条石鲷养殖群体线粒体控制区序列遗传变异分析
基于线粒体D-loop_区序列的4_个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析
广东农业科学 2023，50（11）：139-145Guangdong Agricultural Sciences DOI:10.16768/j.issn.1004-874X.2023.11.014刘士力，陈大伟，郑建波，程顺，蒋文枰，迟美丽，夏冯博，李飞. 基于线粒体D-loop区序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析［J］. 广东农业科学，2023，50（11）：139-145.基于线粒体D-loop区序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析刘士力1，陈大伟1,2，郑建波1，程 顺1，蒋文枰1，迟美丽1，夏冯博3，李 飞1（1. 浙江省淡水水产研究所/农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室/浙江省淡水水产遗传育种重点实验室，浙江 湖州 313001；2. 上海海洋大学水产与生命学院/农业农村部淡水水产种质资源重点实验室，上海 201306；3. 湖州师范学院生命科学学院，浙江 湖州 313001）摘 要：【目的】黄尾鲴（Xenocypris davidi）是以腐殖质、有机碎屑为饵料，兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类，是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。
了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响，可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计和实施提供参考。
【方法】对浙江长兴、八里店、双浦和湖南醴陵4个黄尾鲴养殖群体的线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列进行PCR扩增和测序，通过序列分析研究4个群体的遗传多样性。
【结果】黄尾鲴线粒体D-loop序列长度为1 038~1 093 bp，碱基A+T含量（65.3%）显著高于C+G 含量（34.7%），平均转换/颠换比值（TS/TV）为4.6。
在128条黄尾鲴的D-loop序列中共检测到101个变异位点，包括97个简约信息位点；界定了19种单倍型，其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为5、12、4和2；单倍型多样性（h）介于0.226~0.915之间，核苷酸多样性（π）介于0.00640~0.01433之间。
海洋渔业2011年第33卷总目次
平， １ ：０ 等（ ） ２
养殖水温和酶反应温度对幼鱼酶活性 的影响
… … … … … … … … … … … … … … … … … … … … …
区又君 ，罗 奇 ，李加 儿 ， （ ） ２ 等 １ ：８ 平 ， （ ） ３ 等 １ ：３
中华鲟 神经 内分 泌多肽 ７ ２基 因克 隆及组织特异性表达 …… …… …… …… ……… 刘 婷 ， Ｂ 章龙珍 ， 张
涛， ２ ：２ 等（ ） １ １
东黄海沙海 蜇与 口冠水母 分类关 系的辨 析 一 于核糖体 １ ｒ Ｎ 基 ８ＳＤ Ａ基 因序列 … … 刘 敏 ， 马凌波 ， 凌建忠， ２ ：３ 等（ ） １ １
４６ ７
海
Байду номын сангаас
洋
渔
业
２ １ 年 ０ １
海 洋 渔 业
２１ ０ １年第 ３ ３卷 总 目次
研 究 论 文
凡纳滨对虾引进群体和 ２个 养殖群体 遗传 变异的微 卫星分析 ………… …… …… … 马春艳 ， 马洪雨 ，马凌 波， １ ： 等（ ） １
条石鲷养殖群体线粒体控制区序列遗传变异分析 …………………………………… 孙
鹏， 李
杰 ，尹
飞， １ ： 等（ ） ９
转红色荧光蛋 白基 因唐鱼与非转基 因唐鱼肌 肉营养成分的分析和 比较 ………………………… 樊佳佳 ， 白俊 杰（ ） ｌ １ ：５
西伯利亚鲟 消化道形态学 和组织学 的初步研究 ……………………………………… 陈宁宁 ， 章龙珍 ，庄
卯形鲳 消化酶 活性 的研究 Ⅳ
…………………………………………………… …… ……… 沈长春 （ ）２ ８ ３ ：５
几种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列比较及分子系统学的分析
几种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列比较及分子系统
学的分析
江世贵;刘红艳
【期刊名称】《广西水产科技》
【年(卷),期】2003(000)001
【摘要】@@ 鲷科(Sparide)属鲈形目(Percoiformes),鲈亚目(Percoide),为世界性的鱼类.现有记载的世界上的鲷科鱼类大致分为30多个属,而我国的鲷科鱼大致分为6～8个属,其属间和种间的系统分类关系混乱.虽然在形态学水平上做了不少工作,但有关其分类和系统仍存在较多争议.因此,从DNA水平上提供新的证据,对于澄清鲷科鱼类的分类和系统中存在的问题是十分必要的.
【总页数】4页(P14-17)
【作者】江世贵;刘红艳
【作者单位】中国水产科学研究院南海水产研究所,广州,510030;中国水产科学研究院南海水产研究所,广州,510030
【正文语种】中文
【中图分类】S9
【相关文献】
1.基于线粒体细胞色素b基因序列的骨舌鱼科鱼类分子系统发育的研究 [J], 牟希东;王培欣;胡隐昌;汪学杰;宋红梅;李小慧;罗建仁
2.基于线粒体细胞色素b基因序列的蜻亚科部分种类分子系统学研究(蜻蜓目:蜻科)
[J], 张大治;杨贵军;郑哲民
3.笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析 [J], 刘楚吾;徐田军;刘丽;郭昱嵩;董秋芬
4.舟山海域4种鲷科鱼类线粒体Cyt b基因全序列克隆分析 [J], 徐田军;王日昕;王健鑫
5.4种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列及分子系统学分析 [J], 江世贵;刘红艳;苏天凤;龚世园
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鱼类线粒体DNA研究新进展
鱼类线粒体DNA研究新进展一、本文概述线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）作为生物体内的一种重要遗传物质，近年来在鱼类研究中逐渐展现出其独特的价值和潜力。
鱼类线粒体DNA研究新进展不仅深化了我们对鱼类遗传多样性的理解，还为鱼类遗传育种、系统发生、种群遗传结构分析等领域提供了有力的工具。
本文旨在综述近年来鱼类线粒体DNA研究的新进展，探讨其在鱼类生物学中的应用前景，以期为鱼类遗传资源保护和可持续利用提供理论支持和实践指导。
本文将首先回顾线粒体DNA的基本结构和特点，然后重点介绍鱼类线粒体DNA的提取方法、测序技术及其在鱼类遗传多样性、系统发生和种群遗传结构分析中的应用。
还将讨论鱼类线粒体DNA在遗传育种和遗传资源保护中的潜在应用价值，并展望未来的研究方向和挑战。
通过本文的综述，希望能够为从事鱼类线粒体DNA研究的学者提供有益的参考和启示，共同推动鱼类线粒体DNA研究的深入发展。
二、鱼类线粒体DNA的结构与功能鱼类线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）是一种双链、闭合环状的分子，通常大小为16-20千碱基对（kb），是细胞器中唯一的DNA分子。
鱼类mtDNA的结构主要包括重链（H链）和轻链（L链），其中H链编码了大部分基因，而L链则编码了剩余的少数基因。
这些基因主要编码线粒体氧化磷酸化系统的13个蛋白质亚基，以及2个rRNA和22个tRNA，这些成分共同构成了线粒体的核糖核蛋白体，负责线粒体内蛋白质的合成。
鱼类线粒体DNA的功能主要体现在以下几个方面：mtDNA是鱼类线粒体遗传信息的载体，通过母系遗传的方式传递给后代，因此，在鱼类遗传学和进化生物学研究中，mtDNA被广泛应用为分子标记。
mtDNA编码的蛋白质是线粒体氧化磷酸化系统的重要组成部分，这些蛋白质参与线粒体的能量代谢过程，对鱼类的生命活动起着至关重要的作用。
mtDNA的突变和变异也被广泛用于鱼类种群遗传结构、遗传多样性和系统发育等研究。
两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较
两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较张凤英;马凌波;施兆鸿;夏连军;马春艳【期刊名称】《上海水产大学学报》【年(卷),期】2006(15)4【摘要】利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因序列。
通过序列测定，得到581bp的基因片段，碱基A、T、G、C 平均含量分别为25．8％、32．6％、18．0％和23．6％，序列中的A＋T含量明显高于G＋C含量，与其他鱼类的C01基因片段研究结果相一致。
通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异，其中在第19～139bp之间检测到13个变异位点，是变异频率较高的区段，可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。
与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较，无插入和缺失位点，转换明显高于颠换。
序列差异比较结果显示，真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大，达到了18．2％，黄鳍鲷和黑鲷的筹异最小（2．4％）。
两个序列已提交到GenBank数据库中．序列臀录号为DQ185608和DQ185609.【总页数】6页(P403-408)【关键词】鲷属;线粒体DNA;细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因;序列分析【作者】张凤英;马凌波;施兆鸿;夏连军;马春艳【作者单位】中国水产科学研究院东海水产研究所农业部海洋与河口渔业重点开放实验室【正文语种】中文【中图分类】S965.199【相关文献】1.6种笛鲷属鱼类Cyt b基因片段序列的比较 [J], 周发林;江世贵;苏天凤;吕俊霖2.笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析 [J], 刘楚吾;徐田军;刘丽;郭昱嵩;董秋芬3.6种笛鲷属鱼类线粒体16SrRNA基因片段的序列比较 [J], 周发林;江世贵;苏天凤;吕俊霖4.刺鳅属(Mastacembelus)鱼类和中华刺鳅的线粒体COI基因序列比较 [J], 吴斌;王海华;曾庆祥;徐先栋;马本贺5.鰶亚科两种鱼类的线粒体16S rRNA基因片段序列的比较研究 [J], 宋林;韩志强;高天翔因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
中国近海5个黑鲷地理群体的遗传变异
中国近海5个黑鲷地理群体的遗传变异赵爽;章群;乐小亮;彭博;许忠能;韦桂峰;李贵生【期刊名称】《海洋科学》【年(卷),期】2010(034)002【摘要】为有效保护和利用黑鲷(Acanthopagrus schlegeli)资源, 本研究测定了中国近海5个群体(北方海域的营口与崂山群体, 南方海域的闽清、大亚湾、东兴群体)各10尾黑鲷线粒体控制区5′端722bp序列以分析其遗传多样性和遗传结构.结果发现42个单倍型, 56个多态位点; 群体单倍型多样性为0.978～1.000, 群体核苷酸多样性为0.0067～0.0116.中性检测和核苷酸不对称分布分析表明, 中国近海黑鲷在晚更新世(165～41 kaBP)曾经历过种群的快速扩张.北方群体与南方群体之间的Fst值为0.1145(P=0.00), 表明存在中等程度的分化, 建议将中国近海黑鲷作为两个管理单位.【总页数】5页(P75-79)【作者】赵爽;章群;乐小亮;彭博;许忠能;韦桂峰;李贵生【作者单位】暨南大学,水生生物研究所,广东省教育厅水体富营养化与赤潮防治重点实验室,广东,广州,510632;暨南大学,水生生物研究所,广东省教育厅水体富营养化与赤潮防治重点实验室,广东,广州,510632;暨南大学,水生生物研究所,广东省教育厅水体富营养化与赤潮防治重点实验室,广东,广州,510632;暨南大学,水生生物研究所,广东省教育厅水体富营养化与赤潮防治重点实验室,广东,广州,510632;暨南大学,水生生物研究所,广东省教育厅水体富营养化与赤潮防治重点实验室,广东,广州,510632;暨南大学,水生生物研究所,广东省教育厅水体富营养化与赤潮防治重点实验室,广东,广州,510632;暨南大学,水生生物研究所,广东省教育厅水体富营养化与赤潮防治重点实验室,广东,广州,510632【正文语种】中文【中图分类】Q173【相关文献】1.利用线粒体COI和微卫星标记分析文蛤7个地理群体的遗传变异 [J], 李宏俊;张晶晶;袁秀堂;张安国;柳圭泽;邵魁双;王立俊2.基于线粒体控制区的粤闽三线矶鲈地理群体的遗传变异分析 [J], 薛丹;章群;郜星晨;宫亚运;曹艳3.中国近海黑鲷线粒体DNA控制区序列多态性分析 [J], 龚金波;苏天凤;夏军红;龚世园;江世贵4.3个不同地理群体黑鲷遗传变异的RAPD分析 [J], 杨慧荣;江世贵;周发林;龚世园5.3个不同地理群体黑鲷遗传变异的RAPD分析 [J], 杨慧荣;江世贵;周发林;龚世园因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏(鲮)3个群体的遗传结构和遗传分化
用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏(鲮)3个群体的遗传结构和遗传分化杨培民;胡宗云;金广海;刘义新;王雷;骆小年【摘要】用线粒体DNA的D-loop和Cytb基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏鱼岁Phoxinus lagowskii Dybowsky的遗传多样性.经PCR扩增和测序,获得了783～785bp D-loop和818bpCyt b的同源序列.两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cyt b)个变异位点,分别检测出15 (D-loop)和1l(Cyt b)个单倍型,总群体单倍型(Hd)分别为0.8966 (D-loop)和0.8990(Cyt b),核苷酸多样性指数(Px)分别为0.0246(D-loop)和0.0498 (Cyt b),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cytb).分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02％(D-loop)和81.69％(Cyt b)变异来自群体间,20.98％(D-loop)和18.31％(Cyt b)来自群体内.单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主.拉氏(鲮)的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显.该结果可为拉氏(鲮)的种质资源保护提供参考.%The genetic diversity and differentiation of fat minnow Phoxinus lagowskii Dybowsky were studied based on the sequences analysis of mtDNA (D-loop and Cyt b) in 29 individuals from 3 geographical populations including Dunhua (n=8),Yanji (n=9) and Fatai (n=12).Using PCR amplification and sequencing,783～785 bp of D-loop,which had polymorphic site number of 47,haplotype number of 15,haplotype diversity of 0.8966,nucleotide diversity of 0.0246,and average nucleotide difference of 19.2857,and 818 bp of Cyt b sequences,which had polymorphic site number of was 89,haplotype number of of 11,haplotypediversity of 0.8990,nucleotide diversity of 0.0498,and average nucleotide difference of 40.7365,were obtained.AMOVA revealed there was higher percentage variation of 79.02％ among-population than that of 20.98％within-population in D-loop sequences.Similarly,the variation percentage of 81.69％ was observed among-population,higher than that of 18.31％within-population in Cyt b sequences.The haplotype distribution was characterized by geographical differentiation,with two main branches of haplotypes,one from Yanjin population,and the other from Fatai population.There were high genetic diversity and the genetic differentiation between populations of fat minnow.The findings may be very useful to protect this species stock.【期刊名称】《水产学杂志》【年(卷),期】2017(030)004【总页数】7页(P7-12,27)【关键词】拉氏(鲮);D-loop;Cytb;遗传多样性;遗传分化【作者】杨培民;胡宗云;金广海;刘义新;王雷;骆小年【作者单位】辽宁省淡水水产科学研究院,辽宁省水生动物病害防治重点实验室,辽宁辽阳111000;辽宁省淡水水产科学研究院,辽宁省水生动物病害防治重点实验室,辽宁辽阳111000;辽宁省淡水水产科学研究院,辽宁省水生动物病害防治重点实验室,辽宁辽阳111000;辽宁省淡水水产科学研究院,辽宁省水生动物病害防治重点实验室,辽宁辽阳111000;辽宁省淡水水产科学研究院,辽宁省水生动物病害防治重点实验室,辽宁辽阳111000;辽宁省淡水水产科学研究院,辽宁省水生动物病害防治重点实验室,辽宁辽阳111000【正文语种】中文【中图分类】S917拉氏Phoxinus lagowskii Dybowsky亦称洛氏或长尾，隶属鲤科Cyprinidae、雅罗鱼亚科Leuciscinae、属Phoxinus，是一种广泛分布于我国东北、华中及西南地区的小型河流型鱼类[1]。
鱼类线粒体dna及其在分子群体遗传研究中的应用
鱼类线粒体DNA及其在分子群体遗传研究中的应用鱼类，作为地球上最大的脊椎动物群体之一，其遗传多样性研究对于理解生物进化、生态适应以及保护濒危物种等方面具有重要意义。
近年来，随着分子生物学技术的飞速发展，线粒体DNA（mtDNA）已经成为鱼类群体遗传研究中的重要标记。
一、鱼类线粒体DNA的特点线粒体DNA是一种存在于细胞线粒体内的遗传物质，具有母系遗传、高突变率、无重组等特点。
这些特点使得mtDNA成为研究鱼类群体遗传结构和进化历史的理想标记。
母系遗传：mtDNA只能通过母系传递，因此可以有效地追踪母系群体的迁移和扩散。
高突变率：mtDNA的突变率远高于核DNA，这使得mtDNA在短时间内积累大量的遗传信息，有助于揭示近期的进化事件。
无重组：mtDNA在遗传过程中不发生重组，因此其遗传信息具有高度的稳定性，有助于准确推断群体遗传结构。
二、线粒体DNA在鱼类群体遗传研究中的应用群体遗传结构分析：通过比较不同地理群体间mtDNA序列的差异，可以揭示鱼类的群体遗传结构、迁移扩散以及种群历史。
物种鉴定和分类：mtDNA序列差异可以作为物种鉴定和分类的重要依据，有助于发现新物种和解析物种间的亲缘关系。
保护生物学：通过分析濒危物种的mtDNA序列，可以评估其遗传多样性水平，为制定保护策略提供科学依据。
进化生物学：通过比较不同物种间mtDNA序列的差异，可以揭示鱼类的进化历程、分化时间以及祖先群体等信息。
生态学：通过分析鱼类mtDNA与生态环境因子的关系，可以探讨鱼类对环境的适应机制和生态位分化。
渔业资源管理：通过分析渔业资源的mtDNA多样性，可以评估其种群健康状况和种质资源价值，为渔业资源的可持续利用提供科学依据。
三、前景展望随着分子生物学技术的不断进步和成本的不断降低，线粒体DNA在鱼类群体遗传研究中的应用将越来越广泛。
未来，我们可以期待线粒体DNA在揭示鱼类进化历程、保护濒危物种以及渔业资源管理等方面发挥更大的作用。
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０ ４ 收 稿 日期 ：２ ０ — １ — １ ０１
基 金 项 目 ： 中 央 级 公 益 性 科 研 院所 基 本 科 研 业 务 费 项 目（ ２０ Ｍ０ 东 ０ ９ ５号 ， ２０ Ｍ１ 东 ０ ８ ４号 ， ２０ Ｍ０ 东 ０ ９ ８号 ） 浙 江 省 重 ，
大 科 技 专 项 重 点 项 目［ ０６ １０ ５—２ ２０ Ｃ２０ ］
条 石 鲷 养 殖 群 体 线 粒 体 控 制 区序 列 遗 传 变 异 分 析
孙 鹏 ，李 杰 ，尹 飞 ，彭 士 明 柳 敏 海。 施 兆 鸿 ， ，
２０９ ； ０ ０ｏ
（ ．中 国水 产 科 学 研 究 院 东 海 水 产 研 究 所 ， 业 部 海 洋 与河 口渔 业 资 源 及 １ 农 生 态 重 点 开 放 实 验 室 ，上 海 ２ ．中华 人 民共 和 国科 学 技 术 部 火 炬 高 技 术 产 业 开 发 中心 ， 京 １０４ ； 北 ００ ５
２ ｏｃ ｉｈＴｃｎｌ ｙＩｄｓ ｙＤ ｖｌ ｍ ｎ Ｃ ｎ ｒ ｈ ｎ ｔ ｉ ｃ ｎ ．ＴｒｈＨｇ ｅｈ ｏ ｇ ｕｔ ｅｅ ｐ ｅｔ ｅｔ ，ＴｅＭｉｉｒ ｏ Ｓ ｅ ｅａ ｄ ｏ ｎ ｒ ｏ ｅ ｓｙｆ ｃ ｎ
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３ ．浙江省舟 山市水产研究 所 ， 山 舟 摘
３６ ０ ） １０ ０
要 ：利用线粒体控 制区序列研究 了条石鲷养殖 群体的遗传多样性水平和遗传结 构 。通过 Ｐ Ｒ扩增 与序 Ｃ
列测定获得 了长度为 ４ ９ｂ ６ ｐ的线粒体控 制区基因片段 ， ３ 在 ０个个体 中共发现 ２ ７处 碱基变异 ， Ｔ Ｇ、 Ａ、 、 Ｃ碱基 的平均含量分别为 ３ ．％ 、０ ２ 、２ ５ ６５ ３ ．％ １ ． ％和 ２ ． ％ ， Ｔ含量 明显高于 Ｇ＋Ｃ含量。３ ０ ８ Ａ＋ Ｏ条线粒 体控制 区序 列共定义 了 １ 个 单倍 型 ， １ 存在 ２ 多态性位点 ， 生 ２ ７个 产 ７个突变 。其 中， 含简约信息位点 １ 包 ３个 ， 发生转换 ７ 次， 颠换 １次 ， 没有发现插入 或缺失现象 。单倍型多样性 （ ｄ 为 ０ ８ ２ 核苷 酸多样性 （ ） ０ ０３８ 平均碱 Ｈ ） ．９ ， 为 ． １ ， 基差异 （ 为 ６ ４ ３ ） ． ７ 。采用邻接法 （ ｅ ｈ ｏ－ ｉｉ ， Ｊ 构建 分子 系统树 ， 有的 １ Ｎ ｉ ｂｒ ｏ ｎ Ｎ ） ｇ ｊｎ ｇ 所 １个单倍 型被 分成两 个分 支 。结果表 明， 养殖条石鲷种群具有较 高的遗传多样性水平 ， 其结 果可为条石 鲷人工 养殖及 系统 进化研究 提
供基础资料 。
关键词 ：条石鲷 ；线粒体控制 区；遗传多样性
中 图 分 类 号 ：Ｑ ４ ；￥ １ ３７ ９７ 文 献 标 识 码 ：Ａ
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第３ ３卷第 １ 期 ２ １年 ０２ ：１ ． ０ Ｂ
海 洋 渔 业
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Ｖｏ ． ３， Ｎｏ Ｉ １３ ．
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