亚细胞定位实验protocol
亚细胞定位PTEN基因真核表达载体的构建与鉴定

亚细胞定位PTEN基因真核表达载体的构建与鉴定李洪凌;朱向辉;姜新;曲雅勤;李亮【摘要】目的:构建人野生型亚细胞定位PTEN基因真核表达载体,为进一步研究其抗肿瘤作用奠定基础.方法:以胎盘组织RNA为模板,利用RT-PCR技术扩增H的基因片段.PCR产物与T载体连接,转化大肠杆菌,获得T-PTEN质粒,进行酶切鉴定和测序.以T-PTEN质粒为模板,利用PCR技术将核定位信号(NSL)加入PTEN序列.PCR产物与T载体连接,转化大肠杆菌,获得T-NSL-PTEN质粒.真核表达载体pcDNA3.1及T-NSL-PTEN质粒经EcoR Ⅰ和BamH Ⅰ双酶切后连接,转化大肠杆菌,获得重组载体pcDNA3.1-NSL-PTEN,进行酶切和测序鉴定.结果:重组质粒PUM-PTEN酶切在1 200 bp处见目的片段,与预期结果符合.测序结果显示基因序列与目的基因完全一致;重组质粒PUM-NSL-PTEN酶切在1 200 bp处见目的片段,测序结果显示基因序列与设计一致,核定位信号成功加入;重组质粒pcDNA3.1-PTEN酶切在1 200 bp处见目的片段,测序结果显示基因序列与目的基因相同;重组载体pcDNA3.1-NSL-PTEN经双酶切和测序证实了其正确性EcoR Ⅰ和BamH Ⅰ双酶切在1 200 bp处见目的片段,与预期结果一致.测序结果显示,核定位信号成功加入,其后是阅读框架正确的PTEN基因序列.结论:成功构建可表达亚细胞定位PTEN的真核表达载体pcDNA3.1-NSL-PTEN.【期刊名称】《吉林大学学报(医学版)》【年(卷),期】2009(035)006【总页数】4页(P1057-1060)【关键词】亚细胞定位;PTEN基因;质粒【作者】李洪凌;朱向辉;姜新;曲雅勤;李亮【作者单位】吉林大学第二医院放疗科,吉林,长春,130041;吉林大学第二医院放疗科,吉林,长春,130041;吉林大学第二医院放疗科,吉林,长春,130041;吉林大学第二医院放疗科,吉林,长春,130041;复旦大学附属金山医院医学影像中心,上海,200540【正文语种】中文【中图分类】Q78PTEN基因是一种重要的抑癌基因,在50%~80%的实体瘤中发生了突变[1]。
亚细胞定位和BiFC步骤

亚细胞定位和BiFC步骤亚细胞定位和BiFC步骤参考冷泉港实验手册(Von Arnim, 2007)。
(1)称取5 mg金粉到1.5 ml离心管中;(2)加入1 ml 70%乙醇,涡旋5 min;(3)静至15 min;(4)10000 rpm离心5 min,去上清;(5)加入1 ml无菌水,涡旋1 min,离心1 min,去上清,重复步骤3-4次;(6)质粒2 µg,2.5 M CaCl2 20 µl,0.1 M亚精胺8 µl,加入金粉管中,冰上放置20 min,期间每5 min涡旋一次(亚细胞定位加入一种质粒,BiFC实验加入两种质粒);(7)加入80 µl 100%乙醇,13000g离心20 s,去上清;(8)加30µl 100%乙醇,涡旋后加170 µl 100%乙醇,离心20 s;(9)重复步骤(3)4次;(10)加6 µl 100%乙醇悬浮,涡旋后进行基因枪操纵,用基因枪轰击洋葱。
(11)洋葱处理:将洋葱表皮切成若干个1 cm2的小块,用无菌水浸泡,再用无菌滤纸吸干表面液体,将洋葱表皮贴在高渗培养基上培养一晚上,第二天将洋葱表皮转移到MS固体培养基上培养3-4h,用于基因枪轰击。
(12)基因枪轰击后暗培养16h,将洋葱表皮撕下,在激光共聚焦下观察是否有荧光发生。
附:MS 高渗培养基PH:5.8 MS培养基PH:5.87.5g 蔗糖7.5g 蔗糖2.5g 琼脂粉 2.5g 琼脂粉18.2g 山梨醇用MS 母液以及自来水定容至250 ml用MS 母液以及自来水定容至250 ml亚精胺需现配现用。
亚细胞定位,酵母双杂交技术的原理流程

亚细胞定位,酵母双杂交技术的原理流程下载提示:该文档是本店铺精心编制而成的,希望大家下载后,能够帮助大家解决实际问题。
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基因亚细胞定位

基因亚细胞定位简介基因亚细胞定位是指确定基因在细胞内具体位置的过程。
在细胞中,基因的位置决定了它们的表达和调控方式,因此准确的基因亚细胞定位对于深入理解基因功能和细胞过程至关重要。
本文将介绍基因亚细胞定位的方法和技术,以及其在生物学研究领域的应用。
方法和技术基因亚细胞定位的研究方法和技术多种多样,下面列举了一些常用的方法:1. 免疫荧光染色:通过与特定抗体的结合来标记目标基因,在显微镜下观察基因在细胞中的分布情况。
这种方法适用于检测基因在细胞质或细胞核中的分布。
2. 原位杂交:将与目标基因互补的探针标记上标记物(如蛍光染料或放射性同位素),与待研究细胞样本进行杂交,通过观察标记物的信号来确定基因在细胞中的位置。
这种方法可以用于检测基因在染色体上的定位以及细胞器中的定位。
3. 细胞分馏:将细胞组分(如细胞核、线粒体、内质网等)分离出来,通过观察目标基因在不同细胞组分中的富集情况来确定其亚细胞定位。
这种方法适用于研究基因与特定细胞组分的关联和相互作用。
4. 基因编辑:利用CRISPR-Cas9等基因编辑技术,将荧光蛋白等标记物与目标基因融合,从而实现对基因在细胞中的可视化。
这种方法可以直观地观察到基因在细胞中的动态变化。
应用基因亚细胞定位在生物学研究领域有着广泛的应用,包括但不限于以下方面:1. 分子机制研究:通过观察基因在细胞中的定位,可以揭示基因在调控细胞生物学过程中的作用机制。
例如,基因在细胞核中的定位与转录调控密切相关,而基因在细胞质或细胞器中的定位则与蛋白合成和细胞运输等过程相关。
2. 肿瘤研究:研究肿瘤细胞中基因的亚细胞定位可以揭示肿瘤发生发展的机制。
例如,某些癌症中的基因定位异常可能与癌症的发生和转移有关,通过研究这些异常定位,可以发现潜在的治疗靶点。
3. 药物研发:研究药物在细胞中的靶点定位可以帮助优化药物设计和研发过程。
通过观察药物与目标基因的亚细胞定位,可以了解药物在细胞内的作用机制以及可能的副作用。
EMSA、CHIP.亚细胞定位

EMSA实验材料:EMSA探针生物素标记试剂盒(20;1358);化学发光EMSA检测试剂盒(100;1399);正电尼龙膜(20;458);细胞核蛋白提取试剂盒(50;462);BCA蛋白浓度测定试剂盒(200;170);压片暗盒(1个;138);PMSF试剂(1g;118)实验方法:一、探针制备:1.准备工作:A.取出TdT Buffer (5X)、Biotin-11-dUTP和Ultrapure water溶解,并置于冰浴上备用。
B.取出待标记的单链EMSA探针,用水稀释至1μM,并置于冰浴上备用。
如果待标记的EMSA探针为双链,95℃加热2分钟,然后立即放置到冰水浴中,使双链的EMSA 探针转变为单链的探针,然后同样用水稀释至总的单链DNA浓度为1μM,即每条单链的浓度为0.5μM,相当于最初双链的EMSA探针浓度为0.5μM。
2.DNA 探针的标记:Ultrapure water 29ulTdT Buffer (5X) 10ul待标记探针(1μM) 5ulBiotin-11-dUTP (5μM)5ulTdT (10U/μl)1ul总体积50ulA.参考上表设置反应体系。
注:对于双链的EMSA探针的标记反应,建议一次做两管,即总体积共100μl,以最终获得足够的生物素标记EMSA探针用于后续EMSA检测。
B.用枪轻轻吹打混匀,切勿vortex。
37℃孵育30分钟。
C.加入2.5μl 探针标记终止液,轻轻混匀终止反应。
3.TdT 的去除:A.探针标记反应终止后,加入52.5μl氯仿-异戊醇(24:1),vortex使有机相和水相充分混合以抽提TdT(说明:静止后有机相和水相会很快分层)。
B.12000-14000g离心1-2分钟。
吸取上清备用。
上清即为被生物素标记的单链DNA探针。
4.探针的纯化( 选做) :通常为实验简便起见,可以不必纯化标记好的探针。
有些时候,纯化后的探针会改善后续实验的结果。
gfp融合蛋白亚细胞定位步骤

gfp融合蛋白亚细胞定位步骤1. 什么是GFP融合蛋白?好啦,咱们先聊聊GFP融合蛋白到底是什么。
简单来说,GFP(绿色荧光蛋白)就是个能发绿光的小家伙,它可在各种生物中找到,像小水母、海洋生物这些。
科学家们聪明地把这个小家伙跟其他蛋白质绑在一起,形成了GFP融合蛋白。
这就像给一件衣服加了个炫酷的荧光装饰,立刻吸引了眼球!所以,我们用这个融合蛋白就能观察细胞内各种蛋白质的“动静”,就像透过玻璃窗看邻居家的热闹一样。
1.1 GFP的魅力GFP的魅力可不止于此哦!首先,它不需要任何特殊的染料或化学试剂,照个光就能发光,真是方便得不得了。
其次,GFP的荧光特性非常稳定,不容易被破坏,基本上是个“长青树”,只要好好照顾,能陪你很久。
想想,如果能在细胞中像放烟火一样观察到蛋白质的动态,那是多么酷的事情啊!这可是科学研究中的“火箭发射”,瞬间提升了研究效率。
1.2 GFP融合蛋白的用途接下来,咱们聊聊这个融合蛋白的用途。
科学家们可以利用它来研究细胞的结构、功能,甚至是信号传递。
比如说,你想知道某个蛋白质是不是在细胞膜上,还是在细胞质里,嘿,简单!只需把GFP和目标蛋白结合,就能轻松找到它的位置。
就像在找女儿的玩具一样,轻松又愉快。
2. 亚细胞定位的步骤现在我们要进入正题,怎么把这GFP融合蛋白带到细胞里,进行亚细胞定位呢?这个过程听起来挺复杂,但其实很有趣,像个探险游戏。
2.1 设计融合蛋白首先,咱们得设计融合蛋白。
这个过程就像做菜,得有主料和辅料。
你得选定目标蛋白,然后把GFP“嫁接”上去。
这一步是关键,得确保融合后的蛋白能正常工作,不然就像做了道菜,结果食材不新鲜,味道全无。
通常,科学家们会利用基因工程的技术,把GFP和目标蛋白的基因拼接在一起,形成一个完整的DNA序列。
完成后,你就得把这个序列送入细胞里。
2.2 转染细胞转染细胞是个很重要的步骤。
想象一下,咱们把这个DNA序列像一封信一样送到细胞里。
常见的转染方法有病毒转染、脂质体转染等等。
亚细胞定位

请老师及同学批评指正!
实验步骤
1.3 转化原生质体/侵染
备注:注射前一天将烟草浇水, 使气孔张开以利于注射。
实验步骤
1.4 激光共聚焦显微镜观察
实验步骤
原生质体与烟草叶片侵染区别
叶绿体
0 定位图示例 3
定位图示例
不同细胞器中的定位图
胞质
液泡膜
内质网
核
线粒体
过氧物酶体
高尔基体
细胞膜
Wu et al.2016 A set of GFP-based organelle marker lines combines with DsRed-based gateway vectors for subcellular localization study in rice (Oryza sativa L.)
亚细胞定位技术 (Subcellular Localization)
目录
CONTENTS
实验背景
实验步骤
定位图示例
0 实验背景 1
实验背景
亚细胞定位背景
确定某种蛋白或者表达产物定位于细胞中的具体位置,从而为研究基因 的作用机制提供方向。
成熟蛋白质必须在特定的亚细 胞器里面才能发挥稳定的生物 学功能。细胞内部可以进一步 划分为不同的细胞区域或细胞 器,即亚细胞。
实验背景
亚细胞定位方法
抗原-抗体特异性结合
目的基因和Leabharlann 光蛋白基因构建在同一表达载体上实验背景
亚细胞定位原理(融合蛋白表达法)
0 实验步骤 2
实验步骤
1.1载体构建
1.2实验材料准备
Gene GFP
1.引物设计; 2.利用高保真酶KOD进行cDNA全长片段的克隆; 3.PCR产物回收; 4.双酶切反应,胶回收; 5.纯化的产物连接载体; 6.转化大肠杆菌及阳性克隆的筛选; 7.质粒的小量提取与鉴定; 8.农杆菌的转化。
亚细胞定位实验步骤

亚细胞定位实验步骤
亚细胞定位实验是一种用于确定蛋白质在细胞中特定位置的实验方法。
以下是一般的亚细胞定位实验步骤的简要描述:
1. 细胞培养和准备:选择适当的细胞系,并在培养皿中将其培养到适当的密度。
确保细胞处于健康状态并以适当的方式生长。
2. 蛋白标记:选择一种适当的方法来标记您感兴趣的蛋白质。
常用的方法包括荧光标记、放射性标记或抗体标记。
这将使您能够观察蛋白质在细胞中的分布情况。
3. 细胞固定:使用适当的固定剂 如甲醛或乙醛)处理细胞,以保持蛋白质的位置和结构不变。
注意,不同的固定剂可能适用于不同类型的分析。
4. 渗透化:使用适当的渗透剂 如Triton X-100)处理固定的细胞,以使细胞膜通透,从而使抗体或其他探针更容易进入细胞内部。
5. 抗体染色:将与您标记的蛋白质特异性结合的抗体添加到细胞中,并允许其与目标蛋白质发生反应。
这些抗体可以是一种特定的单克隆抗体或多克隆抗体。
6. 洗涤:通过洗涤细胞来去除未结合的抗体和其他非特异性结合物,以减少非特异性信号。
7. 显微镜观察:使用荧光显微镜或其他适当的显微镜技术观察标记的蛋白质在细胞内的位置。
您可以使用相关的控制样品和参考标记来验证结果。
请注意,具体的实验步骤可能因所使用的方法和实验设计而有所不同。
因此,在进行亚细胞定位实验之前,最好查阅相关文献并遵循特定方法的详细步骤和建议。
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亚细胞定位
Confocus
一、实验材料
玻片,镊子,75%酒精,细胞转染用物品,PBS,4%多聚甲醛,Trixon-X-100,铝箔,摇床,DAPI染色液,荧光封片液,指甲油,载玻片,激光扫描共聚焦显微镜(型号:ZEISS LSM 510 META),光盘
二、实验原理
亚细胞定位是指某种蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位,如胞核,胞浆内,细胞膜或某一特定细胞器上存在。
通常是将目的蛋白与报告基因(如绿色荧光蛋白基因EGFP、红色荧光蛋白基因Dsred等)融合表达,在激光共聚焦显微镜下观察荧光的表达部位从而致使目的蛋白在细胞内的定位。
DAPI,4,6-联脒-2-苯基吲哚,是一种标记细胞核的荧光染料,因其与dsDNA有高度的亲和力,与DNA结合后会发出强烈的荧光。
激光共聚焦扫描显微技术(Confocal laser scanning microscopy)是一种高分辨率的显微成像技术。
普通的荧光光学显微镜在对较厚的标本(例如细胞)进行观察时,来自观察点邻近区域的荧光会对结构的分辨率形成较大的干扰。
共聚焦显微技术的关键点在于,每次只对空间上的一个点(焦点)进行成像,再通过计算机控制的一点一点的扫描形成标本的二维或者三维图象。
在此过程中,来自焦点以外的光信号不会对图像形成干扰,从而大大提高了显微图象的清晰度和细节分辨能力。
三、操作程序与结果判定(结合自己的经验将可能遇到的问题
及解决办法也列出)
1、细胞爬片的处理(24孔板)
细胞爬片可以买专门的爬片(一般直径1cm的正方形玻片正好适合24孔板的大小)用镊子夹取后在酒精灯上过火后轻轻放入细胞板内。
此后再接入适量消化好的细胞。
爬片处理:将玻片放入小烧杯,再加浓硫酸处理。
处理完后,用ddH20洗。
再泡到75%酒精里。
注意: 1、不建议将爬片泡酸后高压灭菌,首先玻片太薄高压容易使玻片变形,其次湿灭很容易使玻片上留下水渍影响细胞贴壁;
2、接细胞时控制合适的细胞量,避免收样时细胞量过度拥挤甚至打堆影响结果的观察。
2、过表达:第一天下午传细胞,第二天下午转染(24h)。
直接转染
1:18传。
内源性:可以密一点1:14。
第一天上午传细胞,第二天上午做。
转染(FUGENE转质粒1:2.5,lipo2000转核酸模拟物1:2)
一般可用293T做一次预实验来确定各个质粒的转染量
16~18h后可加刺激,制片(HSV 2x108 每孔2ul / HSV120 3ug/ml)
要等HeLa细胞贴好后加刺激。
(细胞伸展开)
PS:MLF细胞传细胞时,若可1:5传,则做confocus按1:10传,使孔板里长到40%~50%
3、DAPI染色
PBS:NaCl: 8.00g KCl: 0.20g Na2HPO4 .12H2O: 2.9g KH2PO4: 0.2g
DAPI贮存液:70%酒精溶解,浓度100 μg/ml,配好后用铝箔包起来,避光,可在4摄氏度下长期保存。
使用时用1*PBS 2000~4000倍稀释。
4%多聚甲醛:将4g多聚甲醛加入80ml PBS中,烘箱里放着即可,直至固体全部溶解,定容至100ml就成为4%的多聚甲醛固定液。
4度避光保存。
(也可用预冷的80%丙酮或100%甲醇代替,但甲醛会腐蚀有机塑料)
1)加刺激4h后可吸取培养基,用PBS洗1次。
(转染后18~20h后收细胞)
2)用预冷的4%多聚甲醛室温固定15~20分钟,吸去上清。
3)用PBS在室温漂洗3次,每次5分钟(液体没过细胞即可,200ul左
右)。
(自带荧光DAPI染色后即可封片,DAPI染色无需打孔剂打孔)
下面是需要抗体的步骤:
4)用含0.1%~0.2%Triton-X-100的PBS在室温穿孔5分钟。
(放在4度或者常温,)
5)吸去上清,加入1%BSA-PBS封闭30min(200ul/孔)
6)加入一抗αF/aHA(1:200配),200ul/孔,用1%BSA-PBS稀释,室温1h
要提前探索稀释比例,可做梯度稀释。
(一抗就是IP的那个一抗)
7)加入1%BSA-PBS洗5次(过表达) 10次(内源性)每次10min
8)加入二抗Alexa-488(绿光)(Donkey anti-Mouse)1:300 1h(用PBS 配)可重复使用一次(Donkey anti-Rabbit 放在共用冰箱下面第一层,滤纸带离的盒子里,一般是分装好的)
9)加入1%BSA-PBS洗(同第七步)
10)加入DAPI染色液室温作用2分钟(时间不能太长,注意避光)PBS 配,要37度预热2~3min(DAPI 1:2000或1:3000配)
11)用PBS洗5次,每次5min
PS:一抗和二抗种属要一致
洗的时候,一手用泵将其抽干,另一手加溶液,保证玻片不干。
4、封片(防淬灭剂:antifade regend 蓝盖棕瓶life 较黏 3ul/片)
荧光封片液: PBS与甘油等体积混合
1)载玻片上做标记后滴一小滴荧光封片液,待用;
2)将1ml注射器针头弯曲,从孔内钩起玻片,用镊子夹出;(可直接用镊
子夹出,前面带个小钩子),要记住细胞面。
用纸将非细胞面擦一下。
捏住换面,细胞面朝下。
3)将盖玻片轻放在载玻片上,细胞面与封片液接触,用指甲油四周固定;
(第一次涂指甲油,轻轻扫过,悬空不要触碰玻片。
放好第二张片子后,再涂一遍指甲油将片子边缘覆盖。
)
4)将处理好的玻片置于小白盒中,立即观察结果。
PS:一张载玻片最多可放三张盖玻片
可在玻片下垫一张白纸
5、结果观察
本实验中图片摄取具体操作由实验室管理员协助完成,摄取图片后光盘拷出,用Zeiss LSM Data Server程序对图片进行调整和完善
注意:
1、实验前2-3天预约,样品处理好之后最好在普通的倒置荧光显微镜下看过
确认可以摄图再上激光共聚焦显微镜;
2、实验时,请将样品表面的液体擦干,避免滴到镜头上,污染镜头;
3、如使用次数较多较频繁,可在管理员的帮助下熟练掌握仪器的操作规程后独
立完成,但每次实验之前需征得管理员的同意,且不得随意改变仪器设置,如
出现问题,及时上报(操作可参阅Zeiss LSM 510 META - Guided Tour)四、注意事项
除前面过程中附加的注意事项以外,还需注意:
1、操作玻片的过程中要小心,以免玻片碎裂;
2、处理好的玻片最好立即照相,时间长了细胞容易干掉导致形态发生改变;
3、摄取照片时,紫外照射时间尽量短以免荧光淬灭;
绿光M488
红光M594。