“天河一号”超级计算机上编译、运行GAMIT及计算效率分析

 第22卷增刊 2013年12月

中 国 矿 业

CHINAMININGMAGAZINE

 Vol.22,Suppl

Dec. 2013

“天河一号”超级计算机上编译、运行GAMIT

及计算效率分析

刘志广,占 伟,孟宪刚,宋惠军

(中国地震局第一监测中心,天津300180)

摘 要:通过系统配置,实现在“天河一号”编译和运行GAMIT。通过单任务和多任务运行测试了“天河一号”平台上GAMIT的计算效率,并与其他平台对比。结果发现“天河一号”的GAMIT计算效率相对较低。天河一号的优势是并行计算,而GAMIT计算过程属于串行计算,且有较大的数据传输需求,这是导致“天河一号”GAMIT计算效率低下的根本原因。 关键词:超级计算机;天河一号;GAMIT;计算效率

中图分类号:P228 文献标识码:A 文章编号:1004‐4051(2013)zk‐0201‐05

Analysisofcompiling,computingefficiency,running

GAMITon‘Tianhe‐1a’supercomputer

LIUZhi‐guang,ZHANWei,MENGXian‐gang,SONGHui‐jun

(FirstCrustalMonitoringandApplicationCenter,ChinaEarthquakeAdministration,Tianjin300180,China) Abstract:Throughthesystemconfiguration,weachievethepurposeofcompilingandrunningGAMITon“Tianhe‐1a”supercomputer.Bythesingletaskandmulti‐tasktest,GAMITcomputationalefficiencyof“Tianhe‐1a”platformisobtained,andcomparedwithotherplatform.ItisfoundthatGAMITcomputingefficiencyof“Tianhe‐1a”isrelativelylow.Theadvantageof“Tianhe‐1a”platformisparallelcomputing,whileGAMITcomputingprocessisaserialcomputingandrequiresagreatquantityofdatatransmission.That摧stheprimarycauseof“Tianhe‐1a”lowGAMITcomputingefficiency. Keywords:supercomputer;Tianhe‐1a;GAMIT;computingefficiency

收稿日期:2013‐07‐01

基金项目:地震行业科研专项资助(编号:201308009)作者简介:刘志广(1978-),男,河北迁安人,工程师,从事大地形变监测和研究工作,E‐mail:iliuzhiguang@163.com。

GAMIT解算海量GPS数据是一个非常耗时的过程,对计算机的运算速度、稳定性有很高要求。

“天河一号”的诞生为GPS数据解算提供了一个崭新的计算平台。

为研究超级计算机在GPS数据解算领域的应用前景,我们在“天河一号”计算平台安装了GAMIT10.40,测试“天河一号”上GAMIT的计算效率,并与其它计算平台作对比分析。1 “天河一号”介绍

“天河一号”(TH‐1A)超级计算机是我国首台千万亿次超级计算机系统,实现了我国自主研制超级计算机能力从百万亿次到千万亿次的跨越,使我

国成为继美国之后世界上第二个能够研制千万亿次超级计算机的国家。

“天河一号”于2010年8月在国家超级计算天津中心升级完成,峰值速度提升为4700TFlops,持续速度提升为2566TFlops(LINPACK实测值)。2010年11月世界超级计算机TOP500排名,“天河

一号”(TH‐1A)位列世界第一[1]

“天河一号”采用CPU和GPU相结合的异构融合计算体系结构,硬件系统主要由计算处理系统、互连通信系统、输入输出系统、监控诊断系统与基础架构系统组成,软件系统主要由操作系统、编译系统、并行程序开发环境与科学计算可视化系统组成。

“天河一号”登陆节点安装了Kylin(麒麟)3.1版本64位操作系统,定制了安全策略。计算节点都安装RedHatEnterpriseLinux5.3x86_64版本,遵循POSIX,LSB等标准,提供了64位程序开发与运

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