生物信息学考试复习
大学生生物信息学考试模拟题及解析

大学生生物信息学考试模拟题及解析一、单选题(每题 3 分,共 30 分)1、生物信息学中,用于分析 DNA 序列的常见软件是()A BLASTB ClustalWC Primer PremierD MEGA2、以下哪种数据库主要存储蛋白质结构信息()A GenBankB PDBC UniProtD SWISSPROT3、在基因预测中,开放阅读框(ORF)是指()A 从起始密码子到终止密码子的一段序列B 具有特定功能的一段基因序列C 编码蛋白质的基因序列D 以上都不对4、进行系统发育分析时,常用的构建进化树的方法是()A 邻接法B 最大简约法C 最大似然法D 以上都是5、以下哪种算法常用于序列比对()A 动态规划算法B 贪心算法C 分治法D 回溯算法6、生物信息学中,用于分析基因表达数据的常用方法是()A 聚类分析B 回归分析C 方差分析D 以上都是7、以下哪个不是常见的生物信息学文件格式()A FASTAB GenBankC PDBD CSV8、在蛋白质序列分析中,用于预测蛋白质二级结构的方法是()A 同源建模B 从头预测C 基于机器学习的方法D 以上都是9、进行基因功能注释时,常用的数据库是()A GOB KEGGC ReactomeD 以上都是10、以下哪种技术可以用于大规模测序()A Sanger 测序B 二代测序C 三代测序D 以上都是答案及解析:1、答案:A解析:BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是用于比较生物序列相似性的工具,常用于分析 DNA 序列。
ClustalW 主要用于多序列比对;Primer Premier 常用于设计引物;MEGA 用于构建进化树。
2、答案:B解析:PDB(Protein Data Bank)是主要存储蛋白质结构信息的数据库。
GenBank 主要存储核酸序列;UniProt 和 SWISSPROT 主要存储蛋白质序列信息。
生物信息学复习题

生物信息学复习题生物信息学是一门结合生物学、计算机科学、信息学和数学的交叉学科,它利用计算机技术来处理和分析生物数据。
以下是一些生物信息学复习题,供同学们参考:1. 生物信息学的定义和应用领域- 生物信息学是如何定义的?- 生物信息学在哪些领域有应用?2. 基因组学基础- 什么是基因组学?- 基因组测序的基本原理是什么?3. 序列比对- 序列比对的目的是什么?- 简述局部比对和全局比对的区别。
4. BLAST算法- BLAST算法的原理是什么?- 如何使用BLAST进行序列相似性搜索?5. 基因表达数据分析- 基因表达数据有哪些类型?- 描述基因表达数据的预处理步骤。
6. 蛋白质结构预测- 蛋白质结构预测的重要性是什么?- 简述几种常见的蛋白质结构预测方法。
7. 系统生物学和网络分析- 系统生物学研究的是什么?- 网络分析在系统生物学中的应用。
8. 生物信息学中的数据库- 列举几个常见的生物信息学数据库。
- 解释数据库在生物信息学研究中的作用。
9. 生物信息学中的编程语言- 哪些编程语言在生物信息学中常用?- 简述Python在生物信息学中的应用。
10. 伦理和隐私问题- 在生物信息学研究中可能遇到哪些伦理问题?- 如何保护生物信息数据的隐私?11. 案例研究- 描述一个生物信息学在医学研究中的应用案例。
- 分析该案例中使用的方法和技术。
12. 未来趋势- 预测生物信息学未来的发展趋势。
- 讨论生物信息学如何影响未来的科学研究和医疗保健。
通过这些问题的复习,同学们可以更全面地了解生物信息学的基础概念、关键技术和应用领域。
希望这些复习题能够帮助同学们更好地准备考试和理解生物信息学的重要性。
生物信息考试题及答案

生物信息考试题及答案生物信息学是一门结合生物学、计算机科学、信息技术和数学的交叉学科,它利用计算机技术来分析和解释生物数据。
以下是一份生物信息学考试题及答案的示例。
生物信息学考试题一、选择题(每题2分,共20分)1. 生物信息学中,用于存储DNA序列的文件格式是:A. FASTAB. JPEGC. MP3D. DOCX2. 以下哪项不是生物信息学分析的基本步骤?A. 数据收集B. 数据预处理C. 数据解释D. 数据存储3. 在蛋白质序列分析中,BLAST工具用于:A. 序列比对B. 序列组装C. 序列克隆D. 序列合成4. 以下哪个数据库不是用于存储基因表达数据的?A. NCBIB. GEOC. PDBD. ArrayExpress5. 以下哪个算法不是用于基因预测的?A. GeneMarkB. BLASTC. GlimmerD. Fgenesh二、简答题(每题10分,共30分)6. 简述生物信息学在现代生物学研究中的重要性。
7. 解释什么是基因组学,并说明其在医学研究中的应用。
8. 描述序列比对的基本原理及其在生物信息学中的作用。
三、计算题(每题15分,共30分)9. 假设你有一个DNA序列,其组成为:ATCGTA。
请计算其互补序列。
10. 给定两个蛋白质序列,序列A:A-B-C-D-E,序列B:A-C-E-B-D。
请使用Needleman-Wunsch算法计算它们的全局比对得分。
四、论述题(每题20分,共20分)11. 论述生物信息学在新药开发中的作用及其面临的挑战。
答案一、选择题1. A2. C3. A4. C5. B二、简答题6. 生物信息学在现代生物学研究中的重要性体现在它能够处理和分析大量的生物数据,如基因组序列、蛋白质结构等,帮助科学家快速发现生物现象的规律,推动生物学的发展。
7. 基因组学是研究生物基因组的结构、功能和演化的科学。
在医学研究中,基因组学可以帮助我们了解疾病的遗传基础,为个性化医疗提供理论基础。
生物信息学试题

生物信息学试题一、选择题1. 生物信息学主要研究的是:A. 生物实验技术B. 生物统计学C. 生物大数据分析与计算D. 生物体内生化反应2. 在生物信息学中,常用的序列比对工具是:A. BLASTB. PCRC. ELISAD. SDS-PAGE3. 下列哪个数据库主要用于存储核酸序列信息?A. PDBB. GenBankC. UniProtD. KEGG4. 以下哪种方法不是用于蛋白质结构预测的?A. 同源建模B. 折叠识别C. 从头预测D. 实验测定5. 生物信息学中的“基因家族”是指:A. 一组具有相似序列和功能的基因B. 一组来自同一物种的基因C. 一组通过基因复制产生的基因D. 一组控制同一生物过程的基因二、简答题1. 简述生物信息学在现代医学研究中的应用。
2. 描述PCR技术的原理及其在分子生物学中的重要性。
3. 解释什么是基因编辑技术,以及CRISPR-Cas9系统是如何工作的。
三、论述题1. 论述生物信息学在新药发现和开发中的作用。
2. 分析比较RNA测序技术与DNA测序技术的优势和局限性。
四、计算题1. 给定一个DNA序列:“ATGCGATACCTGAGCTG”,计算其碱基组成的比例。
2. 假设某种生物的基因组大小为200 Mb,每个碱基对的平均质量为650 Da,计算该基因组的大致质量。
五、案例分析题1. 根据给定的某种疾病的基因组数据,分析可能的致病基因,并讨论其可能的生物机制。
2. 通过分析某物种的转录组数据,探讨其在特定环境下的适应性变化。
请注意,以上试题仅供参考,具体题目应根据实际教学大纲和考试要求进行调整。
在实际考试中,题目可能会包含更多的细节和复杂性,要求考生具备扎实的生物信息学知识和分析能力。
生物信息考试题及答案

生物信息考试题及答案一、单项选择题(每题2分,共20分)1. DNA双螺旋结构是由哪位科学家提出的?A. 孟德尔B. 达尔文C. 沃森和克里克D. 爱因斯坦答案:C2. 下列哪种生物信息学数据库主要用于存储蛋白质序列信息?A. GenBankB. PDBC. Swiss-ProtD. KEGG答案:C3. 以下哪个选项不是生物信息学的主要研究领域?A. 基因组学B. 蛋白质组学C. 系统生物学D. 量子物理学答案:D4. 在生物信息学中,BLAST是一种用于什么目的的算法?A. 序列比对B. 蛋白质结构预测C. 基因表达分析D. 代谢途径重建5. 以下哪种生物信息学工具用于基因预测?A. ClustalWB. BLASTC. GeneScanD. FASTA答案:C6. 以下哪个选项是生物信息学中用于描述基因表达模式的术语?A. SNPB. GOC. microRNAD. EST答案:D7. 以下哪种生物信息学数据库主要用于存储基因表达数据?A. GenBankB. GEOC. PDBD. Swiss-Prot答案:B8. 以下哪个选项不是生物信息学中用于蛋白质功能预测的方法?A. 同源性搜索B. 蛋白质结构预测C. 蛋白质家族分类D. 基因组测序答案:D9. 在生物信息学中,以下哪个选项是用于描述基因组中非编码区域的A. IntronB. ExonC. Intergenic regionD. Promoter答案:C10. 下列哪种生物信息学工具用于蛋白质-蛋白质相互作用网络分析?A. STRINGB. ClustalWC. MEGAD. BLAST答案:A二、多项选择题(每题3分,共15分)1. 以下哪些是生物信息学中常用的序列比对工具?A. BLASTB. ClustalWC. FASTAD. MEGA答案:ABCD2. 以下哪些数据库是生物信息学中常用的?A. GenBankB. PDBC. Swiss-ProtD. PubMed答案:ABCD3. 以下哪些是生物信息学中用于基因表达分析的方法?A. qRT-PCRB. MicroarrayC. RNA-seqD. Mass spectrometry答案:ABC4. 以下哪些是生物信息学中用于蛋白质结构预测的方法?A. Homology modelingB. Ab initio modelingC. ThreadingD. Docking答案:ABC5. 以下哪些是生物信息学中用于系统生物学分析的工具?A. BioCycB. KEGGC. ReactomeD. STRING答案:ABCD三、简答题(每题5分,共20分)1. 描述基因组学和蛋白质组学的主要区别。
生物信息学考试复习

——古A.名词解释1. 生物信息学:广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取,加工,储存,分配,分析和解释。
狭义是指综合应用信息科学,数学理论,方法和技术,管理、分析和利用生物分子数据的科学。
2. 基因芯片:将大量已知或未知序列的DNA 片段点在固相载体上,通过物理吸附达到固定化(cDNA 芯片),也可以在固相表面直接化学合成,得到寡聚核苷酸芯片。
再将待研究的样品与芯片杂交,经过计算机扫描和数据处理,进行定性定量的分析。
可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。
3. NCBI :National Center for Biotechnology Information. 是隶属于美国国立医学图书馆(NLM )的综合性数据库,提供生物信息学方面的研究和服务。
4. EMBL :European Molecular Biology Laboratory.EBI 为其一部分,是综合性数据库,提供生物信息学方面的研究和服务。
5. 简并引物:PCR 引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。
6. 序列比对:为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性,而将它们按照一定的规律排列。
7. BLAST :Basic Local Alignment Search Tool. 是通过比对(alignment) 在数据库中寻找和查询序列(query) 相似度很高的序列的工具。
8. ORF :Open Reading Frame. 由起始密码子开始,到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列,一个未知的基因,理论上具有6 个ORF 。
9. 启动子:是RNA 聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA 序列。
原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成,核心启动子包括-35 区( Sextama box ) TTGACA ,-10 区 (Pribnow Box ) TATAAT ,以及+1 区。
生物信息技术考试试题

生物信息技术考试试题一、选择题(每题 3 分,共 30 分)1、以下哪个不是生物信息学的主要研究内容?()A 基因组学B 蛋白质组学C 细胞学D 代谢组学2、生物信息学中用于序列比对的常用算法是()A 动态规划算法B 贪心算法C 分治算法D 回溯算法3、在基因表达数据分析中,常用的标准化方法是()A RPKMB TPMC FPKMD 以上都是4、以下哪种数据库主要用于存储蛋白质结构信息?()A GenBankB PDBC UniProtD Ensembl5、进行系统发育分析时,常用的构建进化树的方法是()A 邻接法B 最大简约法C 最大似然法D 以上都是6、以下哪个软件不是用于基因序列分析的?()A Primer PremierB SPSSC DNAStarD Vector NTI7、生物信息学中,预测蛋白质二级结构的方法不包括()A 基于同源建模B 基于机器学习C 基于物理化学原理D 基于经验规则8、在生物信息学中,BLAST 程序主要用于()A 序列比对B 进化分析C 基因预测D 蛋白质结构预测9、以下哪种编程语言在生物信息学中应用较为广泛?()A JavaB PythonC C++D Fortran10、用于分析基因芯片数据的软件包是()A R 语言中的 BioconductorB MATLABC StataD SAS二、填空题(每题 3 分,共 30 分)1、生物信息学中的三大核心数据库是_____、_____、_____。
2、基因序列的相似性搜索常用的工具是_____。
3、蛋白质的一级结构是指_____。
4、常见的基因注释数据库有_____、_____等。
5、系统发育树的构建基于_____的原理。
6、生物信息学中常用的数据格式有_____、_____等。
7、预测蛋白质三级结构的方法主要有_____、_____。
8、基因表达数据的差异分析常用的方法有_____、_____。
9、用于分析高通量测序数据的软件有_____、_____。
生物信息学基础考试试题

生物信息学基础考试试题生物信息学基础考试试题回答一、选择题(每题5分,共20题)1. 生物信息学的定义是什么?A. 研究生物的基本信息B. 利用计算机科学分析生物学数据C. 研究生物的遗传编码D. 生物学的一个分支学科答案:B2. 以下哪个是常用的生物信息学数据库?A. NCBIB. C++C. DNAD. Photosynthesis答案:A3. 在DNA序列中,碱基A配对的是?A. TB. CC. GD. U答案:A4. 以下哪个是生物信息学中常用的序列比对算法?A. BLASTB. MATLABC. PCRD. ELISA答案:A5. 基因组学是研究什么的科学?A. 蛋白质结构B. DNA修复C. 基因组DNA的组成和功能D. 细胞分裂答案:C6. 哪种技术可用于测定DNA序列?A. 单克隆抗体技术B. RNA干扰技术C. 半制备列序法D. 高效液相色谱法答案:C7. 生物信息学中的序列模拟是指什么?A. 通过计算机模拟生物进化过程B. 利用计算机模拟DNA合成过程C. 模拟生物对某种药物的反应D. 利用计算机模拟细胞分裂过程答案:A8. 以下哪个是生物信息学的一个重要应用领域?A. 化学合成B. 建筑设计C. 新药研发D. 环境保护答案:C9. 哪个工具常用于分析生物信息中的调控网络?A. PhotoshopB. CytoscapeC. ExcelD. SPSS答案:B10. 蛋白质结构预测是生物信息学的一个重要研究方向,以下哪种是蛋白质的一级结构?A. α螺旋B. 葡萄糖C. 多肽链D. 抗原答案:C11. 生物信息学与生物医学工程有什么相似之处?A. 都研究细胞生物学B. 都属于理学院系C. 都涉及到计算机科学D. 都使用相同的实验方法答案:C12. 在基因组测序中,什么是基因组装?A. 利用计算机将碎片序列拼接成连续的基因组B. 测定基因组中的突变位点C. 研究基因间的调控关系D. 将RNA转录为蛋白质的过程答案:A13. 以下哪个不属于生物信息学的软件工具?A. BLASTB. PhotoshopC. RD. Python答案:B14. 哪种常见的DNA测序技术被广泛应用于基因组学研究?A. Sanger测序B. 吉姆斯法则C. CRISPR-Cas9技术D. 免疫印迹法答案:A15. 生物信息学中的反向遗传学用于研究什么?A. DNA复制B. 基因的转录和翻译C. RNA干扰D. 基因组的组装答案:B16. 哪种方法可用于鉴定基因表达谱中的关键基因?A. 蛋白质降解法B. 基因芯片技术C. 聚合酶链式反应D. 免疫组化技术答案:B17. 生物信息学研究中常用的基因表达定量方法是什么?A. Western BlotB. ELISAC. qPCRD. 蛋白质组学答案:C18. 生物信息学中的系统生物学研究的是什么?A. 各个细胞器的功能B. 化学元素与生物体的相互作用C. 生物学过程中的相互关系D. 各个动物种群的遗传特征答案:C19. 下面哪个数据库不是用于蛋白质结构预测的?A. PDBB. UniProtC. Swiss-ProtD. Entrez Gene答案:D20. 生物信息学中常用的序列对比方法是什么?A. 水平基因转移B. Smith-Waterman算法C. 单克隆抗体制备D. RNA干扰技术答案:B二、简答题(每题10分,共5题)1. 编程语言在生物信息学中的作用是什么?编程语言在生物信息学中扮演着重要角色。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
——古A.名词解释1. 生物信息学:广义是指从事对基因组研究相关的生物信息的获取,加工,储存,分配,分析和解释。
狭义是指综合应用信息科学,数学理论,方法和技术,管理、分析和利用生物分子数据的科学。
2. 基因芯片:将大量已知或未知序列的DNA片段点在固相载体上,通过物理吸附达到固定化(cDNA芯片),也可以在固相表面直接化学合成,得到寡聚核苷酸芯片。
再将待研究的样品与芯片杂交,经过计算机扫描和数据处理,进行定性定量的分析。
可以反映大量基因在不同组织或同一组织不同发育时期或不同生理条件下的表达调控情况。
3. NCBI:National Center for Biotechnology Information.是隶属于美国国立医学图书馆(NLM)的综合性数据库,提供生物信息学方面的研究和服务。
4. EMBL:European Molecular Biology Laboratory.EBI为其一部分,是综合性数据库,提供生物信息学方面的研究和服务。
5. 简并引物:PCR引物的某一碱基位置有多种可能的多种引物的混合体。
6. 序列比对:为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性,而将它们按照一定的规律排列。
7. BLAST:Basic Local Alignment Search Tool.是通过比对(alignment)在数据库中寻找和查询序列(query)相似度很高的序列的工具。
8. ORF:Open Reading Frame.由起始密码子开始,到终止密码子结束可以翻译成蛋白质的核酸序列,一个未知的基因,理论上具有6个ORF。
9. 启动子:是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必须的一段DNA序列。
原核生物启动子由上游调控元件和核心启动子组成,核心启动子包括-35区(Sextama box)TTGACA,-10区(Pribnow Box)TATAAT,以及+1区。
真核生物启动子包括远上游序列和启动子基本元件构成,启动子基本元件包括启动子上游元件(GC岛,CAAT盒),核心启动子(TATABox,+1区帽子位点)组成。
10. motif:模体,基序,是序列中局部的保守区域,或者是一组序列中共有的一小段序列模式。
11. 分子进化树:通过比较生物大分子序列的差异的数值重建的进化树。
12. 相似性:序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相似DNA碱基或氨基酸残基序列所占的比例。
同源性:两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论。
13.14. 非编码RNA:是指没有编码蛋白质功能的所有RNA,它缺乏ORF,常有编码蛋白质的基因反义转录而来。
15. miroRNA:是含有茎环结构的miRNA前体,经过Dicer加工之后的一类非编码的小RNA 分子(21-23 nt)。
16.RNAi:是指在进化过程中高度保守的、由双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)诱发的、同源mRNA高效特异性降解的现象。
是一种转录后水平的基因沉默(PTGS)B.简答题1.生物信息学研究内容。
答:(1)生物信息的收集、存储、管理和提供。
(2)基因组序列信息的提取和分析。
(3)功能基因组分析。
(4)生物分子设计。
(5)药物设计。
(6)生物信息分析的技术与方法研究。
(7)应用与发展研究。
(8)系统生物学研究。
2.生物信息学的应用。
答:(1)人类基因组计划。
(2)人类蛋白质组计划。
(3)新药开发中的应用。
(4)基因芯片。
(5)医学应用。
3.已测序五个植物物种,属名加种名。
答:(1)Solanum tuberosum 马铃薯(2)Musa acuminata banana 香蕉(3)Solanum Arabidopsis thaliana)6(水稻Oryza sativa )5(玉米Zea mays )4(番茄lycopersicum拟南芥(7)Vitis vinifera 葡萄(8)Brassica rapa 白菜4.已测序五个动物物种,属名加种名。
答:(1)Homo sapiens 人(2)Danio rerio 斑马鱼(3)Mus musculus 小鼠(4)Drosophila melanogaster 黑腹果蝇(5)Caenorhabditis elegans 秀丽隐杆线虫(6)Felis catus 猫(7)Gallus gallus 鸡(8)Apis mellifera 蜜蜂5.画图阐述原核生物基因结构。
6.画图阐述真核生物基因结构。
7.核酸序列分析的应用。
答:(1)常规分析:A.核酸序列检索B.核酸序列组分分析C.序列变换D.限制性酶切分析E.序列注释(2)比对分析:A.BLAST比对B.双序列比对C.多序列比对(3)基因结构的识别:A.ORF 识别及其可靠性验证B.重复序列分析C.非编码区及启动子分析D.其它调控位点分析:a.转录因子结合位点分析b.剪接位点分析。
8.如何做比对分析(BLAST)?答:(1)进入NCBI主页,点击BLAST进入BLAST主页。
(2)选择需要比对的类型BLASTN BLASTP BLASTX tBLASTN tBLASTX (3)在序列框中输入需要比对的序列。
(4)选择数据库。
(5)开始比对。
基因结构识别包括哪些内容?9.答:(1)ORF识别及其可靠性验证(2)非编码区及启动子区分析(3)基因组重复序列分析(4)其它调控位点分析:a.转录因子结合位点分析b.剪接位点分析。
10.蛋白质序列的基本性质分析包括哪些内容?答:(1)理化性质分析(2)亲水性/疏水性分析(3)跨膜区分析(4)信号肽预测(5)Coil 区分析(6)亚细胞定位(7)结构功能域分析11.蛋白质空间结构怎么预测,二级/三级。
答:(1)二级结构预测:使用SSPro 4.0或PORTER进行分析预测。
(2)三级结构预测:主要方法有同源模建、折叠识别和从头预测。
目前主要使用同源模建的方法来预测蛋白质三级结构,但是需要二个蛋白质序列同源性高于35%,低于30%结构不理想。
具体步骤为,a.进入SWISS-MODEL主页b.选择Automated Mode进入c.在序列框中输入蛋白质序列d.确认进行预测12.如何判断一个新的基因?答:(1)从一个新蛋白质序列开始,通过tBLASTn搜索核酸数据库,找到相应的匹配,如果是和DNA编码的已知蛋白质匹配,则可能不是新的基因;但是如果找到与DNA编码的相关蛋白质的匹配,则有可能是新的基因。
(2)然后进一步通过BLASTx或BLASTp在核酸,蛋白数据库中搜索DNA或蛋白质序列来进一步确定新的基因。
13.进化树构建过程,方法。
序列有很a.)选择合适的建树方法。
2()进行多序列比对,确定序列之间的相似性。
1(答:高相似性时,选择最大简约法(MP)。
b.序列较高的相似性时,选择距离法,包括邻接法(NJ)。
c.序列相似性很低,选择最大似然法(ML)。
(3)使用软件建树。
a.选择MP法,使用PAUP、MEGA、或PHYLIP。
b.选择NJ法,使用PHYLIP、MEGA、或ClustalX。
c.选择ML法,使用PHYML 或BioEdit。
(4)用软件评估进化树。
14.RNAi的原理。
答:(1)外源进入生物体的双链RNA(dsRNA)被一种核糖核酸酶Dicer所识别并将其切割成21~23nt的小干扰RNA(siRNA)。
(2)这种siRNA可以被RISC(RNA诱导的沉默复合物)所识别并结合,进而使siRNA发生解旋和解链。
(3)然后再siRNA反义链的引导下,寻找与siRNA具有同源序列的内源靶mRNA。
(4)RISC与内源靶mRNA同源区进行特异性结合,并切割靶mRNA,导致转录后基因沉默。
(5)siRNA不仅能引导RISC切割靶mRNA,而且可作为引物与靶mRNA结合并以mRNA为模板,在RdRP(RNA依赖的RNA聚合酶)作用下合成更多新的dsRNA,新合成的dsRNA再由Dicer切割产生大量次级siRNA,从而使RNAi的作用放大,最终将所有靶mRNA降解,导致基因的完全沉默。
15.RNAi载体构建过程。
16.高效siRNA设计步骤。
答:(1)靶基因鉴定(2)建立分析(3)序列过滤(4)序列翻译分析(5)获得序列(6)序列比对(7)选取序列(8)合成siRNA。
序列,怎么研究其功能?miRNA给定17.答:(1)上调miRNA在细胞中的含量而获得gain-of-function模型,具体可以将miRNA的前体序列或成熟序列克隆到专门表达短片段RNA的特殊载体中。
(2)下调miRNA在细胞中的含量或直接抑制该miRNA的功能获得loss-of-function模型。
结合上调和下调结果可以确定基因的表达是否受到特定miRNA的调控。
C.论述题1.构建表达载体:①融合表达载体GUS GFP,并说明用途。
答:A. GUS基因编码β-葡萄糖酸酶,能够催化底物产生荧光物质或者蓝色产物。
可以利用GUS 基因与目的基因融合表达来筛选转化子,也可用于外源基因表达产物在转化生物体中的定位分析。
B.GFP基因编码绿色荧光蛋白,在紫外光照射下发出荧光。
可以利用GFP基因和目的基因融合表达在荧光显微镜下观察目的基因编码蛋白的动态变化,筛选转化子,也可用于外源基因表达产物的定位分析。
C.构建步骤:(1)对目的基因cDNA和GUS,GFP进行限制性酶切分析,找出目的基因编码区,GUS基因编码区,GFP编码区中的酶切位点,排除这些酶切位点。
(2)选择合适的载体,如pET系列(原核)或者pCAMBIA 系列(植物)等,并找出被排除以外的酶切位点,选择3个酶切位点。
(3)设计引物扩增目的基因,GUS基因,GFP基因,如果没有选择的酶切位点,则在引物中引入酶切位点。
融合表达在前的基因终止密码子在设计引物时去掉,二个基因连接区要保证引物扩增的产物不会破坏ORF框架即起始密码子前扩增区段要保证为3联体密码。
(4)先连接目的基因与GFP或者GUS,再将融合基因与载体连接。
2.怎么样降低,升高基因的表达。
答:A.降低基因表达:设计siRNA干涉该基因的表达。
步骤:(1)选择欲干涉的靶基因的片段位置,并列出候选siRNA序列。
(2)评估候选siRNA序列,如SNP,形式功能,高级结构等。
(3)进行BLAST比对,排除与非靶基因互补的候选siRNA序列。
(4)从功能特异性角度出发,选择最终siRNA序列。
(5)合成siRNA,包括化学合成,体外转录,构建表达载体等。
(6)转入生物体内。
(7)检测干涉情况。
B.升高基因表达:将该基因转入含有病毒强启动子的载体中使基因超表达。
(以植物为例)步骤:(1)选择超表达载体,即含有病毒强启动子的表达载体。
(2)对目的基因进行限制性酶切分析,排除目的基因编码区具有的酶切位点,选择合适载体具有的酶切位点。