生物大分子空间结构数据库_PDB_简介
大学教育-医学-生信-生信复习提纲(答案)-基础16级-410
生物信息学复习资料目录一、基础数据库 (1)二、序列变异数据库 (4)三、序列比对 (5)四、分子系统发育分析与多序列比对 (7)五、分子进化与人类疾病 (9)六、生物分子网络与系统生物学 (10)七、基因测序、组装和注释 (12)八、基于高通量DNA 测序数据的致病突变分析 (15)九、表观遗传学 (17)十、转录组学 (20)十一、转录选择性剪切 (22)十二、转录后修饰 (23)十三、翻译组学 (24)十四、蛋白结构分析 (27)十五、蛋白质组学 (28)十六、代谢组学 (29)十七、免疫组学 (31)十八、微生物组学 (32)十九、人工智能与智慧医疗 (34)（注：本资料为16级基础医学全体同学整理，答案仅供参考，请勿外传）一、基础数据库一、核酸数据库国际联盟INSDC由NCBI–GenBank、EBI–ENA（EMBL-Bank）、DDBJ–DDBJ三大核苷酸数据库组成的联合核苷酸数据库。
二、GenBank, ENA, DDBJGenBank是一个具有目录和生物学注释的核酸序列综合数据库，该数据库中包含了已经公开的30万多种不同物种生物的核酸序列，这些数据主要来源于全世界不同实验室和大规模测序计划项目。
数据库的序列数据来源于序列发现者提交的序列、批量提交的表达序列标签（EST）、基因组测序序列（GSS）和其他测序中心提供的高通量数据，还包括美国专利商标局提供的已发表专利的序列数据。
GenBank数据库每天与欧洲EMBL和日本的DDBJ进行数据交换，以保证数据库内容在全世界范围的同步性。
互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同的。
EMBL核苷序列数据库是欧洲主要的核苷序列收集单位，欧洲生物信息中心EBI维护这个数据库。
核苷数据来自基因组测序中心、世界各地的科学家、欧洲专利局、以及与合作伙伴DDBJ 和GenBank交换的数据。
DDBJ数据库是在亚洲唯一的核酸序列数据库，是搜集研究者公认的测定核酸序列的数据库，并且发放给数据提交者国际认证的核酸序列编号。
PDB数据库中查找蛋白质结构数据
PDB数据库中查找蛋白质结构数据正文：1.简介1.1 PDB数据库简介1.2 目的和用途2.访问PDB数据库2.1 网页界面2.2 编程接口3.数据搜索与筛选3.1 关键字搜索3.2 高级搜索3.3 过滤和排序4.数据浏览与可视化4.1 蛋白质结构展示4.2 结构对比和比对4.3 可视化工具介绍5.数据与导出5.1 单个结构5.2 批量数据5.3 数据格式转换6.数据分析与挖掘6.1 结构功能预测6.2 蛋白质家族分析6.3 结构互作网络构建7.注释与文献引用7.1 结构注释7.2 文献数据库8.数据质量与验证8.1 数据质量评估8.2 结构验证工具9.数据更新与版本控制9.1 数据库更新频率9.2 PDB版本控制10.数据共享与知识产权10.1 数据共享原则10.2 PDB数据使用条款法律名词及注释：●PDB（Protein Data Bank）：蛋白质数据银行，是全球共享蛋白质结构信息的数据库，由多个国家和组织合作维护。
●数据共享：指将数据向公众或特定用户共享，使其可以自由获取和使用的行为。
●知识产权：指人类创造的知识和智力成果的产权，包括专利权、著作权、商标权等。
●数据使用条款：规定了使用PDB数据库数据的条件和限制，包括使用目的、共享要求等。
法律名词及注释：●PDB（Protein Data Bank）：蛋白质数据银行，是全球共享蛋白质结构信息的数据库，由多个国家和组织合作维护。
●数据共享：指将数据向公众或特定用户共享，使其可以自由获取和使用的行为。
●知识产权：指人类创造的知识和智力成果的产权，包括专利权、著作权、商标权等。
●数据使用条款：规定了使用PDB数据库数据的条件和限制，包括使用目的、共享要求等。
蛋白质数据库PDB在基础生物化学课程教学中的应用
蛋白质数据库PDB在基础生物化学课程教学中的应用作者：张斌黄伟伟来源：《高教学刊》2018年第01期摘要：蛋白质的结构与功能是基础生物化学课程教学中的重点和难点，对生物化学课程知识体系的构建起至关重要的作用。
蛋白质分子结构抽象，功能复杂，文章将蛋白质结构数据库中丰富的立体结构资源引入课程教学，对于提升学生的学习兴趣和教学效果起积极作用。
关键词：生物化学；蛋白质；PDB中图分类号：G642 文献标志码：A 文章编号：2096-000X（2018）01-0071-03Abstract： The structure and function of protein are the key and difficult points in the teaching of Basal Biochemistry， which plays an important role in the construction of biochemical knowledge system. The structure of protein molecular is abstract and the function is complex. This paper introduces abundant three-dimensional structural resources in the protein structure database into teaching practice， which plays an active role in enhancing students' learning interest and teaching effect.Keywords： biochemistry； protein； PDB基础生物化学课程是农林院校农学类本科专业的一门必修课程，其课程的教学内容繁杂、抽象，对于教师的“教”和学生的“学”都是很大的挑战。
atp小分子pdb格式
atp小分子pdb格式（实用版）目录1.ATP 小分子的介绍2.PDB 格式的概述3.ATP 小分子 PDB 格式的特点和应用4.结论正文ATP（腺苷三磷酸）是一种重要的生物小分子，在细胞内扮演着能量转移和储存的角色。
在生物学研究中，对 ATP 小分子的结构和功能研究具有重要意义。
PDB（Protein Data Bank）格式是一种用于存储生物大分子（如蛋白质和核酸）三维结构的标准格式。
近年来，ATP 小分子的 PDB 格式文件也被广泛应用于科研领域。
PDB 格式是一种基于文本的数据存储格式，它包含了生物大分子的三维坐标信息、化学成分、物理性质等详细数据。
在 PDB 文件中，ATP 小分子的结构信息被存储在特定的数据块中，方便研究人员对其进行分析和处理。
此外，PDB 格式还支持多种软件和平台的读取和操作，使得 ATP 小分子的结构数据可以在不同的研究环境中共享和应用。
ATP 小分子 PDB 格式文件的特点主要体现在以下几个方面：1.高分辨率：PDB 格式可以存储高分辨率的三维结构数据，有助于研究人员更准确地了解 ATP 小分子的结构特征和功能位点。
2.标准化：PDB 格式遵循一定的标准和规范，使得 ATP 小分子的结构数据具有通用性和可比性。
3.可扩展性：PDB 格式支持多种数据类型和格式，可以满足不同研究领域和应用场景的需求。
4.易于处理：PDB 格式的文本结构使得 ATP 小分子的结构数据易于存储、传输和处理，降低了研究人员的数据分析和操作难度。
在实际应用中，ATP 小分子 PDB 格式文件被广泛用于蛋白质-ATP 相互作用研究、ATP 代谢途径分析、药物筛选等领域。
通过使用 ATP 小分子 PDB 格式文件，研究人员可以更深入地了解 ATP 的结构和功能，为相关领域的研究提供有力支持。
总之，ATP 小分子 PDB 格式是一种具有重要应用价值的数据格式，有助于推动生物学领域的发展和创新。
蛋白质序列PIR和PDB使用方法
随着核酸数据库不断发展以及数据库的建立，蛋白质序列、结构、功能不断引起人们的重视，生命科学的研究中蛋白质的研究显得尤为重要，一系列的蛋白质序列数据随之产生，数据库也在研究蛋白质的过程中有着不可或缺的地位。
本文主要通过实验说明蛋白质序列数据库PIR及蛋白质结构数据库PDB的使用方法，返回结果的含义，以及如何下载数据和批量下载数据。
由于蛋白质序列测定技术先于DNA序列测定技术问世，蛋白质序列的搜集也早于DNA序列。
蛋白质序列数据库的雏形可以追溯到60年代。
60年代中期到80年代初，美国国家生物医学研究基金会(National Biomedical Research Foundation，简称NBRF)Dayhoff领导的研究组将搜集到的蛋白质序列和结构信息以“蛋白质序列和结构地图集”(Atlas of Protein Sequence and Structure)的形式发表，主要用来研究蛋白质的进化关系。
时至今日，国际上已建立了许多关于生物分子的数据库，主要包括基因组图谱数据库、核酸序列数据库、蛋白质序列数据库、蛋白质结构数据库、生物大分子结构数据库等。
这些数据库均为公共数据库，由特定的组织维护、以及发布相关序列信息，供生物研究学者使用，称为生物研究中的必要工具之一，随着科学技术的发展，这些数据库不断壮大，也为研究人员提供了大量有用的数据。
本文主要通过课程实验，展示蛋白质序列数据库PIR及蛋白质结构数据库PDB的相关使用方法。
本论蛋白质序列数据库PIR介绍1984年，“蛋白质信息资源”(Protein Information Resource，简称PIR)计划正式启动，蛋白质序列数据库PIR也因此而诞生。
与核酸序列数据库的国际合作相呼应，1988年，美国的NBRF、日本的国际蛋白质信息数据库(Japanese International Protein Information Database，简称JIPID)和德国的慕尼黑蛋白质序列信息中心(Munich Information Center for Protein Sequences，简称MIPS)合作成立了国际蛋白质信息中心(PIR-International)，共同收集和维护蛋白质序列数据库PIR。
atp小分子pdb格式
atp小分子pdb格式
ATP（三磷酸腺苷）是一种重要的生物分子，其PDB格式是一种
常见的用于描述蛋白质和其他生物大分子结构的文件格式。
PDB格
式是一种文本文件格式，用于存储生物大分子的结构信息，包括原
子坐标、拓扑信息和晶体学数据等。
在PDB格式中，每个原子的坐
标和化学信息都有其特定的位置和格式。
对于ATP的小分子结构，其PDB格式文件将包含有关ATP分子
的原子坐标、键的连接信息、结合的水分子以及可能的离子等信息。
PDB文件中还可能包含与ATP分子相关的晶体学数据，如晶胞参数、空间群信息等。
从PDB格式文件中可以获取ATP分子的三维结构信息，这对于
研究ATP与其他生物大分子（如蛋白质）的相互作用、药物设计等
具有重要意义。
研究人员可以使用PDB格式文件中的信息进行分子
建模、动力学模拟、结构比对等操作，从而深入了解ATP分子的结
构与功能。
总之，ATP小分子的PDB格式文件是一种重要的数据资源，可
以为生物化学和药物研究提供宝贵的结构信息。
通过对PDB文件中
的信息进行分析和处理，研究人员可以更好地理解ATP分子的结构特征及其在生物体内的生物学功能。
蛋白结构数据库资料
SCOP首先从总体上将蛋白质进行分类，例如全 型，全型，以平行折叠为主的/型，以反平行 折叠为主的+型 等。
例如： SCOP1.73版本有46456个全型蛋白质，该结构类 型下有258个折叠类。在这258个折叠类中的第一 个超家族是类球蛋白；类球蛋白又包含4个家族， 其中第一个家族包含6个结构域；每个结构域下面 有很多蛋白质成员。
HETSYN FORMUL HELIX SHEET TURN SSBOND
非标准残基的同义字 非标准残基化学式 螺旋 折叠 转角 有二硫键存在
LINK
残基间化学键
HYDBND SLTBRG CISPEP SITE CRYST1 ORIGXn SCALEn MTRIXn TVECT
氢键 盐桥 顺势残基 特性位点 晶胞参数 直角－PDB坐标 直角部分结晶学坐标 非晶相对称 转换因子
③通过命令行方式。
(9)蛋白质三维立体结构图像的输出
习题： 1. PDB和RSCB的中英文全称分别是什么？ 2. PDB中的数据主要来源于哪两种实验测定 的生物大分子三维结构？ 3. PDB中的每条记录有哪两种序列信息？ 4. PDB记录中的EXPDTA，HELIX，SSBOND
各代表什么含义？
4.3.2 MMDB数据库
(2)DSSP的输出文件 1adz.dssp
(3)DSSPcont查询 /services/DSSPcont/
习题：
1. MMDB，SCOP和DSSP的中英文全称分 别是什么？ 2. DSSP数据库中二级结构共分为几类，分 别代表什么？ 3. 简要描述一下SCOP数据库的分类层次。
PDB数据库的详细字段说明如下：
HEADER OBSLTE 分子类，公布日期，ID号 注明该ID号已改为新号
PDB文件详解
PDB文件详解
PDB格式文件对大部分做模拟和计算的人来说都很熟悉，但其中各个参数的意义很多人并不是很了解。从网上搜集了一些文章，结合自己的知识来对PDB文件中各个参数的意义做个解释：
B因子体现了晶体中原子电子密度的“模糊度”( diffusion) ,这个“模糊度”实际上反映了蛋白质分子在晶体中的构象状态. B因子越高,“模糊度”越大,相应部位的构象就越不稳定。在晶体学数据中, B因子一般是以原子为单位给出的,我们可以换算成相应残基的B因子,从而分析残基的构象稳定性1) .另外,计算出的B因子中实际上包含了实验中的很多因素,如晶体结构测定的实验误差等,精度高的晶体结构数据提供较可靠的B因子数据。
ENDMDL
与MODEL记录成对出现,记述在各模型的链末端的TER记录之后。
END
该记录标志PDB文件的结束,是必需的记录。
B-factoer
The B-factor (or temperature factor) is an indicator of thermal motion about an atom. However, it should be pointed out that the B-factor is a mix of real thermal displacement, static disorder (multiple but defined conformations) and dynamic disorder (no defined conformation), and all the overlap between these definitions.