;计量资料非正态分布采用中位数表示,采用非参数K r u s k a l-W a l l i s 检验;单因素生存分析采用K a p l a n-M e i e r法并行L o g-r a n k检验;多因素生存分析采用C o x比例风险模型㊂P<0.05表示差异有统计学意义㊂2结果2.1近期疗效治疗后C R0例,P R124例,S D51例,P D11例,D C R175例(94.09%)㊂2.2随访结果所有患者随访时间10~63个月,死亡98例(52.69%),生存86例(46.24%),失访2例(1.08%);中位P F S与O S为8.8个月㊁22.9个月㊂不同临床特征患者中位P F S与O S见表1㊂2.3影响患者P F S㊁O S的危险因素分析将年龄㊁性别㊁体力状况评分(P S评分)㊁临床分期㊁是否吸烟㊁E G F R基因㊁E G F R-T K I s治疗药物㊁是否发生远处转移㊁C E A水平㊁C A125水平㊁C Y F R A21-1水平纳入生存分析,分别以复发㊁死亡为终点事件,用K a p l a n-M e i e r法绘制生存曲线并行L o g-r a n k检验,显示P S评分2~4分㊁存在远处转移㊁C E A水平正常㊁C A125水平正常㊁C Y F R A21-1水平升高是复发㊁死亡的危险因素(P<0.01)㊂不同C E A㊁C A125㊁C Y F R A21-1水平患者P F S㊁O S生存曲线见图1~6㊂将上述自变量纳入C o x比例风险回归模型,显示P S 评分2~4分㊁C E A水平正常㊁C A125水平正常㊁C Y F R A21-1水平升高是影响P F S㊁O S的独立危险因素(P<0.01),见表2~4㊂㊃122㊃‘临床荟萃“2021年3月20日第36卷第3期 C l i n i c a l F o c u s,M a r c h20,2021,V o l36,N o.3Copyright©博看网. All Rights Reserved.表1不同临床特征患者随访结果项目例数中位P F S(月)Z值P值中位O S(月)Z值P值年龄(岁)ɤ70 >70158288.910.30.7930.48922.823.90.8210.437性别男女7910710.78.50.8770.41323.722.00.3630.816P S评分0~1 2~4157299.84.94.249<0.0123.79.45.824<0.01临床分期Ⅲb Ⅳ111759.28.60.6110.52323.522.70.4820.724E GF R基因19外显子缺失突变1078.823.721外显子错义突变727.90.9230.38419.41.0340.202其他79.320.2E GF R-T K I s治疗埃克替尼1098.920.8吉非替尼519.60.2840.94122.50.8620.433厄洛替尼2610.823.1远处转移是否651216.911.04.146<0.0113.825.94.724<0.01C E A水平(n g/m l) ɤ5>5641228.113.24.071<0.0112.826.75.643<0.01C A125水平(U/m l) ɤ35>35571298.213.53.954<0.0112.426.85.923<0.01C Y F R A21-1(n g/m l) ɤ3.3>3.31058112.88.34.672<0.0125.813.55.028<0.01表2赋值表变量赋值变量赋值年龄ɤ70岁=0;>70=1E G F R-T K I s治疗埃克替尼=1;吉非替尼=2;厄洛替尼=3性别男=0;女=1是否远处转移否=0;是=1;P S评分0~1分=0;2~4分=1C E A水平ɤ5n g/m l=0;>5n g/m l=1临床分期Ⅲb=0;Ⅳ=1C A125水平ɤ35U/m l=0;>35U/m l=1E GF R基因19外显子缺失突变=1;21外显子错义突变=2;其他=3C Y F R A21-1水平ɤ3.3n g/m l=0;>3.3n g/m l=1表3影响患者P F S的独立危险因素变量回归系数标准误W a l dχ2值P值O R值95%C I下限上限P S评分(2~4分)1.9560.52317.853<0.015.7532.5389.838C E A水平-1.2560.4249.824<0.013.9641.1635.637C A125水平-1.4420.43212.532<0.014.2341.5455.853C Y F R A21-1水平1.8950.49514.828<0.014.5331.8247.725表4影响患者O S的独立危险因素变量回归系数标准误W a l dχ2值P值O R值95%C I下限上限P S评分(2~4分)1.3510.51713.728<0.014.7282.0427.265C E A水平-0.9370.4856.6280.0052.3431.0424.274C A125水平-1.0430.5249.292<0.013.7921.1434.544C Y F R A21-1水平1.1940.49711.372<0.014.1641.1566.622㊃222㊃‘临床荟萃“2021年3月20日第36卷第3期 C l i n i c a l F o c u s,M a r c h20,2021,V o l36,N o.3Copyright©博看网. All Rights Reserved.图1不同C E A水平患者P F S生存曲线图2不同C A125水平患者P F S生存曲线图3不同C Y F R A21-1水平患者P F S生存曲线图4不同C E A水平患者O S生存曲线图5不同C A125水平患者O S生存曲线图6不同C Y F R A21-1水平患者O S生存曲线3讨论随着肿瘤免疫治疗技术的发展,E G F R-T K I s治疗已进入临床领域,成为E G F R基因阳性的晚期N S C L C患者的一线治疗方法㊂但是目前N S C L C疗效评估的主要手段是影像学检查,包括C T扫描测量肿瘤病灶的大小,而靶向治疗临床实践发现,T K I治疗耐药后病情可发生缓慢或暴发性的进展,部分患者在影像学指标完全稳定的情况下,其血清监测指标已处于急剧增高状态,随后病情发生暴发性进展[8]㊂因此应用R E C I S T标准评估靶向治疗的疗效可能存在一定的滞后性,导致延误治疗时机[9]㊂寻找早期准确评估E G F R-T K I s疗效的敏感指标具有重要的临床意义㊂C E A是最早被发现并应用于临床的一种非器官特异性肿瘤抗原,广泛存在于肺㊁乳腺和胃肠等腺癌组织中[3]㊂已有研究表明,肺癌细胞能够合成及释放C E A,肺腺癌患者C E A阳性率高达70%,明显高于鳞癌患者[10],且C E A水平明显升高与肿瘤转移和复发相关[11]㊂卢畅等[12]研究报道,C E A升高与肺腺癌E G F R基因阳性具有相关性,是预测E G F R-T K I s 疗效的正性独立预后因素㊂高原等[13]研究也报道, C E A水平能够评估E G F R基因突变肺腺癌患者接受E G F R-T K I s治疗的预后,C E Aȡ25n g/m l的患者疾病控制率较高㊂本研究结果显示,C E A水平升高患者中位P F S㊁O S(13.2个月,26.7个月)优于C E A水平正常患者(8.1个月,12.8个月),与上述研究结论一致,进一步证实C E A水平可预测E G F R-T K I s疗效㊂C A125是黏蛋白类物质,由于细胞基膜的屏障功能,C A125较少进入血液,在健康人血清中浓度极低;当组织恶变或肿瘤浸润破坏这种屏障功能时, C A125释放进入血液中[4]㊂C A125半衰期仅为4.8 d,其检测结果能够有效反映肿瘤组织的近期变化状态,对于评估治疗效果具有重要的参考价值[14]㊂段素华等[15]报道,C A125水平在肺癌患者中明显升高,用于肺癌诊断灵敏度高达91.3%㊂I V期N S C L C 患者C A125水平高于ⅢB期患者,且与组织类型㊁转移与复发相关,可作为独立的预后指标[16]㊂本研究结果显示,C A125水平升高患者中位P F S㊁O S(13.5个月,26.8个月)优于C A125水平正常患者(8.2个月,12.4个月),提示C A125水平是E G F R-T K I s治疗预后的预测因素㊂C Y F R A21-1是应用较多的肿瘤标志物,表达于肺部组织,其含量在N S C L C患者血循环中明显升高,对N S C L C的诊断㊁转移筛查有参考价值[17]㊂本研究结果显示,C Y F R A21-1水平正常患者中位P F S㊁O S(12.8个月,25.8个月)优于C Y F R A21-1水平升高患者(8.3个月,13.5个月)(P<0.05),分析其原因可能与肿瘤的异质性及病理活检的误差有关㊂有研究认为,由于肿瘤组织的异质性,采用小标本病理活检可能出现一定误差,不能完全正确评估整体的病理组织类型[18]㊂本研究中标本来源包括气㊃322㊃‘临床荟萃“2021年3月20日第36卷第3期 C l i n i c a l F o c u s,M a r c h20,2021,V o l36,N o.3Copyright©博看网. All Rights Reserved.管镜㊁肺穿刺活检等,大多数为小标本活检㊂与C E A㊁C A125不同,C Y F R21-1主要在鳞癌患者中高表达[19]㊂本研究中肺腺癌患者C Y F R21-1水平异常升高,推测可能由于肿瘤异质性与小标本活检误差,导致混有鳞癌成份㊂已有研究表明,E G F R-T K I s治疗获益较多的患者主要是E G F R阳性的肺腺癌患者,大部分鳞癌患者E G F R-T K I s疗效不佳[20]㊂因此我们推测,本研究中C Y F R A21-1水平升高的部分患者中,可能因肿瘤组织类型的影响,E G F R-T K I s 疗效较低㊂但肿瘤微环境具有复杂性与多态性特点,关于C E A㊁C A125㊁C Y F R21-1水平对E G F R-T K I s疗效的影响,还需要更多研究深入探讨㊂本研究结果显示,C E A㊁C A125㊁C Y F R21-1水平不同对患者P F S和O S均有影响,但国外研究认为C Y F R21-1等水平的差异仅能预测P F S,而对O S没有影响㊂分析其原因可能是由于本研究中大部分患者(51例,27.42%)经E G F R-T K I s治疗后,在病情出现进展时均选择姑息治疗,而未再接受化疗等积极治疗,因此导致O S进一步缩短,即E G F R-T K I s 疗效明显影响患者O S㊂综上所述,E G F R突变肺腺癌患者C E A㊁C A125水平升高及C Y F R A21-1水平正常是评价E G F R-T K I s疗效的正性预测因素㊂由于小标本病理活检㊁回顾性研究的局限性等不足之处,本研究结论也需要更多研究加以验证㊂参考文献:[1]S i n g a lG,M i l l e r P G,A g a r w a l a V,e ta l.A s s o c i a t i o n o fp a t i e n t c h a r a c t e r i s t i c s a n d t u m o r g e n o m i c s w i t h c l i n i c a lo u t c o m e s a m o n g p a t i e n t sw i t hn o n-s m a l l c e l l l u n g c a n c e r u s i n ga c l i n i c o g e n o m i c d a t ab a s e[J].J AMA,2019,321(14):1391-1399.[2] E t t i n g e rD S,W o o dD E,A k e r l e y W,e t a l.N C C N g u i d e l i n e si n s i g h t s:n o n-s m a l l c e l l l u n g c a n c e r,V e r s i o n4.2016[J].JN a t l C o m p rC a n cN e t w,2016,14(3):255-264. 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基因比较分析中软件性能评价
基因比较分析中软件性能评价随着生物技术和基因测序技术的不断发展，人们对基因比较分析的需求也越来越高。
基因比较分析是一种通过比较不同生物个体或物种的基因组，在基因序列、结构和功能等方面进行比较和分析的方法。
而对于大规模的基因比较分析研究，科学家和研究人员通常会使用一些专门的软件来辅助完成这一任务。
在进行基因比较分析研究时，软件的性能评价是非常重要的，下面将介绍基因比较分析中软件性能评价的相关内容。
一、软件性能评价的背景基因比较分析是一个复杂而庞大的任务，需要进行大规模的基因序列、结构和功能的比较和分析。
而这些工作量庞大，需要消耗大量的计算资源和时间。
因此，科学家和研究人员通常使用一些专门的软件来辅助进行基因比较分析。
然而，不同的软件在性能方面存在差异，而准确评价软件的性能对于科研工作的推进和进展具有重要意义。
二、软件性能评价的指标在进行基因比较分析中，常用的软件性能指标有：计算时间、内存占用、准确性和可扩展性。
1. 计算时间：计算时间是衡量软件性能的重要指标之一。
基因比较分析通常涉及到大规模的数据量和复杂的计算过程，因此，较短的计算时间能够提高研究效率和节约资源。
2. 内存占用：基因比较分析需要大量的内存资源来存储和处理基因组数据。
软件的内存占用量直接关系到其在大规模数据处理中的性能表现，较低的内存占用更有利于提高软件的运行效率。
3. 准确性：在基因比较分析中，准确性是评价软件性能的核心指标之一。
软件应能够准确地比较和分析基因序列、结构和功能等信息，以获取准确的结果。
4. 可扩展性：随着技术的不断发展和数据量的不断增加，基因比较分析的规模也在不断扩大。
因此，软件的可扩展性是评价软件性能的重要因素。
软件应具备良好的可扩展性，以适应不断增长的数据量和复杂度。
三、常用的软件性能评价方法为了评价基因比较分析中软件的性能，科学家和研究人员通常会采用一些常用的评价方法和技术。
1. 性能测试：性能测试是一种通过模拟实际的工作负载来测量和评估软件性能的方法。
非小细胞肺癌p53、FHIT、K-RAS基因突变与吸烟相关性Meta分析
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马 列， 赵明静 ， 群 ， 王 李秀林 ， 王笑歌
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单中心非小细胞肺癌患者KRAS基因突变分析
Q61H,3.4% Q22K, 3.4% Q61I./KII7N,
3.4%
Q61L, 20.7%
GI2C.31.0%
G13C.3.4%
G13D, 6.9%
G12D, 13.8%
G12Y 13.8% 图1 29例KRAS突变的非小细胞肺癌患者各种密码子突变
频率分布
2.2 KRAS Q61L突变频率与文献报道数据比较 与欧美人群、东亚人群的数据比较,本研究Q61L
1.2方法 1.2.1标本采集 肿瘤组织用10%中性缓冲福尔马林 固定过夜,常规石蜡包埋,由病理学家进行病理诊断 和肿瘤纯度检测,肿瘤组织大于10%的样本用于DNA 提取。采集外周血10 mL于Streck管内，1600 g离心 10 min,取上清血浆样本于2 mL EP管，再16 000 g 离心10 min,抽取上清于2 mL EP管保存于-80益用于 后续分析。
者KRAS总突变率与东亚人群报道的突变率相似，但密码子Q61L突变频率显著高于文献报道,KRAS Q61L是
该中心NSCLC患者的一个重要的驱动突变。
［关键词］非小细胞肺癌；KRAS Q61L突变；吸烟史
［中图分类号］R73
［文献标识码］A
［文章编号］1673-7210(2021)06(a)-0034-05
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非小细胞肺癌突变基因分析软件
2. 性能指标
2.1 通用要求
2.1.1 处理对象
Illumina平台基因测序仪产生的测序数据，格式为：.Fastq。
2.1.2 最大并发数
仅支持单一用户模式。
2.1.3 数据接口
前端服务器和后端服务器接口为：RJ45。
数据传输协议：HTTP。
2.1.4 特定硬件
Illumina平台基因测序仪。
2.1.5 临床功能
软件提供账户管理、样本信息管理、突变分析（重新分析）以及报告（导出报告、重新生成）。
账户管理：普通用户具有用户登录、登出、修改密码的功能；系统管理员用户除具有普通用户的功能外还有添加、编辑和删除用户的功能。
样本信息管理具有录入和修改样本信息、查询和展示样本信息的功能。
突变分析功能：监测分析测序仪产生的原始数据,自动化分析并且生成原始结果，主要分为三个阶段：
1）等待测序仪数据下机上传，此时用户界面的分析进度条为空白。
2）测序完成后样本的分析进度由空白变为橙色开始分析。
数据分析共包含5个步骤，分别是原始数据比对、数据质控分析、单碱基突变插入缺失突变分析、基因融合分析、分析结果汇总形成原始结果。
3）在数据分析期间，用户界面具有相应的分析进度展示、分析开始和结束时间统计以及分析预警功能，系统管理员用户具有在分析异常情况下重新进行分析的功能。
报告功能：依据配套的产品的报告范围，对原始的突变结果进行判断筛选形成最终的PDF报告，普通用户可以导出和查看报告，系统管理员用户具有重新生成报告的功能。
2.1.6 使用限制
a) 软件仅适用于分析“人EGFR/ALK/BRAF/KRAS基因突变联合检测试剂盒（可逆末端终止测序法）”在Illumina平台基因测序仪上进行测序实验产生的二代测序原始数据，格式为：.Fastq。
b) 用户登录的密码长度不得少于7位，且需至少包含数字、字母、特殊字符中的任意两种
c) 软件每批运行分析的样本数量最小为1个，最大为36个。
d）每批样本必须包含1个阳性质控品，1个阴性质控品。
2.1.7 用户访问控制
2.1.7.1 用户身份鉴别
使用不同的用户名、密码来进行用户身份鉴别。
2.1.7.2 用户类型及权限
（1）系统管理员
系统管理员具有软件所有操作权限，除此之外具有创建用户、编辑用户、删除用户、重新分析和重新生成报告的权限。
（2）普通用户
由系统管理员进行创建和管理。
普通用户具有提交修改样本信息、进行突变分析以及报告生成和下载的权限。
系统管理员和普通用户具体的权限见下：
重新分析功能无权限有权限
报告生成和下载功能有权限有权限
重新生成报告功能无权限有权限
2.1.8 版权保护
基于MAC地址绑定实现版权保护。
2.1.9 用户界面
浏览器、视窗、菜单。
2.1.10 消息
软件的消息机制包含提示、报错、确认。
提示一般为操作完成或操作过程信息提醒事件。
报错为数据操作不符合软件规定或软件运行发生错误时的消息提醒。
确认一般为执行软件中某项功能时询问用户确认继续/取消的消息机制。
2.1.11 可靠性
非小细胞肺癌突变基因分析软件的源数据采用多节点备份机制自动备份，以便系统发生故障或操作错误情况下，可以查找到备份数据并恢复，保障数据不会丢失。
2.1.12 维护性
软件实时进行运行状况以分析日志的方式进行记录存储，系统管理员和普通用户均可查看。
2.1.13 效率
在2.1.14要求的最低配置环境下，软件功能模块应当符合以下运行效率要求：
序号功能运行测试运行时间
1 账户管理登录成功/登出成功<5秒
2 突变分析满载运行分析<600分钟半载运行分析<400分钟单样本运行分析<100分钟
3 样本信息管理调取样本分析结果报告<5秒
2.1.14 运行环境
分析软件前端硬件配置：
处理器：CPU 2颗，8核/颗，主频2.0GHz 以上
存储器：内存16G及以上，硬盘300G及以上
●分析软件前端软件环境：
系统软件：WINDOWS server 2012 R2 操作系统；
支持软件：OFFICE 2010，Firefox 65、Chrome 73及其以上版本
●分析软件后端硬件配置：
处理器：CPU 2颗，24核/颗，主频2.5GHz及以上
存储器：内存64G及以上，硬盘6TB及以上
●分析软件后端软件环境：
系统软件：linux 64位操作系统CentOS 6.8，GNOME2.28.2
支持软件：gridengine-6.2u5
●网络条件：
网络架构：B/S架构(浏览器/服务器)
网络类型：局域网
带宽：≥千兆网络
2.2 质量要求
符合GB/T 25000.51-2016第5章的要求。
2.3 存储介质要求
软件的存储介质为移动硬盘，外观不得有划痕、破损、变形等缺陷，外包装上应有软件名称、型号、生产厂家等标识。