计算表观遗传学的兴起与发展
表观遗传学的研究进展与应用前景
表观遗传学的研究进展与应用前景随着科技的不断发展和进步，表观遗传学作为一门新兴的研究领域不断得到重视和发展。
本文将就表观遗传学的研究进展和应用前景展开探讨。
一、表观遗传学的定义和基本概念表观遗传学是指一种系统性的研究遗传物质（DNA）不发生变异，但其外在表现（表观表现型）发生变化，最终影响后代遗传性状的机制与现象的科学，它关注的是基因在染色质中的组织状态和核酸组装状态，而不是基因的变异或突变等。
简单说，表观遗传学是指外部环境因素导致基因表达发生变化，而这些变化可能会影响生命的各方面，例如：个体的发育过程、免疫系统应对外界环境的能力、神经系统调控等。
二、表观遗传学的研究进展1、DNA甲基化DNA甲基化是表观遗传学中最为基础的一种现象，它影响了内部基因的表达，从而最终影响外界表现型的表达。
研究表明通过使用DNA甲基化内在脱甲基化酶处理DNA片段，可以极大的解决基因定量检测的问题。
2、组蛋白修饰组蛋白修饰是指组蛋白上化学修饰-醋酸化，甲基化，去乙酰化等，组蛋白修饰状态如何，最终影响了基因表达的方式。
表观遗传学家可以将组蛋白的修饰状态分别应用于转录因子的含量和加载上，从而确定某些基因的表达模式。
这也是表观遗传学中非常关键的考虑因素。
3、非编码RNA从不编码RNA 表达调控的研究，到某些microRNA可能在癌症中扮演了一个重要的角色等等，随着研究的深入，很快就会发现，noncoding RNA 的作用是十分重要的。
有了CRISPR / Cas9技术和其他基因编辑技术的发展，这个领域的研究将会更为丰富多彩。
三、表观遗传学的应用前景1、肿瘤研究在肿瘤的世界中，表观遗传学扮演着重要的角色，在肿瘤早期的检测和预后研究中，它们都是非常有意义的。
表观遗传信号和网络在癌症中的作用是非常重要的，因为它们与基因突变和染色体结构异常的共同作用形成了一种潜在的癌症信号，可以选择更好地了解疾病的发病机制，也可以通过调节基因表达寻找未来肿瘤治疗办法。
表观遗传学的进展
表观遗传学的进展表观遗传学是生物学和遗传学领域的一个新兴分支，它关注的是基因活动和表达的调控，以及这些调控在某些情况下如何通过细胞外环境信号传导改变细胞的基因表达。
在过去的几十年中，表观遗传学已经获得了一系列重要的进展，这些进展不仅促进了我们对基因调控、细胞发育、疾病和进化等方面的理解，同时为未来的生物医学研究和治疗提供了新的思路和方法。
一、表观遗传学的发展历程表观遗传学的概念最早提出于20世纪50年代，当时研究人员发现不同细胞类型的基因表达模式是不同的，基因的表达由于不同细胞核内的因子而受到控制。
随着分子生物学、基因工程技术的发展，人们逐渐认识到基因调控不仅受到DNA序列的影响，还受到DNA和蛋白质相互作用以及DNA甲基化等表观遗传标记的影响。
1980年代末期，人们开始发现许多遗传疾病并非由于基因突变引起，而是由于表观遗传标记的改变所致。
表观遗传学逐渐成为生物学和医学研究的热点领域。
二、表观遗传标记的种类和作用表观遗传标记包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA、三维基因组结构等多种类型。
其中，DNA甲基化是最为常见和重要的一种表观遗传标记。
它指的是在DNA碱基上加上一个甲基化基团，从而改变DNA的生物学特性。
DNA甲基化通过参与基因启动子、终止子、增强子等调控位点的甲基化改变细胞内各类基因活动状态。
组蛋白修饰则是指通过一系列酶学反应，改变染色体上的组蛋白结构，从而影响基因的转录和表达。
此外，非编码RNA和三维基因组结构等标记也具有重要的调控作用。
非编码RNA用于诱导和沉默mRNA的表达；而三维基因组结构则通过将远距离的DNA 区域聚集成互相接触的结构，从而使得同时进行表达的基因靠得更近。
三、表观遗传标记的调控机制表观遗传标记的调控机制来源于细胞内环境和外界刺激。
例如，细胞周期、细胞发育、DNA修复、染色质重塑和细胞死亡等生命过程都能够调控基因表达和表观遗传标记的变化。
此外，营养、药物、环境毒物和激素等细胞外刺激也会影响基因表达和表观遗传标记的改变，从而引起疾病的发生。
表观遗传学的研究与发展
表观遗传学的研究与发展表观遗传学是遗传学中的一个相对新的领域，它研究的是基因表达的调控以及这些调控对后代遗传的影响。
表观遗传学在近年来越来越受到研究者们的关注，这是因为它能够揭示一些过去遗传学无法解释的行为和现象，同时在生物医学领域具有巨大的潜力。
表观遗传学的基本概念表观遗传学是指通过调控基因表达来改变后代性状的一种遗传学领域，这种遗传学领域主要研究生物体基因表达调控机制，例如DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA等。
表观遗传学的研究对象主要分为两类，一类是华丽的“洛阳牡丹”，另一类是黑羽和白羽的四川鸡。
华丽的“洛阳牡丹”和四川鸡的黑羽白羽基因表达的差异是由DNA甲基化和组蛋白修饰等表观遗传机制产生的。
这些机制形成了一种特殊的表观遗传效应，不仅可在几代人中传递，而且在种群中可产生广泛的作用。
通过表观遗传机制，饮食、生活环境、生命中的各种体验、药物等外部环境可以通过“刻印”到基因上，导致将来代的基因表达发生改变。
这些往往是不可逆转的，甚至反转起来也十分困难。
表观遗传学的研究方法表观遗传学的研究方法主要分为三类，包括基因芯片技术、基因测序技术和生物信息学分析。
基因芯片技术能够掌握几千到数万个基因表达的数据，并通过特殊的方法进行数据分析。
基因测序技术则是基于分子生物学的方法，能够获取高保真度的基因组、转录组和表观组数据，用于基因过程和变异注释。
生物信息学分析则是研究表观遗传学的一种重要工具，它主要包括功能富集分析、调控网络构建和GSEA等。
表观遗传学的研究现状在表观遗传学的研究领域，越来越多的研究证实，表观遗传变异对多种重要疾病和人类行为的发生和进化都起到了非常重要的作用。
表观遗传学是真正练就了生物科学的细节，让我们更进一步地了解生命的运作，并想动新的治疗方法。
一些最近的研究还揭示了表观遗传变异和人类疾病之间的关系。
例如，糖尿病患者的存在明显影响了孩子的基因表达，使其生病风险增加。
几项研究还发现，大部分的癌症与表观遗传变异有关，并且有机磷农药等环境因素可能会导致这些变异。
表观遗传学研究的进展
表观遗传学研究的进展随着科技的不断发展，人们对生物学的了解也越来越深入。
现在，科学家们已经开始探索表观遗传学，这是一个新兴的领域。
表观遗传学研究的是环境因素如何影响基因表达的方式。
这个领域的研究对人类的健康与疾病的治疗有着深远的影响。
在这篇文章里，我们将讨论表观遗传学研究的进展。
表观遗传学的定义表观遗传学是一种研究基因表达的方法。
通俗地讲，基因是我们身上所有物质的蓝图。
但是，并不是所有基因都在所有时间都处于激活状态。
表观遗传学就是研究这些基因是如何被激活或关闭的。
这些修改可能是显性的，就是说，它们会更改基因的 DNA 序列。
但是，这些修改也可能是隐性的，也就是说，它们并不会更改 DNA 序列，但是会影响基因的表达。
表观遗传学的发展历程表观遗传学研究的历史可以追溯到20世纪初期。
1928年，康拉德·温克勒在研究细菌的时候发现了一种细胞内的观察现象。
当时，他发现一种交替现象，称为“冷热转换”，这种现象被证明是由于细菌存在两种不同的“相”，即哺乳动物中的城和细胞相似。
后来，人们发现这种节奏现象不仅存在于细胞中，也存在于动植物中。
随着生物技术和研究方法的不断发展，人们对表观遗传学的研究也越来越深入。
现在，人类正处于基因革命的时代。
利用一种新发现的技术，“高通量测序技术”，已经可以同时测量数百万个基因。
这使得研究人员能够检测到基因表达模式的微弱变化，并且这些变化正是表观遗传学所研究的领域。
表观遗传学的应用我们已经知道环境因素如何影响基因表达。
这个领域的研究不仅可以更好地了解基因的功能，还可以研究基因的变异与疾病之间的联系。
例如，研究人员可以比较不同群体之间的 DNA 序列，在不同文化环境下的一个人基因会发生什么变化。
这有助于进一步理解表观遗传学在人类健康中所扮演的角色。
表观遗传学的潜在的临床应用非常广泛。
例如，在肝损伤的研究中，表观遗传学技术被用于检测肝损伤的程度和预测患者的预后。
此外，癌症和其他一些疾病可能和表观遗传学有关。
表观遗传学研究进展和应用展望
表观遗传学研究进展和应用展望随着科技的不断进步和发展，人们对于遗传学研究的需求也日益增长。
表观遗传学作为一门新兴学科，在近些年也成为了研究热点。
作为遗传学的重要分支，表观遗传学主要研究非编码DNA序列中的信息，包括DNA甲基化、组蛋白修饰、RNA可编辑性等因素，对基因表达进行调控。
相比传统遗传学而言，表观遗传学更容易受外部环境和非遗传因素的影响，因此受到了越来越多的关注。
本文将从表观遗传学的发展历程、研究方法以及已有的应用案例等多个方面进行探讨。
一、表观遗传学的发展历程表观遗传学作为一个相对年轻的学科，在近30年间得到了飞速的发展。
早在20世纪80年代，人们就已经开始关注非编码DNA序列中的信息，但直到1990年代才真正开始将其定义为表观遗传学。
20世纪90年代，人们通过研究DNA甲基化的作用机理和功能，初步确立了表观遗传学的地位。
进入21世纪之后，随着新技术的发展，表观遗传学得以快速发展。
2000年，人们首次发现了组蛋白修饰对基因表达的调控作用。
此后，越来越多的研究发现了表观遗传学在基因表达调控方面的重要作用。
二、表观遗传学的研究方法在表观遗传学研究中，研究方法主要包括以下几种：1、ChIP-seq技术ChIP-seq是一种近年来广泛应用的技术，通过使用抗体结合靶蛋白，可实现对靶蛋白在基因组上的定位，并进一步探究其功能和作用机制。
2、 MeDIP-seq技术MeDIP-seq技术是一种较为常见的DNA甲基化检测方法。
通过使用MeDIP抗体，可以识别并且进行富集DNA甲基化区域，从而进行甲基化的定位和富集。
由于其高富集效率和高通量性质，MeDIP-seq成为了目前检测DNA甲基化的一种重要方法。
3、 BS-seq技术BS-seq技术是一种针对DNA甲基化研究的技术。
与MeDIP-seq技术不同的是，BS-seq技术对甲基化的定位和检测是基于转化之后的DNA。
此外，BS-seq还可以检测到低频次的DNA甲基化，因此其在甲基化研究中较为常用。
表观遗传学的研究进展与未来发展趋势
表观遗传学的研究进展与未来发展趋势随着科技的不断进步，人类对生命的了解和认识也越来越深入。
表观遗传学作为遗传学领域中的一个重要分支，受到了越来越多的关注。
本文将对表观遗传学的研究进展以及未来发展趋势进行介绍。
一、表观遗传学的研究进展表观遗传学是指不涉及 DNA 序列的变化，在一个个体的基因组中，通过化学修饰 (如 DNA 甲基化、组蛋白修饰) 或者 RNAs (如 siRNA, miRNA) 的作用，来调节基因的表达。
近年来，表观遗传学在癌症、肥胖、糖尿病、心血管疾病等方面的研究取得了重要进展。
1. 癌症癌症细胞和正常细胞之间的主要区别在于表观遗传模式的改变。
癌症细胞中的表观遗传修饰是一种异常状态，包括 DNA 甲基化异常、组蛋白乙酰化异常、RNA 处理异常等。
在近期研究中，有两大表观遗传修饰因子常常被发现在癌症细胞中进行异常改变，它们分别是去甲基化酶和甲基转移酶，它们的缺失或异常表达在许多肿瘤中都发挥作用。
2. 肥胖表观遗传学与肥胖之间也有着密切联系。
研究表明，在肥胖个体中，白脂肪细胞的表观遗传调控与受体结合被破坏，这可能导致越来越多的脂肪堆积。
此外，表观遗传调控对饮食习惯和胚胎期间的外部刺激（如营养失调）也有影响。
3. 糖尿病表观遗传学已被证明是糖尿病发病的一个重要风险因素。
甲基化酶发挥着关键作用，它们在糖尿病患者的胰腺细胞中表现出异常甲基化状态。
这种表观遗传修饰的改变导致了一系列的基因表达变化，从而使糖尿病风险增加。
4. 心血管疾病表观遗传学调控心血管疾病的发生和发展也非常重要。
过去研究表明，心血管疾病的病程中发生了一系列严重表观遗传修饰。
这些修饰涉及到血管平滑肌细胞分化、内皮细胞增殖、血小板激活、血管系统发育等过程。
二、表观遗传学的未来发展趋势表观遗传学作为一个年轻但非常活跃的研究领域，其未来发展趋势也备受关注。
以下是几个重要的新方向：1. 单细胞表观遗传学随着单细胞技术的飞速发展，单细胞表观遗传学也变得越来越受重视。
表观遗传学的研究进展及其应用
表观遗传学的研究进展及其应用随着基因组学和计算机技术的快速发展，表观遗传学也逐渐成为了生物学领域的研究热点。
表观遗传学是指遗传物质以外的因素对基因表达的调控作用，包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA等各种机制。
这些机制不会改变DNA的核苷酸序列，但会影响某些区域的基因表达和功能，从而造成表型的变化。
下面就表观遗传学的研究进展及其应用进行讨论。
一、表观遗传学的研究进展表观遗传学的研究追溯到上世纪60年代，当时研究人员发现在不同发育阶段的生物体内，某些基因的表达水平不同。
这表明了基因表达有一个动态的调控过程，从而引起了人们对表观遗传学的兴趣。
在当时，只有DNA甲基化是人们关注的对象。
随着技术的发展，表观遗传学的研究方法也不断进步。
目前最常用的表观遗传学方法有高通量测序技术、DNA甲基化测序、组蛋白修饰测序和RNA甲基化测序等。
这些技术使得研究人员能够更加全面和精确地了解表观遗传学机制的细节。
最近的研究表明，表观遗传学在生命科学领域中有着举足轻重的地位。
它不仅影响着生物体的发育和适应性，还与多种疾病的发生密切相关。
另外，表观遗传学还有助于我们理解基因调控机制，解释基因表达的异质性，以及发掘新的治疗方法等方面。
二、表观遗传学在发育生物学中的应用表观遗传学在发育生物学中被广泛运用。
例如，在胚胎发育的早期阶段，发育过程中的基因表达模式被精细地调节，称为“早期发育图谱”。
这个图谱反映了发育过程中不同细胞的表达模式，从而促进了对胚胎发育的理解。
一些研究表明，通过对基因甲基化和组蛋白修饰的研究，可以揭示胚胎发育的一些关键性质。
表观遗传学还与器官发育有关。
例如，在视网膜发育过程中，细胞需要服从严格的组织学信号来保持正确的发育。
这些信号涉及到特定的表观遗传学机制，例如DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA调节等。
三、表观遗传学在人类健康与疾病中的应用表观遗传学在人类健康和疾病方面的应用广泛而深入。
最近的研究表明，表观遗传学变异对许多疾病的发生有直接或间接的影响。
表观遗传学进展
表观遗传学及其进展摘要本文概述了表观遗传学作为分子生物学的一个分支学科的基本内容，并着重讨论DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑、非编码RNA调控在生物体分化发育期间引起基因表型效果与表达机制及影响因素。
关键词表观遗传、DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑、非编码RNA调控基因组计划已经揭示出人类的全套基因组序列，但基因的DNA 序列只是一个模板，高等生物的每个细胞都具有全套基因，即全能性(totipotency)。
但构成生物体各组织的细胞类型却千差万别，这全能性的基因如何表达出如此多样性的细胞、组织？1939年Waddington[1]最先提出表观基因型(epigenotype)这个概念，指出了遗传和表观遗传的相对性，首次以有机体整体的观念解释整个生命过程中遗传物质的表达方式。
而后Holliday[2]认为成熟的有机体有全套的来自母源和父源的基因型，同时也有了全套的表观基因型，能决定基因的表达，并且是稳定的可遗传的。
一. 表观遗传学的定义及特点表观遗传学是研究不涉及DNA序列改变的基因表达和调控的可遗传变化的机制[3]，这种改变是细胞内除了遗传信息以外的其他可遗传物质发生的改变，即基因型未发生变化而表型却发生了改变，且这种改变在发育和细胞增殖过程中能稳定传递[4, 5]。
或者说是研究从基因型演绎为表型的过程和机制的一门新兴的遗传学分支。
表观遗传的异常会引起表型的改变、机体结构和功能的异常，甚至导致很多疾病。
其主要特点是：①可遗传性，即这类改变通过有丝分裂或减数分裂能在细胞或个体世代间遗传；②可逆的基因表达调节，也描述为基因活性或功能的改变；③没有DNA序列的改变或不能用DNA序列变化来解释。
二. 表观遗传学的机制1. DNA甲基化DNA甲基化是表观遗传学的重要研究内容之一。
DNA甲基化现象广泛存在于细菌、植物和哺乳动物中,是DNA的一种天然的修饰方式。
在哺乳动物中,由DNA甲基转移酶(DN-MTl)催化，通常发生在双核苷酸CpG中的胞嘧啶，构成甲基化的CpG。
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平均值为每Mb含10．5个CpG岛，CpG岛的数目与基因密度有良好的对应 关系。
Computational prediction of CGIs
1987 Gardiner-Garden et al.
First large-scale computational analysis of CGIs CGI: CGI length >200bp %G+C > 50% (observed/expected) CpG ratio > 0.6
(1)可遗传；(2) 可逆性；(3) DNA不变
表观遗传学领域全球论文发表
三大有影响杂志发表的表观遗传学相关论文
这一专题围绕目前表观遗传学研究的热点展开了讨论，为表观遗传学 领域研究拓宽了视野。目前表观遗传学的研究热点是在发育和疾病发 生过程中，基因表达相关的染色质和染色体结构对表观遗传学机制的 影响，并且对表观遗传学进行更深入的定义。
全基因组范围tDMRs的鉴别和分析的整合资源
对人组织特异差异甲基化区域（tDMRs）做了基因组范围 的研究，本资源是迄今所有物种中DNA甲基化的数据集最大的。 人类13个正常体细胞组织，胎盘，精子及ENCODE使用的 GM06990永生化细胞系。 • 使用最新开发的可视化工具，所有数据都可以整合入 Ensembl基因组浏览器，也是第一个整合进基因组浏览器 的全基因组DNA甲基化数据。我们开发的整合系统包括最 新开发的甲基化分析的贝叶斯工具（Batman），它能从 MeDIP估计甲基化的绝对值。 • A Bayesian deconvolution strategy for immunoprecipitation-based DNA methylome analysis. Nat. Biotechnol. 2008.
一 、计算表观遗传学概况
一
基因型 (Genotype) -> 表型 (Phenotype)
表观遗传(epigenetic
inheritance)： 通过有丝分裂或减数分
裂来传递非DNA序列信息的现象。
表观遗传学(epigenetics)：则是研究不涉及DNA序列改变的
基因表达和调控的可遗传变化的。或者说是研究从基因 演绎为表型的过程和机制的一门新兴的遗传学分支。
计算表观遗传学的兴起与发展
---生物信息学与表观遗传学的整合
哈尔滨医科大学 生物信息科学与技术学院 系统生物学教研室 2010/06
张
岩
yanyou1225@
经典遗传和表观遗传是一个事物（遗传）的两个 方面，既相互区别又相互依存而构成一个整体， 这样人类基因组就含有两类信息。
(1) 不同组织、细胞 (2) 不同发育阶段 (3) 正常细胞 vs. 癌 症、疾病细胞
系统研究DNA甲基化在胚胎发育， 基因印记，肿瘤发生中的作用
人类表观基因组计划的第一个结果
此次结果主要来自43个样品中，12个不同组织和细胞中的 3条染色体，迄今为止该项计划已经研究了2500多个不同的 基因组loci，发现其中21%的loci至少在一个组织中是不同 甲基化的。
NATURE GENETICS | VOLUME 38 | NUMBER 12 | DECEMBER 2006
生物信息学构架了基因组学与表观基因组学的桥梁
Adele Murrell, Vardhman K. Rakyan and Stephan Beck From genome to epigenome Human Molecular Genetics, 2005, Vol. 14, Review Issue 1
• 原理：基于CpG二核苷酸甲基化的缺失，利 用Chip-seq试验测得低甲基化的区域。
• 实验限制：CpG岛具有组织特异性，细胞类 型的特异性，识别的CpG岛数目少。
基于互信息识别哺乳动物的功能CpG岛
基于互信息研究CpG岛和CpG聚类中相邻CpG的 相互作用的程度的分布
研究的CpG岛和CpG聚类中相邻的CpG的累积 互信息定量的区分CpG岛和CpG聚类
表观遗传学信息：何时、何地、以何种方式去应用 遗传信息 (1) DNA的甲基化：CpG位点，>5,000万个 (2) 组蛋白修饰：组蛋白密码 (Histone code)
个体间组织特异的DNA甲基化和表观遗传的不均一性
Toward a human epigenome
Romulo M Brena, Tim H-M Huang & Christoph Plass
2002 Takai and Jones CGI: CGI length >500bp %G+C > 55% CpG ratio > 0.65 Successfully exclude Alu repeats from CGIs
Daiya Takai* and Peter A. Jones PNAS March 19, 2002 vol. 99 no. 6
1. DNA的甲基化的预测
DNA甲基化影响转录的机制
CpG岛的预测
CpG 岛的定义
在基因的末端通常存在一些富含双核苷酸“CG”的区域，称为“CpG 岛”，或HTF岛（ HpaII tiny fragments-islands）。该序列与基因
转录活性有关。主要位于基因的启动子和第一外显子区域。
正常情况下，人类基因组“垃圾”序列的CpG二核苷酸相对稀少，并且 总是处于甲基化状态，与之相反，人类基因组中大小为 100—1000 bp 左右且富含CpG二核苷酸的CpG岛则总是处于未甲基化状态，并且与56％ 的人类基因组编码基因相关。人类基因组序列草图分析结果表明，人类 基因组 CpG岛约为28890个，大部分染色体每1 Mb就有5—15个CpG岛，
Computational Epigenetics
计算表观遗传学当前及未来的朝向
预测的角度研究表观遗传现象
应用生物信息学工具建立遗传与表观遗传调控
网络
表观遗传数据库
建立在表观遗传机制基础的功能基因组及比较
基因组研究
二、 计算表观遗传学研究现状 1. 2. 3. 4. DNA甲基化的预测 组蛋白修饰的高通量分析 核小体定位的研究 印记基因的预测
遗传编码信息：
表观遗传学信息：
提供生命必需 蛋白质的模板
何时、何地、 以何种方式 整合 去应用遗传信息
生物信息学工具
计 算 表 观 遗 传 学
应用及开发生物信息学方法（数据挖掘，统计 学习，模式识别等）解决生物医学相关的表观 遗传学问题。
内容大纲
一 、计算表观遗传学概况 二、 计算表观遗传学研究现状 1. DNA甲基化的预测 2. 组蛋白修饰的高通量分析 3. 核小体定位的研究 4. 印记基因的预测 三、 计算表观遗传学展望
data
1,749 CpG islands in the human fibroblasts (in vitro) 2,839 human DNA methylation patterns across several tissues（MethDB)
Bock et al. (2006)
Das et al. (2006) Fang et. al. (2006) MethCGI
DNA-methylation pattern in human
43.7%
13.3%
14.3%
22.5%
Eckhardt et al. Nat Gen. (2007)
差异甲基化
Results- iPS与ES
Results-数据证实
• 我们通过两种方法证实这些数据。 • 第一：我们通过重亚硫酸盐测定9个DMRs，每 个DMR测定2-6个CpG位点，来验证通过CHARM测 得的甲基化结果；结果证实了由CHARM得到的 差异甲基化数据(图)。 • 第二：我们通过芯片来进行全局的基因表达分 析。结果发现:在TSS500bp范围内的R-DMRs的 差异甲基化与其相应基因的差异表达之间有很 强的负相关：超高甲基化和超低甲基化的区域 的p均<0.001.这种关系对TSS1kb范围内的RDMRs仍存在，对超高甲基化和超低甲基化DMRs 的p值分别为0.01和<0.001（图）. • 同时，这种关系在处于CpG岛边缘的DMRs中得 到增强。
3,072 methylated and 2,565 unmethylated domains selected from the genomewide DNA methylation profiles of normal human brain DNA.
2007 Christoph Bock et, al.
PLoS Computational Biology |
June 2007 | Volume 3 | Issue 1055 6
2008 Ye Sujuan et, al.
实验方法识别CpG岛
CpG_MI 具有最高的预测精度
CpG_MI 预测的人类功能CpG岛的基因组分布
组蛋白修饰和CpG岛的关系
发现了六种组蛋白甲基化修饰和十种组蛋白乙酰化修饰在CpG岛显著富 集，两种甲基化修饰在CpG岛区域显著缺失（H3K9me3 和 H3K9me2）
识别哺乳动物CpG 岛
六种哺乳动物中随机片段中的相邻CpG二核苷酸的累积互信息的分布，发现它们的 分布满足指数分布，并且分布具有一致性，由此把CpG_MI 推广到其它哺乳动物上。
甲基化预测
CpG 岛 甲基化模式的预测
CpG位点 甲基化模式的预测
Models for predicting DNA methylation of CGI
Reference
Feltus et al. （2003） Bhasin et al. （2005）
Predictive model