PCR-DGGE技术分析塔式蚯蚓生态滤池微生物群落结构

合集下载

环境微生物群落结构的分析及环境评价

环境微生物群落结构的分析及环境评价随着社会的不断发展和环境污染的逐渐严重，人们对环境问题的关注也达到了空前的高度。

环境微生物学作为一个新兴的学科，其研究对象和手段的新颖性和创新性，为人们提供了一种新的思路和方法，用以掌握环境微生物的群落结构和变化规律，评价自然环境的污染程度和生态健康状况。

一、环境微生物群落结构的分析方法1.1 基于16S rRNA基因测序技术的微生物群落分析16S rRNA基因是微生物的保守序列，很适合作为微生物群落结构分析的指标。

借助PCR技术，可以从环境样品中扩增出16S rRNA基因，再直接进行纯化和测序。

通过建立微生物分类系统的非常强的分子学根据，可以将所分析的微生物分为不同的菌种、属、门等，用以研究群落的结构和变化规律。

1.2 基于群体和单细胞到单分子水平的微生物学方法通过观测微生物的功能基因表达、代谢物产生和代谢途径，可以分析微生物的菌种和群落结构，例如分子探针技术、单细胞测序技术、荧光原位杂交技术等。

此类技术可以更全面地反映微生物菌种的多样性和群落结构的动态变化。

1.3 基于PCR-DGGE技术的微生物群落分析PCR-DGGE技术将PCR产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，通过电泳图谱的条带形状和强度大小，可以反映微生物菌种的多样性和数量变化。

初步的PCR-DGGE图谱分析可以给出一个群落结构的初步认识，并为后续更加精细的分析奠定基础。

二、环境微生物群落结构的影响因素和变化规律2.1 水质及其它环境指标水质和其他环境指标的变化，如pH、溶解氧、温度、光照等，都会在一定程度上影响微生物群落结构的组成和变化。

例如水温的变化可能导致某些菌种的扩增和优势，而光照的变化可以有效地消灭一些微生物的生长和繁殖。

2.2 自然环境特征不同的自然环境特征，如水域的深度、流速、植被分布等等，都可能导致不同水体微生物群落的组成和变化，这些变化反映在群落的多样性和稳定性等方面。

例如，在缺氧的环境中，细菌可能会处于无氧呼吸代谢状态，并放出甲烷等有机物质，大量增加甲烷氧化菌等群落。

应用DGGE研究微生物群落时的常见问题分析

［;9］
。应用 “ G1 夹板” 技术可使检出率
应用 !""# 研究微生物群落时的常见问题分析
邢德峰，任南琪"
（哈尔滨工业大学市政环境工程学院哈尔滨 &($$.$）
摘
要：变性梯度凝胶电泳（G008）是通过核酸片段对微生物群落进行研究，可以监测未培养细菌及其功能基因，
被广泛地应用于微生物群落多样性和动态分析，并成为微生物分子生态学研究中的重要手段之一。文中论述了并提出了相应的解决方法。全面分析了样品预处理过程和 HIJ 扩增效果对 G008 操作过程中遇到的常见问题，探讨了 G008 图谱的优化过程和图谱分析方法，并对 G008 的应用前景进行了综述。 G008 分析的影响，关键词：G008；微生物群落；微生物分子生态学；图谱分析；排序中图分类号：K.%1L& 文献标识码： ) 文章编号： $$$&4"#$.（#$$"）$#4$%%&4$( 的操作过程，对一些常见问题进行了整理和分析，并提出了相关的解决办法。
" 通讯作者。 23-： 1"4!(&41"#1#&&$； 567： 1"4!(&41"#1#$$1； 8496,-：+:;< =,> ? 3@A ? B:，,7@C< D6=EE? BE9? B:
作者简介：邢德峰（&.// F ），男，黑龙江人，博士研究生，研究方向为环境生物技术。 8496,-：,7@C< D6=EE? BE9? B: 收稿日期：接受日期：修回日期： #$$(4&$4#(； #$$(4&#4$(； #$$(4&#4&%

PCR_DGGE技术用于湖泊沉积物中微生物群落结构多样性研究

第26卷第11期2006年11月生态学报ACT A EC O LOGIC A SI NIC AV ol.26,N o.11N ov.,2006PCR 2D GGE 技术用于湖泊沉积物中微生物群落结构多样性研究赵兴青,杨柳燕3,陈　灿,肖　琳,蒋丽娟,马 ,朱昊巍,于振洋,尹大强(污染控制与资源化研究国家重点实验室,南京大学环境学院,南京　210093)基金项目:国家“973”资助项目(2002C B412307);国家重大水环境专项资助项目(2002AA601011);国家自然科学基金资助项目(40371102)收稿日期:2006204212;修订日期:2006207212作者简介:赵兴青(1974～),女,江苏高邮人,博士生,主要从事环境微生物生态学.3通讯作者C orresponding author.E -mail :yangly @Found ation item :The project was financially supported by National “973”Project ,China (N o.2002C B412307);National “863”Project ,China (N o.2002AA601011);The National Natural Science F oundation of China (N o.40371102)R eceived d ate :2006204212;Accepted d ate :2006207212Biography :ZHAO X ing 2Qing ,Ph.D.candidate ,mainly engaged in environmental m icrobial ecology.摘要:采用PCR 2DGGE 分子指纹图谱技术比较南京市玄武湖、莫愁湖和太湖不同位置的表层沉积物微生物群落结构,研究结果表明,三湖泊沉积物微生物的16S rDNA 的PCR 扩增结果约为626bp ,为16S rDNA V3～V5区特异性片段。

基于PCR—DGGE技术分析不同深度土壤层细菌的群落结构

层自下向上各层香农指数分别为１．５６、１．５９、１．５４、１．５７、１．５７、１．５７、１．５９、１．５４、１．５９、１．５９、１．５９。不同深度土壤层优势菌群数量和种类经测序分析并将结果在ＮＣＢＩ数据库比对，主要的优势菌属为Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏ —
ｕｍｇｒｏｕｐ．Ｔｈｅｓａｍｐｌｅｓｗｅｒｅｆｒｏｍ５０ｃｍ／４５ｃｍ／４０ｃｍ／３５ｃｍ／３０ｃｍ／２５ｃｍ／２０ｃｍ／１５ｃｍ／１０ｃｍ／／５ｃｍ／０ｃｍａ — ｗａｙｔｈｅｓｕｒｆａｃｅｉｎｔｈｅｓａｍｅｐｌａｃｅ．ＴｏｔａｌＤＮａｆｒｏｍｓｏｉｌｗｅｒｅｅｘｔｒａｃｔｅｄｕｓｉｎｇＳＤＳｐｈｅｎｏｌ／ｃｈｌｏｒｏｆｏｒｍ／ｉｓｏａｍｙｌａｌｃｏｈｏｌ
ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ、ＣｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａＧａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａＯｓｃｉｌｌａｔｏｒｉｏｐｈｙｃｉｄｅａｅＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｄｅｈａｐ —

PCR-DGGE技术在微生物物种多样性研究中的局限性及其解决措施

PCR-DGGE技术在微生物物种多样性研究中的局限性及其解决措施马俊孝;季明杰;孔健【期刊名称】《食品科学》【年(卷),期】2008(029)005【摘要】变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术目前已经成为研究微生物物种多样性和动态变化的分子检测工具之一.该技术不依赖于微生物的分离培养,便能快速、准确地获取复杂样品中微生物的菌群组成及其遗传信息,因此被广泛应用于微生物生态学、食品微生物学等领域.但DGGE技术存在一定的局限性,有时会造成分析结果的偏差.本文简单概述了DGGE技术的基本原理及其在微生物群落分析中的应用,重点对造成DGGE结果偏差的因素,如DNA 提取、PCR扩增、DGGE条件以及DGGE图谱分析等进行讨论,并提出相应的解决措施,旨在对DGGE检测结果的分析提供参考.【总页数】5页(P493-497)【作者】马俊孝;季明杰;孔健【作者单位】山东大学,微生物技术国家重点实验室,山东,济南,250100;山东大学,微生物技术国家重点实验室,山东,济南,250100;山东大学,微生物技术国家重点实验室,山东,济南,250100【正文语种】中文【中图分类】Q939.97【相关文献】1.PCR-DGGE技术在智能化沼气池微生物多样性研究中的应用 [J], 徐庆贤;官雪芳;林碧芬;林斌;钱蕾2.PCR-DGGE与Biolog技术在土壤微生物多样性研究中的比较 [J], 邢华铭;杜海涛;张黎黎;程景3.PCR-DGGE 技术在哺乳动物胃肠道微生物多样性及菌群结构研究中的应用 [J], 葛铮;赵晗旭;高云航;马红霞;张福君4.PCR-DGGE技术在生殖道内微生物研究中的应用 [J], 刘勋;王军;贺明;易金云;刘畅;吕文发5.PCR-DGGE技术在城镇供排水系统微生物多样性研究中的应用 [J], 贾淑宇;张克峰;逯南南;王明泉;赵清华;孙韶华;贾瑞宝因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

PCR-DGGE技术在环境微生物研究中的应用

PCR-DGGE技术在环境微生物研究中的应用发表时间：2018-06-27T09:26:47.157Z 来源：《基层建设》2018年第12期作者：陈佩佩[导读] 摘要：PCR-DGGE技术目前已被广泛应用于环境微生物领域。

温州市环境发展有限公司浙江温州 325000摘要：PCR-DGGE技术目前已被广泛应用于环境微生物领域。

介绍了PCR-DGGE技术的原理及其优点，概述了PCR-DGGE技术在环境工程废水微生物处理中的应用，分析了PCR-DGGE技术用于生物处理系统中微生物群落多样性和动态性研究的现状，并展望了其应用前景。

关键词：PCR-DGGE技术；微生物；应用变性梯度凝胶电泳（denatured gradient gel electrophoresis，DGGE）技术是目前研究微生物群落结构主要分子生物学方法之一[1]。

该技术系由Fischer和Lerman于1979年最先提出一种用于检测DNA突变电泳技术，该技术使传统琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测分辨精确度提高至一个核苷酸残基差异水平。

Muyzer等在1993年首次将DGGE电泳检测技术应用于微生物群落结构研究，并指出该技术在揭示自然界微生物群落遗传多样性和种群差异方面具有明显优势。

DGGE技术能快速、准确鉴定自然环境或人工环境中微生物种群，并能揭示复杂微生物群落结构演替规律、微生物种群动态、基因定位和表达调控的评价分析，已被广泛应用于微生物分子生态学研究各领域。

1 PCR-DGGE技术原理DGGE技术是使用具有化学变性剂梯度的聚丙烯酰胺凝胶对DNA进行电泳，该凝胶电泳时能够有区别地解链PCR扩增产物。

在进行变性梯度凝胶电泳时，长度相同而在碱基序列上存在差异的DNA双链的解链需要不同的变性剂浓度。

序列不同的DNA片段就会在各自想用的变性剂浓度下变性，发生空间构型的变化。

起初双链DNA以现状向正极移动，随着变性剂浓度的增加，DNA中具有低G+C含量的序列的部分被打开，而高G+C含量的部分仍保持双链。

基于PCR-DGGE技术分析生物絮团的细菌群落结构

基于PCR-DGGE技术分析生物絮团的细菌群落结构夏耘;郁二蒙;谢骏;余德光;王广军;李志斐;王海英;龚望宝【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2012(036)010【摘要】在草鱼养殖过程中添加碳源(葡萄糖)维持水体C∶N为20∶1以培养生物絮团,通过对生物絮团细菌群落构成进行种类鉴定来评价生物絮团中功能微生物的组成.采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术分析生物絮团形成第5、10和15天的细菌群落结构.DGGE指纹图谱结果分析表明:第5天和第10天的相似性最高,达67.4％；第5天和第15天相似性系数最低仅为40.5％.第10天时微生物多样性最高,第15天时多样性最低.对DGGE指纹图谱特征条带进行回收、克隆测序,结果表明,生物絮团培养过程主要微生物类群隶属于以下6个纲:α-变形菌纲( Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、β-变形菌纲( Betaproteobacteria)、放线菌纲(Actinobacteria)、芽孢杆菌纲(Bacilli)、拟杆菌纲(B acteroidetes),其中α-、β-及γ-变形菌占据主要位置.α-proteobacteria 为3个阶段的共有优势菌,第5天时特异菌包括食酸菌属(Acidovorax)、气单胞菌属(Aeromonas)、土壤杆菌属(Agrobacterium),第10天和15天分别为芽孢杆菌属(Bacillus)与红球菌属(Rhodococcus).研究首次发现,生物絮团应用于淡水养殖系统时细菌的组成和多样性都极其丰富,通过结合分析这些微生物的功能特点,为生物絮团技术在实际养殖生产中的进一步应用奠定基础.%Bio-Floe consists of phytoplankton, bacteria, aggregates of living and dead particulate organic matter,and grazers of the bacteria. It not only can regulate water quality,but also can supply the food protein for breeding animals. For thestudy of bacterial community structure of Bio-Floe in freshwater culture systems, the key technologies of Israeli Avnimelech team about Bio-Floe in the field of aquaculture were used in this paper. Glucose was added as the carbon source which makes a C- N ratio of 20:1 be maintained during the experiment. The bacterial communities of Bio-Floe were analyzed by using the PCR-DGGE(PCR-denaturing gradient gel electrophoresis)on the 5th,10th,and 15th day,respectively. The results indicated that the similarity of bacterial communities was highest on the 5th day and 10th day which was 67.4% ,and was lowest on the 5th day and 15th day which was 40. 5% . Diversity of bacterial species in the Bio-Floe was maximal on the 10th day and minimal on the 15 day. The acquired sequences of 24 bands in DGGE gel were performed by BLAST searches against NCBI database, and the sequences including the closely related sequences were aligned with Clustal W program in BioEdit software for phylogenetic analysis. The main microbes represented by 24 main bands in DGGE gel were Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Betaproteobacteria, Actinobacteria, Bacilli and Bacteroidetes. Amon g these bacteria, the α-, β-, and γ-proteobacteria are the major bacterial groups,but Actinobacteria bacteria exist on the 10th day and the 15th day. α-proteobacteria was the dominant bacteria during the entire process. The specific bacteria at different stages were usually the flocculant-producing bacteria: Acidovorax, Aeromonas, Agrobacterium only for 5 th day; Bacillus, Rhodococcus for10th day and 15th day, respectively. This study first found that the composition and diversity of bacteria of the Bio-Floe used in freshwateraquaculture systems are extremely rich. The study of functional microbial composition of the Bio-Floe may help to lay the foundation for the further application of the bio-floc technology in actual aquaculture production.【总页数】9页(P1563-1571)【作者】夏耘;郁二蒙;谢骏;余德光;王广军;李志斐;王海英;龚望宝【作者单位】中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广东广州510380;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广东广州510380;中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广东广州510380;中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广东广州510380;中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广东广州510380;中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广东广州510380;中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广东广州510380;中国水产科学研究院珠江水产研究所,农业部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室,广东广州510380【正文语种】中文【中图分类】Q938.8;S965【相关文献】1.PCR-DGGE技术分析传统臭鳜鱼发酵过程中细菌群落结构 [J], 李燕;吴佳佳;张井;戴志远2.应用PCR-DGGE技术分析不同性状窖泥的细菌群落结构 [J], 卢振;孟镇;钟其顶;张世伟;吕志远;肖冬光3.基于宏基因组测序技术分析凡纳滨对虾育苗中生物絮团细菌群落结构 [J], 杨章武;杨铿;张哲;李正良;葛辉4.基于PCR-DGGE分析宣威火腿的细菌群落结构 [J], 邹颖玲;刘姝韵;王桂瑛;普岳红;葛长荣;廖国周5.利用PCR-DGGE技术分析猪粪堆肥细菌群落结构 [J], 郭艳;张进良;邓昌彦;朱能武因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

PCR-DGGE法分析细菌群落结构及多样性

PCR-DGGE法分析细菌群落结构及多样性汤玲娟;石健;范素素【摘要】采用PCR-DGGE方法研究活性污泥和土壤中微生物种群结构的变化.提取样品总DNA作为模板,采用细菌通用引物GC-338F和518R进行PCR扩增.最后对DGGE图谱中优势条带进行回收、测序.结果显示,变形菌门和拟杆菌门是构成土壤和污泥微生物群落的主要种群,且变形菌门所占比例最大,在各样品中均占40％以上,是该研究样品中的优势细菌类群;土壤的细菌群落中检测到放线菌门,而活性污泥中未检出.【期刊名称】《南通大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2017(016)001【总页数】4页(P35-38)【关键词】PCR-DGGE技术;16S rDNA;微生物群落;土壤;污泥【作者】汤玲娟;石健;范素素【作者单位】南通大学分析测试中心,江苏南通226019;南通大学分析测试中心,江苏南通226019;南通大学分析测试中心,江苏南通226019【正文语种】中文【中图分类】X172近年来，越来越多的学者对土壤微生物的多样性及其作用进行了研究，特别是在生态学和环境科学领域[1]，另外污泥里的微生物种群结构可以影响到污泥某些特定的处理性能[2]，因此研究污泥微生物群落结构对改进生物处理工艺及提高废水处理效率具有重要意义.变性梯度凝胶电泳（denatured gradient gel elec-trophoresis，DGGE）技术[3]是目前研究微生物群落结构的分子生物学主要方法之一[4-5].1993年，Muyzer团队[6]运用DGGE电泳检测技术对微生物群落结构进行了研究，发现在自然界中微生物群落无论是在多样性还是群落差异性方面都具有明显的优势.本实验中运用的PCR-DGGE技术[7]可以同时分析多份样品并对微生物的动态变化进行监测、研究.1.1 样品土壤的培养：取2份质量相同的土壤，其中一份灭菌处理.取一定量的联苯菊酯溶液分别对2份土壤进行喷洒作业，并在第1天、第7天、第20天和第44天进行取样.污泥的培养：污泥样品取自南通市第二污水处理厂，用桶装回后放在常温下静置一段时间，使得养分耗尽.以质量比为100∶5∶1的比例配置尿素、淀粉、磷酸二氢钾的混合物作为养分加入污泥里.然后加入联苯菊酯溶液并慢慢增加用药量，最终使得污泥里的微生物适应联苯菊酯溶液且以其为养料.分别在第4，8，12，16，20，24，28天进行采样.1.2 DNA提取用提取试剂盒（Mobil DNA Isolation Kit）对样品总DNA进行提取.1.3 细菌16S rDNA片段的PCR扩增样品的菌群分析以基因组DNA作为模板[4]，将样品16S rDNA高变区序列作为靶标，采用细菌通用引物GC-338F和518R进行PCR扩增.16S rDNA高变区引物序列为：518R（ATTACCGCGGCTG CTGG），GC-338F （CGCCCGGGGCGCGCCCCGGGG CGGGGCGGGGGCGCGGGGGGCCTACGGGAGGCA GCAG）.PCR扩增体系（50μL）：50 ng DNA模板，10× PCR buffer（5μL），2.5mmol/L的高纯dNTP（3.2μL），5 U/μL的 rTaq酶（0.4μL），20μmol/L的 GC-338F和518R引物（各1μL），加入去水离子至总体积为50μL.PCR扩增反应步骤：94℃预变性5 min；94℃变性1 min，55℃退火45 s，72℃延伸1 min，30个循环；72℃维持10min.1.4 DGGE电泳及染色分析PCR产物的变性梯度凝胶电泳分析条件为：采用变形梯度为35%～55%、质量分数为8%的聚丙烯酰胺凝胶（7mol/L纯度为100%的尿素、体积分数为40%的丙烯酰胺）作为变性剂，电泳缓冲液为1× TAE，150 V电泳5 h（60℃）.电泳结束后采用银染法染色[8-9].1.5 DGGE图谱中优势条带的回收与测序将DGGE条带用灭菌手术刀切割下来并回收目的条带.将切割下来的胶放入盛有缓冲液的离心管中4℃过夜.然后，以2μL回收产物为模板，采用引物338F （CCTACGGGAGGCAGCAG）和518R（ATTACCGCG GCTGCTGG）进行PCR 扩增.将重新扩增的DNA片段切胶回收、纯化后，与Pmd18-T载体连接，连接产物转化DH5α感受态细胞，克隆培养.最后筛选阳性克隆，进行序列测定.2.1 DNA提取结果将从下列几份样品中提取的DNA片段通过质量分数为1%的琼脂糖凝胶进行电泳检验，结果如图1、图2所示.由于环境样品组成复杂，因此，目标DNA片段能否顺利提取成为是否能采用PCRDGGE技术进行分析的重要前提[10].电泳结果显示，本实验可以顺利提取出样品中的DNA片段.2.2 PCR反复循环扩增后的DGGE分析图3泳道中的亮杆表示为条带，一般情况下，每一条条带代表了一种微生物[11].条带的粗细代表不同大小的密度，条带越粗表示密度越大，说明其代表的种群生物量越大，这种条带代表的微生物一般多数属于优势菌群.污泥中一共有45条条带，土壤中一共有40条条带，说明活性污泥和土壤中微生物种群丰富.2.3 菌种数的分析图4中从左到右分别为喷有联苯菊酯的土壤中微生物的种群数目、空白土壤中微生物的种群数目、经联苯菊酯驯化过的活性污泥中微生物的种群数目和未经驯化的原始污泥中微生物的种群数目.由图4可以看出，活性污泥中微生物的种群数目比土壤中微生物种群数目多，但是活性污泥中菌群类型少于土壤中菌种类型.因为污泥本身就是一个复杂的微生物生态系统，通过不断的驯化，使得污泥里的微生物不断进行调整，不断提升对环境的适应能力，提高了微生物种群的稳定性.处理土壤中变形菌门占总种群数目的50%，放线菌门占25%，拟杆菌门占 13%，厚壁菌门占12%；原始土壤中变形菌门占44%，放线菌门占11%，拟杆菌门占28%，酸杆菌门占17%；处理污泥中变形菌门占50%，拟杆菌门占42%，酸杆菌门占8%；原始污泥中变形菌门占48%，拟杆菌门占42%，酸杆菌门占10%.以上数据表明:土壤中变形菌门、放线菌门和拟杆菌门是微生物群落的主要种群；活性污泥中变形菌门和拟杆菌门是构成微生物群落的主要种群.但是无论是在土壤还是污泥中，变形菌门所占比例最大，是该研究样品中的优势细菌类群.变形菌门在生态系统中分布广泛，Wagner等[12]人研究发现活性污泥中的细菌有60%属于变形菌门，其中α亚类数量非常庞大，对污染物的降解起着重要的作用.陈香碧等[13]人对喀斯特原生林土壤细菌的群落结构进行研究，发现变形菌门是该研究区土壤中的优势细菌类群.本实验的研究结果与上述文献一致.放线菌是原核生物的一个类群，最喜欢生活在有机质丰富的微碱性土壤中.图4显示土壤中有放线菌门，活性污泥里没有.造成这种情况的原因可能与活性污泥在实验前经过数日静置所引起的营养物质比例失调、pH值、溶氧量等因素发生变化有关，还需要进一步深入探索.1）通过质量分数为1%的琼脂糖凝胶电泳可成功提取样品中的DNA.2）通过DGGE分析发现，污泥和土壤中微生物种类丰富.污泥里的菌群类型要少于土壤里的菌群类型，但是在群落的种群数量上面，污泥要大于土壤.3）变形菌门和拟杆菌门是构成土壤和污泥微生物群落的主要种群，而变形菌门所占比例最大，是该研究样品中的优势细菌类群.4）受试土壤中的细菌种群比驯化后活性污泥中的细菌种群多了放线菌门.【相关文献】[1]葛斌，刘丽丽，李俊峰.土壤中农药的生物降解和生物修复综述［J］.环境保护与循环经济，2009，29（9）：71-73.[2]王峰，徐灿华，刘易，等.启动条件对活性污泥变形菌群落的影响［J］.同济大学学报（自然科学版），2007，35（7）：949-953.[3]FISCHER SG，LERMAN L S.Length-independent separa-tion of DNA restriction fragments in two-dimensional gel electrophoresis［J］.Cell，1979，16（1）：191-200. [4]GONGM L，REN N Q，XING D F.Application of denatur-ing gradient gel electrophoresis and temperature gradient gel electrophoresis in microbialmolecular ecology［J］.Acta Mi-crobiologica Sinica，2004，44（6）：845-848.[5]MUYZER G.DGGE/TGGE a method for identifying genes from natural ecosystems ［J］.Current Opinion in Microbiol-ogy，1999，2（3）：317-322.[6]MUYZERG，deWAAL EC，UITTERLINDEN A G.Profil-ing of complexmicrobial populations by denaturing gradient gel electrophoresis analysis of polymerase chain reactionamplified genes coding for 16S rRNA［J］.Applied and En-vironmentalMicrobiology，1993，59（3）：695-700.[7]刘飞.PCR-DGGE技术分析多菌态混合样品中微生物群落结构［D］.广州：华南理工大学，2012.[8]向少能，陈琳，何晓丽，等.水体微生物多样性PCRDGGE分析方法的比较研究［J］.重庆工学院学报（自然科学版），2007，21（7）：74-78.[9]陈章宝，向少能，江震献，等.PCR-DGGE研究微生物种群中多条带产生原因分析［J］.微生物学通报，2010，37（1）：147-154.[10]王峰，傅以钢，夏四清，等.PCR-DGGE技术在城市污水化学生物絮凝处理中的特点［J］.环境科学，2004，25（6）：74-79.[11]路莹.浅层地下水系统石油类污染物的生物降解机制研究［D］.长春：吉林大学，2013.[12]WAGNER M，AMANN R，LEMMER H，et al.Probing activated sludge with oligonucleotides spe cific for pro-teobacteria:inadequacy of culture-dependent methods for describing microbial community structure［J］.Applied and EnvironmentalMicrobiology，1993，59（5）：1520-1525.[13]陈香碧，苏以荣，何寻阳，等.不同干扰方式对喀斯特生态系统土壤细菌优势类群—变形菌群落的影响［J］.土壤学报，2012，49（2）：354-363.。

1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。

滤池微生物多样性指数从０２．９变化到１５二级滤池微生物多样性指数从Ｏ５变化到０７三级滤池微生物多样性指数先从Ｏ８．，０．７．，９．７减少到
Ｏ５后由于葡萄糖的加入增加到１７二级滤池出水中葡萄糖的加入，强了系统内微生物的活性，而三级滤池砂石和青石层细菌条带变．，２．．２加从亮变多．克隆测序和系统发育树分析，式蚯蚓生态滤池内的微生物多为单细胞菌属、假单细胞菌属、革兰氏阴性菌属和不可培养杆经过塔菌属，同细菌条带在不同级滤池内差异变化明显．不关键词：ＰＲＤＥＣ－ＧＧ；蚯蚓生态滤池；微生物群落；指数；菌属
中图分类号：Ｘ０７５文献标识码：Ａ文章编号：１０— ９３２１）４０９— ６００６２（０１０－５７０
ＲｅｅｒｈｏｃｏｅｃｍｍｕｉｙｉｏｒｅｒｈｒｅｏｏｙｆｌｒｂＣＲ・ｓａｃｎｍｉｒｂｏｎｔｎｔｗｅａｔｗｏｍｃｌｇ・ｔｙＰｉｅＤＧＧＥ．ＧＵＯｅ — ｏｇ．ＺＨＥＮＧＦｉｈｎ
中国环境科学
２１，１４：５７６２０１（）９～０３
ＣｉａｎｉｎｎａＳｉｎｅｈｎＥｖｒｍｅｔｌｃｃｏｅ
ＰＲＤＧＣ — ＧＥ技术分析塔式蚯蚓生态滤池微生物群落结构
郭飞宏 ‘ ，郑正，张继彪（．１南京大学环境学院，污染控制与资源化研究国家重点实验室，江苏南京２０９；１０３
ｉｅｆｓｌｒ０７－．７ｉｅｓｃｎｌｒａｄＯ８￣．５１２ａｓｄｂｏｌｃｓｄｅｎｏｉｆｕｎｎｔｅｌｓｎｔｒｔｔ，．５０９ｔｅｏｄｆｔｎ．７０２－．７ｃｕｅｙｓｍｅｇｕｏｅａｄｄｉｔｌｅｔａｔｈｉｉｆｅｎｈｉｅｎｉｈｉｅ．ｄｒａｌｓｎｔｃｖｔｇｔｎｔｆｉｇｂｃｅｒｎｅｓｆｄｏｌｅｔｅａｒｖｌａｅｓｆｔｒＵｎｅｅｓｎｅｒａｏ，ｅａｔｉｙａｄｌｈｆｅｉｉｙｎａｔｒａｗｅｅｉｔｎｉｅｎｂｕｓｎｄｇａｅｙｒ．ｌｈｔｅｈｉｎｉｏｄｒｉｉｏｎｌＡｆｅａａｙｉｏｌｎｎｓｑｅｃｎａｄｈｌｇｎｔｔｅ，ｍｏｔｆｔｅｎｅｒｄａｔｒｗｅｅｐｉｇｍｏａ，ｔｒｎｌｓｓｆｃｏｉｇｅｕｎｉｇｎｐｙｏｅｅｉｒｅｃｓｏｉｆｒｅｂｃｅａｈｉｒＳｈｎｏｎｓＰｓｕｏｎｓＧｒｍ— ｅａｉｅｂｃｅｉｄｕｃｌｒｄＢａｉｕｄｃａｇｄｅｉｅｔｉｅｅｔｌｒ．ｅｄｍｏａ，ａｎｇｔａｔｒａａｎｕｔｅｃｌｓａｈｖｎｕｌｎｎｅｖｄｎｌｉｄｆｒｎｔｓｙｎｆｉｆｅＫｅｒｓＰｙｗｏｄ：ＣＲ— ＤＧＧＥ：ｅｒｈｒｃｌｇ — ｌｒｍｉｒｂｏａｔｗｏｍｅｏｏｙｆｔ；ｉｅｃｏｅｃｍｍｕｉｎｔｉｄｘ；ｂｃｅａｙ；ｎｅａｔｒｉ
ｏｃｏｅｃｍｍｕｉｓｏｖｏｓａｄｌｋｄｗｉｙｒｕｉｅｉｅｔｍｅｐｌｔｔｎｂｒｅｄｔｅｖｌｍｅｏｌｒ．ｆｍｉｒｂｏｎｔｗａｂｉｕｎｎｅｔｈｄａｌｒｓｄｎｙｉｈｃｉｔ、ｏｌａｉｕｄｎａｏｕｆｔｓｕｏｎｈｉｆｅＭｅｗｈｌ．ｈｎａｉＳ￣ｅｏ — ｉｎｒＩｄｘｏｉｄｖｒｉｃｅｓｄｆｏ０２．７ｉｎａｌｒｕｄｗａ，ｎｌｄｎ．９１０ｎＷｅｅｎｅｆｂｏｉｅｓｔｉｒａｅｍ．５ｔ１２ｎａｌ—ｏｎｙｉｃｕｉｇ０２～．５ｙｎｒｏ
ＮｊｇＵｎｖｒｔ，ｎｉｇ２０９，ｈｎ；２ｐｒｎｆｎｉｎｎａＳｉｃｄＥｇｎｅｎ，ｕａｉｅｓｙｎｎａｉｉｅｓｙＮａｊ１０３Ｃｉａ．ａｔｔｖｒｍｅｔｃｅｅｎｎｉｅｒｇＦｄｎＵｎｖｒｉ，ｉｎＤｅｍｅｏＥｏｌｎａｉｔ
２复旦大学环境科学与工程系，．上海２０３）０４３・
摘要：利用ＰＲＤＧＥ技术研究塔式蚯蚓生态滤池微生物群落结构变化，表明，物的变化与滤池体积大小、水力停留时间和污染Ｃ－Ｇ结果微生
物负荷有关，微生物群落结构在不同滤池层中变化较大．２个样品泳道中的总细菌的ＳａｎｎＷｉｅ１ｈｎｏ— ｅｒ多样性指数从０２ｎ．５变化到１７一级．，２
Hale Waihona Puke ｔｈｏｏｙｐｌｍｅａｅｃａｎｒａｔｎｄｎｔｒｇｇａｉｎｅｅｅｔｐｏｅｉ）Ｔｅｅｅｕｔｓｏｄｔａ：ｅｈｇｅｎｌｇ（ｏｙｒｓｈｉｅｃｉ —ｅａｕｉｒｄｅｔｌ１ｃｒｈｒｓ．ｈｓｓｌｗｅｔｔａｅｃｏｎｇｏｓｒｓｈｈｈｃｎ
ＺｅｇＺＨＡＮＧｉｉｏ（．ｔｔｙＬａｏａｏｙｏＰｏｌｔｎＣｏｔｏｎｓｕｃｕｅＳｈｏｆｈｎｉｏｍｅｔｈｎ，Ｊ— ａ１ＳａｅＫｅｂｒｔｒｆｌｉｎｒｌａｄＲｅｏｒｅＲｅｓ，ｃｏｌｔｅＥｖｒｎｎ，ｂｕｏｏ
Ｓａｇａ２０３，ｈｎ）ＣｉａＥｖｒｎｅｔｌｃｅｃ，０１１４：５７６２ｈｎｈｉ０４３Ｃｉａ．ｈｎｎｉｍｎａｉｎｅ２１，（）９～０ｏＳ３
ＡｂｔａｔＣｈｎｅｏｃｏｅｃｍｍｕｉｗｅａｔｗｏｍｃｌｇ — ｌｒｓｔｄｅｉｒｓａｃｔＣＲ— ｓｒｃ￣ａｇｆｍｉｒｂｏｎｔｉｔｙｎｏｒｒｈｒｅｏｏｙｆｔｕｉｄｉｔｓｅｅｒｈｗｉＰｅｉｅｗａｓｎｈｈＤＧＧＥ